中國通史（第八冊） · 第一節明朝統治的建立
農民出身的明太祖朱元璋在元末農民戰爭中推翻元朝。一三六八年夏曆正月，在應天府建國號明，年號洪武。同年八月，征虜大將軍徐達領兵攻下元大都，明太祖改大都名北平，以應天府為南京。元順帝北逃。此後三年間，明朝先後降服占據廣東的何真和四川的夏國明升（參見本書第七冊），元末農民戰爭中建立的政權，歸於一統。
明朝建立後，與元朝王室諸王連年作戰。一三八八年，元室潰滅，蒙古汗仍據有大漠南北，與明朝對峙，形成明朝的強大威脅。
明太祖在位三十一年，依據元朝舊制，有因有革，制定各項統治制度，建立起明朝的統治。
（一）對元朝王室及諸王的征戰
明兵攻下大都後，大都以北至漠北地區，東起遼東，西至陝甘，仍為元朝王室所控制。雲南地區則為元梁王所占有。新建的明朝處在元朝勢力的包圍之中。明太祖一朝對元王室及諸王的征戰，延續二十年之久。
一、對元朝王室的追擊
元順帝妥歡貼睦爾於一三六八年七月逃往上都，命河南王擴廓帖木兒（漢名王保保）自山西反攻大都。徐達進攻山西，擴廓敗逃甘肅。一三六九年春，徐達進軍陝甘，元地主武裝李思齊在臨洮降明。四月，明太祖調副將軍常遇春回北平與平章李文忠同率步兵八萬、騎兵一萬，攻取元上都開平。六月，明兵攻下開平，元順帝逃往應昌。常遇春在途中病死。
洪武三年（一三七○年）正月，朱元璋再命徐達為征虜大將軍，李文忠、鄧愈為左副將軍，馮勝、湯和為右副將軍，統領大軍北征。兵分東西兩路：西路由徐達率軍，自潼關出西安，攻取擴廓帖木兒。四月，徐達軍出定西，於沈兒峪口大敗擴廓，擒元郯王、文濟王及國公閻思孝、平章韓扎兒等官一千八百六十五人，將校士卒八萬四千五百餘人，獲馬萬四千八百餘匹。擴廓與妻子從寧夏奔和林。東路李文忠軍，二月間出野狐嶺，沿途在雲州（獨石口南雲州堡）、宣德（河北宣化）、東勝州（托克托縣）及武州（山西五寨縣）、朔州（山西朔縣）等地屢與元兵作戰，獲勝。四月二十八日，元順帝在應昌病死（明諡順帝，元諡惠宗），皇子愛猷識理達臘（元昭宗）繼位，五月，李文忠軍攻下開平，破應昌，元昭宗與數十騎逃遁。幼子買的里八剌及後、妃、宮人、諸王、官屬俱為明兵俘獲。李文忠領兵追擊元昭宗至北慶州（白城子）不及而還。明軍獲得重大勝利。
一三七一年明太祖在平定廣西和四川後，對臣下說：現在天下一家，還有三事未了。一是傳國璽仍在蒙古。二是王保保尚未擒獲，三是元太子下落不明。（《皇明通紀》卷三）元太子愛猷識理達臘這時的境況是，自應昌北上慶州後，往蒙古舊都和林，倚任擴廓帖木兒，繼續稱帝，蒙古尊號稱必力克圖可汗，仍奉大元國號，並建年號宣光。元廷遣使高麗。高麗已於一三六九年接受明朝封號，故稱嶺北的大元為「北元」。（鄭麟趾《高麗史?恭愍王世家》）洪武五年（一三七二年）正月，明太祖發兵十五萬，大舉遠征嶺北，號為「清沙漠」。仍命徐達為征虜大將軍、李文忠為左副將軍，馮勝為右副將軍，各率五萬騎，分三路出兵。徐達中路軍出雁門直搗和林。李文忠東路軍經應昌赴嶺北。馮勝西路軍進兵甘肅。二月，徐達率領中路軍至山西，都督藍玉為先鋒，先出雁門，至野馬川，遇蒙古軍，獲勝。進至土剌河。擴廓帖木兒敗走誘敵。五月，徐達親率大軍深入嶺北。擴廓與驍將賀宗哲領兵來戰，徐達軍大敗。死亡數萬人（一作萬餘人）。副將湯和別道出兵，也被蒙古軍擊敗。徐達是一代開國名將，遭此慘敗，對明朝的打擊是沉重的。李文忠所率東路軍，出應昌，六月，經臚朐河（克魯倫河）、土剌河，又進至阿魯渾河，到稱海（蒙古國西南部）還師。沿途與元軍屢戰，互有勝負。明軍將領多人戰死，損失甚重。西路軍由馮勝率領，六月間，至蘭州。副將傅友德為先鋒，直趨西涼，敗元兵。又至永昌，獲勝。馮勝軍來會師，北攻亦集乃路，元守將以城降。傅友德進兵至瓜州、沙州，敗元兵，多有俘獲。馮、傅兩軍經此戰役，先後擄獲駝馬牛羊十餘萬。十月，馮勝班師回京，被告發私匿駝馬。明太祖不予行賞。十一月，明在甘州置甘肅衛。明廷此次遠征嶺北，只有西路獲勝。中路主力慘敗，兵力大損。此後十餘年間，明王朝與嶺北的元廷，暫時處於對峙狀態。
一三七四年九月明太祖將在應昌俘獲的元昭宗之子買的里八剌送還元廷，招諭修好。買的里八剌被俘五年，明廷封為崇禮侯，賜給宅第。明太祖對他說：「今既長成，不忍令爾久客於此。」命宦官兩人護送北歸，並致書元昭宗，附贈織金文綺及錦衣各一件。信中說：「必得一族於沙漠中，暫爾保持，或得善終，」又說「君之祖宗有天下者幾及百年」，「運雖去而祀或未終，此亦天理之常也」。（《明太祖實錄》卷九三）這實際上即默認元廷在大漠蒙古地區的統治，勸諭修好。元廷並無回報。
明太祖信中曾指責元昭宗「流離邊境，意圖中興」，又說「今聞奧魯（當指元廷宮帳）去全寧未遠」，故送歸皇子。大抵此時元廷宮帳已遷至全寧路以北地帶，倚用遼東兵力，以圖再舉。次年八月，擴廓帖木兒死於元廷。《明太祖實錄》卷一百說他「後從徙金山之北，至是卒於哈剌那海之衙庭」。此金山在遼河以北，為元將納哈出屯兵之所。哈剌那海所在不詳，當在全寧路慶州以北，嶺北行省境內。
這時，遼東一帶的形勢是：元遼陽守將劉益於一三七一年二月降明。元平章洪保保殺劉益，走依元太尉納哈出。納哈出是蒙古名將木華黎國王后裔，世襲遼東，統領蒙漢諸軍，一三五五年曾在太平與朱元璋軍作戰被俘。朱元璋遣歸元廷。一三六九年，據遼陽封地，屯兵金山。劉益被殺後，部將張良佐領兵降明，上書說：「本衛地方遼遠，肘腋之間，皆為敵境。元平章高家奴固守遼陽山寨，知院哈剌張屯駐瀋陽古城，開元則有丞相也先不花之兵，而金山則有太尉納哈出之眾，互為聲援。今洪保保逃往其營必有揚兵之釁。」（《明太祖實錄》卷六六）明太祖遣使至金山，致書納哈出勸降。七月，在遼陽設定遼都衛指揮使司，以馬雲、葉旺為都指揮使。
自遼陽至嶺北行省東部克魯倫河流域，蒙古東部諸王后裔分駐各地。納哈出在金山一帶有兵數十萬，是元廷依恃的主力。擴廓帖木兒死後，一三七五年十二月，納哈出領兵南下攻打蓋州。馬雲命城中堅壁不戰。納哈出南至金州，先鋒乃剌吾在城下中箭被俘。納哈出領兵北還，在蓋州城外及連雲島等地，遇明伏兵，損失慘重。納哈出大敗而回。這實際上是元廷東遷後「意圖中興」的又一次失敗。
一三七八年四月，愛猷識里達臘病死，元臣上廟號為昭宗。六月，明太祖遣使臣去元廷弔祭，並自撰祭文。七月，遣使至金山，詔諭納哈出通使修好，九月，再遣使弔祭。三次遣使，均不得返。十一月，明太祖又將山西俘獲的元平章完者不花遣還，致書元丞相驢兒，說三次遣使不通，再遣內臣送還平章。明太祖得知元廷議立新君，又在十二月致書元丞相哈剌章、蠻子、驢兒及哈剌出等人，說：「或聞欲立新君，其親王有三，卿等正在猶予之間」，「若欲堅忠貞之意，勿抑尊而扶卑，理應自長而至幼。」（《明太祖實錄》卷一二一）意在明廷送還的買的里八剌。買的里八剌返元後，賜名脫古思帖木兒，封益王。他是昭宗的次子。（見《弇州史料?前集?虜北始末志》，參《明太宗實錄》卷五十五。《蒙古源流》作「弟」誤）長子不見記載，或已夭亡。一三七九年，元脫古思帖木兒即帝位，蒙語尊號稱烏斯哈勒可汗。（《漢譯蒙古黃金史綱》），仍奉大元國號，並依元制，改年號為「天元」。
二、平雲南
雲南地區自元世祖忽必烈時歸屬元朝，始設行省。元世祖封子忽哥赤為雲南王，子孫世襲。泰定帝時，進封雲南王王禪為梁王，仍鎮雲南，駐中慶路（治在昆明縣）。元順帝時，梁王把匝剌瓦爾密襲封。順帝以後，梁王拒不降明，仍向嶺北元廷遣使進貢，沿用「宣光」「天元」等年號。
洪武五年（一三七二年）正月，明太祖派遣翰林院待制王禕去雲南，招諭梁王歸附明朝，並送還北平俘擄的梁王遣往嶺北的使臣。王禕到雲南，適遇嶺北元廷來使脫脫。梁王殺王禕，以示忠於元廷。一三七五年九月，明太祖又命湖廣行省參政吳雲使雲南，送還俘獲的梁王派往嶺北的鐵知院等人。吳雲行至雲南沙塘口，被鐵知院殺死。
一三八一年九月，明太祖命傅友德、藍玉、沐英等領大兵征雲南，並親自製定作戰方略，向傅友德等面授機宜。
傅友德等受命為征南將軍，率兵至湖廣，依據明太祖的部署，從東、北兩方面進攻雲南。北路從四川南下，遣都督郭英、胡海洋等帥師五萬由永寧（四川敘永縣）趨烏撒（雲南鎮雄縣）。攻取四川、雲南、貴州三省交界處的軍事據點。東路從湖廣西進，傅友德副將軍與藍玉、沐英由辰、沅趨貴州，進攻普定、普安。梁王遣司徒平章達里麻將精兵十萬屯曲靖，希圖阻扼明軍。十二月，傅友德師至曲靖，於白石江大敗元兵，生擒達里麻。曲靖為雲南東部門戶，此處水陸交通四達。明軍占領曲靖後，扼住雲南咽喉，兵分兩路：藍玉、沐英率軍直趨雲南；傅友德率軍向烏撒接援郭英、胡海洋。梁王聞明軍逼近，逃入羅佐山，又逃到普寧州忽納砦，於草舍中自殺。同月，藍玉、沐英軍進入昆明。傅友德軍攻下烏撒，東川（今雲南會澤）、烏蒙（今雲南昭通）、芒部（今雲南鎮雄），諸部相繼降明。明軍轉向大理進軍，洪武十五年（一三八二年）閏二月，攻下大理。傅友德受命出征，百餘日攻下昆明，六月余攻下大理，平定雲南。
明朝在昆明建立雲南都指揮使司和雲南布政使司，管理雲南軍政事務。並於軍事衝要地區，設置衛所，屯兵守御。次年，將烏撒、烏蒙、芒部等劃歸四川統轄。明軍占領雲南後，當地各族人民仍不時起而反抗。傅友德、藍玉等征滇大軍在雲南留駐兩年，至一三八四年三月班師回朝。副將軍沐英仍留鎮雲南。十年後病死，封黔寧王。子春襲爵，繼鎮雲南。此後沐氏子孫世守雲南，直至明亡。
三、降納哈出與元室覆亡
元帝脫古思帖木兒繼位後，與明朝處於對峙狀態。一三八一年春徐達曾領兵至潢河，擊敗元軍。西平侯沐英曾一度深入克魯倫河，擒元知院李宣。元將納哈出自遼東敗後，退守金山北開元路一帶。據守開元的也先不花也是木華黎後裔。兩軍似已合併，統歸於納哈出。木華黎子孫世襲國王稱號，因而納哈出或被稱為開元王（《國朝獻征錄》卷五），統領軍兵仍有十餘萬人。明太祖幾次遣使招諭，納哈出不理。明太祖在平定雲南後，一三八七年初，命馮勝為大將軍，自雲南班師回朝的傅友德、藍玉為副將軍，領兵二十萬，大舉征討納哈出。二月，藍玉率輕兵至慶州，殺元平章果耒。從俘虜處得知，元廷仍在迤北，納哈出已出金山。明太祖告諭馮勝等，說「納哈出去金山未遠，以兵促之，勢必來降」，又說元主「必順逐水草，往來黑山（大興安嶺）魚灣（貝爾湖）之間」，乘其無備，可以盡獲。這時，納哈出分兵三處紮營，主力在龍安（農安）一禿河。馮勝駐兵大寧，分建大寧、寬河、會州、富峪四城屯營。留兵五萬守大寧，率大軍越過金山，納哈出部將觀童投降。馮勝遣俘將乃剌吾至松花河見納哈出勸降。納哈出見明朝強兵壓境，至一禿河向藍玉投降。部下諸將相繼降明。明朝命傅友德編為新軍，駐守大寧。九月，納哈出等進京謁見，明太祖封他為海西侯。次年夏六月，命納哈出隨傅友德赴雲南，途經武昌，死於舟中。
元帝脫古思帖木兒的宮帳駐牧在捕魚兒海（貝爾湖）一帶。這一帶牧地原屬元太僕寺管領，歷來是直屬汗廷的地區。納哈出等人降明後，元廷失去遼東兵力。元丞相哈剌章等前往和林，做西遷的準備。一三八八年四月，藍玉奉明太祖命，率馬步兵十餘萬自大寧至慶州追擊，得知元帝在捕魚兒海附近地帶，遂領兵越黑山，四月十二日至捕魚兒海，直搗元營，獲得重大勝利。元太尉蠻子戰死，部眾降明。明軍俘獲脫古思帖木兒次子地保奴及宗室諸王、官屬兩千餘人，軍士及家小近七萬人。獲得寶璽、金銀印及牲畜數萬。藍玉班師。明太祖封藍玉為涼國公。
脫古思帖木兒與太子天保奴及知院捏怯來、丞相失烈門等率領餘眾西逃和林。行至土剌河，也速迭兒大王與斡亦剌惕（瓦剌）合兵來襲。脫古思帖木兒與捏怯來等十六騎敗逃。丞相咬住率三千騎來迎。也速迭兒又命宗王火兒忽答孫等領兵追襲，擒獲脫古思帖木兒，以弓弦縊死。天保奴也被殺。捏怯來、失烈門等率部東歸，派遣使臣至南京進貢馬匹降明。一三八九年四月，明太祖在元全寧路設置全寧衛，以捏怯來為指揮使，失烈門以下各授武職。失烈門拒不受命，殺捏怯來。明太祖在金山以北設置泰寧、朵顏、福餘三衛。以遼東地區元降將為三衛指揮使。脫古思帖木兒次子地保奴被遠遷到琉球安置。
襲殺脫古思帖木兒的也速迭兒大王，是一百二十多年前與元世祖忽必烈爭奪汗位的阿里不哥大王的後裔，子孫世襲王位。也速迭兒奪得脫古思帖木兒的汗印，在和林自立為汗，稱卓里克圖汗（尼咱木丁沙迷《武功記》）。蒙古汗位由忽必烈一系轉入阿里不哥一系。忽必烈採用漢法，取《易經》「大哉乾元」之義，建國號大元，歷代帝王均有漢語諡號並建漢語年號。但蒙語國號仍稱「大蒙古國」，依十二生肖紀年，元朝諸帝也另有蒙語尊號。阿里不哥是當時反對用漢法的貴族代表。也速迭兒即汗位後，不再依漢法為脫古思帖木兒立諡號，也不再建年號。國號仍稱蒙古。明人則依漢人舊稱，稱之為韃靼。忽必烈建立的大元王朝最後滅亡了。
（二）豪富的遷徙與官員的誅殺
農民戰爭中建立的明王朝，不僅需要與元朝王室繼續鬥爭，而且還面臨著鞏固王朝內部統治的嚴重課題。
中國歷史上，農民戰爭曾經多次推倒舊王朝，但農民軍建立起來的新王朝，卻只有漢朝和明朝。漢高祖劉邦起義前是沛縣亭長，可算來自底層。明太祖朱元璋則是出身於真正的貧苦農民，由起義農民的領袖轉化為地主階級的首腦。一介貧苦農民成為一代開國皇帝，明太祖可謂千古一人。這種獨特的經歷，使他既對地主豪富懷有深刻的仇恨，又不能不嚴肅考慮新王朝能否鞏固以及如何鞏固的嚴重問題。他既擔心故元王朝的地主官員對他不服，又恐怕同起草昧的文臣武將對他不忠。在位期間，對地主豪富、開國將領和大小官員一再採取極為嚴厲的鎮壓措施，廣加殺戮。明太祖的專制統治顯得較前朝更為酷虐。新建的明王朝卻因而得以鞏固了。
一、遷徙豪富
明太祖出身農民，深知地主豪富的橫行鄉里，操縱官府，是朝廷的一大威脅。特別是江南地區，元朝滅宋後，地主豪富的經濟勢力繼續發展，並進而在政治上左右地方官吏，元廷難以控馭。明太祖對劉基說：「胡元以寬而失，朕收平中國，非猛不可」。（《誠意伯文集》卷一）明太祖對地主豪富的猛政之一，就是強迫遷出本地。建國不久，即下令遷江南民十四萬戶到鳳陽。此後，一三九一年再遷天下富戶五千三百戶到南京。一三九七年，又強迫各地富戶一萬四千三百餘戶遷到南京。明太祖定都南京後，以鳳陽為中都。京師與中都，都是朝廷直接統治的地區，擁有較強的統治力量。地主豪富遷徙到京畿地區，難以操縱官府為非作歹了。明太祖的這一猛政，為歷史上所罕見。他自稱是取法於漢高祖徙天下豪富於關中，是「事出當然，不得不爾」。（《明太祖實錄》卷二一○）貝瓊作《橫塘農詩序》說：「三吳巨姓，享農之利而不親其勞，數年之中，既盈而復，或死或徙，無一存者」（《清江貝先生文集》卷十九）說三吳大姓「無一存者」不免誇張，但江南地主豪富在明初遭到沉重的打擊，則是事實。元末江南土地兼併已極嚴重。明太祖迫令大批富戶遷離本地，是基於鞏固統治的需要，客觀上卻也多少有利於江南經濟的發展。
二、開國將相的誅殺
明太祖建國後，為防範文武臣僚的背叛，於一三七二年頒布申誡群臣的《鐵榜文》。一三七五年編錄《資世通訓》，告誡臣僚，「勿欺、勿蔽」。一三八○年編《臣戒錄》，纂錄歷代諸侯王宗戚宦臣之屬，悖逆不道者凡二百十二人的行事。一三八六年又頒發《志戒錄》，采漢唐宋為臣悖逆者凡百有餘事，賜群臣及教官諸生講授，使知所鑑戒。明太祖一再以歷代悖逆之事告誡臣僚，表明他一直心存疑慮，對臣下防範甚嚴。而他的臣下，也在為了爭奪權位相互傾軋。一三六九年，明太祖起用攻克金陵時留用元代官員楊憲為中書省右丞，又進為左丞，以中書省參政高郵人汪廣洋為右丞。楊憲嗾使御史劉炳劾奏汪廣洋「奉母無狀」。汪廣洋被罷還鄉。中書左丞相李善長、御史中丞兼太史令劉基等揭發楊憲奸謀。明太祖又處死楊憲、劉炳，召回汪廣洋。明太祖對文臣武將的誅殺，由此開始了。
胡惟庸案——濠州定遠人胡惟庸，在和州隨明太祖起事。明太祖建號吳元年（一三六七年），委為太常寺卿。明朝建國後一三七○年為中書省參知政事。一三七三年進拜左丞相。汪廣洋被貶黜後奉召還朝，為右丞相，平日飲酒自遣，依違其間，以求自保。胡惟庸因而得專相權，接納四方賄遺。朝中希圖升遷的官員或阿附於胡。明太祖認胡惟庸是擅權植黨，威脅到皇權的統治，決心除胡惟庸，奪回相權。一三七九年，御史中丞塗節迎合帝意，多方羅織罪狀，告胡惟庸與御史大夫陳寧謀反。明太祖先將右相汪廣洋貶謫海南，十二月行至太平，馳送敕書斬首，敕中指責汪廣洋「前同楊憲在中書，憲奸惡萬狀，匿而不言。觀爾所為，君之利視之，君之禍亦視之。如此肆侮，法所難容，特追斬其首，用示柔奸。」（《國榷》卷六）洪武十三年（一三八○年）正月，明太祖親自審訊胡惟庸案，斬胡惟庸、陳寧，誅其三族。又以塗節告發，必曾參予其事，也一併斬首。明太祖隨即撤消國初依元朝舊制設立的中書省，不再設丞相。六部直接統屬於皇帝。隨後又追查依附胡惟庸的官員和六部官屬。大小官員被處死者多至一萬五千餘人（《國榷》卷七），朝野震動了。
李善長案——濠州定遠人李善長，《明史》本傳說他「少讀書，有智計，習法家言」。明太祖起義，在滁州禮聘為軍中掌書記，依用為謀士。此後，明太祖用人行政以至開國定製，都由李善長與儒臣謀議。建國後，一三七○年，明太祖大封功臣，以功勳大小封予公、侯、伯等爵號。封國公者六人，李善長位列第一，封韓國公，比之於漢蕭何。特授太師、中書左丞相，進而總中書省、都督府、御史台，同議軍國大事，是朝中權位最尊的重臣。李善長弟李存義，取胡惟庸侄女為子媳。胡惟庸被殺後，一三八五年有人告發李存義也是胡惟庸一黨，明太祖詔免死，流放到崇明安置。一三九○年，明太祖又逮捕李存義父子，審訊胡惟庸與李善長的交誼。明太祖指斥李善長「知逆謀不發舉，狐疑觀望，懷兩端，大逆不道」（《明史》卷一二七），賜死。李善長年已七十七，奉詔自縊死。妻女弟侄等家口七十餘人被殺。此案又涉及列侯陸仲亨等封侯的功臣七人，都以胡惟庸黨的罪名處死。已死的侯爵多人，也追論其罪。明太祖命刑部將涉及此案治罪的都督以上至公侯二十人名氏，匯為奸黨錄昭示天下。工部郎中王國用上書為李善長申辯說「故太師李善長與陛下一死生，畢謀智，以得天下，為勛臣第一」，「現在說他輔佐胡惟庸，萬一成事，也不過是勛臣第一，並無重福，卻必有重禍。他現在已七十多歲，老邁不堪。平居安閒，忽然發生此事，臣不能不懷疑」。最後說：「善長已經不幸失刑。臣還願陛下作戒於將來。」此疏為著名文士御史解縉代為起草，傳誦一時。明太祖無辭以解，對王國用不加罪，但也並沒有「作戒於將來」。兩年之後，便又興起大獄。
藍玉案——藍玉也是濠州定遠人，是開國名將常遇春的內弟。明太祖起義過程中，屢立戰功。建國後，多次出兵與元室作戰，在捕魚兒海大獲全勝。明太祖把他比之於西漢名將衛青。一三九二年，元降將月魯帖木兒在建昌起兵反。藍玉領兵平亂，擒月魯帖木兒父子，送京師處斬，進封太子太傅。這時開國諸將多已死去或告老。藍玉軍功顯赫，不免志得意滿，擅權行事，養家奴遊獵，侵占民田。明太祖在一三八二年設錦衣親軍都指揮使司，護衛皇室並偵察官員言行，通稱錦衣衛。一三九三年初，錦衣衛指揮蔣 告發藍玉在私第蓄養家奴披甲，將有變。又拘審元將納哈出之子察罕，追訊蒙古降將與藍玉來往事。明太祖以謀反罪將藍玉處以磔刑（剮死），誅滅三族。察罕處死。受此案牽連的文武大臣以至將官兵士，被處死者近兩萬人（《國榷》卷十）。誅殺之廣甚至超過了胡惟庸案。清初谷應泰著《明史紀事本末》說胡、藍之案是明太祖「遂疑尾大之圖」「傅會難明之事」。清修《明史》，置胡惟庸於「奸臣傳」，藍玉仍入列傳，不入「奸臣」，表明編者對謀反案的懷疑。藍玉謀反，並無確證。宿將名臣，經此誅殺，所余無幾了。
功臣之死——明太祖先後興起胡、李、藍三大獄，文武臣僚被誅殺者近四萬人，在官員中造成極大的恐怖。大案而外，開國功臣或被明令處置，或被暗中毒害，多不得善終。
開國名將李文忠，是明太祖姐之子，年十二喪母，由明太祖收養，改姓朱氏。隨明太祖起義，轉戰浙東，屢立戰功，複姓李氏。明朝建國，曾從常遇春領兵攻上都。遇春死代領其兵。其後，為副將軍北征，一再獲勝，封曹國公。一三七七年，與李善長同議軍國重事，一三七九年平洮州番族還師，掌大都督兼領國子監事。李文忠能武能文，家中多文客來往，曾勸太祖少誅殺，遠宦者。太祖不悅，盡殺李文忠家客。一三八三年，李文忠驚恐得病。明太祖派淮安侯華中前往監護醫藥。次年三月中毒而死，年僅四十六歲。明太祖貶華中，又族誅醫者及侍婢六十餘人。李文忠追封歧陽王。
傅友德在碭山隨劉福通起義，後在和州降明太祖，為軍中名將。國初封潁川侯。副徐達北征，敗擴廓，平夏國，征雲南。一三八四年進封潁國公。一三八七年，與馮勝北征，降納哈出。一三九一年為征虜將軍，駐北平備邊，加太子太師。次年練軍山西、河南。定遠侯王弼隨明太祖起義，明朝建國後在傅友德軍中轉戰南北。一三九三年藍玉被殺，王弼對傅友德說，早晚要除掉我們了。明太祖偵知，將傅友德召還。次年十一月藉故切責。傅友德被迫自殺。《明史》本傳說是「賜死」。王弼也「賜死」。
宋國公馮勝，國初六國公之一。一三九二年加太子太師。徐達、李文忠死後，為第一名將。一三八七年為征虜大將軍，降納哈出軍還，因被告私匿良馬，娶蒙古女，收奪大將軍印。一三九二年，與傅友德同練兵山西河南。次年，藍玉誅後，同被召還。一三九五年二月，賜死。談遷《國榷》記馮勝自殺事說：「去傅友德之死才兩月，開邊之猛將盡矣」。
明太祖起兵，倚用浙東儒臣，參與謀議，首推劉基、宋濂。明太祖攻下金華禮聘劉基為謀士，常與密議，視為漢之張良。明朝建國後，劉基對明太祖說：「宋元寬縱失天下，今宜肅紀綱」（《明史》卷一二八）。一三七○年封誠意伯，賜歸老於鄉。劉基恐遭疑忌，不敢歸鄉，仍留住京師。洪武八年（一三七五年）正月得病，三月，明太祖遣使送歸青田故里。四月病逝，年六十五。胡惟庸案起，塗節告發胡惟庸送毒藥毒死劉基。明太祖問汪廣洋，汪廣洋說並無此事。明太祖責汪廣洋欺罔。《明史?胡惟庸傳》說劉基病中，胡惟庸曾與醫者送去毒藥，但又說這是受明太祖差遣，真相難明。劉基子璉在胡惟庸案中受牽連，被迫墮井自殺。
金華宋濂，元末薦授翰林編修。明太祖攻下金華，聘為經師。一三六九年，奉詔修《元史》，除翰林，後進為侍講、學士，承旨知制誥。教皇太子朱標讀書，先後十餘年。明太祖密使人偵視宋濂行止，然後察問，宋濂俱以實對。一三七七年，年六十八致仕。一三八○年胡惟庸案起，宋濂孫宋慎因事牽連。明太祖處死宋慎，並連坐宋慎叔父宋璲（濂次子）處死。皇后及皇太子力救宋濂，得免處死，流放四川茂州。一三八一年四月，濂行至夔州，自縊死。年七十三。（《國榷》卷七）以上功臣都是與明太祖共同創業並身居太祖左右的一代名臣勇將，雖然死因或明或暗，但多不得善終。國公以下，爵封侯、伯的名臣，遭顯戮者至數十人。《明史?湯和傳》說：「當時公侯諸宿將坐奸黨先後麗法，稀得免者，而和獨享壽考，以功名終」。湯和死於一三九五年，卒年七十。平居極為恭慎，遇太祖面責，即頓首謝罪。五十三歲進封信國公，知太祖不願諸將久掌兵權，即請解官歸里，太祖大悅。死後追封東甌王。湯和「獨享壽考」，在武將中算是例外，在功臣中也是屈指可數。清代史學家趙翼說，明太祖「借諸功臣以取天下，及天下既定，即盡舉取天下之人而盡殺之，其殘忍實千古所未有。」（《廿二史札記》卷三十二）明太祖在位三十年，以前所未有的猛政，刻意誅殺文武名臣，以確保新建的明朝和獨尊的皇室，明初統治集團的實力卻由此大為削弱了。
三、處治貪污弊政
明太祖起義前即對元末貪官污吏的刻剝深為嫉恨，也深知官吏貪污橫行對朝廷統治的危害。他即位後即採取極為嚴厲的措施，懲治貪污。官吏貪污錢財，銀六十兩以上的，斬首，並且剝去人皮，實以稻草示眾。府、州、縣、衛衙左的土地廟，作為剝人皮的場所，稱為「皮場廟」。官府公座兩旁，各懸掛一個填滿稻草的人皮袋，官吏到任上堂觸目驚心。又有挑筋、剁指、刖足、斷手、刑臏、鉤腸、去勢等酷刑。各級官吏因貪污治罪不下數萬人。一三七六年以前，發往鳳陽屯田的獲罪官吏，即達萬餘人。明太祖為懲治貪污又興起兩次大獄。
空印案——元朝早在蒙古太宗時，即有所謂「御寶空紙」。在空白文書上預先鈐上皇帝御寶，由中書省臣填充發布，不必再經皇帝用印。各級地方官員也採用類似的辦法，由色目、漢人官員填充鈐有官印的文書，不必再經蒙古長官親自用印。相沿既久，習以為常。明初地方官吏沿用舊例，持這種所謂「空印文書」到戶部審核錢糧軍需，這自然為貪污作弊提供了便利。一三七六年，明太祖因考校錢糧冊書，察知此事，認為這是欺罔，將各級主印官員逮捕入獄。自戶部尚書至府縣守令等署印官長數百人以「抵欺」罪處死。副職以下官吏榜笞一百，流放戍邊。湖廣僉事鄭士利因兄士元涉及此案，上書訴冤說：「自立國之初未嘗有空印之律，有司相承，不知其罪」（《明史?鄭士利傳》）。明太祖命將鄭士利與鄭士元一起治罪，流放拘役（居作）。
盜糧案——一三八五年，明太祖查處戶部侍郎郭桓貪污案。查得郭桓應收浙西秋糧四百五十萬石入倉，實入糧鈔少收一百九十萬石。郭桓及浙西地方府縣官吏，通同作弊，受賄五十萬貫。明太祖興起大獄，追查六部及全國十二布政司。共查得偷漏及盜賣倉糧七百萬石，並隱漏稅糧及魚鹽等項稅課，共合糧二千四百餘萬石（《大誥》）。此案除郭桓及戶部官員外，又涉及禮部尚書趙瑁、刑部尚書王惠迪、兵部侍郎王志、工部侍郎麥志德等，並處死。全國各地官吏被處死刑及流刑（遷徙去鄉一千里）者至數萬人。各地豪富交通官府，隱漏稅糧者也都受到嚴厲處置，據說「民中豪以上皆破家」（《國榷》卷八），明太祖痛恨的豪富也由此又受到一次沉重的打擊。
明太祖嚴懲貪污，被治罪的各級官吏多至數萬，雖施政不免嚴酷，但元末官場積久的貪風，由此而得到抑制，作用還是積極的。
（三）統治制度的制訂
明太祖初即位，沿襲元朝的統治制度，分置官屬，建立起明朝的統治。在位期間，一再對原有制度進行改革，使朝廷軍政大權更加集中於皇帝，地方軍政也更集中於朝廷，從而建起一整套皇室專權的統治制度。這種制度，比宋元等朝，權力更加集中，專制統治也更為加強了。
一、皇室分封
明太祖對開國功臣，多有疑慮，以至誅除。與此同時，又建立皇室分封制度，把皇族子孫分封各地稱王。元朝宗室原有投下分封制度，實際上是來源於蒙古國時期對戰爭中俘獲的人口、財產的分配。元代諸王主要是從投下封地分取賦稅收入，並非裂土為王。明太祖繼承元朝舊制而有所損益，目的還在於依靠朱氏子孫輔翼皇室，以確保朱明王朝的統治。一三七○年四月始封諸王。明太祖對臣下說：「天下之大，必建藩屏，上衛國家，下安生民，今諸子既長，宜各有爵封，分鎮諸國。朕非私其親，乃遵古先哲王之制，為久安長治之計」。群臣對答說：陛下封建諸王，以衛宗社，天下萬世之公議。（《明太祖實錄》卷五一）明太祖有子二十六人，長子朱標封皇太子。第九子朱杞及幼子朱楠早亡。其餘諸皇子及從孫一人先後封為藩王。一三七○年分封諸皇子為王：朱樉封西安為秦王，朱封太原為晉王，朱棣封北平為燕王，朱橚先封吳王，後改封開封，為周王，朱楨封武昌為楚王，朱榑封青州為齊王，朱梓封長沙為潭王，朱檀封兗州為魯王，明太祖侄朱文正之子朱守謙，封桂林為靖江王，共九人。受封的藩王每年得祿米萬石，可在藩王府置相傅和官屬，擁有護衛軍少者三千人，多者至一萬九千人。首次分封的諸王在一三七○年至一三八五年間先後就藩。
一三七八年第二次分封諸王：朱椿封成都為蜀王，朱柏封荊州為湘王，朱桂先封豫王，後改封大同為代王，朱楧封甘州為肅王，朱植封廣寧為遼王，共六人，洪武末年就藩。
一三九一年第三次分封：朱■封寧夏為慶王，朱權封大寧為寧王，朱楩封岷州為岷王，後改雲南，朱橞封宣府為谷王，朱松封開原為韓王，但迄未就藩，朱模封潞州為沈王，朱楹封平涼為安王，朱桱封南陽為唐王，朱棟封安陸為郢王，朱■封洛陽為伊王，共十人。
明太祖初封諸王時，詔諭全國，說分封是為了「屏藩國家」（《明太祖實錄》卷五一）。北方蒙古是明朝的主要威脅。明太祖分封習兵事的皇子於北邊軍事要地，皆預軍務，習稱「塞王」。晉王、燕王，皆受命指揮邊防大軍，築城屯田，大將軍馮勝及傅友德，都曾受其節制，軍中大事，二王得直接奏聞。寧王受封后，也擁有軍兵，以防禦北邊。其餘諸王中，秦、代、肅、遼、慶、寧、谷、安等王，大體上都分布在東北、北方和西北的一條邊防線上。廣東、福建、浙江鄰近京師南京，不建藩府。山西、河南、湖廣等省則藩府較多。長江以北的藩府數又大大超過長江以南。明初分封王室，仍參據元朝舊制，「列爵而不臨民，分藩而不錫土」（《明史稿》列傳三，諸王）。諸王雖分封各地，擁有王爵，但藩府之外，沒有封地和臣民。由朝廷頒給「宗祿」。除寧王、燕王、晉王擁軍防邊外，其餘諸王只能擁有少數護衛軍，隨後也被撤消。在明太祖看來，分封皇室子孫控馭各地，防止外姓臣僚跋扈，便足以「外衛邊陲，內資夾輔」，長久之計，莫過於此了。
二、中樞官制
明太祖建號吳王，設置官屬，即依元朝中書省制度，以李善長為右丞相、徐達為左丞相，總理吏、戶、禮、兵、刑、工六部事務。又依元制，設御史台，以湯和、鄧愈為御史大夫。當時仍在用兵作戰，改行樞密院為大都督府。大都督府原是元朝管領欽察兩衛軍的專設機構，明太祖沿襲此名，命侄朱文正為大都督，指揮全軍。這樣，明朝在建國前即形成中書丞相總行政，大都督掌軍兵，御史大夫司監察的簡要的國家機構。
明朝建立後，明太祖與臣下討論元朝滅亡的教訓說：「元之大弊：人君不能躬覽庶政，故大臣得以專權自恣。」（《明太祖實錄》卷五九）明太祖把鞏固新朝加強皇權作為建國建制的指導思想，著手對元朝的舊制進行改革。一三六八年即位後，在南京設應天府，廢江浙行中書省，直隸中書省。一三七六年六月又把各地行中書省改為承宣布政使司，作為行省的地方政府，長官布政使，官階正二品，位與六部尚書相等。這一改革主要是削弱中書省的權力，使行省直屬於皇帝。中樞設通政使司，管理百官章奏和民間陳訴，廢除元朝奏事必經中書的舊制。
一三八○年，胡惟庸案後，明太祖以此事為契機，決定廢除中書省丞相制，不再設「代天子理萬機」的丞相，皇帝以「至尊之位，操可致之權，賞罰予奪，得以自專」。（《明太祖實錄》卷一二九）。自秦漢以來，一千六百多年間，丞相一直是與君主相互依存又相互制約的力量。廢丞相是中國政治制度史上的一件大事，皇權專制統治進一步加強了。
丞相制廢除後，管理朝廷政務的吏、戶、禮、兵、刑、工六部各司所事。六部尚書與都察院（一三八二年改御史台為都察院）之都御史，合稱七卿。七卿與通政司的通政使、大理寺（督審刑獄）的大理卿又稱為「九卿」。九卿分別理事，互相制約，各自向皇帝負責，所有權力都集中於皇帝。綜理軍務的大都督府也劃分為中、左、右、前、後等五軍都督府，五軍都督分別由皇帝指揮，不相統屬，皇帝掌握了全部軍權。
中樞官制經明太祖改革後，基本狀況如下：六部——吏部掌官吏銓選、考課。戶部掌戶籍土田、賦役實施、財政會計、漕運物價等政。禮部掌制定禮儀、貢舉、祭祀、番國邊夷朝貢。兵部掌武官升轉、軍戶版籍、軍令、武器製備及全國驛傳。刑部掌司法行政、刑法實施、考核犯罪、頒行律令。工部掌土木工程興造、公共工程修葺、屯田管理、手工製造、水陸道路管理。各部設尚書一人，正二品，侍郎二人，正三品。一三九五年明太祖頒布《皇明祖訓條章》，規定「嗣君不許復立丞相」，臣下有請立丞相者，處以極刑。有明一代，中樞機構中，不再有丞相一職。
都察院——一三八○年罷御史台，置諫院官。一三八二年始設都察院，左、右都御史，正二品。左、右副都御史，正三品。左、右僉都御史，正四品。都御史的職責是「糾劾百司，辯明冤枉，提督各道，為天子耳目風紀之司。凡大臣奸邪、小人構黨、作威福亂政者，劾。凡百官猥茸貪冒壞官紀者，劾。凡學術不正、上書陳言變亂成憲希進用者，劾。」（《明史》卷七三）又設十二道監察御史一百一十人，正七品，察糾內外官吏。在京師巡視京營、倉場、內庫，監臨鄉會試。外出巡按地方，清勾軍伍，提督學校，巡查鹽政、茶馬、漕政、屯政等務。（一四三五年增為十三道）。
中樞監察系統中，另設六科給事中。吏、戶、禮、兵、刑、工六科，各設都給事中一人，正七品。左右給事中各一人，從七品。給事中若干人，各科不等。其職權是「掌侍從、規諫、補闕、拾遺、稽查六部百司之事。」都察院是朝廷監察機關，給事中則是皇帝的近侍之臣，是皇帝控制六部行政的耳目。給事中有封駁權，可以封還執奏，駁正章奏違誤，規諫君主，參予朝中大事的會議。都察院的御史，習慣上稱「道」，六科給事中稱「科」，統稱「科道官」或「言官」。
通政使司——早在一三七○年，就曾設「察言司」收受各方章奏。一三七七年正式設置通政使司，職責是接受並匯呈內外官吏的章奏，凡民間的陳情建議、申訴冤枉、舉報官吏不法等文書，也登記並匯呈給皇帝。設通政使一人，正三品，左右通政各一人，正四品。通政使也和六科都給事中一樣，被允許參與朝廷大事的會議。
大理寺——明太祖建號吳王時，即設有大理寺，其後因革不常。一三八一年正式設置。大理寺卿，正五品。原來只是對司法行政、財政收支等案件，進行監察。後來凡刑部、都察院和五軍都督府的斷事官所審理的案件，都要送大理寺甄審。凡不按律例或案情有出入的判決，有權駁回改擬。大理寺與刑部、都察院被稱為「三法司」，凡重大案件要經過「三法司」的「會審」。司法機關、行政監察機關和司法監察機關相互配合，彼此制約，是明初重要的法製成果。
翰林院——明太祖建國前即因元制置翰林院，設學士及侍講等官。學士為正三品，名儒宋濂即曾任翰林學士，一時名士多在翰林院供職。一三八一年以後，翰林學士降為五品，但職掌制誥、史冊、文翰之事，代皇帝草擬文告，兼充皇帝在文史方面的顧問，資深的學士有時也為皇帝或皇子講述儒經，參議致治之道。翰林院學士以下的侍講、侍讀、編修、檢討等官員，往往也是皇帝的參謀。翰林院學士被允許參加商議大政事、大典禮的諸臣會議，與諸司參決其可否。（《明史》卷七三）五軍都督府——大都督府改為中、左、右、前、後五軍都督府，每府有左、右都督各一人，正一品。都督同知各二人，從一品。都督僉事各二人，正二品。其長官多以公侯伯爵的武臣充任，品級高於六部。五軍都督府除分領在京衛所外，還分領設在全國的十三個都司。五軍府各有所轄軍區，相互平行，以達到「使事不留滯，權不專擅」的目的。（傅維鱗《明書》卷六六）五軍都督府與兵部各有職掌，相互制約，大體上兵部掌管軍事行政事務，五軍府掌管統兵作戰。兵部受皇帝之命，發令調兵，但統兵權在五軍府，統兵將官由皇帝親自指派。軍官的任免、賞罰由五軍府與兵部會同辦理。五軍府的將官平時並不統軍，遇有戰事，兵部發出調兵令，五軍府派出指揮官，統率京營兵或各地衛所兵作戰。戰事結束，軍兵回歸原地，統兵官歸五軍府。
三、地方官制
明初地方官制沿襲元朝行中書省制度，但撤消「路」一級建制，改路為府。如改龍興路為洪都府，紹興路為紹興府，平江路為蘇州府，汴梁路為開封府，大都路為北平府，奉元路為西安府等等。地方建制只存府（州）縣兩級。
一三七六年撤消行中書省後，繼續沿用「行省」這一名稱，作為地方區劃，而不是地方政府。省的行政權分屬於承宣布政使司、提刑按察使司、都指揮使司，合稱「三司」。三司分別隸屬於朝廷。
承宣布政使司——設左右布政使各一人，初為正二品，一三八○年定為正三品。全國先後設十三布政使司：浙江、江西、福建、北平、廣西、四川、山東、廣東、河南、陝西、湖廣、山西、貴州。布政使掌一省之政，傳布朝廷政令，考察本省官吏。管理戶口、田土及科舉貢士行政。對省內宗室、官吏、學校師生、駐軍，班發祿俸、廩糧。呈報自然災害情況並實行賑濟。均衡全省賦役額度，規定徵收標準。地方的重大行政事宜或有所興革，要會同都指揮使司、按察使司商定。布政使司通稱「藩司」。
提刑按察使司——設按察使一人，正三品，副使一人，正四品。按察使掌一省刑名按劾之事。糾劾官吏，抑制豪強，平反冤獄，澄清吏治。副使與僉事等官分道巡察，負責管理兵備、提學、撫民、巡海、清軍、驛傳、水利、屯田、招練、監軍等監察行政事宜。按察使司通稱「臬司」。
都指揮使司——設都指揮使一人，正二品。都指揮同知二人，從二品。都指揮僉事四人，正三品。都司掌一方之軍政，各率其衛所隸於五府，聽於兵部。責任是管理一個軍事區的武官考選，地方衛所兵訓練，衛所屯田，地方巡警，軍器保管、漕運，京操以及地方防務。明初曾於各行省置行都督府及都衛指揮使司。一三七五年改各都衛為都指揮使司。廢行中書省後，也廢止行都督府，職權轉入都指揮使司，成為與布、按二司平行的地方軍事行政機構。地方的衛所隸屬各地都司，都司又分隸中央的五軍都督府。都指揮使司常簡稱為「都司」。
「三司」制確立後，布政使司掌全省的行政、民政、財政；按察使司掌全省的司法監察；都指揮使司掌全軍區的軍事行政和治安。政、法、軍三權並立，徹底改變了行中書省總理地方大權的舊制。布、按、都三司分別直接受命於朝廷，朝廷對地方的控制大為加強了。
省以下地方機構，基本上是府、縣兩級。直隸州與府平行，一般的州與縣平行。布、按二司派遣副職到各地區，稱為分守道、分巡道等等。道隸於省，但並不是一級地方政權。
府設知府一人，正四品，同知正五品，通判，無定員，正六品，推官一人，正七品。府下設有經歷司、照磨所和司獄司。又設立吏、戶、禮、兵、刑、工六房，處理政務。知府掌一府之政，行政上受布政使的領導。職權範圍包括一府各縣的教育、科舉、戶籍田簿、軍匠、驛傳、馬政、治安、倉庫管理、河渠水利、道路修治等事宜的決策和處理。府的推官主持司法工作。全國共設一百五十九府。
州分兩種，一為府所屬的州，與縣平級。一為省直屬的州，稱為直隸州，與府平級。州設知州一人，從五品，同知、判官無定員。直隸州的知州職掌與知府同，屬州的知州與知縣同。全國共有二百三十四州。
縣，設知縣一人，正七品，縣丞一人，正八品，主簿一人，正九品。屬員有典史一人。知縣掌一縣賦役之政，凡養老、祀神、貢士、讀法（向群眾宣講法律）、表善良、恤窮乏、稽保甲、嚴緝捕、聽獄訟，都要親自處理。（《明史》卷七五）縣丞、主簿分掌糧、馬、巡捕之事。典史辦理文書出納，亦設有六房，分管日常事務。
在府、縣兩級地方政權中，還設有一些專業的管理機構。府、縣境內的關津要害設巡檢司，巡檢、副巡檢率領弓兵（按徭役徵集民兵的一種）負責警備。有的州縣設有驛丞，負責管理驛站的舟車、夫馬供應。府設有稅課司，縣設有稅課局，設大使，負責徵收商稅、市稅及民間的契稅。另有河泊所掌收魚稅。有些地方設批驗所，負責查驗鹽、茶引。府設僧綱、道紀兩司，縣設僧會、道會兩司，管理佛教、道教徒眾。
四、法律
明太祖稱吳王時，即命丞相李善長為制定律令總裁官，參知政事楊憲、御史中丞劉基、翰林學士陶安等文臣參與編定律令。制令一百四十五條，後稱《大明令》，「律」二百八十五條，後稱《明律》。「令」以記載諸司制度為主，「律」是根據唐律損益調整。一三七四年加以修訂，去掉原來臨時性的條文，增加新的條款。一三八九年又本著「因時以定製，緣情以制刑」的原則，從法律的系統與體制方面，作更多的修訂，使之趨於完備。一三九七年最後修訂完成《大明律》，頒行全國。
《大明律》的體例以吏、戶、禮、兵、刑、工六部分類以適應當時的以六部為中心的政權體制。條文共四百六十條。內容繼承唐律，參據元律，而有所添加，如軍官、軍人犯罪免徒流，殺軍人者以余丁抵充以及大臣不得專擅選官，軍民不許上言大臣德政，官吏不許交結近侍官員，功臣不得私置田土等限制官員的律文。戶律中增入有關徵收課程、錢債、市廛等條款，兵律中規定軍民不得違禁下海等等此外，如豪民隱蔽差役、攬納稅糧、典雇妻女、逐婿嫁女、取樂人為妻妾、僧道娶妻、禁巫師邪術等等有關條款，則是繼承元律的條文。
《大明律》的制定，反映出加強皇權統治的特徵，如對「十惡」罪的處置較前朝更為加重，貴族犯罪的「八議」制要由皇帝親自決斷，對大臣的政治權益也做了多方面的限制，加強了鉗制。大明律頒布後，明太祖明確規定，後世君臣不得更改修定。因而明代二百七十多年間，《大明律》的條文，不再有變動。（《明太祖實錄》卷八二）。《大明律》之外，明太祖又以皇帝的名義，先後頒行了《大誥》四編，目的是「取當世事之善可為法，惡可為戒者，著為條目，大誥天下。」（《明太祖實錄》卷一七九）。《大誥》一編頒行於一三八五年共七十四條，次年續編共八十七條，三編共四十三條。一三八七年又頒《大誥武臣》共三十一條。《大誥》的內容是選編刑事犯罪案例，由皇帝親寫按語和判決處理，作為一種範例，具有法律效能。《大誥》選編的案例多屬於懲治地方胥吏和豪強，對於攬納戶、詭寄田糧者、倚法為奸者，官吏長解賣囚者都加以重罪，對「寰中士夫不為君用」的不合作者，也處以極刑並抄沒家產。《大誥》中的「例」實際成為律外之法。因《大明律》不准改動，此後歷朝不斷增加新「例」。以例為名，以至律外附例的數量超過了律文，成為明朝法律的特點。
五、軍制
明太祖在起義過程中，依元制建立統軍元帥府，後改大都督府。軍兵的建制也參據元朝舊制，分為萬戶、千戶、百戶。爾後兼併諸軍，稱號混雜。一三六四年始建營伍法。下令說：「諸將有稱樞密、平章、元帥、總管、萬戶者，名不稱實，甚無謂。其核諸將所部，有兵五千者為指揮，滿千者為千戶，百人為百戶，五十人為總旗，十人為小旗。」（《明太祖實錄》卷十四）一三七四年左右，立衛所制，設置內外衛所。一衛統五千戶，一千戶統十百戶，百戶領總旗二，總旗領小旗五，小旗領軍十。在千戶之上原有領五千人的指揮，現定五千六百人為一衛，長官為指揮使。改為五千六百人，是因為各級都增加了軍官人數。正規的衛所制是：衛（五千六百人）由五個千戶所組成（每個千戶所為一千一百二十人），千戶所下分為十個百戶所（每個百戶所為一百一十二人），百戶所下轄兩個總旗，每個總旗下轄五個小旗，每個小旗有十名軍士。元代於民戶之外，另立軍戶。衛所軍兵也單獨立「軍籍」，家屬為軍戶。在衛的軍士為正軍，子弟稱為余丁或軍余，正軍出缺，由軍戶子弟補充，是世襲兵制，也是職業兵制。軍隊的武器裝備、軍裝及軍糧由官府供給，軍戶家小的生活則靠軍士屯田生產來維持，按月發米，稱為月糧。明初規定，每個軍士授田五十畝為一份，官給耕牛農具，實行屯田。邊地守軍十分之三守城，七分屯種，內地二分守城，八分屯種。衛所軍是一種常備軍，明太祖曾說「攘外者所以安內，練兵者所以衛民。凡中國之民安於畎畝衣食，而無外侮之憂者，有兵以為之衛也」。（《明太祖實錄》卷八五）據一三九二年統計，全國共有衛所軍一百二十萬人。（《明太祖實錄》卷二二三）如據次年所建都司、衛所應有軍士數推算，應有一百八十餘萬人。
衛所軍制是在改革元朝舊制的基礎上建立的新的軍事制度。它適應防禦北邊穩定秩序的需要，對鞏固明朝的統治，起著重要的作用。
六、學校與科舉
明太祖在建國前即設立國子學，作為培養人才之所。明朝建立後仍依元制在京師設國子監作為高等學府。設祭酒、司業及監丞、博士、助教、學正、學錄、典籍、掌饌、典簿等官。祭酒、司業、監丞主持國子監事。博士、助教司教育，其餘為管理教務、庶務的官員。學生來源有貴族、官員子弟及各地送考的優秀學生，還有少數的來自琉球、日本、暹羅等國的留學生。學生通稱監生，由國子監負擔費用，已婚者並可攜帶家口就學。監生分為率性、修道、誠心、正義、崇志、廣業六堂（班），每半個月有假一日。學習內容有《大誥》、《大明律令》、四書、五經、劉向《說苑》等書。學制兩年到三年，初入學在正義、崇志、廣業三堂（班），然後升入修道、誠心二堂，學習滿七百天，經史成績優秀者升入率性堂，如在一年內考試滿八分者即可授任官職。（《南雍志》卷一）國子監立有嚴格的校規，對監生的思想行為、學習生活管束極嚴。一三九三年的統計，國子監的學生達到八千一百二十四名。（《南雍志》卷十五），是當時世界上規模宏大的國立大學。
一三六九年十月，令各府州縣都設立學校，「育人材、正風俗」（傅維鱗《明書》卷六二）。曾選派監生中年長學優者三百六十多人到各地方學校擔任教職。地方學校不僅設立在府州縣所在地，也在邊遠衛所及少數民族地區開設。學習內容「自九經四書三史通鑑，旁及莊老韜略。侵晨學經史學律，飯後學書學禮學樂學算。晡後學射。」（《鮚埼亭集外編》卷二二）各地鄉里也都開塾立師，以普及教育，據說「天下窮鄉僻壤，咸有學有社。」（傅維鱗《明書》卷六二，學校志）「鄉里則凡三十五家，皆置一學，願讀書者，盡得預焉。」（《鮚埼亭集外編》卷二二）府、州、縣學都設有教育官員，府設教授，州設學正，縣設教諭各一人。又設訓導，府四、州三、縣二。生員額數是京府六十人，府四十人，州三十人，縣二十人。生員可免差徭二丁。正額外增收，叫作增廣生員。學校師生有月廩食米，每人六斗，另給魚肉。初入學者為附學生，經過考試，為秀才，或稱諸生，取得參加科舉考試的資格。
官府對學校管理十分嚴格，並規定各級學校學生對軍國政事不許建言，作為禁例。國子監到府州縣學都置有刻有禁例的「臥碑」。（譚希思《明大政纂要》卷六）府縣學校只是培育人才。生員入仕的途徑，主要還是通過科舉考試。一三七○年明朝始行科舉考試。在京師（南京）及各省開鄉試。考試分三場，初場試五經義二道及四書義一道。第二場試「論」一道。第三場試「策」一道。中式後十日舉行複試，科目是騎、射、書、算、律五科。鄉試各有限額。京師直隸府州百人，河南、山東、山西、陝西、北平、福建、江西、浙江、湖廣各四十人，廣東、廣西各二十五人。一三七一年各地舉人在京師舉行會試，取中進士一百二十人。以後的科舉，大體上都按此程序進行。府州縣學先舉行縣考，中式者為秀才。每三年舉行一次省試，即鄉試，中式者為舉人。第一名為解元。舉人可參加京師舉行的會試，第一名稱會元。會試中式者才有資格參加皇帝主持的最高考試，稱作「廷試」或「殿試」，考中者為「進士」。進士分三甲（等），一甲只取三名，一甲第一名為狀元，第二名為榜眼，第三名為探花，資格是「賜進士及第」。二甲若干人為「賜進士出身」，三甲若干人為「賜同進士出身」。取得「進士」資格者，便可被任用為官員。狀元授翰林院修撰，榜眼、探花授編修。二甲考選庶吉士者皆充翰林官，其餘授給事中或御史，或六部的主事，內閣中書，行人、太常、國子監博士，或任府推官、知州、知縣等官。（《明史》卷七十）明初科舉考試的程序和辦法，大體上都是沿襲元代科舉的舊制。元代的「御試」改稱「廷試」。元代的舉人，原是各地推舉應試的考生的泛稱，明代才逐漸成為省試中式而取得的專稱。考試內容以四書、五經朱熹、蔡沉等注本為依據以及考試經義、策等體制，也都是承襲元朝。元仁宗行科舉後，為便於考生特別是蒙古、色目考生撰寫合格的文卷，有所謂「八比」的文章格式（制義矜式）。明初稱為「八股」。應試的文章，分為起、中、後、末四個段落，各有二股即二比。文句排偶比對。比與比之間用文句相聯。最後以末比（又稱束比）收結。各場應試文卷，均有限定的字數。元制限三百字至五百字以上。以經書為內容，以八股為格式的應試文章，自然不能不極大地束縛人們的才思和文思，流為應考求官的陳詞濫調。
元代科舉，蒙古、色目與漢人、南人分別考試，分榜錄取。明初取消此制，除法律規定的「賤民」外，一般平民和農民不分族別和貧富都可應考。依此制度，明王朝可以從社會上廣泛吸收人才，補充官吏，但僅憑應考的八股文章並不能選取經世人才。一三七三年二月，明太祖下詔說：「朕設科舉以求天下賢才，務得經明行修、文質相稱之士，以資任用」，「朕以實心求賢，而天下以虛文應朕，非朕責實求賢之意也」（《明太祖實錄》卷七九）。詔令暫停科舉，改由地方官員薦舉各種人才。薦舉科目有賢良方正、孝弟力田、儒士、孝廉、秀才、人才、耆民等科目。實行薦舉後，出現更多的弊病。一三八四年又詔令恢復科舉，並頒布科舉成式，以為定製。科舉成式基本上仍是原來實行的考試程序和考試內容。依元朝舊制，增加了考擬判語和詔誥章表等文體。四書義增為三道，經義增為四道，但各許減一道。經史時務策增為五道，許減二道。每道題目的答卷字數，減為二百字至三百字以上。科舉定製後，歷朝沿襲，影響是深遠的。
（四）賦稅與屯墾
明朝建國前後，面臨著社會經濟殘破，人口流失，田土荒蕪，經濟制度紊亂，財政拮据等嚴重困難。明太祖在位時期，為訂立賦役制度和商業貨幣制度，恢復農業生產，而採取了一系列重大措施，從而建立起新王朝的社會經濟秩序。
一、糧長與里甲
明太祖出身於農民，對農村基層狀況最為熟悉。在遷徙江南豪富的同時，又建立糧長制與里甲制，以便形成農村基層的新秩序。
糧長制——一三七一年，明太祖命戶部通令各地，核查民間耕地，以稅糧萬石為一征糧單位，一縣分若干區。每縣選正副糧長二名，以田土最多的大戶為糧長，督收稅糧，解送官府。時稱「民收民解」。元末地方官吏，橫徵暴斂，侵擾百姓，是貧苦農民的最大的禍害，也是農民起義的基本原因。明太祖以為實行糧長制是「以良民治良民，必無侵漁之患矣」（《明太祖實錄》卷六八）。以田土最多因而也納稅最多的大戶為糧長，也可使稅糧的交納，得有保障。明朝的稅糧一半以上來自浙江、江蘇（直隸）、江西、湖廣等地，糧長制首先在這些地區實行，而並未普設於全國各地。糧長制實行初期，大戶懾於明太祖的猛政，曾取得一定的效果。一三八一年，浙江、江西糧長一千三百餘人，輸送稅糧到京師，明太祖親自召見嘉勉。但行之既久，糧長不免成為實際上的基層官吏，依然可以恃勢侵漁舞弊。
里甲制——里甲制是基層居民組織。元代農村每五十戶結為一社，推選通曉農事、家有兼丁者為社長，督勸農事，也兼管究舉遊民、調解糾紛，協同賑濟及傳布禁令等事。城坊也有社長，各社戶數不一。鄉都（鄉的下級）人戶及城坊另設有里正、主首催督差稅。社長、里正等都是一種差役，由富戶輪流充任。一三八一年，明太祖改設里甲。元代的都合併為里。以一百一十戶為一里，其中十戶為里長，推選丁糧多者十人充任。里以下每十戶為一甲，設甲首一人。里長也是一種差役，輪流充當。服役期間，所有追征錢糧、勾攝公事、祭祀鬼神、接應賓旅以及官府徵求、民間爭鬥等等都在職責之內。鄉村里長也還要經常督課農事。里中年高望重者，被推為「老人」。「老人」職在導民向善，平息民間各種糾紛，剖決是非。里中建有旌善亭，張榜公布民間善事，申明亭張榜公布惡行，以示獎懲。里正與老人有政績者，可被皇帝召見。老人甚至可以會同村眾逮解不法官吏。里甲制的設置，旨在減少官吏欺壓，使村民編組自治，以維護基層的社會秩序。
二、戶籍與田籍
明太祖由農民成為皇帝，並不能改變原有的土地占有制度，新建的明王朝依然建立在地主占有制的基礎上。明初田地分為「官田」與「民田」兩類。「官田」是專門為皇室宗族供給農產品的皇莊田土，牧放官馬的草場，園陵墳地，公共占地，皇帝賜給諸王、公主、勛戚大臣、內監、寺觀的莊田，以及職田，學田，邊境軍官的養廉田，軍、民屯田等等。「民田」是民自有之田，包括地主占有的土地和農民自有的少量土地，可以買賣。民人佃種官田，只有耕種權而無土地所有權。貴族官員由皇帝賞賜的賜田，官吏的職田，也無所有權，皇帝和朝廷可以隨時收回。屯田禁止私人占有。
明初，在某些戰亂較多的地區，官田的數量甚至超過民田。「官田」可用以直接向勞動者徵收租稅，也可以用來進行軍、民屯田，以獎勵墾荒，恢復生產。
明王朝依據各地官田民田占有的多少徵收田賦。依據戶口人丁征派差役。戰亂之後，人口流徙，田土占有也多變動。明太祖命戶部對各地戶口和田土普遍核查，編成戶籍冊和田土冊，存於官府。兩種冊籍的編制，是明太祖整頓賦稅制度的一大建樹。
戶籍冊——明太祖曾說「夫有戶口而後田野辟，田野辟而後賦稅增。」（《昭代經濟言》卷一），一三七○年發布聖旨，派遣戶部官員去各州縣普查戶口。先頒發「戶帖」，要求民戶據實填寫，作為編制戶籍冊的根據。又派出軍兵，隨同辦理。百姓如有隱瞞，治罪充軍。明王朝在掌握了普填的戶帖後，於一三八一年，下令府、州、縣編制戶籍冊，稱為「賦役黃冊」。每「里」各編一冊，里中每戶詳列男女年齡（男成丁、不成丁。女大口、小口）、田土房屋等本戶狀況。冊首為「總圖」，冊尾登記鰥寡孤獨等不服役的人口，稱為「畸零帶管」。規定每十年重編一次，以記載變動情況。將表格發給里長，令各戶填報。官府比對先年的冊籍，死者除名，生者添注，田產買賣者記錄其稅糧的過割情況。（傅維鱗《明書》卷六八，賦役志）戶籍冊編成後呈交戶部一份，用黃絹封皮，故稱「黃冊」。省、府、縣各留一份，用白色封皮，通稱「白冊」。戶籍是徵發賦役的主要依據，故又稱賦役黃冊。
明初的徭役，分為「里甲正役」與「雜泛」。里甲役即輪流充當里長、甲首，上級官府派征的各項物料及費用，里長出十分之三，甲首人戶出十分之七。雜泛是臨時性的各種差役，如修路、築城、修倉、修河等勞役，田裡長、甲首根據各戶丁糧多寡按甲簽發。明初江南地區還曾有過一種按田土多少簽發的工夫役。田一頃出丁夫一人，稱為「均工夫」。應天十八府州，江西九江、饒州、南康三府曾編制「均工夫圖冊」。賦役黃冊編成後，這種均工夫役便行廢止。
田土冊——大約一三六八年建國時，明太祖就曾對一些地區的田土進行過丈量，為編制田籍作準備。一三八○年派國子監生武淳等到各地監督繪製土地冊籍。土地丈量的重點是江南地區和北方各省，因為這兩個地區的土地冊籍，散失最甚，土地占有情況也變動最多。各地田土冊的編制，至一三九三年才全部完成。
新編田土冊，又稱魚鱗冊，分為總圖和分圖兩種。分圖以里為單位，相鄰田土按順序編號繪圖並記錄各號田土的名稱、類別、面積和四至，以及田主或管業人的籍貫姓名。總圖以鄉為單位，把分圖合併繪圖，置於分圖之前，使閱者一目了然。然後再把一鄉之圖，合成一縣之圖。田土圖形相接，有如魚鱗，故稱「魚鱗圖冊」。圖冊編成後，官府可據以掌握土地占有及糧戶情況，徵收田賦。各地的田土所有權也由此得到合法的確認，有據可查。現存明初魚鱗圖冊以小塊田土居多，反映著農民戰爭誅除大戶和明太祖遷徙豪富所帶來的變化。
明初徵收稅糧按田畝計算。開墾荒地可以免稅。夏稅征麥，秋稅征米。南北方糧產不同，可各以其地產供納。以糧交納者，為「本色」，以絲絹或鈔交納者，為「折色」。田賦率，大抵是「官田畝稅五升三合，民田減二升，重租田八升五合五勺，沒官田一斗二升。」（《明史》卷七八），這是歷史上很輕的田稅。明太祖實行輕稅，一是因為建國之初農業生產尚不發展，一是因為有意體恤農民疾苦，以穩定秩序。江南如蘇松嘉湖等經濟發達地區的稅率高於其他地區。畝稅可加重到二、三石。洪武初，浙西地方，因其民富實，一畝田稅相當二畝，徵稅加倍。江西某些地區的田賦也高於鄰省。蘇州府一年交納的田賦曾達到二百八十萬九千餘石，有人說：「蘇州之田居天下八十八分之一弱，而賦約居天下十分之一弱。」（《日知錄》卷十，蘇松二府田賦之重）。
三、屯田
明太祖在戰爭時期，已開始建立軍事屯田。建國之後，為墾荒就業，恢復生產，在民間推行屯田，以後又發展為商屯。明初屯田，因而形成軍屯、民屯和商屯三種類型。
軍屯——又稱衛所屯田，可分為邊屯和營屯兩種。邊屯設在邊境，守軍進行屯田，謂之「且耕且守」，就地生產糧食，以供軍需。營屯是內地衛所軍的屯田，生產糧食，作為軍糧。軍屯制規定，每軍受田五十畝為一「分」，各地田土及生產條件不同，屯軍受田數額不一，以五十畝為中制。軍屯產糧，洪武初年一度免徵糧稅，一三八七年開始，徵收屯糧，畝稅一斗。洪武末改定稅則：「每軍屯一分，正糧十二石，給本衛官軍俸糧。」（《明會典》卷十八）每軍屯實際交糧二十四石，較洪武初年的畝稅一斗，增加一倍半左右。軍屯是以軍事管理為特點的屯田，屯軍全家生計主要依靠屯糧收入，生活十分艱苦。明初原額軍屯田土曾達到八十九萬二千餘頃。（《春明夢余錄》卷三六）民屯——明初，官府掌握了大量無主荒地，需要移民墾荒或募民屯種，因而實行民屯。屯戶的來源是：一、強制遷移民戶，二、召募的人戶，三、犯罪遷徙戶。
明初移民包括南北各地，人多田少地區的多餘人戶及流動人口遷移到人少田多的寬鄉，湖、杭等地的無田人戶到濠州屯種，由官府資助牛具種子，免徵三年。同時又移江南民十四萬戶於鳳陽。一三七六年徙山西及真定民無田產者於鳳陽屯田。一三八八年徙山西澤、潞二州民無田者去彰德、真定、臨清、歸德、太康等處寬鄉，設屯。一三八九年移兩浙民，去淮河以南的滁、和等州屯種。移山西的貧民往大名、廣平、東昌三府，分給田地達二萬六千七十二頃之多。這一年曾有山西沁州民張從整等一百一十六戶，自動申請屯田，被分給田地，賞賜財物，並受命回沁州召募居民，應募屯種。（《明太祖實錄》卷一九七）元大都蒙古遺民三萬餘戶，曾被安置在北平府管內屯田。歷年官民罪犯都集中在鳳陽屯田，多達一萬餘人。
民屯田土實屬官田，各地根據屯戶的丁力，分給田土，北方地區每人可分田十五畝，菜地二畝。在管理上，以屯分里甲，納入府縣行政系統。民屯賦稅，大致上按官田稅額徵收。
商屯——是商人經營的屯田。明初為加強邊防，常在邊境地區設立軍儲倉，由內地召募商人運糧，輸倉。官給糧價及運費。一三七○年山西行省商人向大同倉入米一石，太原倉入米一石三斗，發給淮鹽引票一引（二百斤），商人憑引販鹽獲利，以償糧費。一三七一年「開中法」在各地實行。商人為多獲鹽引，依民屯辦法在邊地募民屯田，以獲糧食，就近輸倉，形成商屯。商屯地為官田，且多為新墾荒田。商人出資召募邊地無田農民或流民耕種，供給牛具種子。此制推行後，內地鹽商多來邊地經營商屯。
四、商稅
明太祖為重建社會經濟秩序，對商業採取低稅政策。明朝建國前對商人徵收「官店錢」，稅率是十五稅一。建國後放寬到二十分取一。不久又放寬到三十稅一。對於民間生產工具、生活資料、文化用品以及嫁娶喪祭物品等的販賣，並予免稅。
明初商稅分為兩種，一為營業稅，即三十稅一的商稅；一為通過稅，即商品通過關津渡口時的關稅。一般是按比例抽取實物。縣設稅課局，府設稅課司徵收商稅。統由京師稅課司管理。
商人赴各地經商要取得官府驗發的「商引」。商引載明販賣貨物的種類、數量，及販運道里遠近。無「商引」者，被視為「遊民」治罪。京師城內由兵馬指揮司管理市場，每日校準市場度量衡器，檢查商人活動及物價情況。京師及其他大城市設有官辦貨棧，稱為「塌房」。商人在塌房存放貨物，就地徵稅。
五、大明寶鈔的發行
元代開始廣泛發行紙幣，稱為「寶鈔」。元順帝時，寶鈔無限制地大量發行，造成貨幣貶值，物價暴漲，帶來社會經濟的崩潰。明朝建國後，大量鑄造銅幣「洪武通寶」錢，民間貿易都採用為價值標準，幣價相當穩定。對社會經濟的發展，起了重要的作用。一三七四年，設立寶鈔提舉司，又開始印造紙幣。名為「大明通行寶鈔」，次年由中書省正式發行。「寶鈔」以桑樹皮造紙印製，高一尺，寬六寸，質地青色。面值分一百文、二百文、三百文、四百文、五百文和一貫六種。每鈔一貫准銅錢千文、白銀一兩，四貫寶鈔准黃金一兩。（《明太祖實錄》卷九八）民間交易百文以上用鈔，百文以下用銅錢。商稅錢鈔兼收。官員祿米也發給寶鈔。
大明寶鈔發行後，由於不設鈔本，寶鈔不能兌換金銀，而且發行量過大，所以發行不久，即逐漸貶值，重蹈了元末的覆轍。洪武末年，兩浙民間鈔一貫只折銅錢二百五十文，爾後又下降到一百六十文，加以偽造寶鈔充斥市場，鈔值難於穩定。不少地方的商品，不得不以金銀定價。寶鈔只是在頒賞、俸祿或估產計贓等官方活動中使用，在社會經濟中則被視為「劣幣」而被排斥。