江蘇省通志稿大事志 · 第三十六卷明萬曆（二）
九年正月庚辰，戶部題稱：「頃奉旨議裁革淮、鳳營田僉事，一應錢糧文卷歸併徐、淮、潁三道，各照所轄州、縣，劃地督率招墾，年終撫按核實具奏。其原給牛具，行道、府官每年春冬各查烙一次。限三年變價，陸續還官。實在糧銀，收貯府庫，遇有饑民、流民，酌量賑貸。聞開田之後，額糧飛灑者甚多，宜委官清丈，田分荒熟，糧分新舊，務使實額不失。」得旨：「給過牛隻，每年免行查烙。余俱依擬行。」辛巳，詔裁革南京各衙門官吏：禮、兵、刑、工侍郎各一員，大理寺寺丞一員，太常寺少卿一員；戶部湖廣司員外郎一員，山西、雲南司主事各一員；工部虞衡司主事一員，大理寺左、右評事各—員，太常寺山川壇署奉祀一員，鴻臚寺鳴贊一員，應天府管馬通判一員，五城兵馬副指揮各一員，留守五衛千戶所吏目各一員。
二月丙午，汰蘇州等府兵備所轄官兵七百七十九員名，歲省餉六千六百兩有奇。
三月甲申，裁革應天福建倉大使等冗官四十六員。
四月乙巳，戶部郎中梁承學奏稱：「查勘過鳳、淮、徐三府所屬共墾田一萬一千八百六十餘頃，招復三千九百一十六戶，男婦一萬六千五百一十九名。買牛、建倉等項用銀四萬七千九百四十兩有奇。但原報開田十分，今計止二分；招復人戶十分，今查止四分。府、州、縣治農等官，均應參究。」部復分別上請。上以各官捏報招墾虛數，罔上要功，降周守愚二級，余依擬行。先是，盜劫丹陽縣鄉官賀邦泰家，科臣王致祥疏其事。兵部言：」地方官不行奏報緝捕，乃蒙蔽延遲。如科臣所言，該道、府、縣罪固不可逃，而撫按並應量加罰治。」上謂：「鎮江失盜，是去年秋間事，其伙盜已於別處捕獲。撫按官如何說是十月間事，上下蒙蔽，法度不行，職守何在？罰孫光祐、田樂俸三月，李熙半年，鍾庚陽等俱住俸緝捕。」仍命有怠玩僨事者，兩京科道劾奏。甲寅，應天撫按孫光祐等題稱：「應天、蘇、松等十一府、州、縣條編均徭、里甲、驛傳，每歲原編銀八十七萬八千六百三十餘兩，今遞減公費等銀七萬八千五百餘兩，又改入平米銀一萬一千七百四十餘兩，實編銀七十七萬八千三百八十餘兩。乞刊冊頒布，以便遵守。」部復如擬。乙卯，戶部復：南京給事中傅作舟奏南直災傷。疏上。命南京戶部發銀七萬兩，江北四萬兩，江南三萬兩，即差官二員，分投齎付。各撫按官，查各在倉米谷及未解南糧，設法賑濟務使貧民得沾實惠。余俱依擬。甲子，升太常寺少卿呂藿為南京右僉都御史，提督操江兼巡江事。
五月戊辰，兵部題復：「科臣、撫按等官七疏皆謂鎮江丹陽、丹徒二縣，自去年十月以來，失事六次，未獲一人，各官俱務欺蔽，致黠恣縱橫。知府鍾庚陽、知縣管應鳳、海防同知張廷榜、楊棟等當照例降調。兵備李頤、巡按田樂等，並乞再加罰治。」上曰：「地方屢次失事，各官通不申報，反威脅失主，不許告認。又不亟行緝捕，以致盜賊公行，良民被災，本當都拿問，姑從輕。鍾庚陽、張廷榜著各降三級調用，管應鳳、楊棟邊方雜職；徐桓到任未久，與李頤、吳繼臣等俱住俸，戴罪緝捕；田樂再罰俸半年。」丙子，戶部題復：「鳳陽撫按凌雲翼等奏稱，淮安府屬安東縣治，濱臨河海。嘉靖間，河決草灣口，水勢直趨該縣，田土淹沒。後雖築塞，冷沙淤積，不長五穀。前巡撫吳桂芳有廢縣之議。今兩河工完，草灣口漸復淤塞，而士民安土重遷，俱不願廢。況該縣鹽盜充斥，廢縣必須設兵，反滋多事。縣治仍舊存留，惟一應差糧，須破格優處。乞嚴敕該縣掌印、治農等官，用心撫綏，設法招復。勿濫准詞狀，以生騷擾，勿過索供費，以肆誅求。如三年之內，民安地墾，縣官疏薦擢用；不職者，即行參處。」允行。
六月乙未，南京兵部尚書潘季馴言：「南京各衙門節次裁革官員直堂銀，應減二千二十五兩，宜行各省、直審極沖疲州縣，免編其柴薪，銀兩照舊征解。」部復從之。丁未，戶部復：「漕運尚書凌雲翼所議五事：一議、減免濫造，以補缺船；一議、更番兌運，以蘇困苦；一議、就近給餉，以恤運軍；一議、擴充鹽場，以革包攬；一議、申嚴責成，以保漕船。」上允行之。已未，升四川左布政使劉庠為應天府府尹。
七月壬戌，總督漕運凌雲翼奏稱：「儀真閘稅，宜酌水勢，不必拘泥取盈。其瓜、儀各閘壩，應歸併南河郎中管事，不必添設主事。」部復如議。因言：「河道歲修錢糧，宜敕督臣照各邊年餉事例，歲費若干，存留若干，悉解工部貯庫，遇河工缺乏，通融請給。」從之。戊子，詔淮安、揚州等府屬州、縣，自八年以前積欠馬價等銀，都准豁免，以蘇民困。從南太僕寺卿李輔等議各府連歲災疲故也。
十月壬寅，裁操江軍餉供費銀三百三十餘兩，及應革軍舍余丁歲減糧餉—千五百五十餘石。戊申，稽查應天等府書院，先後共六十四處，或改公署，或給原主，或行毀廢。其紫陽、崇正、金山、石門、天泉五書院，存留如故。庚戌，戶部題稱：「贓罰銀兩，追收罪犯為甚難，濫充私費為甚易；數官存積為甚難，一官支銷為甚易。南直操江都御史，自元年起至八年，總計咨報二萬一千五百餘兩。今都御史呂藿咨稱各府、州、縣在庫僅銀一千六百兩。雖節年修船、操賞等費皆在取給，未見支銷細數，不無私饋情弊，合行通查。」上命南科差給事中一員，同操江都御史查明具奏，不許隱護。工部復：「應天撫按疏言，蘇郡四門官塘、嘉定海塘、武進、無錫二縣芙蓉湖堤及各州、縣渠岸橋閘修浚工完，用銀一萬六百九十餘兩。御史林應訓區劃四年，勞久功多，宜行紀錄；及知府穆煒、朱文科，應分別開俸優獎。」從之。丁巳，以淮、徐所屬荒田重多，詔各掌印、治農官，自十年為始，照依每年分數，設法開墾。年終撫按官分別參奏，其衛所屯田不許混入有司開墾數內，以滋煩擾。
十一月辛酉朔，以南京都察院右都御史劉斯潔為南京禮部尚書。壬午，起用致仕戶部尚書殷正茂為南京刑部尚書。甲申，革南京五城有役弓兵先後八十四名，白役弓兵三百四十一名。除白役原無工食外，其有役弓兵工食盡行裁革，俱於蘇、松等府疲憊縣份酌量免編及嘉靖元年至隆慶六年，果系小民拖欠者，悉蠲之；萬曆元年至九年，每年帶徵三分解部。從南京兵部尚書潘季馴議也。
十二月乙未，以清丈田畝怠緩，松江知府閻邦寧住俸，戴罪管事。
十年正月辛未，通、泰、淮安三分司所屬豐利等三十場風雨暴作，海水泛漲。一時淹死男婦二千六百七十餘丁口，淹消鹽課二十四萬八千八百餘引。巡鹽御史任養心以聞，請將兩淮庫貯經紀、換帖、納稻等銀一萬二百一十二兩有奇，准令照數動支，分別賑濟。其淹消銀課，行令各該總灶，陸續完補，聽候商人關支。部亦以為言。詔曰：可。壬午，戶部復：「鳳陽巡撫凌雲翼題，淮安府屬安東縣，原額六十一里；徐州屬蕭縣四十六里，沛縣三十八里。邇因黃河變遷，地失人逃。議並安東縣為四十里，蕭縣三十七里，沛縣三十里。仍嚴督各縣官查現存人戶，照軍、民、匠、灶原籍，歸附里甲當差，添注賦役冊，永為遵守。」報可。
二月丙申，詔：「朕聞各處帶徵未完錢糧，苦累小民。戶部其查節年所欠幾何？即今應否蠲免？止將現年正供之數勒限完納。會同兵，工二部議處以聞。」戶部因言：「查得江南蘇、松等府，拖欠本折銀七十一萬一千三百五十餘兩；淮、揚等府二十三萬九千六百三十餘兩，一體蠲免。」從之。丁巳，命南京吏科給事中吳琯巡視南京營務。
三月己未，升南京光祿寺卿鄭欽為應天府府尹。是月丁卯以病免。辛巳，先是，河漕總督凌雲翼言：「清江浦河堤夾鄰黃河。邇來，水勢南趨，淤沙日被沖刷，恐黃河決齧，運道可慮。欲於城南窯灣，自馬家嘴歷龍汪，至楊家澗出武家墩，另開新河，以通運道。在司道張譽等初議，則從武家墩合通濟閘出口。於是，兵科給事中尹瑾議：「清浦之河，其來已久。河堤之外，一望平田，並無岡阜遮隔。雖楊家澗新開河渠，相距亦不過十餘里。必清浦之堤無虞，而後淮安無虞；一河兩岸無虞，而後楊家澗之新河無虞。設清浦已決，其害不止清浦而已。且運船經由淮城，則夾帶違禁，易以稽查。若徑由窯灣入馬家嘴，則中有一河之隔，又有大湖之遙，脫有頑軍梗悍，作奸犯科，失誤糧運，咎將誰歸？至武家墩出口，尤為可虞。蓋本墩地勢高亢，天將設之以屏障淮河者。墩內地高，難為挑挖；墩外湖闊，難以灣泊。冬春之交，運糧緊急，則苦淺涸；伏秋之後，淮水泛濫，又苦奔沖。且武家墩與高家堰共為一堤，相去甚近，開武家墩，是即開高家堰，則又害全河矣！無已則通濟閘合流之議為可從耳。」已而，雲翼請遣官往勘。給事中李廷儀，吳琯言：「今日治河之事，宜開新河以避流；守舊堤以固清浦。武家墩不可開，新壩不可築，事勢昭然。遣官復勘，徒滋道旁議耳。」部復：「給事中言皆是，上令雲翼計永利以聞。」丙戌，兵部復：「應天巡撫孫光祐、蔡夢說題：蘇、松、常、鎮所屬各將領部下汰各色把總等官三十九員、家丁百長等役七十八名，減銀一千五百四兩有奇；蘇、松等衛、吳淞等所減公費銀一千六百八十九兩有奇。」從之。
四月丙申，升浙江左布政使游季勛為應天府府尹。戊戌，下巡漕御史提問蘇州等衛管屯掌印指揮李天祐等，坐怠惰欺罔，催征不完，為巡撫所劾也。乙卯，升南京尚寶司卿李已為應天府府尹。
七月辛酉，應天巡撫孫光祐題：「清丈過江南十一府州，縣田地、山塘四十五萬一千五百八十頃五十餘畝，補足失額者一萬二千一十餘頃，多餘均攤者九千五百四十餘頃。在各衛田地九千八百九十九頃九十餘畝，補足失額者三百二十餘頃，多餘均攤者一千八百六十餘頃。舉節年加損、那移、紊亂舊科者，一歸原額，使征派均平，小民無累。及將府丞等官曹大野等紀錄，知府閻邦寧等分別罰治。」戶部復如其議。上令紀錄光祐等。丙寅，升吏部左侍郎楊巍為南京戶部尚書。漕運總督凌雲翼題：「清查過淮、揚、徐等五府、州未完萬曆七年以前各驛協濟水夫站銀，及南京兵部柴薪直堂銀，中都留守司十七衛所未完春秋兩班工價名糧等銀，共五萬六千九百五十七兩，一體蠲免。」部復允之。丙子，大理寺少卿郭思極為右僉都御史，巡撫應天。
八月庚寅，鳳陽撫按凌雲翼、姚士觀題：「江北境內淮、揚、徐二府一州，清丈出隱田一萬二千二百四十餘頃，除抵補外，尚有沙壓、水灘並水深難量地四萬九千四百八十餘頃。鳳陽、淮安等衛所，清丈出屯地七百一十三頃二十餘畝，除抵補外，尚有水灘、沙壓地二百六十八頃八十餘畝。揚州等衛清丈出地五百七十六頃七十三畝，除抵補外，剩五百五十九頃九十餘畝。遵例通融攤派。年來疊遭災傷，有派無征，所欠民、屯糧，除系漕糧者全征外，其鳳陽等府倉糧十萬五千一百三十餘石，將本地商稅權抵，暫擬停徵。各衛所拋荒灘壓地欠糧二萬七千四百一十餘石，撥給衛所現在食糧軍士，抵糧一月，聽從佃種，漸次開墾，以寬民力。及將參政舒大猷等敘錄，通判郭紹等分別罰治。」部復，上俱從之。
九月戊寅，先是歙人楊文學流落。素以燒丹誑人。至松江府，遇私自淨身男鄭喜，相結為歡。文學假稱寧府散誕王子；喜從之，稱石城王府內使。僭用官服，私造批牌，逼死平民。事發，浙江撫按問擬文學詐稱官律。奏聞。上以其罪情深重，令法司改擬。於是刑部引詐傳詔旨律及私自淨身律以請。文學梟示，喜坐斬。
十月丙申，以水災蠲賑蘇、松等府有差。總計沖毀廬舍十萬區，漂流田禾十萬頃，淹死人口至二萬。財賦奧區，遭此昏墊，故有此賑。
十一月戊午，維揚古稱沃壤，而地形窪下，大海環其東，諸湖繞其西。所賴堤厚，支河通斯，田地可耕，民、灶俱利。自范堤坍壞，高寶堤亦衝決不守，其中大小支河，所在淤塞。於是以高、寶、興、泰四州、縣為壑，而泄水無路，民、灶罹於昏墊矣。河道尚書凌雲翼言：「臣等躬親勘視，度地形，探水勢，其治之道者有二，惟疏上流使入江，泄下流使入海。沿漕堤一帶之水為上流，沿范堤一帶之水為下流。如西引邵伯湖之水，轉南之新安湖，復東入運河，至芒稻河入江。有餘則聽其直瀉，不足則引以濟漕，則上流疏矣，如牛灣河、姜家堰、廟灣為三大海口，引各支河東會於串場河，北會於射陽湖，俱入海，則下流泄矣。而興化之堂子鎮、戴家窯、海溝口、白駒、三十團灶，則牛灣河之支河也；黃土溝、皂角樹至岡門、登瀛橋河，則姜堰之支河也；安豐鎮至清溝、灌舖，則廟灣之支河也。其河垛場至白駒場一帶。阻淺尤甚。又河東一帶，舊系糧鹽大河，洪水衝決，河身與岸相平，故水不行軌道。而淤溪、秦潼、艾陵、葑子諸河之水，北淹民田億千萬頃，處處俱當挑浚，俱費經營。惟是工有後先，勢有緩急，今將范堤數十里先行修築，使外潮不得入串場；支河六七道盡行疏浚，使內水有所出。果蓄泄利便，積水可消，則海口不開亦可。如支河既通之後，水患如故，即並開海口，置閘以備蓄泄。其修築范堤，該銀四萬二千四百餘兩，浚支河六道，該銀二萬一千四百四十餘兩，俱於鹽價、門租、浚河存剩銀等銀支用。」部復：「河臣策是。定限今年十二月初興工，明年十月報完，務須費省工堅。」詔從所請。
壬戌，改南京兵部尚書楊成為南京禮部尚書。乙丑，升兵部協理戎政左侍郎王遴為南京工部尚書。
十一年正月己未，升南京右都御史劉堯誨為南京戶部尚書。庚午，浚韓家口引渠出徐州。以河防報竣，升碭山知縣劉守謙俸一級。甲戌，工科給事中傅來鵬劾操江僉都御史呂藿。言藿前掌選，納賄鬻官，又常傾害推官趙世卿、前巡撫張岳、胡嘉謨，宜加顯斥。得旨，呂藿革任閒住。丁丑，改南京工部尚書王遘為南京兵部尚書，參贊機務。
二月戊子，以南京右軍都督府掌印、崇信伯費甲金為南京提督操江兼管巡江。辛丑，起原任戶部右侍郎傅希摯為戶部右侍郎兼右僉都御史，總督漕運，巡撫鳳陽等處。辛亥，詔蘇、松二府關稅銀每年量留五千兩，湊織解袍用。
閏二月甲寅，起原任戶部尚書畢鏘為南京工部尚書。
三月庚寅，南京兵部尚書潘季馴言：「南京寺觀庵院，實避仇亡命之窟，盜所由生。宜令住持每月朔望，赴本部投遞結狀，以憑查考。如訪捕有獲，具結者連坐。」禮部復如議。甲午，升江西左布政使吳善為應天府府尹。丁酉，兩淮巡鹽御史任養心條陳四事：「一曰、革私稅。淮商除揚州、清江鈔關有船稅，儀真、南京、淮安有割沒，江西、湖廣有引稅，俱系國課正供。余各府、州、縣科索搜求，有船稅、過關錢等項，動稱公費不報，循環不止。凡兩淮行鹽地方，悉宜禁止；二曰、革牙行。淮南、淮北二所，被積棍給帖充行，科斂商人，派取供應，每歲吞噬，不啻萬兩。應於各衙門首豎立木榜，通行嚴禁。操、撫衙門，不得聽囑批允，以紊職掌；三曰、禁荊屬私販。荊州府所屬，原系兩淮行鹽地方，被豪猾買食川鹽，沮壞國課。乞要禁止川販，照舊於牛口等關添設兵快哨船巡緝；四曰、浚運鹽河道。自呂四場至泰州以東運河一道，尚未挑浚，舟楫難行，商灶不便。乞動支河工銀二萬，募夫挑浚。」部復俱如議。己亥，工部復：「漕運尚書凌雲翼題稱，徐州戚家港溜急，運艘難行，議開新渠，建閘境山廢閘曰梁境閘，新河中閘曰內華閘，新河口閘曰古洪閘。乞移咨吏部，於梁境閘專設閘官一員，內華、古洪二閘，共設閘官一員，並鑄給條記。」從之。丁未，以高家堰河工成，參政舒大猷等紀功。
四月癸丑，南京河南道御史方萬山條陳四事：一、清丈田地，增稅殃民。南京後湖圖冊，按形編號，因地起賦。今並其字號、畝步，盡更易之，圖籍幾廢；一、臨清鈔關舊額二三萬，今加至八萬。貨入運河，臨清抽六分，至河西務者抽補四分，至京者崇文門亦然。今崇文門仍取十分，雖有臨清之票，勿問。宜如舊例；一、淮安牙行、腳夫等稅，與窮民較纖毫之科，瑣屑已甚，宜速蠲裁；一、省直私設稅課，無處無之，宜嚴行查革。」下其章於戶部。部復謂：「後湖冊式照成、弘間舊稿，各府縣未行清丈之先，字號亦未必相同。宜照各處實征為準，其有短縮弓步，虛增地畝者，查摘改正為便。淮安稅行漕運衙門酌處。余如議。」
五月辛丑，南京兵部尚書王遴條議營務：「一、分布行伍。言今南京大、小教場，見操新舊官軍二萬三千有餘。合比照北京各邊之制，每三千一百二十人立為一支，以一千四十人為中哨，以一千四十人為左哨，以一千四十人為右哨，總計官軍二萬三千，共得兵七支。若有餘剩，置之旗鼓下作為備兵，專聽各營缺軍取補；一、添設坐營。言南京設有都督官三員。焦澤分管大教場，合給兵三支，李超分管小教場，合給兵三支，侯繼高分管神機營兼管巡捕事務，巡捕另有官軍二千四百員名，提凋煩勞，不必議給。其大小教場各分兵三支，兩都督自領一支，兩坐營官分領一支，尚餘一支各再設坐營官一員，責令分領；一、處給器械。言舊軍一萬九千五百餘名，弓箭刀槍牌筅之類，頗足應用。惟神槍等火器，不敢私造，容臣等再行選委的當官員，動支本部收貯草場租銀並缺官、柴薪、船料等銀，鞭銃再造一千把，鳥銃再造蘭千把，務要堅緻如法，分發各營演放。新選補軍人幾四千餘名，合用披執、宣帽、號衣、弓箭、槍刀，牌筅，每名給糧銀五錢置辦；一、議禁革差撥。言南都根本重地，近年以來，營伍廢弛，做工抬扛，無日無之。自後南京工部搬運物料，應自雇覓。南京內府搬運錢糧，亦應著落內守備官經撥該監軍匠、民匠應用。如有重大事務，必須用軍搬運，亦要預題奉旨，臣等方敢遵照差撥；一、議設備兵。言北京三大營之外，各設備兵一營，專驗發新軍，暫收操練，以備各營隊伍中有缺取補。今南京大、小教場、神機營亦是三大營。查得各營原有管鼓官，合就改名備兵把總，專司旗鼓，兼管備兵、班軍操練。」兵部復：「大、小教場既各設三營，每營當設坐營一員。若都督自領一支，則此一支為都督親兵，外二支為都督部兵，似屬不便。合將兩教場各分兵三支，坐營三員，每員分領一支，都督總領調度，庶節制不紊。余俱如議。」報可。
六月乙亥，總督漕運傅希摯言：「淮、揚、徐州榷稅，原議留三年，以備河工。今十一年限滿，若改解部，不免又費區處，乞准永留。」戶部復：「河漕固所當急，邊餉尤不容緩，合無再留三年，滿日照例解部。」報可。
七月己丑，調太僕寺少卿杜友蘭為應天府府丞。辛卯，以蘇、松二府災，免十年分應徵祿米、鹽、布等項錢糧四萬四千五百有奇，停徵九萬二千六十兩有奇。甲辰，改南京工部尚書畢鏘為南京吏部尚書，改南京戶部尚書劉堯誨為南京兵部尚書、參贊軍務。蘇、松巡撫郭思極、巡按邢侗題：「萬曆十一年各項錢糧，恩詔俱免十分之三。蘇、松、常三府白糧，系羅供額數，勢不可免。計數應免二萬六百餘石，乞將起運漕糧，照數免徵，抵充應免白糧之數。」戶部復如議。丁未，升刑部左侍郎劉一儒為南京工部尚書。兵部言：「南京官軍原額一十二萬，今見在三萬四千二百有奇。南京內外守備每年奏報本內，惟開原額實在之數，未詳營軍消耗之由。合無行南京兵部調取後湖軍籍老冊，逐一查明，並一應勾補填實事宜，作速議處詳妥，具奏。」上諭：「南京根本重地，營軍既消耗數多，如何通不處補。著南京兵部備查明白具奏，仍將題准清勾替補事宜著實舉行。」
八月辛未，巡視南京營務給事中阮子孝等條陳京營切要四事：「一、議處神機營火器。言該營軍丁三千六百餘名，止關領神槍五百把。宜增造鳥銃、鞭銃，隨宜操演；一、議處新江營官軍。言長江盜賊易發，宜選驍勇衛官領之，勿以軟脆官軍備數；一、議修浦口營城垣。言該城被水沖壞，宜令該部修砌；一、議補舍人哨軍。言舍人哨丁多逃，故宜令各官舍余，挑選精壯，發營操練。」兵部復如議。甲戌，升南京都察院右都御史劉思問為南京戶部尚書。
九月癸卯，復設淮安府管河同知一員。
十月己酉，漕河高堰工完。戊午，工部復：「總督漕運戶部右侍郎傅希摯奏，清江浦至西橋一帶堤岸，當黃淮掃灣之沖。近年黃流日刷，堤岸單薄，萬一齧決，則運道、生民俱受其害。合將舊堤亟為修砌，限萬曆十二年秋黃水未發之先報完。完工日將工費核實奏繳。」從之。己未，升吏部左侍郎張士佩為南京戶部尚書。甲子，設徐州永成庫大使一員。己巳，兵部復：「南京兵部尚書王遴條陳計安留都十二事。內八事系干兵戎。一議、量增月糧，以恤精壯。言舍人舍余、旗軍余丁，選系精壯者，月糧宜與正軍相同；一議、遵例收操，以安運軍。言運軍因改折在衛者，宜准發操食糧；一議、量均船差，以救偏累。言馬船、快船，宜停分撥差；一議、改派馬匹，以蠲民累。言營操馬匹，乞令太僕寺盡於解京備用馬匹內改派，不必貽累大戶承買；一議、設添標兵，以重事權。言南京三大營都督，俱有標兵，參贊大臣宜增置標兵，以聽調遣；一議、酌處驍悍，以正人心。言自振武營之變以來，尚仍驕悍之習，自後鼓眾群噪，即將為首者斬以徇；一議、量添舉劾，以警曠官。言巡邏、把總，宜照三大營例，年終舉劾。除增月糧、安運軍二事，宜行南京戶、兵二部計議。添置標兵，不必另立本部名色，止於三大營各添設標兵一百名操演調用。余俱依擬。」報可。刑部復：「南京兵部尚書王遴奏內，一議、申明職掌，以端政體。言南京內外守備衙門，止為守御而設，不宜濫受詞訟，侵法司之權。各城兵馬，主稽察巡警，非令干預刑名者也。緝獲人犯，不宜問招擬罪。委當遵照敕書，各明職掌。」得旨：「守備、參贊衙門著遵前旨，各照職掌行事。一應瑣細詞訟，不必干預。兵馬司亦不許受詞擬罪。有違犯者，科道參奏處治。」
十一月己卯朔，升總督倉場、右都御史兼戶部左侍郎魏學曾為南京戶部尚書。辛丑，以災分別蘇、松二府十一年分起運工部錢糧應徵、應停，應免有差。壬寅，升廣東左布玫使王元敬為應天府府尹。癸卯，以災命揚州八、九、十年分工部錢糧應免、應停有差，並准改派段運之期。
十二月癸丑，南京兵部尚書劉堯誨等題：「南京各營，國初額設官軍一十二萬六千五百一十名，見在祖軍一萬九千八百四十六名，事故一十萬六千六百六十四名。節年召募軍丁一萬八千四百八十二名，今見在並續補共一萬六千九百三十六名，事故一千五百四十六名。即今題奉欽依准照祖軍事例收補，一時投充預補者四千一百三名，已經發各營操備外，其祖軍節年逃故者，自宣德四年以後，在冊清勾者，尚有六萬一千三百三十六名。乞通行各省、直清軍御史，將本部造到文冊，嚴督司道、清軍等官，廂名按查，勒限起解。每年終，有司解過軍人數目，仍聽清軍御史照例分別舉劾、獎戒。」兵部復如議。上曰：「近來勾補軍士，有司官不行挨查起解。營操衛官，不行存恤。以致隱漏逃亡，卒伍虛耗。以後著該巡按御史，設法清查，有仍前慢令行私需索等弊，盡法處治。」乙丑，應天巡撫郭思極以人言疏辯乞罷，上命回籍聽用。己巳，應天巡撫郭思極言：「沿江蘆課新增數多，乞要除豁。」工部復：「蘆洲日當巨流，有淤灘新出者，亦有沖坍汩沒者，以此抵彼，勢難頓增。宜豁免九年分新增課銀，仍令以後五年一丈量，實在洲場，方行追征。」從之。辛未，南京兵部尚書劉堯誨以人言乞罷。准令致仕。新建丹徒大犢山、丹陽黃泥壩二閘。甲戌，升應天廚尹王元敬為右副都御史，巡撫應天。乙亥，命淮、揚等府，徐州等照舊屬南直隸提學御史。
十二年正月庚辰，蠲淮、揚等處萬曆二年至八年拖欠牲口銀兩。從御史孫繼有請也。乙酉，起原任應天府尹王世貞為應天府尹。辛丑，以巡撫郭思極言蘇州等十府、上元等八縣災，詔免四司料價，及黃白麻、魚課等十之三。
二月甲寅，南京工部題，修理孝陵殿廡門樓等工完。辛酉，從戶部科給事中蕭彥請，免揚州府並徐州萬曆二年起至六年止未完錢糧。乙丑，升顧章志為應天府府尹。
三月己卯，應天巡撫郭思極言：「應天、蘇、松等府織造借用銀兩，既已作正支銷，宜嚴行照數補還，以後解部。濟邊銀兩，不得挪借，」是之。
五月戊子，從應天巡按郭思極請，復勘太倉等十五州、縣田糧。
六月己酉，漕運總督李世達言，河工告成，敷陳善後事宜。下工都。癸丑，升倉場總督、戶部左侍郎王廷瞻為右都御史兼戶部右侍郎，總督漕運。丙辰，漕運都御史李世達條陳漕務四款。上可其奏。
八月丁巳，吏科給事中陳大科言：「江南漕艘，歷高寶抵淮。寶應泛光一湖，浩蕩無際。槐角樓一帶據湖之中，其形如兜，兩翼向為運道梗。所司議開越河，而一主圈田，以防夾攻；一主靠堤，以省修築。昔白侍郎昂康濟一河圈田之制也。比吳尚書桂芳靠堤開越河，十餘年來，未聞沖圮。臣以為靠堤便。」總督漕運李世達亦然其議。部復，報可。
九月丙子，南京右僉都御史趙煥奏：「高寶湖堤大壞，乞敕憲臣督理，」章下都察院。戊寅，漕運總督李世達題：「黃流日進，乞修砌郡城石堤，以圖永賴。」章下工部。
十一月丙戌，禮部儀制司主事陳應芳奏：「頃見漕臣開越河一疏，其稱論方取土，以丈計之，約用工銀九萬六千有奇，而木石之費十二萬，其派夫必得五萬人而後可。竊意夫以五萬，每名日工食二分，則當一日千金矣。是所謂九萬六千者，止可供五萬人三月之費。借曰更番迭用，亦止足供六月之食。大約計之，則九萬六千者，可足一年夫役之募乎？其不足者，撫按自有處乎？抑令民自為賠也。臣往見河工之舉，撫按下之司道，司道下之州縣，州縣下之里甲，里甲不足，於是以家貲之上下，為出夫之等第，籍名在官而趨之役。牌票追呼之擾，遍於閭閻；呼號怨謗之聲，盈於道路。其狀有不可勝言者，此籍名之苦一也。及其不可脫而為之辦夫，一夫遠者，月有一兩二錢之值；近者，月有九錢之值。有稱是而計月以安家之值。以一家為率，辦夫五名，則月幾十金之費矣！往往傾貲以償其費。不只鬻產，又賣子女，數月之間，閭閻一空。此雇夫之苦二也。及其以應雇之夫，而往即工所也，多方影射，百計索求，一不遂，則鞭撻之。夫往往多逃去，則以逃夫呈而移檄州、縣逮之。原籍名之人，則又雇夫以補其額，而就逮之費，亦復如前，是重困也。至於官銀，即使盡所議者給之，猶不足以償十分之一，而況所給者，受值之人，非出值家也。以故不才佐貳通同省察，恣意侵克。以故官徒有募夫之名，而害歸於籍名者之家，利入於管工者之手。此赴役之苦三也。請以三策籌之，與其使當事諸臣，陽為節省之虛名，而閭閻小民，陰受包賠之實害，則孰若照糧起科，明為加派。而以九年、十年拖欠存留錢糧，酌為蠲免其舊，而加派其新，人情未有不樂從者。至於東南孔道，各省協濟之銀，揆之事理，必不可無。昨撫臣議五萬，臣猶以為少，奈何不允，而使獨累淮、揚赤子也？夫錢糧足，則官操其值以募人，如各驛遞等夫，則非以厲民，而且養民，此理之正，策之上也。瓜、儀巨商大賈，往往有建寺修橋者，向者倭夷之變，揚州外城，俱系鹽商倡築，不期月而集。或懸旌表之令，開事例之門，或授以冠帶，或給以旌匾，必有應之者。而往來商船，除鈔關外，量於湖口抽其稅課以佐急，此事之權，策之次也。如其不責名實，而曰加派不可，協濟不可，事例、抽稅又不可，而忍聽民自為賠焉，此則可謂無策矣！」工科右給事中馮露亦言：「總漕侍郎王廷瞻三議，欲將舊堤備用之石，加之新工。以石砌潭，原議者八，今減而六。反覆陳舊之堤石不可移，八潭之砌不可已。」工部復：「給事、主事言，皆是。」報可。
十二月丙午，工部復：「應天巡撫王元敬議留蘇州府織造銀兩，除十年、十一年、十二年共十一萬五千七百二十四兩零准留外，以後大工不得再留。」報可。
十三年正月壬辰，蠲海門縣坍江糧一百九十一石。從鳳陽撫臣王廷瞻之請也。
二月甲辰，議裁海門縣，歸併州治下。其事鳳陽撫按復奏。丁未，淮安、揚州及應天上元、江寧、江浦、六合俱地震，江濤沸騰。戊申，兩淮巡鹽御史蔡時鼎條上鹽政：一、酌議派支，以免消折；一、補足舊額，以省賠累；一、免解水鄉，以寬商灶；一、禁革挨賣，以速貿易；一、禁絕起利，以厘蠹弊；一、增置總票，以核偽引；一、議抽私販，以償派引；一、聽收折價，以便征納。部復，得旨：「本色引鹽折價，於成法將無有礙，其下御史議之。私販仍前嚴禁，不必議抽，以滋奸弊。余並如議。」壬子，太僕寺卿袁三接為應天府尹。丙辰，升江西道御史曹一鵬為鎮江府知府。
四月壬戌，升南京太僕寺卿蕭崇業為右僉都御史，提督操江。
五月丙子，復楊舍守備，以原任崇明把總管懋光充之。楊舍外御倭寇，內防鹽盜，故應天撫按為之請。丁亥，鳳陽巡撫兼河道、右侍郎王廷瞻奏：「淮、揚等府並徐州，頻年災殄，河役煩興。請自今年始，備用馬價俱照萬曆九年事例派征。系本色改折色者，每匹征銀二十四兩，原系折色者，每匹征銀一十八兩，永為定例。」兵部言：「軍國所急惟馬。今本色改而為折色，三十兩者改而為二十四兩，二十四兩者改而為十八兩。暫改以三年為期者，改而為永例，於民得矣，於國事何？臣等職掌所在，誼當執奏。」上是部臣言，准暫改派一年後如故。
六月壬子，寶應越河工成。先是寶應有泛光湖，素稱重險。國初，平江伯埴築石堤於湖之東，蓄水以為運道。上有所受，而下無所宣，因決為八淺，匯為八潭，則興、鹽鍺場皆沒，而淮水又間從周家橋漫入，洶湧排空。萬曆十年，一日而斃者千人。十二年，糧艘溺者數十。總漕李世達、按臣馬永登、鹽臣蔡時鼎議於石堤之東開越河，以避其險。乃命工科給事中馮露往視之，河身長一千七百七十六丈，凡為石閘二，減水閘三，為堤九千二百四十丈，石堤三千三十六丈，子堤五千三百九十丈，費公帑二十餘萬，民不知役。總河王廷瞻以聞，賜名弘濟。
閏九月戊戌朔，淮安府所屬災，詔留漕折銀一十五萬兩賑之。漕折，例不准留，以淮安重地也。
十月甲申，南京操江、右僉都御史蕭崇業以母老，應天府尹袁三接以年老並乞休，許之。
十一月戊戌，以原任都察院右副都御史孫丕揚為應天府府尹。
十二月辛巳，先是，湖廣道御史王學曾言：「南京龍江關與蕪湖密近，抽稅煩重，當議裁併。」南京工部右侍郎張孟男言：「二關設於洪武六年，每歲計七萬七千餘兩，皆供國需正額，與新設者不同，仍舊便。」上從部臣言。丁亥，總督漕運、戶部尚書改南京刑部尚書王廷瞻，疏辭新命。優詔答之，不允所辭。壬辰，命湖廣總兵、懷寧侯孫世忠提督漕運，鎮守淮安。
十四年正月丁酉，奪蘇、松巡按鄧辣俸二月。以查看通判王應龍違限也。吏科亦有疏參，報聞。
四月乙丑，應天撫、按各題稱：蘇州府萬曆十三、十四兩年，共該織段四千三百二十匹、套、副，應用料價等銀共八萬八百四十八兩有奇，內除原留存銀並本府放存鹽鈔等銀共二萬一千七十四兩七錢有奇，其餘無從措處。乞要留用本部工料事例銀共五萬三千四百一十二兩三錢，並滸墅關稅銀六千三百六十一兩，湊數支給。」部復謂：「關稅系邊需，難以准從，工料等銀合依擬。」從之。庚午，升南京太僕卿石應嶽為應天府府尹。
七月癸卯，戶部復：「總督南京糧儲、南京戶部右侍郎楊一魁條議，量改折以疏積陳，酌課程以寬凋疲，修倉廒以杜虛費，責監收以慎出納，減罪贖以恤糧解。」俱從之，丙辰，戶部復：「應天巡撫王元敬本，今歲壽官方興，工部錢糧用費頗巨，而東南小民，連年災困，加派又難。合行滸墅鈔關，將萬曆十四年分現收船稅銀兩動支六千三百六十一兩，姑准湊給造以後年分織造工價，倘有不敷，合從工部措處，不許援此為例。」從之。戊午，戶部題：「海門縣治瀕海，累年遺下坍江糧差，不勝賠累。今據勘議，將該縣改兌米等銀共一百五十九兩有奇，派入通州代納。城內民舍基地，及應辦糧差，俱改屬。縣城外沿河民居，亦令歸轄。其地糧仍屬通州，且縣治照舊，則外而倭寇，內而鹽盜，亦或賴以彈壓，相應依擬。」上是之。
八月甲戌，提督學政、巡按直隸御史房寰題：為有司玩令滋奸，法應參治；並自劾奉職無狀，乞賜罷斥，以肅風紀，以重文衡。參常熟等縣童生李時發等，被棍徒嚴范、蔡瓊台等捏造關節，局騙枉法閱卷，察出長洲知縣鄧鶴失於緝訪，所當罰治，並自乞罷斥。上命嚴提究革，仍行各處提學官盡法厘奸，毋得疏縱。乙酉，都察院題復：「長洲縣知縣鄧鶴於學院考試，不能緝訪發奸，合行罰治。」上命罰俸二月。
九月壬辰，戶部復：「應天撫、按題，蘇州府嘉定縣，僻居海徼，原不產米。往年兌運，轉於他方易買，苦於辦納。議將該縣萬曆十四年分應徵漕糧，照例盡行改折。且該縣節年改折銀兩，並無逋負，要自萬曆十四年為始，再折三年，以後再議。題請相應依擬。」從之。
十月己巳，吏部題：推舉浙江左布政使余立為總理糧儲、提督軍務兼巡撫應天等府地方。甲申，戶部復：「南直隸巡按御史李棟題稱，查勘過揚、淮等府各照被災分數，於本年夏秋存留糧內蠲免有差。其高郵等六衛所，各照被災輕重，例於本年屯糧內折征，抵放官軍月糧，如有不敷，聽撫、按通融處補。一議、興化、山陽等處拖欠漕糧銀八年、九年者，姑從寬免；一議、將被災各州、縣未完風陽等倉本折銀、米、草、麥，俱盡數蠲免，合咨南京戶部查議；一議、高郵、通州民壯銀兩，原系雜派，相應蠲免；一議、興化縣橫罹水患，較之各州縣不同，所議將臨、德二倉原備聽補災傷糧內，量撥一半，候豐年追補。其起運京邊供應正額，俱不准免。」上俱從之。
十一片己亥，兵部復：「直隸巡按李棟題稱，淮、揚等處水旱迭見於一時，閭閻哀號啼泣之狀不忍見聞。合將興化等一十三州縣，萬曆十三年以前馬價，草料銀兩，已征在官者起解，花戶拖欠者，盡行蠲免。至淮、揚、鳳所屬鹽城等十四州縣，萬曆十四年馬價已經派征，難以再減。其萬曆十五年馬價，每匹量減三兩以蘇民困。」從之。兵部復：「南京兵部尚書傅希摯等題稱，留都根本重地，城外地廣人稀，以馬軍二百名常川游巡，人馬日無休息。乞於庫貯草場銀內動支五千二百五十兩，赴江北產馬地方，揀買三百五十匹，發各營騎巡。其分班禁約事宜，悉如所議施行。」上報可。戊午，戶部復：「兩淮巡鹽御史陳遇文題稱，兩淮各場，霪雨為災，要將運司庫貯備賑，贓罰等銀共一萬七千七百四十一兩有零，於內動支，將被災灶丁及淹死男婦，各分別賑恤。其淹消廩鹽，責令各灶完補，聽商關支。相應依擬。」從之。
十二月甲戌，操江都御史滕伯輪奏江防三事：「一、議口糧。欲將附選鋒一千名，照前選鋒例每月各給銀二錢；一、議贖鍰。謂操江兵馬錢糧自裁省之後，窘束太甚，要將南京屯田、巡倉御史每年各應解銀八百兩，除量免外，乞解貯鎮江、安慶二府，以補裁革備餉之需；一、議改恤。欲將新江口額設官軍，每月行糧四斗，折銀二錢關領，無非憐恤貧軍之意。」部復：「唯口糧依擬，贖鍰另行議處，改恤行南京戶部酌議。」從之。
十五年正月戊戌，刑科給事中李國士上言：「先年，河決桃源崔鎮口與高家堰、黃鋪淺諸處，徐、邳間俱成巨浸。賴舊總河臣潘季馴創建遙堤，修閘壩，築堰口，導泛濫，東歸雲梯關入海，五六年來無水患。頃秋水橫流，河決萬家口，凡百餘丈，諸臣用力茸塞，稍得緩流，可用決排之力。若春漲，波濤洶湧，新塞之口必決，值糧運未過之日，深為可憂。非嚴飭該衙門官員，乘時修治不可。」上曰：「河渠歲修，先年漕臣題有舊例，著該衙門嚴督所屬用心，毋得怠弛。」
二月乙丑，戶部復：「應天巡撫王元敬題稱，酌加派、勘坍荒二事。議役馬、役水夫、工食鹽鈔等銀，嘉靖四年，會派蘇州府八萬七千三百有奇，松江府四萬八千五百有奇，常州府三萬一千九百有奇。至四十五年以後，蘇州府增銀十五萬五千有奇，松江府增銀八萬五百有奇，常州府增銀六萬三千一百有奇。鎮江府歷年加派，雖不入會計內，其額亦非嘉靖四年之舊。巡按鄧鍊題稱，蘇州府嘉靖十五年以前，各項雜派不過三萬五千五百兩，至四十年，通計原額外新增比舊加二十三萬八千六百兩，松江府比舊加一十一萬四千六十兩，常州府比舊加八萬一千五百兩；鎮江府比舊加四萬四千一百兩。及稱四府加減民壯、弓兵留充兵餉銀一萬三千一百四兩。蘇、松二府，急缺大紅段價及借抵織造布銀。乞行戶、工二部查議，挪借者准作正支，無處者量留贓罰。然四府原派銀一萬三千一百四兩，仍應每年派征，以充軍餉。四府協濟銀，不須動支。營兵，不必議減。其贓罰銀兩，系供邊正額，照舊解部濟邊。以後織造不敷，於工部項下錢糧議留。庶錢糧各有職司，不致挪借，免加派之擾。蘇州一府荒糧三萬四千七百餘石，近議於平米上通融加派，士民未服。所報坍荒，多有以熟作荒，減重作輕之弊。合將前項坍荒田畝，即委各州、縣正官，先令地戶開報坐落地方、畝數及四鄰立標，清出四至，掌印官同四鄰逐自查勘。如果坍荒，即與除豁。新漲成熟，盡數起科。如再相抵不足，方於平米均派，務使民情允服。不得以現在成熟之田概作坍荒。」依議行之。乙亥，戶部復：「漕運都御史楊一魁等題稱，淮、揚地方旱澇相仍，米價騰貴。乞將淮、大二衛現運蘇州府未經過淮兌運漕糧內，量留四萬石，分派缺米地方平糶。每米一石，運耗輕齎折銀七錢，共該二萬八千兩，借動贓罰等銀，折價解部，以補漕額。」上可其奏。總督漕運巡撫楊一魁奏：「淮安自新河水清閘，越城歷高堰，達清口，溯清江，出草灣，由赤晏廟以至安東，復由高嶺、馬家湖、蒯家窪、張家窪、柳浦灣、范家口、海神廟，禮字壩、遺惠莊、臨淮莊以至西橋，往回四百餘里。河勢有曲折，地形有高下，堤防有緩急。數年以來，堤潰於衝激，地易於陵谷，昏墊之後，下民其魚。待決一口，方修一口，不惟錢糧糜費無紀，而運道所關，皇陵所護，民生所系，匪細務也。今議清河上，黃河獨行，堤制無虞；清河下，黃、淮合流，水漲堤微。計今查前項工程，雖用至七萬餘兩，而淮、揚百萬生靈可免胥溺之患。其召募人夫，擇日興工，估該實用工費銀七萬一千六百九兩零，將淮安府庫貯修砌歸仁堤支剩銀料八千兩，工部事例銀二萬二千兩，盡數動支。而施為之功，一曰修高家堰，以保上流；二曰砌范家口，以防旁決；一曰疏浚草灣，以殺河勢；一曰修禮字壩，以保新城；一曰買辦物料，以杜冒破；一曰分定委官，以便責成。」有旨：「堤堰修防事宜，依議舉行。先年開浚草灣，不久淤塞，虛費錢糧，應否再加疏浚，還著漕運等官詳議定當具奏。其餘河道工程，俱要查照成規，用心保守，毋得疏虞。」己卯，戶部上言：「陝西道御史徐元題稱，蘇、松、常等府錢糧頗重，歷年負逋難完，將萬厲十三年以前舊欠錢糧，已征在官者，截數起解；拖欠在民者，盡數蠲免。不知蘇、松等俱系京、邊及本地方正供，非奉恩詔及遇重大災傷，不得議免。今查十二、十三兩年，蘇、松等府，原未報災。無故將十二、十三兩年帶徵錢糧，不分緩急，不論有災、無災，一概混免，是使畏法小民，歲歲竭輸公之誼；而法令不加之巨猾，年年得遂遷延觀望之私，將來逋負日甚矣。合將十三年以前起存帶徵錢糧，照舊督催，依期完報。其現征錢糧具要當年盡數完解，不得仍前拖欠，希望帶徵。」上曰：「各處正供錢糧，若有奸頑豪猾侵欺拖欠，希圖蠲免者，撫按官還督率所屬有司查核究比，毋使奸徒漏網，小民受累。」癸未，以蘇、松孝子王敬臣為博士。敬臣割股廬墓，孝行有聞，故有是命。乙酉，以順天府尹王用汲為南京右副都御史兼提督操江。戊子，免淮、揚等處災傷地方舊逋糧四萬二千四百九十四石，銀一萬九千五百一十二兩一分。
三月壬辰，工科給事中郭顯忠上言：「河工每當伏秋防守，水之暴漲也，不過旬日。其潰決多由堤頂漫流，其直射掃灣而決者絕少。今石砌范家口等堤，或難卒辦，不可拘限，必先就卑薄要害處，盡行加幫。且清、桃而上，河道已成，使秋漲不決，則水流愈急。水流急則刷河愈深，刷河深則海口愈闊，高、寶等處自可無虞。至原設堤淺夫約二千名，趁此劃地分工，及至伏秋，令各管河佐貳帶領原設淺夫，使自防守，亦可保無事。然沿河疲民，困苦尤甚，其施為之時，只宜召募遊民，不可僉派，以滋騷擾。」命下所司。庚戌，免南直隸興化等州、縣積逋各年分錢糧，並織造、運木、借支過銀兩，盡行蠲免。其鹽城、高郵等十四州、縣量征二分，三分。其淮安府十四年分起運工部錢糧，仍令撫按官嚴督起解，不得藉口希免。丁巳，工部復請：「蘇州水旱為災，將織造未解段匹暫行停罷，俟後年豐再議。」不允。
四月丁亥，工都奏：「黃、淮二瀆，逼近祖陵，關係甚重，是寶應以下鹽城、興化一帶海口應浚、應通，合咨漕撫、巡按衙門、管河司道議之。淮、揚水患，西南有淮、泗，西北有黃河；高、寶、江都，有西山諸湖之水以衝動漕堤，湮沒民田，已非一日。聞寶應至廣洋、射陽與高郵、江都各路，皆有入海，惟支河淤塞而不通，故湖水泛濫而無歸。為今之計，又當備查、疏通支河海口，不患其不深矣。」
五月癸巳，命應天撫、按存問原任禮部尚書陸樹聲。樹聲年逾八旬，齒德俱尊，故有是命。
六月甲申，命臨清鈔關應徵船料、商稅，自萬曆十五年七月初一日為始，逐年本折兼收。一半折色解銀太倉，其一半本色查照現年事例，除七分扣二分外，將應解錢鈔，責令經收庫役照數買完，每年分為兩次解送廣惠庫交納。凡滸墅、淮安、揚州等各關，亦照此例。
七月壬寅，禮部題復：「南京禮科給事中朱維藩奏復藥局，以救荒疫。」報可。乙巳。復除原任湖廣副使李淶以原官整飭蘇、松、常、鎮兵備。丁巳，蘇、松、常、鎮所轄諸縣，俱颶風驟雨，數月不息，洪水暴漲，漂民廬舍無算，詔各府錢糧蠲免、停折有差。戊申，鳳、陽撫、按楊一魁等各題：淮、揚府屬高郵等六州縣、富安等十五場俱被湖堤積水，淹沒田地。議建閘疏水，計估工費共用銀五萬四千七百七十兩。議將兩淮運司歲修鹽河節年積貯在庫銀一萬四千七百兩、淮安府庫原修歸仁堤節省支存銀七百七十兩，及撫、按、鹽三衙門會批不應起解贓罰、紙贖，及原准工部題留徐州採辦花石料價等項銀內，截留湊支。戶、工二部如議復奏。報可。
八月庚辰，戶部復：「南京戶部尚書王友賢題，今歲江南米價騰踴，議將各衛武職官員本年八月折布俸糧，比照先年事例，改放本色。候豐熟之年，添折一月，以補前數。」報可。
九月辛卯，兩淮巡鹽御史沈權條陳鹽法四事：「審消長，以便有司。分派年久，戶口有生耗，河道有變遷，宜行查審，量為增減，務不失原額總數。仍行儀、淮二鹽所，每年照數撥商往賣，以後年久迭為消長，不妨再為審派；一、儆虛搭，以便小灶。灶戶全靠納剩火鹽易米度日，乃商人夤緣為奸，虛報搭單，復驗影射，不行承買，遂致小灶無所聊生。要嚴禁巡司，不許虛搭，並行橋壩委官置驗訖，私記於放過船隻，逐包印記。仍令淮南自儀字六百三十七單，淮北自淮字三百三十八單為始，其的名、引名之鹽，不許分堆別垣。每堆前立一小木牌，填寫某單第幾名、的名、引名，某人鹽若干引。每堆後立一總牌辨驗。巡鹽御史每年選委廉能官員，查盤一次。以前上堆者亦如前式。臨掣之日，下堆委官驗放；一、革銀匠，以便內商。議自萬曆十五年秋季余銀為始，以原額炭、硝、工食銀分退商，聽其雇匠自傾，依期自納，每錠務足五十兩五錢。仍選殷實銀匠二名，驗看足色，解官即收，不許刁難；一、改單鹽，以便鋪商。議自十六年為始，量減引目，揚州府止派一千八百引，淮安府止派一千二百引。責之橋壩委官，淮南、淮北每單各抽鹽三百引，一年共足三千引。注簿明白，令商上堆，運司移文二府，僉報殷實鋪戶，納銀給票，運回折賣。其每引原價二兩六分三厘，鋪戶增銀一錢買之。鋪戶每斤本銀四厘，食戶增銀五毫買之。不敷仍以捉獲私鹽湊補，每斤三厘，不與單鹽同價，庶商民俱便，而賠累夾帶之弊可免矣。」戶部議復，從之。己亥，戶部復：「禮科給事中侯先春陳蘇、松、常等府白糧四事，曰定囤房、給駁船、革雜用、責歇家。」從之。
十月丙子，都察院題：「巡視下江蘇、松等處御史黃正色，祖籍嘉興守御千戶所，舊隸蘇州衛，相應迴避。因言南京御史總計一十三員，差不過四五，然巡江、倉、屯等差於南直隸備府官民俱有干涉。今後考選，比照浙江、蘇、松人不選戶部事例，凡南直人不選南道，以便差用。」上是之。甲申，以水災詔免蘇、松藥材銀及量免牲口料銀，以蘇民困。
十一月戊子，工部復：「總督漕運楊一魁題挑浚幫築事宜：一、草灣口應量挑東岸長二百六十丈，西岸長四百丈，工料銀共六千一百四十四兩六錢零；一、崔鎮、徐昇、黃家觜三壩止拆石從下另砌，量浚引水支河；一、祖陵東南護堤外，用荒石砌子堤一道，高四尺，根闊三尺，長與大堤等，工料銀三百一十七兩零；一、挑浚淮安府臨城澗四千二百丈，計工料銀四千四百四十八兩四錢；一、幫築范家口堤壩，除原估銀四千餘兩外，續用過工料等銀六千餘兩；一、包砌清河口惠濟祠前里河堤，長五十七丈，砌石高一十二層。本祠後外河堤，長五十六丈五尺，砌石高一十三層，工料等銀共二千五百九十九兩六錢四分；一、天妃壩加築平滿排釘樁木，內外用石包砌堅固，以防沖洗，各項工料共該銀一萬九千五百九兩零，俱於原題浚草灣未用銀兩動支。其拆改崔鎮等壩，並築砌天妃壩，計費不多，俱於河道歲修銀內酌量支用。」得旨：「崔鎮壩應否改拆，候差科臣到彼再議定奪，余依議行。」戊戌，戶部復：「應天巡撫佘立、蘇、松巡按荊州土題所屬積過谷數，議將知縣等官分別獎罰。」上是之，仍命升遷離任官應將任內積穀，截日稽察，不在三年總參之限，一概開豁。壬子，詔應天等府所屬被災州、縣，漕、屯、錢、糧征免、改折有差。
十二月丙辰，升大理寺左少卿張檟為應天府府尹。庚申，直隸應天等府，自五月以來，霪雨連綿，江湖泛濫，平地水深丈余，田廬沒為巨浸。七月終旬，颶風大作，漲侵滋甚，環數百里之地，一望成湖。詔被災地方錢糧停免有差。乙亥，調漕運總督楊一魁南京別衙門，以御史祝大舟劾其怠緩迂漫也。己卯，以災傷，詔蠲免徐州拖欠牲口銀，及量免揚州拖欠藥味銀五分。
十六年正月丁亥，南京陝西道御史陳奇謀上留都營政切要四事。
二月壬戌，漕撫楊一魁奏辯御史祝大舟論劾。乞敕河臣查勘徐、邳遙堤是否如舊，縷堤高堰先經沖損者，即今曾否修葺，錢糧有無乾沒，成功是否毀壞一切，不敢規避。疏下該部。
三月辛卯，南京所屬州、縣上倉米豆准改折、停徵，仍分別災傷輕重為停、折之多寡。從直隸巡按御史王藩臣請也。又淮、揚巡按御史劉懷恕奏：「淮安災甚，請各倉本折米麥、草料等歲運，在十二年以前積逋未輸者，免；十三年、十四年者，暫停追呼，十五年運解如額。其米豆積多者，亦以災傷輕重，分別改折之數。」報可。甲午，改山西副使許應逵為湖廣副使，專管蘇、松水利。特給敕書、關防。
四月甲寅朔，准截留漕糧二萬石，發淮、揚等府州平糶賑饑。從漕臣舒應龍請也。直隸巡按御史喬璧星奏：「河道衝決為患，請率舊典，復設專官，以一事權。蓋自古治河，止於除害。我國家仰給東南，歲輸四百萬石，自淮至徐，實藉河利。顧潰決淺澀之患，往往有之。永樂九年，分設部司督理，或命部院大臣往視，事已輒罷。正德四年，乃議專設憲臣，為總理河南之開封、歸德，山東之曹、濮、臨沂，北直之大名、天津，南直之淮、揚、徐、潁，咸屬節制，建牙如督撫，重河防也。然理河者不復慮漕，而理漕者亦不復慮河，則亦專設河臣之釁矣。萬曆五年，偶因兩臣意見相左，遂並河於漕，在河南、山東、北直者，以巡撫兼領之，責分而官無專督。故修浚之功，怠於無事，急於臨渴，河患日深。頃者勘科常居敬亦有專設大臣之議，非直備官，要在得人。試按嘉靖以來，河漸北徙，濟寧以下多淤，而劉天和之修復魯橋，朱衡之開通南陽，潘季馴之浚刷崔鎮，河道賴之。此專設得人之明驗也。」疏下，部復如議。上命督河再設，以老成才望者任之。庚申，工部復：「科臣常居敬條上漕河事宜：一、嚴啟閉以杜淤塞。請歲行申飭山陽、通濟等閘，三月初運畢，即為封鎖。瓜州二閘，俟蘇、浙運畢封鎖。官私船隻照舊車盤，勢豪干撓者法無赦；一、催糧運以謹河防。謂四月黃水生則河波，運先于波，則壩可築，而白糧一運，每至愆期，不得不緩壩以待之。宜督所司填注限單，務令先後漕糧次第過淮，以便修築；一、議錢糧以助河工。謂河工銀歲額三萬，而費至六七萬，每以不敷停修，貽害不小。宜核所在逋負，立限追解，無為墨吏積胥所沒，以致匱竭無措，一、稽工料以資實用，謂樁、草、繩、麻、灰、石之屬，皆河工急需。而名實不相符，上下因循，恣為奸弊，宜慎加厘飭，及修築未久旋報崩潰者，追還料價；一、重修守以謹河防。蓋治河如治邊，防水如防虜，邊臣守邊，有敘勞之效，而河臣奔走，風濤拮据之苦，視邊臣尤甚。宜於歲終分別紀錄，三年類題，果有成勞，予之優擢，則人心競勸，而河防益飭。」上依議。癸女，勘理河道科臣常居敬，會同督臣舒應龍，再上河工一十四款：「一、開建閘座，以便防守。議於古洪閘外，加鎮口閘一座，外御濁水，內蓄漕河；一、接築縷堤，以防中潰。計自茶城以下，塔山支河西岸起，至河口止，長五百丈，闊四丈，又補築舊河缺口一道，長六丈；一、議修壩埽，以防危急。王公堤累經衝決，與黃河只隔丈許，兩河夾之勢最危急。議於本堤設法增築，實土石於雁翅之內，密釘樁木於卷埽之外，並設順水壩一座，逼水北流；一、開創月河，以避衝決。謂既設順水壩以逼黃水之北流，復於運河之南開月河，以引漕水南去，則二水相隔頗遙，時加培築，可保無虞；一、築寶應西堤，以束漕流。蓋寶應湖口，運道所必經。近來浚挑徒勞，淺澀日甚，緣水勢散緩，泥沙易停。議于山陽一帶，培筑西堤，以束水勢，令無壅淤，則糧艘不阻；一、砌邵伯湖堤，以免歲修。蓋邵伯湖一淺、二淺等處，正當波濤衝激，而排樁廂板其何能御，應盡包石以捍其銳；一、浚理河身，以利長運。自淮安至儀真內河，舊三年一浚，後歲一浚之。久之且置勿浚矣。合於重運過畢，清壩工完之後，乘時挑浚，並查復淺船之制；一、酌議分地，以便責成。以梁境至首閘，屬之夏鎮主事，茶城至清口黃河，屬之中河郎中。而夏鎮及南旺兩主事並給關防、敕書，視河道郎中例，以重事權；一、移官夫，以資策應。呂梁、徐州二拱，水勢既平，洪夫稍暇，且屬流寓，隨地可安。議撥六百三十三名均派新舊五閘，余者留二洪拽運，而管河同知改住境山策應；一、設山陽長夫，以便河工。蓋山陽河夫，向皆市儈雇覓，故增減之弊滋，而逃亡莫可禁。議令諸儈入銀官雇，注名立冊，按冊撥夫，實為長便；一、寢開支河，以防善淤。蓋閘河水泉不多，難分為二，宜寢其工；一、查議故道，以省繁費。蓋閘河出口，無不與黃值。即改避而南，亦難遠害。況弱汶之流，不足以濕淤沙，故道之議，固應並寢；一、停拆三壩，以保成功。崔鎮、徐昇、季太三壩，原為泄水而設。議拆者為其高，而壩外堤岸更高於壩，是存之未礙宣洩之利，拆之反滋泛濫之虞也；一、停浚草灣，以節財用。草灣一河，闊二百餘丈，先嘗開之，以保淮城也。淮、黃之水藉以分流，而開塞靡常，無煩浚鑿。」俱如議行。
六月癸亥，升太常寺卿周繼為都察院右副都御史，巡撫應天。甲子，詔年來傳派織造段匹未解者，蘇州減半，以恤災民。從工部尚書石星之請也。己卯，應天巡撫佘立奏：湖盜平。上報聞。先是湖中之盜，三吳戒嚴，以為萑苻之警，此其最巨頗廑當事之憂，乃馬山官兵方集，一旦化為烏有，零星搜緝，僅獲數魁，用作結案。故御史彭而珩遂有抽吳淞游兵入湖防守之議，亦善後之思也。
七月丁卯，兵部覆：「應天巡撫佘立題，湖盜已平，善後應議。一、設兵船。請於吳淞游兵、巡司弓手各量撥二三百名，赴湖協守；一、守險要。請於胥口、葉港、沙塘、下埠、獨山門等處分撥兵船，相機策應；一、議設官。請改陸營把總移駐太湖，統領兵哨；一、編魚舟。請將沿湖魚船、大罟船，盡查編號，十船一甲，十甲一，各相覺察，互為聲援；一、嚴保甲。請以沿河有山處所，申明邏緝，凡有潛蹤密聚者即便擒治；一、禁越關。請於七里橋、戚墅堰、花渡橋等處，置立木柵，放農阻商，嚴行守把。」上依議。戊寅，工部尚書石星題：「淮揚一帶河道，應修應築，如總河潘季馴、勘科常居敬所議，添設鎮河閘，接築塔山縷堤、清河浦草壩，創築寶應西堤，石砌邵伯湖堤，疏浚里河淤淺，增設柳浦灣料廠，此當在淮揚興舉者也。惟地里遼遠，工程浩大，宜將郎中羅用敬等分地責成。御史不時稽察，而總河大臣仍親自查閱。工堅可久者，從實奏報；推諉誤事者，即時參處。」上是之。仍諭河工，著各照分定地方，用心管理，上緊完報，不許疏玩。
九月乙亥，升南京大理寺丞周希旦為應天府府丞。
十月甲申，工部復：「總督河道潘季馴條上河工八事：一、久任部臣。謂水性有順逆，河情有分合，地勢有險夷。如某處迎溜，作何卷築，以當其沖；某處掃灣，作何幫護，以防其泄。事在分司，宜委任南、中兩河郎中，滿三考，方與優擢，則練習久而河防自然；一、責成長令。謂理河如理家，然家務繁瑣，不妨分任，而庀材鳩工則家督主之。今瀕河州、縣長猶家督也，調集夫役，備辦物料，宜專屬之。至於巡行督率，責之行河者，而郡守亦有總理之責焉，疏虞則並坐；一、禁調官夫。謂治河有補偏救弊之法，無一勞永逸之事。禹奏平成，不數百年而祖乙之都圮，則防守弛也。故曰防河無止工。宜申飭沿河官夫，專以河為事，不得別差擅調，致誤河防；一、預定工料。謂黃河泛漲，每在伏秋，修築不預，往往為河所乘。宜於十月中旬，即行踏勘，分工備物，務令正月興築，四月報竣，後時者罰；一、立法增築。謂徐、淮之間，咫尺河流，倚遙堤一線為捍蔽，而風雨剝蝕，車馬蹂躪，日就卑薄。宜令每歲修堤，高厚俱以五寸為限。遇低薄處，隨宜加築，遍植樟柳。不如法者聽總河官參治；一、添設堤官。謂高堰、柳浦灣二堤，綿亘二百餘里，一大使往來防守，未免疏虞。宜另增柳浦灣大使一員，夫役即於高堰、南河數內撥出五百餘名屬之，以密堤防；一、加幫真土。謂淮水發源桐柏，挾七十二溪之水，經鳳、泗入海。而基運山橫截河中，涌漲時作，僅恃石堤一帶為捍禦。而石內之土，多系浮沙，一遇霖雨，輒至坍損，土既圮矣，石將安附。宜覓取真土，幫築完固，以捍洶湧；一、接築舊堤。謂清口乃淮、黃交會，而淮、黃原自不敵。然清口不至壅淤者，以王家口之堤築，全淮皆從此出，其勢足與黃敵也。自商販盜決前堤，挖渠利涉，淮勢漸分，將來清口必致淤阻。宜接築長堤，就近責清河令監守，稍有疏虞，即行參治。」命依擬行。
十七年二月壬辰，流賊劉汝國未平，責令應天巡撫周繼、提督操江王用汲等督率所屬，協力剿捕。丙午，吳淞領兵指揮使陳懋功等與流賊劉汝國戰，勝之。奪其大將軍印及濟貧王招賢纛，斬獲二百餘人。巡檢汪煥獲余孟新，哨官郎子機獲劉汝國，餘黨悉平。巡按直隸喬璧星以聞。論功行賞有差，誅汝國、孟新。
三月辛亥，以淮、揚等被災府、州、縣萬曆十六年分起運本色米，每石改折銀六錢，麥每石改折銀四錢。壬子，工部以江南數郡屢遭水旱，未完四司料銀等項銀兩，系十四、十五年者，常、鎮二府每年帶徵二分，蘇、松二府尤宜緩徵。從之。乙卯，戶部酌議：「應天撫、按及南京兵部侍郎王世貞疏言，浚導方興，水利道不能兼攝糧儲，糧儲道亦不必另設，暫令蘇、松兵備押運過江，免其過淮。」報可。
四月辛丑，復除原任廣東按察司副使薛夢雷於浙江，整飭通、泰海防。
六月乙酉，升江西布政司左布政使陳文燭為應天府府尹。升順天府府尹石應岳為南京都察院右副都御史，提督操江兼管巡江。
七月庚戌，大學士申時行等言：「近日，南京等處俱遭大旱，群情洶洶。且南京軍士驕習成風，近因放糧之時，米色稍惡，幾至激變。故今日所當亟處者，南京倉糧是已。宜敕南京戶部將現在食糧盤驗，足幾年放支，是否俱堪食用？如有不堪，作何區處預備？至各處災傷，宜俟勘到之日，復請優恤。」是日，上諭戶部：「朕聞南京地方荒旱，軍士貧苦。現在倉糧足支幾年？如有不敷，作何處補？著南京戶部會同科道查驗計議具奏。其各處災傷，候巡按御史勘到，從優議恤，務稱朝廷憫念軍民之意。」壬子，應天巡撫周繼以人言再疏求罷，不許。
八月丙子朔，戶部言：「舊例金花銀一百萬兩，坐派蘇、松、浙等處，每季分進二十五萬兩，此祖宗定例。至萬曆六年，奉旨每季加銀五萬兩作買辦應用，計每年增進銀二十萬兩，原無坐派。今巳一十二載，計銀已二百餘萬。乞念邊餉為急，錫予為緩，每季買辦銀五萬兩，暫准停止。」不允。己卯，漕運總督舒應龍等條議漕務五事：「一、渡江期限。下江、浙江原有挑河銀一萬兩，今則什不及一，以致蘇、松一帶，里河淺涸。宜每歲秋盡築壩之時，盡行疏導，使漕艘得以及期渡江；一、分任委官。原差監兌主事，難以周曆浙江，坐委府官巡行水次，下江四府，亦宜遴選府佐；一、量復徐淮倉。國初，俱民運至淮、徐、臨、德四倉，以軍船接運入京、通二倉。宣德以後，始兌撥附近衛所，名為兌運。國家兩都並建，徐、淮、臨、德實南北咽喉。今臨、德尚有歲積，而徐、淮二倉，竟無顆粒。請自今山東、河南全熟之時，漕糧、預備本色全征上倉，計臨、德已足五十餘萬者，仍舊上納二倉，亦以積至五十萬為止；一、遠船起剝。糧船赴北，向以張家灣為住泊起駁之地。至隆慶四年，議由通惠河至石、土二壩。請自今到灣，悉聽船起泊；一、災傷勘報。地方災傷，例由巡撫報巡按勘，戶部據災以議蠲折，拘守成例，未免耽延。如撫臣缺，按臣即許代報，按臣缺，別差御史即為代勘。」部議言：「臨、德二倉，因發賑一空，今查運暫住漕糧，候收足五十萬石外，摘發徐、淮二倉上納。起駁一事，固不可必欲抵壩，亦不可專待起駁，遇淤淺即駁，再駁之後，令母船隨抵壩，余各如議。」從之。
十月癸卯，督理荒政右給事中楊文舉言：「臣以九月二十八日抵淮安，據徐州道揭報災數，遂議發淮安府屬銀一萬六千五百兩，揚州府屬銀一萬六千兩，徐州並屬縣銀七千兩。總計江北饑民約七十餘萬，已經委官責領前銀，分投給散。江南諸郡，至日另行奏報。」
十八年正月戊午，兵部復：「應天巡撫周繼等奏，蘇州府城垣歲久頹壞，欲於常、鎮二府積剩海防銀內動支一萬六千八十兩，委官修理。又議巡撫標下設坐營中軍官一員，統領標兵、巡兵並蘇州一衛官軍。俱如擬行。」
五月辛丑朔，升整飭蘇、松、常、鎮兵備副使李淶為右僉都御史，巡撫應天等處。
七月庚申，以南京河渠工完，敘錄有功員役，侍郎張檟等升賞有差。仍詔以其餘銀，歲修河渠。
十九年二月乙酉，戶部復：「應天撫、按官疏稱，所屬蘇、松二府，逋糧年久難完，考成事件，備開款目，乞分別酌處。起運錢糧，有被奸頑侵費或包攬拖欠，將追完貯庫者，作速起解。侵欺者嚴限追並完報。原立考成，先行註銷，以後不許再蹈前弊。」有旨：「錢糧起解、追並等項，俱依擬改限註銷。近來各處錢糧，多有挪移別用，捏報虛數，及濫委攬解、花費、侵欺等項好弊，著嚴行禁革。再有犯者，重治不饒。」甲午，戶部題：「兩淮巡鹽御史徐圖議稱，開存積、增引價二事難行，僉宜停免。其所議加帶割沒鹽斤，淮南每引帶鹽十斤，征銀五分，共十六單；淮北海引帶鹽二十斤，征銀一錢，共八單。暫行二年另議。」詔可。
三月已亥，應天府崔一麟慣雕假印，與稅糧科書手張濟男、張文炳、文煒，假印關文，盜領官銀。又有杜一鯉偽造劄付，先後騙賣。其同夥王章，亦以詭劄付冒領衣冠。刑部審將崔一麟、杜一鯉依律論斬；王章擬戍；張文煒亦依監守自盜庫錢論斬。著各依擬處決。丁巳，升應天府尹邵仲祿為操江都御史兼管巡江。己未，升南京太僕寺卿楊廷相為應天府尹。
閏三月癸未，蘇、松、常、鎮民值疊災，去歲秋冬，復值霪雨為害，國計難充。應天撫、按官議：「先見征以足正賦，緩逋賦以足見征。自十四年至十七年，除金花銀、漕折並內府厙寺錢糧及十八年見征錢糧，一併照舊征解外，余帶徵各項，乞俱准停徵一年。」部復以松江府派剩米折等銀，已經奉文蠲免，何以復請停徵？查有無沉匿及侵欺等情弊，須查明造冊繳奏。著如議行。
四月辛酉，工部復：「禮科給事中胡汝寧議，徐州水患，乘水消之時，亟宜修培。」依議行。
五月戊寅，命御史陳唯芝勘應天巡撫李淶所參蘇州知府石昆玉擅動吳縣庫銀，事完方許交代。
六月甲午朔，以工部左侍郎陳於陛總督漕運，巡撫鳳陽。丙辰，工部尚書曾同亨復：「應天巡撫李淶議，協濟織造之費，寬假袍段解用之限。」從之。
九月戊寅，應天巡撫李淶，准回籍調理，痊日起用。己丑，以協理都察院右僉都御史宋仕任巡撫應天都御史。
十月癸巳，以浙江左布政使蔡國珍為提督操江都御史。壬寅，時，揚州風雨連日，湖、淮漲溢。江都縣北一淺邵伯淳家灣，舊堤衝決五十餘丈，高郵州南北閘等處俱被衝決。總理河道潘季馴上其事。工部都給事中楊其休劾管河通判劉汝大，州判張九思等故違節制；海防道張允濟查核疏虞；總理潘季馴俱宜同坐。部復：「海防、通判、州判等官，俱應議罰。潘季馴既屢次催督，宜速行道府上緊備築，以勵後效。」得旨：「劉汝大等各罰俸三個月，張允濟姑免究。」丙辰，工部復：「應天巡撫李淶、御史張士價奏，各府屬被災地方，如胖襖等項銀料及停徵、免徵、帶徵分數，著地方官出示曉諭。」從之。
十一月癸亥，工部題：「河道都御史潘季馴條議：一、放水淤平內地，以圖堅久。謂縷、遙二堤俱為防河善法，但宿遷以南有遙無縷，獨直河以西，地勢卑窪，歲歲患水。宜將遙堤查閱堅固，卻將縷堤相度地勢，開缺放水，沙隨水入，地隨沙高，庶消患而費可省；一、接築遙堤，以防奪河。謂黃河之勢，分則河遂奪，緩則沙遂停。宜自永賴亭以下，接築遙堤，計五百四十丈，至董家溝止。庶河無分流，而事可永賴；一、增支渠大堤，以杜淤淺。謂徐城積潦，悉由新開支河泄出，惟魁山以北王家林一段，約長十餘丈，以南倪家林一段，約長三十餘丈，宜仿支河新堤之法，築大堤一道，自無塌損之患，積水勢若建瓴矣；一、增砌石堤，以固保障。渭高家堰當湖之中段，原廂石堤，足擋風浪。其石堤南北，俱系土堤，歲修無已。議照中段，一概砌石。徐州道與河南分司各管砌石，以二十一年為始，應用錢糧，俱於歲修銀內剖處，八年之內准可通完矣；一、浚河避湖，以利漕渠。謂自夏鎮閘以南起，經李家口等處，挑開里河一道，計七十餘里，從滿家閘西築攔一壩，使汶、泗上源之水盡歸新挑河，不得泄入諸河，以致勢分力弱。又李家口設減水閘，以泄沛縣積水，仍將前議新砌湖邊石堤，移建東岸，以擋風浪。則新河既可隔絕湖水，砌石又可捍禦河堤，於運道民生，所利非淺。但工費浩大，合依所議，備行淮、揚撫、按官查勘，另行題請。」著依議行。乙丑，兵部題：「鳳陽撫、按官陳於陛等條陳事宜：一、議添兵。原隸陸路長兵，俱分布洋港要害。每年春汛，又於軍銀內量動三千兩，雇募短兵，俱守單弱隘口。出汛以七十五日為期；一、議將領。謂往年設參將、都司於揚州，以防倭夷突趨陳前等島。後獨守徐州，雖為漕運咽喉之路，卒有倭犯，安得逕達徐、泗。今議于海寇報警之時，暫移中軍都司於揚州，移徐州參將於淮安，庶官非重設而事無推諉；一、議調發。謂淮、揚五道，邊腹相連，往日倭夷入寇，嘗調五道之兵赴淮、揚以衛陵、京，蓋寇不得先淮、揚而犯五道故也。今宜咨鳳陽、河南、山東巡撫申飭各兵道，早簡練，以備調遣。」著依議行。戊寅，巡按直隸御史甘士價題：「本年五六月，蘇、松二府霖雨，水災異常，人口淹死數萬。各屬錢糧，准依改折，仍查勘被災分數，蠲停其解禮部牲料銀兩。」行光祿寺查議，回稱：「上供缺乏，難保停徵。」詔依議行。
十二月辛丑，戶部復：「巡撫應天都御史李淶奏處春汛切要事宜。一、提編兵餉。將蘇、松、常、鎮今歲冬月會計二十年分錢糧，查照現編款數，征銀貯庫。若無警報，留抵下年歲用；一、請留錢糧，提編銀兩，未能完全，要將滸墅鈔關稅銀，准留一年，再發南京帑銀八萬兩。如無警，仍舊起解；一、修葺城垣。常州修城之費，准留本部濟邊銀及救荒事例銀，湊足二千五十七兩七錢，以修城垣。」著俱依議行。壬寅，以南京右軍都督府掌印、新建伯王承勛任提督操江兼管巡江事。辛亥，工部復：「巡按御史高舉奏，江北等府被災傷重。將高郵等州、縣自萬曆十三年起至十七年止，磚料、匠價等銀，俱行蠲免；其胖襖、軍器並十八年應解工部錢糧，除已征在官者，截數起解，未完者，分三年帶徵，織造借用銀兩，照原數征完。其儀真等州縣，十七年以前各項錢糧，亦照例將已征完者，截數起解，未完者，分三年帶徵；其十八年各項銀兩，照常征解。」從之。
二十年正月戊子，總河尚書潘季馴疏稱：「去秋霪雨連綿；淮水暴漲，邵伯湖堤沖塌，磚石築砌不可久。區劃故總河事，經理則各官司之。本道按察使張允濟報升，宜俟工竣離任，毋貽後難。通判張文璧、劉汝大宜照工程督理。揚州知府吳秀、江都知縣武之望，受事方新，鳩集宜預，毋使臨期缺乏，庶可不誤河防。」工部復請。得旨，如議行。
三月壬戌，御史王明奏：「臣巡鹽兩淮，兼有河漕、地方之責。目睹淮為泗患，漕撫陳於陛欲開周家橋以疏之。使遂開則六州縣生靈為魚，四百萬漕糧俱梗，而三十六鹽場亦沼矣。宜令河臣上尋舊支而殺其勢，下瀹舊口而廣其途，勿苟且目前，貽後日害。」戶科給事中耿隨龍亦言：「泗州苦水，議疏周家橋、施家溝，以高、寶二湖為壑，將運道民業立盡。臣曾令寶應，聞見頗真。夫黃河自徐、邳直下，東折入海。淮亦東北趨會之，無所壅遏，故不病泗也。自黃奪通濟閘橫於南，淮遂不得東，因瀦泗為祖陵患。又黃之奪閘南也，寶湖受淤，淮無所泄，運道遂不可守。欲弭河患，非復通濟閘不可。」工部複議上請。上曰：「河道眾論紛持，張貞觀著先勘泗州。其餘河患，仍與地方官詣勘，務圖永利，毋徒目前塞責。仍改給勘議河道關防。」庚辰，南京兵部尚書舒應龍疏辭總河新命。上以黃河為梗，淮水積塞，著即赴任，會科臣勘議。不允辭。
四月庚寅朔，以蘇、松、常、鎮四府災，所屬應解鳳陽、淮安、滁州等倉糧，蠲免、帶徵有差。總督漕運、兵部侍郎陳於陛以御史王明論其浚河失策，具疏乞罷。工部言：「會勘河工，於陛與總河尚書舒應龍俱屬首事大臣，以國事為急，豈可因言求退負任使。宜命與鹽臣虛心共濟，無拘小嫌。」從之。
八月丁酉，勘河給事中張貞觀題：「會總河尚書舒應龍、總渭陳於陛、巡按御史高舉、彭應參、王明勘得淮、黃同趨者惟海；而淮之由河達海者惟清口。自海沙開浚無期，因而河身日高；自河流倒灌無已，因而清口日塞。以致淮水停蓄於盱泗者，上浸祖陵，下墊民社。近且浸及高、寶、興、泰，運堤亦苦衝決矣。今據司道等議：一、辟清口之沙，計費二萬有奇；一、分黃河之流，計費三十四萬有奇。清口有大挑之工，又議常設之役，使不復淤也。分黃於淮之上流，先殺其勢也。上流必於清河上十里，去口不遠，不致為運道梗，即少梗而力易圖也。分於上，複合於下，沖海之力專也。合必於草灣之下，恐其復沖正河，為淮城患也。鮑家口、王家營必塞煮，二決橫衝新河，恐散溢無歸也。兩岸俱堤，以地勢東北下，恐潰決，則清、沭、海、安之民，不得即業也。是役也，費固煩而效亦廣。若海口淤塞，欲求濟治之策，即潮汐莫窺其涯，況可施畚鍤哉！惟全淮合黃東下，或河身滌而漸深，海口刷而漸闊，亦事理所可必者。」工部複議：「勘臣籌劃鑿鑿，其工費通計三十六萬七千有奇。議支兩淮余鹽，兗州、東昌河道銀，南京蘆課等銀，不足則撫、按設處。本月興工，限明年六月報完。」命如議行。
九月丙子，應天巡撫劉應麒題：「所屬四營選得沙船、唬船六十隻，捕、柁等工九百五十名，長槍一萬一千枝，委把總陳天澤等管押，計日至天津聽用。」疏下兵部。南京戶科給事中顏文選奏：「南京築城浦口之議，人情洶洶。夫北京議築四城為鞏固皇圖討，且惜費暫停。乃浦口拂人情，糜國用，建一不足恃之空城，不知所解矣！」因力陳不可者八。章下所司。
萬曆二十一年正月丁卯，命大理寺左卿張養蒙為南京都察院右僉都御史，提督操江。己卯，禮部復：「南直隸巡按曹楷以淮揚等府災，請蠲十八、十九年以前藥材、豬羊銀兩，或難俯從，乞允停徵，以昭優惠。」報可。
二月乙未，兵部題：「驛遞冒濫，宜痛加責成。務擇廉能委官，掛號長單，務查的數。交界處所，嚴加查核，以杜過客枉道及承舍欺詐之弊。其江、浙二省額派協濟徐州所屬東岸、桃山、利國、石山四驛馬價銀四千五百餘兩，行江、浙、淮、揚各撫按會議，將徐州起解錢糧查派四千五百餘兩於江、浙，而以江、浙原給徐州所屬馬價，更派徐州。與夫隔遠地方，應否添站，一併會議具奏。」報可。工部復：「今日河道之患，皆起於河身高。故自魚、沛至徐、邳一帶，泛漫淹溺，大為可虞。甚且淮流梗塞，瀰及祖陵。致廑聖明隱憂，特差給事中張貞觀會議查勘。今本官報命，內議開歸、徐一帶達小河口，以救徐、邳之溢；議導濁河入小浮橋故道，以紓鎮口之患。事經閱歷，聞見必真。又議引沁一節，其部利害，鑿鑿可據。合行河臣會集地方司道等官，逐一從長計議。要見鎮口之壅，作何宣洩？徐、邳之溢，作何消導？小河、濁河兩議利害，事體孰為緩急，錢糧孰為繁省，或應與前項腰鋪工役一併舉行，或應於支河三議之中求一長策。至其引沁之策，事出創議，更宜詳慎，如利多害少，務在必行；或有患無功，毋得輕動。」
三月丙寅，升刑科都給事中曲遷喬為浙江右參政、淮揚海道。
四月甲辰，戶部題復：「戶科都給事中王德完題，金花、漕折皆屬御用，軍需最為吃緊。先是，應天巡撫劉應麒因見勢豪逋負過多，肩任勞怨，請旨查理。遂致無端流謗，解組而歸。今合行查鄉官凌雲翼，倚勢蔑法，積拖正賦二千餘兩，有無補納？其各處如凌雲翼負欠者幾人？俱要從實參奏。仍諭新任巡撫朱鴻謨，遵照前旨催征，毋得畏徇延緩。」上是之。
七月辛未，南京兵部尚書衷貞吉題：「京口當運道咽喉，頃倭報旁午，科臣、台臣建議復設總兵。先年，鹽徒秦蕃、王艮之亂，添設鎮江總兵，事平裁革。續因倭寇入犯，議設江南副總兵，駐紮吳淞，居中調度，金山、京口俱在所轄。若京口復添總兵，一柄兩操不便。今巡撫都御史朱鴻謨、都御史操江張養蒙等酌議，省總兵，添兵道，每當春汛即調備倭都督統率水陸兵赴守鎮江，似為得策。合無除平時將陸兵駐守留都江岸要區，水兵分防江關緊要外，每歲春汛，備倭都督統率陸兵三千，前往鎮江京口防汛。一應官兵廩費行糧支給，既無本項公帑，加派必至擾民。應行該巡撫查議處給，或將解京銀兩量留支用，候汛畢，官兵即行撤回，庶京口、留都各保無虞矣。」下所司議。
八月乙未，大學士王錫爵等題：「昨該文書官口傳催征蘇、杭織造、錢糧之旨。臣等謹按，江南財賦甲於天下。相傳國初太祖高皇帝，憤百姓為張士誠固守，抗拒天兵，賊平之日，遂將富民租簿定為糧額。累朝二百年來，頭緒轉多，如王府糧、練兵銀之類，但有加增，並無寬減。連年雖因水旱頻仍，每年蠲緩之令，而蠲租止於存留，已屬虛名，緩徵並於別年，反滋擾累。此小民之所以貧苦無聊而嗷嗷思亂也。然外亂不生，則內亂或可潛弭。江北稍熟，則江南尚可息肩。今狡倭窺境，剝膚將及，以至沿海地方，無地不增兵，無兵不增餉，其勢不得不取足於民。而徐、揚間方數千里滔天大水，廬舍禾稼，蕩然無遺，其勢又不得不取償於江南。如此一息之關性命，其危且急何如者。若不及今將養，有如外寇內盜乘間交發，其巨萬供億更將於何取之。大抵方今國患在於民窮，民窮由於財盡。其始也，有司猶可行箠楚之威於小民，巡撫猶可行參罰之令於有司。今民至困而箠楚無所加，則有司窮；有司窮而奉行不能前，則撫按窮。至於撫按窮而詔令有格而不行，則部院亦窮矣。然漕糧、金花之類，原繫緊要上供，不可以窮為辭。至於蘇、杭之織造，江西之磁器，雲南之取金，在皇上省之。今春，臣錫爵之母北來，親見道上累累賣男女之民，有索銀五七分棄子去者。臣母為之痛苦，稍施錢周之。近京之民如此，則遠京之民可知；賦輕之地如此，則賦重之地可知。」言甚切摯。不報。甲辰，戶部復：「江北水患，截留備倭漕糧二十萬石賑散災黎。」上以要地重災，依擬作速賑濟。仍責有司、掌印官，各要親自巡行阡陌，酌量給散。務使民被實惠，毋得委用非人，虛文塞責。事完分別功罪，具奏。乙巳，戶部題：「蘇、松等四府疊罹災危，議將金花除現年征完及十一、十二、十三等年停徵外，其十四、十五、十六、十七、十八、十九，六年未完，限每年帶徵一年；未完漕折，亦每年帶徵一年。」上曰：「應停徵年份，該巡撫明白揭示，毋容吏書影射混征，有辜朝廷寬恤災民之意。其餘依擬。」
九月癸丑，戶部復：「淮、揚水災特甚，除京運錢糧照舊征納，其餘照各州、縣被災輕重，分別蠲賑。」從之。
十月丙戌，武進、江陰等縣大冰雹，損五穀。
十一月癸酉，擢雲南左布政使張孫繩為應天府府尹。