中國通史（第八冊） · 第二節革新的繼續與反侵略鬥爭
（一）穆宗的短期統治
明世宗長子載基，為閻貴妃所生。出生後兩個月即病死。嘉靖四年（一五二五年）王貴妃生次子載壑。四歲時立為太子。一五四九年病死。第三子載壑（穆宗）為杜貴妃所生，一五三九年封裕王。世宗死後，奉遺詔即帝位，年三十歲，改明年（一五六七年）年號為隆慶。穆宗在裕王府時，高拱曾以翰林院編修為王府侍講九年。穆宗即位，以閣臣加少保兼太子太保。嘉靖末任吏部侍郎的陳以勤和禮部侍郎張居正，也曾先後為王府侍講。穆宗擢任陳以勤為禮部尚書兼文淵閣大學士、張居正為吏部左侍郎兼東閣大學士，入閣參預機務。
內閣首輔徐階在世宗死後代擬遺詔頒布，並未與李春芳、高拱等閣臣商議。遺詔內稱：「只緣多病，過求長生，遂致奸人乘機誑惑。禱祠日舉，土木歲興，郊廟不親，朝講久廢。既違成憲，亦負初心。天啟朕衷，方圖改轍，遽嬰疾病，補過無緣，（《實錄》作『由』）」又稱：「自即位至今，建言得罪諸臣，存者召用，沒者恤錄，在系（《實錄》作『監』）者即先釋放復職，方士人等，論厥（《實錄》作『查照』）情罪，各正典刑（《實錄》作『刑章』）。齋醮工作採辦諸勞民事，即行停止。」（《國榷》卷六十四）徐階自擬的遺詔，糾正了嘉靖末年的一些弊政，穆宗遵詔實行，獲得朝野的稱譽，但詔中代擬的世宗自責之詞，輕重之間卻未能與閣臣多加斟酌，不免招致非議。高拱原與徐階不和，穆宗即位後，自以為是王府舊臣，得新帝倚重，力斥徐階遺詔是誹謗先帝，應當治罪。徐階與高拱各自指使言官，彈劾對方。穆宗初即位，閣臣之間就已相互攻訐不止。吏科給事中胡應嘉被閣臣郭朴議解職。言官指為高拱挾私怨報復。隆慶元年五月，高拱憤請致仕。穆宗命以少傅兼太子太傅、尚書、大學士養病。九月，郭朴致仕。次年七月，徐階也獲准致仕。閣臣李春芳繼任首輔。
穆宗在位僅六年即病死。自即位後即傳示不朝，不召見大臣。他雖然不再崇奉道教，但廣修宮苑，在後宮遊玩享樂，朝廷政事多倚付內閣。徐階致仕後的次年，穆宗又召回高拱入閣。史稱內閣首輔李春芳，恭謹自飭。內閣政事，多由裕王府舊臣高拱、陳以勤、張居正等掌理。內閣的權位也更重了。
一、改革的繼續
吏制的改革--高拱再度入閣兼掌吏部事。他對日趨腐敗的官吏選任制度，作了若干改革。為了遍識人才，授予諸司簿籍，將官吏的爵里姓氏，是否賢能，按月填寫，逐年會集，作為選用人才的依據。又奏請科貢與進士並用，不循資格。各部官員考察，應多方參照，不能單憑文書報告決定升降，也不應拘限人數多少。被降職的官員，應公開說明理由，使眾人心服。對於軍事系統官兵的任用，也作了一些革新。他建議兵部增設侍郎，作為總督的儲備人選。由兵部侍郎而出任總督，由總督而任職兵部，內外交替，邊防人才，自會增多。他又認為「兵者專門之學」，兵部司屬官員應該慎重選任，多選有智謀才力、通曉軍事的人才，作為長期專任的官員，不要遷調其他部門。一旦邊境有事，就可以從這裡選取督撫以至各級軍官。此外，也還可以選取邊地人員，以備兵部的司屬。這樣上下相通，題奏軍情，便可無隔閡。他還指出，邊地官員，責任重大，不應交付雜流或被貶謫的人員。高拱的這些改革的建策，都得到穆宗的准許，付諸實行。雖然這也還只是局限於某些制度的改易，但由於他本人是內閣大學士兼掌吏部，這些措施的實行，對於矯除積弊，刷新吏治和強化邊兵，都還能起到一定的作用。
江南新政--繼世宗朝江南和廣東等地的賦役改革之後，穆宗朝又出現了海瑞在江南推行的新政。
海瑞在穆宗即位後，即獲釋出獄，恢復原官。一五六九年夏，以右僉都御史巡撫應天十府。在他管轄的界內，實行了如下的新政：摧抑豪強--豪強兼併民田，是江南地區的大患。海瑞查勘富室強占貧民的田地，奪還貧民。雖是權勢之家，也不寬貸。徐階罷相家居，海瑞查勘徐家田土，不講情面。一時之間，雷厲風行。據說豪民多逃竄他處以避禍。
改革賦制--海瑞認為，「欲天下治安，必行井田，不得已而限田，又不得已而均稅，尚可存古人遺意。」因此，他在江南力行清丈田畝，頒行一條鞭法，即龐尚鵬在浙江實行的成法。
厲行節儉--史載，海瑞在巡撫應天十府任上，「裁節郵傳冗費，士大夫出其境，率不得供頓。」（《明史?海瑞傳》）興修水利--江南故有淞江，匯震澤（太湖）入海，沿江許多土地可得灌溉，後來被潮齧，淤為陸地。民間因此流傳「惟海龍王始能開得」的謠諺。隆慶四年（一五七○年）正月初三，海瑞奏請開吳淞江。工程開始後，他乘輕舸往來江上，親督畚鍤，身不辭勞。二月，即竣工，只用銀六萬八千三百九十七兩。二月九日又興工浚常熟縣白茆河，因饑民雲集，募充工役，兼行賑濟，三月底完工，用銀也僅四萬一千二百三十八兩。對於當地的圩岸塘浦支河堰壩，也遍加修築。由是旱澇有備，民賴其利。
海瑞的新政，特別是奪還富民所占田土，不能不遭到豪紳的非議。都給事中舒化劾海瑞「迂滯不達政體」、給事中戴鳳翔劾海瑞「庇奸民（貧民），魚肉搢紳，沽名亂政」。海瑞實行新政，剛剛半年，就被解職，改為督南京糧運。海瑞辭謝不就，稱病歸里。
二、俺答封貢
明世宗斷絕與蒙古俺答汗的貢市貿易後，蒙古得不到迫切需求的鐵器和布帛，連年在邊地搶掠。穆宗即位後，一五六九年九月俺答汗又領兵攻掠山西石州，殺知州王亮。入境二十日，明兵竟不敢抵抗，任其擄掠而去。明廷詔奪督撫鎮諸臣官職，調任抗倭名將福建總兵官戚繼光督師薊遼。一五六八年五月，戚繼光以都督同知總理薊州、昌平、保定三鎮練兵事。總兵官以下均受節制。隨後又以戚繼光為總兵官，鎮守薊州、永平、山海關等處。戚繼光調集浙江精兵三千北來，向北兵示範，以加強軍紀。又在邊牆修建空心敵台一千二百座，以加強北邊防禦。一五七○年五月，總督陝右副都御史兼總兵侍郎王崇古總督宣大山西軍務。
這時，蒙古內部的局勢，又有所發展。
一是俺答汗已漸向西方擴展其勢力並展開了對瓦剌的遠征。據蒙文《阿勒坦汗傳》記載，俺答汗曾於馬年（一五五八年，嘉靖三十七年）降伏畏兀兒殘部，隨後又出征瓦剌，進軍哈密東北的扎拉滿特山，結納吐魯番的白帽沙汗。越庫凱罕山，擄掠瓦剌屬部而回。黃龍年（一五六八年，隆慶二年）即俺答攻掠石州的次年，又率大軍遠征瓦剌，直趨阿爾泰山。瓦剌屬部吉格肯阿噶諾延（一說系諾延之妻）獻女給俺答汗，率眾歸附。俺答汗封其子奧巴岱為太師（前引珠譯本，第六二至六六頁）。俺答汗向西方求拓展，需要在東部與明朝息兵，也更需要恢復貿易，以獲取明朝的鐵器等物資。明宣大山西總督王崇古分析這時的形勢說：「即虜使自訴，彼近邊駐牧，則分番夜守，日防我兵之趕馬搗巢；遠搶番夷，則留兵自守，時被我兵之遠出撲殺。在虜既未遂安生，故游騎不時近邊，擾我耕收。大舉每歲窺逞，勞我慎防，在我亦無時解備。華夷交困，兵連禍結。」（《明經世文編》卷三一七《確議封貢事宜疏》）。
另一情況是：豐州漢人農業地區日益擴展，漢人豪強漸成一大勢力。明英宗正統以後，豐州地區為蒙古占據。一五四六年，玉林衛百戶楊威被蒙古俘擄，《明實錄》記載他曾被「驅之種藝」。楊威被俺答放回傳達講和之意，仍說：「自後民種田塞內，虜牧馬塞外，各守信誓」。（《世宗實錄》卷三一一）大抵這時所謂「種藝」，還只是少數漢人俘虜所從事的活動，所謂「塞外」基本上都還是畜牧區。大約十餘年後，白蓮教徒丘富被俘擄到豐州地區，與日益眾多的漢人俘虜和逃亡農民開始在豐州川從事農業耕種，並建造城廓房屋，被稱為板升。這大約是類似遼代契丹地區所謂「漢城」的漢人聚落。嘉靖末季，蒙古連年擄掠，被俘的漢人日眾，這種聚落也得到迅速的發展。蒙古依靠這些聚落處置漢人俘虜，委付大小首領進行統治。這些首領逐漸成為役使廣大農奴的豪強。丘富死後，勢力最大的豪強是山西人趙全，役使萬人。其他頭目如周元、李自罄等也都統治數千人。明廷得到的情報是：這些漢人豪強極力鼓動俺答在邊境擄掠，以擴大他們對農奴的占有。蒙古在邊地進兵，也是由他們作嚮導。明廷把趙全等人視為叛逃的仇敵，也是極大的隱患。
總的形勢是，連年交戰之後，明朝和蒙古都已利於息兵通市，但實際上卻還在保持著對峙的局面，遂使趙全等人從中漁利。
一五七○年九月俺答之孫把漢那吉率領家室降明，打破了長期的對峙。把漢那吉是俺答的嫡孫，幼年喪父，由俺答的大夫人（一克哈敦）撫養。據說是由於俺答將他的第三妻賜給阿爾禿斯，把漢那吉憤而與妻子家人十餘人到山西行都司平虜衛降明。明大同巡撫方逢時受降後，馳報宣大總督王崇古。王崇古安置把漢那吉留住大同，隨即與方逢時上疏陳奏，說：「若俺答臨邊索取，則可由此與他通市，責令縛送板升諸逆，還被掠人口，這是上策。如果發兵前來，不可理諭，則明示欲殺，彼望生還，不敢大逞，然後徐行我計，這是中策。如果棄而不求，也當對把漢那吉厚加資養，結以恩義，將來俺答死後，他可收集餘眾，自為一部。邊地也可得安寧。」疏上，朝議多有異詞。內閣大學士高拱、張居正采王崇古議，詔授把漢那吉指揮使，賜緋衣一襲。這時，俺答正在率眾西征，得報，返回。俺答妻大夫人痛失愛孫，對俺答多所責難。俺答也自悔處置失宜，但仍采趙全的建策，自率大軍並命長子辛愛黃台吉軍及永謝布兵，分三路至明邊境，索要把漢那吉。王崇古遣百戶鮑崇德前往勸說，提出縛送趙全等板升頭目，交換把漢那吉還蒙古。俺答派人到明朝探聽情況，看到把漢那吉蟒衣貂帽，馳馬從容，受到優待。俺答得報，大喜過望，對鮑崇德說：「我不為亂，亂由（趙）全等。今吾孫降漢，是天遣之合也。天子幸封我為王，永長北方，諸部孰敢為患！即不幸死，我孫當襲封，彼受朝廷厚恩，豈敢負邪！」（《明史?王崇古傳》）遂遣使臣隨鮑崇德到明朝議和。
豐州漢人豪強勢力的發展，原已與蒙古封建主諸多矛盾。明朝與俺答的使者反覆洽商後，俺答汗終於同意將趙全等十大板升頭目，交付明朝。周元得訊，服毒自殺。十一月十九日，俺答汗遣使押送趙全、李自馨等頭目交付明朝官員。次日，明廷遣軍官護送把漢那吉出境，行前贈予布帛。十二月，把漢那吉返回蒙古，俺答汗夫妻迎於河上。一場風波，遂告結束。
此事明廷處置得宜，取得了雙方都滿意的結果。俺答汗與弟老把都、侄吉能及永謝布部均遣使入謝，並請求通貢開市，永結盟好。穆宗交三鎮議復。一五七一年二月，王崇古奏上「確議封貢事宜疏」力言互市之利，條陳八議。一、加封號。依前朝故事，封授俺答王號，子弟封授官職。二、定貢額。許每年一貢，俺答貢馬十匹，來使十人。其他首領以次遞減。三、酌定貢期貢道。入貢互市，在春季馬弱之時，自大同左衛驗入。四、立互市。每年擇日開市，貿易一月。市場設在大同左衛威虜堡、宣府萬全右衛張家口、山西水泉營。五、撫賞。自各鎮備邊費用中撥出布帛撫賞蒙古使臣、守市兵士及酋長。六、歸降。通貢後，邊地不再收納蒙古降人，自蒙古歸降的漢人，許住邊堡。七、權宜。受降之禮，寬優處置。八、戒狡。造謠飾詐，破壞貢議者治罪。王崇古在奏疏中還說道：「俺答年近七十，老把都兒、黃台吉、吉能各年逾五十。倘各酋未死，邊境有數年之安，則宣左山西殘城可漸實，蕪田可漸墾，客兵可漸減」。（《國榷》卷六十七）奏疏下兵部廷議。朝臣議論不同。閣臣李春芳、高拱、張居正等都贊同王議，面奏穆宗親決。三月，穆宗采王崇古議，敕封俺答為順義王，賜緋蟒衣一件，彩幣八件。
五月間，明宣大副帥趙伯勖等奉詔敕，往大同得勝堡向俺答汗等宣詔。原來擬議的受降之禮於是變成冊封典禮。俺答等搭設棚廠，陳列彩旗，大張旗鼓迎詔。宣詔後，俺答行禮謝恩。老把都兒、黃台吉、吉能等以下一百一十二名首領也各敕授軍官稱號。禮成後，俺答又奉上蒙文謝表，遣使入京貢馬。各級受封的首領共貢馬五百○九匹。明禮部奏請穆宗上殿宣表受百官朝賀，說是「聖朝盛事」。（《穆宗實錄》卷五八）俺答受封，貢市重開，明朝與韃靼蒙古建立起正常的聯繫。百餘年來爭戰連年的邊地從此得以重現和平。據說，東起永平府，西到嘉峪關七鎮數千里的邊境，「軍民樂業，不用兵革」（《明史?王崇古傳》），明廷每年可省軍費十分之七。邊地居民得以安心耕牧，蒙古商民往來貿易。邊境城鎮又呈現繁榮景象。八年後，任山西宣大總督的方逢時陳述當時情況說：「八年以來九邊生齒日繁，守備日固，田野日辟，商賈日通，邊民始知有生之樂」。（《明史?方逢時傳》）俺答封貢的實現，確是穆宗朝的一大成就。
三、廣東等地的農民起義
廣東地區社會矛盾尖銳，嘉靖後期即先後有陳以明、張璉、李亞元、賴清規等領導各地農民起義反抗。穆宗即位後，隆慶元年（一五六七年），又爆發了以曾一本為首的起義。
曾一本在嘉靖末年曾隨從吳平起兵，兵敗投降。這年，再次起兵，執澄海知縣，敗官軍，擊斃守備李茂才。次年六月，進攻廣州，殺知縣劉師顏。轉戰福建。明將周雲翔殺參將耿宗元，投入起義軍，屯平山大安峒，準備進攻海豐。一五六九年五月，被官軍戰敗，周雲翔被俘，部眾一千三百餘人被殺。曾一本在福建柘林奧戰敗，轉移至馬耳澳。八月，在海戰中失利被俘，部眾被殺害者一萬多人。
一五七二年，肇慶恩平十三村陳金鶯，鄰邑苔村三巢羅織清，藤洞九徑十寨黃飛鶯，各自發動起義，互通聲氣。舊例，兩廣惟大徵得敘功，總督殷正茂和總兵官張元勛，改變辦法，令雕剿得論功，將三巢、十寨、十三村的起義者鎮壓下去。
惠州、潮州一帶，山險木深，藍一清、賴元爵等率眾起義，各據險結砦，連地八百餘里，起義軍數萬人。一五七二年殷正茂在鎮壓了十三村的起義後，徵兵四萬前來鎮壓惠、潮一帶的起義者。起義軍奮起抵抗，直到穆宗死後，起義才告失敗。
（二）神宗繼統與張居正的興革
穆宗於隆慶六年（一五七二年）五月病逝，年三十六歲，遺詔皇太子翊鈞（神宗）繼帝位。穆宗即位前，王妃李氏生子，五歲而死，另一子，不滿周歲而死。即帝位後，立王妃陳氏為皇后，無子。神宗翊鈞系李貴妃所生。一五六八年立為皇太子。繼位時年十歲。
穆宗死前一年，內閣首輔李春芳致仕。高拱繼任首輔。禮部尚書呂調陽入閣，與張居正同參機務。司禮監秉筆太監馮保與張居正結納，在穆宗病危時即密囑張居正預草遺詔。神宗宣詔即位，高拱條上五事，旨在削弱司禮監，加強內閣擬旨之權。張居正授計馮保，密陳陳太后與李貴妃：高拱擅權不可容。次日，傳出皇帝聖旨，太后懿旨、貴妃令旨：「今高拱擅政，專制朝廷，我母子驚懼不寧，高拱即回籍閒住，不得遲留。」（《國榷》卷六十八）神宗即位方七日，高拱即罷相歸里。張居正繼任首輔。
一、張居正的興革
湖廣江陵人張居正，嘉靖進士。穆宗隆慶元年入內閣參預機務。任首輔後，建言並尊陳後、李妃為皇太后。得兩太后倚任，尊稱為張先生。張居正任內閣首輔，先後凡十年。是明代權力最大的首輔，也是興革最多的首輔。
張居正在任期間，針對前朝形成的積弊，參酌前人試作的革新，從多方面採取了興革的措施。
官吏考成--張居正認為，當時官場的從政者或「虛聲竊譽」，或「巧宦取容」，或「愛惡交攻」，章奏繁多，實效甚少。萬曆元年（一五七三年）他提出官吏考成法。說：「蓋天下之事，不難於立法，而難於法之必行；不難於聽言，而難於言之必效」。（《張文忠公全集》奏疏三）明朝考察官吏原有制度，但行之既久，形同具文。張居正嚴格立法，要求法之必行，言之必效。考察標準是「惟以安靜宜民者為最，其沿襲舊套虛心矯飾者，雖浮譽素隆，亦列下考」。方法是逐級考核，撫按以此核屬官之賢否，吏部以此別撫按之品流，朝廷以此觀吏部之藻鑒。若撫按官不能悉心甄別，而以舊套了事，則撫按官為不稱職，吏部宜秉公汰黜。吏部不能悉心精核，而以舊套了事，則吏部為不稱職，朝廷宜秉公更置。（《張文忠公文集》奏疏五）。又建立隨事考成制度：「凡六部都察院，遇各章奏，或題奉明旨，或復奉欽依，轉行各該衙門，俱先酌量道里遠近，事情緩急，立定程期，置立文簿存照。」除了一般的例行公事以外，另立文冊二本，一本送各科備註，實行一件，註銷一件。一本送內閣查考。必俟銷完乃已。張居正奏稱：「若各該撫按官奏行事理有嵇遲延擱者，該部舉之；各部院註銷文冊有容隱欺蔽者，科臣舉之；六科繳本具奏有容隱欺蔽者，臣等舉之。如此，月有考，歲有稽，不惟使聲必中實，事可責成，而參驗綜核之法嚴，即建言立法者亦將慮其終之罔效，而不敢不慎其始矣」（同上，奏疏三）。以部院考核撫按，以六科監督部院，以內閣督察六科。這樣，各級官吏，不敢敷衍塞責，建言立法者，不能隨意發令，使朝廷政令的貫徹執行有了保證。
張居正在考察中裁撤了冗員，獎勵廉能，據說官員們「不敢飾非，政體為肅」。
加強邊防--張居正進入內閣後，就注意整飭邊防，提出飭武備、信責罰、造兵將的方略。調任戚繼光整頓薊鎮防務，支持王崇古實現俺答封貢。王崇古晉為兵部尚書，方逢時總督山西宣大，戚繼光仍駐薊鎮，又用名將李成梁為遼東總兵官駐守遼東，以鞏固邊防。當時邊防的形勢是：俺答封貢實現後，北邊恢復安靜，往來互市。但東部蒙古插漢（察哈爾）部與遼東泰寧、朵顏衛結納，因不通互市，不時在邊地擾掠。李成梁固守邊鎮，屢戰獲勝。遼東戰爭因而尚不致擴大。
整頓學校--嘉靖以來，府、州、縣學中的某些混入的生員，不務實學，為非作惡，在地方上形成一種勢力，被稱為「學霸」（《明會典》卷七八）。一五七五年，張居正整頓各地學校，規定：「今後歲考，務須嚴加校閱。如有荒疏庸耄，不堪作養者，即行黜退，不許姑息。」「童生必擇三場俱通者，始行入學，大府不得過二十人，大州縣不得過十五人，如地方乏才，即四五名亦不為少」。（《張文忠公全集》奏疏五）核減生員，黜革學霸外，又大力整頓提學官和儒學教官。張居正奏稱：各地儒學教官往往是「士之衰老貧困者，始告授教職，精力既倦於鼓舞，學行又歉於模範，優遊苟祿，潦倒窮途，是朝廷以造士育才之官，為養老濟貧之地。」（同上，奏疏四）張居正請敕吏部，慎選提學官，有不稱者，奏請改黜。對於教官中學業荒疏，但年力尚壯者，送監肄業深造。如已年老，則黜革回籍。
清理田賦--張居正任首輔後，面對前朝形成的財政危機，從節流與開源兩方面力圖挽救。節流主要是裁減冗官冗費，對皇室的費用力求撙節。開源主要是清理逋欠的田賦。萬曆元年，敕令「自隆慶改元以前逋租，悉賜蠲除，四年以前免三征七」。次年規定，拖欠七分之中，每年帶徵三分。第三年，張居正用考成法嚴厲督促官員奉行「輸不及額者，按撫聽糾，郡縣聽調」（《明史?傅應楨傳》）。經過整頓後，明朝的財政有所好轉。萬曆四年（一五七六年），京通儲粟足支八年，太僕寺積金四百餘萬。次年，歲入四百三十五萬九千四百餘兩，歲出三百四十九萬四千二百餘兩，積餘八十六萬餘兩。但萬曆六年（一五七八年）的財政收支又出現了虧空，計歲入三百五十五萬九千四百餘兩，歲出三百八十八萬八千四百餘兩，虧空了三十九萬餘兩。張居正上疏說：「量入以為出，計三年所入，必積有一年之餘，而後可以待非常之事，無匱乏之虞」。他要求神宗「一切無益之費，可省者省之。無功之賞，可罷者罷之。務使歲入之數，常多於所出」。（《張文忠公全集》奏疏八）張居正清理逋賦，說是針對侵欺隱佔的「權豪」、「奸民」，但實行中，地方官吏不敢催征勢豪大戶，反將下戶貧民，責令包賠，流弊也是嚴重的。
清丈田畝--明朝田賦減少的根本原因是豪民兼併田地而不納稅，稅賦仍加給失去田地的農民。所謂「小民稅存而產去，大戶有田而無糧」，是歷代常見的現象，至萬曆時尤為嚴重。各地農民不斷逃亡或起義反抗，田地被兼併田去稅存也是重要的原因。張居正曾指出：「夫民之亡且亂者，咸以貪吏剝下，而上不加恤；豪強兼併，而民貧失所故也」。張居正在清理田賦逋欠後，進而在一五七七年提出清丈全國各種類型的田地。次年，正式實行。企圖通過丈量，田地「皆就疆理，無有隱奸。蓋既不減額，亦不益賦，貧民不致獨困，豪民不能併兼」。（《張文忠公全集》附錄「文忠公行實」）一五八一年，田地丈量完畢，總計田七百一萬三千九百七十六頃，較弘治時的統計數字多出三百萬頃。雖然執行丈量的官吏或改用小弓丈量，以求田多，有的豪猾勢家也千方百計進行抵制，致使這一數字不很確切，但畢竟把地主豪強隱瞞的土地清查出了不少，使豪民的隱田逃賦受到打擊。湖廣等地原來墾田數字減少最多，經清丈後增額最多。
改革賦制--一五八一年，張居正在清丈田地之後，又在全國範圍內推行前朝試行過的一條鞭法，對賦役制度作了全面的改革。
《明史?食貨志》說：「一條鞭法者，總括一州縣之賦役，量地計丁，丁糧畢輸於官。一歲之役，官為僉募。力差，則計其工食之費，量為增減；銀差，則計其交納之費，加以增耗。凡額辦、派辦、京庫歲需與存留、供億諸費，以及土貢方物，悉並為一條，皆計畝征銀，折辦於官，故謂之一條鞭」。《續通典》卷七說：「一條鞭法，通計一省丁糧，均派一省徭役，於是均徭、里甲與兩稅為一」。大致說來，此項改革包括：（一）賦役合併。原來的賦（兩稅）役（里甲、均徭、雜泛）以及土貢方物等並成一項。取消力役，一律征銀，由人丁和田地分擔。（二）田賦一概征銀。除蘇、松、杭、嘉、湖地區繼續徵收本色糧食，以供皇室官僚等食用外，其餘一般徵收折色銀。（三）計算賦役數額時，以州縣為單位，各州縣原有的賦役額不得減少。（四）賦役銀由地方官直接徵收。原先田賦交本色糧食，很不方便。改為征銀後，便於交納、儲存和運輸，這就是所謂「丁糧畢輸於官」。
一條鞭法簡化了徵收項目和手續，計畝征銀，在一定程度上抑制了豪強漏稅的弊端。役銀由舊制依戶、丁徵收改為以丁、田分擔，也使無田或少田的居民減輕了負擔。一條鞭法的主旨在於使多占田者多交稅，是針對當時土地兼併盛行而採取的有效措施，也是賦役制度史的一大變革。新法自一五八一年開始實行，各地逐步推廣，大約至一五九二年前後，全國各地包括邊遠省區，都已陸續實施。各地方因情況不同，具體的實施辦法也互有差異。如關於役銀的丁、田分擔比例，各地實行的辦法就極不一致。有的地方以丁為主，以田地為輔，採用「丁六糧（即田地）四」的分擔比例；有的地方以田地為主，以丁為輔，人丁承擔四分之一，田地承擔四分之三；也有的地方，丁田平均分配，各承擔二分之一。即使在同一地區的不同州縣，負擔比例也不一致。如鳳陽府所屬泗州與盱眙一五九九年所編的四差銀（四差包括里甲、均徭、驛傳和民壯），都是丁所出的總額，大于田糧所出的總額，而天長一縣則相反。三州縣每石地畝糧所帶徵的四差銀數量，輕重也極懸殊，其中泗州和盱眙分別是一錢三分和四錢九分五厘三毫，而天長縣卻高達二兩一錢。總的說來，各地征額雖然多有差異，但改力役為征銀，依占田與人丁多少分擔，各個地方則基本相同。這一辦法之能以實行，當是反映了農民已便於出售產品，換取貨幣。農民生產的布帛菽粟，到市場上出售，自不免要受商人的盤剝，但在客觀上卻也促進著商品經濟的發展。
張居正任內閣首輔，先後凡十年。這十年間，明朝邊境，大體保持安靜，因而得以致力於內政的興革。張居正曾奏諫「凡事務實，勿事虛文」。他以務實精神所致力的興革，大體上在於考核選拔人才與增加朝廷財政收入這兩個方面。增加收入的辦法，局限於清理田畝、改革賦役，實質上是反映著官府與豪民的利益爭奪。不過，這些改革客觀上也有利於減少貧民的負擔，作用還是積極的。一五八二年三月，張居正病死。死前一月，曾上疏請捐免萬曆七年以前積欠賦稅，以消除歲歲「帶徵」之弊，獲准施行。死後贈上柱國諡文忠，與世宗朝的張璁同一諡號。明代先後兩張文忠，均以興革為己任。張居正的施政範圍與年限，都超過了張璁。
二、黃河的治理
張居正任內閣首輔期間，還經辦過一件大事，即任命潘季馴治理黃河水患。
一五七八年，黃河在桃源北的崔鎮決口，河水北流，宿遷、沛縣、清河縣、桃源兩岸多被沖壞，黃河淤淀，迫使淮河南流，高家堰湖堤被衝決，淮安、揚州兩府間的高郵、寶應等地都被水淹沒，形成大患。張居正深以為憂。這時，河漕尚書吳桂芳病死，遂薦用刑部侍郎潘季馴為工部侍郎兼右都御史，總理河漕。
烏程人潘季馴，曾在世宗嘉靖四十四年（一五六五年）總理河道。穆宗隆慶四年（一五七○年），黃河在邳州決口，再次受命治河，次年工竣。神宗萬曆五年（一五七七年）巡撫江西，次年，入刑部。河決為患，朝中議論不一。或主浚海口，或主復故道。潘季馴受命後，與督漕侍郎江一麟去實地觀察水勢。他認為，故道久湮，雖修浚恢復，深廣也不能如今河。應該築崔鎮以塞決口，築遙堤以防潰決，「淮清河濁，淮弱河強，河水一斗，沙居其六，伏秋則居其八，非極湍急，必至停滯，當藉淮之清以刷河之濁，築高堰（高家堰）束淮入清口，以敵河之強，使二水併流，則海口自浚」。（《明史?潘季馴傳》）於是上疏提出治河的六條辦法：（一）塞決口以挽正河；（二）築堤防以杜潰決；（三）復閘壩以防外河；（四）創滾水壩以固堤岸；（五）止浚海工程以省糜費；（六）寢開老黃河之議以仍利涉（《神宗實錄》卷七六）。六策獲准實行，至次年十月修築工程結束。共築高家堰堤六十餘里，歸仁集堤四十餘里，柳浦灣堤東西七十餘里，塞崔鎮等決口百三十，築徐、睢、邳、宿、桃、清兩岸遙堤五萬六千餘丈，碭、豐大壩各一道，徐、沛、豐、碭縷堤百四十餘里，建崔鎮、徐升、季泰、三義減水石壩四座，遷通濟閘於甘羅城南，淮、揚間堤壩無不修築。此次全面治理後，接連數年，河道不再有大患。一五八○年春，潘季馴因功加太子太保，進工部尚書兼左副都御史，同年秋為南京兵部尚書。
潘季馴依據治河的經驗，反覆研考，寫成《河防一覽》、《宸斷兩河大工錄》等著作，提出許多有價值的治河理論。他的治河方法以束水攻沙為基本原則，即「繕治堤防，俾無旁決」，從而使水由地中，沙隨水去。因為黃河之水「合則流急，急則蕩滌而河澡，分則流緩，緩則停滯而沙積」（《明史?河渠志》）。為了貫徹這一原則，潘季馴非常重視河堤的修建。修堤方法有：「縷堤以束其流」，「遙堤以寬其勢」，「滾水壩以泄其怒」。縷堤築於接近河濱的地段，平時用來約束河水，使之奔流於河床之中。洪水到來後，流量太大，河床往往不能容納，因而須事先離河二三里另外築堤一道以防洪水侵及陸地，這便是「遙堤」。滾水壩是選擇地勢低洼而又地基堅實的地段，用石頭建成，當洪水漲到一定高度時，洪水會通過減水壩宣洩一部分，貯於低洼地帶，以免河床水量過多。由於減水壩由石頭做成，因而不會被水沖潰造成災害。潘季馴對於築堤的方法也有總結，說：必真土而勿雜浮沙，高厚而勿惜巨費，讓遠而勿與爭地，則堤乃可固。潘季馴的這些理論，是多年的實際經驗，考索而得，在當時是難能而可貴的。
三、達賴封貢
張居正任首輔期間發生的又一重大事件，是俺答汗封贈達賴喇嘛和達賴向明朝遣使通貢請封。
蒙古俺答汗在明穆宗時接受王封，重開貢市，隨即請求明廷派遣佛教僧人、授予佛經，以便在蒙古弘揚佛法。一五七二年，穆宗派遣藏族喇嘛去蒙古傳教，各授僧官。神宗即位後，俺答汗再次請求佛經、佛像。神宗依王崇古之請，賞賜前此往蒙古傳教的藏族喇嘛二人禪衣等物，又授在蒙古的藏族喇嘛九人僧官。一五七五年二月，明廷依俺答之請，遣通事（翻譯）官一員，送藏僧四人前往蒙古。十月，俺答在豐州川建成寺院及呼和浩特城，請賜城名。明廷賜名為「歸化」。一五七七年，又在青海察布齊雅勒建成寺院，明廷賜寺名為「仰華」。
與此同時，俺答汗也在向藏族地區約請高僧。藏書《安多政教史》記載說，藏族喇嘛阿興向俺答汗薦舉格魯派高僧、哲蚌寺主鎖南嘉錯，俺答汗於一五七四年遣使往迎大師。次年鎖南嘉錯應邀北來。明《神宗實錄》記萬曆六年（一五七八年）二月，「烏思藏闡化王男札澤藏卜差番僧來西海，見其師僧活佛（鎖南嘉錯）在西海為順義王子孫等說法，..因托順義王俺答代貢方物，請敕封」（《神宗實錄》卷七二）。這年五月，俺答汗在察卜齊雅勒寺即仰華寺會見鎖南嘉錯，遵奉藏傳佛教格魯派（俗稱黃教）。土默特等部眾一百零八人皈依為僧。鎖南嘉錯將此次盛事比之於薛禪汗（忽必烈）之尊崇八思巴帝師。鎖南嘉錯為俺答汗奉上「咱克喇瓦爾弟（轉輪王）徹辰（即薛禪，賢智）汗」稱號，俺答汗贈予鎖南嘉錯「瓦齊爾達喇（執金剛）達賴（海）喇嘛」稱號。依格魯派活佛轉世之制，鎖男嘉錯尊奉宗喀巴弟子根敦朱巴為一世達賴喇嘛，前哲蚌寺主根敦嘉錯為二世達賴喇嘛，己為三世。俺答汗皈依藏傳佛教後，宣布廢除蒙古奴僕殉葬舊俗，燒毀魔道神像（薩滿巫神），並宣布不再搶掠漢族和藏族。
一五七九年二月，張居正奏報，甘肅巡撫送來烏思藏僧人帶來的鎖南嘉錯即三世達賴給他的書信一封，譯文呈：「釋迦摩尼比丘鎖南堅錯賢吉祥合掌頂禮朝廷欽封干大國事閣下張：知道你的名，顯如日月，天下皆知有你，身體甚好。我保佑皇上，晝夜念經。有甘州二堂地方上，我到城中，為地方事。先與朝廷進本，馬匹物件到了。我和闡化王執事賞賜，乞照以前好例與我。我與皇上和大臣晝夜念經，祝讚天下太平，是我的好心。壓書禮物，四臂觀世音一尊，氆氌二段，金剛結子一方有。閣下分付順義王早早回家，我就分付他回去。虎年（一五七八年）十二月初頭寫。」（《張文忠公全集》奏疏八）張居正將達賴的信件譯出奏報，並稱所贈禮物不敢私受，恭候敕旨。神宗降旨：「宜勉納所饋，以慰遠人向鳳慕義之誠」，並接受達賴的請求，給予封賞。
由於蒙古俺答汗通貢講和，導致藏族達賴喇嘛遣使通貢請求封賞，進一步密切了明朝與藏族地區的聯繫。穆宗朝的俺答封貢與神宗朝的達賴封貢，實為明王朝的兩件意義重大的事件，影響是深遠的。
（三）神宗親政與平定戰亂
一五八二年，張居正死後，內閣大學士張四維繼任首輔。神宗這時年已二十，遂親自過問朝政，企圖有所作為。
張居正實行新政，觸及豪民權貴的利益，執政時已屢遭攻擊和非議。他交通太監馮保，得到兩宮太后的禮重，神宗也對他視如師保。神宗漸長，對張居正的專擅，漸有不滿，被張居正罷黜的反對新政的言官，也在伺機報復。
張居正死後當年十二月，御史江東之彈劾司禮監太監馮保專擅威福、欺君蠹國及貪污受賄等十二罪，關連到張居正家人游七，涉及居正。神宗將馮保貶為奉御，安置南京。陝西道御史楊四知因上疏劾張居正「貪濫僭奢，招權樹黨」，神宗詔令「姑貸不究，以全終始。」次年正月，南京刑科給事中阮子孝又上疏彈劾張居正「各子濫登科第，乞行罷斥」。首輔張四維上疏代辯，說「居正諸子所習舉業，委俱可進。惟其兩科連中三人，又皆占居高第，故為士論所嫉，謗議失實」。（《神宗實錄》卷一三二）神宗不聽，自批「都教革了職為民」。三月，大理寺將查議馮保案有關人員的獄詞送呈。神宗閱後，詔奪張居正上柱國太師等封號和諡號。言官群起上疏，彈劾張居正，並及居正薦引的官員。禮部尚書徐學謨，被劾黨附居正，詔令致仕。遼東名將李成梁也被劾「附居正飾功」。兵部尚書張學顏疏辯成梁戰功非妄，也因而被劾，自請致仕。駐守薊鎮的名將戚繼光被調駐廣州，抑鬱而死。
明宗室荊州遼王憲■在穆宗時因奉道教被廢。一五八四年四月，王妃奏陳張居正謀陷親王，霸奪產業，勢侵金寶。神宗命司禮監太監張誠前往荊州張居正家，查抄家產，籍沒入官。居正長子敬修因被拷掠追查金寶，自縊而死。內閣首輔申時行與諸大臣合疏請緩，張居正死後調任刑部尚書的潘季馴上疏力救，詔留空宅一所，田十頃供養居正八旬老母。不久之後，潘季馴也被言官彈劾「黨庇居正」落職為民。
原內閣首輔張四維於一五八三年四月因父喪歸里，不久死去。申時行繼任首輔，薦引吏部侍郎許國為禮部尚書兼東閣大學士入閣。自御史至給事中等言官，彈劾朝官，仍不休止。被張居正罷免又得復任的言官，自不免挾嫌報怨。新進的言官則以彈劾鋒銳博取守正君子之名，冀得升進。都察院復參張居正，神宗詔定的罪名是「誣衊親藩，侵占王墳，鉗制言官，蔽塞朕聰，私廢遼王，假丈量田地，騷動海內，專權亂政」（《國榷》卷七十二）。張居正推行新政，恃有兩宮太后的支持，不顧言官的反對，遇事專行當是事實。遼王妃的控告，觸及宗室藩王的利益，更加激怒神宗。張居正籍沒家產，史家認為，不及嚴嵩的二十分之一。（《明史紀事本末》卷六十一）但比起前朝首輔張璁的「持身特廉」，自不免相形見絀。言官彈劾他接受饋遺，當也有據。不過，神宗奪諡後，言官群起，迎合帝意，以投機取寵，彈章多有望風撲影，虛事誇張。沈德符《萬曆野獲編》即指出「江陵（張居正）身後，攻之者尋敝索瑕，以功為罪」，又說：御史楊四知彈劾張居正貪侈，諸公子打碎玉碗玉杯數百隻，這些事有誰見到？（《萬曆野獲編》卷九，補遺卷二）御史丁此呂彈劾禮部右侍郎高啟愚主持南京科試，曾出試題「舜亦以命禹」，是勸張居正篡位。神宗將高啟愚削籍為民。內閣首輔申時行說丁此呂是「以暖昧陷人大逆」，吏部尚書楊巍請調丁此呂出朝。御史江東之、李植因首先彈劾馮保，得神宗信任，交章彈劾申時行、楊巍「阻塞言路」。申、楊上疏以辭官力爭，神宗不得已，詔准楊巍之議，調丁此呂出朝。內閣大學士許國尤為憤慨，連上三疏求去，說：「昔日顛倒是非在小人，今乃在君子（指言官），黨同伐異，罔上行私。」內閣諸臣與江東之為首的言官，逐漸形成對立。
明朝言官諫官之設，原為對皇帝行諍諫，對各級官員實行監督和糾察。但自世宗議大禮以來，朝官與言官結納朋比，相互攻訐，彈章成為彼此攻擊的工具。張居正死後，言官又掀起風浪，自詡為君子，以指摘官員瑕疵為能事，致使有大功者不能受賞，有小過即被迫辭官，朝中紛爭動盪，難以正常施政。神宗也已看到言官的消極作用，曾在一個詔書中說：「言官論人，須當審事實，參詳公論。若不諳事實始末，不分人品高下，輒肆詆誹，大臣將人人自危，豈成政體！」（《神宗實錄》卷一三三）神宗親政後，親自批答奏疏，但由於追查張居正，仍不免輕信彈章，言官詆誹之風因而難以遏止。言官由攻擊張居正，進而攻擊居正薦引的官員，又進而攻擊新任的閣部諸臣。神宗親政的幾年間，言官的彈章紛至沓來，朝官的抗辯，接踵而上。這些奏章又往往是空話連篇，強詞奪理，真偽混雜。意在有所作為的年輕的神宗，陷入無休止地批覽章奏和臣僚紛爭之中，難以自拔了。
神宗顯然受到豪門權貴的影響，在詔書中曾指責張居正丈量田地使海內騷然，但仍然繼續實行官吏考成之法，改革賦役的一條鞭法也還在各地繼續推行。神宗鑒於張居正的專擅，有意收攬大權，削弱內閣，但由於陷入朝臣紛爭之中，有心勤政而難以勤政。親政四年，便怠於政事。一五八六年秋，自稱「一時頭暈眼黑，力乏不興」，宣示免朝。這年以後，即以多病調攝為名，很少上朝，也不再召見大臣。奏疏仍由神宗親覽，卻往往「留中」，不作處理。皇帝獨攬大權而又怠於政事，閣臣言官相互攻訐，明王朝的政局日益陷於紛亂昏暗之中。
神宗怠政以來的幾年間，青海、寧夏和四川播州等邊境地區即相繼爆發了反明的戰亂。
一、青海蒙古之亂
被稱為韃靼的蒙古諸部，自達延汗死後，由其子孫後裔分別統領，劃地而牧。俺答汗雄踞河套及土默特，最為強盛。俺答汗與明朝實現封貢，邊境大體安定。一五八一年，俺答汗病死、年七十七歲。子辛愛黃台吉嗣位稱徹辰汗。一五八三年，明廷敕准襲封順義王。兩年後病死，子扯力克繼汗位，明廷再封順義王。俺答汗晚年，軍政大事均由出自阿爾禿斯的次妻三娘子（原名不詳）參與處置。辛愛與扯力克先後收繼三娘子為哈敦，佐理國政、與明朝修好。明廷敕封為忠順夫人。《明史?韃靼傳》說她主兵柄，部眾畏服，「自宣大至甘肅不用兵者二十年」。
俺答汗占據西海後，由其子丙兔駐牧，守護仰華寺。一五八八年，丙兔子真相，進據青海莽剌川。達延汗第四子巴爾蘇博羅特的後裔火落赤駐青海捏工川，聯絡巴爾蘇的另一支後裔、駐牧阿爾禿斯的卜失兔起兵反明。一五九○年六月，真相、火落赤等率四千騎攻入明境，圍攻舊洮州古爾占堡。明兵來戰，蒙軍四散。明岷洮副總兵李聯芳分兵追逐，陷伏身亡。把總、千總以下多人戰死。火落赤得勢，又邀約順義王扯力克率三千騎渡河，至臨桃以張聲勢。聲言向明境進攻。七月，火落赤攻掠河州，明臨洮總兵劉承嗣抗禦失敗，傷亡甚眾。蒙軍攻掠二十餘日，西陲震動。神宗不得不召見閣臣問計。內閣諸臣對邊事均不甚了了。首輔申時行請推一大臣經略。神宗命兵部會推，遂以曾任宣大山西總督的兵部尚書鄭洛為右都御史經略陝西四鎮及宣大山西邊務。八月，敕諭暫停順義王扯力克的市賞二十萬兩。
鄭洛受命西行，十月又奉敕兼任陝西總督。十一月，鄭洛至蘭州，奏報說：火落赤等的相犯，是以莽剌和捏工川為據點，河套聲援是由甘肅入青海。因曉諭不准徑行塞內，否則督兵堵截。次年正月，鄭洛督軍在甘肅水泉營邊牆，截擊卜失兔部，斬首八十八級，獲得全勝。蒙兵五千七百餘帳，被逐出塞外。二月，鄭洛遣總兵尤繼先率兵至莽剌川，大敗火落赤部，斬首五百餘級。火落赤、真相北逃。鄭洛招諭順義王扯力克北歸。三月，扯力克離西海北歸，向明朝謝罪，請復貢市。鄭洛自西寧入青海追擊殘敵，召回當地藏族等居民八萬餘人復業。又在西寧布署防戍後還朝。
鄭洛出兵，獲得全勝，明廷議功，加少保。言官又群起攻擊，指摘鄭洛放歸順義王，是沒有「除凶雪恥」，欺罔誤國。鄭洛被迫稱病辭官歸里。
二、寧夏之亂
青海戰亂之後，隨即爆發了寧夏副總兵哱拜父子的反亂。
談遷《國榷》稱哱拜為「黃毛虜」，當是黃頭回鶻，即今裕固族人。嘉靖時投明，為都指揮使，進參將。一五八九年，以副總兵致仕，子承恩襲職，為寧夏衛指揮。一五九一年，鄭洛調集寧夏駐軍去甘肅平亂。寧夏巡撫黨馨命指揮土文秀率千人往援。哱拜自請率子承恩從征。平亂後，黨馨不為哱拜敘功，而核查他冒糧之罪。土文秀及哱拜義子哱雲等也因未得升賞，心懷不平。承恩因強娶民女被黨馨杖責，更加怨憤。一五九二年二月，黨馨與督儲道兵備副使石繼芳剋扣應發兵士三年的冬衣布花銀，只給一年。黨馨曾被張居正指為「刻而且暴」，諸軍久懷怨恨。哱拜遂唆使軍鋒劉東暘、許朝等起事，殺黨馨及石繼芳。總兵官張惟忠自殺。劉東暘自稱總兵，承恩、許朝為副總兵，哱雲、土文秀為左右參將，共奉哱拜為主。總督尚書魏學曾遣使招降，劉東暘等要求世守寧夏。
哱拜部下連續攻掠中衛、廣武，明守臣或降或走，河西四十七堡相繼陷落。叛軍渡河，指向靈州。三月，總督魏學曾命副總兵李昫代攝總兵官進軍平亂，收復河西諸堡。哱拜父子向河套地區的韃靼卜失兔部求援。卜失兔率三千騎來寧夏，與哱拜合兵。哱雲引卜失兔攻平虜堡。明伏兵射死哱雲，卜失兔敗逃出塞。明援軍到來，兵分六路，包圍寧夏鎮城。叛軍堅守，不能下。四月，明廷自宣大調任李成梁之子李如松為提督陝西軍務總兵官，浙江道御史梅國楨監軍，領兵來援。又任朱正色巡撫寧夏，甘肅都御史葉夢熊協力平亂。五月，明廷特賜總督魏學曾上方劍，違令者立斬。六月，葉夢熊自甘州攜帶神炮火器四百車至靈州。浙江巡撫常居敬募兵千人，自辦軍糧，來援寧夏。梅國楨、李如松統領遼東、宣大山西兵來聚集。明軍聲威大振。明軍攻寧夏城月余，仍不能下，七月，魏學曾被劾免職，由葉夢熊代為總督，仍持劍督軍。
葉夢熊下令決黃河水淹灌寧夏城，又派人去亂軍施計離間。九月，劉東暘、許朝誘殺土文秀，哱承恩又誘殺劉、許，斬首懸掛城上，開城投降。哱拜自縊而死。葉夢熊、朱正色、梅國楨等率部進城，盡殺哱拜部下降人二千，押送哱承恩至京師處死。
明廷此次平亂，調集北南軍兵，歷時半年，付出了沉重的代價。寧夏城被圍，城中乏食，死亡無數。葉夢熊決河灌城，城外水深八九尺，居民付出的犧牲，也是巨大的。
三、播州楊應龍之亂
明屬四川的播州（遵義），處在四川與貴州交界地帶。唐代曾被南詔國彝族占領，太原人楊端奪取其地，世代占有，至明初已傳襲二十一世。明太祖滅夏國，楊氏降明。明朝建播州城，在當地實行土司制度，設宣慰司，楊氏世襲宣慰使，統轄草塘、黃平西安撫司，真州、播州、餘慶、白泥、容山、重安六長官司。楊姓以外共有七大姓均與楊氏結為姻親，世襲各級土官。
穆宗隆慶五年（一五七一年），楊應龍襲職為播州宣慰使，成為楊氏第二十九世土司。明廷加授他都指揮使銜。楊應龍對播州各族人民的統治極為殘酷，茅瑞徵《萬曆三大征考》說他「在州專酷殺樹威，有小睚眥即殺害，人人惴恐」。並且漸輕朝廷，居室用龍鳳，又違制擅用宦官。
一五九○年，貴州巡撫葉夢熊疏論應龍凶暴諸事，巡按陳效歷數應龍二十四大罪上奏。明廷正調播州土兵去協守松潘，四川巡按李化龍上疏請暫免斟問，候應龍戴罪圖功。楊應龍妾田雌鳳，謀殺嫡妻張氏，妻叔張時照與所部何恩、宋世臣等上變，告楊應龍謀反。貴州巡撫葉夢熊主張立即派兵征剿，四川士大夫紛紛為其說情，認為「蜀三面鄰播，屬裔以十百數，皆其彈壓，且兵驍勇，數赴徵調有功，剪除未為長策」。（《明史紀事本末》卷六十四）四川巡撫、巡按也都主張招撫。朝廷命黔蜀兩省會同查問。楊應龍願赴蜀，不赴黔。一五九二年，楊應龍到重慶接受審訊，論法當斬。明廷隨後又命釋放。
萬曆二十一年（一五九三年）正月，巡撫都御史王繼光到重慶，嚴提勘結，楊應龍抗不復出。王繼光一意主剿，與總兵劉承嗣、參將郭成等議分三軍並進。在婁山關一帶地方，明軍戰敗，都司王之翰所部被殺傷大半，只得撤兵。
次年三月，明廷以兵部侍郎邢玠總督貴州。一五九五年邢玠到四川招撫，准楊應龍輸四萬金贖罪，又以重慶太守王士琦為川東兵備使，防備楊應龍。
楊應龍對明廷輸金贖罪，暗中卻積蓄力量，圖謀割據稱王，令州人稱己為千歲，子朝棟為後主。（李化龍《平播全書》卷四）分遣土目置關據險，設立巡警，劫掠屯堡。又厚撫苗族兵士，用以摧鋒，名為「硬手」軍。
楊應龍經過幾年準備，一五九八年十一月起兵攻掠貴州洪頭、高坪、新村諸屯。又侵湖廣四十八屯，阻塞驛站。次年二月，貴州巡撫江東之命都司楊國柱等率兵三千進剿，大敗，楊國柱戰死。明廷聞訊大驚，任都御史李化龍兼兵部侍郎節制川、湖、貴三省兵事，並增調浙江、福建、雲南、廣東等地部隊前去會剿。
六月，楊應龍乘明兵尚未會集，攻陷綦江。他退屯三溪，以綦江之三溪、母渡，南川之東鄉壩，立石為播界，號「宣慰官莊」。
明神宗得報綦江失守，罷免原四川、貴州巡撫譚希思和江東之，命總督李化龍便宜征討。
一六○○年春，各路明軍陸續抵達川貴兩省，李化龍急速部署出剿，分八道進兵。四川方面分為四路，總兵官劉綎由綦江，總兵官馬孔英由南川，總兵官吳廣由合江，副將曹希彬由永寧。貴州方面分為三路，總兵官童元鎮由烏江，參將朱鶴岑由沙溪，總兵官李應祥由興隆。湖廣方面一路，分兩翼，總兵官陳璘由偏橋，副總兵陳良玭由龍泉。每路有兵三萬，由官兵與各土司兵組成。
楊應龍認為明軍八路，以劉綎部最為精銳，命子朝棟率勁兵迎擊，被劉綎軍戰敗，各路明軍乘勢猛攻，四川方面攻下形勢險要的婁山關。貴州、湖廣出發的明軍，攻下烏江一線，逐漸縮小了包圍圈。到五月十八日，八路明軍會集於遵義北的海龍囤下，分批猛攻。海龍囤是楊應龍的老巢，地勢險峻，直到六月五日才被攻下。楊應龍自縊死。其子朝棟，弟兆龍等被俘，解至京師處死。
明軍自出師到平定楊應龍，前後歷時一百十四天，斬殺甚眾。當地各族人民由於楊應龍的叛亂遭到慘重的災禍。亂平之後，明廷在播州地區實行「改土歸流」。廢除土司的世襲制度，改依內地地方官制，由明廷直接派遣官吏「流官」統治。原屬四川省的播州地區設置二府二州八縣。遵義府屬四川，下轄真安州及遵義、桐梓、綏陽、仁懷四縣；平越府屬貴州，下轄黃州及餘慶、甕安、湄潭三縣。改土歸流後，遵義、平越二府加強了與周鄰地區的聯繫，促進了各族人民之間的經濟文化交流，對於當地的開發與進步，還是有益的。（清雍正時，遵義改屬貴州省）
（四）反抗外國侵略的鬥爭
一、援助朝鮮、抵抗日本的侵略
明神宗即位以來的二十年間，與周鄰各國大體保持著安靜的局面，並無大的戰事。萬曆二十年（一五九二年）日本國出兵侵略朝鮮，明廷援助朝鮮，展開了抵抗日本侵略的大戰。
日本戰國群雄，經過近百年的戰爭，到十六世紀五十年代基本上實現了地域性的統一。各地霸主相互爭奪全國的統治權。一五六八年九月，控制尾張國的織田信長率軍進入京都。一五八二年六月，織田信長家臣明智光秀發動叛亂，信長自焚。信長的部將羽柴秀吉（即豐臣秀吉，《明史》稱為平秀吉）得知織田信長自焚的消息，立即率軍四萬向京都挺進，在山崎、八幡之間的淀川河谷地帶大敗明智光秀軍。明智光秀切腹自殺。羽柴秀吉繼承信長的事業，於一五八四年與岡崎領主德川元康結盟，完成了全日本的統一。一五八五年日本天皇任命他為「關白」（攝政），又兼太政大臣，賜姓豐臣。
豐臣秀吉統一日本後，積極向外擴張，儲備軍糧、戰船，策劃侵略鄰國朝鮮。
朝鮮李朝國王，自明成祖時接受明朝的王封，歲時入貢，與明朝進行互市貿易，一直保持著正常的關係。明廷得知日本的侵略策劃，即轉告朝鮮預作戒備。
一五九二年初，豐臣秀吉正式發布命令，出征朝鮮。侵朝日軍共計十八萬餘人，舟師數百艘，分為九軍。第一軍由小西行長率領，渡對馬海峽，四月十二日在朝鮮釜山登陸。加藤清正率領的第二軍和黑田長政率領的第三軍等相繼到達釜山。
日軍占領釜山後，分兵北犯，朝鮮承平日久，軍兵虛弱，連續潰敗。日軍占領王京（漢城）後，進而攻占平壤。朝鮮王子被俘。在三個月時間裡，日軍幾乎占領了朝鮮全國。朝鮮國王李昖逃到義州，遣使向明朝告急。
明廷得報，不知軍情虛實，只派副總兵祖承訓、遼東遊擊史儒統兵三千餘去朝鮮作戰，史儒戰死，祖承訓隻身逃回。
敗報傳來，明朝君臣大為震動。神宗即命兵部右侍郎宋應昌為經略備倭事宜，繼調提督陝西總兵官李如松為提督薊遼等處防海御倭總兵官前往支援。李如松原籍朝鮮，高祖英遷居遼東，任為鐵嶺衛指揮僉事。父李成梁，鎮遼二十二年，戰功顯赫。十一月，李如松自寧夏來到東征軍中，部署軍事。十二月二十五日，率四萬餘人，誓師渡鴨綠江。次年一月六日，抵達平壤城外。
平壤東南臨江，西枕山徒立，迤北牡丹台高聳，地形險要，易守難攻，日軍築設炮台，有鳥銃等新式火器。李如松指揮攻城，城上日軍炮矢如雨。明前鋒軍士稍有退卻，李如鬆手斬一人，挺身直前。李如松坐騎被擊斃，換馬再戰。李如松弟如柏被鉛丸擊中盔頂，仍繼續奮戰。部將吳惟中被鉛丸擊中，鮮血流淌，也仍然奮呼督戰。經過激烈戰鬥，明軍終於從平壤小西門、大西門突入，日軍退保風月樓，夜半渡大同江南逃。
明軍與朝軍收復平壤後，乘勝追擊，一月十九日，李如柏收復開城。繼而收復平安、黃海、京畿、江源四道。日軍大部退屯王京。
李如松連戰皆捷，產生輕敵思想，二十七日以輕騎趨碧蹄館，離王京三十里，突然遭到數倍於己的日軍圍攻，損失士兵幾百名。明軍退回開城。李如松探聽到日軍在龍山倉積儲軍糧數十萬，就密令部將查大受選勇士深入敵後縱火燒糧。
日軍連戰皆敗，軍糧被焚，又染疾病，士氣低落，無法再戰。日軍主帥小西行長寫信給明游擊沈惟敬，試探明朝戰和意向。這時，明軍已調集劉綎的川軍和陳璘的水師，準備繼續作戰。經略宋應昌派遣游擊周弘謨同沈惟敬去日軍談判，要日方「獻王京，返王子，如約縱歸」。（茅瑞徵《萬曆三大征考》）日軍於四月十八日撤出王京，退到釜山一帶。於是漢江以南，千有餘里的朝鮮故土都被收復。
明軍援朝抗倭戰爭即將取得完全勝利之際，兵科給事中侯慶遠上疏說：「竊怪我與倭何仇也。誠不忍屬國之翦復，特為動數道之師，挈兩都而手授之，..我之為朝鮮亦足矣。」「全師而歸，所獲實多。」（《神宗實錄》卷二六一）神宗傳諭撤兵。兵部尚書石星也一意主和，只留劉綎的川兵進行防守，其他各鎮兵全部撤回國內。
豐臣秀吉以和議為緩兵之計，留駐朝鮮釜山的日軍始終未撤。萬曆二十五年（一五九七年）正月又發動水陸軍十四萬餘人，再次侵入朝鮮。
明廷以兵部尚書邢玠為總督，僉都御史楊鎬為經略，麻貴為提督，再次赴朝抗倭。明軍抵達朝鮮後，麻貴統率諸軍馳赴王京，這時日軍已入慶州，據閒山島，圍南原。八月，南原、金州相繼失陷，日軍緊逼王京，麻貴派兵扼守漢江，另派副總兵解生守稷山，朝鮮都體察使李元翼出忠清道，襲擊日軍。解生於稷山挫敗日軍，參將彭友德也在青山獲勝。日軍行長所部退屯井邑，清正所部退屯慶州，又都退到蔚山。
十二月間，邢玠、楊鎬和麻貴共同商議進兵方略：「分四萬人為三協，副將高策將中軍，李如梅將左，李芳春、解生將右，合攻蔚山」。李如梅部游擊擺寨以輕騎誘敗日軍，清正所部退保島山，於城外復築三寨進行防守。裨將陳寅身先士卒，冒彈矢勇呼而上，砍柵兩重。楊鎬妒嫉裨將立功，鳴金收軍。日軍乃閉城不出，堅守待援。明軍包圍十晝夜，不能攻克。萬曆二十六年（一五九八年）正月小西行長救兵驟至，楊鎬懼戰逃奔，諸軍相繼，死亡近二萬人。明軍全部撤回王京，明廷罷免楊鎬，以天津巡撫萬世德為經略。
總督邢玠接受前一戰役缺乏水軍的教訓，招募江南水兵，增強軍事力量。二月，邢玠分兵四路，中路李如梅（後以董一元代），東路麻貴，西路劉綎，水路陳璘，各守信地，相機行動。當時日軍分三路駐紮，東路清正，據蔚山。西路行長，據粟林、曳橋，建砦數重。中路石曼子，據泗州。九月，明軍分道進兵，互有勝負。十月，福建都御史金學奏報「七月九日平秀吉（即豐臣秀吉）死，各倭俱有歸志」。明軍乘勢加緊發動進攻。十一月十七日夜，清正發舟先走，麻貴遂入島山、西浦。劉綎攻奪曳橋，明軍總兵陳璘率水師一萬三千餘人，戰艦數百艘，分布忠清、全羅、慶尚諸海口。劉綎進攻行長，圍攻順天大城，陳璘以舟師夾擊，焚日船百餘。石曼子西援行長，陳璘邀擊於半洋，殺石曼子。日軍企圖從海上逃走，副總兵鄧子龍和朝鮮統制使李舜臣，統率水軍邀擊於釜山南海，大敗日軍。鄧子龍年逾七十，意氣風發，直前奮擊，日軍死傷無算。朝鮮李舜臣曾在日軍第一次侵略朝鮮時，率領鐵甲龜船，多次打敗日本水軍，獲得輝煌勝利，牽制了日軍的行動，為以後中朝聯軍反擊戰的勝利奠立了基礎。這次海戰中，他與鄧子龍密切配合，打擊日軍，擊碎和燒毀敵船多艘。在作戰中，李舜臣與鄧子龍都壯烈戰死。這次海戰，明軍與朝鮮軍共殲敵萬餘人，取得了抗倭戰爭的最後勝利。
次年閏四月，邢玠班師，留偏師暫駐朝鮮。神宗以朝鮮事平，下詔宣告，朝鮮遣使貢謝。神宗回賜彩幣，詔諭朝鮮國王李昖：「吾將士思歸，輓輸非便，行當盡撤，爾可亟圖。務令倭聞聲不敢復來，即來亦無復足慮」。（《神宗實錄》卷三三四、朝鮮李朝《宣祖實錄》卷十九）日本豐臣秀吉於一五九八年七月病死，部下分為東西二軍。德川家康（元康）擊敗豐臣西軍，一六○三年在江戶設立幕府執政。次年，遣使去朝鮮。豐臣氏家族敗滅，日本與朝鮮又恢復了聘使往來。
二、澳門之爭與天主教的傳播
神宗萬曆時，葡萄牙殖民者繼續在澳門擴展其勢力，來澳門者多至萬餘人。神宗即位後，即向澳門的葡萄牙商船抽取舶稅。每年可得稅銀二萬餘兩。葡人居住澳門，每年賄贈明朝官吏銀五百兩，其後轉歸官府，形成地租。明廷因有利可得，遂聽任澳門被葡人租占。廣東居民則掀起了反侵略的鬥爭。
一五八一年（萬曆九年），西班牙國王兼為葡萄牙國王，葡萄牙事實上被西班牙所兼併，又與荷蘭殖民者發生衝突。一六○一年，派出戰艦兩艘，裝備大炮，駛入澳門港外，自稱與中國通貢市。葡方記載說，葡人曾拘捕並處死荷蘭人多人。《明史?和蘭傳》說，明稅使李道召其首領入廣州城游一月，未敢奏聞。一六○三年，又有荷蘭船艦炮擊澳門，焚掠商船。次年，荷蘭遣使求貢市，未獲允准，派軍艦來攻，在澎湖海上遇明朝福建水師，退走。荷蘭遂轉向漳州求通貿易，並進而侵占台灣島，在台灣「築室耕田，久留不去」。（《明史?和蘭傳》）一六○五年，葡人藉口防備荷蘭來襲，不得中國允准，即在澳門修築炮台等工事，以圖長久占據。
一五七四年，葡萄牙的耶穌會士范禮安等傳教士四十一人，曾自葡來澳門，企圖進入中國內地傳教，未獲允准。一六○六年，范禮安病死澳門。義大利籍的耶穌會士郭若靜遂在澳門西北隔海的小島青州建築牆高六、七丈的耶穌會禮拜堂。猶如堡壘，作為傳教的據點。香山知縣張大猷請毀去牆垣，不成。香山居民遂攜帶竿矛，沖入青州島，將教堂焚毀。當時傳說郭若靜將據地稱王。澳門中國居民紛紛遷往廣州。廣州城內戒嚴，澳門商業貿易停頓。葡萄牙殖民者居住澳門，生活需用均靠當地居民供給。青州教堂事件發生後，葡萄牙殖民者被迫派遣代表去廣州，陳述傳說虛誑，又向官吏行賄，以平息事態。（馮承鈞譯費賴之《入華耶穌會士列傳》）次年，番禺舉人盧廷龍入京會試，上疏請驅逐澳門番人出居浪白外海，就船貿易，交還壕境澳故地。明廷因「事亦難行」，予以擱置。自一五九八年起任廣東總督的戴耀，因見有寶貨之利，對葡人多有縱容，遇事或佯禁而陰許。一六一○年，江西萬安人張鳴崗接替戴耀，繼任兩廣總督。一六一四年上疏陳述澳門事，說：「有謂宜剿除者，有謂宜移之浪白外洋就船貿易者，顧兵難輕動。」他認為：「壕境在香山內地，官軍環海而守，彼日食所需，咸仰於我，一懷異志，我即制其死命」，「似不如申明約束，內不許一奸闌出，外不許一倭闌入，無啟釁，無弛防，相安無患之為愈也。」（《明史?佛郎機傳》）疏上，被明廷採納。張鳴崗書中所說「外不許一倭闌入」，是指葡人役使倭奴，引起明朝的注意。同年，兩廣制定「海道禁約」，在香山縣刻石立碑，內列禁畜養倭奴，禁買人口，禁兵船騙餉（舶稅），禁接買私貨，禁擅自興作房屋亭舍，如有違犯，即行治罪（康熙《香山縣誌》）。此後，又在澳門附近的雍陌設參將，領兵千人紮營駐守。
澳門被葡人租占後，不僅成為商業貿易的基地，也還是歐洲傳教士來華傳教的前站。一五七九年，義大利傳教士羅明堅來澳門，學習中國語文，次年，去廣州，向兩廣總督饋贈禮物。一五八二年，又獲准去肇慶傳教。一五九○年回國。義大利貴族出身的傳教士利瑪竇曾同羅明堅在肇慶傳教，苦學中國語文。一五八九年移居韶州，以後又到過南京、北京與南昌等地。一五九六年，被教廷任命為耶穌會在華會長。一六○一年，偕同西班牙傳教士龐迪我再次到達北京，向明神宗貢呈珠嵌十字架、自鳴鐘及《萬國圖志》，得神宗嘉賞，獲准留住京師。利瑪竇研習中國儒學，得以與明朝官員和士大夫交往。撰述天文、數學、地理、語言學等方面的著述多種，為在中國傳播西方的科學知識作出了貢獻。一六一○年病死於北京。義大利傳教士龍華民繼任耶穌會在華會長。
萬曆時，先後來中國的西方傳教士還有葡萄牙人麥安東、孟三德、費奇觀、羅如望、李瑪諾，義大利人石方西、熊三拔等。他們在中國都用漢語姓名，以便交往。一五八三年，利瑪竇在廣東肇慶，開始接收中國信徒一人。一六○三年，各地的中國教徒有五百人。一六一七年多至一萬三千人。明朝末年，發展到三萬八千餘人。元代景教徒多是色目人和蒙古人，正式奉教的漢人，史不多見。明神宗萬曆時，耶穌會士經澳門來內地傳教，天主教才在漢族居民中傳播。