西方的智慧 · 第六章 經院哲學
隨著羅馬中央集權的衰落，西羅馬帝國陷入了一個野蠻時期。在這一時期，歐洲出現了普遍的文化沉淪。所謂的「黑暗時代」，大概是指公元600年到1000年。當然，任何把歷史劃分成若干個整齊區段的做法都是很勉強的，我們不要指望從這種劃分中有多少收穫，它最多只能提示一下該時期的某些綜合特徵。所以，我們絕不要以為，公元7世紀剛一來臨，歐洲就突然一片漆黑，直到四個世紀後，它才重新浮現出來。
首先，古典傳統依然在某種程度上存在著，儘管它們的持續性影響不夠穩定，而且受到了限制。在修道院，尤其是在愛爾蘭這樣的偏僻角落，一些學問得到了鼓勵和扶植。但是，稱這些世紀為「黑暗時代」也沒有什麼不妥，尤其是與它們之前和之後的時代相比較的時候。同時，我們必須牢記，用同等的標準來看，東羅馬帝國並沒有遭遇如此普遍的衰敗。拜占廷仍然保持著帝國的控制力，並由此使得學問更加世俗化。而西方要達到這一步則需要花費許多個世紀的時間。同樣，當西方文化日漸衰弱時，年輕而充滿活力的伊斯蘭文明（包括印度、中東、北非和西班牙大部分地區）卻達到了最偉大的巔峰。在更遠的中國，唐朝開創了其文明史上最重要的文學紀元。
要理解為什麼哲學會與教會如此緊密地結合在一起，我們必須描繪出這一時期教皇統治與世俗勢力發展的主要脈絡。教皇們之所以能在西方鞏固其主導地位，主要是因為羅馬皇權消失後留下了政治上的真空。而東方（東羅馬帝國）的大主教們除了更多地為皇權所限制以外，他們對羅馬主教們的傲慢也從未有過好感，最終，他們的東正教教會與羅馬分道揚鑣了。而且，在入侵部族的野蠻影響下，西方的識字水平大為降低，而在羅馬時代，識字卻在整個帝國都得到了普及。那些保留了殘存學問的教士們，逐漸形成了一個會讀寫的特權集團。當幾個世紀的衝突結束後，歐洲進入了較為穩定的時期，正是這些教士創辦了各種學校。在文藝復興之前，經院哲學一直都是至高無上的。
在七八世紀的西歐，教皇統治夾在拜占廷皇帝與蠻族君主兩個敵對勢力中間，在一條危險的航道上行進。從某個角度看，與希臘交往總比依附蠻族更可取，至少皇帝的權威建立在正當法律基礎之上，而征服部族的統治者靠的是武力奪權。另外，東羅馬帝國保持著羅馬鼎盛時代的文明尺度，因而也就保持這某種活躍的世界觀，這種世界觀與蠻族的狹隘民族主義是截然不同的。況且，哥特人和倫巴底人在不久前都信奉阿利烏斯教，而拜占廷至少還有點正統因素，儘管它不肯屈服於羅馬的教會勢力。
但是，東羅馬帝國的實力已經不足以在西方維持其權威了。公元739年，倫巴底人企圖攻占羅馬，但未能得逞。為了與倫巴底人的威脅抗衡，教皇格里高利三世試圖謀求法蘭克人的幫助。當時，克洛維斯的繼承人，墨洛溫王朝的君主們在法蘭克王國已經喪失了全部實權，真正的統治者是大總監。8世紀初擔任這一官職的是查理·馬特爾，他在公元732年的圖爾戰役中阻止了伊斯蘭教的擴張。查理和格里高利都死於公元741年，他們的繼承人丕平和教皇史蒂芬三世達成了一項協議：大總監要教皇正式承認其國王身份，以便取代墨洛溫王朝；作為回報，丕平將公元751年倫巴底人曾占領過的拉溫那鎮以及東羅馬帝國總督管轄的其他領地送給了教皇。這就導致了他與拜占廷的決裂。
沒有了中央政權的約束，教皇在自己的領域裡就比東正教更有勢力。當然，拉溫那的贈與絕不是一樁合法交易。為了使這一交易貌似合法，教士們偽造了一份文件，這就是有名的「君士坦丁饋贈」。該文件自稱是君士坦丁的一份政令，根據這一政令，原屬西羅馬帝國的全部領土都將移交給羅馬教皇。通過這種伎倆，教皇建立了自己的世俗權力，並且在整個中世紀都得以維持。直到15世紀前，這樁文件偽造案都沒有被揭露。
倫巴底人試圖抵抗法蘭克的武力干涉，公元774年，丕平的兒子查理曼翻越阿爾卑斯山，給了倫巴底軍隊致命一擊。查理曼奪取了倫巴底國王的頭銜向羅馬挺進。在羅馬，他兌現了其父公元754年的許諾。教廷對他表示支持，他則為基督教在薩克遜疆域內的傳播不遺餘力，儘管他改變異教徒的信仰不是靠說服，而是武力。在東部邊界，他征服了大部分日耳曼領土，但在南部的西班牙，他試圖逼退阿拉伯人，卻不大成功。公元778年，他的後衛部隊戰敗了，著名的羅蘭傳奇就因此而產生。
查理曼的目標並不僅僅是鞏固邊疆，他自視為西羅馬帝國的合法繼承人。公元800年聖誕節，教皇在羅馬為他舉行了皇帝加冕儀式，這標誌著日耳曼民族的神聖羅馬帝國開始了。與拜占廷的決裂起初是由丕平的饋贈引起的，但最終完成卻是因為西羅馬產生了一位新皇帝。查理曼為自己的做法所找的理由是站不住腳的，因為當時伊琳女皇還占據著拜占廷的寶座。查理曼辯解說，這是不符合皇室慣例的，因而王位仍然空著。而他認為自己獲得教皇的加冕後，可以作為凱撒的合法繼承人行使權力。同時，教廷也通過這事件與帝國勢力聯合了起來。儘管後來一些獨斷的皇帝為了達到自己的目的而廢黜或擁立教皇，但他們仍然需要得到教皇的加冕來確認其皇帝身份。這樣一來，世俗勢力與宗教勢力便誰也離不開誰了。當然，分歧是不可避免的，教皇和皇帝為了各自的目的，一直在進行激烈的「拔河」賽。產生衝突的一個主要原因就是主教的任命問題（下文將詳細介紹）。
到了13世紀，衝突雙方已經沒有妥協的餘地了。在隨後的鬥爭中，教廷占了上風。但是在文藝復興初期，教皇們日益淪喪的道德水準卻使得他們失去了來之不易的優勢。與此同時，民族君主制在英格蘭、法蘭西和西班牙的興起，導致了新的勢力產生，從而破壞了在教會精神領導下的團結局面。帝國搖搖欲墜地維持著，直到拿破崙征服歐洲。教廷則倖存至今，儘管它至高無上的地位已經在宗教改革中不復存在。
查理曼在世的時候，為教皇們提供了深受歡迎的保護；作為回報，教皇們也謹慎地不去干涉他的意願。查理曼本人不怎麼有學問，對宗教也不虔誠，但他並不敵視別人的學問和虔誠。他鼓勵文學的復興，並且向學者們提供庇護和資助，儘管他自己的娛樂缺乏文化色彩。對於純粹的基督徒行為，他認為這對人民是有益的，但絕不應該過度約束宮廷生活。
在查理曼的繼任者統治期間，皇權衰落了，尤其是國土被虔誠的路易的三個兒子瓜分的時候。這些事件所產生的矛盾，最終導致了日耳曼人與法蘭西人的對立。當帝國在世俗衝突中喪失力量時，教廷的實力卻大大增強了，但另一方面，羅馬教廷又必須對主教們實施權威。如前所述，主教們已經在各自的地盤上獲得了不同程度的獨立，尤其是當他們遠離權力中央所在地時。在教皇的任命問題上，教皇尼古拉一世（公元858～公元867年）基本上成功地保住了羅馬的權威。但是所有的問題不僅在世俗力量中，而且在教會的內部仍然是有爭議的。一位聰明、剛毅的主教很可能對教皇毫不退讓，如果後者不怎麼剛毅的話。尼古拉死後，教廷的權力終於衰落了。
公元10世紀，教廷為羅馬當地的貴族所掌握。由於拜占廷、倫巴底和法蘭克軍隊之間的戰爭所造成的多次破壞，羅馬陷入了野蠻、混亂的狀態。在整個西方，由於封建主們無力控制各自為政的諸侯們，這片土地變得動盪不安。無論是羅馬皇帝還是法蘭西國王，都無法有效地約束那些不守法紀的貴族。匈牙利人突襲了義大利北部，而北歐海盜們的恐怖行為卻在整個歐洲的海岸和河岸蔓延。諾曼底人最終在法蘭西得到了一塊狹長的土地，作為回報，他們改信了基督教。來自南部的薩拉森人的威脅從9世紀起就日益加強，直到公元915年東羅馬在那不勒斯附近的嘎里戈里阿諾河擊敗了入侵者，這一威脅才得以解除。然而帝國的力量大弱，已經不可能再像查士丁尼時期那樣試圖去控制西方了。在這種普遍的混亂中，教廷被迫服從於為所欲為的羅馬貴族，不僅喪失了原本在東正教事務中可能存在的殘餘影響，而且當西羅馬帝國的地方主教們再次宣布獨立時，教廷對這些教士的控制能力也在逐漸消失。不過，地方主教們在爭取獨立方面卻並不成功，因為，他們雖然與羅馬教廷的聯繫有所減弱，但是與當地世俗勢力之間的聯繫卻加強了。在此期間，聖·彼得寶座下眾多教士的品質，也無法阻止道德和社會解體的洪流。
11世紀時，民族大變動已經接近尾聲。外來的伊斯蘭教威脅也已得到遏制。從此，西方開始轉守為攻。當希臘文化在西方的大部分地區已經被人們遺忘的時候，卻在愛爾蘭這樣偏僻的角落倖存了下來。總的說來，當西方經歷衰落的時候，愛爾蘭文化卻出現了一派繁榮景象。後來，由於丹麥人的到來，這一小塊文明之地才遭到了破壞。因此當時最有學問的人是一位愛爾蘭人也就不奇怪了。他就是約翰·司各脫·厄里根。
這位9世紀的哲學家是一位新柏拉圖主義者，也是一位希臘語學者，他在觀點上屬於裴拉鳩斯派，而在神學上卻是泛神論的。儘管持有非正統的觀點，但不知為什麼，他竟然沒有受到迫害。當時愛爾蘭文化的活力是由於環境的有趣組合造成的。當高盧開始連續遭到野蠻侵略的時候，大批知識分子紛紛跑到最西部，希望得到保護。然而英格蘭卻沒有那些人的立足之地，因為到處都是盎格魯-薩克遜和朱特人這些異教徒。而愛爾蘭卻提供了安全保障，於是許多避難的學者就到了那裡。我們也必須對英格蘭的「黑暗時代」進行某種不同的評價。在盎格魯-薩克遜入侵時期，曾經出現過一個文化停頓期，但是阿爾弗萊德大王統治時期又出現了復甦。因此，「黑暗時代」的開始與結束都提前了兩百年。九、十世紀丹麥人的入侵，致使英國的發展出現了一次中斷，也使愛爾蘭的發展出現持續性倒退。這時候，學者們又開始沿著來路往回撤。這一時期，羅馬由於相距太遠，也無法控制愛爾蘭的教會事務。主教的權威並不是至高無上的，修道院的學者們時刻都在為教義爭論不休。約翰·司各脫的自由觀點如果在別處還有可能產生，在這裡卻將迅速被糾正。
至於約翰的生平，除了他在法蘭西禿頭查理的宮廷里生活的這段時間，別的我們就不清楚了。他的生卒年似乎是公元800～公元877年，但並不能確定。公元843年，他應邀到法國宮廷主管宮廷學校。在這裡，他陷入了宿命論與自由意志問題的爭論。約翰支持自由意志說，認為一個人自身對德行的努力是有價值的。招人不快的並不是他的裴拉鳩斯主義本身（儘管這也很糟糕），而是他用一種純哲學的方式來處理這一問題。他說，理性和啟示是真理的兩個獨立的源泉，互不重疊和衝突；但是，假如在某個給定的情況下，看起來好像有衝突的話，那麼首先應該相信理性，而不是啟示。事實上，真正的宗教正好也是真正的哲學，反之亦然。呆板的宮廷教士們並不接受這一觀點，約翰關於這些問題的論文也受到了批判。只是靠了他和國王的私交，才免受懲罰。國王查理和這位愛爾蘭學者都死於公元877年。
從經院哲學術語的角度看，約翰在哲學上是一位實在論者。搞清「實在論」這一術語的用法是十分重要的。它最早源於柏拉圖及蘇格拉底對理念論的闡釋。實在論認為共相即萬物，它們先於個體而存在。它的對立面則建立在亞里士多德的概念論基礎之上。這一理論被稱做唯名論，它堅持認為共相僅僅是名稱，個體要先於共相而存在。在整個中世紀，實在論者和唯名論者在共相問題上吵得不可開交。直到今天，科學和數學之中還存在著這個問題。由於經院派的實在論與理念論有關，所以現代人也稱它為唯心主義。我們應該把這一切與它們後來的非經院用法區分開來。在適當時候，我們將對此做出解釋。
（1）上帝是創造者，但不被創造。
（2）理念是創造者，但被上帝創造。
（3）時空被創造，但不是創造者。
（4）作為總體目標的上帝，既不創造，也不被創造。
約翰在他的主要哲學著作《論自然的劃分》中，約翰清晰地展示了他的實在論。他提出了自然的四重劃分法，劃分依據是事物創造或不創造；被創造或未被創造。首先，能夠創造而又不被創造的顯然是上帝。第二，能夠創造而又被創造的是柏拉圖和蘇格拉底意義上的理念，它們創造個體也依附於個體，其本身又為上帝所創造。第三，不能創造，但可以被創造的一類，就是時空中的諸事物。最後是既不創造也不被創造的東西，在這裡，我們轉了一圈又回到了萬物為之奮鬥的終點——上帝。從這個意義上看，上帝與其目標同一，因此不創造。
到此為止，雖然涉及的都是存在事物，但也包括了自然中不存在的事物。首先，在這些非存在事物中，按照新柏拉圖學派的觀點，普通的物理對象就被排斥在可理喻世界之外。同樣，罪惡被視為一種缺陷或淪喪，一種缺乏神性模式的墮落，因此它屬於不存在的範疇。所有這些最終都回到柏拉圖的理論上去了，前面說過，該理論認為善就是知識。
「上帝與其目標同一」的觀點直接導致了非正統的泛神論神學的出現。上帝的本質，無論對於人，還是對於他自己，都是不可知的，因為他不是一個可知的對象。其邏輯上的理由（儘管約翰沒有明說）就是：上帝就是一切。所以，不可能出現既有知者又有所知對象的情形。約翰的「三位一體」理論與普羅提諾的沒有什麼不同。上帝的存在正是通過萬物的存在來顯示的，其智慧體現於萬物的秩序，其生命體現於萬物的運動。這與聖父、聖子和聖靈相一致。至於在理念的範疇，它們則構成了邏各斯，通過聖靈的作用導致或產生不存在獨立物質性的個體，上帝從虛無中創造了萬物，其含義就是這種虛無就是上帝本身，因為他超越一切知識，所以就是虛無。於是約翰藉此來反對亞里士多德允許「個體具有物質性存在」的觀點。另一方面，根據創造和被創造標準做出的前三種劃分，則源自亞里士多德類似的原動和被動劃分標準。第四種劃分則派生於狄奧尼修斯的新柏拉圖學說。狄奧尼修斯這位聖·保羅的雅典弟子，是一篇論文的假定作者，該論文融合了新柏拉圖主義與基督教義。約翰曾從希臘文中翻譯了該著作，他很可能因此而受到了保護，因為憑著與聖·保羅的關係，這位羅馬的假狄奧尼修斯被誤以為是正統人士。
11世紀，歐洲終於進入了新生時代。諾曼底人遏制了來自北方和南方的外來威脅。他們征服英格蘭後，結束了斯堪的納維亞人的侵犯，而他們在西西里的戰爭則使該島徹底擺脫了薩拉森人的統治。修道院改革進展順利，教廷選舉和教會組織的原則也在重新審議。隨著教育狀況的改善，文化水平不僅在教士中間開始提高，而且貴族在一定程度上也是如此。
聖職買賣和禁慾問題是當時困擾教會的兩大難題。從某種意義上說，兩者都和多年發展起來的教士地位有關。由於教士是宗教奇蹟與權力的執行人，他們就逐漸對世俗事務產生了很大的影響。這種影響要發揮其作用，必須要人們在總體上不懷疑這些權力的真實性。在整個中世紀，人們的這種信念始終是真誠和廣泛的。然而權力總是刺激人的欲望。如果沒有強有力的道德傳統加以指導，那些地位優越的人很可能就會營私舞弊，中飽私囊。這樣一來，靠授予教職來換取金錢，就成了那些掌握了這種權力的人斂財和加強勢力的一種手段。這些做法最終腐蝕了教會本身，於是人們又不時地向這種邪惡行為宣戰。而在教士禁慾的問題上，效果卻不那麼明顯。這個問題在道德方面從來沒有得到最終解決。無論是東正教還是西方後來改良後的宗教，都從未認為禁慾在道德上有多少價值。另外，伊斯蘭教甚至對禁慾問題大加抨擊。但同時，從政治角度出發，當時的種種變革並不是所有的根據都那麼合理。如果教士結了婚，特別是當其中還有保留財產的經濟動機時，他們就有可能發展為一個世襲的階層。另外，教士應該與其他人有所區別，禁慾就宣揚了這種區別。
修道院改革的中心是創建於公元910年的克律尼修道院，一項新的組織原則就是在這裡首次得到了實施。修道院只直接對教皇負責，院長又對克律尼所屬的機構行使權力。新體制致力於防止走向奢靡和禁慾兩個極端。緊隨其後的其他改革者建起了新的修士會：卡瑪勒多茲修士會創建於1012年，卡爾圖斯修士會創建於1084年，而奉行本篤教規的西多修士會則建於1098年。
對於教廷本身，改革主要是皇帝與教皇爭奪最高權力的結果。為了改革教廷，格里高利六世從前任本篤九世手中買下了教皇職位。然而皇帝亨利三世（1039～1056）雖然也是一位年輕而充滿幹勁的改革者，卻不贊成這一交易，不管格里高利的動機有多麼值得稱道。1046年，22歲的亨利突然來到羅馬，廢黜了格里高利。從此，亨利在任命歷屆教皇時始終非常小心謹慎，如果他們有負期望，就會被免職。在亨利四世（1056～1106年在位）年幼的時候，教廷再次恢復了某種程度的獨立。教皇尼古拉二世通過了一項教令，讓紅衣主教掌握教廷的實際選舉權，而將皇帝排斥出局。同時，尼古拉也加強了對大主教的控制。1059年，他派彼得·達米安（一位卡瑪勒多茲學者）前往米蘭，以示教廷的權威，並支持當地的改革運動。達米安提出了一種有趣的學說，即上帝不受矛盾律的約束，並且能夠做到「從頭再來」。這個觀點後來遭到了阿奎那的抵制。達米安認為哲學是神學的婢女，他還反對辯證法，認為上帝應該能夠推翻矛盾律，其中的暗示就帶來了萬能概念上的麻煩。例如，如果說上帝是萬能的，他就不能造出一塊連自己也搬不動的石頭；但他又應該能，如果他真是萬能的話。因此，他似乎既能，又不能。「萬能」最後成了一個不可能的概念，除非人們放棄矛盾律。但放棄矛盾律又會使論證無法進行下去。正是由於這個原因，達米安的理論才必然遭到了反對。
尼古拉二世繼承人的選舉問題，加劇了教皇與皇帝之間的衝突，形勢變得對紅衣主教有利起來。1073年，希爾得布蘭得被選為新教皇，稱格里高利七世。他在任職期間，與皇帝在授職問題上發生了嚴重的衝突，這個問題後來持續了幾百年之久。把戒指和權杖（職位的象徵）授與一位新主教，歷來都是由世俗統治者來做的，為了鞏固教廷權威，格里高利掌握了這項權力。1075年，當皇帝任命一位新的米蘭大主教時，矛盾到了白熱化的地步。教皇威脅說要將皇帝廢黜並開除其教籍，皇帝則宣稱自己擁有最高權力，並決定廢黜教皇。作為報復，格里高利宣布皇帝和主教已被廢黜，並開除了他們的教籍。起初是教皇占了上風，1077年，亨利四世來到卡諾薩以苦行贖罪，但是，這只是他走的一步政治棋。雖然他的教皇已經選出了一個取代他的對手，但亨利及時地戰勝了他的反對派，當1080年格里高利最終宣布支持魯道夫稱帝時，為時已晚了。1084年，亨利帶著自己挑選的一個偽教皇進入羅馬，並舉行了加冕大典。格里高利雖然在西西里諾曼底人的幫助下，迫使亨利及其偽教皇倉皇逃離，但他自己也成了其保護者的階下囚，並於次年死去。
儘管格里高利自己未能成功，但他的策略在後來還是有效的。不久，坎特伯雷大主教安瑟倫（1093～1109）等人和格里高利一樣，也和世俗權威發生了爭執。安瑟倫因發明了有關上帝存在的本體論，而在哲學史上占有重要地位。作為思維最大的可能對象，上帝不可能不存在，否則他就不會是最大的思維對象。實際上，這裡的錯誤在於「存在是一種品質（屬性）」的觀點。但許多哲學家卻從此抓住這一爭論不放。
當西方世界被皈依了基督教的蠻族蹂躪的時候，東羅馬帝國逐漸遭到了伊斯蘭教徒的踐踏。儘管伊斯蘭教徒並沒有決意改變被征服民族的宗教信仰，但他們卻允許對那些加入了伊斯蘭教的人免徵貢稅。這個優惠政策也讓絕大多數人從中獲益。穆罕默德的紀元要從海格拉算起，公元622年，他從麥加逃到麥地那。
公元632年他去世後，阿拉伯人的擴張在短短一個世紀裡就改變了世界。敘利亞、埃及、印度、迦太基、西班牙，分別於公元634～公元636年、公元642年、公元664年、公元697年、公元711～公元712年陷落。公元732年的圖爾戰役使局勢發生了逆轉，阿拉伯人退到了西班牙。君士坦丁堡於公元669年和公元716～公元717年兩次被圍。拜占廷帝國在日益縮水的領土上維持著，直到1453年奧斯曼帝國的土耳其人攻占了該城。帝國在這一時期的普遍衰竭，助長了穆斯林活力的爆發。
另外在許多地方，入侵者還從當地的衝突中找到了可乘之機。尤其是敘利亞和埃及，由於不屬於正統而備受磨難。
從某個角度看，先知穆罕默德所宣稱的新宗教是對《舊約》中嚴格的一神論的回歸。他摒棄了《新約》中添加的神秘內容，和猶太人一樣禁止供奉偶像，所不同的是，他還禁止飲酒。後面這條禁令究竟保持了多大的有效性是值得懷疑的，而前一條則與奈斯脫流斯教徒反對崇拜聖像的態度一致。侵略擴張幾乎成了一種宗教職責，儘管《聖經》里的人民不應該受到傷害。禁令也影響了基督教徒、猶太教徒和拜火教徒，他們各自遵守著自己神聖經文裡的教義。
一開始，阿拉伯人並沒有制定系統的征服計劃。他們生活在乾旱貧瘠的土地上，習慣了越境擄掠。但由於沒有遇到強有力的抵抗，襲擊者就成了征服者。在很多情況下，這些新主人並沒有觸及和改變原有的管理模式。阿拉伯帝國的統治者是哈里發，他們是先知的繼任者，也是其權力的繼承人。雖然最初的哈里發們由選舉產生，但沒多久就變成了烏瑪亞德統治下的王朝。這一統治家族遵循先知的教諭，反對狂熱，這麼做並非出於宗教原因，而是出於政治上的考慮。總之，阿拉伯人擴張的宗教因素並不是很多，他們的動機（正如最初一樣）只是為了奪取物質。正是由於不狂熱，所以他們儘管人數不占優勢，卻能夠統治廣大的地區，那裡居住著信仰各異、更文明的人們。但是在波斯，先知的教諭卻根植於昔日的宗教和思辨傳統已有充分發展的土地上。公元661年，穆罕默德的女婿阿利死後，伊斯蘭教分裂為遜尼派和什葉派。後者是少數派，忠於阿利，不允許來自烏瑪亞德家族的人加入該派。波斯人就屬於這個少數派，也許正是通過他們的影響，烏瑪亞德王朝才被阿拔西人推翻並取代，首都也從大馬士革遷到了巴格達。新王朝的政策給了伊斯蘭狂熱教派更多的自由。不過他們失去了西班牙，從家族覆沒中倖存下來的一個烏瑪亞德人在科爾多瓦建立了一個獨立的哈里發政權。在阿拔西王朝統治期間，哈倫·阿爾·拉細德使帝國出現了輝煌的局面。拉細德是查理曼的同時代人，因其在《天方夜譚》中出現而聞名於世。由於大量使用土耳其僱傭軍，他於公元809年去世後，帝國開始深受其害，就像當初羅馬人招募蠻族兵士一樣。阿拔西王朝的哈里發政權衰落了，並於1256年隨著蒙古人對巴格達的洗劫而覆滅。
穆斯林文化的源頭在敘利亞，但不久其中心就轉移到了波斯和西班牙。在敘利亞，阿拉伯人繼承了奈斯脫流斯教派所推崇的亞里士多德傳統，而當時的新柏拉圖主義者則堅持正統的天主教，但是亞里士多德的理論與新柏拉圖學說的糅和造成了許多混亂。在波斯，穆斯林逐漸掌握了印度的數學，並且引進了阿拉伯數字（實際上應該稱之為印度數字）。儘管有13世紀的蒙古人入侵，波斯文明還是孕育了菲爾杜錫這樣的詩人，並且保持了其藝術高水準。阿拉伯人是通過奈斯脫流斯傳統，才開始接觸希臘知識的。這些傳統在更早的時期，公元即481年拜占廷皇帝芝諾關閉埃德撒學院之後，就已經傳到脫流斯。穆斯林思想家們從這兩個來源中學習了亞里士多德的邏輯學和哲學以及古代的科學遺產。
波斯最偉大的伊斯蘭哲學家是阿維森納（公元980～公元1037年）。他出生在波卡拉省，後來在伊斯巴罕講授哲學和醫學，最後定居於德黑蘭。由於持非正統觀點，他遭到了神學家們的敵視。他的著作被翻譯成拉丁文，在西方世界產生了不小的影響。他主要關心的一個哲學問題就是長期爭論不休的共相問題，這一問題後來還成了經院哲學的中心問題。阿維森納的解決辦法就是試圖把柏拉圖與亞里士多德調和起來。他最早提出「形式」的普遍性產生於思維，阿威羅伊及後來的阿勒貝爾圖斯·馬革努斯（阿奎那的老師）也提出過這一亞里士多德式的觀點。但阿維森納對其觀點作了進一步限定。共相同時存在於萬物之前、萬物之中和萬物之後。當上帝按某種模式創造萬物時，它已存在於上帝心中，即萬物之前；當萬物屬於外部世界時，它存在於萬物之中；當人們通過經驗來辨別模式時，它存在於人的思維之中，即萬物之後。
西班牙也孕育出一位傑出的伊斯蘭哲學家，他就是阿威羅伊（1126～1198）。他出身於科爾多瓦一個民事法官家庭。除了其他知識，他還學過法律，曾任塞維利亞的民事法官，後來又在科爾多瓦任職。1184年，他當了一名宮廷醫生，但最終由於堅持哲學觀點、不滿足於自己的信仰而被流放到摩洛哥。他的主要貢獻就是把亞里士多德研究從新柏拉圖主義的扭曲中解放了出來。就像後來的阿奎那一樣，他認為只能在理性的基礎上去證明上帝的存在。關於靈魂，他堅持亞里士多德的觀點，認為靈魂並非不朽，儘管「奴斯（即理性、智慧）」是不朽的。由於這種抽象的理性和智力是一元的，其存在並不意味著個人的不朽，基督教哲學家們自然不肯接受這些觀點。通過拉丁文譯本，阿威羅伊不僅影響了經院哲學，而且也受到了後來被稱為「阿威羅伊派」的自由思想家們的普遍推崇，這些人也反對靈魂不朽的說法。
在格里高利七世去世的時候（1085年），他的政策似乎已經從教廷手中奪回了他在帝國事務中的權力和影響。但結果說明，世俗勢力與宗教勢力之間的鬥爭遠沒有結束。事實上，教廷還沒有達到其政治生涯的巔峰。同時，由於有了倫巴底各個新興城市的支持，教皇在宗教事務方面的權威得到了提高，十字軍則最先增強了他的威信。
教皇烏爾班二世（1088～1099）重新挑起了授職問題的爭端，因為他再次奪取了這項權力。1093年，康拉德起來反對其父皇亨利四世，他尋求並得到了烏爾班的支持。北方各城傾向於支持教皇，於是整個倫巴底被輕易地征服了。法蘭西國王腓力普也於1094年被招了安。這樣一來，烏爾班就可以作一次穿越倫巴底和法蘭西的勝利巡遊了。在第二年的克雷爾蒙會議上，他煽動了第一次十字軍東征。烏爾班的繼任者巴沙爾二世成功地延續了由教廷授職的政策，一直到亨利四世去世（1106年）。而新皇帝亨利五世至少在日耳曼土地上占有優勢。教皇建議皇帝不要干預授職，並以教士們放棄世俗財產權作為交換條件。但是教士們對世俗世界的感情要比這個虛偽提議所設想的堅定得多。因此，建議的條款一公布，日耳曼的教士們便驚呼大禍難臨頭了。當時亨利五世正在羅馬，他威逼教皇屈服，並為自己舉行了皇帝加冕大典。但他的勝利是暫時的，11年後，也就是1122年，教皇喀列克斯圖斯二世根據沃爾姆斯宗教協定，重新取得了授職權。
在皇帝弗里德里希·巴巴羅撒統治期間，鬥爭進入了新的階段。1154年，英格蘭人哈德里安四世當選為教皇。最初，教皇和皇帝聯合起來對付公然藐視他們的羅馬城。羅馬人在布累斯齊亞的阿諾德的領導下，開展了獨立運動。阿諾德是一位勇敢的異端分子，他激烈地抨擊了教士們世俗的榮華富貴。他堅持認為，教會人士如果擁有世俗財富，就不能進天堂。教會的「王侯們」自然不會接受這一觀點，阿諾德也因其「異端邪說」而受到了激烈的攻擊。其實早在前任教皇時期，這些麻煩就已經開始了，只不過在哈德里安當選教皇后才達到了白熱化地步。哈德里安以內亂為由懲罰了羅馬人，他下令剝奪了他們的教權。結果，羅馬人的獨立精神瓦解了，同意流放他們的異端領袖。阿諾德躲了起來，但後來落到了巴巴羅撒軍隊手中，並被立即燒死。1155年，皇帝加冕登基，自然又對在現場示威的群眾進行了一番血腥鎮壓。但是，兩年之後，教皇與皇帝決裂了，接下來就是兩股勢力長達20年的戰爭。與其說倫巴底聯盟是為教皇而戰，不如說是為了反對皇帝。戰爭局面變化莫測。1162年，米蘭被徹底摧毀。同一年晚些時候，巴巴羅撒和他的偽教皇遇到了一場災難，在他們向羅馬進軍的途中，軍隊由於瘟疫而嚴重減員。1176年，巴巴羅撒在雷格納諾戰役中被打敗，他瓦解教皇權力的最後一次企圖終於落空了。雙方達成了一個並不可靠的和約。皇帝參加了第三次十字軍東征，1190年死於安那托利亞。
教會與帝國之間的頻繁鬥爭，最終導致兩敗俱傷。北部義大利的一些城邦開始發展成新的勢力。只要他們的獨立受到皇帝的威脅，他們就轉而支持教皇；當這種威脅消失了的時候，他們就根據自身的利益發展出一種有別於教會的世俗文化。雖然在名義上還是信仰基督教，但他們卻提出了一種十分自由的觀點，這一點很像17世紀以後新教組織的傾向。在十字軍東征期間，北部義大利的沿海城市作為艦船和給養的供給地，重要性日益明顯。宗教狂熱也許曾是十字軍運動的原動力之一，但在當時起作用的還有強烈的經濟動機。東方提供了掠奪財富的希望，而且這種希望還能以道德與神聖的名義去實現。而近在眼前的歐洲猶太人則成了他們發泄宗教義憤的最方便的對象。起初，基督教騎士們並沒有明顯意識到，自己是在穆斯林世界裡，與一種比自身文化更優越的文化發生對抗。
作為一種運動，經院哲學以「結論先於事件」而區別於古典哲學。它必須在正統軌道內發揮作用。經院哲學最高的古代典範是亞里士多德，他的影響逐漸取代了柏拉圖。在方法上，經院哲學遵循亞里士多德的分類法，運用了辯證的論證，卻忽視了事實。其中最重要的問題之一就是共相問題，這個問題將哲學世界分成了兩個對立的陣營。實在論者從柏拉圖的觀點及其理念論出發，主張共相就是萬物；唯名論者正相反，他們藉助亞里士多德的權威，堅持認為共相只不過是一些名稱。
通常，經院哲學從羅瑟林算起，他是一位法蘭西教士，還是阿伯拉爾的老師，其生平不詳。他的哲學思想主要記載於安瑟倫和阿伯拉爾的著作中。羅瑟林是一位唯名論者，按照安瑟倫的說法，羅瑟林認為共相僅僅是聲音的輕微流動。他不僅否定了共相的實在性，而且還進一步否定了「共相高於個別」的觀點，這一觀點必然導致一種呆板的邏輯性原子論。該理論與三位一體觀點一聯繫，很自然地產生了異端的觀點，1092年，他被迫在萊姆斯宣布放棄這些觀點。
阿伯拉爾生於1079年，是一位更重要的思想家。他在巴黎求學和講學，曾一度研究過神學，但在1113年又重返教壇。在這一時期，他和厄羅伊斯談起了戀愛，沒想到卻激怒了女友的叔父坎農·福勒伯特。坎農閹割了這位莽撞的情人，並把兩個人分別送進了教士收容所。阿伯拉爾活到了1142年，並繼續以教書而獲得了巨大的聲譽。他是一位唯名論者，但比羅瑟林更為明確地指出，我們判斷某個詞的屬性時，所根據的並不是它的存在，而是它是否具有意義。共相的確產生了事物間的類似性，而類似性本身並不像唯實論者錯誤設想的那樣，也是某一事物。
13世紀，經院哲學運動達到了頂峰，教皇與皇帝之間的鬥爭也同樣達到了頂峰。在很多方面，這一時期都可以算歐洲中世紀的高潮。在後來的世紀裡，即從15世紀義大利的文藝復興到17世紀科學與哲學的再次興起，各種新勢力紛紛登台。
從政治上說，最偉大的教皇是英諾森三世（1198～1216），在他的治理下，教廷的權威達到了後無來者的高度。巴巴羅撒的兒子亨利六世已經征服了西西里，並娶了該島羅曼王室的後裔康斯坦斯女王為妻。亨利死於1197年，其子弗里德里希繼位時才兩歲。教皇英諾森三世就職後，小皇帝被母后置於教皇的監護之下。教皇表示尊重弗里德里希的權力。作為回報，皇帝也承認教皇的地位至高無上。教皇獲得了大多數歐洲統治者類似的承認。但是在第四次十字軍東征中，教皇的計劃卻毀在了威尼斯人手裡，威尼斯人為了實現自己的目的而強迫教皇攻取君士坦丁堡。不過，他對阿勒比占西斯派採取的冒險行動卻大獲全勝。在這次行動中，法蘭西南部的異教被徹底摧毀和清除。在德意志，皇帝奧托被廢黜，弗里德里希二世此時已經完全長大成人，於是被選中繼位。這樣一來，英諾森三世就真正地控制了皇帝和各地王侯。在教會內部，羅馬教廷獲得了更大的權力。然而從另一個角度看，教廷在世俗方面的成功恰恰預示了它的沒落。因為教廷對現世的控制越牢固，它在來世問題上的權威就越小，正是這種情形後來導致了宗教改革。
弗里德里希二世雖然在教廷的支持下被選中繼位，但也付出了承認教皇地位至高無上的代價。除非迫不得已，年輕的皇帝是不願意信守這些承諾的。這位年輕的西西里人有著日耳曼及諾曼血統，在他成長的社會裡，正在形成一種新的文化。穆斯林、拜占廷、日耳曼和義大利的影響在此匯聚，並產生了一種現代文明，這一文明為義大利文藝復興注入了原動力。由於深受這些傳統的影響，弗里德里希才能夠贏得東西方同樣的推崇。他的觀點遠遠超越了他所處的時代，他的政治改革也頗具現代色彩。同時，他還喜歡獨立思考，做事雷厲風行。其強有力的建設性政策使他獲得了「人間奇才」的盛名。
英諾森三世和日耳曼前皇帝奧托（敗給了弗里德里希）在兩年內先後去世。霍諾留斯三世繼承了教皇一職，年輕的皇帝很快就和他鬧僵了。熟悉阿拉伯文化的弗里德里希不同意進行十字軍東征。另外，倫巴底也出現了麻煩，因為日耳曼文化在那裡普遍不受歡迎，而教皇卻得到了倫巴底各個城市的支持，這就進一步加劇了皇帝與教皇的衝突。1227年，霍諾留斯三世去世，格里高利九世繼任後立刻開除了弗里德里希的教籍，理由是後者沒有進行十字軍東征。然而皇帝並沒有對此感到惶恐不安，因為他已經娶了耶路撒冷諾曼王的女兒為妻。1228年，他前往巴勒斯坦。他雖然被逐出了教會，但卻在那裡通過協商，解決了與穆斯林之間的問題。耶路撒冷的戰略價值雖然不大，但基督教徒卻對它有著很深的宗教依戀感。於是聖城便按條約的規定交了出來，弗里德里希被加冕為耶路撒冷之王。
按照教皇的想法，這種解決糾紛的方式實在太理性了，但是在成功面前，他又不得不於1230年同皇帝講和。隨後就進入了一改革時期，其間西西里王國有了一套現代管理模式和一部新法典。國內所有關稅壁壘的取消刺激了商貿的發展，那不勒斯大學的建立推動了教育的進步。1237年，倫巴底再次出現了敵對情緒，於是弗里德里希又忙於和歷任教皇進行持久戰，直到1250年去世。鬥爭的殘酷性掩蓋了他早期開明時代的光輝。
對異教的清除進行得很投入，儘管並不是完全成功。阿勒比占西斯派（法蘭西南部的一個摩尼教派）的確在1209年被十字軍全部清除了，但其他的異教運動仍然存在著。1233年創立的宗教裁判所從未徹底消滅過西班牙和葡萄牙的猶太教徒。12世紀後期，瓦勒都教派掀起了一場運動，這預示了宗教的改革。該派在彼得·瓦勒都的率領下，從里昂流亡到了阿爾卑斯山的丕德蒙特河谷，該河谷位於都靈的西面。他們在那裡作為新教徒和講法語的社團一直存在到了今天。從這類事件中，人們也許會認為後世的人已經懂得，採取政治迫害的手段是不可能輕易扼殺思想的，但是歷史卻似乎表明，這類教訓並沒有被人吸取。
13世紀的宗教儘管處於極有影響的地位，但也不是高不可及的。即使在純教會領域，如果現有的教會未能與其創立者的宗旨保持基本一致，那麼它的內部就會產生兩個修士會。剛開始，它們還起到了一些平衡作用，早期的多米尼克修士會和弗蘭西斯修士會都遵循創立者聖·多米尼克（1170～1221）和聖·弗蘭西斯（阿西西人，1181～1226）的戒律。這些修士會最初都堅持托缽化緣，但安於清貧的誓約卻並沒有束縛他們多久。多米尼克和弗蘭西斯這兩個修士會都以處理宗教裁判所的事務而著稱，所幸的是，宗教裁判所從來沒有傳到英格蘭和斯堪的納維亞。也許曾經有人一度認為，塵世間的暫時苦痛能夠拯救靈魂，使其免受永恆的詛咒，因此宗教裁判所施加的酷刑正是為受刑者的未來著想。然而毫無疑問，實用方面的考慮往往也增強了法官們的虛偽。於是英格蘭人眼睜睜地看著聖女貞德被酷刑處死，卻不敢提出任何反對意見。而多米尼克和弗蘭西斯修士會卻背離了其創立者的初衷，逐漸致力於追求學問。阿勒貝爾圖斯·馬革努斯及其學生阿奎那屬於多米尼克修士會，而羅吉爾·培根、鄧斯·司各脫和奧卡姆·威廉則是弗蘭西斯修士會的成員。他們對當時的文化所作的真正有價值的貢獻是在哲學方面。
如果說教士們主要是從新柏拉圖主義的源泉中找到了自己的哲學靈感，那麼13世紀他們則目睹了亞里士多德思想的勝利。托馬斯·阿奎那（1225～1274）試圖在亞里士多德哲學的基礎上建立天主教教義。運用純粹的哲學方法，究竟能使這一事業取得多大程度的成功，這確實是令人懷疑的。首先，亞里士多德的神學與基督教認可的上帝概念是完全不同的。但毫無疑問，作為教會內部的一種哲學影響，托馬斯的亞里士多德主義得到了完整而持久的堅持。托馬斯主義成了羅馬教會的官方教義，並按原樣在教會所有的學校里講授。除了辯證唯物主義（馬克思主義的官方學說），今天已經沒有任何其他哲學能夠享有如此顯赫的地位和強大的後盾了。誠然，托馬斯的哲學也並不是在他的時代一下子就達到了這種特權地位的。但隨著他的權威日益牢固，哲學的主流再一次走進了世俗道路，並恢復了獨立精神，這種精神滲透了整個古代哲學。
托馬斯來自離蒙特卡西諾不遠的阿奎那村的一個伯爵家庭，並在那裡開始了他的探索。他在那不勒斯大學呆了六年之後，於1244年加入了多米尼克修士會，並在科隆的阿勒貝爾圖斯·馬革努斯門下繼續研究，馬革努斯是當時一流的多米尼克教士會教師和亞里士多德派學者。在科隆和巴黎住了一段時間之後，托馬斯於1259年回到了義大利，並在其後的五年里埋頭撰寫《異教徒駁議輯要》，這是他最重要的著作。
1266年，他開始寫作他的另一部主要著作《神學綱要》。在這期間，他還為亞里士多德的許多作品撰寫了評註，他的朋友威廉為他提供了直接來自希臘原著的譯本。1269年，他再次動身去了巴黎，並在那裡住了三年。當時的巴黎大學對多米尼克教士會的亞里士多德學說懷有敵意，因為後者含有與當地阿威羅伊派的某種聯繫。關於靈魂的不朽，前面說過，阿威羅伊派的觀點更接近於亞里士多德派，而不是基督教義。這對亞里士多德派來說是十分危險的，於是托馬斯絞盡腦汁把阿威羅伊的觀點逐出了自己的領域。他在這一方向上的努力是十分成功的，這一勝利也為基督教神學拯救了亞里士多德，儘管這意味著托馬斯要捨棄自己的部分原文。1272年，托馬斯回到了義大利，兩年後在前往里昂出席會議的途中去世。
托馬斯的哲學體系很快就獲得了承認。1309年，它被宣布為多米尼克修士會的官方教義，1323年又被確定為經典。也許托馬斯體系的哲學意義並不像其歷史影響那麼重要，基督教義事先就毫不客氣地把結論強加給了這一體系，這一事實損害了它的哲學意義。蘇格拉底和柏拉圖允許論證不受約束地進行，但是在這裡，我們卻看不到這種公正和超然了。但在另一方面，偉大的《神學綱要》體系卻是腦力勞動的豐碑，對立的觀點被闡述得清晰而完整。在對亞里士多德著作的評註中，托馬斯表現得仿佛是這位斯塔基拉人聰明的學生。這一點是他所有的前輩，包括他的老師，都不可能做到的。他那個時代的人們稱他為「天使博士」。對羅馬教會而言，他是一位真正的使者和導師。
早期新柏拉圖主義神學家把理性與啟示的二元論排斥在了體系之外。而托馬斯主義則提出了與之對立的學說。在存在領域，新柏拉圖主義有一種二元論，如共相與個別。更確切地說，他們可能有一種表示存在級別的等級，這種等級開始於「太一」，並通過理念下達到個別，即最低的存在級別。而邏各斯就是共相與個別之間鴻溝的橋樑。用更現實的話來說，邏各斯完全是一種可以感知的觀點，因為語詞雖然具有普遍含義，但也可以用來特指個別事物。除了這種存在二元論，我們還有一種認識一元論，即智力或理性具有一種本質上屬於辯證的認識方式。托馬斯的立場正好相反。在此，按照亞里士多德的方式，存在只有在個體中才能看到，並由此推導出上帝的存在。在個體被看成原材料的限度上，這一觀點是經驗主義的，它與試圖演繹出個體的理性主義形成了對比。另一方面，托馬斯主義者雖然堅持存在一元論，卻又發明了一種認識領域的二元論。它假設了兩種知識來源。首先，正如前面所說，我們有理性，理性從感知經驗中，為我們的思維提供食糧。經院哲學有一個著名的原則，就是如果理性在感知經驗里不是第一位的，那麼這種理性里就一無所有。此外，啟示也是知識的一個獨立來源。在理性產生理性知識的地方，啟示則賦予人信仰。有些東西看上去完全超出了理性的範圍，如果它們還能夠被掌握的話，那麼就必須藉助於啟示。宗教教義的一些具體觀點，如超出理解範圍的信仰條款，就屬於這一類。比如上帝「三位一體」的本質，復活以及基督教研究死亡、末日審判、天堂、地獄等的「末世學」。上帝的存在雖然可以通過啟示為人所接受，但也可以建立在辯證的理性基礎之上。為了達到這一目的，人們做出了種種努力，以求證明這一命題。因此，在宗教準則經得起理性論證的範圍內，我們就能與非信仰者進行辯論。至於其他方面，啟示則是通向大徹大悟的惟一途徑。總之，實際上托馬斯主義並沒有完全站在同一立足點上來論述這兩種認識來源。似乎在能夠探詢理性知識之前，人們就必須先有信仰，也就是說，人們必須先相信，再推理。因為雖然理性真理都是自主的，但要探求它們，則全靠啟示（啟示賦予人們信仰）。這種說法還是具有某種危險性的，因為通過啟示獲得的真理具有很大的隨意性。儘管托馬斯認為理性與啟示之間、哲學與神學之間都沒有任何對立，但在事實上，其中一方總是在暗中損害和削弱另一方。在理性能夠應付的地方，啟示就是多餘的，反之亦然。
我們必須記住，神學實際上可分為兩類。一是所謂的自然神學，它通過分析造物主、第一推動力之類的話題來論述上帝。這也就是亞里士多德所說的神學，它可以歸於形上學。但作為基督徒，托馬斯還提出了教條神學，它所涉及的問題只能通過啟示來把握。在這個問題上，托馬斯求助於早期的基督教作家們，主要是奧古斯丁。總的看來，他似乎認同奧古斯丁的「感恩禱告」及「靈魂獲救」觀點，這些問題的確是不能以理性的方式來理解的。教條神學與古代哲學精神自然是完全不相容的，在亞里士多德那裡，我們看不到一點這樣的因素。
托馬斯的形上學正是因為其神學因素，才在某個重要方面超越了亞里士多德。我們可以回顧一下，亞里士多德的上帝是一位超然的建築師，他並不認為必須把存在賦予個別事物，有些個別事物本來就存在著，其構成原料也是如此，而另一方面，對托馬斯來說，上帝是一切存在的根源，他認為一個有限事物只有存在的可能性，並沒有邏輯上的必然性，其存在與否直接或間接取決於某個必然存在物，也就是上帝。在經院哲學的語言裡，這是用本質和存在的術語來表達的。某物的本質大體上是指它的一種性質，或者說該物是什麼；而存在術語則用來表示某物存在的事實，該物正是藉助於它而存在的，從兩者都不是獨立的這個意義上看，本質和存在這兩個術語確實都是抽象的。一個具體事物總是同時兼有本質和存在的。但一些語言事實卻使人覺得這裡面還有某種差異。當弗雷格對含義和所指對象進行區分時，準確地暗示了這一點。一個詞的含義是一回事，是否真的有與之適應的對象則是另一回事。因此有限物就具有可以區分的存在和本質，儘管不是什麼可以分割的特徵。只有在上帝的本質和存在之間才沒有客觀上的區別，在這裡，關於有限存在的存在依賴性的形上學理論，產生了《神學綱要》中論證上帝存在的五項證明中的第三項。從日常經驗的事實中入手，萬物的自生自滅說明它們的存在並不是必要的（單就這一意義而言），於是我們就可以進而論證說，這類事物實際上在某個時刻並不存在。但這樣一來，又會出現一個不存在任何事物的時間，那麼現在就可能什麼也沒有，因為有限物是不可能把自己的存在授予自己的。所以必須有一些必然存在的東西，即上帝。
也許有必要對這一論證稍加評註。首先，它理所當然地認為，任何事物的存在都必須得到證明或解釋。這是托馬斯主義者形上學的一個基點。如果不堅持這一觀點（亞里士多德實際上就沒有這樣做），那麼論證就無法進行下去。但如果為了討論而事先承認前提，那麼論證就會由於這一內在缺陷而失去說服力。從有限物有時並不存在的事實中，我們並不能推導出有一個不存在任何事物的時間。
托馬斯藉助亞里士多德的潛在性及現實性理論，鞏固了本質和存在術語。本質完全是潛在的，而存在則是現實的，因此有限物中總是包含了本質和存在的一種混合物。要存在，就必須參與某種活動，對任何有限物來說，這種活動必須來自別的什麼東西。
實際上，關於上帝存在的前兩項證明是與亞里士多德派相符的。托馬斯的論點是，有一種本身不被推動的推動力和一個沒有起因的原因。在任何情況下他都認為，推動力和原因的無限循環是不可接受的。但這簡直就等於推翻了論證的前提。以第二項論證為例，假如每個原因本身還有一個更深的原因，那我們就不能同時說，有一個沒有起因的原因。這完全是矛盾的。然而應該提到的是，托馬斯論述的並不是時間上的因果鏈，而是一個有關原因序列的問題。這裡所說的原因序列是指一個原因取決於另一個原因，這很像懸掛在天花板鉤子上的一根由鏈條組成的鏈環。天花板就是最初的原因，或者說是沒有起因的原因，因為它並不是掛在任何別的東西上的一個鏈環扣。只要循環不導致矛盾，我們就沒有充分的理由來否定循環。大於0而小於且等於1的有理數序列是無限的，它沒有初始數字。拿運動來說，循環問題甚至都不必產生。相互圍繞旋轉的兩團有重力的粒子，如太陽和行星，將繼續這樣無限地運動下去。
關於上帝存在的第四項證明，是從承認有限物的種種完善程度開始的，也就是說，事先設定存在著某種十全十美的事物。第五項論證指出，自然界的非生命體似乎要顧及某個目的，即讓世界充滿某種秩序。這種觀點是說一個外在智力的目的要如此來獲得滿足，因為非生命體不可能具有自己的目的，該論證被稱為目的論證或設計論證。它假設必須對秩序加以解釋，這樣的假設當然是沒有邏輯根據的，因為我們同樣也可以說，無序也需要解釋，那麼論證也就走上了歧途。托馬斯否定了聖·安瑟倫的本體論，但奇怪的是，他並不是從邏輯上否定，而是從實用角度否定它。既然被創造的（因此也是有限的）心靈不能理解上帝的本質，那麼上帝的存在（隱含於本質）實際上就永遠也不可能這樣推導出來。
新柏拉圖主義的上帝似乎與世界一樣廣闊而悠久，而托馬斯的上帝則是一種處於被創造世界之上的無形的天父，並且具有無限多的、一切肯定性質。這一點是從上帝存在的空洞事實中推出來的，儘管我們否定這一問題的答案。托馬斯認為，有限的心靈不能做出肯定的定義。
正是由於托馬斯的描述和改編，亞里士多德學說才能主導文藝復興前的哲學界。但是在文藝復興時期遭到拒絕的也並不全是亞里士多德和托馬斯的教導，更多的只是某些愚昧的形上學思辨習慣。羅吉爾·培根反對的就是這種形上學思辨，他強調了經驗研究的重要性。培根是一位弗蘭西斯派學者，由於他們的影響，中世紀的思維方式開始瓦解。培根與托馬斯是同時代人，但他從未反對過神學。在為後來的研究路線奠定基礎時，他也無意去破壞教會在宗教事務中的權威。事實上，13世紀後期和14世紀初期的弗蘭西斯派思想家也大多如此，不過，他們對信仰與理性問題的態度和觀點，卻加快了中世紀的崩潰。
前面說過，托馬斯主義認為理性與啟示可以重疊。弗蘭西斯派學者們重新研究了這一問題，並尋求兩者之間更準確的定義。通過對智慧領域和信仰領域的明確劃分，他們試圖讓純粹的神學擺脫對古典哲學的依賴。但同時，哲學也由此割斷了它對神學目的的從屬關係。隨著對哲學思辨的自主追求，科學研究開始了。尤其是弗蘭西斯派再次強調了鼓勵數學研究的新柏拉圖主義的作用。理性探索被嚴格排除在信仰領域之外，這就要求科學與哲學不要再對信仰條款吹毛求疵。同時，信仰也不得隨便宣布教義，它必須讓理性的科學和哲學能夠堅持己見。和以前相比，這種情形導致了更尖銳的衝突。因為，如果信仰的執行者對某件事發號施令，卻又發現事實上這是錯的，那麼接著他們就得收回成命，否則就要在自己沒有資格的領域進行論爭。啟示要想保持自己的獨立性，惟一的辦法就是不加入辯證法的論爭。用這種方式，人們才能在獻身於科學研究的同時，還能堅持對上帝的信仰。托馬斯主義者試圖證明上帝的存在，但這種論證不僅本身沒有取得成功，而且還削弱了他們的神學地位。從宗教信仰的角度看，這意味著理性標準根本不適用，在某種意義上，靈魂可以自由、忠誠地對待它所喜愛的一切。
羅吉爾·培根大約生於1214年，死於1294年，不過這兩個年份都不很確切。他在牛津和巴黎求學期間，全面地掌握了所有學問分支的淵博知識，這有點像過去的阿拉伯哲學家。他在反對托馬斯主義時是直言不諱的。托馬斯在不能直接閱讀原著的情況下，竟然只根據譯本寫出了關於亞里士多德的權威評註，這一點似乎令他很吃驚。譯文是不可靠也不可信的，更何況，亞里士多德雖然很重要，但還有同樣重要的東西，尤其是托馬斯主義者不大懂數學。要獲得新知識，我們必須依靠實驗，而不是權威。培根並沒有批判經院辯證法的演繹法本身，但他堅持認為，僅僅推導結論是不夠的，要使人信服，則必須經得起實驗的驗證。
這種新穎的觀點自然會引起正統派的反感。1257年，培根被逐出牛津，並流亡到巴黎。1265年，居·德·福勒克（前教廷駐英格蘭使節）當上了教皇，即克萊門特四世。教皇對這位英國學者很感興趣，就請他寫一篇自己的哲學綱要。1268年，培根不顧弗蘭西斯派的禁令，提交了這份綱要。他的學說得到了教皇的支持，於是獲准返回了牛津。但教皇當年就去世了，這時的培根仍然沒有學會圓滑的處世之道。1277年，大規模的定罪討伐運動發生了，培根和別的許多人都被召去解釋自己的觀點。不知道是根據哪一條來認定他有罪的，總之他坐了十五年的牢，1292年才獲釋，兩年後他就去世了。
鄧斯·司各脫（約1270～1308）對哲學的興趣更大，我們從他的姓氏可以看出，他是蘇格蘭人，也是弗蘭西斯修士會成員。他是在牛津上的學，23歲時成了牛津的一名教師。後來他到巴黎和科隆執教，最後在科隆去世。鄧斯·司各脫更為明確地指出了信仰與理性之間的分離。一方面，理性的範圍在逐漸縮小，另一方面，上帝恢復了完全的自由和獨立。涉及上帝的神學，不再是一種理性學科，而是一種為啟示所激發的有用信仰。正是憑著這種精神，鄧斯拒絕接受託馬斯主義者關於上帝存在的種種論證，因為他們所依賴的是感知經驗。同樣，他也拒絕接受奧古斯丁的論證，因為它們在某種程度上要藉助於神的啟發。既然論證與證明屬於哲學，而神學又與哲學互相排斥，因而他就不能接受奧古斯丁的證明。另一方面，他並不反對將一種概念性證明建立在第一個無起因存在的觀點之上，這多少有點傾向於阿維森納。這實際上是安瑟倫本體論的一個變種。然而關於上帝的知識是不可能通過被創造的事物來獲得的，因為它們的存在只是偶然的，而且取決於上帝的意志，實際上，萬物的存在與本質是一致的。不妨回顧一下，托馬斯認為這種同一性有助於對上帝進行定義。知識源於本質，所以它們與上帝心中的理念不同，因為我們不能認識上帝。既然本質與存在相一致，那麼使個體得以存在的東西就不可能是物質，而必須是形式，這和托馬斯的觀點是相對立的。儘管鄧斯認為形式是實質性的，但也並不贊同徹底的柏拉圖實在論。在個體中就可能存在這各種各樣的形式，由於它們只是在形式上有所不同，所以它們是不可能獨立存在。
正如上帝的意志產生了至高無上的力量一樣，鄧斯認為在人的靈魂中，正是人的意志左右著人的智力，是意志的力量給了人們自由，而智力則受其所指對象的限制。我們從這一點就可以得出結論，意志只能把握有限的事物，因為無限物的存在是必然的，因此就取消了自由。自由學說是符合奧古斯丁傳統的，它通過弗蘭西斯派的學者之手，極大地影響了懷疑主義。假如上帝不受世界永恆法則的約束，那麼我們可以相信上帝什麼，也就令人懷疑了。
一種更為激進的經驗主義出現在奧卡姆·威廉的著作中。奧卡姆是弗蘭西斯派學者中最偉大的一位，他大約在1290～1300年之間的某個時候，生於蘇黎的奧坎姆。他在牛津求過學，也授過課，後來又去了巴黎。由於他的學說不大合乎正統，1324年，他奉命去阿維農晉見教皇。四年後，他再一次與教皇約翰二十二世發生了爭執。唯靈派（弗蘭西斯修士會的一個極端教派）堅持清貧的苦行生活，曾引起教皇的不快。教皇在形式上擁有修士會產權的協定已經實行了一段時間，現在卻被取消了，於是許多修士會成員公然蔑視教廷的權威。由於奧卡姆、巴都阿的馬西哥利歐、西塞納的米凱爾（修士會會長）站在反叛者一邊，因此在1328年被教皇開除了教籍，所幸的是，他們逃離了阿維農，並在慕尼黑路易皇帝的宮廷中受到了保護。
在兩股力量的鬥爭中，教皇扶持了另一位偽皇帝，並開除了路易的教籍。路易針鋒相對，也在一次全教會議上以異端的罪名指控了教皇。為了報答皇帝的保護，奧卡姆自願充當了皇帝咄咄逼人的小冊子的撰稿人，對教皇口誅筆伐，猛烈抨擊其插手世俗事務的行為。1338年，路易去世，而奧卡姆仍然留在慕尼黑，直到1349年去世。
巴都阿的馬西哥利歐（1270～1342）是奧卡姆的朋友和難友。他也同樣反對教皇，並且對世俗與宗教勢力的組織、職能提出了十分現代的觀點。在這兩方面，最終的統治權都應當屬於大多數人民，全教會議也應通過全民選舉形成，只有這樣的會議才有權開除人的教籍。全教會議可以獨立制定正統標準，但教會不得干預國事。雖然奧卡姆的政治思想並不都是如此極端，但也深受馬西哥利歐的影響。
在哲學方面，奧卡姆比其他任何一位弗蘭西斯派學者都更接近於經驗主義。鄧斯·司各脫儘管把上帝請出了理性思維的領域，但仍保留著一定程度的傳統形上學，而奧卡姆則全面地反對形上學。按照奧卡姆的觀點，柏拉圖、亞里士多德及其追隨者所堅持的一般本體論，是根本不能成立的。實在性隸屬於個別、單一的東西，只有它們才可能成為經驗的對象，並產生直接而明確的知識。這就是說，亞里士多德苦心經營的形上學體系是完全多餘的，它無法解釋存在。我們應該在這個意義上來解釋奧卡姆的如下論斷：「能簡則簡，繁複無益。」這句話為另一句更有名的格言提供了基礎，即「如非必要，勿增實體」。雖然這句格言不在奧卡姆的著作里，卻作為「奧卡姆剃刀」聞名遐邇。當然，這裡所說的實體是指傳統形上學中的形式和實質之類的東西。然而那些主要對科學方法感興趣的後世思想家們，卻對這一準則作了完全不同的曲解。當他們解釋現象時，「奧卡姆剃刀」成了一種通用的節省原則。如果簡單的解釋說得過去，就不必尋求複雜的解釋。當奧卡姆這樣堅持存在屬於個體時，他也允許在詞語的邏輯領域出現字義的普遍知識。這並非一個直接理解的問題（針對個體），而是一個抽象的問題；另外，它也不保證這樣得出的東西就會作為某物存在。因此，奧卡姆是一位地地道道的唯名論者。在嚴格的亞里士多德派意義上，邏輯必須被視為一種語言工具，它涉及的是術語的含義。在這一點上，奧卡姆發展了11世紀早期唯名論者的觀點。事實上，鮑依修斯很早就堅決主張亞里士多德的範疇論是關於詞語的。
論述和交談中使用的概念或術語完全是思想的產物。在沒有用詞語表達它們之前，它們被稱為自然的共相或符號，與此形成對照的是約定俗成的符號。為了避免出現可笑的錯誤，必須仔細地將事物的陳述和詞語的陳述區分開來。當我們談及事物時，所使用的術語就叫第一概念；如果我們談到的是詞語，所用的術語則被稱為第二概念，在論證過程中，保證所有使用的術語具有同一的概念是至關重要的。運用這些定義，就可以這樣來表達唯名論者的觀點：「共相」這個術語屬於第二概念。實在論者認為共相具有第一概念是錯誤的。托馬斯主義不僅贊同奧卡姆拒絕把共相概念看做事物的觀點，他們還進一步同意允許共相先於事物而存在，猶如上帝心中的理念。前面說過，這一準則的源頭要追溯到阿維森納。然而，托馬斯認為這是一個得到了理性支持的形上學真理，而奧卡姆則把它看做一個神學命題，因此脫離了理性的領域。在奧卡姆眼裡，神學是一個純粹的信仰問題，上帝的存在是不能用邏輯證明來確立的。他在這一點上比鄧斯·司各脫走得更遠，他不僅拒絕了托馬斯，而且拒絕了安瑟倫。他認為，不能通過感知經驗來認識上帝，也不能通過理性手段來確立有關他的任何東西，是否相信上帝及上帝的種種屬性，完全取決於我們有沒有這種信仰。有關三位一體、靈魂不朽、創世紀之類的全部教義體系同樣如此。
於是，奧卡姆在這個意義上被說成了一個懷疑論者，但如果我們認為他是個異教徒，那就錯了。通過對理性範圍的限定，並使邏輯學擺脫形上學與神學的約束，奧卡姆為促進科學研究的復興做了大量工作；同時，信仰領域也向所有喜歡自由的人敞開了大門。因此，奧卡姆學說導致了一場在許多方面回歸了新柏拉圖傳統的懷疑主義運動，也就不奇怪了。這一運動最有名的代表人物是愛克哈特大師（1260～1327），他是多米尼克教派成員，其理論完全不考慮正統的要求。在現有的教會看來，一個神秘主義者的危險性，即使不超過一個自由思想家，也會和後者一樣。1329年，艾克哈特的學說被教廷宣布為異端。
中世紀最傑出的思想家也許就是但丁（1265～1321），他是中世紀思想的集大成者。的確，他創作《神曲》的時候，中世紀已經開始解體。那麼我們就有了一個經歷過全盛期的世界概觀。我們可以回顧一下托馬斯時代偉大的亞里士多德派復興以及充斥義大利城邦的派系之爭（規勒夫派與基伯林派）。但丁顯然曾經讀過「天使博士」托馬斯·阿奎那的著作，同樣，他還熟悉當時普遍的文化活動，通曉當時所知的希臘、羅馬的古典文化。《神曲》記述了一次經過地獄、煉獄而升入天堂的旅行，但在旅途中，作者實際上通過隱喻向我們提供了一個中世紀思想的概要。1302年，但丁在故鄉佛羅倫薩遭到了放逐。當時的對立派系之間出現了長期的內部紛爭，最後黑黨規勒夫派終於上了台。而但丁家族卻是白黨規勒夫派的支持者，他本人也堅持帝國職能觀點。大量的這類政治鬥爭和引發這些事件的近期歷史，都在《神曲》中有所表現。在本質上，但丁屬於基伯林派，他尊崇皇帝弗里德里希二世。皇帝具有廣博的見識和閱歷，這正是詩人心目中理想皇帝的範例。
但丁這個名字是西方文學史上少數幾個最偉大的名字之一，但這並不是使他聲名卓著的惟一頭銜。首先，他把通俗的大眾語言錘鍊成了一種普遍的文字工具，從而第一次確立了一種超越各地方言的標準。在此之前，只有拉丁文曾發揮過這種作用，而現在義大利文則成了文字表達工具。作為一種語言，義大利文至今也沒有什麼變化。皮卻·德拉·維格納也許是最早用義大利文寫詩的人，他是弗里德里希二世的大臣。但丁從許多方言中吸納了自認為最好的部分，並在自己母語（托斯卡語）的基礎上創立了現代義大利的文學語言。大約在同一時期，通俗語言也在法蘭西、日耳曼和英格蘭發展起來。喬叟生活的年代就在但丁之後不久。然而用拉丁文來進行學術研究的習慣仍然保持了很長的時間。首次用母語寫作的哲學家是笛卡爾，不過那時也只是偶爾為之。拉丁文逐漸走向了衰落，直到19世紀初，它作為表達思想的工具，才徹底為那些學問家所拋棄。從17世紀到20世紀，法語充當了這種普遍交流的工具，而今天，則是英語正在取代法語。
在政治觀念方面，當帝國原有的影響快要喪失殆盡之際，但丁仍是帝國強權的鬥士。法蘭西和英格蘭的民族國家在一天天發展壯大，而世界帝國的觀念卻不怎麼受人歡迎。與但丁的中世紀觀念相一致的是，這種政治重心的變化並沒有引起他的特別關注。假如他能夠看到這種變化的話，那麼義大利就完全有可能提早發展為一個現代化的國家，但這並不是說，一個複雜的帝國的古老傳統並沒有多少可以支持這種發展的內容，只是時機還沒有成熟罷了。這一結果使得但丁的政治理論在實際政治領域中始終沒有發揮多大的作用。
對我們來說，《神曲》中那些關於古人地位的古怪問題似乎是無關緊要的。我們當然不能僅僅因為他們不信基督教，就認為昔日偉大的古典哲學家們應該受到永遠的詛咒，特別是「智慧大師」亞里士多德肯定是值得我們頌揚的；更何況，由於沒有受洗，這些思想家當然就不能算基督教徒。於是但丁想出了一個折中的辦法。作為非基督徒，古代哲學家們應該下地獄，我們也的確在地獄的章節中發現了他們，不過但丁在地獄中給他們留了一個特殊的角落——兇險環境中的一塊天堂飛地。當時教條的約束力是如此的強大，以至於讓人覺得如何安置過去那些非基督教的偉大思想家都成了問題。
儘管中世紀的生活存在著恐怖與迷信，但大體上還是有序的。一個人的身份地位取決於其出身，並且要效忠於他的封建領主。政治體制有著恰當的劃分，等級十分森嚴。馬西哥利歐和奧卡姆批判了政治理論領域的這一傳統。宗教勢力曾經是壓制人們的恐怖行徑的主犯，但是，當人們一旦覺得宗教教義可有可無時，它的影響就開始減弱了。這不會是奧卡姆的意願，但肯定是奧卡姆學說逐漸對改革派產生作用的結果。馬丁·路德認為奧卡姆是經院派最重要的學者。不過但丁的著作沒有預示些動盪和變革，他反對教皇並不是出於任何背叛正統的目的，而是認為教會幹預了本應屬於皇帝權限的事務。然而，在但丁的時代，一位日耳曼皇帝已經不可能在義大利維持其權威了，儘管那時的教廷勢力已大為減弱。1309年，教廷移到了阿維農，從此，教皇實際上成了法蘭西國王的一件工具，教皇與皇帝之間的鬥爭也由此成了法蘭西與日耳曼的鬥爭，英格蘭站在帝國一邊。1308年，當盧森堡的亨利七世成為皇帝時，帝國看起來似乎有可能再次恢復元氣，但丁也欣喜地把他當成了救世主。然而亨利的成功並不徹底，而且十分短暫。儘管他突然襲擊了義大利，並於1312年在羅馬加冕稱王，但在征討那不勒斯和佛羅倫薩時，卻未能堅持到底。亨利於次年去世，1321年，但丁在流亡拉文納時去世。
隨著各種通俗語言的興起，教會在科學與哲學的智力活動中喪失了部分控制權。與此同時，世俗文學得到了很大的發展（起於義大利，並逐漸向北蔓延）。探索範圍的擴大，加上某種程度的懷疑主義（源於信仰與理性之間的鴻溝），使得人們不再關注非現世的事物，而是學會了盡力改善（或者多少改變一下）自己的命運。所有這些趨向都始於14世紀上半葉。但丁未能預見到這些情況，他基本上還在緬懷弗里德里希二世的時代。從總體上看，中世紀世界是中央集權的，文藝復興的種種新生力量試圖摧毀中世紀社會牢固的結構。然而在我們這個時代，由於各種不同的原因，似乎還有可能再次出現統治世界的思想。
到14世紀，教廷勢力在迅速衰落。儘管在與皇帝的鬥爭中，教廷證明了自己的強大，然而要想動輒以威脅開除教籍來控制基督徒，已經不再那麼容易了。人們開始敢於獨立思考關於上帝的問題，教廷已經在道德和宗教方面失去了對思想家及學者的約束力，而國王和民眾也同樣對教皇的使者征斂巨額錢財十分不滿。所有這些因素正在開始形成，儘管在世紀之交尚未發展成公開的衝突。是的，教皇鮑尼法斯八世在「一致神聖」的訓令中強調了教廷的至高無上，他的強硬甚至超過了英諾森三世。他宣布1300年為大赦年，所有前往羅馬朝聖的教徒都將予以大赦。這不僅可以突出教皇的宗教權威，而且也是聚斂錢財的好機會，同時也能使羅馬人富起來，因為他們的生計與為朝聖者提供臨時服務緊密相關。大赦年辦得如此成功，以至於後來改為50年一次，繼而又改為25年一次，以取代原定的100年一次。
無論表面上看來是多麼的至高無上，鮑尼法斯八世的權力基礎還是脆弱的。作為人，他對金錢的熱愛超過了做教會之王；即便是在信仰問題上，他也不能算正統派的榜樣。他在任職期間，不是和法蘭西主教們，就是和法蘭西國王腓力普四世發生衝突。在這場爭執中，法蘭西國王成了勝利者。1305年當選的下一任教皇是克萊門特五世，他是法蘭西人，於1309年在阿維農上任。在他的任期內，在他的縱容和默許下，腓力普四世鎮壓了聖殿騎士團。這種掠奪性的做法靠的是莫須有的異端罪名。
一般說來，從此以後教廷的爭端往往是損害了自身的權威。約翰二十二世與弗蘭西斯派的分歧招致了奧卡姆的批駁。由於教皇在阿維農而不是羅馬，因此在克拉·第·李恩濟的領導下，羅馬出現了短暫的分裂。起初，李恩濟這位羅馬公民只是反對腐敗貴族，最後公然蔑視起教皇和皇帝來，並聲稱羅馬應該像過去一樣成為宗主國。1352年，李恩濟被教皇克萊門特六世抓獲，直到兩年後教皇去世，他才被釋放。雖然他又重新在羅馬掌了權，但幾個月之後卻被暴民殺害了。
由於流亡法蘭西，教廷的威望大打折扣。為了彌補這一損失，格里高利十一世於1377年回到了羅馬，但他第二年就去世了。繼任者烏爾班六世（義大利人）又和法蘭西大主教們發生了爭執。大主教們選舉日內瓦的羅伯特（法蘭西人）為他們的教皇，稱之為克萊門特七世，並重新住在阿維農。由此產生的宗教分裂一直持續到了康斯坦斯全教會議。法蘭西人擁護他們的阿維農教皇，而帝國只承認在羅馬的教皇。由於兩個教皇都任命了各自的大主教，而這些主教們又都選舉了教皇的接班人，因此裂痕便到了無法彌合的地步。為了打破這一僵局，1409年在比薩召開的全教會議決定廢黜兩位現有的教皇，並在會上選出了一位新教皇。但是被廢黜的教皇都不肯退位，於是就有了三位教皇，而不是過去的兩位。1414年召開的康斯坦斯全教會議終於恢復了某些秩序。新當選的教皇被廢黜，羅馬的教皇被勸退，阿維農的教皇則由於缺乏在法蘭西得勢的英格蘭人的支持，最終解體。1417年，全教會議任命馬丁五世為教皇，這才算結束了宗教大分裂。然而教會自身的內部改革並不成功，教皇通過反對會議運動，進一步削弱了教廷原本可以贏得的威信。
在英格蘭，約翰·威克利夫（約1320～1384）進一步開展了對羅馬的抵制。威克利夫是約克郡人，也是牛津的學者和教師。值得一提的是，英格蘭和歐洲大陸相比，長期以來就不大順從於羅馬。征服者威廉早就有規定，在他的疆域內，未經國王同意不得任命主教。威克利夫是一位世俗的教士，他的純哲學著作不如弗蘭西斯派的重要。他放棄了奧卡姆的唯名論，傾向於更接近柏拉圖的某種形式的實在論。奧卡姆賦予了上帝絕對的自由和權力，而威克利夫則認為上帝的律法是必需的，而且這種約束對上帝本身也有效。世界不可能超越它存在的樣子，這個觀點明顯受到了新柏拉圖學說的啟示，並於17世紀在斯賓諾莎的哲學中再次出現。威克利夫晚年漸漸開始反對教會，首先是因為教皇和主教們沉醉於奢靡的世俗生活之中，而廣大信眾卻十分貧困。1376年，他在牛津的一次演說中提出了一種世俗統治的新觀點，即只有正直、正義的人才有權獲得財產和權威。教士們迄今為止都未能經受住這種考驗，這就意味著他們放棄了財產，財產問題應當由國家來決定。無論如何，財產都是弊端的根源：如果基督及其門徒原本一無所有，那麼今天的教士們也不應該擁有任何財產。有財產的教士們自然不喜歡這樣的觀點，但正準備停止向教皇進貢的英國政府卻很支持。教皇格里高利十一世發現威克利夫與巴都阿的馬西哥利歐有著同樣的異端見解，於是就下令審判他，但審判卻為倫敦市民們所否定。另外，牛津大學也堅持自己有服從國王的學術自由，而否定了教皇將其教師送上法庭的權力。
宗教大分裂之後，威克利夫甚至聲稱教皇是反基督分子。他和一些朋友一起出版了《聖經》的英譯本，並建立了一個清貧教士的世俗修士會，會員都是為窮人服務的巡迴傳教士。最後，他還譴責了「化體論」觀點，後來的宗教改革領袖們也痛斥了這一觀點。威克利夫在1381年的農民起義中採取了中立，儘管他以前曾是起義的同情者。1384年，他在路特渥爾茲去世。他生前逃脫了迫害，死後卻被康斯坦斯全教會議鞭屍泄憤，他的英格蘭追隨者（羅拉德派）也遭到了無情地消滅。而在波希米亞，威克利夫的學說卻啟發了胡斯運動，該運動一直持續到宗教改革。
如果我們問自己，希臘思想和中世紀思想的主要區別是什麼？那我們就完全可以說，希臘思想中缺乏原罪意識。希臘人似乎並不為遺傳下來的個人罪孽負擔感到苦惱。也許他們的確注意到了現世生活是朝不保夕的，隨時可能因為神靈的心血來潮而毀滅。但他們絕不會認為這是對過去罪孽的一種正義的報應。由此可見，希臘人心靈里沒有贖罪或靈魂獲救這種觀念。因此，總體上看，希臘人的倫理思想完全不是形上學的。在希臘化時代，尤其是隨著斯多葛主義的興起，某種忍受苦難的特性悄然潛入了倫理學，後來又傳給了早期的基督教各派。然而說到底，希臘哲學並沒有遭遇過神學問題，因而始終是徹底世俗的。
當西方世界為基督教所控制的時候，倫理問題的形勢便發生了劇烈的變化。對基督教徒而言，今生是在為更好的來世作準備，一個人的各種苦難是其必須經歷的考驗，是為了消除其原罪負擔。但是，從字面上理解，這似乎是超人才能完成的任務。為了成功地經受住考驗，人需要神的幫助，而神則可能願意，也可能不願意提供幫助。在希臘人眼裡，德行是對自己的獎賞，而基督徒則認為行善是因為上帝有此要求。雖然僅靠遵循嚴格的德行原則並不能確保靈魂獲救，但無論如何這也是一個先決條件，其中的一些信條當然要深信不疑，這正是神的幫助首先介入的地方。由於人必須通過對神的皈依來獲得信仰，因而就得尊重信仰的各種條款。那些連第一步都做不到的人就只能無可救藥地被詛咒了。
正是上述背景使得哲學逐漸具有了某種宗教功能。雖說信仰超越理性，但信仰者還是可以儘量利用理性來展示其信仰，從而增強自己抵制疑惑的意志，於是，哲學在中世紀就成了神學的婢女。只要這種觀點還盛行，基督教哲學家也就必然是教會成員。迄今為止，所有的世俗學問都是教士們和某些大修士會成員所開辦的學校（或後來的大學）保留下來的。這些思想家所使用的有效哲學手段可以追溯到柏拉圖和亞里士多德，尤其是亞里士多德派還在13世紀占據了主導地位。不難理解為什麼亞里士多德比柏拉圖更容易被基督教神學採納。用經院派語言來說，我們可以這樣來解釋這一點：在對事物的處理上，實在論者的理論沒有給神權留下絲毫髮揮關鍵作用的餘地，而唯名論卻在這方面提供了更廣闊的空間。儘管猶太教與基督教的上帝並不等於亞里士多德的神靈，但無論如何，亞里士多德學說也確實比柏拉圖學說更適合基督教方案。柏拉圖的學說很容易激發出泛神論觀點，正如我們下文將介紹的那樣，斯賓諾莎就是一個例子，儘管他的泛神論特徵完全是邏輯性的。只要承認理性在一定程度上支持信仰，那麼哲學與神學之間的這種融洽就會持續下去。自從14世紀的弗蘭西斯派學者否定了這種可能性，並堅持認為理性與信仰互不相干後，中世紀觀念就逐漸從舞台上消失了，神學領域不再繼續使用哲學。奧卡姆使信仰徹底擺脫了與理性探索的聯繫，從而使哲學回到了現世主義的老路上去。16世紀以後，教會就不再在哲學領域占主導地位了。
這次宗教大分裂，還使人們能夠把自己的理性活動與宗教活動嚴格區分開來。如果認為這是一種虛偽，那就完全錯了。無論過去、現在還是將來，總有很多人不願讓自己的實際信仰干預宗教信仰。相反，可以十分肯定地說，只有通過這種方式，宗教才能保持獨立性，使自己免遭懷疑的襲擊，因為只要神學進入了辯證法領域，就必須遵循理性討論的規則。
而當人們必須相信某個不符合經驗探索結果的命題時，又會走進另一個無法擺脫的困境。拿地球的年齡來說，《舊約》的估計是5750年左右，這是正統派必須相信的數字；而另一方面，地質學家們卻拿出了種種證據，認為地球的年齡在40億年以上。這樣一來，其中的一個信念就必須加以糾正，除非具有宗教思想的探索者打算在星期日堅持一個觀點，而在其餘幾天則堅持另一個觀點。這裡的重要意義在於，在宗教原則與探索結果出現衝突的地方，宗教總是處於防守地位，並且不得不改變其立場，因為從本質上看，信仰絕不應該和理性發生衝突，既然這樣的衝突在理性辯證法的領域之內，那麼宗教就總是不得不敗下陣來。但是在這種情況下退卻之後的宗教，卻能夠維持自己獨特而獨立的地位。
經院派哲學家們在試圖儘量合理地解釋宗教教義時，常常顯示出他們過人的獨創性和巧妙思維，這些實踐的長遠影響錘鍊了後來中世紀思想家們所繼承的語言工具。這或許就是經院派所完成的最有價值的工作。它的缺陷在於對經驗探索不夠重視，這個缺陷一直到了弗蘭西斯派學者那裡，才引起了重視。在一個關註上帝和來世甚於今生的時代，如此輕視經驗探索的結果，也是很自然的。文藝復興思想家們再次強調了以人為中心，在這個思潮中，人的活動應該以其自身價值而受到重視，由此，科學探索的步伐也開始以驚人的速度向前邁進。
在近三、四百年里，一種重視活動的倫理觀不僅改變了西方世界，而且也改變了世界其他地方。由於世界已經為西方的技術所征服，所以其倫理觀也隨之在一定程度上產生了新的影響。