宋明理學史 · 第四十八章 顧憲成的理學思想
顧憲成是明末東林學派的主要創始人之一。黃宗羲在《明儒學案》中，讚揚他們所創建的東林學派是「一堂師友，冷風熱血，洗滌乾坤」（卷五十八《東林學案·序》） 。
顧憲成的理學傾向，基本是宗程、朱而詆陸、王。他標榜氣節，崇尚實學，反對王學末流棄儒入禪、空談心性而不務實學的風氣。
第一節 顧憲成的學術淵源和理學派別
一、顧憲成的生平和學術淵源
顧憲成（公元1550—1612年）字叔時，號涇陽，無錫人，世稱涇陽先生或東林先生。萬曆八年（公元1580年）進士，授戶部廣東司主事。與魏懋權（允中）、劉國徵（廷蘭）合稱「三元」，「言時政得失，無所隱蔽」（《明儒學案》卷五十八《東林學案·顧憲成傳》） 。萬曆十五年（公元1587年），他上疏「分別小人，刺及時政」（同上） ，被貶為湖廣桂陽州判官。萬曆二十年（公元1592年），擢吏部考功司主事。後因他在立皇太子和會推閣臣問題上，與神宗及權臣牴牾，於萬曆二十二年（公元1594年）被革職回家。顧憲成罷歸後，即從事著述，相繼寫了《小心齋札記》《還經錄》《質疑編》《證性編》《桑梓錄》等。萬曆三十二年（公元1604年），他又與高攀龍、顧允成、錢一本等重建東林書院，從事講學活動。他的著作被編為《顧端文公遺書》。
顧憲成青年時，初學於張淇門下，後又師薛應旂（方山）。據史料記載，張淇年幼曾「師事陽湖邵公，聞陽明致良知之說」，後又拜薛應旂為師，「學益進，已乃亟稱考亭曰：『畢竟盤不過此老』」（《涇皋藏稿》卷十六《明故學諭損齋張先生墓志銘》） ！稱道朱學。萬曆二十八年（公元1600年），他聲斥王學末流為「異說橫流」，「其害真酷似夷狄禽獸」（同上） ！褒朱學而貶王學的態度十分明顯。薛應旂從師於王守仁弟子歐陽德，但他卻反對那些把王學引向異端的人，批評這些人是「世之墮於腐俗過於玄虛者」（《方山紀述》卷五《與孔文谷提學》） 。其晚年傾向朱學，重訂宋端儀所撰《考亭淵源錄》二十四卷，並將此書授予顧憲成、允成兄弟，稱讚朱熹之學，謂「洙泗以下，姚江以上，萃於是矣」（《顧端文公年譜》上） 。由此可見，從師承上來說，顧憲成是王門的三傳弟子。其師張淇和薛應旂雖出入王門，但思想卻已由王學轉向朱學，因此，顧憲成的宗程、朱而斥王學末流的理學傾向，多少與其師承有關。
顧憲成還自稱曾「私淑本庵方先生有年」（《東林書院記》卷十六） 。方學漸是方以智之祖父，雖受學於泰州學派的張甑山、耿楚侗，但已背離王學，「別出一機軸矣」（《明儒學案》卷三十五《泰州學案·方學漸傳》） 。
此外，從顧憲成、高攀龍重建東林書院的意圖來看，是想繼承楊時東林書院的傳統，以恢復和發揚程朱理學正宗。顧憲成在萬曆三十一年（公元1603年）《請復東林書院公啟》中說：
有宋龜山楊先生受業兩程夫子，載道而南，一時學者翕然從之，尊為正宗。考錫乘先生（即楊龜山）常講學是邑，十有八年，建有東林書院。歲久旁落為東林庵，而書院廢矣。距今五百年，俯仰顧盼，莫不喟然嘆息。某等僭不自量，欲相與共圖興復，然念祠堂以崇先哲之懿範，則道脈系焉，書院以廣友朋之麗澤，則學脈系焉，所關重大。……會庠友馬希尹等會呈上請，乃敢拜首颺言曰：先生（指楊龜山）之道其源遠矣，其流長矣，及門之樂育既多，過化之餘風未泯，而今而往有能紹述遺訓，如當年之在東林，一傳而為喻工部，再傳而為尤文簡，三傳而為李簡肅、蔣忠文，無墜道南之一線者乎，是惟先生之賜。而今而往，有能冥契心宗如當年之在劍南，一傳而為羅豫章，再傳而為李延平，三傳而為朱考亭，直接周、程之正統者乎，亦惟先生之賜。其大造於吾錫何如也！台臺為斯文主盟……幸亟允希尹等之請，上之表章正學，煥發幽光……九峰二泉之間，行將坐收濂洛關閩之勝，其大有造於吾錫，又當何如也！（《東林書院志》卷十七）
後來，高攀龍在萬曆四十二年（公元1614年）寫的《東林原志序》中，也同樣強調：
龜山楊先生上承洛統，下開閩傳，其棲止於晉陵梁溪間，浮雲流水之跡耳。而吾郡至今言學不畔洛閩，不忍曲學阿世，於是見先生之精神大而遠也。先生於梁溪東林，東林之廢久矣，屢有復者而未竟。顧涇陽先生始率同志告於當道而一新之，使吾錫之士，進則行其道於天下，退則明其道於此，如行者之有家，耕者之有土也。（同上卷十六）
可見，顧、高重建東林書院的意圖是十分明確的，即發揚楊時的「上承洛統、下開閩傳」之傳統，「無墜道南之一線」，「直接周程之正統」，使「道脈」「學脈」有所系。
顧憲成、高攀龍之所以提出要維繫「道脈」「學脈」，正反映了明朝自正德、嘉靖以來，王守仁心學興起，天下風靡，朱學衰微，程朱理學的傳統發生了危機，所以他們急於要復興朱學，以矯王學之弊。
顧、高重建東林書院以興朱學而斥王學的行動，開啟了由王返朱的思想趨勢。清朝胡慎《東林書院志序》中論述了這一思想歷程。他說：
至明弘、正之世，則姚江之學大行，而伊洛之傳幾晦，東林亦廢為丘墟。至萬曆之季，始有端文顧公、忠憲高子振興東林，修復道南之祀，仿白鹿洞規為講學會，力闡性善之旨，以辟無善無惡之說，海內翕然宗之，伊洛之統復昌明於世。
這一敘述指出了顧憲成的思想淵源於程朱理學。
二、顧憲成的理學派別
至於顧憲成的理學派別，從他對周惇頤、二程、朱熹的讚揚備至的態度，即可明顯看出其理學派別傾向。他在《小心齋札記》中說：
孔子表章六經，以推明羲、堯諸大聖之道，而萬世莫能易也。朱子表章《太極圖》等書，以推明周、程諸大儒之道，而萬世莫能易也。此之謂命世。（卷三）
把朱熹看作是繼孔子之後集儒學大成之聖人，在《朱子節要序》中，甚至得出「論造詣，顏、孟猶有歉焉；論血脈，朱子依然孔子也」（《涇皋藏稿》卷六） 的結論，足見他對朱子的尊崇。不僅如此，他對理學的開創者周惇頤很推崇。他說：
孔孟既沒，吾道不絕如線，至宋而始一光，發脈得一周元公，結局得一朱晦翁。（《小心齋札記》卷一）
《太極圖說》，元公之《中庸》也；《通書》，元公之《論語》也。上下兩千年間，一人而已矣。（同上）
卓哉其元公乎！吾始以為元公也，而今乃知其宛然一孔子也。（同上卷三）
可見，顧憲成是把周惇頤的創建理學，看成為孔孟之真傳、儒學之復興，其功績不在孔孟之下。而程、朱，尤其是朱熹，則被視為周惇頤理學的發揚光大者，其功不在周之下。因此，高攀龍在顧憲成病逝後，對顧的學術思想所做的結論是：「遠宗孔聖，不參二氏（指佛、道）；近契元公，恪遵洛、閩」（《東林書院志》卷七《顧涇陽行狀》） 。方學漸在他親赴東林書院參觀歸來所寫的《東遊記小引》一文中也說：「東林之學，以朱子為宗」（同上卷十六） 。而並非像有人所說的是「王學的修正派，」朱、王之學的調和折中者。
顧憲成的思想學說，雖然「恪遵洛、閩」，「以朱學為宗」，但不抱門戶之見。對陸王心學之短長，以至朱熹之不足，他大都能持公允的批評態度。他雖然推崇朱熹，但並不遮掩朱熹之短。在他評論朱（熹）、王（陽明）異同時，其態度更是謙遜而平實。他說：
不肖，下里之鄙人耳，無所聞知。少嘗受陽明先生《傳習錄》而悅之。（《涇皋藏稿》卷四《複方本庵》）
又說：
當士人桎梏於訓詁辭章間，驟而聞良知之說，一時心目俱醒，恍若撥雲霧而見白日，豈不大快。（《小心齋札記》卷三）
學宗程、朱的顧憲成，在這裡非但毫不諱言自幼學自王門，而且也很稱道王守仁，並無門戶之見。更可貴的還在於他從總結理學思想發展的途徑，肯定了理學各派不同意見的短長和應有的地位。他反對互相排斥，提倡互相尊重、取長補短的見解是可取的。他反對門戶之見，而從總結學術思想發展史的角度，給予不同理學派別應有的歷史地位，這一做法開啟了後來以黃宗羲、全祖望為代表的《宋元學案》《明儒學案》對宋明理學總結的端緒。
第二節 「理是主宰」的本體論和對《太極圖說》的解說
一、「理是主宰」的本體論
顧憲成尊奉程、朱「性即理」「理為主」的本體論。他說：
伊川曰：「性即理也」。此一語極說得直截分明，亘古亘今、顛撲不破，卻亦有個來歷。《書》云：「惟皇上帝降衷於下民。」《詩》云：「天生蒸民，有物有則。」曰衷曰則，非「理」而何？但不如拈出「理」字，尤覺易曉耳。朱子嘗言：「自程、張氣質之說出，而後諸子紛紛之論息。」予以為未也。彆氣質於性則性明，溷氣質於性則性晦，猶在人善看。惟「性即理也」之說出，而後諸子更無所置其喙耳。（同上卷十一）
認為理既是宇宙萬物的本源，又是宇宙萬物的規律和法則，「曰衷曰則，非理而何？」
在理與氣的關係上，他認為理在氣先，理是主宰，氣是從屬於理的。他尊奉程、朱的「性即理」「理為主」的本體論，闡述理與氣的關係。他雖然認為理不離氣，理氣相依，但強調理是始終處於主宰的地位。因此，他反對分理氣為二的理氣二元論，也反對混理氣為一的混一論。
二、對周惇頤的《太極圖易說》的解說
顧憲成同朱熹一樣，把「理」也稱作「太極」。如說「性，太極也」（同上卷四） 、「太極，理也」（《證性編·質疑》下） ；並且按照朱熹「理生氣」的觀點來解釋周惇頤的《太極圖易說》，同時還借《周易》的傳統觀點予以論證。他說：
《易》曰：「天地 蘊，萬物化醇。」周子曰：「太極動而生陽，動極而靜，靜而生陰，靜極復動。一動一靜，互為其根。」愚謂知天地之所以生萬物，則知太極之所以生天地。周子此數語模寫 蘊情狀，宛然如畫，真造物傳神乎也。（同上卷一）
乾之《彖》曰：「大哉乾元，萬物資始。」坤之《彖》曰：「至哉坤元，萬物資生。」《繫辭》曰：「乾以易知，坤以簡能。」又曰：「乾知大始，坤作成物。」這是太極兩個大總管，千變萬化，皆由此出。人心之有知能，亦猶是也。（同上卷二）
認為太極（理）是產生天地萬物以至人的精神知能的根源，是「超形氣之上」的「形而上者」之「道」的精神本體。最後他把自己的以「理為主宰」的本體觀歸結為「太極生天生地之本，陰陽生天生地之具」（同上卷十六） 。這個歸結也是從朱熹的所謂「理也者，形而上之道也，生物之本也。氣也者，形而下者之器也，生物之具也」（《朱文公文集·答黃道夫書》） 的概述中脫胎而來的。
顧憲成之所以把精神本體的「理」（「太極」）賦予主宰的地位，是針對佛教經典稱「佛為生天生地之聖人」而言的。他說：
《內典》推佛為生天生地之聖人。按《湯誥》有曰：「惟皇上帝，降衷於下民」。予以為非特降衷於下民，實乃降衷於天地，此之所謂生天地之聖人也。（同上卷十六）
當時，在學術思想界，有像管志道、陶望齡、錢漸庵等人為代表的王學末流，他們棄儒入禪，大倡所謂儒、佛、道「三教合一」。於是，一時談玄說空之論，甚囂塵上。顧憲成以天帝為「生天生地之聖人」這一儒家傳統觀點反對「佛為生天生地之聖人」的說法，顯然具有防止儒學禪化的意義。
顧憲成之所以要同朱熹一樣，把「理」稱為「太極」，並且按照程、朱「理生氣」的觀點來解釋周惇頤的《太極圖易說》，意在消除佛、道的影響，以破除管志道、錢漸庵、陶望齡等人想從周惇頤的「無極」觀點中，為「無善無惡是心之體」尋找本體論依據的企圖。
顧憲成在解釋周惇頤的《太極圖易說》時，與朱熹不同的，是他明確宣稱周惇頤之所以作《太極圖易說》，正以「匡（佛、道）二氏」，曰「無極」，「正為辟老氏而發」。他說：
蓋周子標○為太極矣，而其兩之為陰陽也，即系○於陰陽。五行之為水、火、木、金、土也，系○於水、火、木、金、土。是混者不嫌於析也。何也？混之以本體，析之以為用，體用本一原也。老氏卻曰：「失道而後德，失德而後仁，失仁而後義，失義而後禮，失禮而後智。」將無於體用之間，自生揀擇。即所云「有物混成」，亦歸之籠統而已耳。
周子標○居上矣，而其次之以水、火、木、金、土也，即系水、火、木、金、土於○，是上者不離於下也。何也？形而上謂之道，形而下謂之器，道器本一貫也。佛氏卻曰：「迷妄有虛空，依空立世界，想澄成國土，知覺乃眾生」。將無於道器之間，自生取捨？即所云：惟吾獨尊。亦歸之孤亢而已耳。由此觀之，周子之為是圖，正以匡二氏也。其指微矣。（同上）
又說：
或曰「無極」二字，原出於老氏，分明與「無善」義同。周子《太極圖說》奈何宗之？曰：周子此語正為辟老氏而發……（《還經錄》）
從顧憲成對周惇頤《太極圖易說》的解說，可以看出他是把「太極」（理）作為宇宙萬物的本原，認為所謂「無極而太極」，只是「明其非真無也」，賦予了「太極」（理）以實在性。這當然並非周惇頤《太極圖易說》的本意，而是顧憲成借周惇頤的思想資料，經過自己一番的加工改造而得出的觀點。他還以此破除王學末流利用周惇頤的「無極」觀點為他們的「無善無噁心之體」的觀點尋求依據的企圖。
第三節 「道性善是說本體」的人性論
顧憲成在《東林書院院規》中提出「以性善為宗」（《東林書院志》卷二） 。高攀龍也認為顧憲成「辟東林精舍」是「講明性善之旨」（《高子別集》卷六《涇陽顧先生小傳》） 。
顧憲成的本體論既然是「以理為主宰」；那麼，自然認為太極（理）是世上萬事萬物的本原。因而太極（理）賦予人，則自然謂之性，這正如朱熹所謂「在天曰命，在人曰性」，性就是天理，而天理也就是太極。所以，顧憲成說：「性即理也」（《小心齋札記》卷十一） 、「性，太極也」（同上卷四） 、「性，天道也」（同上） 。這就把人的本性問題，提到了本體論的高度。
不過，顧憲成與朱熹的觀點也有所區別，他為了強調人性「善」的作用和地位，還根據《周易》萬物生成的傳統觀點，提出「善」是天地萬物的本原。他說：
《易》曰：「大哉乾元，萬物資始。」曰：「至哉坤元，萬物資生。」曰：「元者，善之長也。」可見乾坤萬物，一齊從「善」中流出。聖人要範圍天地，曲成萬物，所以欲培植此「善」字。（《還經錄》）
根據《周易》的注釋，《乾》卦象天，故《彖傳》以天之德解釋卦辭：「元」作「善」解，「資」作「賴」講。因而，「大哉乾元，萬物資始」，即謂大哉天德之善，萬物賴之而有始。《坤》卦象地，故《彖傳》以地之德解釋卦辭。因而，所謂「至哉坤元，萬物資生」，即至哉地德之善，萬物賴之以生長（參見高亨《周易大傳今注》） 。把天地萬物的起源與化生都歸之於「善」的作用，這就直接地把「善」提到了和「太極」「理」的同等地位，認為「乾坤萬物，一齊從善中流出。」於是「善」被賦予了本體的性質。
他又說：
吾人時刻受用者，性而已矣。性之所以為性者，善而已矣。天地間止是此件，故可欲者，止是此件，受用者，止是此件。（《東林書院志》卷六《補錄未刻稿＜東林商語＞一則》）
這就是他自己所歸納的「道性善是說本體」（《經正堂商語》） ，以及他臨終絕筆：「語本體，只是『性善』二字」（《小心齋札記》卷十八） 。即是說，「善」與「太極」（理）一樣，不僅是天地萬物生成的本原，而且具有「天之德」「地之德」的性質。
顧憲成對《周易》《乾》卦卦辭「元、亨、利、貞」的解釋，不僅認為「善」具有天地之德，而且還具有仁、義、禮、智等道德屬性。元、亨、利、貞是《周易》《乾》卦卦辭，是乾（天）之四德，即仁、禮、義、正。《周易正義》又以「元、亨、利、貞」（仁、禮、義、正）四德與天之四時（春生、夏長、秋收、冬藏）相配。朱熹認為元、亨、利、貞具有仁、義、禮、智的道德屬性。如說：「在天曰元、亨、利、貞，在人曰仁、義、禮、智」（《朱文公文集》卷六十七《仁說》） 。顧憲成在繼承前人思想的基礎上，做了自己的發揮。他強調「善」的作用，認為天之四德「元、亨、利、貞」，皆是「善」的體現，又是「善」的復歸。這樣，「善」不只是「天之四時」的體現者，也是「君子四德」仁、義、禮、智的體現者。名稱雖異，實出一原。
顧憲成之所以如此強調性善說，是有針對性的。當時王守仁的「無善無噁心之體」四句教流行，王學末流掀起空談心性而不務實學之風，顧說對此而言。他說：「將這『善』字打破，本體只是一個『空』」（《小心齋札記》卷三） 。又說：「往歲唐仲卿過訪涇上，語次痛疾心學之說。……仁卿曰：『而今一切托之心，這是無形無影的，何處究詰也？』予曰：『只提出「性」字作主，這心便有管束。孔子『從心所欲，不逾矩，矩即性也』」（同上卷五） 。顧憲成認為「點出『善』字，正示性有定體，不可以歧見淆也」；「提出『性』字，正示善有大原，不可以局見窺也」（同上卷二） 。可見，顧憲成之所以要抬高性善說，把「性」與「善」結合起來，目的就是用來防範和破除王學「無善無惡」之說的泛濫。
第四節 「道性善」與對「無善無噁心之體」的論辯
明後期，王學末流利用「四句教」的「無善無噁心之體」的理論，談空說玄，並提倡「三教合一」，大張宗風。劉宗周的門人董瑒曾指出，「自文成而後，學者盛談玄虛，遍天下皆禪學」（《劉子全書》卷四十《劉子年譜·萬曆四十年條》） 的嚴重狀況。這種大張宗風的行徑，可以管志道（東溟）、錢漸庵、周汝登（海門）、陶望齡（石簣）等人為代表。據《明儒學案》記載：
管志道，字登之，號東溟，蘇之太倉人，隆慶辛未（公元1571年）進士。……受業於耿天台，著書數十萬言，大抵鳩合儒釋。……謂乾元無首之旨，與華嚴性海渾無差別（卷三十二《泰州學案·序》） 。他認為「儒、釋、道其心皆一門庭」（管志道《從先維俗議》卷五） ，故「倡道東南，標三教合一之宗」（《涇皋藏稿》卷十七《文石張君墓志銘》） 。
錢漸庵，東林黨人錢龍錫之父，雲間（今江蘇松江）人。曾為官于山東蓬萊，後退居故里，主持日新書院。著有《會語》《空說》等文，主「無善無惡」之說。
周汝登，字繼元，別號海門，嵊縣（今嵊州市）人，萬曆丁丑（公元1577年）進士。「聞道於（王）龍溪」，後又求教於羅汝芳（近溪）。南都（金陵）講會，他「拈《天泉證道》一篇相發明」，「以無善無惡為宗」（《明儒學案》卷三十六《泰州學案·周汝登傳》） 。
陶望齡，字周望，號石簣，會稽人，萬曆己丑（公元1589年）進士。他的學問「多得之（周）海門，而泛濫於方外」；「其時湛然、澄密、雲悟，皆先生引而進之，張皇其教，遂使宗風盛於東浙。其流之弊，則重富貴而輕名節，未必非先生之過也」（同上《陶望齡傳》） 。
這時與管志道、錢漸庵、周汝登、陶望齡等人相對峙的，除了顧憲成、顧允成兄弟和高攀龍等東林學派人士外，還有湛若水的再傳弟子許孚遠、陝西學者馮從吾，以及原出於王門而後又別立宗旨，倡「止修」學說的李材，還有和管志道同出於泰州學派的方學漸等人。據《明儒學案》記載：
許孚遠，字孟仲，號敬庵，湖州德清人，嘉靖壬戌（公元1562年）進士。年二十四，學於湛若水的弟子唐樞之門。他「信良知，而惡夫援良知以入佛者」；「南都講學，先生（即許孚遠）與楊復所、周海門為主盟，周、楊皆近溪之門人，持論不同。海門以『無善無惡』為宗，先生作《九諦》以難之」（卷四十一《甘泉學案·許孚遠傳》） 。周汝登「作《九解》以伸其說」（卷三十六《泰州學案·周汝登傳》） 。
方學漸，字達卿，號本庵，桐城人。曾受學於泰州學派的張甑山、耿楚侗。他「見世之談心，往往以『無善無惡』為宗，有憂焉」（卷三十五《泰州學案·方學漸傳》） 。「獨以『性善』掃除『無善無惡』，直狂瀾之砥柱也」（《小心齋札記》卷十六） 。
馮從吾，字仲好，號少墟，陝西長安人，萬曆己丑（公元1589年）進士。受學於許孚遠。曾與鄒元標（南皋）於京師建首善書院，「倡明正學」（《明儒學案》卷四十一《甘泉學案·馮從吾傳》）
李材，字孟獻，別號見羅，豐城人，嘉靖壬戌（公元1562年）進士。初學於鄒守益（東廓），「學致良知之學」，後「別立宗旨」倡「止修」學說（同上卷三十一《止修學案·李材傳》） 。他的《性善編》「專為陽明致良知之說而作」，認為「陽明以無善無惡為性，則亦以無善無惡為良知，此其合商量處也」。顧憲成評云：「見羅校勘到此，可謂洞見病根」（《小心齋札記》卷十四） 。
他們雖然不出於同一學派，但都主「性善」之說，並與「無善無噁心之體」的學說展開了論辯。當時著名學者劉宗周就曾對這場論辯的性質做過評論，他說：
王守仁之學良知也，無善無惡，其弊也，必為佛、老頑鈍而無恥。……佛、老之害，自憲成而救。（《劉子全書》卷十四《修正學以淑人心，以培國家元氣疏（萬曆四十一年十月）》）
可見，顧憲成等人與管志道、周汝登等人的這場論辯，是旨在以程朱理學來矯正王學末流之弊。其實，王守仁的「良知」說，既有本體論，也有認識論的內容。從認識主體的分析來說，「良知」的「無善無惡」，排斥它的道德屬性，僅從主體的意義上來分析，這無疑是對哲學的一個貢獻。顧憲成等人排除對認識主體的分析，而用道德學說來代替認識學說，這從理論思維方面說並不是一種進步，毋寧說是一種後退。
這場論辯，圍繞「無善無惡」之說而展開。萬曆二十年前後在南都金陵，有許孚遠和周汝登的《九諦》與《九解》的論辯。事隔五年，在吳中，則有顧憲成、高攀龍等人和管志道、錢漸庵的論辯。顧和管等人論辯的問題，可歸納如下幾點：
（一）關於本體論
論辯雙方，首先從本體論來立論。管志道認為，「無善無噁心之體」來自周惇頤的「太極本無極」的本體論。他說：
王子（王守仁）拈出此心無善無惡之本體，可謂重新周子之太極。（《證性編·質疑》上）
周子之融會二氏（指佛、道），正其所以溯太極於無極也。（同上）
顯然，他是想從「太極本無極」中，尋求「無善無惡」之說的本體論的根據，企圖把「無善無惡」指為「無極」。
顧憲成則指出周惇頤的「太極本無極」的「本」字，是「原來如是也」（同上《質疑》下） 的意思，「太極」即「無極」，並非「太極」之上還有一個什麼「無極」。他認為「太極」乃是「生天生地之本」（《小心齋札記》卷十六） ，而不是虛無的。他還說：
蓋周子自無極而太極說到陰陽、五行，所謂「體用一原」也。自陰陽、五行說到太極本無極，所謂「顯微無間」也。（《證性編·質疑》下）
顧憲成這種解釋，意在指出太極即無極，太極具有陰陽五行等實在的性質，並不是虛無。他極不贊同管志道把周惇頤的《太極圖易說》說成是佛、老「空」「無」論的淵藪，是「無善無惡」之說的理論根據。他說：
翁（管志道）謂周元公出沒三教，融合而成《太極圖說》。顧謂其隱釋顯孔，其說近於相反矣。至雲從（高攀龍）謂《太極圖說》與佛相反，翁又不肯也。（同上）
圍繞本體論，管志道提出以「陰陽」對「善惡」的觀點。他說：
善惡從陰陽而分也，陰陽一太極也。……陽善而陰惡，陰陽之中又分剛善剛惡、柔善柔惡，一成而不可易。故曰：成之者性也。然其所以生陰生陽、生善生惡、永無間斷者，誰為之？太極為之也。（同上）
按照管志道上述的觀點，則把陰陽等同於善惡，以陽對善，以陰對惡，所謂「善惡從陰陽而分也」，「陽善而陰惡」。加之陰陽又是太極所生，這樣勢必得出「言太極必於陰陽未分之始，言真性必於善惡未分之始」（同上） 的結論。管志道的所謂「無陰無陽」狀態，也正是他一貫強調的善惡未分的「無善無惡」的狀態。
顧憲成針對管志道以「陰陽」對「善惡」的觀點，提出了反駁。他說：
按周子曰：「太極動而生陽，靜而生陰，一動一靜，互為其根，分陰分陽，兩儀立焉。」所謂分陰分陽，就兩儀言也。是故就兩儀未立，而曰陰陽未分，可耳。就陰陽未分而曰無陰無陽，可乎？誠使就陰陽未分而曰無陰無陽，彼其動而靜、靜而動者，果何物乎？而以證性之無善無惡也，疑二。（同上）
根據周惇頤的論述，顧憲成指出分陰分陽是指天地「兩儀」。天地未立則謂「陰陽未分」，但不能謂「無陰無陽」。如若說是「無陰無陽」，那麼「動而靜、靜而動」，又是指「何物」呢？他認為以「無陰無陽」的觀點來論證「性之無善無惡」那是不妥的，對此他是存疑的。他根據朱熹的觀點，認為「乾元資始，坤元資生，則獨陽不生，獨陰不成，造化周流，須是並用」；「陰陽者造化之本，不能相無而消長」（同上） 。他指出管志道想從周惇頤的《太極圖易說》中尋找「無善無惡」的本體論的根據，那是徒勞的。
（二）關於本體與功夫
管志道信從王守仁的所謂天泉證道的「四句教」，即「無善無噁心之體，有善有惡意之動，知善知惡是良知，為善去惡是格物。」「四句教」的第一句「無善無噁心之體，」既有本體論問題，也有認識論問題。其他三句，屬於工夫問題。把本體論、認識論問題與方法論問題區別開來，這在理論思維發展史上是一種進步。可是，顧憲成則認為本體與工夫應是合一的，二者既緊密相關，又相互作用，指出管志道所信從的「四句教」，則是把本體與工夫分離為二了。他說：
本體工夫原來合一，是故儒者以性善為宗，則曰為善去惡。釋氏以無善無惡為宗，則曰不思善、不思惡。若曰無善無噁心之體，有善有惡意之動，知善知惡是良知，為善去惡是格物。愚竊疑其二之也。（同上《罪言》上）
顧憲成從「本體工夫原來合一」的觀點出發，進而指出「四句教」自相矛盾而不能自圓其說：一是既然說「無善無噁心之體」，又言「為善去惡是格物」，這就不免將本體與工夫分離為二，造成「往往執上一句，忽下二語」（同上《質疑》下） ；二是既然說「無善無惡」，但又要「為善去惡」；那麼，「善」又從何來？既然要「為善去惡」，但又說「無善無惡」；那麼，「善」又何往？三是「心既無善」，「知安得良？」「即其言，亦自相悖矣！」（《小心齋札記》卷十五） 他指出：
心既無善無惡，意、知、物安得有善有惡？意、知、物若有善有惡，心安得無善無惡？（《證性編·罪言》下）
本體如是，功夫如是，其致一而已矣。今以無善無惡語心，以為善去惡語格物，已不免判而兩歧。（同上《質疑》下）
顧憲成在揭示「四句教」之內在矛盾的同時，還指出管志道所謂「四句教」的「四有說」和「四無說」是分接上、中、下根之說，又與他們的「無善無惡謂之至善」的觀點相矛盾。因為既然承認「無善無惡為至善」；那麼「安得不以無善無惡為上根也」（同上《質疑》上） ？總之，這樣煩瑣的爭論，在顧憲成看來，無非是說，用善惡的道德學說可以代替一切。
（三）關於統體之善與散殊之善
管志道、錢漸庵均認為抽象的「統體之善」（管所謂的「至善」）與具體的仁、義、禮、智的「散殊之善」（亦稱「條件之善」）是不能「相對」（同上《質疑》下） 的，而是「於執」（《東林商語》下） 不變的，也就是說，兩者的關係是可分割的、互不聯繫的。
顧憲成則認為「統體之善，即散殊之善」（同上） 。他說：
按其統體而言，所謂大德敦化也；指其散殊而言，所謂小德川流也。仁、義、禮、智既列四名，便屬散殊。……且統體之善，即散殊之善也，何曾余卻一毫。散殊之善即統體之善也，何曾欠卻一毫。今以其為散殊，不得等於統體，因別而名之。……頗過於分析矣。（同上）
他反對把「統體之善」與「散殊之善」分割開來，認為「善」不僅是「天之四德」——元、亨、利、貞的體現，也是「君子四德」——仁、義、禮、智的體現。「統體之善」，就具有仁、義、禮、智的道德屬性。而仁、義、禮、智又歸結為「統體之善」。因此，「統體之善，即散殊之善」，「散殊之善，即統體之善」（同上） ，兩者緊密相關。
顧憲成在反駁錢漸庵時，說得更加明白，認為「善是仁、義、禮、智之統體，仁、義、禮、智是善之條件」（《東林書院志》卷四《東林商語》下） 。故他說：
言仁，即性之全體在仁；言義，即性之全體在義；言禮，即性之全體在禮；言智，即性之全體在智，有何剩欠？（同上）
他十分強調作為具體的「散殊之善」（「善之條件」）的仁、義、禮、智可以體現抽象的「統體之善」。
顧憲成之所以強調「統體之善」與「散殊之善」的不可分割，目的在於說明善性並非抽象虛無，而是具有仁、義、禮、智的道德內容的。
顧憲成在和管志道、錢漸庵等人論辯「道性善」與「無善無噁心之體」時，還指出「無善無惡」說的危害性。
首先，它導致人們蔑視道德禮教而放誕不軌。
顧憲成認為「無善無惡」說，是提倡佛、老空無論。「空則一切解脫，無復掛礙」，其後果必然導致人們蔑視一切封建道德，引導人們放棄道德修養而放誕不軌：
以為心之本體原來是無善無惡也，合下便成一個空。……空則一切解脫，無復掛礙。高明者入而悅之，且從而為之辭曰：理障之害甚於慾障。於是乎委有如所云：以仁義為桎梏，以禮法為土苴，以日用為塵緣，以操持為把捉，以隨事省察為逐境，以訟悔遷改為輪迴，以下學上達為落階級，以砥節礪行、獨立不懼為意氣用事者矣。（《證性篇·罪言》上）
其次，它取消判斷是非善惡的道德標準。
顧憲成指出，由於「無善無惡」說所宣揚的是「可是可非之間」，取消了判斷是非善惡的道德標準，就必然導致人們採取「混則一切含糊，無復揀擇」的處世態度：
以為無善無惡只是心之不著於有也，究竟且成一個混。……混則一切含糊，無復揀擇。圓融者便而趨之，且從而為之辭曰：行於非道乃成至道。於是乎委有如所云：以任情為率性，以隨俗襲非為中庸，以閹然媚世為萬物一體，以枉尋直尺為舍其身濟天下，以依違遷就為無可無不可，以猖狂無忌為不好名，以臨難苟免為聖人無死地，以頑鈍無恥為不動心者矣。（同上）
他描繪了這種「一切含糊、無復揀擇」的處世態度，痛斥了導致取消判斷是非善惡的道德標準所造成之危害。
顧憲成把上述「無善無惡」說所造成的危害，歸結為「空」「混」二字。「本病只是一個『空』字。末病只是一個『混』字」（《還經錄》） 。並進而指出這種「無善無惡」的「空」「混」之論，勢必導致「空則並以善為惡，混則遂以惡為善」（同上） 的是非顛倒。而且指出這種「空」「混」之論的迷惑力很大，「上之可以影附君子之大道」，「下之可以曲投小人之私心」（同上） ，其危害之深，甚至已達到「孔、孟復作，其奈之何哉」的程度。所以，顧憲成視「無善無惡」說是「以學術殺天下」（《證性編·罪言》上） 的嚴重禍害。
管志道等人所宣傳的「無善無惡」說，既然導致人們蔑視封建道德，引導人們放棄道德修養而自由放任；那麼，它在客觀上是否具有衝擊封建網羅的進步作用？這需要做具體分析，不能一概而論。因為像管志道這批王學末流，與封建的「異端」學者李贄強烈反抗封建正統思想的作為不同。他們宣揚「無善無惡」說的目的，主要在於提倡佛、道的空無之論，主張儒、釋、道合流。這些與顧憲成為首的東林學派一貫提倡的「家事、國事、天下事，事事關心」的學風是不相容的。
顧憲成之弟顧允成也指出：
邇來反覆體勘世道，人心愈趨愈下，只被「無善無惡」四字作祟。君子有所淬勵，卻以「無」字埋藏；小人有所貪求，卻以「無」字出脫。（《小辨齋偶存》卷六《與鄒大澤銓部》）
顧允成所說的「君子」，一般是指關心國事、同情百姓、對朝廷腐敗之事直言敢諫的官吏和文人學士。「小人」，主要是指一批熱衷利祿、貪戀權勢的官僚和追隨魏忠賢「閹黨」的閣臣和爪牙。「小人」結黨營私、欺壓百姓、貪贓枉法，而「無善無惡」說，實際是為他們這幫人做了護身符。應該說，這樣揭露管志道等人鼓吹「無善無惡」說的實質，是頗為深刻的。
第五節 闢佛論
顧憲成對佛教進行了批駁。嚴瑴在《東林或問》中，就明確指出「顧（憲成）、高（攀龍）諸先生嚴心學、性學之辨」，又「力排佛學之非」（《東林書院志》卷十七） 。
顧憲成首先批評王守仁「四句教」「無善無惡是心之體」句的根據，是來自佛教禪宗。他說：
提宗亦曰：「無善無噁心之體」。居然與宗門之旨不異矣。侈談元虛，而學者競崇懸解。（《證性編·質疑》上）
或問佛氏大意。曰：三藏十二部五千四百八十卷，一言以蔽之曰「無善無惡」。試閱七佛偈便自可見。（《小心齋札記》卷十）
查閱禪宗《壇經》，確有這方面的思想內容。其說認為，從宇宙本體到人的精神世界皆空無。既無方圓大小，亦無任何善惡是非。因此，像管志道、錢漸庵等一些宗禪傾向的學者，均企圖依據禪宗的「無善無惡」謂之「空」「無」的理論，來說明儒家經典中所云「喜怒哀樂之未發」和「上天之載、無聲無臭」，從而否定「道性善」，而顧憲成則依據程朱理學的觀點予以批駁，認為「喜怒哀樂之未發」，只是指「性」（理）而言，並非佛教所謂的「虛空」。「上天之載、無聲無臭」，正是指「無極而太極」是「無形而有理」（《朱子語類》卷九十四） ，也並非佛教所言的「虛空」。他說：「無聲無臭，吾儒之所謂空也。無善無惡，（佛、老）二氏之所謂空也。名似而實遠矣」（《小心齋札記》卷四） 。所以，顧憲成指斥他們「不必借彼之所謂空，證我之所謂空也」（《東林書院志》卷四《東林商語》下） ，「以『無聲無臭』，伸『無善無惡』矣」（《小心齋札記》卷十四） 。從而進一步論述「道性善」的實「有」，批駁佛教崇「無」的宗旨。他說：
「無聲無臭」，儒宗也。「無善無惡」，釋宗也。（同上）
以性善為宗，上之則羲、堯、周、孔諸聖之所自出，下之周、程諸儒之所自出也。以「無善無惡」為宗，上之則曇、聃二氏之所自出，下之則無忌憚之中庸，無非刺之鄉愿之所自出也，不可不察也！（《東林會約》）
夫善者，指吾性之所本有而名之也；惡者指吾性之本無而名之也。……性以善為體，猶眼以明為體。此體萬象咸備曰實，此體纖塵不著曰空，所謂一物而兩名者也。厭有崇無，妄生分別，總為性體之障耳。（《東林書院志》卷四《東林商語》下）
釋氏要混沌天地，滅絕萬物，所以欲斬斷此「善」字。（《還經錄》）
顧憲成對王守仁所謂儒、釋、道的「一廳三間之喻」的「三教合一」論，進行了批評。他說：
一廳，言同也，儼然以範圍三教為己任。曰三間，言異也，又以自托於吾聖人。同而異，天下又孰能議其混異而同？……仙家說到虛，聖人豈能虛上加得一毫實。釋家說到無，聖人豈得無上加得一毫有。是以吾之性命與二氏混也，不可言也！（同上）
他認為，這種所謂儒、釋、道的「一廳三間之喻」，是一種「陽離陰合」的論調，為後來王學末流提供了由儒入禪的理論根據。所以，顧憲成批評王守仁是「為異端而攻吾儒，此何心哉！」（同上）
顧憲成闢佛，十分讚賞唐代韓愈《原道》篇的觀點。他說：
予始讀韓昌黎《原道》，以為粗之乎其闢佛者，年來體驗，乃知其妙。……《原道》之作，似乎平平無奇，而上下二千年間，闢佛家竟未尚之者也。（《小心齋札記》卷八）
他繼承了韓愈從儒家傳統的倫理觀入手去批駁佛學的主張，認為只有從倫理觀去批駁，才能使對方「無辭以解」（同上） ，使佛學的心性之說，「不攻自破」（同上） 。可見，以道德學說代替一切，摒棄在理論上的研究，這是顧憲成思想的特色。他對佛學也是採取這種方法的，以儒家的正統觀念代替了對佛學的客觀研究。
第六節 知行觀與修養論
顧憲成認為，「無善無惡」說沿襲佛教禪宗的空虛幻滅理論，在知行觀與倫理觀上，則具有「不說工夫」、取消封建道德修養的傾向。他針對這種弊病，極力反對「不學不慮」「不思不勉」的「見成良知」說，提倡「躬行」「重修」的修養功夫。
一、反對「不說工夫」，提倡本體功夫「合一」
顧憲成一貫提倡本體與功夫的「合一」（《證性編·罪言》上） 。他說：「道性善，是說本體。稱堯、舜，是說工夫」（《經正堂商語》） 。「稱堯、舜」之目的何在？「揭示標準，鼓舞嚮往，在此。激發秉彝，振起積習，在此。策懦為強，破昏為明，喚醒一時之醉夢，豁開萬世之心眼」（《小心齋札記》卷二） 。他激勵人們，要以堯、舜為學習的榜樣，努力於仁、義、禮、智等封建道德的踐履。他強調說：「性，天道也。學，人道也」（同上卷十三） 。這裡所說的「性」，即指本體；「學」即指功夫，兩者是合一的。認識本體，才明了用功所達之目標；實下功夫，本體才能得以實現。所以，顧憲成在《東林書院院規》中就定有一條專談「立志」，要求君子立志做「聖賢」，否則「浮生浪死，虛擔一個人名而已。」他贊同羅洪先對「終日談本體，不說工夫，才拈工夫，便以為外道」的非議（同上卷一） 。
首先，顧憲成反對「不學不慮」的「見成良知」說，指出「不學而能良能」「不慮而知良知」的所謂「良知良能」，本身就「自相矛盾」（同上卷五） ，也違反孔子的「學而不思則罔，思而不學則殆」的教導。他贊同羅洪先的「世間那有見成良知」的說法（同上卷十一） ，認為「良知不是見成的」（同上） 。這種「不學而能」「不慮而知」的「見成良知」說，是「自欺欺人」「自誤誤人」之談。他說：
良知不虛而知，不學而能，本自見成，何用費纖毫氣力。這等大話，豈不自誤誤人，其為天下禍甚矣！（同上）
顧憲成既而否定世上有「見成聖人」。他說「世間那有見成良知，猶言世間那有見成聖人」（同上） 。
顧憲成對孟子「不學不慮」的「良能良知」說採取否定態度，重新做了解說：
孟子以不學而能為良能。吾以為學而能亦良能也。何也？能之入處異，而能之究竟處同，非學不學之所得而歧也。
孟子以不慮而知為良知。吾以為慮而知亦良知也。何也？知之入處異，而知之究竟處同，非慮不慮之所得而歧也。（同上卷六）
顧憲成的這段十分精彩的論述，強調了以下三點：第一，正由於「不能」「不知」，而促使人去「學」、去「慮」；第二，一反孟子「不學不慮」的「良能良知」的本意，做出了自己新的解說，即「吾以為不能而學亦良能也」，「吾以為不知而學亦良知也」；第三，區別了「學」和「慮」與「不學」和「不慮」的分歧。而這三點歸結為一點，就是強調後天的「學」和「慮」。他不贊成孟子所謂的「不學而能為良能」「不慮而知為良知」的「良能良知」說，從而使自孟子到陸、王的「良知良能」的認識論得到了修正。
與此同時，顧憲成還批駁了以「不知為知」的「世間通病」（《東林書院志》卷四《東林商語》下） 。他對「知」做這樣的解釋：
所謂知之雲者，非可憑空胡亂杜撰，非可臨時造次主張，須是我這裡光光淨淨，一切呈出本相，沒些子遮蓋在那知不知處，乃所謂知之耳。（同上）
認為真知既不是任憑胡亂編造，也不是個人的主觀偏見。因此，他比較重視聞見之知，反對以「不知為知」和「生而知之」的論調。他說：「不知而作，正犯了不知為知之的病。多聞而擇，多見而識，亦須是不知而作的藥」（同上） 。他還舉出孔子所謂「『我非生而知之者，好古敏以求之者也』，『吾嘗終日不食終夜不寢以思，無益，不如學也。』」的言論，來批駁「生而知之」的論調，認為孔子的「入太廟，每事問」，是啟發那些以「不知為知」者的一劑良藥。他說：
這話頭極易簡，又極精密；極直截，又極周致。極能開發人，又極能磨練人。展轉玩繹，真是意味無窮耳！（同上）
顧憲成反對「不學不慮」的「良能良知」說和「生而知之」說，說明他的認識論具有唯物主義的思想因素。在王學還頗風行之際，他能這樣做，是要有一點勇氣的。
其次，顧憲成反對「不思而得」「不勉而中」之說，指出：
聖人不思而得矣，未嘗不思而得概天下也；不勉而中矣，未嘗不勉而中概天下也。是故曰：擇善固執，曰：博學、審問、慎思、明辨、篤行，曰：人一己百，人十己千。……是故曰：發憤忘食，曰：好古敏求，曰：不如丘之好學。而今開口便說個不思不勉，何言之易也！（《小心齋札記》卷二）
所謂「不思而得，不勉而中」，原出於《中庸》：「誠者，不勉而中，不思而得，從容中道，聖人也」（第十九章） 。朱熹註：「誠者，真實無妄之謂，天理之本然也。……聖人之德，渾然天理，真實無妄，不待思勉，而從容中道。」可見，顧憲成對「不思不勉」的解說，卻是一反《中庸》和朱注，大膽否定有「不思而得」「不勉而中」的「聖人」，認為要獲得對具體事物的認識，「不思不勉」是不行的，而是要靠自己百倍乃至千倍的努力，要有「發憤忘食」「好古敏求」的好學精神，以及經過「博學、審問、慎思、明辨、篤行」的知行階段，才能有所「得」、才能措置適中。這與他號召君子要立志做「聖賢」，學者第一要「發憤」的意思是一致的。要做「聖賢」，得通過自我努力才行；而「不思不勉」是永遠也做不了聖人的。這就打破了聖人是「生而知之」的傳統觀點。這種知行觀有積極意義。
顧憲成還抨擊了陳獻章（白沙）的「以自然為宗」的學說。他指出，「近世儒者皆宗之，而不思不勉之說盈天下」（同上卷十三） ，這是禍害。他認為所謂「自然」，就是「天理」（同上） 。這就有個體認「天理」和「行乎天理」的封建道德踐履問題。他從體認天理和「行乎天理」的觀點出發，提倡探求天理和踐履封建道德。
第三，顧憲成反對「不須防檢、不須窮索」之說，認為奢談本體，而不下功夫去「窮索」和踐履，是不行的。當時這種空談本體而不重功夫的風氣是十分嚴重的。他說：
愚謂近世儒者，莫不以明道（程顥）《識仁說》為第一義。徐而察之，大率要灑脫、要自在、要享用。有以工夫言者，輒曰：「不須防檢，不須窮索，未嘗致纖毫之力，此其存之之道」。恐明道復生，亦當攢眉也。（同上卷一）
這種忽視「工夫」的狀況，高攀龍也曾指出：「世之所謂本體，高者只一段光景，次者一副意見，下者只一場議論而已」（《東林書院志》卷七《顧涇陽行狀》） 。至於如何體認「天理」和道德踐履卻是空無下文。因此，他不滿這種空談本體而不言功夫的現象，反對「不須防檢、不須窮索」之說，提倡「真窮索」，「真防檢」。他所謂的「真窮索」，即是對「天理」，要有「仰之彌高，鑽之彌堅，瞻之在前，忽焉在後」的精神。他所謂的「真防檢」，即是對道德的踐履，要真正做到「非禮勿視、非禮勿聽、非禮勿言、非禮勿動」。他認為，只有將本體與功夫相結合，才能真正將封建倫理道德（仁、義、禮、智）付諸踐履。從這裡，我們可以多少窺出顧憲成的知行觀和道德修養論是互相結合的，知是知這封建倫理，行是行這封建倫理，不復別有所謂道德修養。
二、「躬行」「講習」的知行觀
顧憲成懲於當時「空言之弊」（《涇皋藏稿》卷十《尚行精舍記》） ，十分贊同鄒元標「躬行立教」（同上） 的主張，認為這是「今日對病之藥」（同上卷五《簡鄒孚如吏部》） 。他對鄒元標在故里新置一書舍，題名「尚行」的舉止，大為讚賞，特為撰寫《尚行精舍記》以頌之，說「鄒子之勇」，「當拜下風矣！」
顧憲成提倡「講習」（《東林書院志》卷三《麗澤衍》） ，認為「學問」是個重大的事，「須用大家幫扶，方可得手」（同上） 。他主張志同道合的朋友聚集一起，「並膽同心，細細參求，細細理會。未知的要與剖明，已知的要與印證。未能的要與體驗，已能的要與堅持。如此而講，如此而習。講以講乎習之事，習以習乎講之理。……兩下交發，緝熙庚續，循環無間」（同上） 。這樣必能「礙者通，混者析，故者新，相推相引，不覺日進而高明矣」（同上） 。他指出過去講學的缺陷，在於「所講非所行，所行非所講」（《東林會約》） ，也就是「講」與「習」之間脫節。他所謂的「講」，就是「研究討論工夫」，屬知；所謂的「習」，就是「持循佩服工夫」，屬行。「講」和「習」的一致，就是「知」和「行」的一致。他反對知行不一的「空言之弊」。
「講」「習」結合，要「破二惑」。所謂「二惑」，一則曰：「講學迂闊而不切，又高遠而難從」；一則曰：「講之而所行則非」（《東林會約》） 。這是當時封建當權者用來禁止自由講學的藉口。顧憲成嚴正駁斥這種藉口。他說：
學者學此者也，講者講此者也。凡皆日用常行、須臾不可離之事，何雲迂闊？又皆愚夫愚婦之所共知共能也，何雲高遠？此其不當惑者也。（同上）
至於對「講」與「行」的關係，他指出：「病在所講非所行，所行非所講耳」（同上） 。士之講學與農之耕地一樣，不能由於禾苗的乾枯而歸罪於耕，乃至「以耕為諱」；不能由於某某士人之「毀行」而歸罪於講學，乃至「以講學為諱」。
顧憲成通過這類朋友聚集一起的「講習」結合的講學活動，看到了「群」的作用。他說：
自古未有關閉門戶獨自做成的聖賢，自古聖賢未有離群絕類、孤立無與的學問。……群一鄉之善士講習，即一鄉之善皆收而為吾之善，而精神充滿乎一鄉矣；群一國之善士講習，即一國之善皆收而為吾之善，而精神充滿乎一國矣；群天下之善士講習，即天下之善皆收而為吾之善，而精神充滿乎天下矣。（《東林書院志》卷三《麗澤衍》）
顧憲成的這段議論，是他為東林書院成立第二年（萬曆三十三年，公元1605年）九月的全體集會而寫的。他在這次全體集會上對「群」的作用如此稱道，實際是對集會結社活動的謳歌讚美，也是東林學派人士要求講學自由和結社自由的呼籲。
三、「重修」的道德修養論
顧憲成為何持「重修」的道德修養論？他認為「悟」是由「修」而入，沒有漸修階段，最終也達不到「悟」的境界。他把「修」與「悟」，比作是「下學」和「上達」的關係，認為「舍下學而言上達，無有是處」（《涇皋藏稿》卷十一《虎林書院記》） 。
他還認為「悟」並非憑空而悟，而是與「行」（人們的道德踐履）相結合、相終始的。他說：「悟於何始？因行而始。悟於何終？因行而終」（同上卷十《尚行精舍記》） 。說明顧憲成是重視平時道德的踐履，反對不修而悟的「頓悟」說的。
顧憲成提出「重修」，有其針對性。他企圖以「重修」來「救正」王學末流重「悟」「不修」之弊。他說：
竊見邇時論學率以悟為宗，吾不得非之也。徐而察之，往往有如所謂以親、義、序、別、信為土苴，以學、問、思、辨、行為桎梏，一切藐而不事者，則又不得而是之也。識者憂其然，思為救正，諄諄揭修之一路指點之，良苦心矣。（《東林會約》）
他認為造成這種「以親義序別信為土苴，以學問思辨行為桎梏」的放蕩不羈之弊的，始於「無善無惡」為性之說，而致病之根源，則在提倡「悟」。其弟顧允成認為「『正心誠意』四字不著，則『無善無惡』四字不息。『無善無惡』四字不息，則修、齊、治、平未易幾也」（《小辨齋偶存》卷二） 。他們認為，與其失於王守仁的「盪」，毋寧失於朱熹的「拘」，故重「修」而不重「悟」。
顧憲成的修養方法，基本上是繼承程、朱的。他除了強調要「躬行」外，還主張「居敬窮理」。關於窮理，他認為「必從性入」（《小心齋札記》卷八） 。從「性」入手，就是他所說的「道性善」，就是落實到「識仁」，因為「仁」是「四德」之首，又是包括仁、義、禮、智一切封建道德的總原則。「識仁」就是體驗「天理」。他很贊同程顥所提出的「須先識仁」的主張：
程伯子曰：「學者須先識仁，識得此理，以誠敬存之而已。」又曰：「學者識得仁體實有諸己，只要義理栽培，如求經義，皆栽培之意。」愚謂以誠敬存之，是收攝保住工夫，以義理栽培是維持助發工夫，說得十分精密。（同上卷一）
顧憲成所謂「以誠敬存之，是收攝保住工夫」，就是朱熹所謂「居敬」，是對封建道德的「執持工夫」。顧憲成一再強調「小心」二字。所謂「語本體，只是『性善』二字。語工夫，只是『小心』二字」（同上卷十八） ，認為「小心是個敬」（同上卷十二） 。關於「敬」的解釋，顧憲成與朱熹基本相同，認為「敬」並非像佛家的坐禪和道教的「清靜」那樣，「塊然兀坐，耳無所聞，目無所見，心無所思」（《朱文公文集》卷二） 。「敬」只是「有所畏謹，不敢放縱。身心收斂，如有所畏」（同上） 。顧憲成之所以提出「小心」二字，也正是針對某些王學末流的放蕩不拘，無復忌憚而開的藥方。他說：
世儒放膽多矣，提出這「小心」二字，正對病之藥。曰這是百草中一粒靈丹，不論有病無病都少他不得。而今須要實實調服，莫只把來做個好方子，隨口說過，隨手抄過，卻將自家放在一邊也。（《小心齋札記》卷十二）
顧憲成提出的「以義理栽培是維持助發工夫」，是指讀書尊經以窮理。這方面，他也繼承了朱熹的觀點，認為古來聖賢之書是用來解說義理之精微的，因為讀書尊經乃是窮理的手段。顧憲成之所以提倡讀書尊經，用意還是針對王學「求諸心而得」（《涇皋藏稿》卷二《與李見羅先生書》） 的觀點而發的。他說：
學者試能讀一字，便體一字；讀一句，便體一句。心與之神明，身與之印證，日就月將，循循不已。……至乃枵腹高心，目空千古。一則曰何必讀書，然後為學？一則曰六經注我，我注六經。即孔子大聖，一腔苦心，程、朱大儒，窮年畢力，都付諸東流已耳。然則承學將安所持循乎？異端曲說，紛紛藉藉，將安所折衷乎？（《東林會約》）
又說：
憑恃聰明，輕侮先聖，註腳六經，高談闊論，無復忌憚，不亦誤乎！（《涇皋藏稿》卷二《與李見羅先生書》）
他認為王學任心太過，目空千古，容易失誤，故提出要「質諸先覺、考諸古訓」（同上） ，即必須尊經（《東林會約》） 。
顧憲成生活的時代，正是明王朝腐朽沒落、「天崩地陷」（高攀龍《顧季時行狀》） 的時代。顧憲成、高攀龍等在被罷黜返歸故里後，仍關心國事，重建東林書院並創立東林學派。他們的理想是要通過講學，喚起人心，治國平天下。他們的座右銘是「風聲、雨聲、讀書聲，聲聲入耳；家事、國事、天下事，事事關心。」於是，在距今四百一十年前的太湖之濱，東林書院成了正直之士的活動中心。他們在「講習之餘，往往諷議朝政，裁量人物。」一批身在中央和地方任職的正直官吏如趙南星、鄒元標、馮從吾、李三才等，與之遙相應和。於是，作為一個學術團體的東林學派，逐漸擴大而形成一個政治派別，封建保守勢力乃稱之為「東林黨」。
顧憲成、高攀龍為首的東林學派，代表了地主階級的開明派和商人、市民的利益。他們在和封建腐朽勢力的集中代表——閹黨及其爪牙專權亂政的鬥爭中，主張革新朝政，反對礦監稅使的橫徵暴斂，要求惠商恤民、減輕賦稅，重視工商業的發展。
與顧憲成的社會政治經濟思想相關聯，他的理學思想是以能否治世作為評價理學思想或其他學說的邪正是非的標準。儘管顧憲成對「無善無惡」說的論辯和批駁，是從儒家正宗立場出發來反對王學末流的佛、老「空」「無」思想，其理論深度和理論分析不足，但是他強調治世，反對出世，表露出對講學自由和結社自由的要求，甚至發出「外人所是，廟堂必以為非；外人所非，廟堂必以為是」和「天下之是非，自當聽之天下」（《以俟錄·序言》） 的呼聲。這些思想的進步因素，對明清之際早期啟蒙思潮的興起，產生了積極的影響。它反映了處在資本主義生產關係萌芽時期，新思想開始萌發。因此，在某種程度上，顧憲成、高攀龍等東林學派人士也可說是早期啟蒙思潮興起的先驅人物。但顧憲成的哲學思想，仍然不能擺脫程朱理學的束縛。