中國通史（第七冊） · 第四節統治集團的爭鬥與人民起義
忽必烈戰勝阿里不哥，在漢人軍閥、儒生的支持下，建立起元朝。元朝作為一個封建國家繼承了漢人的封建統治制度，同時又保存了蒙古的某些奴隸制的殘餘，還採納了西域色目人的一些剝削方法。這些來自不同民族的不同的統治政策和方式不能不發生多方面的衝突。忽必烈和他的繼承者成宗鐵穆耳時期，元朝一直處在這種衝突之中，而沒有能以建立起適合元朝國家狀況的穩定的統治。這表現在經濟上，即長期出現財政危機，無法挽救；政權上，即不斷出現蒙、漢、色目官員相互間的權利爭奪，互相傾軋，無法調和。
元朝建立後，蒙古宗王內部之間的爭鬥，也並沒有終止。西北和東北的蒙古藩王不斷掀起武裝反亂，威脅著元朝的統治。
江南地區的各族人民，前仆後繼地舉行武裝起義，給予元朝統治者以沉重的打擊。
元朝的統治，處在重重矛盾之中。
（一）蒙、漢、色目統治集團的權利爭奪
一、阿合馬執政
忽必烈依靠漢人軍閥和儒生的支持，取得帝位。李璮亂後，殺王文統，逐漸轉向依靠阿合馬為首的色目商人集團，為皇室和國家搜括財富。阿合馬先後在尚書省和中書省執政，專權「征利」，與漢人地主、官僚們發生嚴重的利益衝突。元朝封建王朝內部逐漸形成漢人與色目官僚集團的激烈爭鬥。
征利搜括 自窩闊台以來，由奧都刺合蠻等色目人所實行的征斂，與漢人傳統的封建剝削方法多有不同，因而朝廷官員中的漢人與色目人不斷地出現爭議。阿合馬主持財政，更加殘酷地多方敲剝。
撲買--即包稅。通計某一地區應得稅錢數額，由承包者征辦輸官。宋、金時期，在礦冶河泊等局部地區，曾有過類似的辦法。阿合馬推行的撲買法，主要是來自西域。窩闊台時，奧都刺合蠻任用色目商人，在各地實行撲買。確定數額後，朝廷不再過問徵稅的方式；承包者得以任意向民間勒索。阿合馬推廣此法，任用色目及漢人官員，隨意增加稅額。安兩王府相官趙炳向阿合馬建言，陝西課程歲額一萬九千錠，如盡心措辦，可得四萬錠。阿合馬命趙炳辦理，增到四萬五千錠。阿合馬還認為未實，要再檢核。撲買法的推行，不斷加強對人民的敲剝，原來收稅漁利的官吏也因此受到了損害。
理算--又稱「拘刷」、「打勘」。原義是檢查和清理官司錢財的欺隱和通欠。阿合馬以此為名，對各級官吏進行額外的誅求，最後受害的，還是人民。鄭所南《心史》揭露說：「打勘」其實是「騙財之術」。州縣上下司務，每年打勘一二次，賄賂歸於官長，州縣官吏甚以為苦。他還說：官吏苛取民財，卻又被長官脅取。好象鸕鶿得魚滿頷，即被人抖取；鸕鶿再去取魚，人又來抖取。南宋亡後，阿合馬派官員理算江淮建立行省以來一切錢穀。江淮行省平章阿里伯，右丞燕帖木兒因而被處死。理算又成為阿合馬排斥異己的手段。
壟斷專利--阿合馬繼續發展官賣制度，壟斷鐵、銀等礦冶業，由官府括民鑄造農器，易粟輸官。農器粗劣而價昂。胡祇遹《農器嘆》詩云：「年來貨賣拘入官，苦窳偷浮價倍增。」民間不願買用，便強行抑配。一二七五年，元兵南下。姚樞與徒單公履等上言，北鹽及藥材，可使百姓從便貨賣。阿合馬上奏說：「臣等以為此事若小民為之，恐紊亂不一。」他建議在南京、衛輝等路籍括藥材；蔡州發鹽十二萬斤，禁止私相貿易。又禁私造銅器，所有公私冶鐵鼓鑄統由官府專賣。
中統交鈔
濫發鈔幣--窩闊台至蒙哥時期，繼承金朝的鈔法，曾陸續印造鈔幣。忽必烈即位後，一二六一年（中統二年）頒行交鈔，以絲為本。交鈔二兩合銀一兩，（銀五十兩為一錠）。同年十月，又發行中統元寶鈔，分為十等，以錢為準，錢一貫（一千文）同交鈔一兩。元朝滅宋後，用中統鈔倒換南宋的交子和會子，統一了幣制。中統鈔的發行額，一二七三年以前，每年不過十萬錠。滅宋後當然要有所增加.但阿合馬以濫發鈔幣作為搜括財富的手段。一二七六年以來，每年印發數，自數十萬至一百九十萬。中統鈔貶值五倍以上。鈔幣的濫發造成「物重鈔輕，公私俱弊」，嚴重破壞了經濟的發展。
阿合馬採取多種措施，搜括財富，又一再增加各種稅額，加重剝削。阿合馬原領諸路都轉運司，任意取稅。翰林學士王磐指責說：「現在害民的官吏，轉運司最甚，以至『稅人白骨』（喪葬稅），應當罷去。」一二七五年，元兵南侵，國用不足，阿合馬又請重立都轉運司和諸路轉運司，督收稅課，量增舊額。
至元寶鈔印板
植黨專權 李璮亂後，阿合馬領中書左右部兼諸路都轉運使，總管財政。一二六六年，設立制國用使司，阿合馬為使，一二七○年，立尚書省，阿合馬任為平章政事。尚書省用人，本應由吏部擬定資品，咨中書省奏聞。阿合馬專權植黨，濫用私人，既不經部擬，也不咨中書。阿合馬受到指責，向忽必烈請告說：「事無大小皆委之臣。所用之人，臣宜自擇。」阿合馬得到忽必烈的支持，在各地濫設官所，廣泛培植私黨。一二七一年，尚書省併入中書，阿合馬任中書平章政事，列於相位，進而掌握了政權。
阿合馬子忽辛，曾被忽必烈認為是「不知事」的「賈胡」。一二七二年，阿合馬任他為大都路總管兼大興府尹，一二七九年，任中書右丞，又任為江淮行省平章政事。阿合馬的另一個兒子抹速忽充任杭州達魯花赤，在江南地區恣意搜括。阿合馬有子四十餘人，多居要職。子侄或為行省參政，或為禮部尚書、將作院達魯花赤、領會同館。他們雖然一度遭到彈劾被罷黜，但不久又都復職，忽辛等仍然位居顯要。阿合馬廣收賄賂，甚至一些人獻上妻女，即可得官。
阿合馬憑藉權勢，在各地強占民田，攫為己有，又挾權經商，獲取四方大利，在家中設置「總庫」，號曰「和市」。阿合馬、忽辛父子依仗權勢，奪人妻女作妾。阿合馬擁有妻妾至四百餘人。一二七五年右相安童北戍，一二七七年左相忽都察兒去職，阿合馬以平章而專相位，任情生殺，更為專橫。
色目與漢人官僚的爭鬥 自阿合馬領中書左右部，專理財政時起，趨向「漢法」的蒙古貴族和一些漢人官僚、儒生便同阿合馬集團不斷地相互鬥爭。
一二六二年，阿合馬領左右部，總管財用事，請將有關政事直接奏報皇帝，不經中書。張文謙竭力反對，說「中書不預，無是理也」。一二六四年，總管財賦的阿合馬黨羽相互攻擊，中書省不敢過問。中書平章政事廉希憲窮治其事，杖阿合馬，撤銷領中書左右部，併入中書。但阿合馬反而被超拜為中書平章政事，列位宰執。一二六六年，忽必烈又設置了總理財政的制國用使司。阿合馬以乎章政事兼領使職，他對漢儒官員以及傾向於漢法的蒙古貴族多方排斥。丞相線真和史天澤屢次與阿合馬辯論，都被他擊敗。安童（木華黎四世孫）以勛舊子弟任中書右丞相，忽必烈令許衡作他的輔導，安童奏請令儒臣姚樞入省議事，因此阿合馬也對安童不滿。一二六八年，阿合馬奏請以安童為三公，解除他在中書省的實權。事下諸儒臣議論，商挺說，「安童是國家柱石，若為三公，是崇以虛名，而奪去實權，甚不可。」阿合馬的陰謀沒有得逞。但他領尚書省，奏事不經中書。安童向忽必烈說：原定有大政令，從臣等議定，然後上奏，今尚書省一切以聞，似違前奏。忽必烈說：「阿合馬豈是因為朕頗信用，而敢如此專擅麼？不與卿議，非是。」但阿合馬擢用私人，仍不咨中書。安童乃固請：「自今唯重刑及遷上路總管，始屬之臣；餘事並付阿合馬。」許衡在朝，多次與阿合馬爭辯。一二七三年，阿合馬欲命其子忽辛為同簽樞密院事。許衡獨持異議說：「國家事權，兵民財三者而已。現在其父管民與財，子又領兵，不可。」忽必烈說：「你擔心他會造反麼？」許衡說：「他雖不反，此反道也。」阿合馬由此大恨許衡，多方傾陷，甚至連許衡所主持的大學也因諸生廩餼不繼，迫使許衡解職還鄉。
阿合馬得到忽必烈的信用，屢毀漢法，反阿合馬的漢人力量，則得到太子真金的支持。太子真金一二六二年封燕王，守中書令。一二七三年立為皇太子，仍兼中書令判樞密院事。一二七九年忽必烈接納董文忠等的建策，詔令皇太子參決朝政，朝廷政事先啟奏太子，然後再奏報皇帝。真金為燕玉時，由劉秉忠弟子王恂伴讀。王恂為真金講解儒學的三綱五常和為學之道，許衡講論經史，待制李謙等也在真金左右備咨訪。真金對阿合馬極為厭惡，曾以弓毆傷阿合馬面部，並在忽必烈面前折辱阿合馬。阿合馬對真金也十分懼怕。反阿合馬的漢人儒生、官僚事實上逐漸形成了一個擁戴真金、安童的集團。
反阿合馬集團與阿合馬的鬥爭在不斷激化。一二七四年，安童以阿合馬擅財賦權，蠢國害民，官屬所用非人，奏請別加選擇；文奏報阿合馬營作宮殿，因緣為奸，奏請詰問。忽必烈命予查究。阿合馬集團遭到一次打擊。阿合馬拘民間鐵，官鑄農器，高價抑配；又在東平、大名設立行戶部印造鈔幣。大司農卿張文謙向忽必烈奏報，極力請予罷廢。一二七五年，安童北戍，阿合馬獨專相權，又極力排斥漢臣。阿合馬恐右丞廉希憲出相，奏請命廉希憲出朝，行省江陵。一二七六年，張文謙遷授御史中丞。阿合馬恐怕憲台對他彈劾，奏請罷廢諸道按察司，以此來動搖張文謙。張文謙奏請恢復，但終於被迫辭職，改領太史院。一二七八年，湖南行省左丞崔斌（安童薦用的漢人）入朝，極言阿合馬奸蠹，並說江南官冗，「阿合馬溺於私愛，一門子弟，並為要官」。忽必烈命御史大夫相威、樞密副使孝羅按問，罷黜阿合馬親黨，崔斌遷授江淮行省左丞，又廢除阿合馬黨的弊政，條具奏聞。不久之後，阿合馬即搜羅崔斌的細事，誣陷罪名，把崔斌處死。太子真金聽說此事，立即追使制止，但已不及。宿衛士洛陽人秦長卿上書揭露阿合馬為政擅生殺，說「觀其禁絕異議，杜塞忠言，其情似秦趙高；私蓄逾公家資，覬覦非望，其事似漢董卓。」請殺阿合馬。阿合馬便任秦長卿為興和宣德同知鐵冶事，然後藉故誣構，把他逮捕下獄。阿合馬又把不滿於他的亦麻都丁和劉仲澤入獄，派人告兵部尚書張雄飛說：「如能殺此三人，就讓你做參政。」張雄飛回答說：「殺無罪以求大官，我是不會幹的。」阿合馬怒，排擠張雄飛出朝，為澧州安撫使。秦長卿、劉仲澤等都被害死在獄中。阿合馬一再殺害漢官，回漢之爭越來越尖銳了。
二、王著殺阿合馬
阿合馬執政二十餘年間，不斷激化的回漢之爭，終於釀成王著殺阿合馬的重大事件。
阿合馬在位日久，一二八○年又援引中書左丞郝禎、耿仁等漢官結為私黨，勢傾朝野。一二八二年三月，忽必烈與太子真金去上都，阿合馬留守大部。益都人王著與僧人高和尚合謀，企圖殺死阿合馬。他們計劃在十七日晚結集八十餘人，偽裝太子，乘夜入城；並先派蕃僧二人去中書省，假說太子真金今晚要與國師來做佛事，騙阿合馬出來迎接時把他殺死。二僧人到中書省，宿衛士高■（渤海人）懷疑有詐，逮捕二僧，與尚書忙兀兒、張九思聚集衛士戒備。午間，千戶王著偽傳太子令旨，召樞密副使張易發兵，夜間來會。張易領兵至宮外。高■問：「果何為？」張易答：「夜後當自見。」又問，張易附耳說：「皇太子來誅阿合馬也。」入夜，王著先馳見阿合馬，說太子將到，命中書省官到宮前迎候。阿合馬派右司郎中脫歡察兒等數騎出關，遇王著、高和尚部眾。一人偽裝太子，責以無禮，殺脫歡察兒等，奪馬南入健德門，直至東宮前。夜二鼓，高■等望見燭籠儀仗，人馬齊來。一人至宮門前呼開門。高■等說，「皇太子平日不曾走此門，今何來此？」王著等人馬轉趨南門。阿合馬等來迎，偽太子立馬指揮，呼省官至前，責問阿合馬數語。王著即從袖中拿出銅糙，擊阿合馬腦，立即斃命。又呼左丞郝禎至，殺死，逮捕右丞張惠。張九思、高■等發覺有詐，聚集衛士來攻，高和尚等逃走。王著挺身就擒。
當日黎明，中丞也先帖木兒與高■等即馳往上都奏報。忽必烈自察罕腦兒到上都，命樞密副使孛羅、司徒和禮霍孫等來大都查辦，在高梁河捕獲高和尚。王著、高和尚和張易都被處死。王著臨刑大呼：「王著為天下除害，今死矣，異日必有為我書其事者。」死年二十九歲。
忽必烈得到阿合馬被殺的報告，顯然在懷疑：這個突然事變的背後，是否還有更為嚴重的陰謀。他召見董文忠薦用的儒臣玉思廉，避去左右，問他說：「張易反，你知道嗎？」王思廉回答說：「不清楚。」忽必烈說：「造反就是造反，還有什麼不清楚的。」王思廉說：「僭號改元謂之反，亡入他國謂之叛，群居山林賊害民物謂之亂。張易的事，臣實在不清楚。」忽必烈說，「朕自即位以來，如李璮之不臣，豈是因為我也象漢高帝、趙太祖那樣，驟然得帝位麼！」王思廉說：「陛下神聖天縱，前代之君不足比。」忽必烈又問：「張易所為，張文謙知道麼？」回答說：「文謙不知。」問：「你怎能證明？」回答說：「二人不和，臣所以知道他不知。」忽必烈在與王思廉的密談中，不但認定張易參予殺阿合馬事，並且進而懷疑到張文謙等漢臣。他談到驟得帝位事，表明他甚至在疑慮是否漢人要推翻他的統治。
忽必烈對漢臣的懷疑並不是沒有理由的。張易早年與張文謙同學，也與許衡等過從甚密。許衡被阿合馬排斥歸鄉。張易作詩送行。一二八○年，張易薦用高和尚隨和禮霍孫等同去北邊。張易被處死後，漢臣多為他辯護。甚至張九思也向太子真金說：張易只是受騙，「應變不審」，而不能「坐以與謀」。但是，事變發生前，張易與高■的對話表明，他前此確已與聞其事。王著死後，王惲為作《義俠行》記敘其事，序中說王著「奮捐一身為輕，為天下除害為重。」詩中稱頌說「至今冠古無與儔，堂堂義烈王青州。午年辰月丁丑夜，漢無策秘通神謀。」「袖中金鍵斬禹劍，談笑馘取奸臣頭。」現存元人詩作還存有一些詠荊柯的詩篇，隱喻對王著的稱頌。王著殺阿合馬事顯然博得了漢人臣僚和文士的廣泛同情和支持。義大利商人馬可波羅在他的遊記中記敘此事，直接稱為大都城裡的漢人造反，並說王著殺阿合馬之前，曾通知漢官要人，得到贊同。
忽必烈對王著案並未繼續深究，他很快便覺察到反阿合馬的蒙、漢官員具有強大的社會力量。當處理此案的孛羅向他報告了人們揭露的阿合馬的奸惡時，忽必烈轉而對臣下說：「王著殺之誠是也。」並且隨即追查阿合馬黨的罪惡，予以處治。漢人官員紛紛揭露阿合馬黨羽的罪行。四月，因阿合馬長子、江淮行中書省平章政事忽辛「罪重於父」，進行究勘。罷去阿合馬家奴忽都答兒所掌兵權。忽必烈下詔，原來因向阿合馬獻納妻女姊妹而得官者一律罷黜。阿合馬占據的民田，給還原主。五月，沙汰省部官，罷黜阿合馬黨人七百四十人。又追治阿合馬罪，發墓剖棺，戮屍於通玄門外。籍沒阿合馬妻子親屬所營資產，放免奴婢為民。逮捕耿仁，命中書省審訊。六月，詔令阿合馬濫設的官府二百四所，只保存三十三所，其餘罷廢。七月，又剖郝禎棺戮屍。九月，忽必烈敕中書省窮治阿合馬黨，設置「黑簿」，籍阿合馬黨人名姓。斬阿合馬第三子阿散，第四子忻都，又殺阿合馬黨耿仁、撒都魯丁。
十一月，阿合馬長子忽辛、第二子抹速忽也在揚州被處死。
阿合馬被殺後，對阿合馬黨的查究，一直延續到一二八二年底。這一鬥爭事實上是以色目官商集團的失敗和擁太子派的蒙、漢儒臣的勝利而結束。忽必烈任和禮霍孫為中書右丞相，耶律鑄為左丞相，甘肅行省左丞麥朮丁為中書右丞（至元十四年，麥朮丁以參知政事出任，當是受阿合馬排擠），張雄飛參知政事，張文謙任樞密副使，董文用為兵部尚書。太子真金對和禮霍孫說：「阿合馬死於盜手。你任中書，有便國利民的事，不要怕更張。如果有人阻撓，我當盡力支持你。」
三、盧世榮理財的失敗
一二八三年，和禮霍孫為相，上言：阿合馬專政時。衙門太冗，虛費俸祿，請依劉秉忠、許衡所定官制並省。忽必烈又敕令：省、台理決不平之事，准到登聞鼓院擊鼓奏聞。大抵和禮霍孫執政，只是從政治制度上清除阿合馬時的積弊，並未提出改革財政的有效措施。阿合馬因謀劃取利而被殺，也更加重了朝臣的顧忌。《元史?盧世榮傳》說：「阿合馬死，朝廷之臣諱言財利事，皆無以副世祖裕國足民之意。」一二八四年三月，安童自藩王海都處被釋還朝。十一月，忽必烈罷去和禮霍孫、麥朮丁、張雄飛等，復任安童為中書右丞相，盧世榮為右丞，前御史中丞史樞為左丞。大名人盧世榮在阿合馬執政時，曾任江西榷茶運使。阿合馬敗後，被罷免。總制院使桑哥（畏兀兒人）向忽必烈薦盧世榮能理財裕國，因而被耀用，安童、盧世榮建言：「阿合馬專政時所用大小官員，例皆奏罷，其間豈無通才？宜擇可用者仍用之。」盧世榮起用前河間轉運使張弘綱、撤都丁等多人，受命理財。
盧世榮受任，即日奉旨整治鈔法，定金銀價，禁私自回易。安童、盧世榮奏請聽民間金銀從便交易；懷孟諸路竹貨從民貨賣收稅；江湖漁利，聽民採用；使臣往來，除驛馬外，飲食不取於站戶。官為支給。至元二十二年（一二八五年）正月，盧世榮又上奏說：「臣言天下歲課鈔九十三萬二千六百錠之外，臣更經畫，不取於民，裁抑權勢所侵，可增三百萬錠。」作為漢人官員的盧世榮，以「不取於民」，「裁抑權勢」作為他理財裕國的方針，顯然與阿合馬色目集團的理財方法並不相同。他向忽必烈建策：在泉州、杭州設立市舶都轉運司，造船給本，由商人經營海外貿易，獲利官收其七，商有其三。權勢所占有的產鐵之所全部禁沒，由官府立爐鼓鑄，獲利買栗存於常乎倉。各路設平準周急庫，向貧民放貸收息。各部立市易司，管領牙儈（中間人），商人貨物四十分取一，其中四分給牙儈，六分作為地方官吏俸祿。又建策在上都、隆興等路，由官府買羊馬，令蒙古人放牧，畜產品官取其八，牧民取其二，二月間，盧世榮請罷行御史台，各地按察司改為提刑轉運司，兼管錢穀諸事。中書省立規措所，任命善於經商者作為官吏，以規劃錢穀。他又建言忽必烈下詔頒示九事：一、免民間包銀三年；二、官吏俸免民間帶納；三、免大部地稅；四、江淮民失業貧困賣妻子者，由所在官府收贖，使為良民；五、逃移復業者，免除差稅；六、鄉民造醋者免收課；七、江南田主收佃客租課，減免一分；八、添支內外官吏俸五分；九、定百官考課升擢之法。
盧世榮以「裁抑權勢」為方針，不能不與「權勢」官員發生衝突，也不能不侵犯蒙、漢地主、商人（包括色目商人）的經濟利益。他自己顯然已意識到必然要遭到強烈的反對。他在就任後不到十天，御史中丞崔或即上言盧世榮不可為相。崔或因此被罷職。盧世榮向忽必烈說：「臣之行事，多為人所怨，日後必定有人要來攻擊，臣實在恐懼。請允許我先說在前頭。」忽必烈回答說：「你所做的事，朕自歡喜，只有那些好偽人才不喜歡。」四月間，盧世榮又奏告說：「臣愚以為今日之事，如同數萬頃田，以前無人耕作，長滿了雜草。現在臣要來播種，就要借丞相之力來守護：還要陛下為臣添力，如天下雨。惟陛下憐臣。」忽必烈說：「這些，朕已知道了。」但是，不久之後，監察御史陳天祥即上章彈劾盧世榮「苛刻誅求，為國斂怨，將見民間調耗，天下空虛。」說他「始言能令鈔法如舊，弊今愈甚；始言能令百物自賤，今百物愈貴；始言課程增至三百萬錠，不取於民，今迫脅諸路，勒令如數虛認而已；始言令民快樂，今所為無非擾民之事。」忽必烈在上都得奏，命安童集老臣、儒士和諸司官吏聽取彈文，召盧世榮與陳天祥同去上都辯對。御史中丞阿刺帖木兒、郭祐等查出盧世榮的罪狀有：不經丞相安童，支鈔二十萬錠；擅升六部為二品；仿效李璮的辦法，要急遞鋪用紅、青、白三色囊轉行文字；不與樞密院議，調三行省萬二千人置濟州，委槽運使陳柔為萬戶管領；用阿合馬黨人關閉回易庫，罷白酵課，立野面、木植、磁器、桑棗、煤炭、匹段、青果、油坊諸牙行等等。丞相安童也轉而指責盧世榮說：「世榮原來奏稱能不取於民，歲辦鈔三百萬錠，數目即有成效。現在已經四個月，與原來說的不符，錢穀出多於入。引用 人，紊亂選法。」忽必烈捕盧世榮下獄，命安童與諸老臣議，世榮所行，當罷者罷之，更者更之。
盧世榮任相理財，不過百餘日，即遭到失敗，顯然是由於擁戴太子真金的蒙、漢官員的強烈反對。盧世榮進言理財時，太子真金即深以為非，說：「財非天降，哪能每年都有贏餘？豈只害民，實是國之大蠢！」盧世榮敗後，真金薦用的御史中丞郭祐入居中書，任參知政事。麥朮丁仍在中書任職。
忽必烈皇后察必（真金母）在一二八一年病死。一二八三年，立弘吉刺氏南必為後。忽必烈年近古稀，相臣常不得見，便向南必後奏事。盧世榮敗後，擁真金的漢人儒臣又一次獲得勝利。江南行台監察御史上封事說，皇帝春秋高，宜禪位於皇太於。真金得知，極為惶恐。御史台隱匿奏章不敢奏報。反真金的阿合馬黨人塔即古、阿散受命理算積年錢穀，乘機查封御史台吏案牘，藉以揭發其事，奏報忽必烈。忽必烈即派人取閱奏章。御史台都事尚文急忙向御史大夫月律魯報告說：「這是要上危太子，下陷大臣，流毒天下之民，其謀至奸。塔即古是阿合馬的餘黨，贓罪不小，不如先來揭發他。」月律魯與丞相安童商議，將原委面奏皇帝。忽必烈大怒，說：「你們就沒有罪麼！」經過勸說，忽必烈才暫緩拘刷。接著以贓罪懲治了塔即古和一些阿合馬黨羽。十一月，斬盧世榮。十二月，太子真金也憂懼病死，年四十三歲。
四、桑哥理財的失敗
忽必烈任用盧世榮理財，再次遭到蒙、漢官員的反對而失敗。朝中擁真金的一派文臣也因真金之死，而削弱了力量。但朝廷上國漢之爭並未因而終止，朝廷財政也仍然是入不敷出，亟待經理。至元二十四年（一二八七年）閏二月，忽必烈採納麥朮丁議，再立尚書省理財，以桑哥、鐵木兒為平章政事。蒙、漢、色目官員之間的鬥爭，隨之再次激化。
畏兀人桑哥，原為國師膽巴之弟子。至元年間，曾為總制院使。因而得以接近忽必烈，得到信用。十月間桑哥升任為尚書省右丞相，鐵木兒及阿魯渾撒里為平章政事，漢人葉李為右丞。
桑哥受命理財，重又採用阿合馬等的一些措施：更定鈔法--鈔法虛潰，仍是元朝財政中的嚴重問題。一二八七年三月間，桑哥更定鈔法，頒行新鈔「至元寶鈔」，與中統鈔同時通行。至元鈔一貫文折合中統鈔五貫文。
理算--桑哥奉旨首先檢核中書省，查出虧欠鈔四千七百七十錠，昏鈔一千三百四十五錠。平章麥術丁伏罪，參政楊居寬、郭祐等因此被殺。桑哥又設征理司，鉤考倉庫。委派參政忻都、戶部尚書王巨濟、參議尚書省事阿散等十二人，理算江淮、江西、福建、四川、甘肅、安西等六省財賦，每省各二人，特給印章，並派兵士衛從，以備使令。理算的範圍，甚至包括到元朝建國以來歷年漏征的賦稅，搜括極廣。僅杭州一地因理算而被迫自殺及死於獄中者，即有幾百人。
增課程--一二八九年，桑哥向忽必烈奏報說：「國家經費既廣，歲入常不夠支出，往年計算，不足百萬錠。自從尚書省鉤考天下財谷，賴陛下福，以所征補償，未嘗征斂百姓。但今後恐難再用此法。因為倉庫可征者已少，敢於再偷盜者也不會很多。」他因此建策增加課程稅收。鹽引自中統鈔三十貫增加為一錠，茶引自五貫增為十貫，酒醋稅課江南增額十萬錠，內地五萬錠，只輸半賦的協濟戶增收全賦。又增征商稅，腹里地區增至二十萬錠，江南二十五萬錠。
桑哥為元廷多方搜括，一度補救了入不敷出的局面。桑哥的權勢，也隨之日益顯赫。忽必烈甚至支持佞諛者為桑哥立碑頌德。尚書省拴調內外官員原應由中書省宣敕，忽必烈命付尚書省。桑哥既得專用人大權，一些官員便走他的門路，納賄求官，出高價者即可得逞。桑哥財權在握，經營私產，掠取財貨，家藏的珠寶甚至超過宮廷。
桑哥重新推行阿合馬的理財諸法，當然不能不遭到擁漢法的蒙漢官員的反對。一二八七年初置尚書省時，丞相安童即上奏說：「臣力不能回天，乞不用桑哥，別相賢者，猶或不至虐民誤國。」刑部尚書不忽木（康里部人），自幼年在太子真金的東宮，師事王恂，又從許衡學習儒學，是擁漢法的真金一系。桑哥處死楊居寬、郭祐，不忽木出面力爭，未能救免。桑哥排斥不忽木出朝，以病免官。御史中丞董文用每與桑哥辯論，密奏彈劾桑哥。桑哥也在忽必烈前譖詆文用，請痛治其罪。忽必烈說：「他是御史，職任所在，何罪之有？」一二八八年，董文用遷授大司農。一二八九年，集賢學士、江南行台御史程矩夫入朝，劾奏「今權奸用事，立尚書省鉤考餞谷，以剝削生民為務。所委任者，率皆貪饕邀利之人。」桑哥大怒，奏請處死。忽必烈不准。中書右丞崔或與平章麥朮丁也上奏揭發桑哥納賄賣官，故舊親黨，皆授要職，「難以欺蔽九重，朘削百姓為事」。反桑哥的鬥爭日益激化。一二九一年初，翰林侍講趙與■因有虎入京城，上疏劾權臣專政，指斥桑哥苛猛如虎。忽必烈去柳林射獵，怯薛歹徹里乘間劾奏桑哥奸貪誤國，說：「臣與桑哥無仇，所以力數其罪而不顧身，是為國家打算。倘若畏聖怒而不說，奸臣何由而除，民害何由而息！」忽必烈召問不忽木（一二九○年拜翰林學士承旨），不忽本對答說：「桑哥塞蔽聰明，紊亂政事，有人敢說他，便誣陷以他罪而殺害。現在百姓失業，盜賊蜂起，亂在旦夕。不殺桑哥，深為陛下擔憂。」反桑哥的官員也紛紛乘機進言。忽必烈命御史大夫月律魯等台官勘驗，與桑哥辯論。桑哥被逮下獄究問。
桑哥執政理財，前後四年而失敗。二月間忽必烈詔令籍沒桑哥家產，竟有內帑之半。又命徹里去江南，捕系桑哥妻黨、湖廣行省平章要束木及江浙省匝納速刺丁滅里、忻都、王巨濟等至京師。桑哥、要束木及納速剌丁滅里等均被處死。
桑哥敗後，忽必烈又罷廢尚書省，併入中書，各地停止理算鉤考。忽必烈采不忽木的建策，以太子真金的原詹事長、故丞相綿真子完澤為中書右丞相，不忽木為中書平章政事，徹里為御史中丞，麥朮丁仍為平章。
五、成宗的守成政治
忽必烈在位三十五年，先後任用阿合馬、盧世榮、桑哥執政理財，一再由於蒙、漢官員的反對而遭到失敗。元朝政權一直處在漢法與「回回法」的反覆鬥爭之中。一二九三年六月，忽必烈立皇孫鐵穆耳（真金子）為皇太子。忽必烈在病中，召見御史大夫月律魯、太傅伯顏和不忽木等，遺沼立太子。至元三十一年（一二九四年）正月，忽必烈病死，年八十歲。
太子真金妻伯藍也怯赤（闊闊真）長子晉王甘麻刺領兵鎮守北邊。次子答刺麻八刺，已死。立為太子的鐵穆耳是第三子，當時也領兵在北。忽必烈死後，甘麻刺、鐵穆耳都來到上都，會集諸王，舉行忽里勒台。伯藍也怯赤主持大會。月律魯、伯顏、不忽木奉遺詔，與右丞相完澤、御史中丞徹里等擁立鐵穆耳即皇帝位（成宗）。伯顏執劍宣讀遺詔，諸王不敢有異議。大會之後，晉王甘麻刺仍回藩邸，駐守哈刺和林。
成宗即位，翰林學士王惲依據經書宗旨獻上《守成事鑒》十五篇。成宗即位詔說：「尚念先朝庶政，悉有成規，惟慎奉行，罔敢失墜」。他繼續任用完澤、不忽木等為相，並詔令「宗藩內外官吏人等，咸聽丞相完澤約束」，又以御史大夫月律魯為太師，伯顏為太傅（同年十二月，病死）。同年七月，成宗下詔崇奉孔子，任反桑哥的儒臣王惲、趙與■等為翰林學士，優加禮遇。一二九八年任用哈刺哈孫為中書左丞相。有大政事，必引儒臣雜議，又在京師建孔子廟學。成宗「格守成憲」，尊孔崇儒，爭取蒙、漢儒臣的擁戴，以鞏固他的統治。
成宗在尊儒臣、用漢法的同時，又任用色目官員以綜理財賦。回回人賽典赤孫伯顏任中書乎章政事，弟伯顏察兒參議中書省事。阿合馬餘黨得罪獲免的阿里，在桑哥敗後，任中書右丞。成宗即位，御史台提出彈劾，成宗采中書省議，仍令阿里執政如故。成宗用蒙漢儒臣執政，色目官員理財，漢法與「回回法」並用。在他統治的十二年間，沒有再爆發如象世祖時期那樣尖銳的回漢之爭，暫時地穩定了朝廷的政局。但是，以守成為方針的成宗統治時期，朝廷政治日漸腐敗，財政經濟的紊亂和鈔法的敗壞也仍在繼續發展。
蒙古舊例，忽里勒台選汗大會之後，與會諸王都要接受新汗的賞賜。成宗即位後，中書省臣上言：「陛下新即大位，諸王、駙馬賜與宜依往年大會之例賜金一者加為五，銀一者加為三。」照此辦理，賞賜增加三、五倍不等。成宗用濫加賞賜的辦法，以爭取蒙古貴旋的支持，三個駙馬的賞銀就超過十二萬兩。西平王奧魯赤等幾個藩王，各賜金五百兩，銀五千兩、鈔二千錠。諸王、公主賞賜的金銀鈔幣，匯為巨大的數量。朝臣的賞賜，月律魯金一百五十兩，伯顏等各五十兩，還有銀、鈔、錦，數量不等。大量賞賜使朝廷內帑空虛。這年六月間，中書省奏稱：「朝會賜與之外，余鈔只有二十七萬錠。」八月間，成宗詔令諸路平準交鈔庫貯存的銀九十三萬六千餘兩，只留十九萬二千餘兩作為鈔母，其餘全部運送京師。國用不足，動用鈔本，從此成為歷年的通例，其結果必然造成鈔法日壞，貨幣貶值，經濟紊亂，而朝廷的財政，仍然是年年不足。一二九八年（大德二年），成宗問中書省臣：每年金銀鈔幣收入有多少，諸王駙馬賜與和一切營建，支出有多少？右丞相完澤回答說：「歲入之數，金一萬九千兩，銀六萬兩，鈔三百六十萬錠，然猶不足於用，又於至元鈔本中借二十萬錠。」一二九九年，中書省又奏報說：「比年公努所費，動輒巨萬，歲入之數，不支半歲，其餘皆借及鈔本。臣恐理財失宜，鈔法亦壞。」一三○○年，左丞相哈刺哈孫說：「橫費不節，府庫漸虛。」元王朝的財政越來越難以維持了。
成宗實行守成政治，以緩和蒙、漢、色目官員間的衝突，各級官員越來越因循腐敗，貪賄公行。一二九九年，有人依仗父親官勢受賄，御史要歸罪其父。不忽木行御史中丞事，說「風紀之司，以宣政化、勵風俗為先。若使子證父，何以興孝？」樞密院官受人玉帶賄賂被揭發，不忽木說：「按照古禮，大臣貪墨，只說他■■不飾；若加笞辱，不合刑不上大夫之意。」不忽木援引儒學刑不上大夫的說教，公然為官員受賄作辯解，官員們更加肆行貪墨，無所顧忌。同年三月，行御史台彈劾平章教化貪污三萬餘錠。教化也揭發平章的里不花管領財賦，盜鈔三十萬錠，又揭露行台中丞張閻也接受別人的賄賂。成宗敕令一切不問。南宋末出身於海盜的富商朱清、張瑄，降元後為元朝製造海船，行海運，經營海上貿易，成為巨富。一三○三年因得罪籍役家產。監察御史上言，右丞相完澤曾接受朱清、張瑄的賄賂，成宗不理。又揭露中書平章伯顏、梁德珪、段貞、阿魯渾撒里、右丞八都馬辛、左丞月古不花、參政迷而火者、張斯立等受賄事，罪證確具，成宗只好下詔將他們罷免。但第二年，伯顏、梁德珪、八都馬辛、迷而火者等又都相繼恢復原職。一三○三年，定贓罪十二章。七道使臣在各地查出並罷免贓污官吏一方八千四百餘人，查出贓鈔四萬五千八百餘錠。當然，未被罷免的贓官和未被查出的贓物要遠遠超過此數。成宗即位初年，有人便指責說：「內而朝廷，外而州縣，無一事無弊，無一事無病。」成宗晚年多病，朝政由皇后伯要真氏和伯顏等所把持，更加昏暗。元朝的統治日益腐敗了。
（二）蒙古諸王的反亂
忽必烈戰勝阿里不哥以後，蒙古宗王的反抗並沒有因而終止。窩闊台後王海都、察合台後王篤哇聯絡蒙古宗王，一再在西北發動戰亂。接著，成吉思汗諸弟的後王乃顏等也與海都相呼應，在東北起兵。在忽必烈統治時期，從西北到東北，蒙古諸王的戰亂一直不斷。直到武宗時才大體平服。
一、海都及昔里吉等之亂
一二五一年，蒙哥即汗位，鎮壓窩闊台後王的反抗。窩闊台之孫、合失之子海都被滴封于海押立。在忽必烈與阿里不哥的汗位爭奪戰中，海都是阿里不哥的支持者。阿里不哥歸降後，海都與察合台後王數人仍拒不歸命。而且，海都已在尤赤諸後王的支持下，據有葉密立一帶原窩闊台、貴由的封地，成為窩闊台兀魯思諸王的領袖。忽必烈多次厚加賞賜，並劃蔡州為他的封地，以示優容。
一二六五年（至元二年）忽必烈派察合台曾孫八刺回察合台兀魯思，以牽制海都。八刺自立為汗後，與海都爭奪布哈拉城，兵敗言和。
一二六九年（至元六年），海都、八刺及黨附諸宗王在塔刺思河畔召開大會，分劃河中地區的利權：三分之二歸於八刺，余則分屬海都與朮赤後王忙哥帖木兒。與會諸王宣誓保持遊牧生活和蒙古傳統的風俗制度，並派遣使臣去質問忽必烈說：「本朝舊俗與漢法異，今留漢地建都邑城廓，儀文制度遵用漢法，其故何如？」這就清楚地表明：海都等蒙古保守派貴族反對用「漢法」的政治立場。八刺自立，與海都聯合後，對元朝的威脅更為嚴重了。
一二七一年（至元八年）忽必烈命皇子北平王那木罕率諸王鎮守阿力麻里。次年，海都援立八刺子篤哇為察合台汗，騷擾天山南北諸地。至元十二年（一二七五年）正月，忽必烈下令追收海都、八刺金銀符。篤哇、卜思巴等以兵十二萬進圍哈刺火州達六月之久，畏兀兒亦都護納女求和（一說，事在二十二年）。忽必烈派右丞相安童輔佐那木罕同守北邊。
一二七六年夏，隨從那木罕北征的諸王昔里吉（蒙哥子）、明理鐵木兒、玉木忽兒（阿里不哥子）、脫黑帖木兒等舉行了叛亂。叛亂者奉昔里吉為主，拘系那木罕、捕送安童于海都處。但海部以「彼間水草豐美，可仍駐留」為辭，拒絕與昔里吉等合兵。昔里吉等於是劫持宗王撒里蠻（蒙哥孫），退據額爾齊斯河上，大掠乞兒吉思五部，殺謙謙州屯守萬戶怕八兒，東犯和林，掠走成吉思汗大帳。應昌弘吉刺部只兒斡帶、六盤山霍虎起兵響應，漠南大震，居庸關以北為之告警。忽必烈抽調攻下臨安的南征軍主力北征。漢軍都元帥闊闊帶、李庭北逐撒里蠻，大將阿尤、重臣相威西戍別失八里，復命南征主帥伯顏率大軍北征。伯顏、土土哈部在鄂爾渾河上大破昔里吉軍，收復了和林。土土哈追擊昔里吉，逾阿爾泰山。
此時，諸王內部又發生了爭吵和分裂。脫黑帖木兒叛昔里吉，轉奉撤里蠻為主，玉木忽兒不從。昔里吉殺脫黑帖木兒，並囚系撤里蠻送朮赤後王火你赤處。途中經過撒里蠻的領地，被撒里蠻的部眾劫回。撒里蠻引軍攻打昔里吉。昔里吉兵敗，被俘。玉木忽兒引兵來戰，又敗。撤里蠻引眾南下，在歸降忽必烈途經斡赤斤封地時，又遭斡赤斤後王乃顏的襲擊，撒里蠻單騎脫走，來見忽必烈。在伯顏大軍的打擊下，從叛諸王也無以自存，便在一二八三年歸降忽必烈。次年，被拘囚的那木罕、安童獲釋回朝。
這時，海都仍占領蒙古草原西部及乞兒吉思的大部，遮斷忽必烈與西方諸汗國的交通，構成西北方面的強大威脅。忽必烈在和林、哈刺火州一線，派出大量軍兵駐守。一二八四年（至元二十一年）牙忽都、土土哈等曾擊敗海都軍，但海都仍擁有強大的勢力。
一二八五年（圭元二十二年）駐守西北的宗王阿只吉軍被篤哇擊敗。忽必烈又命伯顏代阿只吉總領北邊諸軍鎮守。
二、乃顏之亂
一二八七年（至元二十四年）四月，東北的宗王乃顏與勝納合兒、哈丹（哈赤溫後王）、失都兒（哈撒兒後王）、也不干（成吉思汗庶子闊列堅後王）等宗王起兵反元。乃顏是成吉思汗幼弟斡赤斤的後裔、有名的塔察兒國王之孫。在成吉思汗分封的東部諸王中，斡赤斤繼承了母親訶額倫的財產。在左手諸王中，土地、人民，以二十分計之，乃顏獨得其九，其餘忙兀、兀魯、札刺兒、弘吉刺、亦乞烈思五投下共得十一。中統初元，塔察兒國王對忽必烈的支持在當時的政局中有著舉足輕重的作用。忽必烈為了抑制東北諸王，特別是乃顏的專擅，罷山北遼東道、開元等路宣慰司，置東京等處行中書省，以資監護。這一措施更招致乃顏的不滿。乃顏謀反，與海都及西北諸王相聯絡，構成元朝自東北至西北的強大威脅。
忽必烈得到乃顏反訊，先命伯顏親自去乃顏軍中察看虛實，命土土哈肅清駐軍在上拉河上的也不乾等叛王；並遣伯顏進據和林，遮斷乃顏與海都的聯繫。五月，忽必烈自上都出兵，扶病親征。由於蒙古軍將多是乃顏的將校或戚屬，兩軍對陣時往往「立馬相響語，輒釋杖不戰」，忽必烈命李庭、董士選等統領漢軍，用「漢法」戰。六月，大軍在撒兒都魯敗乃顏部將塔不帶、金剛奴，進逼乃顏在遼河上的失刺斡耳朵。乃顏是景教的信奉者，在他的旗幟上立十字架為標誌，軍號十萬，以車環衛為營。忽必烈以步卒持長矛，在火炮掩護下進攻。馬可波羅在記述這次戰役時寫道：「由是雙方部眾執弓弩骨朵刀矛而戰，其迅捷可謂奇觀。人們只見雙方發矢蔽天，有如暴雨。雙方騎卒墜馬而死者為數甚眾，陳屍滿地。死傷之中，各處聲起，有如雷震。」乃顏兵敗被擒。七月，失都兒北犯咸平，兵敗，哈丹及其餘黨北逃。忽必烈留玉昔帖木兒輔皇孫鐵穆耳進討。一二八八年（至元二十五年），鐵穆耳、土土哈、李庭等進擊哈丹在呼倫貝爾地區的據點。哈丹流竄遼東、遼西及高麗之間，一二九一年（至元二十八年）被最後擊破。
三、海都連年擾掠
當乃顏之亂發生時，海都徵集精騎四千，謀乘隙而動。伯顏進據和林後，海都以孤立無援西退，但連年竄擾，作東北宗王的聲援。一二八八年（至元二十五年）海都犯邊，忽必烈命駐守畏兀兒地的諸王出伯征討。一二八九年（至元二十六年），海都軍又一次進逼和林，圍攻皇孫鐵穆耳。和林宣慰使怯伯等響應海都，漠北大震。七月，忽必烈再次親征，海都軍西遁，忽必烈不遇敵而還。明年，海都又在邊地進犯，土土哈與牙忽都居守大帳，不戰而潰，盡失輜重。一二九二年（至元二十九年）宗王明理鐵木兒附海都叛。伯顏奉詔出兵，明理鐵木兒敗降。一二九三年，忽必烈命御史大夫月律魯代伯顏統軍。六月，鐵穆耳鎮撫北邊，大將土土哈奉詔進攻乞兒吉思，盡收益蘭州等五部，進至謙河，屯兵防守。海都引兵來戰，敗走。海都失謙河諸部地，如斷左臂，元朝西北得以暫時免於騷擾。
四、海都、篤哇等的敗降
成宗即位，以寧遠王闊闊出（忽必烈子）、駙馬闊里吉思（汪古部長阿刺兀思曾孫）等駐防西北。一二九六年（元貞二年），海都、篤哇軍內分裂。宗王玉木忽兒、兀魯思不花和大將朵兒朵哈（在忽必烈時為元守邊，後叛附海都）等率領所部軍一萬二千人投歸元朝。一二九七年（大德元年）土土哈病死。子床兀兒承襲父職，領兵越金山，攻打海都占據的八鄰，大敗海都部下孛伯軍。次年，篤哇乘嚴冬元軍失備，再次來襲。闊闊出、床兀兒等疏於防禦，駙馬闊里吉思戰敗被擒。成宗即令玉木忽兒、朵兒朵哈領兵反擊篤哇，在哈刺火州境，出其不意，大敗篤哇軍。一二九九年，成宗派皇侄海山（答刺麻八刺子）代闊闊出鎮守北邊，總領漠北諸軍。床兀兒及老臣月赤察兒等為輔。一三○一年（大德五年）海都率察合台、窩闊台系後王四十餘人大舉東犯，與海山軍大戰於和林北迭怯里吉之地，海都軍潰；後二月，再戰於合刺合塔之地，又敗。海都不得志而退，在路上得病死去。其子察八兒繼立。一三○三年（大德七年），篤哇、察八兒等以長期構兵，全無所得，遣使「請命罷兵，通一家之好。」成宗許和。戰亂告一段落。
一三○六年（大德十年），海山軍乘篤哇與察八兒內訌，西逾阿爾泰山，大敗察八兒。察八兒窮蹙無歸，降附於篤哇。篤哇兼併了窩闊台兀魯思的全部領地，窩闊台汗國從此不再存在。同年，篤哇死，成宗命其子寬徹歸襲汗位，為元朝的藩臣。
（三）江南人民的反抗鬥爭
元朝蒙古宗王之間，蒙、漢、色目統治集團之間反覆地相互傾軋的年代，江南地區的廣大人民不斷掀起了反抗元朝統治的武裝鬥爭。
在滅宋戰爭中，蒙古軍隊還保存著一些奴隸制時期長期形成的擄掠奴隸和財物的舊習。主帥伯顏曾經說：「諸將渡江，無不荒貪，獨予與國寶（張庭珍字）清慎自持」。其實伯顏自己便大量地侵奪江南的庚田。掠奪人口作奴隸，是江南人民最為不堪的災禍。「大州小邑，四民子弟，無少長悉為人俘虜，流離括遷之餘，可矜可哀。」（同恕《榘庵集》）一二八○年（至元十七年），忽必烈令相威檢核阿里海牙，忽都帖木兒等所掠人口，多達三萬二千餘丁。攻滅南宋之後，軍將們的武裝劫掠一直不曾停止。一二九○年（至元二十七年），御史台言：「江南盜起，討賊官利其剽掠，復以生口充贈遺。」有唐兀帶者，公然引軍千餘人，於辰溪、沉州等處劫掠新附人千餘口及牛馬、金銀、幣帛等，麻陽縣達魯花赤武怕不花竟為他作嚮導。千戶脫略、總把忽帶公然統領官兵入婺州永康縣界殺掠吏民。唆都部下顧總管聚黨在海道劫掠商貨，明火執仗地攔道搶劫。
元朝政府的財賦收入，十分之七取自江浙。由阿合馬所委派的大批財賦官，唯利是征，茶鹽酒醋等稅，節次增添，比歸附初時十倍以上。又加上料民、括馬、鉤考等手段，花樣翻新。十年之內，江南錢穀八經理算，而官吏的貪婪，更達到驚人的地步。被派往江南的官吏，以謀財取利為能事。兩淮轉運使阿刺瓦丁貪污官鈔達二萬一千五百錠，盜取和賣馬三百四十四匹。他還擅自扣壓朝廷宣命，又把官吏的符牌給自己的家奴經商貿易。釋教江淮總攝楊漣真伽，占民五十餘萬為佃戶，庇平民不輸公賦者二萬三千戶，甚至公開盜掘南宋諸帝陵墓，攫取墓中的財寶。忽必烈連續發動對外侵掠戰爭（見下節）在民間拘水手，造海船，更加造成民不聊生，怨聲載道。
一二七九年南宋亡後，江南反元的義軍即到處興起。一二八三年，御史中丞崔或奏報說：「江南盜賊，相挻而起，凡二百餘所」。一二八七年桑哥說：「江南歸附十年，盜賊迄今未靖。」一二八九年二月月律魯說：「江南盜賊凡四百餘處。」人民武裝起義此仆彼起，不及匯為巨大的規模便相繼被元軍鎮壓下去。但是，人民群眾連綿不斷的武裝鬥爭，給予元朝統治的打擊是沉重的。
下面敘述元朝滅宋過程中的人民反抗鬥爭和南宋亡後幾次規模較大的農民起義。
元朝滅宋時期的人民起義 一二七六年（至元十三年）二月，夏貴以淮西諸郡降元。鎮巢軍統制洪福，原是夏貴的家僮，因戰功任鎮巢雄江左軍統制。迸戍鎮巢軍的元軍是由阿速人組成，極為殘暴。洪福誘使他們入城，備酒設宴款待。元兵酒醉，洪福率領城中居民，將元軍全部殺死。夏貴來進行招降，洪福不聽。元軍攻城報復。夏貴偽作單騎入城，與洪福商議。洪福輕信夏貴之言，開城門接納。元伏兵擒洪福，處死。城中抗元居民全被屠殺。
一二七七年（至元十四年），元軍主力北上與昔里吉作戰。三月，宋文天祥復梅州，出江西，進復會昌。四月，張世傑復潮州。江西各地軍民群起響應。舒州張德興殺大湖縣丞張德顧，與六安野入原民劉源起兵反元，蘄州傅高也起兵響應，攻據黃州、壽昌，傳檄淮東四邵，大江南北諸城邑多乘勢殺守將響應。湖北宣慰使鄭鼎出兵鎮壓，義軍決堤灌水，元軍潰敗，鄭鼎也舟覆溺死。接著，義軍進逼陽羅堡，鄂州大震。七月，元軍圍剿起義軍，壽昌、黃州復陷。九月，司空山寨被攻破，張德興犧牲。傅高出走江西武寧，在官府的追捕下無處存身，變姓名返鄉，被當地官府捕獲處死。
在湖南，張世傑派遣祁陽令羅飛圍困永州，各地義軍聞風響應，常寧的黃必達，新化張虎、周隆，潭州境內的文才喻等，阻山為寨，屠殺長吏。羅飛圍困永州達七月。一二七七年十二月，元軍攻陷祁陽，羅飛被殺，各地義軍也先後被鎮壓。
浙江處州青田的季文龍、章炎在一二七七年率領淮軍餘部起義。淮軍是張世傑的舊部，臨安失陷後，這支隊伍有很大部分流散在浙、閩各地。季文龍、章炎起事後，殺趙知府，自署兩浙安撫使，環近七縣俱起響應。處州總管府達魯花赤趙責以兵圍城。義軍突圍後又集眾二萬來攻，列陣於惡溪南岸，雙方鏖戰，自已至亥。元軍萬戶忽都台合兵來攻，義軍失敗，季文龍溺死。
福建汀州長汀人黃廣德在一二七七年四月稱天下都元帥，刻都帥印，自立為天從廣德皇帝，設銅將軍、鐵將軍等稱號。五月，南劍州沙縣謝五十自稱摯天將軍。黃廣德與謝五十軍先後被元軍鎮壓。農民軍陳大舉（陳吊眼）及舍族首領許夫人所率領的諸舍峒民軍，與宋張世傑軍聯合，進攻福州。在福州的原淮軍李雄部起而響應，殺死了同知宣撫司事潛說友。由於叛臣王積翁的欺騙和鎮壓，他們的反抗活動也陷於失敗。
南宋滅亡以後，人民的起義鬥爭，洶湧而起，十分激烈。
杜可用（杜萬一）起義 一二八○年（至元十七年）四月，江西南康都昌縣民杜可用利用白蓮會組織起義，有眾數萬。可用號社聖人，建元「萬乘」，自稱天王（民間皆事天差變現火輪天王國王皇帝），以譚天麟為副天王，都昌西山寺僧為國師。江西行省參知政事賈居貞與江淮行省參知政事史粥聯兵鎮壓。賈居貞令招討方文偽裝為農商，伏兵仗舟中，駛近農民軍居住的茅舍。杜可用失於戒備，和起義軍丞相曹某一起被擒犧牲。元朝又一次發布禁令，拘收在民間流傳的《五公符》《推背圖》《血盆經》等秘密宗教圖籍，禁止「一切左道亂正之術」。
陳大舉（陳吊眼）起義 陳大舉是福建舍族的一名首領。臨安失陷後，乘亂起兵，後來受張世傑收撫，合兵進討叛臣蒲壽庚。南宋亡後，舍族人民仍然堅持鬥爭。元政府曾詔諭：「漳、泉、汀、邵武等處暨八十四畲官吏軍民，若能舉眾來降，官吏例加遷賞，軍民按堵如故」。起義人民拒不受騙。一二八○年（至元十七年）陳大舉的叔父陳桂龍起義於漳州，退守舍洞，憑險拒守。陳桂龍據九層際畲，陳大舉據漳浦峰山寨，陳三官據水篆畲，羅半天據梅瀧長窖。陳大婦領客寮畲，共有山洞山寨八十餘處，據險相維，內可出，外不可入，建年號「昌泰」，聲勢浩大。元軍征討無效，福建等處征蠻都元帥完者都、右副都元帥高興以大軍圍剿。高興破高安寨，斬首二萬級。陳大舉仍連五十餘寨，有眾十萬。一二八二年，完者都以降人黃華為前導，連破十五寨，陳大舉退走千壁洞。高興以談判為名把陳大舉騙至山半。陳大舉輕信不備，被高興仰面執手掣下，斬首漳州。其父文桂、叔桂龍、弟滿安投降。餘部吳滿、張飛等堅持鬥爭，也被殺害。
林桂芳起義 一二八三年（至元二十年）三月，廣東新會縣林桂芳、趙良鈴聚眾起義，建羅平國，稱「延康」年號，有眾萬餘。同知廣東宣慰司事王守信率官軍鎮壓，擒桂芳，又收降林桂芳弟於新會。南海義軍三千人被鎮壓失敗，軍帥潘舍人被擒。
歐南喜起義 一二八三年九月，歐南喜在清遠稱王，建元稱號，設官置署，眾號十萬，據平康下里東團村等處。增城縣蔡大老、鍾大老、唐大老等響應。歐將軍（歐鍾）擒廣東道轉運鹽使合刺普華，切斷通往占城的餉道，並遣所部馬帥、陸帥和徐相進襲廣州，但在元軍打擊下兵敗。歐將軍走新會，與黎德會合。時黎德已集船七十艘，眾號二十萬，別部吳林以船八百艘圍馮村。官軍大舉進剿，黎德、吳林的義軍戰敗。黎德、歐王及其所署都督、丞相、兵馬鈴轄等二十四人均被元軍擒捕處死。
黃華起義 一二七八年（至元十五年）張世傑代蒲壽庚，建寧路政和縣人黃華集結鹽夫，並聯絡建寧、括蒼舍族首領許夫人奉衛王檄起兵，有眾四萬。張世傑敗走後，黃華軍降元，屯駐建寧。一二八一年（至元十八年）完者都討平陳大舉，黃華曾擔任嚮導，使元軍得以了解山洞之險，迅速致陳大舉義軍於死地。一二八年（至元二十年），黃華再度舉兵抗元，聚眾十餘萬，軍士剪髮文身，號「頭陀軍」，用「祥興」紀年（南宋未帝趙昺的年號）。「福建一道，收附之後，戶幾百萬，黃華一變，十去其四。」（王惲：《秋澗先生大全文集》卷九二）閩中大震。忽必烈急忙抽調在揚州的劉國傑軍會合浙西行省的高興部、參政兀魯兀伯顏的江淮兵以及福建行省兵，大舉進剿。義軍攻信州南門，高興與戰於鉛山、進陷嘉禾，義軍少挫。這時，黃華集眾號二十萬，分據建寧四區，以示必取。高興得到建寧受攻危急的消息，即卷甲直趨，會福建之師合擊，俘葉都統、梁都統等。黃華敗走江山洞，據赤岩山死守。官軍猛攻山寨，鏖戰半日。起義軍終於失敗，黃華赴火自焚死。同時起兵的還有青田吳提刑，自署為兩浙安撫使。官軍討平之後，在俘獲物中有宋前丞相陳宜中的札子和黃華的印榜。
鍾明亮（朗）起義 一二八九年（至元二十六年）正月，廣東循州畲民鍾明亮舉兵反，擁眾十萬，進攻贛州，下寧都，據秀嶺。時江南義軍多達四百餘起。元朝政府極為驚慌，忙令簽江西行樞密院事也迭迷失率江西行省左丞管如德、福建行省拜降、江推行省忙兀台聯兵進討。五月，鍾明亮以眾萬八千五百人降。閏十月又反，以眾萬人攻梅州，分遣江羅等八千人攻漳州。韶州、雄州等處的起義軍二十餘起響應。忽必烈嚴責也迭迷失、管如德，命與福建、江西二行省合兵鎮壓。也迭迷失懼怕義軍，不敢前往；等義軍一走，又誅殺平民冒功。義軍利用地形，十分活躍。元廷「雖兩省一院併力收捕，地皆溪嶺，囊橐其間，出沒叵測，東擊則西走，西擊則東軼。」（《秋澗先生大全文集》卷九二）一二九○年（至元二十七年）二月鍾明亮再降，五月又反。廣昌的邱元，贛、吉的謝主簿、劉六十，樂安的盧大老，南豐的雷艾江等紛起響應。鍾明亮死後，餘眾奉其木主，繼續進行鬥爭。
楊鎮龍起義 與鍾明亮起義的同時，浙江台州寧海人楊鎮龍據玉山縣二十五都龍興山稱大興國皇帝起義，以歷某為右丞相，樓蒙才為左丞相，用黃牌書其所居門曰「大興國」，建年號「安定」。軍士在額上刺「大興國軍」四字。一二八九年（至元二十六年）二月一日，殺馬祭天，聲言受天符舉事。義軍眾號十二萬，以七萬攻東陽、義烏；余攻嵊縣、新昌、天台、永康等處，浙東大震。時諸王瓮吉帶謫居婺州，與浙江行省丞相忙兀台調軍鎮壓，敗義軍新昌，進陷桃源，義軍先鋒張九被擒。三月，官軍逼龍興山，縱火焚殺，義軍潰敗。但餘部仍堅持鬥爭，直到一二九○年三月仍在浙東一帶活動。
劉六十起義 一二九六年（成宗元貞二年）贛州民劉六十聚眾萬餘人起義，建立名號，把鬥爭的目標指向元朝官府和欺壓農民的土豪。元朝派兵去鎮壓，起義軍聲勢甚盛，元軍主將觀望退縮，不敢出兵作戰。江西行省左丞董士選（董文炳子）去興國縣，處死欺壓農民的官吏和激起反抗的豪紳，對起義軍分化誘騙。劉六十被擒，起義失敗。
元世祖、成宗時期，前仆後繼的農民起義，相繼遭到鎮壓而失敗，但人民的反抗鬥爭並沒有終止。各族人民繼續在各地以各種形式向元朝統治者展開不屈不撓的戰鬥。