江蘇省通志稿大事志 · 第三十五卷明萬曆（一）
神宗萬曆元年壬子朔，尹台復為南京禮部尚書。庚申，吏部都給事中陳三謨，劾原任蘇松兵備副使蔡國熙奸邪險詐，且言其假道學以欺世，自知大察難免，託疾求歸，不當聽其致仕，竟不加顯斥。國熙遂革職聽勘。丙寅，升湖廣左參議舒應龍為山東副使，整飭徐州等處兵備。差廣東道御史張更化巡按淮、揚。
三月壬午，升大名府知府王叔杲為湖廣副使，整飭蘇、松、常、鎮兵備。乙未，差廣西道御史王琢玉督理兩淮鹽課。辛丑，豁免應天高淳縣邊湖淹田存留米八百六十餘石，仍令查各府豪占江湖洲盪及新漲田畝，清理起科，以補前額。壬寅，河道侍郎萬恭奏：「江南糧運開幫，期於歲十二月。在江楚長江大河則可，至若吳、浙之舟，阻於京口閘，必待季春開閘，方可開幫。今年早運，實由諸臣挑浚京口所致。顧事必專管而後善，計必遠慮而後成。江南河道水利，原設都水司郎中一員，後革郎中，令兵備道帶管。權阻於遙制，力分於他務，三江運道，遂至湮滯。今宜比照惠通、北河、南河事例，復設郎中，駐紮鎮江。以其餘力兼治三吳水利。」工部言：「三吳水利積弊已極，非工部郎中所能任，已責成應天巡撫督理。其京口閘挑淺事務，仍舊分責於各道，而亦統領於督臣為便。」
四月乙亥，工部請建復淮南平水閘與淺船淺夫，及建天妃廟口石閘，修復境山閘。從之。儀真建平水閘二座，江都一座，高郵十座，寶應八座，山陽二座，凡二十三座，座三百金；自儀真至山陽五十一棧，棧設撈淺二小船，船七金，淺夫十名。天妃口大閘一門，除堪改廢石料，仍用二千五百金；境山舊閘五百二十金，凡費工料一萬餘金，悉聽河道便宜酌處。閘多則水易落而堤堅，浚勤則河愈深而堤厚。建天妃閘則時閉時啟而省挑浚，修境山閘則有留有接而省盤剝。既裨運道，且資民生，議發於恭而衡復行之，誠萬世之利雲。丙子，督漕御史張憲翔奏：「今歲漕運糧四百萬石，除災例准改及山東、徐州例不過淮洪，並留常盈倉外，實該過洪糧三百一十萬一千九百五石一斗，共船八千五百二十六隻，以正月九日至四月十日，悉數過洪，糧既全運且無閏。較之上年過洪尤早，因歸功河漕諸臣焉。
五月庚子，差貴州道御史許大亨巡按蘇、松、常、鎮四府。
六月壬戌，差監察御史鄭國仕等巡按應天等處。丙寅，改鑄蘇、松兵備道關防，兼管河道。壬辰，以淮安水災異常，髮長盈倉米六萬石賑之。丙子，兵科給事中趙思誠奏請清查河道錢糧，雇徐、淮貧民修挑海口。旨下該部。戊寅，裁革淮、揚、徐州等處十一遞運所，從巡撫王宗沐議也。
七月辛巳，工部復：「給事中趙思誠疏言，黃河挾百川萬壑之勢，益以伏秋潢潦之水，拔木揚沙，排山倒海，所向無堅不瑕，所賴以容納者在海，而輸泄之路則海口也。海口梗塞，一夕則無淮安，再夕則無清河，無桃源。運道衝決，傷天下之大計，人民昏墊，損一方之生靈，關係誠不淺小。故必疾使之泄，其害始息，必多為之委，其泄始易。淮安舊有八口，今止存其一，其委既少，則流必緩，誠宜早計亟圖。至於近年河水，未嘗加益，特因河決之後，沖刷未盡，淤墊遂積，故河身日高，堤岸日卑，日卑日增，終當奚極。宜行河道諸臣，逐一踏勘會議，具題以請。」上是之。戊戌，巡按直隸御史李學詩奏建清浦縣於唐行鎮。報可。
八月壬戌，御史朱文科巡按應天等府。
九月甲申，南京右都御史傅頤為南京戶部尚書。戊戌，兵部復：「南京兵部尚書劉體乾奏言：留都根本之地，且陵寢所在，關係尤重。原額軍不下九萬餘名，馬五千一百餘匹，僅足防禦。今軍止二萬二千名，馬二千九百餘匹，比之原額消耗已多。矧值閩、浙警報，壤地相接，守備單弱，實所當虞。宜如體乾等議，選各衛丁隨伍操練，照給全糧；動支貯庫草場銀兩，買馬六百匹應用。」從之。甲辰，河道侍郎萬恭奏：「今歲七月，黃河水漲。徐州黃水驟發，閱月方始歸漕，皆故老所競言未見者。因自稱調度機宜，合房村堤一百餘丈，正河千里安流。通茶城口淤一十餘里，回空千艘速出。仍開國初以來治河之法及今所探各處淺深以聞。」疏下工部。丁未，工科署給事中朱南雍參河道侍郎萬恭言：「防河甚於防邊。為河臣者，事必預報廟堂，方可據以處分；功必實圖國計，方可藉以利濟。臣備訪河務，咸謂茶城淤塞二十餘里，萬恭起夫數萬，挑浚罔效。回空糧船數千，阻泊於上河者，不下五十餘里。幸黃水旁沖小溝，恭督軍民拖泄空船從小溝出，日不能七八隻。正河仍未開通。今據恭奏謂，河通於九月十二日，距恭具疏時，才五日耳。縱神運鬼輸，焉能於五日間，盡回數十里糧船。始之失事，既屬隱蔽，今之奏詞，又屬朦朧。彌縫一時之失職，僥倖後日之成功。且不圖目前之難，而談古法之沿革，不虞上流之塞，而計下流之淺深。恭蓋曰，河道通塞，自古已然，下流俱深，一淺何害，又何莫非掩過幸功之心。夫今歲南回之空船，即明年北上之重船，使茶城一日不開，則空船一日不下。明年之運，將有欲早而不可得者。乞敕令萬恭戴罪管事，悉心河務，以贖前愆。」工部復亦罪恭。下嚴旨，切責之。
十月癸丑，升光祿寺卿路天道為應天府府尹。甲寅，設廠於瓜、儀，改造江北、南京各總淺船。
十一月壬午，河道侍郎萬恭奏：「江南運道，延袤八百餘里，每歲夏初開運，河水充溢，運道無虞。今改於年前十二月開幫，正屬各河淺滯，諸壩斷流，京口封閉之侯。挑浚工費動以數萬計，仰給導河銀，是以杯水救車火，且病農病商。派夫於丁田，則病民；借辦於鋪行，則病商；取給於協濟，則病鄰，俱屬偏枯，非久計也。查江南漕糧凡二百萬石，每石舊帶徵僱船腳米七升。近瓜州建閘，運船徑抵水次交完，此米遂蠲。宜仍每石征一升，歲折銀一萬兩，查各府河務輕重，分發守貯，名曰運河銀。凡遇漕渠挑淺、築堤、建閘、修壩、雇募夫役、買辦什物、一應工費，悉於此項內動支應用。再不干擾農商，貽累鄰境。以瓜閘所省江南之費，為江南運道通融之用，似為長便。」下工部復。行之。
十二月庚申，升廣西左布政使楊成為應天府府尹。壬戌，巡按蘇松御史李學詩薦境內人才，特疏請還胡涍。詔報：胡涍逆臣，未正國法，李學詩朦朧薦舉，且不究。再有樹黨引薦者，並胡涍一併拿來重處。
二年正月戊子，兵部復：「操江都御史董堯封奏：留都根本重地。自應天至九江延袤一千一百餘里，寇盜出沒不常。本官巡歷有期，稽查不給，將應天等府治中、同知不妨原務，責令專管江防。」從之。
二月己巳，巡撫應天張佳胤調別用。壬申，戶部復：「兩推巡鹽御史王琢玉條陳二事：一、停存積以塞壅滯之源。方今邊商開派利少而難於召納。淮商守候日久而不樂接買，故引日存積，鹽法壅滯。合自萬曆三年為始，將兩淮存積暫停十萬五千七百餘引，其邊儲應補銀五萬餘兩，合於太倉措給。至萬曆六年以後，照常開中；一、開屯積以浚壅滯之流。先年，江西、湖廣王府、勢豪人等，收積商鹽，坐索高價奉旨嚴禁，有司遂不問良善豪惡，概為禁止。致水商鹽船不得整發，儀真日漸蕭條。仍行各地方，如有鋪戶，聽其囤積，但不許勢豪梗法。」報可。乙亥，大理寺少卿宋儀望為都察院右僉都御史，巡撫應天。
三月丙戌，工部復：「河道侍郎萬恭議處河漕四事：一議疏治茶城淤淺。茶城當漕、黃之會，培築小堤，預作小河，寬止數丈，以為速水之計。其夫役取之徐州洪夏鎮督發，不必更煩經費，一議修復鏡山閘一座。鏡山舊閘，錐探至二丈五尺，杳不可尋。合相度地勢，從新創建。復自兩邊各築一堤，東抵山岡高阜，西接黃河縷水長堤。水發可閉閘以遏洪流於兩堤之外，水落可放水以沖積沙子方淤之初。待運盡之日，並力興工，毋得延遲；一議保護房村一帶堤岸。徐、邳南北兩岸新堤，束水中流，以防潰決。但河形曲直不同，急流掃灣之處，伏秋水發，不無衝決，而房村以上為甚。合應正堤一帶，大加幫築，急溜去處，創建遙堤。及責由淺以下，舊有遙堤者，一併加培高厚。但諸臣集議，欲於黃鐘集之上分水，由符離集出小河口。竊恐有並行之河，決無兩盛之理。萬一全河棄舊奔新，徑趨符離集，則鏡山上下四百三十里，將為陸地，嘉靖甲子之患可鑑也。前議亟宜停止；一議接窯子頭古堤。先年黃河北徙，溢入運河為患，接筑前堤，彼一時也。近自接連縷堤頭，通築長堤，黃水再無空隙可以北徙，前項似可省築。惟鏡山至留城一帶，東堤內束河水，外障河波，往來牽挽，自必由之。現今沖坍數多，相應加築，其碭山縣陳益口新衝決口，永禁築塞，使黃河水發，歲歲分泄，以圖永利。」如議行。己亥，刑科左給事中鄭岳奏：「國家借黃河為運道，上自茶城，下至淮安，五百餘里。乃茶城有倒淤之患，徐州有淹城之危，邳州有淤塞決口之虞，稽之歷年可考也。臣去年奉差經過淮安，正值水發之候，民居飄蕩，詢之地方父老，皆言自嘉靖四十四、五年河水大發，淮口出水之際，海沙漸淤，今則高與山等。此沙既壅，自淮而上，河流不迅，泥水愈淤，其邳州之淺、房村之決、呂梁二洪之平、茶城倒流之弊，皆由此也。今不務海口之沙，乃於徐、沛、呂梁地形高處，日築堤岸，以防水勢。桃源、宿遷而下，聽其所之，則水安得不大，而民之為魚，未有已時也！臣聞之惻然。曾見宋人李公義、王令圖曾獻浚川耙法，以圓木八尺橫於中，以鐵為齒，齒列三行，兩端有輪，以舟駕之，行淺水中，舟過則泥去。此古人已試之法，試仿而用之。能疏淮口橫沙，而去其最下之塞，則徐、淮自無淹溺之虞；能疏呂梁積淤，而得其高低之形，則茶城自無倒流之患。此固言之可采，理之必然者。」工部複議：「咨河道侍郎親詣海口，踏勘具奏。」從之。辛丑，工部復：「河道侍郎萬恭題，瓜州花園港等處，原議建閘，蓋俾江南糧運可以直達，免盤剝之費也。自隆慶六年，花園港豬市上、下閘成，迨今二載，糧艘無滯，省民間不貲之費。但上閘重建方畢，而下閘沖齧盡壞。合行河道侍郎將瓜州應改下閘及詹家洲應建中閘，作速興舉，並汊河揚子橋，亦於明年接續修建，以收全功。其江南應該協助修閘銀兩，嚴行追解濟用。」從之。
五月乙酉，兵部復：「南京兵部尚書劉體乾等題，南京錦衣等衛、所快船及江淮二衛馬船，差撥雖均，但快船掌駕取諸各衛軍余，委屬調敝；馬船水夫原有本等工食，似可通融。議將快船裁減一百五十一隻，內二十一隻徑行停止，其一百三十隻，改入江淮二衛，以准馬船。即以現在及添募水夫，撥領掌駕。其工食口糧並哨總等官廩給，悉照浦子口兵船事例處給。」從之。
六月丙午，戶部復：「南京戶部尚書傅頤等題，南京錦衣等衛所，新收軍士九千五百餘名，每年約用銀九千餘兩，米九萬餘石。今南京庫銀積貯頗多，雖增新軍，折色支用有餘。其糧米當於萬曆三年秋糧內，派浙江二萬五千石，江西四萬五千石，湖廣二萬石，徑解南京戶部交納，以備增軍之用。」報可。丁未，總督漕運、副都御史王宗沐題漕務二事：「一、定期限以圖善後。今歲漕舟，正月終已悉抵鎮江，蓋事體初復，人心競奮，然不可為常。議定以三月終盡數過淮，以一月為黃河逆溯之期，則四月終可悉過洪，不與黃水相值；一、禁軍士以戒不虞。祖宗以十二萬軍士，歲運於中原，自有深意。但群聚起爭，不免貽禍地方。凡軍船赴水次領兌，止許一旗一綱，跟同運官赴倉，其餘軍士，不許私自上岸。」乙卯，戶部復：「兩淮巡鹽御史王琢玉會同撫按官王宗沐等題，淮北堆鹽地方低洼，每被淮水淹消，損商啟弊。今議築堡圍護，合用工價銀一萬一千四百四十八兩零，應於淮字各單每引帶鹽二十斤，納銀一錢，充為工費。」從之。壬戌，兵部復：「巡撫應天都御史宋儀望題，修理句容縣舊設巡撫衙門，為巡撫駐紮。春、夏巡歷蘇、松等府，以防海汛；秋、冬巡歷徽、寧等府，以肅地方。」從之。南京刑部尚書戴才改南京兵部尚書，參贊機務。庚午，陝西左布政使侯東萊為應天府府尹。起原南京工部尚書林雲同為南京刑部尚書。
七月癸酉，戶部復：「南京戶部尚書傅頤題，南京二總運軍行糧，改於水次兌給，誠為二便。但其數多寡，該部無從稽考。至耗米、席、驢、腳等項，但系正額正米，既兌給軍旗，前項俱無下落，虧損甚多。合行漕司每年給發全單，先期咨報該部查處。耗米等項，除給軍外，其餘解南京，並行查以前混支米扣、米銀及松江府以麥銀徑作行糧、華亭縣以南糧擅放外衛官軍，俱聽該部查複議處。」報可。丁亥，南京工部尚書劉光濟改南京吏部尚書。癸巳，吏部聽選歲貢生許汝愚上言：「東南運道，水勢之澀、莫甚於丹陽；地勢之高，莫甚於夾港。國初於此置為閘者四：曰京口，曰丹徒，二閘居上，以防三江之易涸；曰呂城，曰奔牛，二閘居下，以防五湖之易泄。自丹陽起，至鎮江蓄為湖者三：曰練湖，曰焦於，曰杜墅，以濟漕河之用，遂免海運之艱。而於四月交兌，五月過淮，維時雨澤大降，江潮盛行，不假湖水亦足以濟。歲久，延襲居民，侵為田畝。焦、杜二湖，俱為旱麓，僅存練湖，猶有侵者，而四閘俱空設矣。今改為十月臨倉，雨澤既少，江水枯落，不免剝淺膠澀，才數十里之區，有閱三四月而不得盡達於江者。雖添設攢運，枉費推挽，而開河之議起矣。夫夾港兩岸，高者數十丈，而河僅闊數丈許，下之開鑿愈深，則上之塌坍愈速。頻冬役民以浚之，春來淤塞如故。年年興此大役，民何以堪。為今之計，莫若修三湖之故址，就四閘之完基，蓄泄以時。下修呂城、奔牛二閘，以待糧運之入，上修京口、丹徒，以待糧運之出。況乎上流既溢，則奔牛而下，又何不通之患哉。破此說者，必以淹沒民田為辭，不知前此占湖為田，今仍舊修葺，非廢田以為湖也。即欲補此數頃之田，則沿江一帶新漲常稔洲田，無慮千頃。民方爭佃，構訟不息，且其皆隸于丹徒，以此相易，不亦可乎？年年官司欲興水利，輒為豪富破害，遂以湖淺河長為解。試並修三湖，而于丹陽水關下板，則河如此其長，湖亦如此其闊，寧有不足之理！此皆上下習見而緘口不言，則利害之心惕之也。」工部復，行彼處撫按踏勘具奏。從之。
八月甲辰，戶部復：「總督漕運都御史王宗沐奏請事件：一、禁軍士以戒不虞；一、復軍船以蘇疲睏；一、折腳米以濟修船，俱如原議。其定期限以圖善後議，以三月過淮者，仍限二月。」乙巳，汪宗伊為應天府府尹。丙辰，以盜劫蕪湖縣庫，查處地方失事官員。奉旨：操江都御史董堯封降一級，調外任；巡撫都御史宋儀望，到任未久，著戴罪立限捕賊；各巡按、巡江御史，候差滿之日，都察院從公考察。
九月甲戌，豁減鎮江丹徒、丹陽、金壇三縣及常州靖江縣錢糧，以水旱災傷，從巡撫應天宋儀望請也。丙子，工部復：「工科給事中吳文佳言，茶城，黃、漕交會，數千糧艘，皆由此一線之路。如數十里之茶城一淤，即百計疏通，無救旦夕。查得先年總理河道都御史翁大立建議，欲從子詹山、梁山至馬家橋，上下約八十餘里，另開新河，置舊河於堤外。凡黃河出口之地，並不相及，而波濤可避，良為得策。但稱田梁之下，張孤山之東，內花山之西。新沖河形，南出戚家港，會於黃河，亦可通舟。因勢利導，就下為川，頗與原議稍異。宜令總理河道等官親詣茶城踏勘。」從之。
十月己未，賑恤徐、淮等處災傷，准留漕糧一十六萬餘石，銀六萬餘兩。壬戌，以原禮部尚書潘晟為南京禮部尚書。甲子，提督操江兼管巡江、永康侯徐喬松，革任閒住，並張應宿革任、朱正色等提問。以南京刑科楊節奏其蕪湖失事也。丁卯，總督漕運都御史王宗沐議：「徐、邳民俗獷猂，盜賊充斥。鹽城地濱江海，鹽徒出沒。將韓榮改為徐、邳參將，專駐徐州，往來邳、宿；丁介夫改為鹽城守備，常川操守。六、霍等處礦山，徒眾垂涎，雖有巡山官兵，漫無統紀。合將麻埠巡檢裁革，設立把總，率領兵勇，擒剿礦徒。」部議俱依議行。
十一月壬申，以保定侯梁繼璠為南京提督操江兼管巡江。壬辰，兩淮巡鹽御史王琢玉言：「查過呂、四等三十場，災傷十分、九分被災極貧灶丁七萬六千七十三丁，次貧丁六千三百三丁，已發銀二萬兩賑濟，止可濟秋冬之急。若明春青黃不濟，尤為可慮。議請於今余鹽銀內借留三萬兩，以待來春接濟。」部復，從之。
十二月辛亥，戶部題准：預開淮、浙、山東常股存積鹽一十五萬八百七十三引一百八十五斤，共銀五萬一千七十二兩四錢六分。甲寅，應天巡撫宋儀望言：該鎮兵力單弱，糧餉缺短，戰守之計，尚多疏略，條議五事：「一議更置將領。吳淞一鎮，兵船聚泊，乃水陸折衝之區。副總兵駐紮，南可以援金山之急，北可以扼長江之險。所統六路官兵，約計一千八百員名，而川沙堡、寶鎮堡及一應水操官兵，悉以隸之。金山乃三吳之外屏，劉河為蘇州之門庭，宜以參將移鎮金山，游擊移鎮劉河。至常、鎮參將，原非要害，當議裁革。仍更置守備一員，就駐楊舍，互為策應；一議處糧餉。蘇松一鎮，自倭患稍寧，客兵題革之後，又經量議增兵，以定戰守。大約每歲計該餉銀十三萬八千二百四十一兩九錢，應坐蘇、松、常、鎮四府照糧加派，一議增戍孤鎮。金山一鎮，孤懸海邊，接近浙海，為三吳外屏。今更置參將，其兵僅以千計，萬一有警，即悉城中老弱登埤以守，未充其半。欲增募客兵，則供餉難繼。宜行應天十府一州各衙門，問擬軍犯遣發該鎮，以充營伍；一議兵船器械。福倉大船，長巨高堅，破浪乘風，摧拉甚易。每船定價至四百餘兩，歲用二百三十六隻，每年打造不過三十六隻，余皆雇募民間，頗為便宜。其各船之兵，於崇、靖兩縣沿海居民，按圖挑選，尤為易集。一應軍器，若發貢佛郎機之類並火藥，俱各將官自行製造，庶乎可用；一議明事權。令把總等官，聽副總、參、游節制。參、游等官聽副總官節制，敢有抗違者，許以軍法從事。副總官比照行部事例，不時巡歷，必使體統尊嚴，事權專一。若州、縣佐二等官，品級相懸，體統攸關，在道必避，在庭必參。如敢倨傲凌肆，許即揭呈提究，庶名分不亂。」戶、兵二部各復，依議行。
閏十二月乙亥，升徽州府知府崔孔昕為兩淮鹽運使。
三年正月辛丑，揚州、鎮江府地震。癸丑，巡按直隸監察御史邵陞疏言：「蘇、松、常、鎮等府，憲臣久缺，水潦頻災，節年逋賦，難以逼追。乞於考成簿內寬限，節次完銷。」事下工部。於是工部條復：「以逋賦久近，上供緩急，分別酌量，仍立限催督，違者查參。」詔如議行。甲寅，先是巡撫鳳陽都御史王宗沐以淮、徐地方，素多奸豪，恐其嘯聚，乃令軍門捕盜郭宗撫訪求俠豪巨室，計得三百餘人，加以義勇名色，責令捕盜。約以有功，則為奏敘。其後義勇王忻等，果有緝獲。至是，宗沐為請升郭宗撫把總，王忻等各給與冠帶。兵部復疏：「以所慮為盜之人，即用以治盜，誠救荒安民，弭怨銷釁之良策。」從之。已未，議修理南京內府門殿、庫藏。議者以為累朝明禁，無容輕議，惟奉先殿享祀列聖神位，武英殿奉太祖、成祖御容，大庖廚為進供日膳之所，及諸緊要庫藏所，宜及時修葺。於是南京工部尚書劉應節上言：「南京為祖宗創業根本重地。自成祖定鼎幽燕，南京大內，遂為虛設，禁令勿修，允其自壞。先朝深意，未易窺測。然臣等之愚謂有不必修者，有必不可不修者，似未可漫無分別，一概停止。如系內外出入之防者必修，外圍皇牆、內圍禁城是也；系享祀供膳之所者必修，奉先殿、武英殿、大庖廚是也；系錢糧積貯之所者必修，承運等庫是也；系官軍駐紮、官軍宿衛之處必修，光祿寺、尚寶司、六科、監局及宿衛等房是也，系臣民觀瞻之重者必修，東安、東華等門是也。今各衙門公署已經題修二殿，大庖各庫，見有今議，而獨東安、東華等門及宿衛處所，議者未及。恐傾頹日甚，一望丘墟，非所以肅觀瞻重根本也。但錢糧詘乏，工料難辦，或俟別項倒塌，重行拆卸，移取無用，以修有用，庶為兩得耳。」疏下工部。
二月甲戌，南京兵部尚書劉體乾以浦子口城垣瀕江沖塌，議募水兵四百八十名守之，屬江、濟二衛，入冊工食與馬船水夫一例。又議減錦衣等衛快船一百三十隻，改為馬船，以現在水夫通融差撥，內有不足，量募新夫，必壯丁習舟任戰者，方許應募，春秋掣取教練。童欲藉水夫之工食，為水兵之調度，而馬船驟增，二衛苦之。又水夫向聽差撥，驟聞教練，遂生駭怨，相與圍劫千戶高隆。意議出自隆也。南京兵科王頤言其不便狀。下部複議。於是甫京兵部尚書戴才以浦口原系陸營，欲改水兵為陸，馬船第增九十隻，裁舊船水夫十八名為十六名，以所裁名數，派駕新船。尚有不足，另行招募，但聽差撥，不便操練。議上，兵部復奏：「馬船之議，業已妥確。惟水兵改陸，則彼五衛之眾皆焉往？陸則本城之操軍，隔江則操江之水軍皆焉用，而更增此四百八十人為哉？若雲已集之兵，不可復散，新改馬船夫額尚少，那彼就此可也。」上然之。辛卯，南京大理寺右寺丞雷稽古為應天府丞。戊戌，總理河道、都察院右僉都御史傅希摯上言：「治河當視其大勢，慮思務求其永圖。頃見徐、邳一帶，河身墊淤，壅決變徙之患不在今秋，則在來歲。幸而決於徐、呂之下，猶可言也。若決於蕭、碭之上，則閘河中斷，兩洪俱涸矣。幸而決於南岸猶可為也，若決於北岸，則不走張秋，必射豐、沛矣。臣日夜憂懼，悉心講求，禹之治水，順水之性耳。今以資河為漕，故強水之性以就我，雖神禹亦難底績。惟開創泇河，置黃河於度外，庶為永圖耳。泇河之議，嘗建而中止，謂有三難。而臣遣錐手、步弓、水平、畫匠人等於三難之處，逐一勘踏。起自上泉河口，開向東南，則起處低洼，下流趨高之難可避也；南經性義村東，則葛墟領高堅之難可避也，從陡溝河經郭家西之平垣，則良城侯家灣之伏石可避也。至於泇口上下，則河渠之深淺不一，湖塘之聯絡相回，間有砂礓，無礙挑挖。大較上起泉河口，水所從入也，下至大河口，水所從出也，自西北而東南，計長五百餘里，比之黃河近八十里。河渠湖塘，十之八九源頭活水，脈絡貫通，此天之所以資漕運也。昔尚書朱衡之開新河，都御史潘季馴之開邳河，權救一時，其情事忙促，工費浩大，難盡名言。今雖尚幸無梗，然相時度勢，要之不免卒有不虞，而後竭天下之財力，以通咽喉，何啻如新河、邳河情事之洶洶面巳哉！若將十年治河之費以成泇河，泇河既成，黃河無慮塑決矣，茶城無慮填淤矣，二洪無慮難險矣，運船無慮漂損矣；洋山之支河可無開，境山之閘可無建，徐口之洪夫可盡省，馬家橋之堤工可中輟。今日不貲之費，他日所省，抵尚有餘者也。故臣以為開泇河便，因列為議工費、酌工程、擬督工、請監工四款上之。」章下工、戶二部勘議。
三月丁巳，工科都給事中侯於趙疏言：「開河事體重大，宜行地方復勘。又瀕河一帶，水災頻仍，大役驟興，地方隱憂，不可不慮。」戶科都紿事中湯聘尹謂：「曩者新河之役，議用費七萬，及其成功，殆十倍焉。今日雖議百萬，而大役難料，中道難輟，恐不能無倍於初議矣。宜大集心計，博採眾思，工費約用幾何．支給出自何所，開列奏聞。必儲蓄可備六年，然後可下詔興工。」二疏俱得旨下部。部臣復請會議。上曰：「開河事理，傅希摯所奏，固已明確，但事體重大，不厭詳慎。廷臣會議，亦是虛文，甲可乙否，終難成事。命侯於趙親往會希摯及攢運按臣確議以聞。」
四月己卯，調補江西左參政嚴大紀為山東左參政，駐紮淮安，管理漕務。甲午，淮、徐等處大水，直隸巡按御史舒螯議：「以為海口淤塞，橫絕下流，故淮、揚、徐、邳諸處，頻年水害，郡邑幾廢。宜開草灣、浚洋麻港口、石諸口，以備淮黃之沖。」又欲蠲折糧、留商稅、請贓罰、發漕米，以備賑濟。總理河道都御史傅希摯謂：「高寶之間，桃花泛漲，陡齊堤岸，宜急捐徐、邳二州河道、船稅、堤夫等項銀四萬，以備修築。」於是工科給事中蕭崇業等疏：「東南咽喉重地，重罹災變。宿水未消，新澇增毒，蠲恤修築，以蘇瘡痍，是或一道也。若開草灣、浚石二策，則未可輕議。何也？泇河之役，國儲所關，必不容已。若兩役並興，弛鶩不足，顧尾失首，非計也。宜俟泇河告竣，淮、揚稍稍安業，方可徐圖耳。」戶科給事中光懋亦言之。事下戶、工二部複議。命河漕諸臣及勘洳河科臣，博訪群策，議定明白以聞。
五月庚子，先是，元年二月間，徐、淮、揚等處被水災。撫臣王宗沐、按臣舒鰲、科臣賈三近等俱先以蠲兔、賑濟為請。戶部複議：「咨行地方撫按，選委賢能官員，從公踏勘，分別輕重，以憑酌處。」又言：「淮、揚等處，蠲免、賑濟所費錢糧，總計應徵並發去者，無慮五六十萬矣。國家經費，各有正項，非專供一方也。雖急緩之勢當知，而無已之求難繼。且救荒委無奇策，求其策之善者，全賴各該有司，先之以儉靜不擾，次之以就地設法。故有富弼則青州不為災；有蘇軾則杭州不能困。若無先事之備，而徒仰給於內帑，不惟緩不及事，以天下之大，盡內帑亦不足以給矣。」奏聞。奉旨：「近來淮、揚地方，無歲不奏報災傷，無歲不蠲免、賑濟。朕奉天子民，一聞百姓饑溺，輒切切於懷，思為亟救。但朝廷設官分職，原以為民。天災流行，國家代有。若各地方官平時肯著實經理民事，加意撙節，多方設備，即有災荒，豈至束手無措。今做官者，本無實心愛民，只虛文了事。遇水旱即委責於上，動稱危言，以脅制朝廷。及至奏過一番，依舊因循不理，豈朝廷任官養民之意。所奏姑擬勘報議處。著吏部查兩府被災地方，有司官揀有操守及年力精壯者去做，貪酷害民及衰老無為者，即便奏請黜調。各處撫按官俱要督率有司省去繁文，修舉實政，多方預處水旱之備。不許但諉之氣數，沽名蠲恤，責上市恩。亦不許因此便謂朝廷諱言災異，壅敝小民疾苦，不以上聞。」
六月己巳，應天府尹汪宗伊遷，吳文華繼任。丁丑，裁揚州府駐紮儀真縣理鹽通判。壬午，改南京戶部尚書陳瓚為左都御史，提督兩廣；殷正茂為南京戶部尚書。戊子，換給徐穎海防敕書三道，增入整飭中都留守班軍事務，以班政廢弛，軍多不到者。辛卯，工科都給事中侯於趙等題會勘泇河事宜：「自泉河口至大河口，五百三十餘里。內自直河至清河三百餘里，自來河道無恙，無賴於泇斷在可矣。惟是徐、呂至直河，上下二百餘里，宜開以避二洪、邳河之害，約費可一百五十餘萬金。特良城伏石，長五百五十丈，比原勘多四百七十丈，開鑿之力，難以逆料。性義、馬陵俱限隔河流之處，二處既開，則豐、沛河決，必至灌入。宜先鑿良城石工，預修豐、沛堤防，而後前功可徐議也。」戶部亦復如科臣言。又謂正河有目前之患，而泇河非數年不成，故治河為急，開泇為緩。奉旨：「看侯於趙等所奏，與傅希摯原議大不相同，傅希摯久歷河道，當初若無的見，豈敢謾興此議。此必該道等官，畏工久羈官，故難其說，陰肆阻撓。勘官據其所言，謾爾回奏，其言先開良城伏石，徐議興工，都是搪塞了事之語，深負委託。今人平居都會說利道害，沽名任事。及至著落他實幹，便百計推諉，只圖優遊無事，捱日待轉，誰有視國如家，忠謀遠慮者。似這等人，如何靠得他成功濟事。且泇河之議，正欲遁漕，非欲棄河而不理。今他每既說治河即可以兼漕，便著他一意治河，別工不必再議。今後漕糧開兌遲誤，責在漕運；舟行梗塞，責在河道；有曠職廢事的，都拿來重處。管河司道等官，都著久任，不許升轉。吏部該科記著。」乙未，工科都給事中侯於趙等複議：「淮、揚地方頻年水災，惟在下流壅滯。宜通草灣，以分河流入海之路，開漁溝老黃河，以疏淮、揚涌激之勢；浚新洋、石諸口，以濟興鹽墊溺之危；築安東之縣堤，以為水趨該縣之備。其開浚先後，則欲先草灣、石，而後漁溝，度緩急以舒物力。」俱報可。
七月己未，國初糧運，自儀真抵淮安，謂之里河。俱分入五壩，轉盤黃河，謂之外河，不相通。後平江伯疏開清江浦河，由天妃口徑通黃河，仍設閘以司啟閉。每歲三月以後，糧運過完，即將原閘封閉，隔絕黃水，官民船盤剝如故。其後漕規廢弛，閘不能閉，而黃水灌入，河臣乃議塞天妃口，以杜黃水。創開三里新河，設通濟閘，以通淮水。其後閘廢不修，淮水不息，黃水盛大，淮亦因之，高寶湖堤，年年衝決，鹽、興等處，歲歲被災矣。至是，御史劉光國議：「以天妃閘地勢高於通濟，淮水灌濫，多子黃水。謂宜將通濟閘及福興，新莊二閘，增卑倍薄，務令高厚堅固。仍令清江廠分司專司啟閉，每五月以後，九月以前，二水盛發之候，嚴加封閉，官民船聽其自行轉盤。惟回南空船，每二日啟放一次，隨放隨閉，不許官民船越規擅進，以貽水患。」從之。
八月甲戌，工科都給事中侯於趙疏言：「高寶湖堤大壞，蘇、松水利久湮。宜專委任督理，以裨國計。巡鹽、巡撫俱難兼管，宜於南京巡江、巡倉、屯田三差，—歸併一員專理河。」工部復如議。乙亥，戶部題復事干漕務者：「一、給余米，以資回南；一、復抵壩，以守良法；一、報完兌、開幫、過洪、入閘日期，以稽遲誤；一、追積欠，以杜侵欺。惟存亡事故者，清查量免；一、責典守，以禁私貨，宜自監兌主事始；一、序挨幫，以禁挽越；一、修倉廒，以善積貯；一、改海船，以疏河道。俱載入議單，永為遵守。」奉旨：「黃河廣闊，運船取便越幫，利於速進，著照近例行。余依議。」丁丑，河決高郵、碭山及邵家口、曹家莊、韓登家等處。總理河道都御史傅希摯議以高郵決口，當亟築；碭山決口，當改築月堤。其他三口，宜留以為泄水之路。工部復：「奏議是不得已而為權宜之術耳，安能必三口之不愈決愈深，而奪正河耶？宜隨機相度，近河諸堤，有當增築以廣容納，或上流有可分殺以減水勢，皆當從長計議，無得因循。」奉旨，從之。戊子，淮、揚、鳳、徐四府州所屬大水災。戶部復：「撫按奏將本年夏季稅糧存留者，照例蠲免，系起運者暫准停徵，其三年應運漕糧，再准一年改折；各衛屯糧亦視災重輕，照例折處。其巡撫、巡按、巡鹽當年贓罰及徐州商稅銀兩，准留支，以備賑恤。」報可。
九月戊戌，先是，應天、蘇、松等府州、縣各有弓兵、民壯，前年查扣工食濟邊。至是，應天以江防增兵，蘇松以海防增兵，操江及撫按各具疏請留民壯銀餉。部復以銀出均徭，無存留之理。但江防缺餉，姑准於民壯銀內動支九千三百六十兩。蘇松近報災傷，將民壯銀內動支一萬二千六百一十二兩，余盡數解部。得旨從之。己亥，時蘇、松、常、鎮水災異常，撫按具疏，要將太倉、華亭、上海、常熟、嘉定、丹徒、丹陽七州、縣漕糧改折，並減免應徵錢糧，改折三分。從之。壬寅，提督操江都御史何寬奏：「京城內外，原設三大營，以習陸戰。又設新江口營，挑選官軍一萬五千人，駑船三百隻，以習水戰。今江營兵僅五千二百，占役過半。戰船僅四十隻，比原額甚遠。乞行南京兵部會同將本營額數中有丁者，行衛取補；改差者勒歸本營；為事者收復；老弱者選補；逃故者清勾。若一時難以復舊，請量分三營之軍，以益江營，使習水戰。」部復：「除有丁取補聽其徑行外，三營之軍應否量分江營，宜移咨南京兵部同操江會議停當具奏，以憑議復。」得旨，從之，兵部奏復：「巡按應天都御史宋儀望會同巡按御史邵升條議防倭善後事宜：一、增設游兵，以定邀擊；一、定船，以便調遣；一、聯陸兵，以防流突；一、核軍儲，以時支給；一、定舉劾，以示勸懲；一、廣資格，以需將材；一、聯浙直，以定合剿；一、復鄉甲，以固人心。」俱依擬行。內承運庫太監崔敏等奏：急缺段匹。工部議復：「行應天等處撫按官，動支無礙官銀，令有司織造九萬七千九百有奇。」南京湖廣等道御史陳堂等上疏曰：「昔人有言，天地生財，止有此數，不在官則在民，未有無礙官銀之說。無礙之說，起於貪墨之吏，搜括公帑以充之。搜括必加漁獵，漁獵必加科派，科派必加箠楚，此豈陛下所樂聞。茲者每匹估價銀一十二兩零，應天一府計一十二萬兩，則各處該銀二三十萬矣。臣謂科派無辜之百姓，不如取足逋負之頑民。查浙江、蘇州等處，拖欠應進京庫金花銀，共計一百六十餘萬兩。查各撫按贓罰銀兩，有二三年全不解部者，除二分備賑，四分濟邊，余系工部額數數。此固戶部所本無，又系工部所自出者也。至金花銀兩，以上用之歲銀，供上用之段匹，不必解部，通融織造，可無議加派矣。」奉旨：「段四以備供用，賞賜必不可缺，著照前旨，陸續解運本內。說紵絲羅每匹該價銀十二兩，其實解進的都粗糙不堪，不值原價三分之一。且不分輕重，一律重估，中間必有冒破情弊，工部看了來說。」庚申，巡撫應天都御史宋儀望奏：「鎮江一府，官民田地照畝起科，各有原額，至其瘦田、荒田、蘆地、草苗及新墾盪田，共算折實在田八千四百七十二頃九十九審二分零。凡昔時奸民巧立名色，詭避糧差者悉裁革，均為一則。」疏下戶部。南京祖陵被風雨損壞坍塌，著本處官修理。刑部右侍郎翁大立為南京工部尚書。
十月甲戌，廣西左布政使程嗣功為應天府尹。乙亥，右通政王篆為右僉都御史，提督操江。丙子，尚寶卿陸樹德為應天府丞。壬午，總理傅希摯奏．江南運河歸水利御史就近統管。部復，從之。淮安分司所屬劉莊等十場大水。壬辰，南京都察院右都御史何寬議以巡江、巡倉、屯田三差，惟倉差事稍簡。以倉並屯，委不相妨。割屯田所帶漕糧，摘付上江御史。其蘇、松水利，另給敕印御史一員，欽遵行事。工部復允。兵科給事中蕭彥上言治河。大約言：「近日諸議，俱在徐、邳以下，於上流似未之及，但以運道為急，不以淮、泗為念。宜令河道大臣帶同熟於河道司屬二三人，下沿淮安，上溯潼關，逐日相視。孰可分其流，孰可殺其勢，計劃定妥，貼圖立說，具奏施行。工部復如議。
十一月己酉，原兵部左侍郎吳桂芳總督漕運，巡撫鳳陽。
十二月乙亥，南直隸遙撫宋儀望為右副都御史，照舊巡撫地方，賞銀三十兩，紵絲三表里；副使王叔杲升一級；總理黃應甲升都督僉事；其餘將吏各賞有差。論是年四五月間黑水洋斬獲倭級功也。
四年正月乙巳，升鎮江府知府林應雷為兩浙運使。丙午，應天巡撫宋儀望官：「三吳海防，南界兩浙，北抵揚州，相去千餘里。中惟吳淞至金山三百餘里，為倭奴入犯必由之路，而寶鎮一堡，更為要衝。但置山不據，而築堡山外十里，歲僅撥兵三百戍焉。形勢既失，兵力又單，寇若據山，建瓴而下，堡非我有矣！今欲移堡依山，戍以協守，計費六千餘兩，出撫按贓贖佐之，可一年報竣；或移大兵駐防，以控要害；或出海洋搜剿，以立奇功，均便。」從之。己酉，高郵州清水潭堤口衝決。時督漕侍郎張翀以修復老堤工力浩大，數年始可成功。恐新運已臨，決口未就，且令糧船暫由圈田裡行。而御史陳功則稱：圈田淺澀，不便牽挽。外湖水面闊四十餘里，風有不顧，必至稽阻。給事中侯於趙亦以兩臣持論未決，恐致過淮後期，乞敕所司速議。並欲以淮北運道，專命河臣傅希摯一意經理，務宜時加挑浚，以圖萬全。從之。督漕侍郎張翀，以修築寶應堤工，議於江南各府、縣，並浙江、江西、湖廣每糧一石，加派一斗，折銀五分。先於余鹽銀內借用，候次年征完補解。不許。詔以漕糧腳米六升，每歲計銀三萬三千三百餘兩，及蠲免七升內，量復一升，每歲計銀一萬兩，為修築之費。又命於河道衙門轉發修河銀五萬兩。如不敷，或留漕米，或借工本鹽銀，或山東、坷南香錢例銀，及德州倉銀，並准湊用。丁巳，命漕運及河道衙門嚴督郡縣將清水潭原決堤口設法堵塞，勿得恃圈田外湖，致稽糧艘。己未，命泰寧侯陳良弼為提督操江。
二月己卯，改南京吏部劉光濟為參贊機務、兵部尚書。壬午，改南京禮部尚書潘晟為南京吏部尚書。癸未，總督漕運吳桂芳言：「淮、揚二郡，洪潦奔沖，災民號泣，所在悽然。蓋濱海汊港，歲久道湮，入海止恃雲梯一徑。至海擁黃沙，河流泥溢，而鹽、安、高、寶不復可收拾矣。國家轉運，但知急漕而不暇急民。故朝廷設官，亦主治河，而不主治海。請另設水利僉事一員，專疏海道。而以淮安管河通判，改為水利同知，令其審度地方所宜，謀求捷徑，如草灣及老黃河，皆可趨海，何必專事雲梯。並乞留後幫漕糧五萬石，及輕齎內河工銀二萬五千四百三十餘兩，以備鳩工。庶淮、河各得所歸，運道亦還其故。」下吏、戶二部議，悉如其請，並優詔答之。乙酉，命南京鑄造萬曆通寶制錢。改南京工部尚書翁大立為南京禮部尚書。戊子，升戶部左侍郎畢鏘為南京戶部尚書。
三月乙未，兩淮鹽運御史許三省以淮、揚災眚，改所屬停薪工食於儀、淮二所鹽課，每引帶鹽一斤為額。下戶部復，不允。丙午，命南京太僕寺卿何鳴起將所屬各府災傷，分別二等，如高、邳等州，縣為甚，江、儀等次之，節年所欠馬價銀兩，或暫免十分之六，以萬曆八年至十年帶徵；或暫免十分之四，以萬曆六年至八年帶徵。其應天、鎮江未報水患地方，仍每年帶徵三分之一，以萬曆四年至六年依期征解，毋得輕議蠲免，一概因循。丙辰，應天巡撫宋儀望，議留掘港守備魯邦於吳淞總鎮標下練兵。漕運侍郎吳桂芳言：「高郵西堤，乃永樂間平江伯陳瑄所建，運舸俱行湖內，波濤為患。至弘治間，侍郎白昂議開越湖，中為土堤，東為石堤，二頭建閘，名為康濟河。其中堤之西，老堤之東，約成民田數萬畝，即今所謂圈子田也。彼時未傍西堤為河，而別作越河於數里內，舳艫安流，軍民稱便。但河去老堤太遠，瞻顧不及，缺壞不修，遂至水入圈田，又成一湖。而中土堤遂潰壞，則東堤獨受數百里湖濤，故有昨歲清水潭之決，蓋勢所必至也。今若盡復白昂舊跡，策非不善，但據估銀二十三萬有奇，比之白昂所費，尚不及半。誠恐修築不堅，數年復壞，反成虛費，則不如照弘治間侍郎王恕議，就老堤為越河，只修築東、西二堤，為費既省，而隨堤牽挽，亦可隨壞隨修。高郵既完，徐及寶應。謹將切要事宜條為四議：其一曰、設處錢糧；二曰、燒采磚石；三曰、分募夫役；四曰、委官分理。」下所司議。丁巳，應天巡撫宋儀望言，增建青浦縣城，華亭、上海不得視為秦越。下部議。命河南道御史邵昇巡按淮、揚。壬戌，工科給事中戴光啟言：「臣觀吳桂芳所奏高郵築堤一事，竊探桂芳意，若曰三堤並修，一河復舊，良可垂遠。第前估工費不足應用，又不便更估。又曰必復康濟之舊，非增二十萬不濟，其意可見。夫圖大事者忘小費，佴必過為嫌憚，求目前之苟安。」下部議。
四月戊辰，先是，吳桂芳以議修高郵湖堤，為戴光啟所謫。工部議言：「事應復勘。惟是合用磚石數多，采燒、船運，非倉卒可辦。所議河南庫貯河工銀五萬兩，應即轉發。其磚石行各府、州、縣如式燒采。至興大役，應分派各府、縣撥夫，一體應役，計時省放。」得旨：「吳桂芳原任揚州湖工，事理知之必真。前已有旨，委任責成，不必又行復勘。余如議。」庚午，漕運侍郎吳桂芳言：「黃河自徐、邳而來，至清河與淮水合流，經清江浦外河，東至草灣，又折而西南，經淮安新城外河，轉入安東縣前，直至雲梯關入海。近年，雲梯關海口沙涌，水勢溯洄，河流漸淺。淮安新城外河，深不過五七尺。惟清江浦相對草灣地方，地形低下。黃河屢向衝決，欲奪安東縣後迤邐下海，以縣治攸關，屢決屢塞，致近年淮、黃交溢。去歲草灣迤東自決一口，宜於決口之西，王家山之東，開挑新閘，以迎掃灣之溜。量長五百十八丈四尺，計土十萬四千九十一方，共工銀七千二百八十餘兩，糧米二千八十一石，准銀一千二百四十兩，總約銀八千五百三十餘兩。其餘不通河及河身窄狹之處，逐段估計，通長九千七百二十三丈，計用銀六萬八千一百五十餘兩。又兩處用管工官一百九十一員，口糧銀共一百五十餘兩，又用水車四十部，共銀八十八兩，又金城至掛甲墩五港，岸勢低洼，應築束水堤岸一道，合用銀四千四百四十餘兩。應築決口十八處，約用銀五百兩，通計該銀八萬一千八百七十餘兩。查截留河土、輕齎、折色等銀及正耗糧米共銀七萬四千二百餘兩，未足九千四百餘兩，應於鹽商修河銀內支用。」工部復言：「委一垂陷之安東，以拯全淮之胥溺，漕臣言可聽。」報曰：「可。」辛未，命蘇、松、常三府白糧，俱各府管糧官督解。從部請也。辛巳，吳桂芳言：「淮、揚水患在下流海口之塞，上遊河身之高。欲浚河身，先開海口。臣前開草灣入海，慚有次第，至於河身之高不過積淤不浚，若遇桃花、伏、秋水發，可用混江龍推浚。每歲將浚過河身丈尺，年終奏報。其清河以上邳、徐等城，則責在河臣，浚否惟命。」下工部言：「疏浚兼施，抬河長策，宜令總河衙門一體推浚。」從之。丁亥，淮安府東陬山，漂流朝鮮國進貢夷使梁俊等。上命賞給衣履，押回。
七月壬寅，應天巡撫宋儀望奏：「三吳財用所出，水利最急。自嘉靖初撫臣李充嗣修治之後，未嘗大修。溝港日淤，圩埂盡廢，旱澇無備，根本之憂，莫急三吳形勝。東南自嘉秀沿海而北，水皆趨松江，循黃浦入海；西北自常、鎮沿江而東，水皆趨江陰、常熟。其中太湖瀦蓄，匯為巨浸，流注龐山、瀆墅、澱山、三泖、陽城諸湖。及開浦引湖，北經常熟七浦、白茆諸港者，入於江；東北經崑山、太倉、劉家河，東南通吳淞江、黃浦各入于海。諸水連絡，四向環護，中如仰盂，杭、嘉、常、鎮勢繞四隅，蘇州居中，松江居下，則又為各水所受。故蘇、松之利害，視四郡獨大。禹疏三江以入海，太湖之水趨下駛急，海潮不船為淤。書曰：『三江既入，震澤底定』是也。其後民利漸興，壤為田疇，疏為浦港，淤為洲盪，五穀魚鹽，茭菱蘆葦之利生焉。然地力雖辟，水勢漸分，江流漫緩，海潮內蝕，而東江湮塞，無復可考矣。吳淞江直貫太湖，徑入大海，最為要害，屢開屢塞，費用不貲。考吳淞江舊闊一百五十餘丈，今不及舊五之一。其中菱蘆叢生，漲灘涌塞，太湖停蓄，勢不能盡泄。而澱山、三泖由古浦塘入黃浦者，淤漲尤甚。華亭、上海之間，旬日不雨，河港盡涸，每遇霪滂，則田疇悉淹，害有不可勝言者。惟婁江一道，受陽城諸湖之水以入于海，即今所稱劉家河是也。舟楫往來，人力疏導，不至斷流。其他港汊，皆為平陸，田地荒棄甚多。邇來，有司將宗人府等糧銀盡派荒區，名為緩徵，實則拖負。今議者謂浚原，則必修溧陽五堰，以節宣上流初泛之勢；開孟瀆澡港，以殺導上流往北之路；疏吳江湖口，使太湖積水分注諸湖，疾趨其故道。治委則深浚其入江、入海之路，以決其就下之勢；旁通其各港支流，以盡其瀦泄之方。今湖盪之水散漫無歸，而通海之塗所在皆是。淤抄之害，已見目前。往年治水之臣皆夫動大眾，費請內帑，疏浚既起，修築繼之。言事者見久勞工作，功或垂成，輒將應設部臬諸臣盡行論罷，是以功用未數十年而利害或仍相半。今吳淞江開塞靡常，工費不貲，議者不敢任咎。湖盪或種蘆葦，或圍盪田，所占據者，非勢家則豪民也。此皆能惑亂耳目，造為浮言，一或誤投，便成鼓煽。臣見兵備王叔杲，忠勤體國，素有心計，周爰咨諏，悉計形便，審察地宜，考古證今，畫圖帖說，庶幾夾策以從，萬無一失。至於設處錢糧，稽考工程，酌量緩急，分別年歲，務使農隙無偷安之民，功興無廢業之地，亦令採集眾思以報。頃見科臣侯於趙奏請專差御史一員，理三吳水利。臣以為不若設按察司僉事一員，駐紮蘇、松，帶銜浙省，職掌一應開浚修築事宜，而總其權於巡撫。」疏下所司，部復：「罷僉事不設，仍遣御史董之。」癸卯，命南京戶部借發官軍俸糧折銀二萬一千四百兩，給南京工部鑄「萬曆通寶」金背、火漆制錢。鑄成，仍以制錢抵還。己未，應天撫按宋儀望、郭思極並參太倉州知州陳大統以參謁出，為奸犯所乘，縱火燒廊，文卷俱毀。吏部複議以請。上曰：「近方嚴禁掌印官趨謁，而大統故違，卒以失事，降雜職用。仍查提學御史有無先行禁示，並以實聞。」於是提學御史褚鐵言：「有司參謁，屢行嚴禁，大統實未到宜興，安得捏詞飾罪。」下所司。
八月乙丑，草灣河工告成。計河身長一萬一千一百四十八丈九尺，塞過大小決口二十二處，募過人夫四萬四千名，實用銀三萬九千六百六十兩，糧四萬六千一百七十二石，准銀二萬七千七百兩。以二月二十日起工，本年六月十二日報完。敘總督吳桂芳等功。壬申，蘇松兵備副使王叔呆擒獻海寇嚴大拜等，命梟之。甲戌，巡撫應天都御史宋儀望奏：「燒造高寶河堤磚價，缺銀四萬八千有奇，乞動支新河、臨德二倉麥折等銀。」工部以事關戶部，當下戶部議。戶部謂：「河工專屬工部，前奏留各項銀一十一萬五千八百六十兩有奇助工，已為破格，豈可再援格不行。」乙酉，巡按直隸御史王曉言：「兩淮鹽至儀真則解捆小包，蓋因江西、湖廣行鹽地方多山僻小縣，河路淺狹，船小包大，承載為難，勢不得不解包就船，水陸均便。今聞有解捆之禁，皆逗留觀望，莫肯承買。商既苦之，而儀真地狹差繁，小民亦以解捆覓利度日；每年解下大包名曰潮包，南京下關民用瀝灰鹵，每一包官稅銀四厘，歲得二千餘兩解部。今如停止，則措解何從；高郵等州縣糧田，常為水齧，民以織包為業，代納糧差。一旦禁不使行，手足罔措，凶荒相迫，可為隱憂。商困民窮，國課難辦。若慮夾帶，則宜酌定鹽數，每大包鹽若干，折改小包鹽應若干，登之格冊，報掣監御史，據冊驗掣，自難容奸。況私鹽之弊，多在興販之徒，商人挾千萬金重資，必不以數金小利甘犯沒官之律也。」下所司部議，如曉言。從之。丙戌，巡撫直隸御史邵陛言：「淮、徐、揚自海口沙橫，河身淤墊，桑田盡成湖泊，錢糧逋負獨多。頃開草灣河，導黃、淮赴海，雖當大潮，旋漲旋消，不復停積。數十年魚鱉之淵，幸有平土。但荒田初墾，收穫為難，乞將二府一州所屬州縣漕糧，分別改折三年。其一切起存錢糧料價，亦命停徵，於三年後帶補，以示寬恤。」下戶部復謂：「河水之患漸平，則剝膚之災自遠，豈可預為三年之請，概冀非常之恩。惟萬曆元年、二年拖欠，若果系災傷，勘實奏豁。」從之。
九月壬寅，總理河道御史傅希摯奏：「河決沛縣縷水堤二處，一長一百三十一丈二尺，一長九十五丈七尺。又豐縣決長堤二處，一長五十餘丈，一長六十餘丈。」下所司。
十月乙亥，河決豐、沛、徐等州縣，發各庫倉貯銀糧賑之。戊寅，鳳陽巡撫吳桂芳等以宿遷縣為黃水掃齧，請遷縣治，築土城以避之。前基去縣不數百步，不必移民，而儒學亦稍俟豐盈另議。戶部復言：「儒學當與縣治並興，移民當與遷縣同舉，寓賑恤於救災，胥賴此舉。」然之。辛巳，應天巡撫宋儀望遷南京大理寺卿。甲申，胡執禮為應天巡撫。
十一月辛卯，命南京廣東道御史劉應訓巡視蘇、松、常、鎮水利．丁未，戶部尚書殷正茂題：「查南京戶部隆慶二、三、四年額徵銀未完一十三萬二千六百九十九兩二錢三分；本色米豆未完二千三百四十四石五斗四升；花絨未完八千二百三十斤。隆慶五、六年全征折色銀未完七萬三千六百九十九兩九錢三分，本色米豆未完三千四百三十四石二斗八升；花絨未完一萬一千七百五十八斤；農桑絲絹未完三千六百一十七匹一丈七尺；稻草未完二百二十一束。徐州，隆慶三年起至五年止，茶葉未完二百六十二斤；應天府，隆慶六年課鈔未完二千三十九貫五百三十九文，銅錢未完二千三百三文，鈔折銀未完一十三兩七錢一分。乞盡數蠲免。」報可。癸丑，工部言：「黃、淮交漲，衝決太多，請將天妃閘以北，行傅希摯修決浚淤；以南行吳桂芳增補堤岸，毋誤明年漕輓。」然之。
十二月丁亥，南京太僕寺卿石星，以淮、揚一帶連歲水災，民困已極，奏免節年拖欠馬價、草料、場租銀在淮安者一十一萬五千二百九十三兩七錢三分。
五年正月己酉，巡撫直隸監察御史邵陛言：「淮安等地，土廣人稀，加以水災，民半逃亡，二千里皆成灌莽，當急為勞來安定之計。」得旨：「撫按官督率營田僉事著實舉行。」
壬子，工科都給事中劉鉉等言：「季終考成，計延閣者，淮、揚巡按邵陛二十事；漕運總督、侍郎吳桂芳十三事。」命奪陛、桂芳俸各二月。乙卯，先是，應天巡撫宋儀望上所屬驛遞錢糧節省減編之數。上以其數才十分之一，與北直隸奏報不同。下兵部議。部具言額派多寡與裁省懸絕之由。得旨：「朕念小民困苦，屢旨清查驛遞，以除弊安民。乃撫按全不體朕心，背公徇私，牢不可變，今姑再行申飭，余如議。」
二月己卯，總督漕運、侍郎吳桂芳言：「高郵石堤，工將底績，宜及時開挑越河。查先年，侍郎白昂開康濟越河，去老堤太遠，河成之後，人心狃於目前越河之安，而忘老堤外捍之力。年復一年，不復省視，遂至老堤與中堤俱壞，而東堤不能獨存。今宜仿侍郎王恕之議，挨老堤十數丈，取土成河，使堤上來往共由人得照管，不致蹈前頹圮。」旨下所司。
三月辛卯，戶部復：「總督漕運吳桂芳條上屯田六議：一、定分轄。山陽、徐州、蕭、碭、豐、沛等十八州縣，宜屬淮、鳳水利；一、僉事衙門駐紮靈璧；一、請撥廬州府屬預備倉谷五萬石，以裕開墾之資；一、仿國初法，以府、州判、縣簿為治農官，專治農事。其未設農官者，即以管糧官兼之；一、召集流寓，給田開墾。無力者，官給牛種，次年還官，三年納糧，十年編役；一、荒蕪田地不必專責成富民，各從所便，聽民告認。」命如議行。癸卯，直隸巡按御史郭思極因京口漕河淺涸，條上三吳水利：「一、復練湖以永資蓄泄。蓋江南漕河北高南下，京口一帶地形高亢，河流易涸。雖奔牛、呂城建閘，啟閉蓄水。以待運船，實仰藉練湖為之源。練湖北去丹陽城百步而近，漕河縈繞其側，周圍四十餘里，仰受長山八十四汊之水，匯為巨浸。唐宋以來，築有中埂、斗門、石閘。國朝天順、成化間，屢嘗疏浚增修，夏秋戽水溉田，冬春放水濟運，故有湖水放一寸，河水漲一尺之諺。自往時守令狃於近利，令豪右告佃成田，浸失舊額。而旁湖之民，私開涵洞，網取漁利，年涸一年，今且揚塵矣。為漕河經久計，急宜清復。倘慮平民失業，使佃湖之民，轉佃於萬頃洋等處可也；一、修通孟瀆，以傍通舟楫。奔牛、呂城二閘，例如冬閉春啟，蓄水以待運船。然秋冬之交，回空運船與往來官船，必取道於此，欲恪守閘規，勢不可得。有不由閘而可以開道達江者，為武進之孟瀆河。河延袤六十餘里，外通長江，內資灌溉。自嘉靖間，防倭入寇，築壩堵塞。於是河流漸微，日就阻塞，而船不復經行矣！今計開浚約費五萬餘金，取諸漕運衙門，毋令獨累武進一縣。此河一開，即有道以通舟楫，而運閘得啟閉之宜。又引江潮以注奔牛，而運河資接濟之力。」部復，得旨：「練湖並孟瀆河，撫按督同水利官修復開浚。責令秋間完報，為來歲運漕計。占湖阻運，不行治罪，已屬寬恩，如何又議勘償。如有抗拒阻撓，及司道因循苟且者，撫按參來重處。」壬子，巡按直隸御史陳世寶條陳河道江北四事，江南二事。」一、復老黃河故道。先是，河自三義鎮歷清河縣，北出大河口，與淮水會流出海。運道自淮安天妃廟亂淮而下，十里至大河口，從三義鎮出口，向桃源大河而去，謂之老黃河。至嘉靖初年，三義鎮口淤，而黃河改趨清河縣南，與淮會合入海。自是運道不由大河，而徑詣清河縣北上。邇者，崔鎮屢決，河勢漸趨故道，若仍開三義鎮口，引河入清河縣，或令出大河口與淮流合，或從清河縣西另開一河，引淮水出河上與會合，則運道無恐，而淮、泗之水亦不為黃河所漲，民難其永紓矣；一、修寶應湖堤。補古堤以固其外，於古堤東再起一堤，以通越河，而使運舟於此經行；一、浚練湖；一、復開孟瀆河；一、增建儀真二閘。因江口去閘太遠，欲於上下江口，迤邐數十丈許，各建一閘。潮始來，預去板納之；潮初退，即下板以閉之。使出江之船，盡數入閘，以免遲滯；一、開瓜州河港塢。將屯船塢挑浚深闊，使船之先入者屯聚於內。又於壩之東開一曲港，與新閘外港相合，使船之後至續泊於內，以免金山掛江之險。」部復宜依議行。上命行之。丙辰，命御史董光裕巡督兩淮鹽課，兼理河道。
五月甲午，孟瀆河以三月初興工，至是報竣，共用銀一萬六千五十餘兩。
六月甲戌，總督潛運侍郎吳桂芳奏：「自去秋時河決崔鎮，清河一帶正河淤墊，淮口梗塞。於是淮弱河強，不能奪草灣入海之途，而全淮南徙，灌山陽、高寶之間。向來湖水不逾五尺，堤僅七尺，今堤加至一丈二尺，而水更過之。議護河堤以殺水勢。」部言：「堤雖可護，而不能必水之不漲。欲水之不漲，必俾淮有所歸而後可。宜令漕運衙門，嚴督司道，熟計其便。」報可。戊寅，淮安水利僉事黃猷吉以病乞休。上以猷吉管河甫及一年，似有詐托，令巡按御史查核以聞。己卯，隆慶間，蘇州衛鎮撫任賢以侵欺軍需，下巡按御史提問，脫逃。至是，升川沙把總。直隸巡按御史郭思極摘發其事。命奪該司郎中俸三月，余各一月。升鳳陽府同知楊化為河南僉事，駐紮淮安，專管治水，代黃猷吉。
七月戊子，兵部復奏留都飭武弭盜事宜：一、飭兵衛以護陵寢，稽出入以肅禁城；一、嚴點閘以重守衛；一、補丁壯以飭營務，額軍九萬餘，今僅二萬餘名，宜選各衛在冊余丁補足；一、增銳卒以備緩急；一、增馬軍以嚴巡警；一、勵官守以嚴稽查，嚴緝捕以杜出沒。得旨允行。己亥，先是，蘇、松、常、鎮四府原差部官監兌，後以兩浙巡鹽御史監之。至是，復以巡鹽督理不及，議仍遣部官。部復從之。蠲免淮安府屬隆慶三年以前未完馬價銀四萬二千餘兩。甲辰，兩淮巡鹽御史王曉以所薦各屬僅舉人七名，不及格，奪俸三月。丁未，巡按直隸御史林應訓條奏三吳水利，言：三吳水利莫重於蘇、松。而在蘇者，莫重於吳淞江，若吳江長橋一帶，則太湖入江之口，在松者，莫重於黃浦，若山涇港、秀州塘諸處，則淀泖入浦之路，皆不容不急圖者。議開吳淞江中段，以通入海之勢；疏吳家港、長橋，以宣出湖之源；浚山涇港諸瀆，以導達浦之路。請給錢糧，以便興事之用，清查灘占，以廣經費之助。部復允行。辛亥，應天巡撫胡執禮奏革練湖佃田。得旨：「各田畝有礙水利者，盡數查革。不許畏徇容隱，致撓公法。」
八月丙辰，以被災傷，蠲免淮、揚萬曆二年以前未完藥材、牲口、北羊等項銀兩。癸亥，河複決崔鎮。丁丑，先是，南直隸上海縣下沙場有盜三十餘人，進劫場官，殺死家屬事聞。得旨：「參政王叔呆等住俸戴罪，撫按官嚴督兵備等官整飭武備；有司有隱匿盜情及累失事者，參奏重治。」
閏八月乙酉，時河決崔鎮，沖闊水溜，勢分正道，漕河都御史傅希摯議堵築決口，束水歸漕。漕運侍郎吳桂芳欲沖刷成河，以為老黃河入海之路，持議各異。部復：「運道關係尤重且緊，崔鎮決口，聽河道衙門及時堵築，溜水歸漕。其老黃河入海之路，俟水勢稍定，會同議奏。」戊子，南京禮部右侍郎、管國子監祭酒事殷邁，以病乞休。時，邁家僮為監生茅迪吉等痛毆重傷，及堂官牌諭，仍復抗拒之，久之方解。南京科道以聞。上諭吏部：「殷邁既有疾，准致仕。近年監規頹壞已極，生徒兇惡無禮，何以風示四方；員缺以有才望、能振作者任之。」復諭禮部申飭兩京國子監，都照監規、敕諭，嚴率生徒，振興法紀；下茅迪吉等於南京都察院問擬，俱遣戍。時徐、淮河漲，宿、邳、清、桃兩岸多決，淮水為河所迫，徙而南，高寶湖堤大壞。於是工科都給事中劉鉉建議：「南河郎中不便顧理淮北，請添郎中一員於淮、徐適中處，專治淮、黃一帶河道，其徐、呂二洪主事可並一員。」上諭工部：「近來，偶以一事，輒便增官，久之不便，又議裁革，殊為輕率。添設部官及先年河、漕劃地分管之議，本欲責成，反滋推諉，並議以聞。」部復：「國家特設總督漕運大臣，則凡有關於運務皆其事也。又設總理河道大臣，則漕河自張家灣直抵瓜儀；黃河自河南、山東上源至淮安入海，皆其地也。與其劃地分管之異同，孰若漕、河各供厥職之劃一。宜各遵原奉敕書行事，惟差郎中一員，專治淮北，裁呂、梁洪主事，即令郎中管理，則無增官之費，而有得人分治之益。」從之。壬辰，禮科左給事中湯聘尹言：「京口水涸，漕輓愆期。近議開練湖矣。然可以資丹陽，不能資丹徒，議開孟瀆矣，然可以資江陰，不能資京口。蓋京口與瓜州對壘，而孟瀆去瓜州頗遙，空船可以溯流，糧艘難以涉險。則運道必出京口，宜於京口之傍，另建一閘，引江流內注，低舊閘丈許，視冬間水勢而定之准，潮長則開，縮則閉，可免涸轍之患。」章下所司。辛丑，時，山陽、高、寶淮水瀰漫，禮科左給事中湯聘尹議導淮入江，於瓜州入江之口，分流增閘，以殺其勢。已，漕運侍郎吳桂芳揭稱：「黃水向老黃河故道而去，下奔如駛，淮遂乘虛湧入清口故道，淮、揚水勢漸消。」工部復：「二議不同，奏請行勘。」上以河、淮既合，命寢其議。壬寅，先是，應天巡撫宋儀望報獲拒捕鹽徒蔡廷等十名。巡按御史王民順審錄奏報，前後矛盾。上以撫按司道官捏報掩飾，致為牴牾，奪儀望俸三月，王叔呆俸半年，民順候回道考察，下把總管懋於御史問。庚戌，御史尹良任條陳漕運事宜：一、通便道以速糧運。孟瀆河口渡江入白塔河，抵灣頭為運道捷徑。宣德七年，平江伯開通，至正統四年，都督武興復閉。今孟瀆河既開，則自河渡江入黃家港，水面雖闊，江流甚平，且由黃家港至泰興以達灣頭、高郵運河僅二百餘里，可免瓜、儀不測之患；一、開江道以泊運舟。糧船自京口乘風北渡，瞬息可達瓜閘。但金山而下，波浪洶湧，中流遇風，難免漂泊之患。鎮江城西北有甘露港，約長十餘里，夾岸洲田宜挑深闊，以便回泊。」部復：「二港可否，踏勘行之。」報可。
九月甲寅，蠲免松江、鎮江兩府萬曆元年、二年未完米折、草折、鹽鈔銀一萬七千三百餘兩。丁卯，管理河道南工部郎中施天麟言：「淮、泗之水，原從清口會黃河入海。今不下清口，而下山陽，從黃浦口入海。浦不能盡泄，淫漸及於高寶、邵伯諸湖，而湖堤盡沒，則以淮、泗水本不入湖而今入湖故也。淮、泗之入湖者，又緣清口尚未淤塞而今淤塞故也。清口之淤塞者，又緣黃河淤淀日高，淮水不得不讓河而南徙也。蓋淮水併力敵黃，勝負或亦相半。自高家堰廢壞，而清口之內傍通濟閘則又開朱家等口，引淮水內灌。於是淮、泗之力分，而黃河得以全力制其敝，此清口所以獨淤於今。下流既淤，則上游不得不決。每歲糧艘，以四五月盡運堤，以六七月淮水發之時，不能為力，水落之後，方圖堵塞。甫及春初，運事忽至，僅完堤工，於河身無與。河身不挑，則來年益高。須不惜一年糧運，不惜百萬帑藏，開挑正河，寬限責成，乃為一勞永逸。」部復：「河內疏浚，苦無良法。先臣劉天和用平底方舟，橫排河中為一層，四維拴系，以長柄鐵爬浚之。浚深數尺，移舟再浚。後數丈，復為一層，如前法，則水中與陸地施工略同。興工停運，宜行河道等衙門會議，具奏定奪。」報可。戊辰，升山東巡撫李世達為右副都御史，總理河道。丁丑，升大理寺右少卿張岳為南京右僉都御史，提督操江。辛巳，南京右僉都御史王篆條上江防事宜：「一、核軍實以充營伍。新江口營官軍，額設、添調共一萬七千有奇。查改差、逃故、取回、退回、為事及有丁未行頂補各項官軍共一萬九百餘名，止存五千六百二十餘名。宜追回改差，勾補逃故，取回者查復，退回者更換，為事者清提，有丁者查替；一、省繁差以旨軍勞。先年，京營有暗伏一差，分遣弭盜，今沿江上下，已設游、巡二兵，則暗伏官軍宜撤回操練；一、揀勁卒以任選鋒；一、議戰艦以圖實效。額設戰船四百一隻，遞減至二百九十四隻，俱已損壞，今議以一百六十隻屬操江衙門改造，余還該部，變價停造。」部議允行。
十月乙酉，先是，總理糧儲都御史胡執禮言：「江南改折之例，請每歲會計以改折三分為常。」戶部奏：「今太倉所存，僅足支六年，此時未可遽議。」上是部言。辛丑，命支兩淮運司庫銀一萬兩、稻六百六十餘石，賑兩淮各場灶丁，以水災重大故也。
十一月庚申，蘇州盜發失事，命調兵備參政王叔杲治之。丙寅，以德安知府王憑為兩淮鹽運使。甲戌，戶部復：「淮、揚、桃等州、縣水災重大，議將本年起存錢糧一概停徵，漕糧改折一半，正兌每石折七錢，改兌每石折六錢，席板耗價在內，並留贓罰銀五千兩，以備賑粟。」得旨：「小民困苦，深軫朕懷。被災州縣，准停徵、改折、賑濟，以蘇民困；其運軍行糧，亦准於徐州商稅銀內量行支給。地方官著實奉行，俾窮民得沾實惠。」
十二月己丑，先是，淮水南徙，泛濫淮、揚間。已而，漕運侍郎吳桂芳報稱草灣開通，淮水稍落。至是淤墊如故。給事中劉鉉言：「治淮以通開海口為策，宜簡方略大臣一員，會同河漕諸臣，相踏咨度，為新運計。」上令吏部推有才望，實心任事者以聞。於是吏部請以總督漕運兵部左侍郎吳桂芳為工部尚書，總理河漕。得旨：「邇來當事諸臣意見不同，動多掣肘，以致日久無功。今以此事專屬吳桂芳；經理河道都御史，暫行裁革，李世達改推別用。其選任部司，處置錢糧，俱許以便宜奏請。若明歲運道有梗，戶部查先年海運事宜聞。」癸巳，漕臣吳桂芳奏：「高郵湖土、石二堤，新開越河南北二關，及老堤加高石層，增設護堤水城各工竣事。」報聞。丁酉，改南京刑部尚書趙錦為南京禮部尚書。壬寅，諭戶、工二部：「朕念東南民力睏乏，蘇杭織造病民，前差太監孫隆查已派及在手應織者，織完回京，其未派並應措處錢糧，盡行停免。」己酉，蠲免淮、揚二府及徐州萬曆六年以前小民拖欠驛遞額編站銀，以蘇民困。辛亥，先是，揚州府城有伙盜劫財斬關而出。至是潛入南都，為邏者所獲，事聞。上以賊情重大，地方官如何隱匿不報，命兵部查看。
六年正月丁巳，兵科都給事中裴應章題：「先是，操江都御史張岳稱強盜李七等，劫掠揚州鹽商，各執鐵斧劈城門，渡江而去。該地方官疏虞罪應罰治。既奉明旨申報，乃盜發於十一月二十五日，延至初旬以聞。各盜供稱三十七人，文止開八九名數，欺隱之罪，實不容逃。至兩漕總督、直隸巡按並不參奏，相應究治。」上曰：「你既知隱匿事情，何不早行參奏。及有旨下部，乃於袷亨日論奏塞責，且不究。」下其章於所司。辛酉，起原任巡撫陝西、右副都御史陳省為南京都察院右副都御史，提督操江兼管巡江。丙寅，兵部復：「巡按御史王民順奏蘇、松、常、鎮財賦之區，而泖瀆具區，夙為盜藪，該地方官務行緝捕，以安良民。捕盜規條，如成化二十一年、嘉靖四十一年、萬曆二年各議事例，寬嚴得中。惟隆慶六年吏部所議一款。限數定罰，責成過嚴，反生規避，若不斟酌，似非弭盜安民之計，請聖裁。」上曰：「捕盜之規，照萬曆二年題准事例行，各撫按官論劾功罪，以此為準。著再行申飭，以便遵守。」庚午，戶科給事中李淶條陳治河五事：「一曰、多浚海口，以導眾水之歸。夫徐、邳而下，黃河自西而東，淮河良南而北，俱會於清河口。東南折面歷安東縣，出雲梯關以入于海，舊甚深廣。嗣以黃水泥供，黃、淮二瀆皆無所歸。故其勢不決徐、邳，而沖齧乎高寶諸堤，至高寶諸湖，浩蕩無涯。先是，沿河之西，多置塘岸，以蓄盱、泗諸處暴漲之水，故湖以東運堤無恙。乃今塘岸盡廢，而黃、淮之水又悉飛瀉於此，是以全堤盡圮。宜別勘堅實之地，以多浚其口，仍必自下而上，漸去河身之淤，盡於徐、呂二洪而後止。若淮安之南、寶應之北，計八十里，每里建平水閘一座，而高郵、邵伯各加建平水閘十座。閘下海開支河四五十處，以導上湖之水，入於堤下射陽等湖。而鹽城、興化沿海地方，皆宜查其舊地，多浚十餘口，以導射陽諸水而入于海；二曰、勤塞決口，以濟糧運。夫自徐、邳以至瓜、儀，皆為運河，而皆賴堤以蓄水。但自清口面浚至安東雲梯等地多逾一二百里。而自徐、呂至清河又不下三四百里。山陽、高寶諸湖必由多閘始泄，而採辦閘石，轉運亦難。浚導之功，旦夕未竟，其不涸漕而妨運者幾希。必多儲樁草，相度水勢，而急為之備，然後可以無患；三曰，宜以江北全力治漕河，不當以瀕河窮困州縣治漕河。臣嘗濫役寶應，見其地道重傷，而又有沖路之供應，有養馬之煩費，及觀揚州所屬，或有地稍豐收，而又無驛遞養馬之累。夫常賦之經，各有定額，誠未敢輕議。若淺夫則因時增設，且皆國事耳，可無裒益，以恤疲民；四曰、歲報錢糧，以核疏鑿之功。夫疏河浚海，建閘築堤，非百餘萬以上，則難與經費，非五年七年之久，則無以成功。總理大臣每歲終將用過錢糧，修過工程，逐一奏報。其築塞決口，必視水勢注海之機以為消息，但能勤於補塞，不妨飛挽者，即為成功。此於稽核錢糧之中，而寓考成河渠之益也；五曰、優恤夫役，以鼓勞人。夫河工之苦，胼胝狂瀾之中，跋涉淤淖之地，且地皆荒野海濱，凡饔飱等需，有費二錢不得一錢之濟者。今宜從實估勘，稍優其值，以蘇小民之苦。至應得工銀，必須委廉能官依時早結。仍察督小官，不許假以別事，剝削夫役。」章下所司。辛未，升總督漕運兼提督軍務、巡撫鳳陽等處、兵部左侍郎吳桂芳為工部尚書，兼都察院右副都御史，總理河漕，提督軍務。丙子，戶部尚書殷正茂題：「一曰、先是，徐州未設海防，而淮、揚、徐三府州、縣軍衛皆轄於徐州。今既有兵備副使，凡揚州府並所屬州、縣、衛、所，已屬專管，則徐州道不當復行兼攝，以免遙制之煩。至滁州衛屯田向來原屬潁州兵備，今徐州兵備敕內，仍復開載，不免重複。乞下部酌議，從一職掌；一曰、鹽場濱海，兵備專責海防，則運司各官法應兵備約束，敕書原自明白。近者，兩淮運使崔孔昕倡為本道不相干涉，輒行抗拒，已經題參罰俸。本部仍行移翰林院，將原開運司分守官改為運司官吏，悉聽約束，撰敕書一道給付之；一曰、安慶、徐、淮十衛。初因各道未設之故，概屬潁州兵備道管轄。嗣後因官分後，已將安、徐、淮、揚各衛，改屬徽、寧、徐州海防三道分管，則潁州道內不當復行開載。至潼關衛隸在陝西西安府境內，而軍伍屯營，考選軍政，俱在彼中，與直隸撫按原不相干。唯以零衛班軍，因附中都留守司統領，以故責赴江北掛號，不但道遠人難，亦且不便管轄。且該衛接壤河南，須附河南領班都司下統領，發營收操，庶為妥當；一曰、淮鳳墾田僉事，原銜系推、鳳兩府，部札、敕書具載。續奉奏添徐州而割去壽州等州縣，則所當巡歷者，固在近題十八州，面非初設兩府意也。相應行彼處撫按，即將前項府、州、縣境內屯田，若有荒蕪，聽與民間一體招墾。在潁州、徐州二道，仍遵原奉敕書，加章振刷，查征糧務，不得因而推避。本部仍行移翰林院，兩府二字改為等處，以便統轄。」得旨：「遠司分守官，聽海道委用，著照舊行。」戶部複議：「直隸巡按御史王民順稱，蘇、松四府，今年夏秋之間大雨連旬，潮水橫溢，高田僅可薄收，卑下顆粒無賴，重以賦繁役重，民生不堪。查該地方先荷蠲免，並經撫按會題，已征在官及借支外，臣等複議蠲免通前數一應起存摺色共計輾五十八萬六千三百三十餘兩，本色米二萬九千九百一十餘石，愛養休息，不為不至。然所議仍行帶徵者，皆系內府布匹、顏料與元年、二年拖欠，例不應遽豁者也。又四府士民俱雲，各錢糧已完。今查得現年應解者，考之額數不及十分之四。即如金花一項，額設三十六萬五千八百三十餘兩，止解一十二萬一千一十餘兩，所欠尚多。夫追征之法，必現征俱完而後及於帶徵，所征既急，則解必多。以彼四府現征者尚未能完，解納如此之少，去歲未完，則今年又系帶徵之數矣。夫既已完征，又不完解，則公私俱病，此誠何故？若士民之論不可據，則是有司於現征者，尚且遲緩，而帶徵一節，或者猶非所急也。今除金花等項無容輕議外，至於元年、二年各項本折暫准緩徵，候至八年，地方豐熟，照數帶徵解完。」上曰：「現年額徵已不完解，年復一年，積逋愈多，軍需何賴？這元年，二年所欠，姑暫免。其餘內府錢糧題准不免及現年應徵的，俱要遵前旨，上緊征解。」
二月壬午，禮科給事中齊世臣，疏論提督操江都察院右副都御史陳省不堪起用。得旨：「陳省仍著在籍聽用。」丙戌，升南京光祿寺卿胡價為南京右僉都御史，提督操江兼管巡江。丁酉，升刑部右侍郎潘季馴為都察院右都御史兼工部左侍郎，總理河漕兼提督軍務。丙午，戶部題：「黃、淮為患，總理河漕吳桂芳已於正月十八日興工築堤，數萬之夫雲集待哺，銀、糧不可一日有缺。所請南京戶、兵二部庫貯糧剩、馬價銀兩各支一萬兩，及戶部速將現年每幫漕糧奉請准留八萬石，行漕運衙門，分貯沿河各倉支用。」從之。庚戌，戶部復：「南京戶部尚書畢鏘題，江營選鋒口糧，即於簡汰游兵餉內支給，以後選鋒餉糧不足，仍以瓜州梁頭稅銀湊用。俱聽操江衙門批行。」從之。升應天府尹程嗣功為南京戶都右侍郎，總督糧儲。
三月乙卯，升南京太僕寺卿陳於陛為應天府府尹。乙丑，戶部復：「南京戶科給事中傅作舟奏，為南京百官硃票、硃封紛買貨物，以致上、江二縣鋪行買辦陪累不少。臣今擬為四款上請，俟命下之日，著各衙門施行。一、議革重紙以蘇眾行。夫重紙鋪行，原供孝陵支用包帛、國子監春秋二祭、兵仗局藥線數項，取用不多，價亦不少。後緣各衙門公用，以致賠累，攀殷實戶幫帖多至八百餘人，今盡行查革。有行者仍歸本行，無行者徑革不編；一、革去殷實以清弊源。南京殷實原無貨可居，止因鋪行消乏，攀扯幫帖。今後，務要買物當行，不得更立殷實名色，以累居民；一、定期編審南京鋪戶，五年一次，乃有奸人夤緣，率多過期，有至十五六年不審編者。今定限五年一編，徑自舉行。編完之日，題知青冊送部，庶不稽遲。其應立鋪戶，應辦物料，輕者輪流承當，重者通融應役，庶不偏累，依時給價，以免賠累。夫物輸於官，有借貸使費之煩，即給領以時，已非民間貿易之比，而況不必然哉！今後南京戶、工二部將各行應辦之料，量其多寡，少者先價後料，其多者，如合絲、紅花之類，分為數次給價。庶各行無貸支之苦，而官府亦免侵漁之弊；一、戒取索以杜貪殘。南京各行既有領價之難，搭貨之損，各物料辦齊，各監局官多立名色，以恣侵漁。今後一應進供物料，驗中即便收納。仍嚴約束庫局官員並家人等役，有仍前放肆勒取常例者，准許科道官參究。」得旨允行。丁卯，改南京禮部尚書趙錦為南京吏部尚書。起原任太僕寺少卿辛自修為應天府丞。壬申，升刑部左侍郎陶承學為南京禮部尚書．丁丑，遇撫應天、都察院右副都御史胡執禮疏稱：「三吳水利，工費浩繁，今先開蘇州府之吳淞江，吳江縣之長橋，松江府之黃浦等，請將本府原派剩未解宗人府等衙門米折銀八千兩，工部料銀一萬二千兩以充修浚之費。」從之。
五月辛酉，以高郵湖堤告成，贈恤原任工都侍郎吳桂芳如例，淮揚海防副使程學博等十員升賞有差。壬戌，改遷蕭縣治及城垣、衙宇、儒學，准留徐州解部稅銀一千四百七十九兩二錢五分二厘，其不敷銀八百九十兩二錢六分，亦於所屬收貯撫按贓罰內，動支湊用。
六月辛巳朔，巡按直隸御史林應訓題：「臣為開浚吳淞江中段，久駐崑山，乃知安亭東西等都沙土瘠薄。國初每畝僅從五升、一鬥起科，復經派以官布等項輕齎，故小民猶得存活。至嘉靖十七年於今，征三斗重額，以致貧民逃竄，田地益荒。今欲復荒田，必先開水利，欲復荒民，必先停追逋，次議減削。蓋各區地方，地廢人亡，錢糧無所出，且各區歲征，平米大約六萬有餘石，而極荒逋負，……僅折銀數十兩耳。在國家緩此不足為損，在窮民負此實不能完。臣謂宜令該縣極荒之田，未完逋負盡行停追。將來荒蕪可墾，而新賦猶可望其不廢也。至若田有上下區之分，查得嘉靖三十八年間，曾將下區每畝減耗七升八合，止科二斗二升九合二勺，共該減米一萬一千餘石。當時荒民稍稍安集，未幾而法隨壞矣。臣清查灘占田地，以資工費。即崑山一縣，已經查出塗田萬餘畝。若就中分別新舊科糧，大略可補該縣荒田減削之數。至嘉定縣東北皆上區，濱臨江海，歷年新漲塗田，亦不下數千畝，久享厚利，俱未升科，以之補荒，有何不可。臣謂宜將二縣新漲灘田，委官盡數丈量明白，定為等則，升科若干，然後將荒區之田，斟酌贓罰，庶幾糧輕而民無畏。將來荒蕪可墾，而正賦可望，其能充也。」部復如議。乙巳，總督河漕，都察院右都御史潘季馴條陳治理六事：「一曰、塞決口，以挽正河；二曰、築堤防，以杜潰決；三曰、復閘壩，以防外河；四曰、創滾水壩，以固堤岸；五曰、止浚海工程，以免糜費；六曰、寢老黃河之議，以仍利涉。」部復如議。有旨：「治河事宜，既經河漕諸臣會議停當，著他著實行各該經委分任人員。如有玩愒推諉，虛費財力者，不時拿問參治。」
七月壬子，工部復：「總河都御史潘季馴等奏，河工浩大，須多官分督。往年一逢升遷，竟自代去，以致錢糧不明，勤惰莫稽。今後凡有升調，留待工完將經手錢糧並其勤惰稽查明白，方許離任。至若分部司屬，奉有專敕，而有司視之蔑如，動有掣肘。今後除地方守巡各有專職，自行督責外，凡供事河工者，俱聽分司責成，如有玩愒不遵，該上司參奏。」有旨：「河工事重，必須委任責成，以後該管河官暫停升調，候河工完日，分別賞罰。委官賢否，但以該管河道官為主，別道不得干預。」戊午，以天氣暄熱，免南京刑部罪囚論死發遣者四人，免追贓者七人。甲子，定蘇、松、常州三府額解布每匹長三丈二尺，闊一尺八寸，重三斤四兩，如法織造，不得違式。免淮、揚、徐所屬十一州、縣本年現征夏秋起解錢糧之半。丙子，總督河漕都御史潘季馴等題稱：「寶應湖於本年六月內陡起暴風驟雨，將本堤復行衝決。蓋由河上諸臣，期以苟且了事，而但為月前之謀，憚任勞者，莫親版築之務，巧避怨者，不嚴程督之功。錢糧虛糜，而冒破之核不行，功築圮壞，而僨事之罪不加。稍有一簣之功，便移大以競賞；脫至潰決之禍，則遮護以托逃。若不因此重加究治，何以示懲。」上是其議，著河漕衙門著實參奏。丁丑，升工部左侍郎何寬為南京刑部尚書。
八月甲申，開朱輝港、鑰匙河、清江等處為糧船灣泊，其工費即於兩淮贓罰及河工銀內動支。丁亥，戶部題：「萬曆七年，兩直隸並各省漕運事宜，例應會同各衙門會議，今題巡漕都御史江一麟疏：一議補造漕船，以足裝運。南京錦衣、旗手等五總下缺淺船八百隻，要將七年以後各運輕齎內，應解河工米銀暫留二年，共計得銀五萬二千兩。再於河道原借七萬九千七百餘兩，應於南京解列糧剩、馬價補還漕庫銀內動支二萬八千兩，就於瓜、儀二處設廠打造。及稱清、衛二廠正造年例船隻中，有未造者，一併查刷督造；一議雜物則例，以定漕規。舊制不論船之新舊，一概止給年例四兩，以為桅篷雜費，價既不敷，旗甲不無賠墊之苦。今以萬曆七年為始，各衛淺船雜費，凡遇初造年份，即總給銀二十三兩六錢五分，照數買辦。以後九年，陸續給銀二十兩九錢七分湊買。俟十年改造，將原置物件，分別計算，准銀九兩六錢，貼送該廠，找給銀十四兩四錢，以為重新置辦雜物之費。其在運舊船，照例支給。候改造之年，將所存桅、篷、錨、櫓等項物件，一體查送該廠變價，添湊別置。仍將置買物件銀兩各數目，刻記在官，永為遵守。」上是其議。辛卯，大理寺少卿王世貞為應天府府尹。已亥，總河都御史潘季馴題：「徐州小浮橋以上一帶河淺。查得河南歸德府新集地方，下至徐州二百五十里，原系黃河故道，欲乘今一併開復。」已而工科給事中王道成上言：「治河而疏上流，誠為探本之論。然南挽淮流，北障河決，則其工巨矣。動眾八萬，費逾八十萬金，則其用糜矣。工費已大，事之究竟，尚有不能逆睹者，其底績則又難矣。胡乃此之未為，而又欲並開數百里之上河耶？即使諸臣不計勞逸，不避利害，竊恐國家財用終屬有限，萬一漫為而不效，將若之何？不如揆勢度理，就中權緩急而圖之，乃為計之得也。」上命下其章於所司。癸卯，先是，淮安水利道、河南僉事楊化、淮安府通判王弘化治河無狀，為總河都御史潘季馴所劾，上命錦衣衛逮系來京。至是，法司擬各照運炭贖罪例，完日復職。上以楊化、王弘化都著革職為民律，文官犯私，罪杖一百的即該罷職不敘。今後，但據所犯擬罪，送吏部擬處，毋得概擬復職，以至輕縱。丙午，戶部題復：「御史謝師啟條陳糟務：一曰、復羨餘以濟官軍；二曰、革抽稅以速漕運；三曰、改剝船以杜侵盜；四曰、處漂流以救災患；五曰、足軍糧以蘇疲總。」上報可。丁未，戶部題：「邊商朋計營求，告掣河鹽。所謂河鹽者，謂其在河徑自起掣，全不上堆也。夫兩淮行鹽地方，止有此數，而每年掣發之鹽，亦有定額。河鹽行則單鹽滯，必然之勢，不容易者。若其計一行，而河鹽復掣，每年淮鹽八單，若再河鹽一二單，江西、湖廣地方鹽價必賤。鹽價既賤，水商必不樂於承買。水商承買既少，則掣單鹽必停閣，內商余銀無從處辦，而六十萬兩之額課，大可虞矣。內商坐困，邊商引目，豈能及期分撥。是河鹽之行，不獨累及內商，必累及國課，而並及於邊商矣。」得旨：「這邊鎮鹽引，依擬改派，河鹽停止不行。」
九月己酉朔，先是，揚州府強盜入境，各巡捕官住俸提問。未幾，緝捕前賊三十七名，巡按題，各官免降。上曰：「該府拿獲甚少，功不掩罪。指揮顧名臣姑從寬免降，知府盧德燁等，以旨下之日為始，開俸管事。」己未，兵部題復：「應天撫按疏稱，蘇州府嘉定縣，七月內，強盜約八九人越城砍殺打劫，共傷官兵五人，未劫財物，越城脫逃。已而，拿獲強盜陳阿大等七名，未獲陸金二名。各官事出不意，情既可原，又未幾救援擒獲，功足贖罪，似應免究。」有旨：「兵備馮叔吉姑免究，奪百戶譚相等俸三月。各賊審決梟示，仍緝拿未獲者。」庚午，巡撫應天、都察院右副都御史胡執禮奏：「蘇州府屬崑山、嘉定二縣荒田，欲令督率有司，趁時開墾，以補荒糧。其餘逐郡逐邑，沿江沿海，荒田無限，不止崑山、嘉定為然。因三年起科之令不行，故百姓疑畏，旋開旋棄。必須揭榜通衢，招人開墾，但報四至送官，三年之外，方行起科。」部復其議，以為民領荒田之始，牛種器具甚多、甚難，計三年所獲之利，不足抵償初年所費之貲。遽令納糧，誰肯承種。合無通限種田六年，方准起科。各給印信執照，永為己業。該州縣務須實心任事，務使六年之內，荒蕪盡辟。撫按從實疏名，上請擢用，不則參劾降處。上允行之。
十月已卯，巡按直隸御史林應訓奏三吳水利：「三江入海，而吳淞江中段，自屈家墳以達艾祁，自千墩浦以達漫水港，則入海之中道也。今河浦皆通，而中段獨塞，此其為害，豈曰細故。蓋緣在上者，以無關於運道，而每以時詘為解；在下者，慮輕用其財力，而每以浮議中格。淤塞之患，蓋數十年於茲矣。一旦官民同心，人力畢舉，以三十餘里一線之濁流，而闢為一十餘丈一帶之巨浸，初議三萬五千六百有奇之夫役，用之四旬，而今也，三旬而舉之；初議四萬五千七百有奇之工價，猶恐不足，而今也，二萬四千九百有奇而成之。且役之興也，當春夏清和之候，適小民青黃不接之時，授民以值，而農有所濟，募民之力，而人樂於趨。臣又與該道時時到工所，考其勤惰而賞罰之，訪其侵克而究懲之。是以役無頃刻之曠，食無毫末之虛，故集三萬五千有餘夫於江上，功以三旬而舉，費以二萬四千九百而足也。伏乞敕下工部複查，如果前項工程別無虛冒，即將已未經銀兩，准其銷發。其餘存剩在庫銀兩，並各縣灘占未完地價，俱准徵收，聽候別項河工支用。」得旨，允之。乙酉，南京報囚矜疑宥死，發戍者二人，情罪不服，再問者二十八人，應決監候者四人。己丑，升總督兩，「軍務、巡撫廣東地方、都察院右都御史兼兵部左侍郎凌雲翼為南京工部尚書。丁酉，先是，總河都御史潘季馴、漕運侍郎江一麟交章論徐州道副使林紹治河無狀。既而紹揭季馴，謂遙堤不當築，決河不當塞，天妃閘不當閉，而徐北雁門、北陣一帶淺阻可虞。其議相左，彼此各相論列。部復，紹應罷黜，季馴、一麟身膺重寄，不宜播惑妄議，以替初心。上然之。著林紹冠帶閒住。
十一月戊申，兵部題復：「南京四川道御史張友舜，以留都根本重地，皇城之內所貴肅清，邦域之中尤當盤詰。各內官衙門，凡有事情，俱送司禮監審處，內使、火者、工役出入，俱要懸帶牌面。至於雲遊僧道，寄食寺觀；劫財巨寇，投宿娼家，此皆盜賊淵藪，尤宜禁緝。」報可。辛未，南京科道官王良心等，交章論列應天府府尹王世貞。部復：「世貞才識年力，眾所共惜。但京尹重任，既經論列，難以議留。仍令回籍聽用。」上然之。癸酉，升陝西布政使陰武卿為應天府府尹。乙亥，以南京都察院右都御史王好問為南京戶部尚書。遣雲南道御史房如式巡按淮、揚地方。
十二月辛巳，升浙江左參政徐節為按察使，整飭蘇、松兵備。己亥，南京奉先、武英二殿及承天門工竣。
七年正月戊辰，工科給事中王道成言：「兩河修築，遙堤未成，徐邳舊堤宜守。查萬曆四年，該河臣傅希摯議設堤夫三千七百名，每三里建一鋪，一里用十人，而使管河官劃地分督。水消則隨處幫修，水漲則併力防塞，此亦支持終歲長計。其後官夫不復省視，遂貽河決之害。宜於舊堤按鋪，責成防守。」從之。命毀天下書院。原任常州府知府施觀以科斂民財，私創書院坐罪，著革職閒住。並其所創書院及各省私建者，俱改為公廨衙門。糧田查歸里甲，不許聚集游食，擾害地方。仍敕各巡按御史、提學官查訪奏聞。
二月庚子，兩淮巡鹽御史董光裕條陳事宜：「一、優恤灶丁。仿民間社倉規制，將三分司罪贖銀兩，糴稻貯場，遇荒量賑，且當青黃不接時，稽貧量借，秋成抵還。至於鹽倉，僅覆數葦，日久虧蝕，苦於追補。請凡拖欠鹽課十年以上者，盡數蠲免，以蘇灶困。七年以上者，令每引折銀—錢五分貯庫，以給支商。七年以下者，嚴責用心護守，以候開支；一、清理引目。舊制，兩淮差官齎紙價赴南京戶部關領引目號簿，回司給商支鹽。臨掣之時，止將引目送驗，號簿逸失無考，於是老引、假引得而混之。議將號簿填寫邊商、內商姓名，候臨掣比對，若商人不繳號簿及查比不同者，追沒鹽引；一、嚴立限程。舊例，儀真掣鹽，水商必候鹽價騰踴，然後赴賣，致使小民食鹽不便。今議自儀真至石灰關，石灰關至湖廣、江西，各立水程限期，逮往發賣，違限者計日罰治；一、禁革食鹽。食鹽不禁，弊源終不可塞。議查將淮、揚二府食鹽禁革，照舊分派行鹽，除迫近鹽場州、縣，聽其以米易鹽，兔派。其餘如揚州、淮安府屬等處，原派一千引者，止派五百，原派五百引者止派三百。仍依舊例，令各州、縣僉選殷戶赴儀真、淮安二所，分買掣過單鹽往本州、縣折賣。其或軍民食用不敷，將緝獲私鹽賤賣。仍將鋪戶所領鹽引鹽盡繳報，違者參治。」報可。
三月戊申，吏部題：「蘇、松等郡，以寇盜出沒，專設兵備。若升任者徑去，則地方缺官可虞。馮叔吉雖已升遷，宜暫留管事候代，始可行。以後蘇、松等兵備，如遇升遷，俱如例。」庚戌，兵部復：「應天巡撫胡執禮條陳事宜：一、謂備倭之策，在御海洋、防海岸。宜於每年止訊之時，將把總等官分守訊地；副總兵常駐蘇竇岙，以當首鋒；劉河游擊常駐敗草沙，以備策應；金山參將移駐南匯，以防登岸；海防同知各駐一方，以理糧餉；兵備道巡歷沿海，以便監督；巡撫移駐近海地方，以振兵威。分布遠近，聲勢聯絡，便於接應；一、議漁禁，酌議以四月小滿日止，官給旗、票驗入，遇警與官軍協擊，一體賞罰。自五月二十五日起至六月初五日止，官收旗、票驗出，此後或告捕采，亦當給以號票，申明禁約，限期回銷。有私出及過違期限者查究。巡海員役，縱容隱匿者，罪如之。」得旨，允行。巡按直隸御史陳世寶條陳治河策約：一、移建管河官衙舍。要害之地，責其晝夜防守；一、添設新堤堰夫役。河工雖已垂成，但遙、縷二堤，巳逾千里。高家堰之堤凡六十里，柳浦灣補舊增新，將百餘里。而黃鋪八淺雖咫尺，反稱緊要。若非集夫密守，則盜決、水決可虞，宜增夫額，劃地築居，乃為勝算；一、添設管堤官吏。高家堰、柳浦灣，於淮安最稱緊要。今修築告竣，但二堤俱屬荒僻，奸商漏稅，利其直達揚州，每行盜決。宜增設大使官一員，專督眾役，使之同居堤上密防；一、增築宿遷縣遙堤。宿遷縷河，雖有堤岸，而侍丘諸湖，尚未修築遙堤，倘伏秋河漲，必遭水患，乘時修築，誠不可緩；一、暫寬歸民錢糧。民遭水患，流移者半，幸水去田出，漸為歸計。但恐居處未遑，而舊逋即追，開墾未熟，而新課復征。夫捐金治河以為民也，今水患漸平，而顧以逋負，阻絕歸路乎；一、乞廣築役賞勞，於工食外，動支河工羨銀，量行犒賞。」奏上，命酌議復行。壬子，戶部復：「應天巡按胡執禮查理新洲田畝糧米事宜：一、丹徒縣砥柱新洲，腴田萬畝，緣未入版圖，致豪右侵奪，應行備細清量。如給軍便，則令官軍屯種，扣除糧銀；若給民便，則令民開墾，納租充餉。庶地無遺利，而兵食有資；一、蘇州府每年帶解德府祿米一千石，外加耗車腳米三千四百四十石，此重困也。今議折色，而每石折耗銀以二錢為率，差官解用。」報可。甲寅，應天巡撫胡執禮條陳事宜：「一、議應天府江浦縣建築城垣；一、南京府屬縣各有牧馬草場，占地數多，雖奉例佃田輸租，然僅十分之一。今各縣種馬減半，則前地曠閒者多，許民承佃，開墾六年之外，照則起科，征銀解寺，以備馬價之用。」得旨，允行。辛未，戶部復：「總督南京糧儲、戶部右侍郎程嗣功條陳倉場五事：一議改折南糧。題稱南京倉米夠支七年以上，多積必致折耗。要將萬曆七、八兩年，各省、直南糧，每年改折一半；江、浙、南直止行一年，湖廣多水地方連准二年。改折之價，系上倉者，定以五錢，兌者加收耗價。九年以後，照舊全運。據此，留都重地，改折似難允從，但倉既贏餘，參酌於一年、二年之間，亦便計也。以後若無餘儲，不得擅議改折；一議監收南糧。題擬注選主事四員，專司其事。任滿起送赴部，考其賢勞之上下，以為官方之殿最。查隆慶二年正月內，南京總督糧儲游震得條陳，有專責任一款，復奉通行。今注選之議，亦固所當因也；一議減倉耗。題稱積貯既久，日有消折。合照條陳耗米減盡，每年遞除正米。查據南糧較之京倉准耗已多二倍，雖土濕易壞，官攢人等若用心看守，廒座堅完，雖多一二年，耗米尚有附余，未必虧及正米。倘因耗減正，恐守倉人等，藉口好欺。應查照先年規則施行，毋得輕減；一議折價。題稱起運府分，凡遇折價，多者連耗不得過七錢，少者仍照彼中節年舊例，相應依擬徵收解納，毋得援例分外加派小民，以致解頭侵欺；一議收納。題稱米色不同，應派定各倉，以便支放。查照各省、直糧米，種色龐雜，若混收一倉，開放之時，誠滋弊端。應隨其色別而定，各倉易為酌量，臨時坐放衛分，輪流支放，自無不均之嘆。」得旨，依擬行。
四月辛巳，改南京工部尚書凌雲翼為南京禮部尚書。
五月戊辰，戶部以南京銀庫錢糧冊籍浩繁，請三年差科道官清查一次。從之。
六月乙未，兵部題復：「黃船小甲編審夫役，原屬南京兵部車駕司管理。邇來，濫屬軍衛，以致弊多偏累。宜行應天府委官從公編審，並馬、快、平船小甲編完，備造文冊，送科道官參訂定役，以均勞逸。又宜改定五年一編，毋仍舊制，十年久遠，致有消乏應差不前之苦。而看驗船隻，量行修理，節省繁費，則南京工部管船主事職之。」報可。
七月戊申，總理河漕潘季馴等奏：「桃源、清河水患，宜併力疏導，作急捍禦，俾水勢毋至濫觴。」疏上，報可。己酉，徐州等十二州、縣水災，命勘別輕重，量議停免。庚戌，總理河漕潘季馴、總督漕運江一麟題稱：「淮安一帶，黃淮灌入，運渠高墊，且閘水湍發，啟閉甚難。查照平江伯陳瑄所建清江、福興、新莊等閘，遞互啟閉，以防黃水之淤。又於水發之時，閘外暫築土壩遏水頭，以便啟閉。水退即去壩，用閘如常。議欲修復舊規，並請特旨垂示各閘，使勢豪人員，不敢任情阻撓。」部復，從之。壬子，蘇州水災，撫按官請先行賑饑蠲免。得旨：「以災傷重大，命撫按官作速勘處。」癸亥，工部奏敘開便河功次。先是，巡漕御史陳世寶議鑿瓜州屯塢，通浙直運船。今又議開儀真便河，以通江西、湖廣等糧運。欽命嚴督開挑。至是總理河漕潘季馴、管理糧儲道陳文燭查原督揚州府知府盧德華、淮安府通判況於梧、儀真知縣侯應徵挑完便河工程。將所挑河渠勘定丈尺，所支錢糧開報數目，會同漕運巡撫、侍郎江一麟僉謂：「陳世寶功當優敘；如陳文燭等四員，官有崇卑，勞無軒輊，議吏部敘錄。其餘行漕院分別獎賞，以示激勸。」從之。乙丑，工部復：「禮科左給事中顧九思、工科都給事中王道成等疏請罷蘇、松及應天織造，取回京差。」內臣傳渝：「內閣織造袍服未可遽罷，若如部議取回內臣，改屬巡按有司，則織造不精，誰任其責。且現有錢糧，不必加派，先生擬票來。」輔臣張居正等言：「該部為地方災傷，故如此議復，請得面奏，為皇上從容開說。」有頃，居正等持工部疏並擬票入，至御前奏云：「近日蘇、松等處水災重大，百姓困苦流離，有群聚劫奪者，地方錢糧實難措處。且自前年星變時，親奉明旨，停止織造，著孫隆回京，至今尚未報完。是詔令不信，而德澤不宣也。臣等謂，宜從該部所請，以彰皇上敬天恤民至意。」上曰：「朕未嘗不愛惜百姓，但彼處織造不久當完，遠不過來春耳。」居正言：「皇上德意，臣民無不欣仰。即孫隆在彼，亦能仰體聖心，安靜行事。但地方多一事，則有一事之擾，寬一分，則受一分之賜。彼中織完十未四五，物料錢糧尚有未盡征完者，災地疲民不堪催督，願皇上且取回孫隆。其應天被災稍輕，許坤仍舊可也。」上乃許之，曰：「近降去花樣銀兩，皆御前發出，並不加派擾民。候此件織造回京，余悉停罷。」居正等頓首曰：「幸甚。」
八月甲戌，升雲南左布政使方曙為應天府府尹。丁酉，蘇、松水災。御史張簡題：「民窮盜起，非民之得已也。然恤窮有道，唯責成司牧而已。夫天災何代無之，蘇、松二郡之民，一遭水患，何遽稱窮至此？蓋蘇、松為東南財富之地，其困於徵求，非一日矣。今二郡司牧豈無急便身圖，厚自封殖。賑貸之恩雖施，而給散不均；蠲免之令雖下，而催征如故。勾攝之皂快，毒甚豺狼；罰鍰之逼迫，急於星火，奈之何民不窮且盜以死也。請速行撫按官，嚴責有司，簡省詞訟，輕免鍰贖，使之得安其生理，由是而下蠲征賑貸之令，而民蒙實惠矣。又入覲伊邇，應朝官指稱公費，科派小民，騙借富室者難保必無。科斂之禁，此時尤宜申飭，以警玩邪，此救荒安民之最要也。又民窮為盜，勢所必至。巡撫宜移駐彼處，以示彈壓，便撫恤。仍同巡按御史嚴督兵備將領，軍衛、有司官申明保甲，訓練兵壯，以潛消盜賊。俟事寧之日，仍駐句容，以時巡歷。」部復，報可。辛丑，戶部復：「鳳陽巡撫江一麟、巡按李時成奏，泗州、興化、寶應、山陽、清河，桃源、鹽城等七州、縣田地，其高阜成熟者，照舊派征；其被災稍輕與被災次重者，俱免一年；被災極重者，免二年。共免秋夏起存稅糧二十九萬一千四百石有奇，銀一萬一百八十八兩有奇。其額派漕糧，於附近各府所屬無災及災輕州縣通融撥補，務足原額，候被災州縣有收之年照數征還。」報可。
九月戊辰，巡撫都御史胡執禮、巡按御史田樂，奏勘蘇、松二府所屬太倉、吳江等十州縣災各有等，除存留錢糧，照例蠲免，尚欲於漕糧盡數改折，見征五分，蠲免五分，及鈔關、贓罰銀兩悉留賑恤。部復：「照嘉靖年事例，將今年額派存留錢糧，如數蠲免。」從之。
十月乙亥，以淮安府屬鹽城等十州、縣，照舊改屬營田道，令現任僉事史邦直充之，仍給敕以便行事。辛巳，以蘇、松水災，賜減明年牲口、藥材等銀十之五，並暫停徵以前逋欠者。丙戌，蠲蘇、松二府段匹、軍器等十之四，仍於舊逋者，暫行停徵，以水災異常故也。丁酉，升河南副使孫光祐為右僉都御史，巡撫應天等府地方。巡撫都御史胡執禮、巡按御史田樂、董光裕上言：常州、鎮江、應天等四府屬邑災傷不等，欲援蘇、松二府事例，蠲免如數。部復謂：「蘇、松賦額甚重，又加以災傷異常，宜從厚蠲賑。應天等府賦額既輕、水災不重，緩徵別賦已為不宜，改折漕銀，尤難輕議。今據各官奏勘，宜酌議應徵、應免、應折、應停，以災之輕重為次。」上以兩河工成，賞總督河道官潘季馴、江一麟等銀幣有差，科道官勘實以聞。庚子，先是，隆慶六年，恩詔蠲免，海內共沾，而蘇州、松江、常州等四府完解在先，未蒙抵蠲，今撫按官胡執禮、田樂、董光裕等議以萬曆元年起解牲口銀兩內，扣除三分，以抵隆慶六年蠲免之數。報可。
十一月癸卯朔，應天巡撫胡執禮、直隸巡按田樂、董光裕等題：常、鎮府屬江陰、靖江、金壇等州、縣水災，議以協濟各驛遞馬價，自萬曆五年以前未完者，三縣俱停徵。部復，從之。庚午，巡撫鳳陽江一麟、巡按李時成題：「江北地方，軍民雜處，盜賊起伏，皆由總捕各官所轄遼遠，稽察難周。宜分任巡捕山陽、鹽城、安東、沭陽、海州、贛榆六縣，仍屬管糧通判；邳州、宿遷、桃源、清河四州、縣，分屬邳州駐紮淮安府管河同知；睢寧並徐州、蕭、沛、碭、豐六州縣，分屬徐州駐紮淮安府水利同知，無為州並巢縣，仍屬江防同知。其各境內衛、所、巡捕、巡河等官，悉聽會督。凡總捕應行事宜，責成著實舉行。」部復，從之。
八年正月庚申，蘇州衛管鎮撫司指揮宋木，因常州府發來勘產追贓犯人管封周以賄脫逃。御史田樂上其事。上怒，敕加究處，並罪本道參政徐用簡疏縱，降治。
二月丁亥，裁革蘇、松營糧參政。辛卯，直隸巡按林應訓疏言：「蘇、松諸郡，古稱澤國。干河支港不下千百。大則泄水以入海，次則通湖以達江，小則引流以灌田。年久淤淺，泄蓄無裨。今將蘇、松、常、鎮等河如吳淞江、白泖塘、秀州塘、蒲匯塘、孟瀆河，舜河、青碭港等處，俱經設處興工竣事。蘇、松尚有支河數十處，宜用民之半，出力以赴工，用官之半，處費以給食。事無中輟，利可冀興。」下其章於所司。壬辰，南直隸丹徒縣永生、砥柱二洲，新漲淤沙，生蘆漸廣。應天巡撫胡執禮奏請委官丈明，開墾充餉。南京工部尚書沈應時奏稱：「蘆租原供織造，充餉非宜。」戶部酌復：「請以蘆課原額，歸南京工部。余多銀兩解送巡撫，以充軍餉。」詔以洲地盈縮不時，丈出新淤，計畝增稅，仍充蘆課，不得爭擾。乙未，勒應天府府尹方良曙致仕。以南京給事中傅作舟、御史林應訓等劾其冒濫故也。戊戌，詔蠲兩淮鹽場自嘉靖二十九年起，至隆慶四年止，消折鹽二十八萬七千五百引，以寬灶丁。河工告成，工部開敘效勞諸臣。上降旨褒賚之，加總河潘季馴太子太保、開工部尚書兼都察院左副都御史，蔭一子；升總漕江一瞬都察院右都御史兼戶部右侍郎，各銀幣同季馴。賜敕獎勵。
三月辛丑，升湖廣右布政使劉志伊為應天府府尹。乙巳，工科給事中尹瑾陳河工善後七款：「一、重久任以便責成。凡管河諸臣，遇三、六年考滿者，宜加銜管事，俟資停最久，績效景著，破格超擢。應補者，即就近遴選；一、定法制以核歲修。令管河司道，每歲嚴督各該管河官率領守堤官夫，將各邊堤加幫高厚，兼栽柳、葦，修葺閘壩。年終管河郎中會同該道核驗開報。三年遣官一閱視；一、甃石堰以固要衝。高家堰近已築塞成堤，體制高厚，既有樁板，以護其外，復設官夫，以嚴其防。然終不如石堤，更可永恃。宜於中間二十里低洼處，用石包砌。令徐、潁、海防三道均分道里，各派所屬而董其成；一、浚閘河以利運艘。淮河一帶，先年，平江伯陳瑄開鑿時，原恐阻淺，創立里河，歲一挑浚。今狂流既息，積沙未除，外河日深，內河日淺，宜照南旺事例，三年兩挑。挑期俱在通濟閘築填之後，動支歲修錢糧，多募夫役，限一月通完。至於揚、儀河道，亦應時常撈淺，以專責成，以防衝決。河水暴決，勢在速治，今後遇有水漲暴發，非司道駐紮地方，該掌印官徑自派募人夫，動支物料，多方防守。如水勢異常，夫料不足，聽其借支貯庫別項銀兩，一面通詳司道，一面便宜築塞，不必拘泥關白而後行事；一、防徐北以固上流。徐北黃河，舊由蕭縣出小浮橋，河深近洪，能刷洪以深河，實利運道。嘉靖四十五年河決邵家口，出秦溝入運。秦溝河淺近閘，每積淤以塞河，實害運道。今幸復趨小浮橋，且議修築行、縷二堤為之捍禦。而邵家壩為秦溝舊口，亦宜倍加修理，以絕秦溝上流。然有堤不守，與無堤同。今徐北至單縣界，見修壩堤長一百五十餘里，而夫役止七百餘名，其何能濟？宜照徐南事例，每里補足十名；一、備積貯以裕經費。河道錢糧，山東、河南額派原多。南直河道起豐、沛，至淮、揚，延袤千有餘里。淮以北則黃河洶湧，淮以南則湖水瀰漫，葺修防守，費用浩繁。及查歲額，樁草銀兩僅二千有奇，加以連年災殄，每歲徵收不滿數百，安能支持千里之河。宜從長計議，或河南、山東河道銀兩，或運司挑河鹽銀，或徐、淮各處鈔稅，或撫按贓罰，多方措處，每歲共湊銀三千兩為定額，解貯淮安府庫，專備兩河修守之費。」部臣酌議復請，上皆從之。己酉，裁淮、揚等府本色馬匹，減新增一分二厘，仍舊四分，著為定例。從南京太僕寺卿蕭廩所請也。癸亥，奪應天府府尹陳於陞職，因差官捕解脫逃故也。
四月壬申，以兩淮各灶場飢，命該處按臣發運司貯濟銀一萬二千兩賑之。癸酉、江北等處連年饑饉，命支營田銀一萬五千兩並各倉貯粟賑之。丙戌，降應天府府丞楊標為湖廣左參議。
閏四月癸卯，升光祿寺卿傅孟春為南京都察院右僉都御史，提督操江。
五月己卯，戶部因差主事侯世卿往管淮安府常盈倉，遂請照各邊管糧例，將本倉及徐州等處管理主事，俱以三年為限，久任以便責成，從之。丁亥，總理河漕潘季馴奏復漕河舊規，六月初旬，於通濟閘築壩；九月初旬開壩。下所司知之。丁酉，改戶部尚書、總督倉場汪宗伊為南京吏部尚書。都察院復：「山東撫按何起鳴、錢岱劾奏淮安知府宋伯華，違例馳驛。」得旨：「清查驛遞，明旨禁敕，三令五申，為臣者乃不體朝廷德意，抗違明旨，玩法殃民，本當重治，姑寬處，宋伯華著降六級調用。」定江北積穀額數，淮安府一千五百石，揚州府一千八百石，著為令。
六月甲辰，以淮安府安東縣田荒民逃，准改折漕糧，具於該府鑄錢餘利及軍餉、商稅並該縣運軍行、月糧等銀抵解。其本色暫借修河漕米四千石，限三年後帶徵補還。丁未，奪南京工部尚書沈應時俸一年。以部差不奉行考核，為科臣傅作舟所糾也。辛酉，改潘季馴為南京兵部尚書。
七月庚午，升光祿寺少卿曹大野為應天府府丞。乙亥，升光祿寺少卿胡嘉謨為都察院右僉都御史，提督操江。甲申，蘇、松水利御史林應訓奏稱，所屬地方，復被水災，議設法蠲賑。上以報災請恤，乃地方撫按事。應訓疏泄無功，又代請掩罪，命工部同該科會查以報。既而部、科以為地方水患，固人事未盡，亦天時適逢，宜寬之，以責後效。乃令之策勵供職。
八月庚申，南直隸淮、揚等處水災，詔准改折漕糧及停徵歲額，以被災輕重為差。從巡按御史陳用賓請也。
九月壬午，改南京刑部尚書何寬為南京吏部尚書。乙酉，升南京都察院右都御史陳瑞為南京刑部尚書。辛卯，南京府軍並建陽等衛所屯田災。命南京戶部選委司官一員，同管屯御史親詣查勘，將本年屯糧，以被災重輕，遞減其折銀分數。
十月丁酉，應天巡撫孫光祐，請咨送朝鮮國飄流夷人梁成貴等二十餘人，給與沿途應付，押還本國。從之。戊戌，南京戶科給事中王蔚論劾南京工部主事陳春差往儀真貪縱狀。上命錦衣衛逮春。辛丑，禮科給事中帥蘭以淮、揚、蘇、松等處飢，言民苦水災，顛連萬狀。如有司失職，稗政尚多。征輸之弊，未盡清也，書保之蠹，未盡祛也；追呼紛擾，未盡息也；罰贖濫科，未盡厘也。查盤滋索詐也，揭訪縱仇惡也，供億糜財貨也。而訟訐則奸宄未杜，習俗則淫摩未懲也。此數弊者，其屬於民之自戕者十一，而官之剝乎民者十九。宜行各撫按痛加修省，嚴督各州、縣有司，著實振刷，其有害乎民者盡除之。章下所司。乙巳，應天撫臣孫光祐奏稱：蘇、松、常、鎮等府災，議將漕糧、倉糧、屯糧各酌量改折。常熟、吳江、長洲、崑山四縣被災尤甚。以余剩兵餉量抵改折起運之數，仍發贓罰並倉儲，分別賑之。上從其議，仍命地方官著實存恤，使貧民得沾實惠。丁未，應天撫臣孫光祐奏請興復甦、松等處水利：「一、浚下流以殺水勢，謂書言：『三江既入，震澤底定。』震澤，即今之太湖。三江即婁江、吳淞江及東江也。今震澤之水滔滔猶故，而東江久湮塞，出口入黃浦之處，僅存丈余。而吳淞江、婁江兩岸多淤。是以前人因水無出路，於常熟、崑山之間，疏白茆諸港，以泄太湖之水，於江陰一帶開數港，以泄宜興諸瀆西來之水。又於各田中創為浦塘，一以泄水、一以引水。今三江故道，雖難遽復，宜於江口出水之處，狹者闊之，淺者深之。開導常、昆等處之小港，浚治田間之浦塘，則下流有歸，而水勢不壅矣；一、築圩岸以捍橫水。謂下流雖浚，然或霪雨不止，洪水暴發，流泄不及，勢必瀰漫田間，則不得不築圩岸以御。往者華亭、上海極低之田，盡割於青浦。去歲縣官當水發之時，督民修築，救水害十之三四。今歲又復築之，雖水災亦不甚害。崑山之田亦最下，去歲災傷特甚，今歲災遂稍輕。常州之芙蓉湖，十年九潦，今者田苗獨盛，則皆築圩岸之明效也。今宜嚴督各水利掌印官，相其田之高下沖辟，以為圩岸之高下厚薄。一圩之內，立有圩長，計畝分工，通力合作，半年之內，次第可成，而水得以順流趨下矣；一、疏溝洫以滋灌溉。下田雖治，而四府之中，未必皆下田也。瀕海一帶，地勢頗高。古人遂鑿為溝洫，引水注之，以備旱乾。後因小民無力疏浚，互相推諉，官又不為之督率，以致湮塞，田失灌溉之利。今宜循其故道，一併開疏，則不惟河水順流，亦且舟楫得通，而瀕海高阜之處，且有支河以泄下流之水矣。」該部如議復請，報可。
十二月甲辰，歸併淮安四稅於常盈倉，令主事兼管之。庚申，戶部郎中柴承學奏稱：「淮安等府所開之地，原是熟田拋荒，並未創開無糧荒地。間有以舊種熟田，冒稱新開者，招回人口，雖暫安插，未必領牛種田，以致塘坪樹株，半屬虛增，冊內原報地數、人數，半多虛捏。」部議謂：「在事諸臣，肆為欺罔，宜重處以懲之。」上命革監督營田副使史邦直職，其查處府、州、縣、衛各官，悉如部議。癸亥，先是，揚州等處飢。上命發該府庫積並倉貯賑之。庫積原報八萬八千餘兩，無纖毫在庫；倉貯五十四萬餘石，止三萬六千。巡撫以聞，再請別項備賑。上是之，而降該府知府盧德華服、俸三級。