藥師經白話解釋 · 藥師琉璃光如來本願功德經譯註
（藥師經白話解釋）
甲、經題注釋
藥師琉璃光如來本願功德經是本經的經題。此題是以人、法、喻立名的，藥師如來是「人」、本願功德是「法」、琉璃光是「喻」。一般佛經常用人、法、喻三種來作題：用佛菩薩的名號來作經題的歸在「人」的一類；以佛法的名稱來作經題的歸在「法」的一類；用淨妙寶貴的東西來譬喻經的好處，作為經題的可歸在「喻」的一類。
1．藥師：用戒、定、慧法藥醫治九界眾生的報病、業病、煩惱，拔除眾苦，故彼如來名為藥師。《法華經》中稱「藥王」《涅（nie聶）盤（pan盤）經》中稱為「新醫」，意義相同。
2．琉璃光：藥師如來具有身光，正如華嚴有足光、法華有眉光一樣。《華嚴經》說：「見如來體勝妙殊絕，形體映澈，猶如琉璃，此相非是欲愛所生，故名琉璃光」。內以智光照真法界，外以身光照映大機。
3．如來：是佛的十種稱號之第一，「佛」是梵文「佛陀」（Buddha）音譯的簡稱。佛陀的意義是覺者或智者，佛是自覺覺他、覺行圓滿者。《金剛經》說：「如來者無所從來，亦無所去，故名如來」。
4．本願功德：所修妙行是為本願；所證勝果是為功德。本願有本來所有願行的意思；功德可解釋為念念常見自己本性的真實妙用。
5．經：梵文修多羅（Sutro），直譯為「線」，貫穿法義之意。意譯為「經」，是佛所說的教法，《華嚴疏》說：「古譯為契經，契謂契理契機，經謂貫穿攝化，即契理合機之經」。意思是上契諸佛之理，下契眾生之機，貫穿常法應知的義理，攝化應度的眾生。也有「徑」的意思，就是修行成佛的途徑。
經有五義：1）湧泉義（有義味無窮）；2）出生義（能生妙善）；3）繩墨義（楷定邪正）；4）顯示義（能示正理）；5）結鬘（man蠻）義（貫穿諸法）。
6．藥師琉璃光如來：《阿修羅經》說：「琉璃光菩薩遇智勝佛初發總願，寶頂佛所始發別願」。《十方諸佛現前經》說：「青龍光佛所發十二誓願」。由此兩經所述藥師琉璃光如來原為琉璃光菩薩。
7．《藥師經》在我國有五種譯本：
（1）《佛說灌頂拔除罪過生死經》又《大灌頂神咒經》十二卷，是東晉？帛屍梨密翻譯，為最早的譯本。
（2）《琉璃光經》一卷，是劉宋˙慧簡所譯。
（3）《佛說藥師如來本願經》一卷，是隋˙達磨多翻譯。
（4）《藥師琉璃光如來本願功德經》一卷，唐˙玄奘（zang葬）三藏（zang葬）翻譯，通俗所謂《藥師經》就是指這一卷。
（5）《藥師琉璃光七佛本願功德經》二卷，唐？義淨翻譯，上卷述其他六佛之事，下卷述藥師如來之事。
現在翻譯成為語體文（白話文）是根據唐˙玄奘三藏譯本的流通本（印光老法師重刻本），其中在玄奘原譯本基礎上增加東晉譯本上八大菩薩名稱，如義淨譯本上的神咒及其前後文二十多行。
8．譯人唐˙三藏法師玄奘：當時釋迦牟尼佛和他的弟子是印度人，所說的是巴利語，後來編集佛經，也用梵文和巴利文寫的；傳到中國，用漢文和藏文翻譯成中國文，本經就是唐代玄奘三藏法師奉唐皇帝的詔命而翻譯成漢文，現在來說是古漢語。
三藏法師是全面精通「經藏」、「律藏」、「論藏」這三藏的法師（藏是包藏的意思）；此經、律、論三藏是佛教的經典，一般稱為「大藏經」、又名「佛藏」（如道教的經書叫「道藏」。）
法師：是佛教的稱謂（道教也有稱法師），指通曉佛法，善於講經，又致力於修行弘法，而學識道德都高尚，能為人師表的僧尼之尊稱。較高的學位如精通經藏（佛的教言）的僧尼稱「經師」，又指善於誦讀經文的僧尼亦可稱「經師」。《高僧傳》列「經師一科十一人，如東晉？帛法橋『誦經數十萬言，晝夜諷誦，哀婉通神』；支曇（tan潭）龠（yue月）『特稟妙聲，善於轉讀』。」
律師：指善於背誦、講解「律藏」（佛所制僧團戒律）的僧尼稱為律師，如北魏？慧光、唐˙法礪（li例）、道宣、懷素等皆稱律師，以明《四分律》見稱。現代如重興南山律宗的弘一律師，持戒精嚴，著作甚多，主要的如《四分律比丘戒相表記》等。
論師：指精通「論藏」（關於教理的解釋和研究的論著）或論釋佛教經義的僧尼，稱為論師。小乘上座部系統說一切有部，有世友、法救、妙音、覺天四大論師；大乘以馬鳴、龍樹、提婆、童壽四大論師；稱唯識學派護法等人為唯識十大論師。在印度，「論」主要是發揮或解釋經義的，有「宗論」（宗經之論--發揮）和「釋論」（釋經之論--解釋）兩種。
所以全面通曉經、律、論三藏的僧尼，可稱為「三藏法師」，學位最高，如唐？玄奘可稱為三藏法師，唐？義淨亦稱為三藏法師（這兩位大師均為中國佛教四大譯經家之一。載任繼愈主編的《宗教詞典》）。
9．玄奘三藏法師的簡史：玄奘大師洛陽人，生於隋文帝開皇廿年（600），卒於唐高宗麟德元年（664），終年65歲（根據楊廷福教授考證，見《玄奘論集》第18頁）。幼年聰悟不群，十三歲出家，廿歲受具足戒。因感眾師講經，各擅宗途，聖典亦顯隱有異，莫知適從，發誓遠遊西方（印度），以釋眾疑。乃於唐貞觀二年（628）始髮長安，經涼州、出玉門、涉流沙輾轉西行，經高昌、阿耆尼等國，度蔥嶺、越大雪山、遍歷西域、印度諸國，前後十七年。他「遍謁眾師，備飧異說」，學識淵博精詣，所以在五印度被譽為「大乘天」。將梵文佛經650多部，經中亞、東亞細亞東歸，於貞觀十九年（645）正月抵長安，其時僧俗出迎者數十萬眾，唐太宗迎慰甚厚，詔於長安弘福寺從事翻譯，大師網羅賢者，大開譯場。當時長安的大慈恩寺，在玄奘法師譯經的時候寺中常住七千餘僧，極一時之盛。前後十九年間共譯出重要經論75部，1335卷，計1300多萬言，並特製《三藏聖教序》。故唐？三藏玄奘大師對我國佛教作出了不可磨滅的重大貢獻。玄奘大師的譯法，以直譯為主，雜以意譯，譯文經過潤色，通順之後才定稿；故經典的譯文既切合原意，又易於理解，讀之通暢，如一部優秀的文學作品文集。
大師主持的譯場裡，「譯主」與「筆受」均由中國人自己擔任，然譯文時亦有外來僧人參加。
又大師《大唐西域記》為世界名著，這部書把他親歷的110個和傳聞的28個域邦、地區、國家的山川形勢、地理位置、歷史沿革、風土習俗、氣候物產、宗教信仰、文化語言、政治情況等作了實事求是的介紹；它涉及整個中、南亞廣大地區的歷史、地理，作了許多的記述，已有日、英、法文譯本，是一部很有價值和影響的名著。
玄奘三藏法師是我國歷史上的卓絕人物，也是世界性的歷史人物，是國際上傑出的翻譯家、旅行家、佛學家，亦是對中亞、南亞次大陸各國歷史文化有著深遠影響的歷史人物。日本龍谷大學在六十年代成立了「《大唐西域記》研究會」和「玄奘學會」，在我國研究玄奘三藏法師的書，如楊廷福教授著的《玄奘論集》和田光烈教授著的《玄奘哲學研究》，先後於1986年7月和同年10月出版。
乙、經文
（原經文、語體文及注釋）
乙1序文分
原經文
如是我聞，一時薄伽梵，游化諸國，至廣嚴城，住樂音樹下，與大苾芻眾八千人俱，菩薩摩訶薩三萬六千，及國王大臣、婆羅門、居士、天龍八部、人、非人等無量大眾，恭敬圍繞，而為說法。
語體文
（一）敘事證信
阿難親聞佛說此經（1）：當時釋迦世尊（薄迦梵（2））週遊教化各國，到了廣嚴城（3），安坐在發出微妙音樂的樹下；和大比丘（大苾芻（4））八千人在一起，還有大菩薩（5）三萬六千和國王、大臣、婆羅門（6）、居士（7）、天（8）龍八部（9）眾生、人、鬼神（非人（10））等無量大眾，恭敬地圍繞在四周，釋迦佛為他們說法。
注釋
1．阿難親聞佛說此經：即原經文「如是我聞」。釋迦牟尼佛原是2500多年前印度迦（ji?家）毗（pi皮）羅國（即今尼泊爾王國）的悉達多太子，天資聰穎，文武兼全，智勇雙備。因見世間眾生（人和動物）諸般受苦，欲求解脫，故十九歲出家學道。經過尋師訪道和六年苦行，三十歲時的十二月初八日黎明，坐在菩提樹下吉祥草上，啟明星出現時豁然大悟，證得無上正等正覺（成佛）。以後釋迦牟尼佛說法四十九年，八十歲圓寂（逝世）。
釋迦佛一生言教，弘法度生，根據天台宗的說法，把佛說法分成五個時期：
1）華嚴時：成道後二十一天內說完大乘無上法門的《華嚴經》。
2）阿含時：以後十二年在鹿野苑說《阿含經》等小乘經。
3）方等時：接著八年間又說《維摩經》、《金光明經》、《楞伽經》、《勝鬘經》等大乘經，此時大講「藏、通、別、圓」四教的道理，是大、小乘利根、鈍根等通行的軌道，故稱方等時，為大乘初期。
4）般若時：其後二十二年說《般若經》（梵文般若即智慧），是講智慧和了義、弘揚「諸法皆空」的道理。
5）法華涅盤時：最後八年間說《法華經》，兼以一晝夜時間說《大涅盤經》，闡發佛陀出世的本意，匯三乘統歸一佛乘。
釋迦佛圓寂（逝世）的那一年，他的弟子們，以摩訶迦葉（she色）、阿（？歐）難陀為首的五百人集會在王舍城外的七葉窟，將釋迦佛一生所說的言教結集起來，才有文字以傳後世。當時由阿難陀誦出佛所說的經，由優波離誦出佛所制的僧團戒律，由摩訶迦葉當時誦出、後來又補充結集關於教理的解釋和研究的論著，才有經、律、論三藏。前後共有六次結集，才有現在規模的《佛藏》。近數年我國正編印《中華大藏經》漢文部分。預計將收入4200餘種，約23000餘卷，估計十年出齊，1989年4月16日止已出版《中華大藏經》計四十冊。
經首，都有「如是我聞」四字，表示信證。根據《智度論》二說：「佛入滅時，阿難問一切經首置何字？佛言：『如是我聞』等言」。所以「如是我聞」解作阿難陀親聞釋迦佛如此說。
2．薄迦梵：是梵文Bhagavat的音譯，意譯為世尊，是佛的十種稱號之一。《大乘義章》卷十二說：「佛備眾德，為世欽重，故號世尊」。佛的十種稱號參後。48面至49面注釋。
釋迦牟尼佛於公元前623年誕生在尼泊爾境內的藍毗尼園（Lumbini）
3．廣嚴城：是印度的一個城市，梵文音譯毗耶離城，意譯為廣嚴城。在恆河邊，王舍城對面。
4．大苾芻：出家的僧侶叫苾芻，一般叫比丘，是音譯；意譯為乞士、乞士男，（上乞佛法養慧命，下乞衣食滋身命）是指出家後受具足戒的比丘，女的出家人叫比丘尼、乞士女。這裡的「大苾芻」指阿羅漢。
5．大菩薩：即原經文「菩薩摩訶薩」。菩薩是梵文菩提薩埵（d?o朵）Bodhisattva的簡稱，是音譯；意譯為覺有情，是以智上求菩提、用悲下救眾生，意即修持大乘六度，求無上菩提（大覺）、利益眾生、於未來成就佛果的修行者，中國佛教協會會長趙朴初老居士在《佛教常識答問》中說：「凡是抱著廣大的志願，要將自己和一切眾生一齊從苦惱中解救出來，而得到究竟安樂（自度度他）：要將自己和一切眾生一齊從愚痴中解脫出來，而得到徹底的覺悟（自覺覺他）--這種人便叫做菩薩」。梵文摩訶薩意譯為「大」，這裡指菩薩中果位高的大菩薩。如文殊師利菩薩、普賢菩薩、觀世音菩薩、大勢至菩薩、地藏菩薩、日光遍照菩薩、月光遍照菩薩、彌勒菩薩等都是大菩薩，是居於菩薩極地的等覺菩薩。菩薩和佛陀不同，即使等覺菩薩也要低一級，佛是自覺覺他、覺行圓滿，好比大學裡的教授，菩薩是自覺覺他，覺行未圓滿，好比副教授。還要注意的，菩薩和「神」或「神仙」不同，神仙還是屬於天道，不能擺脫六道輪迴。
6．婆羅門：是印度四種姓之一，意譯清淨、或淨志，是奉大梵天而修淨行的非佛教的祭師，所以又叫梵志。
印度四種姓：
一、婆羅門：是印度的種姓制度傳統的四種階級之一，為世襲而職司祭祀的專業僧侶，意譯清淨或淨志，是奉大梵天而修淨行的非佛教的祭師，故又名梵志，是宗教文化教育的中心，位在上層，受人尊敬，為精神和思想領域的高階層，這個階級掌握文化教育，形成婆羅門教。
二、剎帝力：是王侯武士集軍政大權於一族，為世襲的統治者。
三、吠舍：為從事農工商的平民階級。
四、首陀羅：是地位低卑，生活艱苦的奴隸賤民。
7．居士：是以清淨身心虔誠信仰佛法，已歸依佛、法、僧三寶，並持一定戒律（如五戒，或受持一戒至四戒）的在家佛教信徒。男居士梵名優婆塞，女居士梵名優婆夷。與出家僧、尼合稱為四眾，僧尼負有住持和繼承佛法的責任，在家二眾是護持和弘揚佛法的；大乘經如《維摩詰經》、《優婆塞戒經》都是稱讚在家學佛的修行者。
8．天：為六道之一的天道，是指欲界六天、色界十七天或十八天、無色界四天。天、龍指天眾、龍眾等。
9．八部：即八部眾，據《舍利弗問經》說有：1）天眾，2）龍眾，3）夜叉（又名藥叉），4）干闥（ta榻）婆（樂神），5）阿修羅（Asara），6）迦樓羅，又名揭路茶（Garuda金翅鳥），7）緊那羅，又名緊捺洛（Kinnara歌神），8）摩？（hou侯）羅迦，又名莫呼落伽（Mahoraga大蟒神）。以上統稱為八部，這裡指法會上的八種眾生。
10．非人：指鬼神而言。
原經文
爾時曼殊室利法王子，承佛威神從座而起，偏袒一肩，右膝著地；向薄伽梵，曲躬合掌，白言：「世尊、惟願演說，如是相類諸佛名號，及本大願殊勝功德；令諸聞者，業障消除，為欲利樂像法轉時諸有情故」。
爾時世尊，贊曼殊室利童子言：「善哉！善哉！曼殊室利，汝以大悲，勸請我說諸佛名號，本願功德；為拔業障所纏有情，利益安樂像法轉時諸有情故。汝今諦聽，極善思惟，當為汝說」。曼殊室利言：「唯然！願說，我等樂聞」。
語體文
（二）禮請起說
此時，曼殊室利（1）法王子（2），蒙受佛的威力，從座位上站起來，袒露右肩，右膝跪在地上，恭敬地向佛躬身合掌行禮道：「世尊，願請演說，『如是相類的諸佛名號和他們本來立下的大行願，並殊勝的功德』，使聽到的人，能消除業障（3），也是為了要利樂今後『像法起時』（4）的一切眾生（5）的緣故」。
當時世尊就稱讚曼殊室利童子道：「善哉！善哉！曼殊室利、你用大悲心來勸請我說諸佛的名號和本願的功德，是為了拔除纏繞眾生的業障，並使『像法起時』眾生們得到利益和安樂的緣故。你現在仔細聽了，要很好地思維，我當為你說法」。曼殊室利說：「好，願請說法，我們樂於恭聽」。
注釋
1．曼殊室利：即文殊師利（manjushvi），簡稱為文殊菩薩，過去早已成佛，名龍種上尊王佛。曼殊室利意譯為「妙吉祥」，為釋迦世尊的大弟子，智慧辯才第一，故稱為「大智文殊菩薩」，典型法像是：手持寶劍，騎獅子座和普賢菩薩（騎白象座）同為釋迦如來的左右二脅侍。中國五台山為文殊菩薩道場，唐宋以來一直是我國最早最大的道場之一。
普賢：原文為samantabhadya，音譯為「三曼多跋陀羅」，意譯「遍吉」，他主一切諸佛的理德和行德，他有延年之德；發過十大行願，為弘揚佛法，故尊稱為「大行普賢菩薩」，普賢之學得於行，行之謹審靜，重莫若像，故好像。普賢菩薩坐蓮台六牙白象背上，手執如意，或手持蓮花，容顏慈祥，相好莊嚴，使人有安祥敬慕的感覺，白像是普賢菩薩願行廣大，功德圓滿的象徵。
四川峨眉山為東來道場在晉代山上建普賢寺，今名萬壽寺。
2．法王子：法王是指佛，也可稱為法主或說法主，法王子是指佛的弟子，亦有將來成佛之意。
3．業障：一切眾生都原來具有靈明洞徹湛寂常恆的本性，但因妄想執著，以致起惑造業，輪迴六道，此妄心障覆本性，叫做「業障」也叫無明。
三障：是佛教信眾信仰和修持佛法的三大障礙，據《大智度論》卷五說：1）煩惱障，即貪、嗔、痴（三毒）等一切煩惱；2）業障，由身、語、意所造成的一切不利於佛法修習的思想行為；3）報障，即地獄、餓鬼、畜生等惡報。
煩惱：大、中、小煩惱的根本煩惱有六：貪、瞋、痴、慢、疑、惡見。
大煩惱有十：1）憤怒2）仇恨3）結怨4）虛誑5）奸詐6）欺騙7）倨傲8）迫害9）妒嫉10）自私，此為十惡。
中煩惱有二：1）無慚2）無愧
小煩惱有八：1）不住2）懈怠3）放逸4）昏沉5）掉舉6）失念7）不正知8）散亂
4．像法起時：即原經文「像法轉時」佛法在世有三個時期：（1）釋迦佛在世時稱為正法時，為一千年；（2）像法時是佛逝世後以佛像供養，來弘揚佛法的時期，為一千年，（3）末法時，為一萬年。
像法轉時是指像法起時，如臨像末，正法漸離，人慾漸熾，病苦越多。
5．一切眾生：即原經文「諸有情」。是指有情識的生物。眾生亦稱有情，包括人和一切大小動物。
乙2正宗分
原經文
佛告曼殊室利：「東方去此過十殑伽沙等佛土，有世界名淨琉璃，佛號藥師琉璃光，如來、應正等覺、明行圓滿、善逝、世間解、無上士、調御丈夫、天人師、佛、薄伽梵。
曼殊室利，彼世尊藥師琉璃光如來，本行菩薩道時，發十二大願，令諸有情，所求皆得。
語體文
（一）如來開示
（1）依正行願
佛告訴曼殊室利：「此去東方過十個恆河的沙那麼多的佛國（1），有個世界名叫『淨琉璃』，有佛名叫『藥師琉璃光』如來、應正等覺（2）、明行圓滿（3）、善逝（4）、世間解（5）、無上士（6）、調御丈夫（7）、天人師（8）、佛（9）、世尊（10）。
（2）別陳行願總說
曼殊室利、那位世尊、藥師琉璃光如來，從前修行菩薩道（11）的時候，在因地發過十二個大願，要使一切眾生所要求的都能得到。
注釋
1．此去東方過十個恆河的沙那麼多的佛國：即原經文「東方去此過十殑伽沙等佛土」。殑伽是梵文Gangga的音譯，意譯就是印度的恆河。以恆河裡的沙（無量數）比喻數量之多的意思，十殑伽沙，即十條恆河的沙。
2．應正等覺：「應」，應供，應受人天之供養；正等覺，或稱正遍覺，梵文為三藐三佛陀；意思是佛乃不偏不邪、沒遺漏的超脫生死的大覺者。稱諸佛無上的正智，叫正等覺。即佛的覺悟。是佛的十種稱號之第二。（第一為如來，見經題注釋）
3．明行圓滿：又名明行足。佛是三明萬行，具足圓滿，意思是佛的智淨微妙，明曉無量劫的罪福，自利利他的功行莊嚴，六度圓滿。是佛十號之第三。
4．善逝：到諸深三摩提（即三昧Sam?dhi）無量智慧中去，名善逝。為佛十號之第四。《大乘義章》十二末說：「言善逝者，此從德義以立其名，善者名好，逝者名去，如來好去，故名善逝。」
5．世間解：佛對世間生滅因果無不解了，名世間解，又名知世間，能了知有情世間（眾生世間）和器世間（生存環境、山河大地等國土世間，並非有情）之事。《淨影大經疏》：「世間解者是化他智，善解世間，名世間解。」為佛十號之第五。
6．無上士：天上人間佛是至尊無上的，名為無上士。為佛十號之第六。
7．調御丈夫：佛教化眾生時恩威並施，化物不暴（pu曝），挺然不屈，都能調御信服的意思，名調御丈夫；是佛十號之第七。
8．天人師：佛是三界（欲界、色界、無色界）眾生的導師典範，名天人師。為佛十號之第八。
9．佛：是梵文薄伽梵（Buddha-Lokannatha）的意譯，音譯為佛陀？路迦那他。佛是佛陀（Buddha）的簡稱，意譯為覺者，是自覺覺他（使眾生覺悟）又覺行圓滿者，故名佛，是佛法修行的最高果位。（佛譬如是大學教授的話，則菩薩如副教授、緣覺如講師、羅漢如助教，合為四聖法界）。佛有十方三世一切諸佛，如過去有七佛、燃燈佛，未來有彌勒佛，東方有藥師佛、西方有阿彌陀佛，娑婆世界（我們這個世界）有釋迦牟尼佛，為佛教的創始人（即教祖），佛數為無量數，如印度恆河的沙。為佛十號之第九。
10．世尊：即原經文「薄伽梵」。為梵文Bhagavat和Lokannatha薄伽梵的意譯。統上佛的九號萬德具足，故名世尊，即薄迦梵；《大乘義章》卷十二說：「佛備眾德，為世欽重，故號世尊」。為佛十號之第十。
11．菩薩道：菩薩修行圓滿，自他二利，自未得度先度人者，名菩薩道。《法華經？藥草喻品》說：「汝等所行是菩薩道。」
原經文
第一大願：願我來世，得阿耨多羅三藐三菩提時，自身光明，熾然照耀無量、無數、無邊世界，以三十二大丈夫相、八十隨形，莊嚴其身，令一切有情如我無異。
第二大願：願我來世得菩提時，身如琉璃，內外明徹，淨無瑕穢，光明廣大，功德巍巍，身善安住，焰網莊嚴，過於日月；幽冥眾生，悉蒙開曉，隨意所趣，作諸事業。
第三大願：願我來世得菩提時，以無量無邊智慧方便，令諸有情，皆得無盡所受用物，莫令眾生有所乏少。
第四大願：願我來世得菩提時，若諸有情行邪道者，悉令安住菩提道中；若行聲聞、獨覺乘者，皆以大乘而安立之。
第五大願：願我來世得菩提時，若有無量無邊有情，於我法中，修行梵行，一切皆令得不缺戒，具三聚戒；設有毀犯，聞我名已，還得清淨，不墮惡趣。
第六大願：願我來世得菩提時，若諸有情，其身下劣，諸根不具，醜陋頑愚，盲聾暗啞、攣躄背僂，白癩顛狂，種種病苦，聞我名已，一切皆得，端正黠慧，諸根完具，無諸疾苦。
第七大願：願我來世得菩提時，若諸有情，眾病逼切，無救無歸，無醫無藥，無親無家，貧窮多苦；我之名號，一經其耳，眾病悉除，身心安樂，家屬資具；悉皆豐足，乃至證得無上菩提。
第八大願：願我來世得菩提時，若有女人，為女百惡之所逼惱，極生厭離，願舍女身；聞我名已，一切皆得轉女成男，具丈夫相，乃至證得無上菩提。
第九大願：願我來世得菩提時，令諸有情，出魔罥網，解脫一切外道纏縛；若墮種種惡見稠林，皆當引攝置於正見，漸令修習諸菩薩行，速證無上正等菩提。
第十大願：願我來世得菩提時，若諸有情，王法所錄，繩縛鞭撻，系閉牢獄，或當刑戮，及余無量災難陵辱，悲愁煎逼，身心受苦；若聞我名，以我福德威神力故，皆得解脫一切憂苦。
第十一大願：願我來世得菩提時，若諸有情，饑渴所惱，為求食故，造諸惡業；得聞我名，專念受持，我當先以上妙飲食，飽足其身，後以法昧，畢竟安樂而建立之。
第十二大願：願我來世得菩提時，若諸有情，貧無衣服，蚊虻寒熱，晝夜逼惱；若聞我名，專念受持，如其所好，即得種種上妙衣服，亦得一切寶莊嚴具，華鬘塗香，鼓樂眾伎，隨心所玩，皆令滿足」。
「曼殊室利，是為彼世尊、藥師琉璃光如來、應正等覺，行菩薩道時，所發十二微妙上願」。
語體文
（二）藥師如來十二大願
第一大願（相好如我願）：願我來世得到無上正等正覺（1）的時候，願我自身具有無量光明門（2），熾然非凡。這身光照耀著周遍一切無量、無數、無邊的世界（3）。再以三十二種大丈夫的形相和八十種隨形的好德性（4），來莊嚴我身；並願一切眾生都和我一樣同證菩提，同具光明相好。
第二大願（身光利他願）：願我來世，得到無上正等正覺的時候，我的報身像琉璃一樣（5），內（智光）、外（身光）明徹（照映真法大機），其相晶瑩純淨，一無瑕污；而且光明廣大，功德巍巍（高大），身善安住在真淨土、發出的光焰交織如網，其莊嚴超過太陽和月亮。照到幽冥地獄裡的眾生，都能蒙受佛法的開曉，隨他的意趣，做他樂意做的佛事。
第三大願（受用智便願）：願我來世得到正覺時，要以甚深無量（豎澈真如）、廣大無邊（橫窮法界）的智慧方便（6），使一切眾生所求受用之物（世間七寶、出世三乘二果）都得到滿足，不使他們有所缺少。
第四大願（住菩提道願）：願我來世得到正覺時，如果有人不明正法而行邪道（7）的，都要使他們安住在正覺的菩薩道中（8），如修小乘佛法的聲聞（9）、或獨覺的人，都要把大乘的究竟法（自覺覺他）使他們安身立命。
第五大願（三聚清淨願）：願我來世得正覺時，如有無量無邊的眾生，在藥師如來法門中修清淨行的，一切都要使所持的戒律，不缺其一（10），要具有『無惡不斷、無善不修、無生不度』的三聚戒（11）。如果有毀犯戒律的，只要聽到我的名號後，還是能夠清淨自在，不會墮落到惡道中去。
第六大願（六根完具願）：願我來世得正覺時，如有些人，身處卑賤下劣，五官六根（12）有缺陷，容貌醜陋，且心智頑愚，或有眼盲聾啞、屈手跛足、駝背、痲瘋、顛狂等種種病苦，只要聽到我的名號後，一切都能端正貌美、聰明智慧，五官四肢健全無缺，沒有種種疾苦。
第七大願（除病離貧（13）願）：願我來世得正覺時，如有眾生身心受到種種疾病的逼切，無醫無藥來救治，無親無家可歸宿，真是貧窮又多病苦；如果他的耳朵一旦聽到我的名號，種種病苦都會消除，就能身心安樂；家中所需資具都能豐實滿足。甚至經過信、解、行、證的過程，證得無上正覺（14）。
第八大願（轉女成男願）：願我來世得正覺時，像有的女人，因是女身，受到百惡（15），所迫害的苦惱，極度厭惡女身，要想舍離；如果聽到我的名號後，來世都能轉女成男，具備近成世間的丈夫相（遠成調御丈夫相），經過修行直到證得無上正覺。
第九大願（改邪歸正願）：願我來世得正覺時，要使眾生們跳出煩惱魔、五陰魔、死魔、天魔等羅網門（16），解脫一切外道的纏縛。如果已經墮入種種惡見，像在密林中迷了路的，也都要引導他們到正見路上來，逐漸使他們學修『上求佛道、下化眾生、自未得度先度人』的菩薩行（17），迅速證得無上正等正覺。
第十大願（免難消災願）：願我來世得到正覺時，像有的人犯了國法，口供在案，於是繩捆鞭打，關在牢里，或將受刑殺戮；以及其他無盡災難，和無法抗拒的凌辱，以致內心悲愁，身受煎迫，身心兩苦。如果聽到我的名號，一心歸依、懺悔前愆，那麼由我的慈悲、福德和威神之力（18）都能解，脫一切憂苦（19），得到身心自在。
第十一大願（空腹飽餐願）：願我來世得正覺時，像有些眾生，受饑渴所逼惱，為了求得食物又造作出種種惡業來。如果聽到我的名號而開慧、專心念我名號而思慧，更受持而修慧（20），那麼我要先把世間的上好飲食給他吃飽喝足，以養色身；然後再把出世間的禪（shan善）悅法喜（21）消除他的煩惱、增長他的智慧，以後終於建立一個究竟安樂的無餘涅盤的境界。
第十二大願（衣具滿足願）：願我來世得正覺時，像有些人們貧困缺衣，被蚊虻叮咬，受冬寒夏熱之苦，日夜身心逼惱，如果聽到我的名號，專心憶念而不斷修持，就能得到如他所愛的種種上妙衣服，還能得到其他一切寶貴莊嚴的物具（如珠瓔鈴佩，靴鞋等嚴身之具），又如花綴瓔珞裝飾頭上，以香塗身，演奏各種鼓樂樂器等，隨心所欲，都能滿足。」
「曼殊室利、這是那位藥師琉璃光如來、應供、正等覺在因地行菩薩道時所發的十二點微妙至上的大願。」（合之為二願：1．求菩提願，即願我來世得無上正等菩提，2．利樂他願，使眾生所求都能得到滿足。）
注釋
1．無上正等正覺：即原經文「阿耨多羅三藐三菩提」。阿耨多羅是無上的意思，三藐是正等的意思，三菩提是正覺的意思，總的說，是認為能覺知佛法一切「真理」，並能「如實」了知一切事物，從而達到無所不知的一種智慧，是得到無上的、明悟「空」、「有」平等圓通的中道之理，破滅無明（暗鈍的妄心）、大覺圓滿而證得佛位（果）。《大智度論》卷八十五說：「唯佛一人智慧為阿耨多羅三藐三菩提。」大乘「菩薩行」的全部內容，就是成就這種覺悟。
2．自身光明：像法華的眉光、華嚴的足光一樣，藥師如來有身光，遍（hian變）照一切世間，並願一切眾生也有身光。
3．無量無數無邊世界：佛經中把一個佛剎（即一尊佛所教化的一個世界）叫三千大幹世界，據《長阿含經》卷十八說：「以須彌山為中心，以鐵圍山為外廓，『同一日月所照之四天下為一個『小世界』，一千個小世界為一個『小千世界』，一千個『小千世界』為一個『中千世界』，一千個『中千世界』為一個『大千世界』，所以叫三千大千世界」。其實宇宙空間是無邊的，大千世界是無量無數的，常稱「十方微塵世界」，所以說無量無數無邊世界。
4．三十二相、八十隨形：佛菩薩有無漏不盡的神通力，可將法身化為三十二種（甚至更多）大丈夫相的應化身來適應眾生的隨機方便；三十二相亦稱三十二大丈夫相，指佛的莊嚴容儀，有三十二個顯著特徵，又有八十種好的微細特徵，合稱為「相好」。據《大智度論》卷四中說：三十二相是：「1）足下安平立相，2）足下二輪相（又叫千輻輪相，腳心底有輪寶的肉紋），3）長指相，4）足跟廣平相，5）手足指縵（man漫）網相（手足指間如蹼狀），6）手足柔軟相，7）足趺高滿相，8）伊泥延膊相（股骨如鹿那樣纖好），9）立正手摩膝相，10）馬陰藏相（陰部如馬），11）身廣長等相，12）毛上向相，13）一孔一毛生相，14）金色相，15）丈光相（身光照四面各一丈遠），16）細薄皮相，17）七處（兩手、兩足、兩肩、脖頸）隆滿相，18）兩腋下隆滿相，19）上身如師（獅）子相，20）大直身相，21）肩圓好相，22）四十齒相，23）齒齊相，24）牙白相，25）師子頰相，26）口中津液得上味相，27）大舌相，28）梵聲相，（聲音清淨深遠），29）真青眼相，30）牛眼睫相，31）頂髻（ji記）相，32）白毛相。（眉間有白毛，也稱眉間白毫相，平時捲縮，伸開達一丈五，從這裡放出的光叫毫光，或眉間光。）」
隨形好：指身體某部位某種美的容儀，有八十種，例如：鼻高好孔不現相、身清潔、身不曲、容儀備足、一切樂觀、面具滿足、言音深遠、口出無上香、隨眾生意和悅與語、臍不出、身持重、發不亂、足有德相………等等。
三十二相八十隨形：是顯示的德相，圓滿莊嚴，然天上的梵王和人間輪王也具有，但是很大差別，《智度論》卷四中說：「菩薩相者，有七事勝轉輪王相，菩薩相者一淨好，二分明，三不失處，四具足，五深入，六隨智慧行不隨世間，七隨遠離，轉輪聖王相不爾。」雖同樣有三十二相，但好差區則很大。生到淨琉璃世界的眾生，可以經常見佛聞法，依佛指示的教導去修行，逐漸得到相好莊嚴，與佛無異，達到如佛平等一如。
5．身如琉璃：身如青色寶琉璃是其體，淨無瑕穢是其相，內外明徹是其用，由於內智光和外身光非欲愛所生，才有神通力照映大機，功德莊嚴，開曉幽冥眾生或安居淨土，作諸佛事（三惡道無真理之光故稱幽冥）。
6．無量無邊智慧方便：無量是指智慧深湛，豎徹真如，無邊是指智慧廣大，橫窮法界，智是證真，慧是達俗，度生中可以方便圓通，即隨方應便，以利導人。
7．邪道：除了如來戒、定、慧為正覺道外，其他邪迷六師外道都是邪道。印度前有95種外道。
8．菩提道：菩提舊譯為「道」，新譯為「覺」，菩提道是漢梵雙舉，意思是修持正覺的途徑，即正覺道，如來戒、定、慧名正覺道。凡外道所謂戒、定、慧名邪迷道。
9．聲聞、獨覺、大乘：佛法有五乘：人乘、天乘、聲聞乘、獨覺乘、菩薩乘，其中菩薩乘是大乘（自覺覺他），聲聞乘和獨覺乘是小乘（只自覺）。聲聞是聞佛教言，悟四諦理（苦、集、滅、道），斷見思惑而成道（入涅盤）。獨覺即緣覺；天台宗分緣覺和獨覺為二。在佛世時觀十二因緣而悟道的，叫緣覺；在無佛世時觀飛花落葉之外緣成道的，叫獨覺，即獨自覺悟而離生死、脫離六道輪迴而成道的，又叫辟支佛（乘）。
10．不缺戒：（大乘戒品）列有十種戒，不缺其一謂之不缺戒。犯戒如器皿已缺，最基本的五戒為：殺、盜、淫、妄、酒。
11．三聚戒：1）攝律儀戒（無惡不斷），2）攝善法戒（無善不修），3）攝眾生戒（無生不度），三者總稱三聚戒。所以持戒的含義有「止持」（消極的制止一切不應做的惡事）和「作持」（積極地儘量去做應做的好事）兩重意義。持戒可使我們身心清淨，自在愉快和無漏的正定相應。
12．諸根：即眼、耳、鼻、舌、身、意為六根，和六根相對的六塵是：色、聲、香、味、觸、法。諸根不具是六根有所缺陷，凡生理缺陷都是宿業所報，如諸根不具是殺害動物的受報，身處下劣是尊己卑人的受報，容貌醜陋是瞋恚不忍辱的受報，頑愚是邪見的受報，盲聾瘖啞是毀謗三寶的受報，肢體畸形是畋獵傷害動物的受報。這種種病苦，除了外界因素及內部失調外，均按因果定律得到報應。
13．除病離貧：病是殺生的報應，貧是偷盜的報應，修行持戒即可除病防貧。又如女身之苦，甚於男身，如能至誠受持，來世能修得男身。
14．證得無上正覺：學佛修行有四個過程：信、解、行、證，就是信受後堅定不移，學習佛法，依此四個進程修行達到證得佛果（無上正覺），那時修行者自己心境上必有所得，故稱為「證」。解為明白了解的意思；行是修的功夫、修的功德。
15．因是女身，受到百惡；即原經文「為女百惡」。婦女之苦甚多，如月經不調不淨，生育艱苦、公婆虐待、丈夫兇狠，子媳不和，孤寡無男等。《玉耶女經》說：「謂女有十惡，」《華嚴經》說：「為女有五障。」
16．羅網：即原經文「魔罥網」。魔有四種：1）煩惱魔，2）五陰（色、受、想、行、識（zhi志）魔，3）死魔，4）天魔。都是指塵世勞碌及貪愛欲望籠罩三界如羅網一般遭致災害，故稱魔罥網（即羅網）。因聞佛號心地清淨，才能棄邪歸正，解脫諸魔。
17．菩薩行：即行菩薩道，自未得度先度人、上求佛道、下化眾生、名菩薩行。方法有六種，即六度：布施，持戒、忍辱、精進、禪定、智慧。
18．福德威神力：佛有三德：1）至尊至大，莊嚴光明，無所不在的法身德，2）自覺覺他、覺行圓滿而能觀照實相的般若德（智慧德），3）教化眾生時能以方便真實的智慧，自在無礙地取勝的解脫德。佛有六通神力和十四種畏力，都是力量無比的。眾生承受佛的福德，順隨教理，並借佛的威神之力，解脫憂苦。
19．一切憂苦：苦是在身所受，如不可避免的災難，不可抵禦的陵（凌）辱；憂是內心所受，如愛別離的「悲」，怨憎會的「愁」，求不得的「煎」，老病死的「逼」。人生有八苦，就是生、老、病、死、愛別離、怨憎會、求不得和五陰盛（或稱五蘊盛，即色、受、想、行、識，五蘊煩惱之火燒心的苦）。
20．聞名、『專念、受持：得聞佛名，是啟示聞慧，然後一心不亂的專念佛號和功德，是為思慧，繼續不斷的無間的受持付諸實行，是為修慧。
21．禪悅法喜：即原經文「法味」。先以世間的上妙食物（如印度的奶酪、醍醐）使饑渴者飽足，再以出世間的法味，即禪悅法喜，增長智慧，排除煩惱，再通過自我教育、刻苦修行而達到無餘涅盤的畢竟安樂境界。（聲聞、獨覺二乘為偏空涅盤，是不究竟，唯如來是畢竟安樂涅盤，即無餘涅盤，為至樂境界。安樂即涅盤。）
原經文
「複次，曼殊室利，彼世尊、藥師琉璃光如來，行菩薩道時，所發大願，及彼佛土功德莊嚴，我若一劫、若一劫餘，說不能盡。
然彼佛土，一向清淨，無有女人，亦無惡趣及苦音聲；琉璃為地，金繩界道，城闕宮閣、軒窗羅網，皆七寶成。亦如西方極樂世界，功德莊嚴等無差別。
於其國中，有二菩薩摩訶薩：一名日光遍照，二名月光遍照，是彼無量、無數菩薩眾之上首，次補佛處，悉能持彼世尊、藥師琉璃光如來正法寶藏。
是故曼殊室利，諸有信心善男子、善女人等，應當願生彼佛世界」。
語體文
（三）佛土莊嚴皆七寶成
釋迦佛再次告訴曼殊室利說：「至於那位藥師琉璃光如來行菩薩道時所發的大願和他佛國的功德莊嚴，我若用一劫（1）大時或一劫多的長時間來說也是說不盡的。然而他所成就的佛國（2）一向清淨，沒有塵世的污穢和男女的愛欲，也沒有地獄、餓鬼、畜生等惡趣，更沒有愁事和嘆苦聲。一切建築，勝過人間：地面是琉璃寶鋪的，界道是金繩圍的，城牆樓台、宮殿樓閣、軒簾羅帳都是金、銀、琉璃、玻璃、硨磲、赤珠、瑪瑙等七寶做成的；也像西方極樂世界一樣功德莊嚴，相等沒有差別。
在他的佛國里（東方琉璃世界）有兩位大菩薩：一位名叫日光遍照菩薩，另一位叫月光遍照菩薩（3），是藥師如來的左右脅侍，其位在那無量無數眾多菩薩的上首，即將依次遞補佛位（4）。都能修持世尊、藥師琉璃光如來法門，依正法寶藏（如來藏心）（5）修證。所以，曼殊室利，諸多有信心的清淨善男子和善女人們（6），應當發願往生到那位藥師佛的東方琉璃世界去。」
注釋
1．一劫：劫是梵文「劫波」（kolpaepoch）音譯的簡稱，是指時間很長的意思。世界的一「成」到一「毀」叫做一劫，劫有小、中、大三種：一個小劫為1680萬年，（世上人的壽命有增減，從人壽十歲算起，每百年增加一歲，直到八萬四千歲，再從此每百年減一歲，直減到十歲，如此增減時間總共為1680萬年。）二十個小劫為一個中劫（合一增一減為一中劫），八十個中劫合為一個大劫，一大劫包括「成、住、壞、空」四個時期，通稱為四劫。
2．然而他所成就的佛國：即原經文「然彼佛土」。彼佛土指東方琉璃世界，有八種殊勝：1）無娑婆（塵世）的穢惡，2）無男女的欲愛，3）無地獄、餓鬼、畜生等惡趣，4）無愁事、無苦聲，5）無泥土沙磧，6）無坑塹的坎坷，7）勝過世間的木石結構，都是七寶（上已註明）所成，8）和西方極樂世界一樣功德莊嚴。
3．日光遍照：日光破暗以照晝，月光清涼以照夜，兩位大菩薩的日光、月光都是周遍法界，勝過日月。這兩位大菩薩是藥師如來的左右脅侍，合稱藥師三尊，又稱東方三聖。如阿彌陀佛及觀世音菩薩、大勢至菩薩合稱為西方三聖，又如大日如來和文殊師利菩薩、普賢菩薩合稱為華嚴三經。
4．次補佛處：凡菩薩修行到無上正覺菩薩這最高位即等覺位，乃一生補處，漸近佛位，將依次遞補佛位而成佛。佛為妙覺，等覺與妙覺相隔一間，尚有一重生死未破、一層法性未圓，亦如亞聖和聖人、副教授和教授之差一樣。日光、月光兩位大菩薩被推崇在眾菩薩的上首，是將依次遞補佛的處所。意思是漸鄰佛位，而繼本佛之後將要成佛，故日光、月光兩位菩薩是藥師佛的補處菩薩。
5．正法寶藏：即如來藏心，是佛理教義的中心，諸佛菩薩依此修證，教行理果，從此出生。十二大願就是正法寶藏，一切利人為中心。
6．善男子、善女人：是指聞佛法後歸依三寶，正信、正業、正行而信受的男女，這裡統指緇素（即在家出家的修行者），都可稱為善男子、善女人。（無疑叫「信」，聞熏佛法叫「善」。）
原經文
爾時世尊，復告曼殊室利童子言：「曼殊室利，有諸眾生不識善惡，唯懷貪吝，不知布施，及施果報。愚痴無智、闕於信根；多聚財寶，勤加守護；見乞者來，其心不喜，設不獲已而行施時、如割身肉，深生痛惜。
復有無量慳貪有情，積集資財，於其自身尚不受用，何況能與父母、妻子、奴婢、作使、及來乞者；彼諸有情，從此命終，生餓鬼界，或傍生趣。
由昔人間曾得暫聞藥師琉璃光如來名故，今在惡趣，暫得憶念彼如來名，即於念時，從彼處沒，還生人中；得宿命念，畏惡趣苦，不樂欲樂，好行惠施，讚嘆施者。一切所有，悉無貪惜，漸次尚能以頭目手足，血肉身份，施來求者，況余財物。
複次曼殊室利，若諸有情，雖於如來受諸學處，而破屍羅，有雖不破屍羅，而破軌則；有於屍羅、軌則雖得不壞，然毀正見；有雖不毀正見，而棄多聞；於佛所說契經深義，不能解了；有雖多聞，而增上慢，由增上慢覆蔽心故，自是非他，嫌謗正法，為魔伴黨。
如是愚人，自行邪見，復令無量俱胝有情，墮大險坑。
此諸有情，應於地獄、旁生、鬼趣，流轉無窮；若得聞此藥師琉璃光如來名號，便舍惡行，修諸善法，不墮惡趣。
設有不能舍諸惡行、修行善法墮惡趣者，以彼如來本願威力，令其現前，暫聞名號，從彼命終，還生人趣，得正見精進，善調意樂，便能舍家，趣於非家。如來法中，受持學處，無有毀犯，正見多聞，解甚深義；離增上慢，不謗正法，不為魔伴；漸次修行諸菩薩行，速得圓滿」。
語體文
（四）因果定律學持淨戒
這時世尊又告訴曼殊室利童子說：「曼殊室利，有些人不懂得順理為善、違理為惡（1）的道理，一味貪戀別人的財物，而自己又吝嗇，不知布施和布施果報的道理，這是痴愚不明智，和缺乏善信的根基門（2），他只曉得多聚財寶，勤加守護著；看見有人來乞討，心裡就不樂意；如不得已而做一些施捨時（雖暫時布施而非出於本意），就像割他身上的肉一樣，深深地痛惜。
還有不少吝嗇貪心的人，積聚許多資財，連自己也不捨得受用，怎麼會給至親的父母、至愛的妻子、為他勞苦的奴婢、傭人、乃至窮苦的乞丐呢！因此那種慳貪的人，死後要得報應，轉生到餓鬼道或畜生道（3）去。
由於過去在人間時，他曾偶而聽到藥師琉璃光如來的名號（以昔暫聞，今得暫念），那麼今日雖在惡道中，只要暫時憶念那位如來的名號，就在一念之頃，即刻脫離餓鬼或畜生的惡道，還能來生人間；同時因為明了過去世慳貪的業報，害怕到惡道中去受苦，就不敢自私地貪圖欲界（三界五欲）之樂，也就喜歡給人恩惠施捨了，見到別人在布施也隨喜讚嘆；對一切所有財物，都不貪戀別人的也不吝惜自己的；經過學修逐漸地還能把自己的頭、目、手、足等血肉身體的部分施捨給來求的人（4），何況其他身外的財物呢！
再說、曼殊室利、還有些人，雖然在如來的學戒之處受持（5）五戒、十戒、比丘戒或菩薩戒（戒有四級差別），但破毀了根本重戒（6），或有的雖不破毀重戒而違犯儀軌法則；有的對重戒、儀軌法則雖不破壞，而毀斥正見，妄談其他；也有的雖不毀斥正見而丟棄多聞全面的教理，所以對佛所說的契理之經，其深刻的意義不能了解；有的雖然多聞全面的教理，但妄自認為未得智而得到了、未證佛果而說證得了；由此傲慢覆蔽了自己的心，所以自以為是而非他，嫌惡正法，甚至誹滂佛祖、毀教排禪、這就和邪魔結黨為伴的了。
這種愚人，自己做了上述種種邪見的惡行，還要使無量百億（7）眾生受他們的影響，墮落到大險的火炕中，不能自拔。
這六種人（破戒、犯律、毀見、棄聞、增慢、謗法的人和效法六種的人）將來應墮地獄、畜生、餓鬼等三惡道中輪流輾轉不息，無有盡期（即從地獄出，復轉畜生，畜生罪畢再轉餓鬼，如是輪轉）。但若能聽到藥師琉璃光如來名號，外憑佛力便舍惡行，內憑自力修諸善法，就不會墮落到三惡道（8）去。
假使不能舍諸惡行，也不能修諸善法而墮入惡道的人，就憑藥師如來救度眾生的本願威力，可以使他當前暫能聽到藥師佛名號，這樣他們從三惡道中壽命完了，還可以生到人道，有機會得到深信因果的正見、樂於精進（9）、學佛，伏惡持戒、善調意樂，就能出世俗家，而入如來家（即出家為僧尼）。在如來的出世間法（10）中受持學戒之處，沒有破重戒、毀軌則等情況，而深信正見，多聞博學，甚解佛法經典深義；遠離傲慢之心（11），禮敬諸佛，不謗正法稱讚佛法，親近善知識，不與邪魔為伴；漸次勤修六度、上弘下化的菩薩行，就速得修證圓滿門（12）。」
注釋
1．有些人不懂得順理為善、違理為惡：即原經文「有諸眾生不識善惡」。所謂「順理為善，違理為惡」，為善為惡，各有各的果報，如果今世貧賤者，就是前世或前幾世不肯布施該得的報應。佛門修持者應修戒、定、慧三學，還必須修持六度。六度和四攝是眾菩薩應修行之法，六度是：布施、持戒、忍辱、精進、禪定和智慧，「度」的梵語叫「波羅密多」（意「到彼岸」），布施是六度之一，有三種：1）財施，用自己的資財送給別人，2）法施，用佛法勸化度人。3）身施，又名無畏施，不惜犧牲自己肉體生命為大眾謀福利，即捨己為人，如革命烈士為國為民捐軀身亡。布施亦為「四攝」之一。（四攝有布施、愛語、利行、同事等利於團結人們。）
2．缺乏善信的根基：即原經文「闕於信根」。意思是不信佛法的基本理義，例如「因果律」、（凡是一切物質的變化、心的變化、心物混合的變化均受此因果律的支配，完整的說：「因緣果報」，緣是助因，由因、緣和合而產生果，故對善惡諸業，是自作業，身受果報）「四聖諦」（苦、集、滅、道）、「十二因緣」、「三法印」（1）諸行無常，世界萬有變化無常，2）諸法無我，一切現象皆因緣和合，沒有獨立的實體，也沒有創造萬物的主宰者，3）涅盤寂靜，脫離生死和六道輪迴，進入畢竟安樂的涅盤境界）等等，凡對這些教義都不信的人是缺乏信根的。
3．轉生到餓鬼道或畜生道：即原經文「生餓鬼界，傍（旁）生趣」。三界有情（眾生）因惑造業，業有善惡和輕重，獲得各種果報，在六道輪迴中輾轉受到不同的苦或樂。六道的前三者（天、人、阿修羅）為三善道，後三者（畜生、餓鬼、地獄）為三惡道，也稱三惡趣。餓鬼界即餓鬼道。旁生趣即畜生界，也名畜生道。
4．把自己的頭、目、手、足等血肉身體的部分施捨給來求的人：即原經文「以頭目手足，血肉身份，施來求者」。《報恩經》說：「大光舍頭及忍辱太子舍眼」；《蓮華藏世界經》說：「燈光舍臂」；又如釋迦佛的弟子舍利佛以目施給婆羅門，都是將自己身體部分施捨給需要的人。
5．學戒之處受持：即原經文「受諸學處」。學處即是學戒的地方，戒共有四級：五戒、十戒、比丘戒和菩薩戒。
6．破毀了根本重戒：即原經文「破屍羅、破軌則、毀正見、棄多聞、增上慢、嫌謗正法」。這六種都是持戒修行中的愚人邪見。梵文「屍羅」，意譯性善，破屍羅意思是破毀根本重戒；破軌則是不守法度的犯戒律；毀正見是對正確的佛之所說加以否定，即不深信因果律等佛法，妄說法空或斥小乘。棄多聞是向小背大，強調偏面，不顧圓融的見解。增上慢是抬高自己，妄自傲慢，認為未得智說得到了，未證佛果說證得了。嫌謗正法是惡意毀謗佛法，甚至呵佛罵祖、毀教排禪。這六種人是罪惡深重的。
7．百億：即經文「俱胝」。梵文「俱胝」意譯百億，常說「那由他」（十億為一兆，十兆為一京，十京為一那由他）都是代表極大的數目。
8．就不會墮落到三惡道：即原經文「不墮惡趣」。這裡指三惡道，即畜生道、餓鬼道、地獄道。
9．得到深信經因果的正見、樂於精進：即原經文「得正見精進、善調意樂」。正見是指深信佛法，如因果律等，精進是在修善斷惡、去染轉淨的修行過程中，不懈怠地努力上進，勤學佛法。善調意樂是指自己內心中制惡持戒學佛，身心清淨、法喜充滿和愉快。
10．如來的出世間法：即原經文「如來法」。法即出世間法，指佛陀所說的教法，亦即佛法，為佛教三藏經典，名《佛藏》，又名《大藏經》。
11．遠離傲慢之心：即原經文「離增上慢」。意思是禮敬諸佛（十方三世一切諸佛）頌讚佛法，親近善知識。（善知識是專研並深解佛法、道德高尚、能為人師表者，他能引導人正信佛法、誠發菩提心。又善知識有三種：1）外護善知識，使人不怖畏，得安穩修習佛法；2）同行善知識，能一同學習佛法者，得互相研究、互相促進；3）教授善知識，弘揚佛法，使學佛者諸惡莫作、眾善奉行的人。）
12．速得修證圓滿：即原經文「速得圓滿」。指一超直入修證了義，叫速得圓滿。
原經文
「複次曼殊室利，若諸有情，慳貪嫉妒、自贊毀他，當墮三惡趣中，無量千歲，受諸劇苦。受劇苦已，從彼命終，來生人間，作牛馬駝驢，恆被鞭撻，饑渴逼惱，又常負重，隨路而行。或得為人，生居下賤，作人奴婢，受他驅役，恆不自在。
若昔人中，曾聞世尊藥師琉璃光如來名號，由此善因，今復憶念，至心歸依，以佛神力，眾苦解脫，諸根聰利，智慧多聞，恆求勝法，常遇善友，永斷魔罥，破無明殼，竭煩惱河，解脫一切生、老、病、死、憂悲苦惱。
複次曼殊室利，若諸有情，好喜乖離，更相鬥訟，惱亂自他，以身語意，造作增長種種惡業，展轉常為不饒益事，互相謀害，告召山林樹冢等神，殺諸眾生，取其血肉，祭祀藥叉、羅剎婆等，書怨人名，作其形像，以惡咒術而咒詛之，魘魅蠱道，咒起屍鬼，令斷彼命，及壞其身。
是諸有情，若得聞此藥師琉璃光如來名號，彼諸惡事，悉不能害。一切展轉皆起慈心，利益安樂，無損惱意，及嫌恨心，各各歡悅，於自所受，生於喜足，不相侵陵，互為饒益。
複次曼殊室利，若有四眾：苾芻、苾芻尼、鄔波索迦、鄔波斯迦及余淨信善男子、善女人等，有能受持八分齋戒，或經一年，或復三月，受持學處，以此善根，願生西方極樂世界無量壽佛所，聽聞正法，而未定者。若聞世尊藥師琉璃光如來名號，臨命終時，有八大菩薩，其名曰：文殊師利菩薩、觀世音菩薩、得大勢菩薩、無盡意菩薩、寶檀華菩薩、藥王菩薩、藥上菩薩、彌勒菩薩是八大菩薩，乘空而來，示其道路，即於彼界種種雜色眾寶華中，自然化生。
或有因此生於天上，雖生天上，而本善根亦未窮盡，不復更生諸餘惡趣。天上壽盡，還生人間，或為輪王，統攝四洲，威德自在，安立無量百千有情，於十善道；或生剎帝力、婆羅門、居士大家，多饒財寶，倉庫盈溢，形相端正，眷屬具足，聰明智慧，勇健威猛，如大力士。
若是女人，得聞世尊藥師琉璃光如來名號，至心受持，於後不復更受女身」。
語體文
（五）業因果報往生覺岸
1．離嫉妒誹謗惡
釋迦佛再次告曼殊室利說：「如有些人們，貪圖別人的富貴榮華，嫉賢忌才，讚揚自己詆毀別人（1），將來就當墮入三惡道中，經歷無量千歲，遭受各種慘痛劇苦，受盡了慘痛劇苦的果報以後，他從惡道中死亡，繼之再轉生人間，成為牛、馬、駝、驢等牲畜，常常被人鞭打，忍受饑渴的逼惱，又常肩負重擔，沿途奔走。即使輪迴為人，也是處於低賤地位，作人奴婢，受人使喚驅役，身心總不得自在。
若是前世為人的時候，曾經聽到世尊、藥師琉璃光如來的名號，由此以前的善因，現在再憶念起來，一心一意地歸依（2）藥師如來，這時佛以威神之力，慈悲護念，種種痛苦都能解脫；使各種根器（六根）變為聰明伶俐，智慧多聞，終能求取上勝佛法，常遇善信的朋友；永遠斷除外魔邪見的罥網（羅網），破滅包藏煩惱的愚痴無明的蒙蔽，枯竭妄念流注如河的煩惱（3），解脫一切生、老、病、死的憂愁苦惱。」
2．離斗訟咒詛惡
又對曼殊室利說：「如有些人，好生是非，歡喜離間，甚至互相毆鬥、互相諍訟（4），惱亂自己，更惱亂他人，損人不利己，大家痛苦；而身、語、意三業的造作，會增長種種惡業，輾轉相互報復，常常做出有害無益的惡事，互相謀害對方，如禱告山林、樹木、冢墓間的鬼神，代他報復；或宰殺牛羊豬雞等眾生，用其血肉祭祀藥叉、羅剎婆等惡鬼（5），書寫仇人名字在草木作成的形象上，用惡毒的咒術咒詛他；或以魘、魅、蠱毒（皆鬼名）等鬼道邪術相害；還有用邪道咒術使屍體活動起來，命令他去傷害仇人的性命，或損壞仇人的身體。
這些人們，如果能聽到藥師琉璃光如來的名號，承佛威力，上述六種暗害的惡事，都不會致害，一切都會轉化而起慈悲之心，化災害為祥和，化損傷惱亂為利益安樂；互相不再有損惱之意和嫌恨之心、各各歡悅；由於各自身受到生活中的喜悅滿足，不相侵凌而變得互為饒益。」
3．往生淨土
世尊又告曼殊室利：「像佛門四眾（6）：僧、尼、男居士、女居士和其他至誠信佛的善男子、善女人等、能受持八分齋戒（7）的，或常年受持，或每年正月、五月、九月三個月受持，在受持學戒之處，由於這個善根，願意往生西方極樂世界阿彌陀佛（即無量壽佛）的淨土、聽聞佛法而未決定的人，如果聽到世尊、藥師琉璃光如來的名號而專念持名，到臨終時，就有八位大菩薩（8），他們的名號叫：文殊師利菩薩、觀世音菩薩、大勢至菩薩、無盡意菩薩、寶檀華菩薩、藥王菩薩、藥上菩薩、彌勒菩薩，這八位大菩薩會乘空而來，指引他道路，往生東方琉璃世界，從種種顏色相雜的蓮花中自然化生（9）。
4．上升天下
或有因此善根功德，生於天上（10），雖生天上受福報，而本來善根尚未窮盡，不會再墮到三惡道中去。
5．還生人間
當天上壽盡，還能降生人間，福德大的，能當皇帝，統治四洲（11），其威德為萬民順服，自在地使百千萬人民，安立在行十善道（12）的國土中；福德差些的，或生人間的王族、婆羅門（13）、居士等大家族裡，財寶富饒，倉庫豐滿，身形相貌也極端正，眷屬具全，聰明智慧，勇健威武如大力士。
6．轉女成男
如果是女人，聽到藥師琉璃光如來的名號，至誠受持的話，以後不再轉生女身。」
注釋
1．詆毀別人：即原經文中「慳貪嫉妒、自贊毀他」。慳貪嫉妒：吝惜己物是慳，戀求他物是貪；《成實論》說：「慳有五：財慳、法慳、家慳、處慳、贊慳。」害賢為嫉，忌色為妒；這些都是惡業，其中慳貪是身惡業，嫉妒是意惡業，自贊毀他是口惡業。各各都有惡報；嫉妒墮為畜生，恆受鞭撻之報；慳貪受饑渴逼惱之報；又常負重隨路而行是自贊毀他之報。
2．一心一意地歸依：即原經文「至心歸依」。歸是歸投，依是依靠，意思是以至誠懇切之心，把身心性命歸向佛陀。佛門弟子首先要做到三歸依：歸依佛、歸依法、歸依僧。佛、法、僧稱為三寶；佛的法身、佛像均為佛寶，佛的遺教、經律論三藏為法寶，繼承弘傳佛法的人，即僧尼為僧寶。
3．枯竭妄念流注如河的煩惱：即原經文「永斷魔罥，破無明殼，竭煩惱河」。魔是貪慾為業，以八萬四千塵勞，網羅眾生，所以叫魔罥（即羅網），如能永斷塵勞、無明等惡業，即可轉業成道，圓滿佛果。無明即愚痴，是生死煩惱的根本，因為愚痴重重包藏著生死煩惱如殼一般，所以叫無明殼。而人的妄心不斷流注，慾念此起彼伏，如滔滔江河一般，沒有休止，使人在生老病死中受盡愁苦，所以叫煩惱河。惟有斷無明，化愚痴為智慧，才能一切皆斷，修得涅粲，永離生死苦海。
4．好生是非，歡喜離間，甚至互相毆鬥、互相諍訟：即原經文「好喜乖離，更相鬥訟」。也即乖離、斗訟、互相謀害：乖意違背、離意間斷，好喜乖離是指那些愛找別人岔子、與人格格不入的人，但這還是內心的瞋惡，屬意業。斗是毆擊，屬身業，訟是爭辯曲直，吵到執法官方以求判決，屬瞋惡的口業。（身、語、意統稱三業）這些瞋惡可以升級到互相謀害，惡業更大。上述都是明害，下面種種邪道惡事卻屬暗害，有：1）告召，2）祭祀，3）咒詛，4）魘禱，5）蠱事，6）起屍等六類暗害妖術。
5．藥叉、羅剎婆等惡道：藥叉即夜叉，漢譯捷疾鬼；羅剎婆漢譯可畏，是專吃生人的惡鬼。這些惡鬼也包括魘魅、蠱道。魘與魅、蠱都是鬼名。《楞嚴經》說：「貪枉為罪，是人罪畢，遇幽為形，叫魘鬼；貪慾為罪，是人罪畢，遇畜為形，叫魅鬼；貪恨為罪，是人罪畢，遇蟲為形，叫蠱鬼。」
6．四眾：指佛門四眾，是苾芻（即比丘，欲稱僧）、苾芻尼（即比丘尼，俗稱尼姑）、鄔波索迦（即優婆塞、男居士，漢譯近事男，鄔波斯迦（即優婆夷、女居士，漢譯近事女），後兩者是在家修行者。
7．八分齋戒：即八關齋戒。1）不殺，2）不盜，3）不邪淫，4）不妄語，5）不飲酒，6）不著香華鬘、油塗身，不歌舞倡伎及故往觀聽，7）不坐高廣大床，8）不非時食，即過午不食，只吃早、中二餐。前七項是戒，後一項是齋，合稱為八分齋戒。有的常年受持，有的在一年中的正月、五月、九月受持三個月。
八關齋戒，是釋迦佛為在家男女佛教信眾（佛弟子）制定的八點戒條，為暫時出家之學處。受持者須一日一夜然離開家庭，赴僧團居住，以學習出家人之生活。能受持八關齋戒，可防止身口意三業之惡行，便可關閉惡道之門。（又稱近住律儀）。八戒在五戒外再另加上三條，6）不以華鬘裝飾自身，不歌舞觀聽，7）不坐臥高廣華麗床座，8）不非時食（過正午不吃飯），前七為戒，後一為齋。（參見《俱舍論》卷十四）此八法釋迦佛判定每月六齋日受持。六齋日梵語叫posadha，音譯為布薩陀婆，優婆沙陀，和布薩是一義。布薩意譯為長淨，淨住，長養。有清淨梵行之意。依佛教儀式有三義：（1）僧尼每半月（十五日與廿九日或卅日）集會一次，專誦戒律，稱為說戒，能長養善法。（2）在家信眾於每月六齋日實行八關齋戒，亦謂增長善法。（3）信眾向別人懺悔所犯罪過，叫做漸增長，意為斷惡長善。僧尼半月布薩說戒一次與八關齋戒的半月布薩三次是同出一個原因。
六齋日為什麼要選擇八、十四、十五、廿三、廿九、卅這六天。又每年要選擇正月、五月、九月這三個月呢？！
（一）從科學的依據來分析：這與太陽月亮運轉行度和地球人類道德的規則、生理的心理的規則有關聯。同時與中國的天文、《易經》象數和過去東方的天文都有聯帶關係。
（二）從佛教方面來說，據《大般若經》卷十四中說：「六齋日月八日，廿三日、十四日、廿九日、十五日、卅日，諸天眾會。」又《四天王經》中說：「諸天齋日，伺人善惡，須彌天王即第二天，天帝名因，福德巍巍，典主四天，四天神王即因四鎮王也，各理一方。常以月八日遣使者下，案行天下，伺察帝王臣民、鬼、蜎飛、蚑行、蠕動之類，心念、口言、身行善惡；十四日遣太子下：十五日四王自下；廿三日使才復下；廿九日太子復下；卅日四王復自下。」選用每月六日，每年這三個月，受持戒齋，也是一種權巧方便。如要詳細研究可參學《大寶積經》。
受持戒齋的目的：是為了種植出世之因，不是為了怕天神來伺察善惡，不是怕疾病凶衰，也不是怕天神嫌毀。
其他的日子也可以受持，一日受持有一日的功德，日日受持，日日皆有功德。
總之，受持關齋戒身心止惡行善，同時一心不亂念藥師如來名號，學修「藥師法門」，現生能得藥如來的感應，所求皆遂。臨終往生東方琉璃或西方極樂園，如若願力和業力不足，功德和戒行不夠亦能上生天道。
8．八大菩薩：這八位大菩薩都是位居等覺已近佛位的大菩薩，得大勢就是大勢至菩薩。
乘空而來：這個「空」字不是天空虛空的空，是指不知內外、中間一下子自然現出來，看到八大菩薩。是「無所從來，亦無所去」的含義。
有的本子中用「乘神通來」，如果是想從虛空中這是有相的，就不對，是外道了。
示其道路（示其去處）：是指行修持者的神識往那裡去，這裡指的「道路」是沒有形象的（是形容詞），那個境界，菩薩即現前，或一笑一擺手，你就懂了，知道如何與佛菩薩相應。學修藥師法門或彌陀法門的人，修到一定程度，臨命終時仍不斷的持念佛號。這邊氣一斷，那邊就往生淨土了。
即於彼界，是指東方琉璃世界或西方極樂世界。
9．從種種顏色相雜的蓮花中自然化生：即原經文「即於彼界種種雜色眾寶華中，自然化生」。華即花，寶華是指佛界的蓮花，蓮花是光明淨妙，有色有香，又能結果。《華嚴經》是把華來作經名，是喻佛在修因之地時，所修的種種功德，經修行而得到佛果的地位。此處指淨信修行有果的，臨命終時有八位大菩薩引其「神識」到佛界，在寶華中化生，了脫生死，非同凡間的化生，是往生於西方極樂世界或東方琉璃世界。
自然化生出一個你修持者，同蓮花生大士一樣，自己又得一個身體，這叫「意生身」，不是原來的「中陰身」了。
10．生於天上：三界六道眾生，福報最厚的在天道，即指六欲天：1）四天王天，2）忉（d?o刀）利天，3）夜摩天，4）兜（d?u都）率天，5）樂變化，6）他化自在天。
三界是梵文Trilokya的意譯，佛陀把世俗世界劃分為三界，即欲界、色界和無色界；皆處在生死輪迴中：是有情眾生的三種境界。《俱舍論》卷八中說：「（1）欲界為具有食慾、淫慾的眾生所居，包括五道中的地獄、畜生、餓鬼、六欲天和人；以及他們所依存的場所（器世間），如人所居的四洲等。（2）色界，位於欲界之上，為已離食、淫二欲的眾生所居………仍離不開物質。包括四靜慮處（四禪天）十八種天，稱為色界十八天。（3）無色界，更在色界之上，為無形色眾生所居，其體非色，立無色名，依眾生同分及與命根而得相續。包括四天，稱為四無色天。」以上三界系佛教依善惡因果報應理論和禪定修行思想出來的。
總的說來三界共有二十八天，欲界有六天，色界十八天，無色界有四天。生於天上，然生天還是有漏善因，感有漏的樂果，不是究竟的。在天上享受天樂，然到天福盡時仍要墮落下來。
11．能當皇帝，統治四洲：即原經文「或為輪王，統攝四洲」。指人間的金輪王，統治四洲的是：1）南贍（shan善）部洲，2）東勝神洲，3）西牛貨洲，4）北俱盧洲。
12．十善道：十善是「不殺生、不偷盜、不邪淫（三身業）、不妄言、不兩舌、不綺語、不惡口（四口業）、不貪慾、不瞋恚、不邪見（三意業）。」十善又稱十善業。十善可分止、行兩種、《法界次第初門》卷上說：「十善有二種，一止一行，止則但止前惡，不惱於他；行則修行勝德，利安一切，………止則息於重倒之惡，不惱於他；行則修行勝德，利安一切，………止則息於重倒之惡，行則漸歸勝道之善，故止行二種，皆名為善，或加以道名，以能至樂果也。」修此十善道的能升天道。
13．王族（剎帝力）婆羅門：印度古時社會分為四種階級：1）剎帝力即王族，2）婆羅門即出家和在家的修行者，3）吠舍即商人和手工業者，4）戍（x?虛）陀羅即農民。佛經中這四階級也叫四姓。
原經文
「複次曼殊室利，彼藥師琉璃光如來得菩提時，由本願力，觀諸有情，遇眾病苦，瘦攣、干消、黃熱等病，或被魘魅、蠱毒所中，或復短命，或時橫死，欲令是等病苦消除，所求願滿。
時彼世尊入三摩地，名曰：『除滅一切眾生苦惱』，既入定已，於肉髻中，出大光明，光中演說大陀羅尼曰：
『南無薄伽伐帝、鞞殺社窶嚕、薜琉璃缽喇婆、喝囉闍也、怛他揭多耶、阿囉訶諦、三藐三勃陀耶、怛侄他唵鞞殺逝、鞞殺逝、鞞殺社、三沒揭諦、莎訶。』
爾時光中說此咒已，大地震動，放大光明，一切眾生病苦皆除，受安隱樂。
曼殊室利，若見男子女人，有病苦者，應當一心為彼病人，常清淨澡漱，或食或藥，或無蟲水，咒一百八遍，與彼服食，所有病苦，悉皆消滅。
若有所求、至心念誦，皆得如是無病延年。命終之後，生彼世界，得不退轉，乃至菩提。
是故曼殊室利，若有男子女人，於彼藥師琉璃光如來，至心殷重，恭敬供養者，常持此咒，勿令廢忘。
複次曼殊室利，若有淨信男子、女人，得聞藥師琉璃光如來、應、正等覺，所有名號，聞已誦持。晨嚼齒木，澡漱清淨，以諸香華、燒香塗香，作眾伎樂，供養形像。
於此經典，若自書，若教人書，一心受持，聽聞其義；於彼法師，應修供養，一切所有資身之具，悉皆施與，勿令乏少。如是便蒙諸佛護念，所求願滿，乃至菩提」。
語體文
（六）演說真言諸佛護念
1．持咒治病
世尊又對曼殊室利說：「那位藥師琉璃光如來當他成佛時，由於他在菩薩因地所發的本願力，欲濟一切眾生的苦難，尤其看到人們遭受種種病苦的報應，如羸瘦畸形、消渴虛癆、黃疸熱病等；或是被人以邪術受魘、魅、蠱、毒等暗害；或因短命；或時橫死；藥師如來的悲心要使這四種苦報消除（1），人們為消災延壽向他祈求都能願滿。
2．入定說咒
那時藥師世尊，首先入定（三昧）（2），名叫『除滅一切眾生苦惱』。凝心息慮的正定完畢，在他佛身頭頂的肉髻（ji記）中，放出大光明（3），在光芒四射中演說藥師真言（大陀羅尼咒）（4）如下：
『南無薄伽伐帝（6）、鞞殺社窶嚕、薜琉璃缽喇婆、喝囉闍也、怛他揭多耶、阿囉訶諦、三藐三勃陀耶、怛侄他唵（6）鞞殺逝、鞞殺逝、鞞殺社、三沒揭諦、莎訶。』
當時藥師世尊在光芒中說完此咒，大地震動，放出大光明，照耀一切眾生，所有的病苦都被消除，普遍蒙受安穩的快樂。」
3．持咒滅苦
「曼殊室利、如果看到有病苦的男子、女人，應當一心為那病人虔誠持咒，自己應先洗澡漱口，以求清淨，對著病人吃的食物或藥品或無蟲的淨水，念這藥師真言108遍（7），然後給他服用，這樣所有一切病苦，都能消滅。
如果有其他祈求，只要至誠專心無間地念誦此咒，都能同樣如願；不僅無病延年，命終之後，還能往生到東方琉璃世界去，決不會退轉回來（8），乃至繼續修行直至證得無上正等正覺。
4．結勸受持
所以曼殊室利、如有男子、女人對那藥師琉璃光如來，誠心殷切、恭敬供養的話，應該常常誦持此藥師真言，不要廢忘。」
佛又對曼殊室利說：「若有清淨正信佛法的善男子、善女人，聽到藥師琉璃光如來、應供、正等覺等所有十種佛的名號，聽了就修持念誦陽（9）；早晨刷牙漱口、洗澡清淨後（10），敬獻各種香花、燒香、塗香，奏種種微妙音樂，來供養藥師如來像（11）。
對這部藥師經典，或者自己抄寫，或請別人抄寫，可以分播四方流傳後世，自己一心誦念受持，邊聽邊思考，研究經中意義，做到信、解、行、證。對於那精通佛理的法師（12）們，應尊重敬修供養，把一切生活所需資養身體的衣、食、住、藥等東西，都要無償地供給他們，勿使有所缺乏。這樣的恭敬供養三寶，就能蒙十方三世一切諸佛的護念保佑，滿足所求的願望，乃至證得無上正等正覺。」
注釋
1．要使這四種苦報消除：即原經文「欲令是等病苦消除」。病苦是苦報之一，苦報有四種：1）眾病苦報，2）諸毒苦報，3）短命苦報，4）橫死苦報。病苦中瘦攣，指手足拘曲；干消即是消渴，為虛癆症；黃熱中黃是黃疸的腫症，熱是發熱的蒸症，即熱性傳染病。橫死是壽命未盡，無病不該死亡，但突遭橫禍而死。加上中毒、短命，都是藥師如來本願要消滅的苦報。
2．入定（三昧）：即原經文「入三摩地」。三摩地（samath）。又叫三昧，漢譯為正定，如靜坐中息慮凝心、不昏不散的境地，即心專注於一境。
3．肉髻中，放出大光明：是三十二相之一，比喻佛的法身所現的般若相。肉髻是頭頂最高處、像髮髻狀的肉，放出光明是顯現無上正覺來完成救度眾生的事業。
4．藥師真言（大陀羅尼咒）：梵文陀羅尼（incantation）就是咒，也可說「真言」，這裡是藥師真言，因為一切咒是佛菩薩親口所說，不講其意，所以叫密咒，梵文翻譯漢文時，只譯音，不譯意。
5．南無：是梵文Namas、Namo的音譯，一般譯為南無，或那謨，意譯為歸依、歸命、歸敬或致敬。「南無」是佛教信眾一心歸順於佛陀的常用語，用在佛、菩薩名號之前，表示對佛、法、僧三寶的尊敬和虔信，如歸依佛、法、僧三寶。《觀無量壽經》說：「南無阿彌陀佛」。又如《如意輪陀羅尼經？如意寶輪王陀羅尼》說：「南無佛陀耶、南無達摩（法）耶、南無觀自在菩薩摩訶薩。」
6．薄伽伐帝：即薄伽梵，意譯世尊。鞞殺社：即藥，窶嚕：即師，薜琉璃：即琉璃。缽喇婆：即光，喝囉闍也：即王，怛他揭多耶：意譯如來，阿囉訶諦：即應供，三藐三勃陀耶：即三藐三菩提，意譯正遍知。怛侄他：即說咒曰。唵：此字下是密咒，不能翻譯。（此咒大意是：用法藥醫治一切眾生病苦。使之立即痊癒。）
7．念這藥師真言108遍：即原經文「咒一百八遍」。煩惱有108種，所以用108遍的咒力破除108種煩惱。如借咒力加持食物、藥品和無蟲的潔淨水中，都成為良藥，能消除所有病苦。
8．決不會退轉回來：即原經文「得不退轉」。這裡指到了東方琉璃世界後，所發的誓願不退轉、修得的果位不退轉，所得的修證也不退轉（願、位、證三者）。
9．所有十種佛的名號，聽了就修持念誦：即原經文「所有名號、聞已誦持」。此處提出如來、應供、正等覺等所有十種名號，是強調對藥師琉璃光如來的尊敬和崇拜，所以要念誦他所有十種名號。出聲地背念叫誦。
10．早晨刷牙嗽口、洗澡清淨後：即原經文「晨嚼齒木澡漱清淨」。這裡講恭敬供養佛、法、僧三寶，必先清淨身和口；印度古時用小指大的齒木放在口內咀嚼，來清潔口腔和刮舌。
11．供養藥師如來像：即原經文「供養形像」。供養佛像的香華表示萬行，燒香表示智觀，塗香表示戒品，伎表示四攝（布施、愛語、利行和同事），樂表示法言，其他幢幡表示禪定，還可供養清淨飲食品、燈光照明及各種資財等等。供養僧寶可用衣、食、住、藥等資身。這一段說明修、供、受持和解義等修持的方法。
12．法師：參見經題注釋8，一般指精通佛法，善於講解經義，為人師表者稱為法師，是指學識道德高尚的僧尼之尊稱。目今對年長的僧尼禮貌上也稱呼法師。道教中善符籙、祈禳諸法的道士，也稱為法師，如同基督教的牧師、天主教的神父。
原經文
爾時曼殊室利童子白佛言：「世尊，我當誓於像法轉時，以種種方便，令諸淨信善男子、善女人等，得聞世尊藥師琉璃光如來名號，乃至睡中，亦以佛名覺悟其耳。
世尊，若於此經受持讀誦，或復為他演說開示，若自書，若教人書，恭敬尊重，以種種華香、塗香、末香、燒香，華鬘瓔珞，幡蓋，伎樂而為供養；以五色彩，作囊盛之，掃灑淨處，敷設高座，而用安處。」
語體文
（七）恭敬佛陀流傳經寶
這時曼殊室利童子稟告佛說：「世尊、我今發誓，願在今後像法起時以種種善巧方便，使一切有清淨信心的善男子和善女人等，都能聽到藥師琉璃光如來的名號，甚至睡夢中，耳邊也要聽到藥師佛的名號而有所覺悟（1）。」
又說：「世尊、若能對此藥師經領受經義、持念不忘、閱讀背誦（2），或給他人演說開示（3），自己抄寫，或請別人抄寫，可以流傳後世，要十分恭敬尊重（4）法寶，用種種花香、塗香、末香、燒香，和鮮花做成的花環（5），珠寶串成的瓔珞，幡蓋（6），奏樂等而作供養；又用五色練緞做成錦囊，裝好經卷，安放在打掃得乾淨的地方所設置的高座上（5），以作供壇。
注釋
1．甚至睡夢中，耳邊也要聽到藥師佛的名號而有所覺悟：即原經文「乃至睡中，亦以佛名覺悟其耳」。
地藏夢入地獄而大願陡發，法華則夢證聖位而弘經相成，此《藥師經》中的文殊師利菩薩則願睡中和醒時都流通藥師如來聖號。
2．持念不忘、閱讀背誦：即原經文「受持讀誦」。信力領納叫受，念力堅執叫持，對文口念叫讀，背文記念叫誦。這四點為自利，是學佛法者自學自修、自利、自度，乃至得證佛果（正覺）必須做到的。
3．演說開示：口舌宣揚為演說，簡略的開解佛法叫說，詳細的現身說法叫演，直講佛法叫開，婉轉說出深奧之理叫示。這四點為利他，是弘揚佛法、利他度人，必須做到的，也是利他度生的必要本領。
4．恭敬尊重：用物質（六種供物）的供養是外供養，內心的恭敬尊重是內供養，更為重要。
5．花環：即原經文「華鬘」。「華」即「花」字，華鬘是花連貫成串的花環，套在頭上或身上作為裝飾品。
6．幡蓋：即幢幡蓋。幢，在佛像前立竿為柱，頂安寶珠，上面用絲帛裝飾，表示佛陀統率眾生，制伏魔眾的意思。一般有稱「經幢或石幢」，其上刻佛的名字或經咒的石柱。
幢幡連稱，用來供奉和裝飾佛菩薩像等。
蓋：佛像上所置的裝飾品，如圓筒形，絲帛製品，如《無量壽經》卷上說：「妙珍華香，繒蓋幢幡，莊嚴之具。」
7．五色采緞做成錦囊，裝好經卷，安放在打掃得乾淨的地方所設置的高座上：即原經文「以五色彩，作囊盛之，掃灑淨處，敷設高座」。《楞嚴經》說：「寫此經咒貯於香囊，或帶身上，或供宅中，諸毒不能為害。」亦同本經之意。設置高座安放經典，也是恭敬尊重之意。五色彩是青黃赤白黑五色線縷，也用於灌頂道場作金剛線等。
原經文
「爾時四大天王，與其眷屬，及余無量百千天眾，皆詣其所，供養守護。世尊，若此經寶流行之處，有能受持，以彼世尊藥師琉璃光如來本願功德，及聞名號，當知是處，無復橫死，亦復不為諸惡鬼神，奪其精氣，設已奪者，還得如故，身心安樂。」
語體文
（八）四大天王供養守護
曼殊室利接著說：「那時四大天王門、和他們的眷屬，還有其他無量百千天神，都到這裡有經寶的地方來，供養和守護經處，可使外魔不生，內障不起。
世尊，如此經寶（2）流傳的地方，佛教信眾有能信奉受持的，就能蒙那世尊藥師琉璃光如來的本願功德力、都聽到佛的聖號，那麼經寶流行區域就會消災延壽，不再發生死於非命，也因諸佛護念，不再被各種邪神惡鬼來奪人精氣，即使被奪，還得和原來一樣，能定慧莊身心安樂。」
注釋
1．四大天王：也稱為護世四天王。據印度佛教傳說，須彌山腰有一小山，名犍陀羅山，山有四峰，各有一王居住，各護一天下，所以稱為四大天王，俗稱四大金剛，實此名不恰當。寺院的天王殿塑有四天王像：東方持國天王（多羅吒（zha托））塑像白色，把持琵琶法器；南方增長天王（毗（pi皮）琉璃）身青色，手持寶劍法器；西方廣目天王（毗琉博義）身紅色，右掌托寶塔，左手繞纏一龍為法器；北方多聞天王（毗沙門）身綠色，右手持華傘，左手握銀鼠為法器。他們的法器是吉祥的意義：寶劍舞動生風，琵琶協音可調，寶傘遮風擋雨，龍（水蛇）被降服變順，四方合起來，就是「風調雨順」，以保國泰民安。
2．經寶：此經為法寶，本願為佛寶，受持聞名為僧寶，三寶住處（所在地）最為吉祥，所以不會有橫死，及諸惡鬼神奪其精氣等許多災患。
原經文
佛告曼殊室利：「如是如是，如汝所說。曼殊室利，若有淨信善男子、善女人等，欲供養彼世尊藥師琉璃光如來者，應先造立彼佛形像，敷清淨座、而安處之。散種種華，燒種種香，以種種幢幡，莊嚴其處；七日七夜，受八分齋戒，食清淨食，澡浴香潔，著清淨衣；應生無垢濁心，無怒害心，於一切有情，起利益安樂、慈悲喜舍、平等之心。鼓樂歌贊，右繞佛像；復應念彼如來本願功德，讀誦此經，思惟其義，演說開示，隨所樂求，一切皆遂：求長壽得長壽，求富饒得富饒，求官位得官位，求男女得男女。
若復有人，忽得惡夢，見諸惡相，或怪鳥來集，或於住處，百怪出現。此人若以眾妙資具，恭敬供養彼世尊、藥師琉璃光如來者，惡夢惡相，諸不吉祥，皆悉隱沒，不能為患。
或有水火刀毒懸險，惡象師子、虎狼熊羆、毒蛇惡蠍、蜈蚣蚰蜒、蚊虻等怖，若能至心憶念彼佛，恭敬供養，一切怖畏，皆得解脫。
若他國侵擾，盜賊反亂，憶念恭敬彼如來者，亦皆解脫。
複次曼殊室利，若有淨信善男子、善女人等，乃至盡形，不事余天，唯當一心，歸佛法僧，受持禁戒，若五戒、十戒、菩薩四百戒、苾芻二百五十戒、苾芻尼五百戒、於所受中，或有毀犯，怖墮惡趣，若能專念彼佛名號，恭敬供養者，必定不受三惡趣生。
或有女人，臨當產時，受於極苦，若能至心稱名禮讚，恭敬供養彼如來者，眾苦皆除，所生之子，身份具足，形色端正，見者歡喜，利根聰明，安隱少病，無有非人奪其精氣。」
語體文
（九）誦思經典一切皆遂
佛告曼殊室利：「是的，是的，正如你所說的，因諸天王的守護，惡鬼不能侵，身心安樂，不再有橫死，真實不虛的。曼殊室利，如果有淨信的善男子、善女人們，要想供養那位世尊、藥師琉璃光如來的話，應首先造立那位藥師佛形像，其次布置好清淨的高座請上安置，第三有供奉各種鮮花，第四應燒各種佳香，第五再用各種幢幡（1）將那裡裝飾得非常莊嚴。那麼七日七夜，受八分齋戒（意業淨），吃清淨食物（口業淨），沐浴更清淨衣，保持芳香清潔（身業淨）等，使身口意三業清淨（2）。還要內心清淨，應當不生一點妄貪迷惑的垢濁心和憤怒害人之意（3），對一切眾生要心懷利益安樂和慈悲喜舍的四無量心（4），而且要一律對待，無論怨親、彼此平等（5）。然後奏起梵樂，歌頌讚唱，繞著佛像向右轉，應邊走邊念藥師如來本願功德經；讀誦藥師經時，一面思惟以求理解其中精華奧義，（自利），才可演說開示，化導眾生（利他）。能如上述的供養修持，這樣隨你所樂意祈求的，-『切都能如願以償：求長壽的得長壽、求富饒的則得富饒、求官位的得官位、求子女的得子女（四求皆遂）。
還有些人，忽然睡著做到惡夢，看見各種惡相或有怪鳥【******】包圍，或在住的地方出現怪異現象；那麼此人如果用種種上好美妙的資財用具恭敬供養那位世尊、藥師琉璃光如來，惡夢、惡相和種種不吉祥的現象，都會因內心修省、懺悔業障而一齊隱沒，不能再為害他的身心（6）。
或者有水災、火災、刀災、毒害（7），和身臨懸崖的險境，或遇猛象、獅子、虎狼、熊羆（8）、毒蛇、惡蠍（9）、蜈蚣蚰蜒（10）、蚊虻（11）等恐怖場面，只要能至誠地憶念那位藥師佛，恭敬地供養，一切恐怖和災難都可以解脫。
一個國家如果遭到外有別國侵擾，內有盜賊、不法份子等叛亂，若能憶念、恭敬供養藥師如來，那麼這些內憂和外患，都可解脫，免除刀兵干戈的災難。」
世尊又說：「曼殊室利、若有淨信的善男子、善女人們，直到壽命終時也不信奉天道（12），只是一心一意歸依佛法僧三寶，受持禁戒（即淨戒）（13）；如五戒、十戒、菩薩四百戒、比丘二百五十戒、比丘尼五百戒等；在所受的戒中，如有違犯、毀戒的，害怕墮入惡道，只要能至誠專心念持藥師琉璃光如來的名號、又恭敬地供養，肯定不會墮落到三惡道中或者有的女人，分娩臨產時忍受極度的痛苦，如能至心稱念藥師佛名號，並禮拜、讚頌、恭敬供養，那麼，種種生產的痛苦都會消除；所生的子女，身體各部分都很健全，體形容貌，都極端正，看見的人心生歡喜，而且他智慧敏銳（14），平安順利、健康少病地成長，沒有鬼神來暗害他。」
注釋
1．幢幡：幢和幡，都是旗幟之類。《無量壽經》說：「七寶金幢」，幢是圓柱形的佛前飾物；幡是扁的狹長形旗幟，都是佛前的裝飾，也可以豎起來作出行隊伍的前導。
2．使身口意三業清淨：八方齋戒是意業淨，清淨食是口業淨，清淨衣及澡浴是身業淨。
3．不生一點妄貪迷惑的垢濁心和憤怒害人之意：即原經文「應生無垢濁心、無怒害心」。內心的垢是貪心，濁是痴心，怒是嗔心。貪嗔痴是煩惱中的三毒。
瞋：為梵文pratigha的意譯，三毒之一，有仇恨和損害他的心理，《大乘五蘊陀》說：「云何為嗔？謂於有情樂作損害為性。」
貪：又稱為貪毒，亦為三毒之一，十不善之一：自身生喜之念，起貪著之心及取待的欲望與無明共起三界輪迴苦的根本煩惱。
4．四無量心：就是慈悲喜舍。慈是給人快樂之，悲是拔人痛苦之心，喜是見人離苦得樂而生悅之，舍是捨棄一切而無著之心。
5．無論怨親彼此平等：即原經文「平等之心」。對待怨、親，無厚薄好壞、彼此平等無異之心。
6．惡夢、惡相和種種不吉祥，都會因內心修省懺業障而一齊隱沒，不能再為害他的身心：即原經文「惡夢惡相，諸不吉祥，皆悉隱沒，不能為患」。所謂不祥之兆，都是自己身、口、意三業所造出來的報應，如惡夢惡相、怪鳥百怪等不吉祥現象，都能由內心自省自修，及早懺悔身、口、意三業之所造，再恭敬供藥師如來而消失。
7．水火刀毒：是無情之物造成的災難。
8．惡象師子、虎狼、熊羆：惡象即指兇猛的大象，師子即獅子，（佛經中獅子都作師子，兩字相通用）；熊羆俗稱為人熊，力大能拔樹。這些都是有情動對人的威脅，依因果法則，也是由過去三業所造成的果報。
9．惡蠍：蠍尾有毒鉤，能刺人中毒。
10．蚰蜒：俗稱蓑衣蟲，和蜈蚣同類。
11．虻：狀如蠅，專叮牲畜，也能咬人，有牛虻、花虻、食虻之別。
12．直到壽命終時也不信奉天道：即原經文「乃至盡形、不事余天」。盡形是盡形壽的簡略，人壽終結到死亡，叫盡形壽，形是指身體肉體，其壽命即形壽。不事余天的天，是指天道，天有三：1）外道天，為無想天（邪）；2）魔王天，為欲色二頂二自在天（邪）；3）凡夫天，為六欲四禪四空天（此天為正）。即使正天的凡夫天也是有漏，未超脫生死，故不當事奉；正天尚不事奉，何況其餘二種邪天呢，所以叫不事余天。意思是天道雖是六道輪迴中最上等的，但還是有漏的，就是說善根福報會享盡漏完的，漏完了依然可能落到人道或其他道，所以只有歸依三寶依教修行，才能達到無漏的無餘涅槊。（故不能以天道為滿足）
13．禁戒：即淨戒。禁是禁止身、口、意三惡業，戒是戒諸惡行。五戒：不殺、盜、淫、妄、酒。十戒：在五戒上加：6）不著華香華鬘、好香塗身，7）不歌舞倡伎、亦不觀聽，8）不坐高廣大床，9）不非時食（即過午不食），10）不捉蓄金銀財寶。比丘尼戒在《行事鈔》上說：「尼有三百四十八戒」，此處（原經文）五百戒只是指數字之多而已。
14．體形容貌，都極端正，看見的人心生歡喜，而且他智慧敏銳：即原經文「形色端正，見者歡喜，利根聰明」。外為形色（容貌舉止），內為利根（智慧和品德）。
原經文
爾時，世尊告阿難言：「如我稱揚彼世尊藥師琉璃光如來所有功德，此是諸佛甚深行處，難可解了，汝為信不？」
阿難白言：「大德世尊，我於如來所說契經，不生疑惑，所以者何？一切如來，身語意業，無不清淨。世尊，此日月輪，可令墮落，妙高山王，可使傾動，諸佛所言，無有異也。
世尊，有諸眾生，信根不具，聞說諸佛甚深行處，作是思惟：云何但念藥師琉璃光如來一佛名號，便獲爾所功德勝利？由此不信，返生誹謗，彼於長夜，失大利樂，墮諸惡趣，流轉無窮。」
佛告阿難：「是諸有情，若聞世尊藥師琉璃光如來名號，至心受持，不生疑惑，墮惡趣者，無有是處。
阿難，此是諸佛甚深所行，難可信解，汝今能持，當知皆是如來威力。
阿難，一切聲聞、獨覺、及未登地諸菩薩等，皆悉不能如實信解，唯除一生所系菩薩。
阿難，人身難得；於三寶中，信敬尊重，亦難可得；聞世尊藥師琉璃光如來名號，復難於是。
阿難，彼藥師琉璃光如來，無量菩薩行，無量善巧方便，無量廣大願，我若一劫、若一劫餘而廣說者，劫可速盡，彼佛行願善巧方便，無有盡也。」
語體文
（十）頌揚世尊佛理教義
這時釋迦世尊告阿難說：「如我讚揚那位世尊藥師琉璃光如來的所有功德，這是十方諸佛修行達到極廣極深的境界（甚深行處）（1）能參究諸法寶相、窮源盡底，確是一般修行者難以了解的，你聽了相信麼？」
阿難答道：「大德（2）世尊、我對如來所說的契經，深信無疑，為什麼呢？因為一切如來的身語意三業，沒有不清淨的。世尊、縱然太陽、月亮可從天空墮落，最高無比的須彌山門、可傾倒移動，但對諸佛所說的佛法，決無異議。世尊，有的眾生，沒有完備信仰佛法的根基（信根不具）（4），聽到諸佛修行到甚深行處，有這樣的想法，為何單念藥師琉璃光如來這一尊佛的名號，就能獲得如此消災集福拔苦與取，所求皆遂等的功德勝利呢（5）？由此不信，反更產生誹謗，那末他將在無明永暗的生死長夜（6）中失去大大的利樂，還因謗佛獲罪要墮落輪迴到地獄、餓鬼、畜生三惡道里去，流轉無窮，無有出期。」
釋迦佛告阿難道：「那些人，如果聽到藥師琉璃光如來的名號，虔誠至心地受持，深信佛法，不再疑惑，那就沒有理由也決不會墮落到三惡道中去的。
阿難，這種諸佛甚深所行，是一般人很難相信和理解的，而你現在卻能深信受持，當知都是如來的慈悲威力所加被。
阿難、一切聲聞、獨覺的修行者、和未登十地的諸菩薩（7）等，都還不能如實信解，唯有接近佛位的等覺菩薩（8），才能如實信解。
阿難，在生死輪迴中人身是很難得的（9）；對佛、法、僧三寶真實信仰、至誠尊敬，尤為難得；能聽到世尊、藥師琉璃光如來的名號，則更為難得。（佛對阿難嘆此三難得）
阿難，藥師琉璃光如來，如此功德巍巍，都因為在菩薩因地修無量的上弘下化的菩薩行（10），行無量的善巧方便（11）慈濟眾生，發無量的廣大願，如果我用一劫或一劫多時間來廣為贊說，一劫長的時間畢竟有限，會很快過去，而藥師佛的功行誓願，善巧方便，是沒有窮盡，說不完的。」
注釋
1．甚深行處：修行由淺入深，有四處：1）六凡行處（三界六道的修行）；2）二乘行處（羅漢、獨覺的修行，還淺窄不深）；3）菩薩行處（深行尚未圓成）；4）佛行處（乃是圓滿究竟、窮無盡底的甚深行處）。所以此處說的甚深行處即佛行處，是十法界中除佛一界之外，其他九界都難可了解。十法界是：佛法界、菩薩法界、緣覺法界、聲聞法界（以上為四聖法界）及天、人、阿修羅、畜生、餓鬼、地獄等六道，合稱為十法界。
2．大德：自覺、覺他、覺行圓滿的三覺圓和萬德具全者尊稱為大德。佛具三覺，亦指：1）本覺（一切眾生本來具有的自性清淨心）、2）始覺（外緣助熏開始覺各本有自性）、3）究竟覺（發心修行，達到惑盡智圓成佛道的究竟清淨）。故稱佛為「大德世尊」。再者，有伏惡之勢稱為大威，有護善之功亦稱大德。又《毗奈耶雜事十九》說：「年少苾芻應喚老者為大德，老喚少年為具壽，若不爾者，得越法罪。」對菩薩也可稱大德，有時稱「善男子」。又對阿羅漢有時也可稱大德，如第十節中救脫菩薩對阿難稱呼大德，是對阿難的尊敬。
3．須彌山：即原經文「妙高山王」。佛經上說的須彌山，其高廣無比，為眾山之王，故稱妙高山王。
4．信根：是對佛法的根本信仰，《雜阿含經》卷十六說：「起信心根本堅固」，這種信念即稱信根。除信根外還有四種根本：精進根（努力修行）、念根（四念處）、定根（四禪）、慧根（四諦）。合為五根。
5．一尊佛的名號，就能獲得如此消災集福拔苦與樂，所求皆遂等的功德勝利呢？即原經文「一佛名號，便獲爾所功德勝利」：佛說「一攝一切，一切攝一」，意思是一切諸法歸入一法之中，而一法代表了一切諸法，故一佛的一名、一相、一行、一願，都是諸佛法界行處，即甚深行處的不可思議的解脫境界。因此凡念一佛名號，禮敬一佛，即禮敬諸佛，乃有如此的功德勝利。同樣「一攝一切」的道理，一「正」能治眾邪，一「善」能消諸惡，所以一佛名號，而有如是功德勝利。
6．長夜：《勝鬘寶窟》中本說：「長夜者，生死遠曠名長，無解自照稱夜，又生死難曉，故稱長夜也。」如凡夫流轉生死，無明昏暗，猶如長夜。
7．未登地菩薩、一生所系菩薩：菩薩行其有五十一階果位，由淺入深：十信位、十住位、十行位、十回向位、十地位及等覺菩薩位，合為五十一果位。十住、十行、十回向的三階位稱為三賢位（根據《仁王護國經疏》），因為未登十地，位未入聖位，（十地位等覺菩薩位，乃至佛位才是聖位）故稱未登地菩薩。
等覺菩薩是接近佛位的一生補處的大菩薩，故稱為一生所系菩薩。他雖然低於佛，一重生死未破，一層法性未圓，但對甚深行處佛的所行已能如實信解。二乘（聲聞、緣覺）信而不解，三賢位菩薩解而不實，十地大士解而未知，到等覺位方能如實信解。
9．人身難得：佛說三個難得：1）人身難得，2）信敬尊重三寶尤難，3）聞藥師如來名號，復難於是，是三難中之最難得。聞名尚難，何況入佛甚深行處，當然更難而又難了。這是佛對阿難嘆此三難。
10．行、願：願是因，先弘誓始於心，行是果，終以大悲濟難，這是大乘因果，諸佛菩薩都是依此行願兩端而修持。
11．善巧方便：善巧是各種巧妙的度人方法；方便是在施行方法上，種種方式隨宜而設，為方便權宜的妙用。
原經文
爾時，眾中有一菩薩摩訶薩，名曰救脫，即從座起，偏袒右肩，右膝著地，曲躬合掌，而白佛言：「大德世尊，像法轉時，有諸眾生，為種種患之所困厄，長病贏瘦，不能飲食，喉唇乾燥，見諸方暗，死相現前，父母親屬，朋友知識，涕泣圍繞。然彼自身，臥在本處，見琰魔使，引其神識，至於琰魔法王之前；然諸有情，有俱生神，隨其所作，若罪若福，皆具書之，盡持授與琰魔法王。爾時彼王，推問其人，計算所作，隨其罪福，而處斷之。
時彼病人，親屬知識，若能為彼歸依世尊、藥師琉璃光如來，請諸眾僧，轉讀此經，然七層之燈，懸五色續命神幡。或有是處，彼識得還，如在夢中，明了自見；或經七日，或二十一日，或三十五日，或四十九日，彼識還時，如從夢覺，皆自憶知善不善業，所得果報。由自證見業果報故，乃至命難，亦不造作諸惡之業。
是故淨信善男子、善女人等，皆應受持藥師琉璃光如來名號，隨力所能，恭敬供養」。
爾時，阿難問救脫菩薩曰：「善男子，應云何恭敬供養彼世尊藥師琉璃光如來？續命幡燈，復云何造？」
救脫菩薩言：「大德，若有病人，欲脫病苦，當為其人，七日七夜，受持八分齋戒。應以飲食，及余資具，隨力所辦，供養苾芻僧，晝夜六時，禮拜行道，供養彼世尊藥師琉璃光如來，讀誦此經四十九遍。然四十九燈，造彼如來形像七軀，一一像前，各置七燈，一一燈量，大如車輪，乃至四十九日，光明不絕。造五色彩幡，長四十九？手，應放雜類眾生，至四十九，可得過度危厄之難，不為諸橫惡鬼所持。」
語體文
（十一）歸依三寶免墮六道
釋迦佛開示結束時，法會大眾里有一位大菩薩，名叫救脫（1），從座位上起來，袒露著右肩，右膝跪地，二手合掌，恭敬地向佛躬身施禮道：「大德世尊、今後一千年像法起時（2），有些眾生業障深重，被各種病患所困擾，長病拖得骨瘦如柴，不能飲食，喉唇也乾燥，說不出話，看不見東西，只覺黑暗襲來，已經出現死亡現象（3），他的父母、兄弟、妻兒等親屬，和朋友師長等圍著他哭泣，而他自己雖然躺臥病床，卻見到閻（yan嚴）羅王（4）的使卒勾引他的神識』（5），到閻羅王的跟前。由於眾生都有與生俱來的神識形影不離，將跟隨每個人所作或罪或福的事情都絲毫不漏地記錄下來，現在那人命終，原原本本拿來呈給執法閻王。這時閻王就根據記事簿審問推究，計算他一生所做的事，善惡多少，然後根據罪福輕重，判處他該受的業報，再人六道輪迴去受報。
這時，如果病人的親屬師長或朋友（6），虔誠地為他歸依藥師琉璃光如來、請僧眾們一遍遍的讀誦此藥師經，點燃七層的燈（7），（讓智光照亮七菩提路）懸掛五色的續命神幡（8），（建立五分法身以斷五根所貪的五塵欲）或許還能使他的神識回來延長壽命，只是好像做了一場惡夢。因借三寶、幡燈等光明之力，使他親見夢中情景，明了業報不虛。經過七天，或二十一天，或三十五天，或四十九天，他的神識回來時，好像大夢初醒，病也痊癒了。自己都能記得閻羅王的審判，確切明了善和不善業所應得的果報，以及親友們所修祈懺的功德。由於他親自證見的業感果報，所以今後他不但平時止惡行善，甚至生命受到威脅時，也不聽從去作任何惡業。
所以淨信的善男子、善女人們，都應這樣自修功德，受持誠念藥師琉璃光如來名號，和儘自己最大的力量（9），至誠地恭敬供養。」
此時阿難請問救脫菩薩道：「善男子、病難時應當怎樣恭敬供養藥師琉璃光如來？續命幡燈又該怎麼造？」
救脫菩薩道：「大德、如果有病人想解脫病苦，應當代他受持七天七夜的八分齋戒（見前注釋），應當把飲食物品和其他如衣服、被縟、湯藥、房屋等生活資具，盡力去籌辦，好劣隨人，但必須盡心至誠地供養僧眾。每天晝夜六時（10），虔誠禮拜，恭敬供養藥師琉璃光如來，專心讀誦藥師經四十九遍，燃燈四十九盞，誠造藥師佛的聖像七尊，每尊像前各放燈七盞（七佛計四十九燈），每盞燈的光量像車輪那麼大，點燃開始直到四十九天，燈光長明不熄，以消身三口四七支惡業；並造五色彩幡長四十九？手（11）；還應放生（12）各種禽畜、水族動物等四十九個；如能這樣做，可以度過危險的災難，不被種種橫禍和惡鬼所害（13）」。
注釋
1．救脫菩薩：此菩薩起悲憫心，示持洪法，拯救眾生苦難，解脫眾生橫死，故名救脫菩薩。
2．像法起時：即像法轉時，詳見46頁注4。
3．死亡現象：即原經文「死相現前」。死相有：1）體溫漸散；2）呼吸緩慢、心跳微弱、人氣將斷；3）神識欲去。
4．閻羅王：即原經文「琰魔法王」。閻羅王，是冥界之王，對善惡賞罰，福罪升降法中得大自在處理，故名法王。他的使卒（即部下）叫琰魔使。
5．神識、俱生神：唯識論說眾生有八識，神識即眾生的第八識，又名阿賴耶識，意譯為：「無垢識」或「清淨識」，是經過修行，「阿賴耶識」脫離迷妄達到清淨無漏時則稱此名。眾生的八識即眼、耳、鼻、舌、身、意等六識，加第七識叫末那識（此識以第八識為所依、所緣而生的識，常緣第八識的具分思量、我為法，故名「末那」Manas），及第八識。人死亡之後，前七識均亡，唯獨第八識阿賴耶識，包藏善惡業種的薰染，隨其罪福不斷在六道中輪迴輾轉無窮，無有滅亡。
俱生神：因每次出生第八識是與生俱來的神識，故名俱生神。
6．親屬師長或朋友：即原經文「親屬知識」。親屬知識：指父母、兄弟姊妹、夫妻、子女，和朋友、師長。
7．點燃七層的燈：即原經文「燃七層之燈」。七層之燈，昔以身、口破七支戒，今以智燈照出七菩提路。惡業有七支：身三（殺、盜、淫）口四（妄言、綺語、惡口、兩舌），所以防止七惡有七支戒。這裡供養的數量、日期、遍數等都由七及七的倍數、或自乘數（7×7＝49）來實行，表示就是要消滅七支惡業，贖罪復生。
8．五色續命神幡：為了續命懸五色神幡，今以神幡建立五分法身之幢，來消滅昔日以五根所貪的五塵欲。
9．儘自己最大的力量：即原經文「隨力所能」。儘自己最大努力，籌備高級珍奇之物，或盡己所有，不計等級，豐儉、優劣，惟在至誠虔心。
10．晝夜六時：印度古時，晝六個時辰，夜六個時辰，晝夜六時共十二時，即將二十四小時分為十二個時辰。（說明：此批註作了修改）
11．？手：一？手是伸長手指，從大指端到中指端的長度。
12．放生：即原經文「應放雜類眾生」雜類是禽、畜、爬蟲、水族動物之類，放生是解脫其死亡的災難，延長其壽命，由此可得消災延壽的功德。
13．不被種種橫禍和惡鬼所害：即原經文「不為諸橫惡鬼所持」。諸橫指刀、兵、水、火、餓、怨、敵等橫禍致遭橫死。又如車禍事、飛機失事、壓死、躍死、逐死和蛇咬傷致死等。
橫死：是壽命未盡，遭橫禍而死。
原經文
「複次、阿難！若剎帝力、灌頂王等，災難起時，所謂人眾疾疫難，他國侵逼難，自界叛逆難，星宿變怪難，日月薄蝕難，非時風雨難，過時不雨難。
彼剎帝力、灌頂王等，爾時應於一切有情，起慈悲心，赦諸系閉。依前所說供養之法，供養彼世尊藥師琉璃光如來。
由此善根，及彼如來本願力故，令其國界，即得安穩，風雨順時，谷稼成熟，一切有情，無病歡樂。於其國中，無有暴惡藥叉等神，惱有情者，一切惡相，皆即隱沒。而剎帝力、灌頂王等，壽命色力，無病自在，皆得增益。
阿難，若帝後、妃主、儲君、王子、大臣、輔相、中宮彩女、百官、黎庶，為病所苦，及余厄難，亦應造立五色神幡，然燈續明，放諸生命，散雜色華，燒眾名香，病得除愈，眾難解脫。」
語文體
（十二）國泰民安無病歡樂
救脫菩薩再對阿難說：「像剎帝力王族（1）、灌頂王（2）等，可能遇到國家的七種災難：所謂人群中流行的疫病（疾疫）、外國的侵略（外患）、國內的叛亂（內憂）、預兆災害的星象變化（星變）、日月天文的變化引起的災難（薄蝕）、不適時的風雨雷電之災（風災、雨災、觸電等）、以及久旱不雨（旱災）等災難（3）在這些情況下，剎帝力王族和灌頂王等，應該對--切眾生髮慈悲心，赦獄囚（犯人）、放鳥獸，要按前面所說的供養之法，來供養藥師如來，如造幡、誦經等，因藥師如來有拔苦與樂、消災致福之願，故有前述種種的功德。
由此內心修省的善根（內借自力），再蒙藥師如來的本願功力（外被佛力）能使他們的國家得到沒有內憂外患、安穩和平的政治局面，也無天災人禍，而具風調雨順、五穀豐登的太平景象，人民群眾也就過著沒有病災的安樂生活。在他們國內沒有暴惡夜叉、惡鬼邪神等來惱害人民，一切惡事惡相也都消失。
帝力王族和灌頂王等，因尊佛懸幡而壽長，由心慈放生而命延，因燃燈齋戒而色盛力強（體力增長），由大赦而無病安樂，由內心供養三寶而威德自在、施政良仁，國泰民安。所以舉國上下都得增益。
阿難、還有國王的眷屬臣民，如皇后、妃子、太子、王儲（王子或藩王之子），大臣、宰相，太監宮娥，或中央、地方的大小官員、人民百姓等，如果也為疾病所苦，或遇其他種種厄（e呃）難，也應如國王那麼修供，色神幡，燃燈長明（可破幽暗），放生各類大小動物（可延生），散彩色鮮花（散愁苦為歡樂），燒各種名香（除臭污為芬芳），那麼各種病苦都得消除而痊癒，種種災難都能解脫。」
注釋
1．剎帝力王族：即原經文「剎帝力」。印度當時有四姓階層，剎帝力為四姓之一，是王族。
2．灌頂王：印度國王的太子，在即位時由轉輪聖王取四海之水盛在金瓶里灌灑太子的頭頂，作為王位的儀式，所以以後就稱灌頂王。轉輪王是手執輪寶來降伏統治四方的聖王，有金銀銅鐵四王，各有相應金屬所制的輪寶。金輪王掌管東、南、西、北四洲，銀輪王掌管東、南、西三洲，銅輪王掌管東、南二洲，鐵輪王掌管南閻浮提一洲。
3．災難：七種災難的發生，都是由於不明十善、不信三寶，不行仁政，不施恩德的緣故。
《仁王經？受持品》：「佛為十六國王說，若國土中有七難，則宜講讀《仁王經》，滅七難，生七福。一、明失度難；二、星宿失度難；三、災火難；四、雨水難；五、惡風難；六、亢陽難；七、惡賊難。」
《藥師經》謂國起七難時，國王宜發大赦，依前所說之供養法供養藥師如來，則國土安穩。一、人民疾疫難；二、他國侵逼難；三、自界叛逆難；四、星宿變怪難；五、日月薄蝕難；六、非時風雨難；七、過時風雨難。（詳見122面原經文）
《法華經？普門品》說觀音之威神力能滅眾生之諸苦難。天台之觀音義疏上以七難科之。一火災難、二災難、三羅剎難、四王難、五鬼難、六枷鎖難、七怨賊難。
原經文
爾時阿難，問救脫菩薩言：「善男子！云何已盡之命，而可增益？」
救脫菩薩言：「大德！汝豈不聞如來說有九橫死耶？是故勸造續命幡燈，修諸福德，以修福故，盡其壽命不經苦患。」
阿難問言：「九橫云何？」
救脫菩薩言：「若諸有情，得病雖輕，然無醫藥，及看病者，設復遇醫，授以非藥，實不應死，而便橫死。又信世間邪魔外道妖孽之師，妄說禍福，便生恐動，心不自正，卜問覓禍，殺種種眾生，解奏神明，呼諸魍魎，請乞福佑，欲冀延年，終不能得。愚痴迷惑，信邪倒見，遂令橫死，入於地獄，無有出期，是名初橫。二者，橫被王法之所誅戮。三者，畋獵嬉戲，耽淫嗜酒，放逸無度，橫為非人奪其精氣。四者，橫為火焚。五者，橫為水溺。六者，橫為種種惡獸所啖。七者，橫墮山崖。八者，橫為毒藥、厭禱咒詛、起屍鬼等之所中害。九者，饑渴所困，不得飲食，而便橫死。是為如來略說橫死，有此九種，其餘復有無量諸橫，難可具說。
複次阿難，彼琰魔王主領世間名籍之記，若諸有情，不孝五逆，破辱三寶，壞君臣法，毀於性戒，琰魔法王隨罪輕重，考而罰之。是故我今勸諸有情，然燈造幡，放生修福，令度苦厄，不遭眾難」。
爾時眾中，有十二藥叉大將，俱在會坐，所謂：
宮毗羅大將，伐折羅大將，
迷企羅大將，安底羅大將，
頞你羅大將，珊底羅大將，
因達羅大將，波夷羅大將，
摩虎羅大將，真達羅大將，
招杜羅大將，毗羯魔大將，
此十二藥叉大將，一一各有七千藥叉，以為眷屬，同時舉聲白佛言：「世尊！我等今者，蒙佛威力，得聞世尊藥師琉璃光如來名號，不復更有惡趣之怖。我等相率，皆同一心，乃至盡形，歸佛、法、僧，誓當荷負一切有情，為作義利，饒益安樂。隨於何等村城圍邑，空閒林中，若有流布此經，或復受持藥師琉璃光如來名號，恭敬供養者，我等眷屬，衛護是人，皆使解脫一切苦難，諸有願求，悉令滿足。或有疾厄求度脫者，亦應讀誦此經，以五色縷，結我名字，得如願已，然後解結」。
爾時，世尊贊諸藥叉大將言：「善哉！善哉！大藥叉將！汝等念報世尊藥師琉璃光如來恩德者，常應如是利益安樂一切有情。」
語體文
（十三）藥叉護法免罹橫死
1．問答釋疑
這時阿難問救脫菩薩道：「善男子，為什麼生命已盡，死相現前的人，還可以得救而延長壽命呢？」救脫菩薩說：「大德、你難道沒有聽說過如來講有九種『橫死』（1）嗎？所以要勸告懸掛續命神幡和點燃長命慧燈，修諸福德，就是要以修福的功德達到他應有的壽命而盡終，（即延長他不應當盡而盡的壽命），就可以不經過苦難的禍患。」
2．免遭九橫
阿難又問：「有那九種橫死？」
救脫菩薩道：「像有的人們，得病還輕，但是沒有醫生，沒有藥品，也沒有照顧護理的人；假使遇到庸醫，卻給了他不對症的藥，實在不該死而死了，就造成醫療事故而橫死。還有相信世上的邪魔、外道、妖孽（2）的巫師，聽了他們封建迷信的瞎說禍福，就產生恐怖、心慌動搖，由於不能端正自己的心，到處問卜吉凶（也是封建迷信），反招來了禍患；甚至殺了禽、畜、水族等種種動物，來祭禱鬼神，或是召喚山川精怪，乞求保佑；這樣的不敬佛陀、不明佛法、殘害殺生、迷信外道、喪失正見等等的做法，要想延長壽命，終歸是得不到的。而他的愚痴、迷惑、信邪、倒見，延誤了醫治，倒是真的使他橫死了；而且因此死後要入地獄，永無出頭之日。這是第一種橫死（3）。
第二種橫死，犯罪而橫受國法處以極刑誅殺。也包括文字獄、冤假錯案等致死。
第三種橫死，是打獵嬉耍，隨便殺生，或沉湎酒色，放縱過度，喪精敗神而橫死於惡鬼邪神奪其精氣，少年夭亡。
第四種橫死，是火災，或雷擊、觸電、槍炮、原子彈等傷害致死。
第五種橫死，是水災，如洪水泛濫、山洪暴發或乘船遇難、落水溺死。
第六種橫死，是被種種猛獸，如獅虎豹狼等咬食而死。
第七種橫死，是懸崖失足，或受追逼墜落，以及山崩、地震等而死。
第八種橫死，是被人毒藥暗害、或書禱於魘鬼、用邪術咒害或咒起屍體等中毒及害死。
第九種橫死，是因為饑渴所困，沒有飲食，貧窮飢餓而死。
以上這些都是釋迦佛約略說過的橫死有這九種，實在還有其他無量無數的橫死，難以一一都說到。」
救脫菩薩又說：「阿難，那閻羅王主要掌管世間有情眾生的名冊，記錄人們的罪福，若有人不孝五逆（4）、破壞侮辱三寶、違反國家法律（包括憲法和各種法規，以至國主不施仁政、臣民不忠不愛國家）、毀壞信佛法和恭敬供養三寶者的各項淨戒等等，閻羅王都會依據他們罪業的輕重，經過審訊和招供後處罰他。所以我現在勸請人們，燃燈造幡，放生修福門（5），使人們度脫苦厄，再不遭受各種災難。」
3．藥叉護法
這時，大眾裡頭有十二位藥叉大將（6）都在法會座上，他們是：
宮毗羅大將（蛟龍，為金龍身首）
伐折羅大將（金剛、執金剛杵）
迷企羅大將（金帶、腰束金帶）
安底羅大將（破空山）
頰你羅大將（沉香）
珊底羅大將（螺、女形、首冠華鬘）
因達羅大將（能天主、地持）
波夷羅大將（鯨魚、長大如鯨）
摩虎羅大將（蟒龍）
真達羅大將（頭有一角）
招杜羅大將（嚴幟、殺者）
毗羯羅大將（善藝）
這十二位藥叉大將，每人各有七千藥叉（7），作為眷屬，他們異口同聲地向釋迦佛宣誓：「世尊，我們現在蒙佛威力，能聽到藥師琉璃光如來的聖號，不再有對惡道的恐怖了。我們相率一起，都同心歸依佛、法、僧三寶，直到壽命終結，誓願共同肩負起對一切眾生應盡的義務，謀求福利，使他們得到安樂。隨時隨地的，任何村莊、城市、國都，甚至空曠的森林中（人煙稀少之處），只要那裡傳布流通此藥師經，或有尊敬受持藥師琉璃光如來名號、恭敬供養的人們，我們十二藥叉將率領七千藥叉眷屬，隨時保護他們，都使他們擺脫一切苦難；他們所有種種願望和祈求，都能得到滿足。如有疾病和苦難、要求解脫的人，也應當至心誦念此藥師經，可用五色的絲線結出我們的名字（8），直到如願順遂圓滿然後自當解結。」
4．安樂眾生
這時釋迦世尊稱讚十二位藥叉大將說：「善哉！善哉！大藥叉將軍們，你們知念報答世尊、藥師琉璃光如來的恩德，是應當時常這樣利益安樂於一切眾生。」
注釋
1．橫死：年老五臟六腑衰竭、終其天年而死亡叫正命死；身體健壯、壽命末盡，無病突然死亡，叫橫死。如水溺、觸電、高空墜落、車禍等。
2．邪魔、外道、妖孽：一信邪魔、二信外道（當時印度除佛教外有九十五種外道）、三信妖孽（山林草木之怪為妖，禽獸蟲豸之怪為孽）的人都會遭受災害。
3．第一種橫死：即原經文中的「九橫」的「初橫』』第一種橫死是生了病可以醫治，不當死而死亡，其原因有八種：1）無醫生，2）無藥物，3）無護理照顧的人，4）遇庸醫，5）藥不對症，6）信邪魔（如神漢、巫婆），7）信外道，8）信妖孽。後三種就是人生了病，不好好請正規醫生治療，相信封建迷信的神漢或巫婆來作邪法，或殺了牲畜、水族動物等祭祀鬼神，告召妖孽等等，延誤了醫治時機加重病情而死。何況想要自己延壽而殺生，這是喪心的，諂鬼耗財這是違理的，卜問禍福等封建迷信是不明法理的，順從魔鬼外道是喪失正見的，當然自心不正欲求延壽，終不可得。
4．不孝五逆：五逆指殺父、殺母、殺和尚、殺阿閻黎和破和合僧。
5．放生修福：放生大小各種動物，如禽獸和水族動物等。若能燃燈供佛，造幡放生，則自然罪除愆消，橫死中可盡其壽命，盡命中還可增其壽命，上述九種橫死也都可免除。
6．藥叉大將：藥叉是梵文yaksa的音譯，漢意譯為勇敢能騰飛，即夜叉。惡的藥又是【******】的捷疾鬼；這裡的十二位藥叉大將是善良的，各有別名和特徵已在譯文中說明。
7．七千藥叉：十二藥叉大將各有七千眷屬（部下），合計為八萬四千藥叉，這些數字的含義是：「十二」表示可喪十二根塵，依十二願行不起顛倒妄想而成真如法性。「七」表示可喪七趣（地獄、餓鬼、畜生、人、神仙、天、阿修羅等趣）。「八萬四千」表示塵勞有八萬四千（多的意思），要把八萬四千塵勞一一轉為功德。
8．用五色的絲線結出我們的名字：即原經文「以五色縷，結我名字」。五色縷代表五根力法門，藉此結名是眾生結願的意思，是感因，神將的衛護是報應，兩相感應，才得成就。
乙3流通分
原經文
爾時阿難白佛言：「世尊，當何名此法門？我等云何奉持？」
佛告阿難：「此法門名說『藥師琉璃光如來本願功德』，亦名說『十二神將饒益有情結願神咒』，亦名『拔除一切業障』，應如是持。」
時薄伽梵說是語已，諸菩薩摩訶薩、及大聲聞、國王、大臣、婆羅門、居士、天、龍、藥叉、健達縛、阿素洛、揭路荼、緊捺洛、莫呼落伽、人、非人等一切大眾，聞佛所說，皆大歡喜，信受奉行。
語體文
這時阿難請教佛道：「世尊，請問這個法門（1）應叫什麼名稱？我們該怎樣信奉受持（2）？」
釋迦佛即告阿難：「這個法門名叫《藥師琉璃光如來本願功德經》，也可以叫《十二神將饒益有情結願神咒》，或者叫《拔除一切業障經》，應該牢牢記住，依經中意義來奉持。」
此時釋迦佛演說藥師如來法門完畢，諸位大菩薩和大聲聞、國王、大臣、婆羅門、居士、天、龍、藥叉、健達縛、阿素洛（又名阿修羅）、揭路荼（即迦樓羅）、緊捺洛（即緊那羅）、莫呼洛伽（即摩？羅迦）、人和鬼神等一切與會大眾，聽了釋迦佛所說的微妙法門，個個皆大歡喜，決意深信領受，依佛所教，虔心至誠地修學奉持（3）。
注釋
1．法門：言為世則叫「法」，眾聖同由叫「門」，就是說眾聖都是由這些法門之路，勤修苦學，超凡入聖的。釋迦佛說此藥師如來法門，就是說此經有三種名稱：
1）藥師琉璃光如來本願功德經：由人、法命名，人是藥師，法是本願。
2）十二神將饒益有情結願神咒：此名從感應而論，有情結願能感因，神將衛護是報應。
3）拔除一切業障經：從法、障而論，拔除是對治，即是法，業報不論粗細都是障。
以上三名，可以說是根據三個方面來命名的。
第一個名稱是從藥師如來方面，猶如醫師。
第二個名稱是由自他雙方，悲智雙運，猶如醫師診治病人。
第三個名稱是從病症方面，猶如病人。
以上三名，自能上契藥師如來和釋迦佛救度之心，中符神將維護之心，下達有情業障之心，悲智雙運，自他均利。
2．信奉受持：即原經文「奉持」。信受遵守叫奉，專念誠誦叫持。
3．聽了釋迦佛所說的微妙法門，個個皆大歡喜，決意深信領受，依佛所教，虔心至誠地修學奉持：即原經文「聞佛所說，皆大歡喜，信受奉行」。聞是開慧，歡喜是思慧，受持是修慧。信是深信無疑，受是完全領受，奉是遵照佛、菩薩的教導，行是學習修行。佛經終末多有信受奉行四字，而為結束。
後記
弘一大師是筆者先父金赤文在杭州浙江第一師範的老師，當時與同學豐子愷、劉質平、曹聚仁、潘天壽、喻元周、朱鴻鏘、沉本千等諸世伯均受老師教導，影響極深；因此晚輩由大師偉大精神的感召，學讀佛學書籍而起正信佛法，進而歸依三寶，乃至虔心素食，尊弘一大師的演講開示，學修「藥師如來法門」。
數年前筆者就感《佛藏》經典中，佛學術語較多，且是古文，對現代初學者不易理解。後知已有幾位善知識，大德們為《阿彌陀經》、《地藏經》、《華嚴經？普賢行願品》等白話注釋或白話譯本；但是唐？玄奘三藏法師主譯的《藥師琉璃光如來本願功德經》尚少白話注釋本，因此筆者發心將其譯為白話並加注釋，使初學佛法者易於懂得經典的內容，可以更好地按照弘一大師的開示，認真學修「藥師如來法門」。筆者譯註本經的因緣就是如此。
現依弘一大師在福建泉州及永春演講開示的精神，提出數點具體建議，以供修習者參考：
一、學習佛法者應先虔心歸依佛、法、僧三寶，發菩提心，要悲智雙修，諸惡莫作，眾善奉行。
二、修持本法門必須敷設高座供養藥師如來聖像，焚香供果，至心虔誠禮拜，然後誦念《藥師經》原文，（語體文僅作參考）念誦時一心不亂、思維其義。
三、誠念藥師如來洪名，應遵弘一大師開示，依經文念曰：「南無藥師琉璃光如來」，不可念「消災延壽藥師佛」。
四、經中「藥師真言」可以消除病苦、有求皆遂，故常持此咒，功德和利益莫大也。
本《譯註》在【******】（佛歷二五三三年）弘一大師圓寂47周年紀念日完成初稿。今年是弘一大師誕辰110周年，能及時出版單行本流傳，是遵奉大師弘揚「藥師如來法門」的教導和遺願，這是對大師的尊敬和虔誠的懷念；更要學習大師愛國愛教的精神和偉大崇高的品德，都是有十分重要的意義。
本書初稿曾請上虞師範高級講師顧文元老師、講師陳沖范老師及上虞教師進修學校一級教師錢杭根老師等校閱和潤色，又請浙江美院朱金樓老教授審閱；最後恭請上海佛教居士林副林長鄭頌英老居士與四川成都昭覺寺方丈清定上師審定並賜序言，均此謹致謝忱。
筆者佛學知識淺薄，慧根低劣，譯註過程中雖然參考許多有關資料，然其中的謬誤和不當之處一定還有不少，懇請大德們和諸讀者惠予批評指正。
佛弟子
金兆年敬識於弘一大師研究會
公元一九九○年十一月六日
佛歷二五三四年九月二十日
弘一大師110周年誕辰日
附錄（弘一大師演講開示）
《藥師如來法門略錄》
--戊寅（1938）七月在泉州清塵堂講
藥師法門依據藥師經而建立。此土所譯藥師經有四種：
一、佛說灌頂拔除過罪生死得脫經一卷，即大灌頂神咒經卷十二，東晉？帛屍梨蜜多羅譯。又相傳有劉宋？慧簡譯藥師琉璃光經一卷今已佚失，或雲即是東晉所譯之灌頂經。
二、佛說藥師如來願經一卷，隋？達摩芨多譯。
三、藥師琉璃光如來本願功德經一卷，唐玄奘譯。此即現今流通本所據之譯本。現今流通本與原譯本稍有不同者有增文兩段，一為依東晉譯本補入之八大菩薩名，二為依唐義淨譯本補入神咒及前後文二十餘行。
四、藥師琉璃光七佛本願功德經二卷，唐？義淨譯。前數譯惟述藥師佛此譯復增六佛，故云七佛本願功德經，以外增加之文甚多。西藏僧家所讀誦者為此本。
修持之法具如經文所載，今且舉四種如下：
一、持名，經中屢雲聞名持名，因其法最為簡易，其所獲之益亦最為廣大也。今人持名者皆曰消災延壽藥師佛似未盡善，佛名惟舉藥師二字未能具足。佛德惟舉消災延壽四字亦多所缺略，故須依據經文而曰「藥師琉璃光如
來」斯為最妥善。
二、供養，如香華幡燈等。
三、誦經，及演說開示書寫等。
四、持咒。
所獲利益如經文所載，今且舉十種如下：
一、速得成佛，經中屢言之。
二、行邪道者令入正道，行小乘者令速入大乘。
三、能得種種戒，又犯戒者還得清淨不墮惡趣。
四、得長壽富饒官位男女等。
五、得無盡，所受用物無所乏少。
六、一切痛苦皆除，水火刀兵盜賊刑戮諸災難等悉免。
七、轉女成男。
八、產時無苦，生子聰明少病。
九、命終後隨其所願往生：
（一）人中，得大富貴。
（二）天上，不復更生諸惡趣。
（三）西方極樂世界，有八大菩薩接引。
（四）東方淨琉璃世界。
10．在惡趣中暫聞佛名，即生人道，修諸善行，速證菩提。
靈感事跡甚多如舊錄所載，今且舉近事一則如下：
泉州承天寺覺圓法師，於未出家時體弱多病，既出家後二年之內病苦纏綿諸事不順。後得聞藥師如來法門，遂專心誦經持名懺悔，精勤不懈，迄至於今，身體康健，諸事順利。法師近擬編輯藥師聖典匯集，凡經文疏釋及儀軌
等，悉搜集之，刊版流布，以報佛恩焉。
【跋】
曩余在清塵堂講藥師如來法門，後由諸善友印施講錄，其時經他人輾轉抄寫，頗有訛誤。茲由覺圓法師捐資再版印行，請余校正原稿，廣為流布。法師出家以來，於藥師法門最為信仰，近擬於泉州興建大藥師寺，其願力廣大，尤足令人讚嘆雲。
《藥師如來法門一斑》
--己卯（1939）四月在永春普濟寺講王世英記
今天所講，就是深契時機的藥師如來法門。我近年來，與人談及藥師法門時，所偏注重的有幾樣意思，今且舉出，略說一下。
藥師法門甚為廣大，今所舉出的幾樣，殊不足以包括藥師法門的全體，亦只說是法門之一斑了。
一、維持世法
佛法本以出世間為歸趣，其意義高深，常人每難了解。若藥師法門，不但對於出世間往生成佛的道理屢屢言及，就是最淺近的現代實際上人類生活亦特別注重。如經中所說：「消災除難，離苦得樂，福壽康寧，所求如意，不相侵陵，互為饒益」等，皆屬於此類。就此可見佛法亦能資助家庭社會的生活，與維持國家世界的安寧，使人類在這現生之中即可得到佛法的利益。
或有人謂佛法是消極的、厭世的，無益於人類生活的，聞以上所說藥師法門亦能維持世法，當不至於對佛法再生種種誤解了。
二、輔助戒律
佛法之中，是以戒為根本的，所以佛經說：「若無淨戒，諸善功德不生。」但是受戒容易，得戒為難，持戒不犯更為難。今若能依照藥師法門去修持力行，就可以得到上品圓滿的戒。假使於所受之戒有毀犯時，但能至心誠懇持念藥師號並禮敬供養者，即可消除犯戒的罪，還得清淨，不至再墮落在三惡道中。
三、決定生西
佛法的宗派非常之繁，其中以淨土宗最為興盛。現今出家人或在家人修持此宗，求生西方極樂世界者甚多。但修淨土宗者，若再能兼修藥師法門，亦有資助決定生西的利益。依《藥師經》說：「若有眾生能受持八分齋戒，又能聽見藥師佛名，於其臨命終時，有八位大菩薩來接引往生西方極樂世界眾寶蓮花之中。」依此看來，藥師雖是東方的佛，而也可以資助往生西方，能使吾人獲得決定往生西方的利益。
再者，吾人修淨土宗的，倘能於現在環境的苦樂順逆一切放下，無所罣礙，則固至善。但是切實能夠如此的，千萬人中也難得一二。因為我們是處於凡夫的地位，在這塵世之時，對於身體衣食住處等，以及水火刀兵的天災人禍，在在都不能不有所顧慮，倘使身體多病，衣食住處等困難，又或常常遇著天災人禍的危難，皆足為用功辦道的障礙。若欲免除此等障礙，必須兼修藥師法門以為之資助，即可得到《藥師經》中所說「消災除難，離苦得樂」等種種利益也。
四、速得成佛
藥師經，決非專說世間法的。因藥師法門，惟是一乘速得成佛的法門。所以經中屢云：「速證無上正等菩提，速得圓滿」等。
若欲成佛，其主要的原因，即是「悲智」兩種願心。《藥師經》云：「應生無垢濁心，無怒害心，於一切有情起利益安樂慈悲喜舍平等之心。」就是這個意思。前兩句從反面轉說，「無垢濁心」就是智心，「無怒害心」就是悲心。下一句正說，「舍」及「平等之心」就是智心，余屬悲心。悲智為因，菩提為果，乃是佛法之通途。凡修持藥師法門者，對於以上幾句經文，尤宜特別注意，盡力奉行。
假使不如此，僅僅注意在資養現實人生的事，則惟獲人天福報，與夫出世間之佛法了無關係。若是受戒，也不能得上品圓滿的戒。若是生西，也不能往生上品。
所以我們修持藥師法門的，應該把以上幾句經文特別注意，依此發起「悲智」的弘願。假使如此，則能以出世的精神來做世間的事業，也能得上品圓滿的戒，也能往生上品，將來速得成佛可無庸置疑了。
藥師法門甚為廣大，上所述者，不過是我常對人講的幾樣意思。將來暇時，尚擬依據全部經義，編輯較完備的藥師法門著作，以備諸君參考。
最後，再就持念藥師佛名的方法，略說一下。念佛名時，應依經文，念曰「南無藥師琉璃光如來」，不可念「消災延壽藥師佛」。
《藥師法門修持課儀略錄》
--己卯（1939）二月在泉州光明寺講
藥師如來法門大略，如大藥師寺已印行之藥師如來法門略錄所載。
今所述者，為吾人平時修持簡單之課儀。若正式供養法，乃至以五色縷結藥叉神將名字法等，將來擬別輯一卷專載其事，今不述及。
欲修持藥師如來法門者，應供藥師如來像。上海佛學書局有石印彩色之像，可以供奉，宜裝入玻璃鏡中。供像之處，不可在臥室。若不得已，在臥室供奉者，睡眠之時，宜以淨布覆蓋像上。
藥師經，供於几上。不贊誦時，宜以淨布覆蓋。
供佛像之室內，須十分淨潔。每日宜掃地，並常常拂拭几案。
供佛之香，須擇上等有香氣者。
供佛之花，須擇開放圓滿者，若稍殘萎，即除去。花瓶之水，宜每日更換。若無鮮花時，可用紙制者代之。
此外如供淨水供食物等，隨各人意。但所供食物，須人可食者乃供之，若未熟之水果及未烹調之蔬菜等皆不可供。
以上所舉之供物，應於禮佛之前預先供好。凡在佛前供物或禮佛時，必須先洗手漱口。
此外如能懸幡燃燈尤善，無者亦可。
以下略述修持課儀，分為七門。其中禮敬讚嘆供養回向發願，必須行之。誦經持名持咒，可隨己意，或兼修二法，或僅修一法，皆可。
一、禮敬
十方三寶一拜，或分禮佛法僧三拜。本師釋迦牟尼佛一拜。藥師琉璃光如來三拜。此外若欲多拜，或兼禮敬其他佛菩薩者，隨己意增加。
禮敬之時，須至誠恭敬，緩緩拜起，萬不可匆忙。寧可少拜，不可草率。
二、讚嘆
禮敬既畢，於佛前長跪合掌，唱贊偈云：
歸命滿月界，淨妙琉璃尊；
法藥救人天，因中十二願；
慈悲弘誓廣，願度諸含生；
我今申讚揚，志心頭面禮。
右（上）贊偈出藥師如來消災除難念誦儀軌。唱贊之時，聲宜遲緩，宜莊重。
三、供養
讚嘆既畢，於佛前長跪合掌唱供養偈云：
願此香花雲，遍滿十方界；
一一諸佛土，無量香莊嚴；
具足菩薩道，成就如來香。
供養畢，或隨己意增誦懺悔文，或可略之。
四、誦經
字音不可訛誤，宜詳考之。
誦經時，或跪或立或坐或經行皆可。
五、持名
先唱贊偈云：
藥師如來琉璃光，焰網莊嚴無等倫；
無邊行願利有情，各遂所求皆不退。
續云：南無東方淨琉璃世界藥師琉璃光如來。以後即持念藥師琉璃光如來名號一百八遍。若欲多念者，隨意。
六、持咒
或據經中譯音持念，或別依師學梵文原音持念，皆可。
或念全咒一百八遍。或先念全咒七遍，繼念心咒一百八遍，後再念全咒七遍，心咒者，即是咒中「唵」字以下之文。
未經密宗阿閣黎傳授，不可結手印。擅結者，有大罪。
持咒時，不宜大聲，唯令自己耳中得聞。
持咒時，以坐為正式，或經行亦可。
七、回向發願
回向與發願大同，故今並舉。其稍異者，回向須先修功德，再以此功德回向，惟願如何云云。若先未修功德者，僅可雲發願也。
回向發願，為修持者最切要之事。若不回向，則前所修之功德，無所歸趣。今修持藥師如來法門者，回向之願，各隨己意。凡藥師經中所載者，皆可發之，應詳閱經文，自適其宜可耳。
以上所述之修持課儀，每日行一次或二次三次。必須至心誠懇，未可潦草塞責。印光老法師云：有一分恭敬，得一分利益，有十分恭敬，得十分利益。吾人修持藥師如來法門者，應深明斯言，以自求多福也。