江蘇省通志稿大事志 · 第三十三卷明嘉靖（二）
二十五年正月庚辰，敕刑部郎中朱衡，王時儉往南直隸江南、江北恤刑。
二月甲午，裁革揚州朝宗二閘。從總督漕運都御史王奏。
三月甲子，升戶部左侍郎夏邦謨為南京戶部尚書。乙丑，太倉州海寇平。庚辰，戶部復：「巡撫應天都御史歐陽必進言，應天等十一府旱災，乞留解京銀三萬兩賑濟。」許之。癸未，以淮、揚重災，命兩淮運司發余鹽銀二萬五千兩賑恤灶丁。
五月戊午，升太僕寺少卿蔣應奎為應天府府尹。
六月壬子，升刑部左侍郎俞茂堅為右都御史、總督漕運兼巡撫鳳陽。
九月壬申，升工部左侍郎楊麒為南京工部尚書。己卯，以水災，詔免淮、揚所屬州、縣稅糧有差。
十月壬寅，巡撫應天都御史歐陽必進等言：修浚蘇、松水利，乞議處財用，留正官，添設管工郎中。上從部議。以東南連年災傷，修治事宜，惟令彼處撫按官嚴督所司相宜舉行。水利郎中不必增設。
二十六年二月戊申，吏部給事中張汝棟劾奏總督南京糧儲，右僉都御史楊宜不職宜罷。因請裁革南京督儲都御史。吏部復言：「宜資望已深，簡用前職，未聞不稱。」詔宜調外任用。其南京糧儲應否裁革，還會戶部議奏。於是二部會復：「南京戶部有尚書掌理部事，侍郎帶管糧儲，自不相妨。京、通二倉，具系戶部堂上官總督，南京事體，宜與相同。都御史不必設，巡倉御史原設二員，比照北京事例，亦宜裁省一員。」詔俱從之。
三月乙卯，升兵部左侍郎萬鏜為南京刑部尚書。
四月癸卯，升大理寺左少卿周釋提督操江。
六月戊戌，以災傷免揚、淮所屬州、縣夏稅有差。
九月己未，以災傷免徐、沛、蕭各州、縣秋糧有差。丙子，升南京都察院右都御史韓邦奇為南京兵部尚書，參贊機務。
閏九月丁酉，升兵部左侍郎趙廷瑞為南京戶部尚書。辛丑，升應天巡撫歐陽必進總督漕運兼巡撫鳳陽。
十月辛亥，升廣東左布政使周延為都察院右副都御史，總理糧儲，巡撫應天。甲寅，戶部會議漕運補腳米事宜。謂：「南京、江北、中都五總淺船俱在瓜、儀二壩寄泊。官軍至江南領兌，惟江北三總有過江腳米一斗三升，為僱船盤壩修船之用。其南京衛分，每石止有僱船過江腳米七升，而盤壩旱腳，俱於各船本等加四耗米內支費，又無餘米幫助修船。查得領兌江浙三六耗米，每石扣斗米，折銀五分，除解軍之料價外，量扣一分，以充諸費。」報可。
十一月壬辰，開戶部右侍郎韓士英總督漕運，兼巡撫鳳陽。
二十七年二月丁未，遣戶部郎中宋尚文至蘇、松、常、鎮，催查京糧。乙丑，吏部左侍部張治為南京吏部尚書。己巳，革蘇州總兵周徹任，以御史吳相劾其交夷通賄也。乙亥，改總理河道右副都御史胡松總督漕運兼撫鳳陽。
三月丙子，巡按直隸御史陳九德言：「國家財賦，仰給東南，而蘇、松、常、鎮四府居半，但其土沃民饒，飛詭百出，管糧同知，權輕不能鎮壓。或持法稍嚴，豪猾大姓，輒相與排擠去之。故奸弊滋長，國賦不登。請特重其事權，以蘇、松兵備兼理。」從之。丙申，添設直隸蘇州府新閘閘官一員。丁酉，以服闋提督南京糧儲、右僉都御史王守總理河道。
四月庚戌，命南京前軍都督府掌府事、豐潤伯曹松提督操江。甲戌，以暄熱，命南京法司審錄繫囚，當出者，貰減有差。
九月辛巳，以災傷，免淮、揚、徐屬邑及衛、所屯糧有差。丁亥，升都察院右副都御史龔輝總督漕運兼巡撫鳳陽。
十月丁未，以江洋多盜，奪江淮總兵李俊俸半年，戴罪防守。下指揮孫金等巡按御史問。
十一月乙亥，兩淮巡鹽御史陳其學言：「兩淮民灶田中多混淆，賦役不均，宜履畝劃界，仍勒石以垂久遠。凡灶丁買民田者，三十畝以上、五十畝以下，應民役之半，百畝以上，役與民同。又南京戶部關支食鹽於儀真批驗所者，權重不如法，宜較勘如一，以示平準。至於各歲漕船還日多帶私鹽，吏不敢詰，當於淮安之三汊口、揚州之東關水口，令郡佐一人稽察。且沿海近場與行鹽之地，各衛、所不領於憲臣，不便防奸。自今、凡事干鹽法者，悉聽巡鹽官處分，他司勿有所與。」下戶部，復可。俱允行。戊寅，戶部議上漕運新定事宜：「一、凡違限有司、軍衛官，俱聽監兌主事於兌完之日，會按臣彈奏，本部分例題復。有司則屬各按臣逮問，軍衛則屬督漕都御史發理刑主事治罪；一、江南勢豪之家，糧至數百千石以上，不早入倉，有司因使之自運，不領於糧長，初亦甚便。今則緣此多摻糠秕，強軍私兌，不足則計戶科斂以兌之。宜行各郡邑長吏，俱以歲十月開倉，即赴漕運官報完。諸如前者，罪以律。有司催征失期，至誤一百石上者，奪俸視事，二百石上者，罰遞加；一、其溧陽運米於無錫水次者，民苦不便，宜還本縣。」報可。己亥，升太僕寺卿方純為都察院右僉都御史，總理河道。
十二月丙午，升南京都察院右都御史劉訒為南京工部尚書。辛酉，命鎮遠侯顧寰充總兵官，提督漕運，兼鎮守淮安地方。戊辰，福建海賊林成等流劫至南直隸界，蘇、松兵備副使魏良貴檄太倉州署印同知周鳳岐等，集兵捕之，擒斬三十餘人。事聞。詔賜良貴銀幣，鳳岐等操江撫臣犒賞。
二十八年正月辛卯，先是，直隸巡按御史陳其學奏：「漕運、河道二臣皆國計所系，非久任無以底績。前年秋冬間胡松推河道，韓士英推漕運。去年春初，士英始蒞任，不逾月升南京戶部尚書，仍以松代。松至淮，亦不逾月，升戶部右侍郎，彼此更代，視如傳舍。宜行久任，以專責成。待其年資漸深，勞勛茂著，然後不次擢用，庶於國計有裨。」吏、兵議復。報可。
二月丁巳，改南京禮部尚書王學夔為南京吏部尚書。癸亥，升雲南左布政使呂顓為應天府府尹。乙丑，改南京刑部尚書萬鏜為南京禮部尚書。己巳，升福建布政司右參議何鰲為應天府府丞。
三月壬申，改南京工部尚書劉訒為南京刑部尚書。丁丑，南京給事中李萬實，論提督操江都御史周釋昏懦無為。詔調南京別衙門用。壬午，開工部左侍郎屠楷為南京工部尚書。戊子，升山東右布政使李遂為南京右僉都御史、提督操江。
四月辛亥，戶科都給事中羅崇奎言：「貨利所在，最易溺人。今各省錢糧，皆左布政使一人主之。夫支調煩則有增減羨餘之積；事權一則有欺隱自便之私。而巡按御史不肯任怨稽察。及至交代，遣一州縣屬吏查核具文而已。臣請自今凡查盤各布政司錢糧，必御史親至。如御史勢有不及，則專用右布政畫期監視。凡封鑰出入，必相關白，以制專便之私。」疏下都察院勘議。左都御史屠僑等議曰：「錢糧隱弊，不在倉庫積貯之時，而在收放低昂之際。放欲御史不時巡視，有弊即糾，非但以磨校簿書為能盡其私也。自今布政司錢糧出納，不得以火耗、公用為名，額外多取。左、右布政使文移必同籤押。至於收放，則須公同出納封記，不得以沿習故常，互相嫌讓，御史則加意綜核之。其在南直隸府、州、縣者，巡按御史均有稽察之責，亦依此法從事。」議入，從之。
七月庚寅，工科給事中趙輄奏：「邇者，臣驗收南直隸等處所解諸戎器，多粗惡難用。查得嘉靖二十一年，詔令各處軍器折征料價，以蘇民困，二十五年始複本色。今該庫所積尚可給數年之用，乞照前例，令各處工料俱折價解部。」從之。
九月戊寅，戶部復：「巡鹽御史陳其學疏陳鹽法四事：一、築海堤。謂通、泰二十鹽場，應增築堤堰，其工費即以所貯贓罰等銀充之；一、清關稅。謂商人掣鹽過鈔關，舊例止納正稅一票，今委官留難重榷，以至三票，宜行禁革；一、減鹽價。謂余鹽價銀每二百六十五斤，淮南征銀六錢八分九厘，淮北征銀四錢九分，宜比舊各減二分八厘，以恤商困；一、禁私販。謂江浦、六合一帶，私鹽盛行，宜將浦子口城裡設巡捕鹽官，其守御等官，並聽巡鹽御史查比約束。」奏入，從之。乙酉，以水災，詔徐州並蕭、碭等州縣改兌糧米，俱於臨、德二倉撥補支運，仍量征腳價。其各衛、所屯田子粒亦照例折銀輸納。
十月戊午，升河南左布政使王汝孝為應天府府丞。
十一月己卯，升兵科都給事中胡叔廉為應天府府丞。
十二月丙申，巡按直隸御史陳其學奏：「徐州呂、梁二洪，先因水涸陵險，設有洪夫二千四百有奇。自嘉靖二十三年，黃河自西來注之，漕輓順利，人力甚省，乃洪夫仍取盈舊額，徒滋虛糜。乞量行裁損，以寬蕭、碭民力。」疏下工部，請命總理河道官酌議，報可。己未，鳳陽巡撫龔輝奏：「淮安、贛榆、沭陽、安東、清河及海、邳等州縣，連歲災傷，戶口逃亡大半，而錢糧照額科派，積年逋負，徒存虛數。又將現在疲民代償，日朘月削，存者必逃，逃者不返，窮困之極，恐釀他變。乞將積欠鳳壽倉糧盡行蠲免，庶凋殘少蘇，逃移復業。」戶部復：「宜行撫臣選委廉干官查核倉糧，如系侵欺隱射，務令追征；若果小民逋負，以十分為率，每年帶徵二分；其荒蕪轉徙，務令有司加意招復。若有實效，不次擢用。」詔從其議。壬戌，改南京吏部尚書王學夔為南京兵部尚書，參贊機務。
二十九年正月乙未，改南京工部尚書屠楷為南京吏部尚書。
二月壬子，南京兵科給事中甄成德疏江防四事：「一、修教場以時簡練。新江口營舊有水、陸二操。水操於碼頭，陸操於教場，後皆為江水沖沒。當敕所司建置；一、處操船以備遠圖。新江口操船未及修造之期，輒先漏損，宜量給補葺費，仍令工部官不時閱視；一、嚴按伏以防不虞。沿江伏兵之地，東曰觀音港，西曰上新河、和尚港，皆當嚴備。而兵部者往往賣閒私役，即兵亦惰弛，未嘗往來偵伺，請一切裁之以法；一、查原額以實軍伍。江防官軍，寒暑不輟，往往詭籍逃伍，十減二三。宜悉計處補，或改正，或清勾，可令各伍充實。」事下兵部議，俱可。從之。
三月癸酉，改南京戶部尚書韓世英為南京兵部尚書。癸未，戶部言：「兩淮行鹽地廣，私販盛行，官鹽十不能行三四。且各處每歲追繳退引，拖欠常多，致商人輒隱射為奸。請如御史楊選議，敕清軍御史兼理。仍行各路，申明禁例，務杜絕私販，疏通正引。」從之。
四月己亥，以淮安所屬四縣災，改歲派馬折色三年。壬戌，升浙江左布政使張烜為都察院右副都御史，總理糧儲兼巡撫應天。
六月丙辰，巡按直隸御史趙錦奏：「江洋群盜，多系販鹽草竊之輩，出沒萑苻間，什五為群，時發時止。驅逐剿捕，直有司之事耳。今無故設一大將，開府鎮江，又遠調淮、大、通、泰等衛官軍，餉以蘇、松、常、鎮四府錢糧，所在騷然，奔命不給，而實無一事可以自效。冗員冗食，未有勝於此者，宜如舊制罷之便。」兵部復行勘報，詔從錦議．甲寅，升南京太常寺卿汪宗元為都察院右副都御史，總理河道。
閏六月戊子，以旱災免淮安、揚州等衛、所夏稅有差。
八月甲子，命奮武營坐營、署都督僉事郭琮充總兵官，提督漕運，鎮守淮安。
九月癸卯，調原任戶部尚書潘潢為南京工部尚書。辛亥，起原任巡撫貴州、都察院右僉都御史王學益為南京都察院右僉都御史、提督操江。壬申，以災傷免揚州、淮安所屬州、縣稅糧並改折兌運米有差。己卯，遣戶部郎中劉鑒、林壁、吳守貞、周威、主事成天俸、劉爾牧往蘇州、松江、常州、淮安督催逋賦，所至有司悉聽舉劾。民間有願入貲受官者，得以空印札付填給。以旱蝗免南京英武等衛、所屯糧有差。
十月戊子，添設參政一員，於蘇、松、常、鎮四府督糧。
十一月壬辰，調山東巡撫孫世祐總督糧儲，兼巡撫應天。辛亥，黜蘇州督糧御史李遂為民。己未，詔查南京四十二衛屯田隱佔侵削諸弊，其本丁逃絕，他戶佃種者，俱署名補伍。不則將原田入官，改募屯軍給之。
十二月癸未，升山東右布政使楊宜為南京都察院右僉都御史，提督操江，兼管巡江。
三十年正月丁未，戶部言：「各邊召募兵馬日增，供費不給，宜通融酌處，廣求足用之術。如淮、揚、徐、邳諸州郡，或已募兵，或各修邊，或有雇募，難以複議。其餘可依坐派京料銀例以多寡為差，應天府三萬，蘇州府八萬五千，歲限十月以里解部支用。違限三月者，司、府、州、縣掌印官、管糧官住俸，半年以上者，參究降黜。候邊方事寧停止。」報可。己卯，升刑部右侍郎彭黯為兵部左侍郎兼都察院右僉都御史，巡撫應天。
三月丙申，改右僉都御史任瀛提督操江。己亥，升浙江左布政使連擴為右副都御史，總，理河道。
四月己未，改巡撫南贛、汀、漳、右僉都御史盧勛提督操江。癸未，裁革蘇州府吳江縣松陵驛。丙戌，兩淮巡鹽御史高鏞議上戶部所核鹽法事宜，謂：「給事中姜良翰所請，每正鹽一萬引外，稍加浮鹽二千引，減半征價，通計止加一十四萬餘引，得價僅四萬餘兩。不若於部議每引正余鹽外包內再加百五十斤，照常納價，既免加引，歲可得銀二十五萬兩，其御史楊選欲留司運解部贓罰收買余鹽，查歲解贓罰止八千兩，而選議擬增余鹽引三百萬，亦既不敷工本，況天時、人力歲辦不等。原額引不過七十餘萬，驟加四倍，亦恐壅滯難行。不若於部議包加一百五十斤外，仍加五十斤，共二百斤，以定一引之數。前正余鹽既俱開邊，此鹽宜令商人自行買補赴掣，入銀運司。通前可得銀三十四萬，同割沒鹽銀，如舊解部便。」部復報可。
五月甲辰，巡按直隸御史趙錦言：「直隸淮安至山東兗州數百裡間，民多流移，荒田彌望。乞蠲其逋賦，寬其重役。其閘洪泉壩等夫役，請於漕運四百萬石內，每石加銀二分雇募。仍簡命才望之臣，督有司撫綏開墾之。」戶部復、「官可無遣，諸逋負請自二十七年以前盡蠲之。漕糧增派夫銀，宜行漕運、河道二臣議。」得旨：「地荒民逃，屢詔撫輯墾闢，有司全不奉行，仍選有心計才幹官一員，量與憲職，專往經理，俟有成績，方許別用。」己酉，朝鮮國人管令金等八人，以航海值颶風漂至淮安，守臣驛送京師。詔恤而遣之。癸丑，詔停應天府加派糧銀。
九月己酉，以災傷免應天、蘇、松、常、鎮等府並徐、邳等州、縣、南京錦衣衛、所田糧有差。甲寅，以水災詔淮安所屬州、縣及揚州之寶、泰、徐州之蕭、碭，改兌米於德州倉，支運二萬石，仍如例蠲免。
三十一年三月甲午，改總理河道、都察院右副都御史連總督漕運兼巡撫鳳陽。升南京欽天監正周相為應天府府丞。己亥，升河南左布政使曾均為都察院右副都御史，總理河道。
五月戊戌，改南京吏部尚書屠楷為南京兵部尚書，參贊機務。
六月甲子，兵部復：「原任南京兵部尚書韓士英條陳馬政，一、上、江二縣歲出馬給南京諸營，民力不堪。宜量於江南所輸京師折色馬一千九百餘匹中，改本色二十之一給南京營。每匹如例補價十八兩，類解兵部，以充歲數；一、南京諸營馬，當下圩者，圩舊在鎮南等衛和尚港、銅井諸處，濱江曠野，牧事不便，宜令人佃之。易以各營教場及京城內外三條街、雞鳴山等場；一、南京內外守備，自正德間增設之後，每十日至役馬四百匹，歲費芻豆以巨萬計。今所增守備已革，則馬亦宜減；一、養馬宜順其性，夏秋馬嗜青草，而以宿稿予之，是空費也。宜月給軍銀三錢六分，令買青飼馬；一、各衛草場，自嘉靖九年命御史清查後，二十餘年矣，奸民欺隱，豪右兼併，幾不可問。宜復令屯田御史俱核之；一、馬戶納馬，本部所司，既具復後，又歷內外守備及兵科輾轉稽淹，動盈月余，以為民累。今宜獨令該司及兵科驗給馬戶。次日，諸營馬隊俱以牒報守備，凡營馬不堪，即責馬戶買易，為累甚多。宜令每馬一匹，加銀一兩；一、原編馬戶四十八名，歲久消乏。乞許該司會同科道添派，分上中下三等，更班買馬。」報可。
八月丙子，南直隸屯田御史張鑒條陳便宜：「一、乞復南京四十二衛教場，除其屯糧計一百二十餘石；一、屯田每一分補空丁一名，及時耕種，暇日操練，免其赴運、赴操，以示優恤；一、嚴查勢族侵占及冒報升科者，盡沒入官。仍撥余軍屯種。」下所司議復。從之。
九月丁酉，升應天府府尹歐陽塾為南京工部右侍郎，提督操江。河決徐州，房村至邳州新安等處運道淤阻五十里。御史黃國用以聞。詔督理河漕大臣，先議通運船，以次塞決疏淺，並條列利弊具奏。戊戌，巡撫應天都御史彭黯奏，捕得江洋盜黃永忠、龔十八等。詔即其地誅之，賞兵備副使饒思聰銀幣，奪失事、吳淞江所掌印指揮陳大綸職，及金山守備王世科等俱下御史逮問。壬寅，改南京戶部尚書王崇慶為南京禮部尚書；升江西右布政使蔡克廉為南京都察院右僉都御史，提督操江；南京光祿寺卿扈永通為應天府府尹。丙午，以淮安、揚州、徐州各府州、縣頻年大水，量准折征秋糧如二十四年例，仍令所在有司發贓罰銀及預備倉糧，相兼賑濟饑民。
十月庚午，以水災免直隸淮安府、邳、徐等州正官入覲。辛未，改鎮守兩廣總兵、鎮遠侯顧寰充總兵，提督漕運，鎮守淮安地方。
十一月壬寅，初，給事中林懋舉、御史王民皆言：「南京浦子口，宜設戰船，習水戰，以備不虞。」南京兵部尚書屠楷等言：「留都長江天塹，南有新江口營，統水卒以扼江洋之險；北有浦子口營，統陸卒以遏鳳陽之沖，至嚴也。今浦子口，軍不滿二千，不能當江口之十一，而水戰又非所長，不若量增邏卒，置之江口。而於浦口沿江增墩台十座，選軍二百人守之。長江寇來，陸軍協力拒戰，絕其登岸之謀；北岸有警，水軍沿江應援，斷其入江之路，庶為長便。」兵部復，當如楷言。報可。
十二月壬子，河道都御史曾鈞奏上治河方略，自房村集至雙溝、曲頭諸處當浚，自徐州高廟至邳州沂河諸處當築堤，約工費當用銀十一萬三千餘兩有奇。乞發淮、揚余鹽並鄰省事例銀兩協濟，其諸省解京扣剩、河道及南直隸贓罰等銀，亦宜暫留，以助大工。工部複議。上曰：「河患異常，所在有司，漫不經心，姑記罪候處。鈞所請俱從之。仍令會同漕運都御史連，以實舉行。自後河道錢糧，別衙門不許擅自動支。」癸亥，法司上是歲恤刑官論囚矜疑之數。南直隸江南七十二人，詔免死發戍。
三十二年正月戊寅，先是大學士嚴嵩等言：「徐、邳等十七州、縣，連被水患，民飢剽劫，吏不能禁，恐生他變。乞命戶部給發余鹽銀兩及徐、淮等倉存留糧米，選差大臣出賑。仍令工部行巡撫及河道官，急將黃河下流設法疏浚，令水歸故道，百姓有廬室田畝可依，得以安堵。」上從其言，命河道都御史曾鈞，漕運都御史連，作速勘處以聞。至是鈞等奏謂：「劉伶台至赤晏廟凡八十里，乃黃河下流，頃為淤沙壅塞，以致奔潰，此其疏浚所最先者。次則草灣老黃河口衝決，淹沒安東一縣，亦當急築。既成之後，宜築長堤磯嘴，以備衝擊。又三里溝新河口，比舊口水高六尺，若開舊口，雖有沙淤之患，而為害稍輕，若開新口，未免淹沒之虞，而漕舟頗便。宜將新口暫閉，建置閘座，及將高家堰增築長堤。原建新莊等閘，加石修砌，以遏橫流。但挑築工料，計用銀十三萬九百餘兩，乞發淮、揚、滸墅三鈔關並蕪、杭二抽分銀兩解用。」工部複議，從之。已命發淮、徐倉粟、麥四萬石，運司余鹽銀五萬兩，遣刑部左侍郎吳鵬往賑之。
閏三月甲戌，海賊汪直糾漳、廣群盜，勾集各島倭夷，大舉入寇。連艦百餘艘，蔽海而至。南自台、寧、嘉、湖以及蘇、松，至於淮北，濱海數千里，同時告警。
四月壬午，初，山東、江北連歲水旱，饑民蜂起為盜。劇賊時洲、時愷、馬愛等，各聚眾數百人，流劫沂、邳間，燒毀泇口鎮，地方甚被其害。巡按直隸御史李逢時以聞。詔停山東、淮安撫臣沈應龍、連及兵備等官俸，令剋期平定。至是山東麥收甚穰，饑民多歸就業。應龍等復檄許群盜自首，於是賊勢衰耗，諸首惡多就擒。應龍等以事平具聞。詔斬所擒獲諸盜，而貸其自首者。命應龍等支俸如故。戊子，倭寇犯太倉州，攻城不克，分眾四掠，燒毀關廂廬舍。癸巳，倭寇破松江上海縣。丁酉，改南京吏部尚書潘潢為南京兵部尚書，參贊機務。倭寇攻吳淞江所、南匯所，俱破之，分兵掠江陰。庚子，江北倭掠海州，殺二百餘人。
五月癸丑，倭寇復入上海縣，燒劫縣市。知縣喻顯科逃匿，指揮武尚文及縣丞宋鰲俱戰死。賊屯縣中七日，縱火焚官民廨宇廬舍略盡。丁巳，淮安府知府張敦仁上言：淮、徐連遭水旱，請將漕糧折銀蠲免。又淮安、大河、邳州三衛、守御東、西二海所，官軍俸糧歲五萬七千餘兩，請如先年例，暫留鈔關銀數萬兩，或撥運司鹽銀給之。戶部議復：「京儲至重，不得盡免。上年漕糧折銀，仍令起解。今年已征在官者起運，未征者姑俟秋成如數帶徵。其官軍俸糧，當以鹽銀一萬二千兩給之。」詔如擬。甲子，添設金山參將一員，分守直隸蘇、松等處，防海備倭。庚午，南京兵科給事中賀涇奏：「上年倭寇突犯浙東，未遭挫衄。今歲勾煽醜類，連艘內訌，以浙省防禦漸密，乃泊守寶山，進窺蘇、湖等郡。竊惟留都根本重地，海洋密邇。鎮江京口，乃江淮咽喉，瓜埠、儀真又漕運門戶。今賊勢披猖，防制疏略，萬一黠寇匪茹，橫掠而西，將致根本震動，運道艱阻，為害非淺。矧今西北疲於邊烽，而瘡痍未蘇，中原困於饑饉，而萑苻不靖。其財賦供億，所仰給者，唯東南數郡已爾，復被寇燹，若此真可寒心。臣考嘉靖八年、十九等年，皆因海寇竊發，添設總兵官駐紮鎮江，事平面罷。今請暫設此官，俾整飭上下江洋，總制淮海並轄蘇、松諸郡，庶事權歸一，緩急有賴。」南京廣西道御史汪克用亦以為言。兵部復：「總兵官如議添設，令駐紮金山衛節制將領，鎮守沿海地方，調募江南北徐、邳等處官、民兵，以充戰守。其操江都御史敕內，未載海防，並當增易。」上命：「暫設副總兵一員，提督海防。應用兵糧，巡撫並操江官協議以聞。操江都御史敕書不必更換。余如所議。」已，乃命分守福、興、漳、泉參將湯克寬充海防副總兵，提督金山等處。
六月壬午，謫總督漕運兼巡撫鳳陽都御史連於外任，坐地方災盜，匿不以聞故也。乙酉，改賑濟淮、徐刑部左侍郎吳鵬為兵部左侍郎兼都察院右副都御史、總督漕運兼巡撫鳳陽。壬辰，巡撫應天都御史彭黯、巡按御史陶承學等言：「寇勢日熾，非江南脆弱之兵，承平紈袴之將所可辦者。請得以便宜調山東、福建等處勁兵，及敕巡視浙江都御史王忬督發兵船，犄角攻剿。」疏下，兵部復：「山東陸兵不嫻水斗、福建海滄月港亦在戒嚴，豈能分兵外援。宜令黯等就近調處州坑兵一二千名，仍隨宜募所屬濱海郡縣義勇、鄉夫，分布防禦。並請命王忬互相應援，其應用兵船、糧餉、器械、火藥，許徵發在所支用。」署南京兵部事、尚書孫應奎亦言：「倭夷劫掠，漸近留都。沿江津隘，已議調官軍防守。應用甲仗、糧芻，乞命南京戶、工二部給發。」上俱允之。
七月戊申，巡撫應天都御史彭黯以倭寇出境，浮海東遁來聞。寇自閏三月中登岸，至六月中始旋，留內地凡三月。若太倉、嘉定諸州縣，金山諸衛所皆被焚掠，上海縣、昌國衛、南匯、吳淞江、乍浦、螓嶼諸所皆為攻陷，崇明、華亭、青浦等縣鄉鎮，焚盪略盡。向來所稱江南繁盛安樂之區，騷然多故矣。甲子，史褒善為南京都察院右僉都御史、提督操江。
八月丁丑，起服闋戶部尚書張經為南京戶部尚書。
九月癸丑，總理糧儲、巡撫應天都御史彭黯以江南連年倭寇，兵餉不給。乞暫留布匹、船料、事例、折糧民壯、弓兵銀以濟軍餉。又言：「太倉、上海、嘉定被患特甚，宜破格優恤撫屬。兌軍糧米，每於年終征完俟兌，而運船多至次年三四月始至水次。時海潮風汛，事變可虞，乞敕漕運都御史將減存未運現在糧船，先撥於上海、嘉定、崑山、常熟，江陰、丹徒諸處，於年終兌載。」章下戶部，言：「布匹、船料、事例、折糧銀，皆內府太倉急需，非所敢議。惟去年巡按御史徐洛籍報，蘇、松、常、鎮四府實在銀二十八萬兩有奇，可備軍餉。其優恤太倉、嘉定、上海，及漕運兌載事宜，請如黯議。」報可。甲子，以災飢，詔免淮、揚二府所屬州、縣及各衛，所稅糧有差。仍敕有司出贖金販濟。增設分守直隸通、泰等處參將一員。辛未，倭賊百餘，由華亭縣漴缺登岸，流劫戚水涇、金山衛等處。自六月中，倭大舉東遁，江南稍寧。惟崇明南沙泊失風寇幾三百人，舟壞不能去。總兵湯克寬、僉事任環列兵守之，月久未克。至是寇警又作，遠近震恐。
十月癸未，南京修理皇城興工。戊子，漴缺倭移舟泊寶山。總兵湯克寬引舟師追擊之，及於高家嘴，毀其舟，斬首七十三級，生擒十四人。壬辰，海倭三百餘人，突犯上海縣，太倉州等處，復入常熟縣福山港。知縣王鐵率民兵御之，寇乃引去。丁酉，改南京戶部尚書張經為南京兵部尚書，參贊機務。
十一月癸卯，升南京都察院右都御史周延為南京吏部尚書。乙巳，前犯常熟倭，復由上海七灶洪登岸，流劫三林莊、南匯所、吳淞江所及嘉定縣地方，至十九日始去。戊申，改南京工部尚書孫應奎為南京戶部尚書。丙辰，升總理糧儲、巡撫應天、兵部左侍郎彭黯為南京工部尚書。辛酉，升江西右布政使方任為都察院右副都御史、總理糧儲、巡撫應天。
十二月庚辰，改刑部右侍郎鄭曉為兵部右侍郎兼都察院右僉都御史、總督漕運、巡撫鳳陽等處。甲申，應天巡撫都御史彭黯、巡按御史孫慎以蘇、松、常、鎮四府近遭倭患，居民流徙，請蠲太倉州京庫銀三萬六千二百兩有奇，嘉定縣京庫銀八千四百兩有奇，上海縣京庫銀五萬八千九百兩有奇。其餘四府所屬州縣積逋二十七年至三十一年錢糧，皆停徵。又言南方衛所沿邊者戍，腹里者運，制也。自邇年以松江所運船二十隻改派金山衛及青、南二所代運，邊腹互失其職，宜復舊制。章下戶部議：「京庫銀不敢議免，其積逋錢糧，自光祿寺物料並三十一年以前布疋外，皆可緩徵。運船舊制宜改復，如黯等言。」報可。丙申，升江西左布政使陳洙為都察院右副都御史、總理糧儲、巡撫應天。辛丑，南京兵科給事中賀涇條奏拱衛留都七事：「一、議事權。凡地方有警，南京兵部會推知兵大臣一員，在江南則居新江口等處，在江北則居滁、和、浦口等處，居中調度，相機剿捕；二、簡官軍。各營軍士，宜汰其老弱，補以精壯，仍選謀勇者為把總。無事常行訓練，有警徵調防剿，所司以時閱視。許動支地租營房銀犒賞；三、浚城潦。通濟等十三門，兵馬通衢，有為民居妨礙者，折毀。神策等三門濠河，有填淤者，浚治；四、肅門禁。守門軍士，原給器械，宜專官查驗、整理；五，詰奸細。京城內外及徐、滁、和地方，宜編立保甲，嚴行稽察；六、處操船。水軍戰船，宜仿沙船改造，其艨沖、樓船當量存之；七、重應援。池河新營所轄飛熊三衛，敕巡視官聽兵部節制。江北有警，亦聽鳳陽撫、按官調遣。」上從其議。巡按直隸御史孫慎勘報：「倭夷殺掠吳淞、嘉定諸處，論巡撫彭黯、參政翁大立、六合知縣董邦政、副總兵湯克寬，指揮劉重光不能防禦，乞正其罪。陣亡鎮撫胡賢、重傷指揮黎鵬舉並宜優恤。」得旨：「倭奴侵擾，諸臣督守無策，黯停俸四月，大立二月，邦政等姑宥之。克寬停俸，戴罪殺敵立功。余從所議。」
三十三年正月辛未，應天巡撫都御史彭黯以寇患孔棘，請令蘇、松、常、鎮四府得納承差如各省例，並榷閶門商稅，留三十一年以前應解本色布銀，以充軍費。從之。
二月庚辰，海寇由上海黃浦逸出攻松江府。官兵追戰，敗績。縣丞劉東陽死之。丙戌，兵部復：「原任巡撫應天、都御史彭黯奏去年九月倭賊流劫華亭、南沙、上海、吳淞江等處，諸守臣功罪狀。初寇入，副總兵湯克寬、兵備僉事任環、松江府同知郁文奎等迎戰，皆不利。後克寬追寇於寶山，破之。環等各嚴兵自守，雖無斬獲功，境內以全，罪亦可原者。」上是之。命赦還文奎等罪，各策勵兵供職，克寬功罪俟復勘議處。
三月辛丑朔，升工部左侍郎陶尚德為南京刑部尚書。甲辰，改南京兵部右侍郎屠大山為兵部右侍郎兼都察院右僉都御史，總理糧儲，提督軍務兼巡撫應天。以南直隸太倉州、上海、華亭二縣被兵，准改徵兌運米折色有差。庚戌，免蘇、松二府三十三年應派料價，充海防軍餉。乙丑，蘇、松倭寇掠民船入海，趨江北岸，薄通、泰等城，焚掠各鹽場，餘眾有漂入青、徐界者。
四月壬午，揚州衛千戶洪岱、文昌齡、泰州所千戶王烈督兵援通州，至西門外三里橋遇賊戰，俱死之。乙酉，倭寇襲破崇明縣，知縣唐一岑死之。甲午，增設鹽城縣洋麻港口、海州東西二所把總官各一員。
五月辛丑，以災傷，詔以淮安府屬州、縣改兌糧八千六百石，俱准折征。戊申，初，通州三里河之役，賊兵僅百餘人，鹽徒及脅從者千餘人，時參將解明道擁重兵居城中；揚州府同知朱裒、儀真守備張壽松軍城外。鳳陽巡撫鄭曉議發兵往援，檄原任都指揮月輪將之，輪辭以非朝命不至。曉仍更檄兩淮運判馬倫、原任儀真守備陳津，往會千戶洪岱等合戰。城內外兵無一策應者，岱等孤軍敗。岱與千戶文昌齡、王烈皆死。至是，曉上疏言狀，因請治明道等畏怯、輪推避之罪。得旨：「洪岱、王烈、文昌齡俱贈指揮同知，子孫升襲。褫明道與壽松等職，各戴罪立功。輪令巡按御史逮至京問。」己酉，兵部復：「巡按御史孫慎言，浙江、江北諸郡，寇患方殷，蘇、松二、三月間，所在告急，皆經略失人，軍令不嚴所致。乞敕巡撫屠大山，收召忠勇之士，申明誤軍之罰，仍榜諭沿海居民，有能奮勇殺賊者，如軍功升賞，所得寇器，悉以與之。計擒賊首者，許奏升指揮、僉事，世襲。一切軍費，悉從便宜區處。督糧參政翁大立，無事令往來蘇、松、常、鎮，催給糧餉。有事專往松江，以便調度。」詔以其議屬大山舉行，仍趨令赴任，不許遲緩。庚戌，調原任湖廣按察司副使張景賢，整飭淮、揚兵備，專理海防。時倭寇未靖，總督漕運侍郎鄭曉及直隸巡按御史李逢時共疏，請添設兵備一員，專住泰州，以防通、泰、海州海賊出入之路。吏部復，從其請，因調景賢為之，仍列銜於湖廣。辛亥，詔發南京戶部銀二萬兩，為蘇、松備寇兵費。庚申，江北倭寇攻如皋縣，不克。辛酉，增設把總官一員，於泰興縣周家橋防守。從操江都御史史褒善請之。
六月壬申，詔復設管河郎中一員於江南，既而罷之。初，漕運侍郎鄭曉奏，糧船過淮衍期，皆坐鎮江以南內河淤阻之故，乞特遣一部臣督帥有司，疏通河道。章下工部議，以為便。從之。吏部因言：「江南舊有水利郎中一員，兼管鎮江運道。後因權輕不便鈐轄，乃以其事專責之巡撫。今復設部官，他日又將以為不便矣。」上曰：「管河郎中，既有前旨裁革，罷勿遣。其經理運道事宜，仍責成巡撫如故。」壬午，升應天府府丞李珊為本府府尹。戊子，升戶科都給事中凌汝志為應天府府丞。丁酉，添設揚州府同知一員，專駐瓜州，督捕江海盜賊。從漕運都御史鄭曉奏也。
七月丙午，蘇州倭寇流劫至嘉善縣，轉趨松江出海。參將俞大猷，擊敗之於吳淞所，擒七人，斬首二十三級。乙丑，以兵荒，量免淮安府、衛及通州、如皋、海門屯糧，並改折海門、山陽、鹽城、贛榆、沭陽兌米有差。
八月己巳朔，上命總督漕運、侍郎鄭曉督修如皋、海門、泰興、海州、鹽城等處城池塞堡，添設掘港把總官一員備盜。癸未，倭寇薄嘉定縣城，參將李逢時、許國遇於新涇橋，敗之。擒斬八十餘人。庚寅，起聽勘原任昌平州右僉都御史周珫總理糧儲、提督軍務兼巡撫應天。丁酉，增造南京新江口兵船二百艘。先是，新江口額設船四百艘，以操江都御史潘璽奏減其半。至是，魏國公徐鵬舉以海寇騷擾，請改沙船，增復舊額。從之。
九月乙亥，詔停蘇、松、常、鎮四府租一年，以被倭故也。己酉，南京兵部尚書張經以倭寇充斥，議留折兌運糧，借用兩淮鹽銀、蘇府滸墅鈔關船料、後湖贓罰十萬兩，充兵餉。戶部復：「太倉等州縣漕糧改折扣留，已為破格，若並折色而盡留之，漕規廢壞，何所紀極。宜止以太倉州三十二年秋糧折兌銀三萬五千有奇、華亭縣二萬六千有奇，共抵作原議聽留蘇、松、常、鎮四府三十三年兌運秋糧並派剩銀兩之數，存留充餉。後湖抵贖，以其半與之。」報可。乙卯，倭寇七十餘人犯海門縣，焚舟登岸。淮揚兵備副使張景賢，亟引御之，戰於呂四場，盡殲其眾。
十月壬申，命錦衣衛械繫原任應天巡撫屠大山、參將許國、李逢時、副總兵解明道至京訊治。先是，采淘港之役，坐兩將不相能，各兵趨利不止，故垂成而敗。時明道督水兵泊海口，坐視不救，大山方稱疾不視事。至是，御史張師價以敗事聞，請治大山、逢時、國、明道各失事罪。於是大山逮至，黜為民，明道等論斬。乙亥，免是歲南京決囚。辛巳，兵科給事中李用敬論劾總督、南京兵部尚書張經縱賊誤國。上命改經為右都御史、兼兵部右侍郎專一總督軍務，剋期平賊，不許怠誤。以南京吏部尚書周延代經為南京兵部尚書，參贊機務。壬辰，倭寇三千餘人由金山突至西海口，登岸分掠。
十一月甲寅，倭寇犯松江、青村所等處。
十二月甲戌，命調永順宣慰司彭明輔、保靖宣慰司彭藎臣各帥所部土兵三千人，前赴蘇、松剿賊。先是，總督張經議調廣西狼兵及湖廣民兵，尚未至。而蘇、松自十月後，新寇繼至者又萬餘人，經至是告急。因復以調兵請，許之。乙亥，以蘇州被寇，暫令滸墅鈔關收折色一年。丁亥，升江西左布政使汪宗元為應天府府尹。甲午，以淮安府災荒，准改折預征本色馬匹三分之一。
三十四年正月丁酉，命南京中軍都督府僉書萬表掛印充總兵，提督漕運，鎮守淮安。庚戌，南京應天府死囚吳恭伯等十五人越獄，奪城門走。詔錦衣衛逮府尹李珊來京訊治，革守備魏國公徐鵬舉任。已，鵬舉上符敕請罪，乃命奉祀孝陵，於南京中府帶俸。珊械至法司，以案證在南京，請下巡按御史查劾。久之，御史為之開釋，請仍在籍聽用。從之。丙辰，工部尚書吳鵬奏：「邇者，黃河衝決飛雲橋，於是昭陽湖水櫃淤為平阜，今與運河無涉。櫃外余田四百九十餘頃，召民佃種，人授田五十畝，每畝征銀三分，以備河道之用，日後或於河渠有濟，仍退還官。其馬場、南旺、安山等三湖水櫃，不在此例。」報可。甲子，巡撫應天都御史周珫奏：「蘇、松二府，連被兵荒，乞將三十三年稅糧盡數蠲免，華亭、上海及嘉定、崇明四縣仍發銀賑濟。」戶部復：「該府本年民糧存留者，依擬蠲除。起運者，除派內府、王府糧米及議改折外，俱暫停徵，再將華亭、上海、嘉定三縣各扣京庫米四萬石。崇明原無起運，令於別庫計處銀一萬兩，給散貧民。」報可。乙丑，升原任兵部左侍郎張時徹為南京兵部尚書，參贊機務。
二月己卯，改南京禮部尚書王崇慶為南京吏部尚書。丙戌，遣工部右侍郎趙文華祭告海神並察視江南賊情。初，文華條陳禦寇便宜，首請遣大臣祭東海。至是，禮部復如其言。上以問大學士嚴嵩，嵩言：「南賊擾據蘇、松二載，設官調兵，未見實效。屢次奏報，或多失實。宜依部復遣大臣往祭，宣布朝廷德意，即令察視賊情，以區處長策，具實奏聞。其所差官，或即用文華亦可。」上乃命文華往。辛卯，修理南京城垣。壬辰，以淮、徐災傷重大，詔折征漕糧十分之三，每石征銀六錢。
三月甲寅，蘇、松兵備任環督參將解明道等，以舟師與寇戰於南沙野茅洪，敗之，斬首一百八級。
四月辛未，工部侍郎趙文華至松江祭海神。是時倭據川沙窪、柘林為巢，經冬涉春，新寇復日有至者，地方甚恐。及聞狼兵至，人心稍安。總兵俞大猷遣游擊白泫等將狼兵數隊，往來哨賊，乘隙邀擊。舍把田鑾等稍有斬獲，文華因謂狼兵果可用，厚犒之，激使進剿，至漕涇，遇寇數百人與戰不勝，頭目鍾富、黃維等十四人俱死，兵眾失亡甚眾。於是賊知狼兵不足畏，復肆掠如故矣。乙亥，倭犯江北淮、揚等處，前後由通州之餘東場、海門之東夾港地方登岸，流劫狼山、利河等鎮，呂四、余西等場。丙子，江北倭突入通州南門，燒民屋二十餘間而去。己卯，升吏部左侍郎葛守禮為南京禮部尚書。甲申，柘林巢賊分眾三千餘，過金山衛。總兵俞大猷督游擊白泫及田州瓦氏兵遮擊之。賊鼓眾來沖，官兵大潰，死亡無算，賊遂奔犯浙江。乙酉，江北倭犯淮安鹽城縣。戊子，三丈浦倭賊分眾掠常熟、江陰村鎮，兵備任環督保靖土兵千餘及知縣王鐵、指揮孔燾分統官、民兵三千攻其巢，破之。斬首百五十餘級，燒賊船二十七隻，余賊奔江陰。辛卯，川沙窪倭駕舟出海，官兵縱火焚其巢。風盪賊舟一，至戚家墩。游擊白泫、劉恩至獲之。斬首三十七級。是日，江陰賊亦出江東遁。
五月甲午朔，升刑部左侍郎陳儒為都察院右都御史，總督漕運，巡撫風陽。戊戌，原屯川沙窪倭賊突犯關港、周浦、車浦等處，奪舟過浦，分掠泗涇、北簳山。僉事董邦政、游擊周藩引兵追擊，遇賊於唐行，我兵驚潰。藩被創死，軍士死傷者幾三百人。賊遂屯駐古塘橋，流劫崑山縣石浦等鎮。甲辰，倭寇五十餘人，自山東日照縣流劫安東衛，至淮安贛榆縣。是日，呂四場有倭舟突犯，沿劫東團等處，該場副使李政，督率耆灶，奮銳攻之，斬首四十五級，盡殲其眾。乙巳，寇舟三十餘艘，眾約千餘人，自海洋突犯蘇州青村所，攻城不克，遂縱火自焚其舟，登岸肆劫。是時，新寇復大至，自青村外若南沙、小烏、北浪港諸處悉有賊至，泊岸即焚舟散劫。官兵稍稍逼之，乃合勢犯蘇州陸涇壩及婁門。南京都督周於德引兵來援，一戰而敗，鎮撫孫憲臣被殺。賊遂中分其眾為二：一由齊門北馬頭而北，轉掠滸墅關、長洲五都等；一由胥門、木瀆而南，轉掠吳縣橫塘等鎮，延蔓常熟、江陰、無錫之境。出入太湖，莫能御者。己酉，詔錦衣衛遣官校逮總督南直隸、浙、福軍務、右都御史張經及參將湯克寬，械繫來京問。以侍郎趙文華劾其畏葸失機，玩寇殃民故也。倭自去歲據松江柘林、川沙窪二處為巢，縱橫肆掠，周圍數百裡間，焚屠殆遍，水、陸兵無敢近者。本年三月初，廣西田州土官婦瓦氏，及東蘭、南丹、那地、歸順等州狼兵六千餘名，承經調至。狼兵輕慓嗜利，聞寇富有財貨，亟欲取之。居民亦苦寇暴，朝夕冀幸一戰。文華既至嘉興，屢促經亟檄狼兵剿賊。經曰：「賊狡且眾，今檄召四方兵，獨狼兵先至耳。此兵勇進而易潰，萬一失利，即駭遠近觀聽。姑俟保靖、永順土兵至，合力夾攻，庶保萬全。」文華再三言，經終守便宜不聽。文華乃疏言：「經養寇糜財，屢失進兵機宜，惑於參將克寬謬言，欲俟寇飽載出洋，以水兵掠余賊報功塞責耳。宜亟治，以紓東南大禍。」疏至，上以問大學士嚴嵩。嵩對具如文華言，且謂蘇、松人怨經，不可復留。宜與克寬俱逮京鞫訊，以懲欺怠。經、克寬遂並得罪。尋升巡撫應天右僉都御史周珫為兵部右侍郎，仍兼原職，代經總督。贛榆倭流劫海州、沭陽、桃源等處，至清河阻雨。徐、邳官兵分道蹙之，殲於馬頭鎮民家，斬首四十一級。此賊自日照登岸，不及五十人，流害兩省，殺戮千餘人，至是始滅。甲寅，柘林倭賊縱火自焚其巢，駕舟二百餘艘，出海東遁。乙卯，蘇松兵備任環督總兵俞大猷等官兵，及永順官舍彭翼南等土兵、蘇州府、縣鄉兵進攻陸涇壩。敗之，斬首二百七十有奇，焚賊舟三十餘艘，余賊奔潰。丁巳，升浙江按察使曹邦輔為都察院右僉都御史，提督軍務，巡撫應天。倭寇常熟縣，知縣王鈇率兵乘城御之。賊屢攻不克，移舟泊三里橋。鈇及鄉宦、參政錢泮率耆民家丁追賊，及於上滄港，為賊所掩擊，俱死。其民丁僅有脫者。辛酉，侍郎趙文華復疏陳倭患出沒之形，並劾巡撫周珫、總兵白泫、僉事董邦政等縱寇喪師，使零賊奔潰，餘孽復張。因言：「巡按御史胡宗憲，才智異常，安危可寄，宜亟付以大任。」兵部復上其議。上責珫統重兵不能擒斬逸賊，致蹶將損師，本當逮治。第時方用人，姑停珫俸，褫泫及邦政職，充為事官，戴罪殺賊，如更怠縱，罪無赦。宗憲俟論功之日，不次超擢。文華仍奉命督師，參奏僨事者，勿畏避。
六月丙寅，改南京工部尚書楊行中為南京吏部尚書。甲戌，三丈浦倭賊駕舟出海，總兵俞大猷引舟師遮洋擊之，斬首一百三十有奇，沖沉賊舟七艘，賊遁泊海洋三板沙。庚辰，三板沙倭賊搶民船出洋，參政任環、總兵俞大猷引舟師追擊於馬跡山，擒倭首灘舍賣及從賊五十七人，斬首九十三級。是日，倭舟有被海風飄回者，舟壞，余賊五十人，屯嘉定縣民家。參政任環以耆兵攻之，不克，傷亡幾三百人。乃投火民宅爇之，賊盡死。乙酉，蔡涇閘倭至夏港鎮。副使王崇古督水、陸兵夾擊之，賊遂出港泊淺沙，分舟南犯，至靖江陳公港登岸。我兵急擊之，斬首四十有奇，余賊走入民家，我軍焚而殲之。
七月戊申，革金山備倭都司，改設參將一員於蘇、松，暫設參將一員於常、鎮。壬子，南京兵部尚書張時徹等奏：「應天等府地廣，巡撫一人，控制為難。乞添設兵備或巡撫以便責成。」部議：添設兵備副使一員，於句容、溧陽、廣德，往來駐紮，選調建陽、宣州，新安三衛官軍並所屬民兵，相兼操練，聽督撫官調遣。」疏入。得旨：「邇者，每遇賊警，所司不思設謀戰守，輒議增官，隨以無補罷之，殊為紛擾。且蘇、松、浙江添官未為不多，選用匪人，何能有濟。所議姑允行，事寧具奏裁革。」癸丑，江南金涇、許浦、白茆港諸倭俱載舟出海，總兵俞大猷督各水兵把總劉堂、火雷、余昂等引舟師追及於茶山，縱火焚其五舟，余賊走馬跡山、三板沙。復以兵追擊之，壞其三舟，凡斬賊首六十七級，生擒四十二人。是時，江陰蔡港倭亦引舟出洋，我兵分擊於馬跡、馬圖、寶山等處，共擒斬九十餘賊。值颶風大作，賊舟多溺，官兵船壞損者亦眾。次日柘林寇亦載舟出洋，為官兵衝擊及海風簸蕩，沉沒二十餘舟，余賊復回泊海港，登岸劫掠。丙辰，南京兵部尚書張時徹等言：「倭夷侵迫畿輔，而京軍遠戍京口，非計。乞掣回防守。」從之。
八月癸亥朔，倭自南京至秣陵關。應天推官羅節卿、指揮徐承宗率兵千人守關，望風奔潰。賊遂過關至溧水縣楊林橋，典史林文景率兵迎遏，不能御。署縣丞趙珠臣棄城走，賊遂由小北門入城，宴飲民家，信宿乃去。辛未，柘林賊載舟出海，僉事董邦政、總兵俞大猷各督所部水兵分哨擊之，斬首七十有奇，獲船九艘。邦政復以嘉定兵擊賊於寶山，斬首九十八級。甲戌，溧水倭流劫溧陽，趨宜興，至亭，聞官兵自太湖出，取道官路橋、黃土，越武進縣境，抵無錫惠山寺，一晝夜奔一百八十餘里。官兵追及，急擊之。賊疲走望亭，次日至滸墅關。都御史曹邦輔督各官兵圍之。乙亥，柘林開洋賊，遭風壞三舟，余賊三百有奇，自蔡廟港登岸，流至華亭縣陶宅鎮據之。壬辰，督察軍情、侍郎趙文華陳海防五事：「一、復更番出洋之制。國初海防之設極善，今乃列船港次，猶之棄門戶而守堂室，浸失初意。宜分乍浦之船以守海上陽山；蘇、松之船以守馬跡；定海之船以守大衢。三山品峙、哨守相聯。更以副總兵屯泊陳、錢諸島，以扼三路之沖，使賊不得越；二、總兵既屯海上，須藉舟師。今所造福船未辦，所調廣船未集，請以寧、紹、台、溫、蘇、松捕魚船，及下捌山捕福倉等船，約束分布，相兼戰守；三、浙直地勢相連，互為唇齒，宜設正、副總兵官二員，分駐金山、臨山會要之地，共守陳、錢；而以參將分守馬跡等三山，各督汛地，則勢成犄角；四、沿海一帶，軍伍不充。請籍現募鄉兵萬人，歲給半糧，免其他役，給閒田屯種，仿古寓兵於農之意；五、拒寇海中功與戰勝內地者異，宜厚其升賞。斬賊一顆，為首者升二級，為從者給賞。總兵等官，能使賊船不能登岸者，以保障論功。若無首級而止獲賊船者，亦以大小論級。」兵部復：「其議俱可行，但鄉兵萬眾，人給半糧，當議所出。恐江南賦已繁重，未免紛擾，事宜寢。」上從部議。蘇、松巡撫曹邦輔檄僉事董邦政、把總婁宇以沙兵擊滸墅關倭寇，殲之。初，賊自宜興奔蘇州，會柘林賊為風飄旋者三百餘，進據陶宅港。邦輔慮二賊合，且為大患，乃親督副使王崇古，會集各部兵，扼其東路，四面蹙之。賊逃至五龍橋，復至梅灣山，我兵隨地與競，頗有斬獲。太倉衛指揮張大綱被殺，兵卒傷亡亦眾。時邦政、宇督沙兵守陶宅。邦輔計陶宅賊據險且眾，未可進兵。乃召邦政、宇以沙兵助剿，一戰斬首十九級，賊始懼，奔吳舍，欲潛走太湖。官兵覺之，追及於楊林橋，盡殪其眾。此賊自紹興高埠奔竄，不過六七十人，流劫杭、嚴、徽、寧、太平，至犯留都，經行數千里，殺戮及戰傷無慮四五千人。凡殺一御史、一縣丞、二指揮、二把總，入二縣，歷八十餘日始滅。
九月乙未，命南京右府僉書署都督僉事方恩，掛印充總兵官，提督漕運，鎮守淮安。督察軍務，侍郎趙文華，大集浙、直兵，來攻倭於陶宅。賊分眾迎敵，我兵大敗。浙江領兵指揮邵昇、姚泓，直隸領兵千戶劉勛俱死。是時，文華以蘇寇之捷己不得與為恨，現調兵四集，謂陶宅寇乃柘林餘孽，可取。浙江巡撫胡宗憲因大言寇不足平，以悅其意。遂悉簡浙兵精銳得四千人，文華、宗憲親將之，營於松江之磚橋。因約應天巡撫曹邦輔以直隸兵會剿，定期浙兵分三道直兵分四道，東西並進。賊悉銳沖浙江諸營，皆潰。官兵擠沉於水及自蹂踐死者甚眾，損失軍士凡一千餘人。直兵亦陷賊伏中，死者二百餘人，由是賊勢益熾。庚子，詔留巡按蘇、常、鎮御史周如斗再歷一年，從其士民請也。乙巳，升刑部左侍郎張鏊為南京兵部尚書、參贊機務。以水災免淮安、揚州二府及徐州各衛、所秋糧有差。甲寅，命掌南京前府事誠意伯劉世延提督操江兼管巡江。
十月癸亥，陶宅倭見官兵四集，夜走周浦屯永定寺中，官兵追圍之。是時柘林開洋賊舟九隻，復回登岸，巢於川沙窪。丙子，巡撫應天都御史曹邦輔以剿滅蘇州滸墅關倭寇聞。且言：「連年寇患，其來必糾連大眾，多者數千，少亦不下數百。其登岸劫掠，近則百里，至遠不過千里。未有以五六十餘之賊，深入內地，轉戰數千里，直瞰都門，無所顧忌，若此賊者。且所過屠戮，極其慘烈，使不即殄滅，得以遁歸，彼已習知內地虛實，將來招引醜類為禍，殆未可量。所據僉事董邦政聞命疾趨，躬履行陣，橫犯鯨鯢之眾，不旬日而芟刈之，真可謂奇功也，請亟加褒錄。」總督漸直、侍郎楊宜亦報捷如邦輔言，復參邦政雖有斬馘功，然實故違節制，當罪。督察侍郎趙文華又言：「柘林余賊，復巢陶宅，臣同浙江巡撫胡宗憲督兵四千，來松江會剿。而應天巡撫曹邦輔、僉事董邦政不協力進兵，顧乃避難趨易，僥倖功捷，乞加懲究。」疏俱下兵部。部復：「文華所謂趨易，蓋指蘇州之寇而言；所謂避難，蓋指陶宅之寇而言。竊計二寇多寡雖殊，比量聲勢，不宜分難易論。若使合而為一，以流劫者之慓悍，濟屯聚者之蕃眾，未免益復滋蔓難圖。乃今蘇州之寇剿滅無遺，陶宅之寇自然勢孤氣沮，驅除為易。今第宜令董邦政戴罪自效，務將陶宅之寇亟行殄絕。俟事平之後，總較功罪，然後賞罰可得施也。」詔下邦政於總督都御史逮問。丁丑，應天巡撫曹邦輔，親督水陸兵分五哨攻寇於周浦城。賊迎敵，四哨俱奔潰，溺水死者數百人。獨中哨以邦輔在焉，且阻水得不潰。壬年，巡按直隸御史周如斗言：「方今蘇、松流突之寇已殄，屯聚之寇，其勢已孤。諸軍宜乘勝併力滅此餘燼不宜遷延養寇，使巢成谷登，新寇代至，復致曩者柘林之患。且近日直隸斬獲，悉本地鄉兵之功，其狼、苗二兵，自浙江衄敗後，一無足用。苗兵前猶有王江涇、婁門之捷，若狼兵則徒擾地方，無纖毫戰守力。至於川兵，雖未見可用與否，第萬里趨調，東西異宜，恐亦未足恃也。近起用原任總兵何卿、沈希儀，以其知兵，令督率川、廣調至之卒，展力取效。顧皆昏睡眊衰愞，一籌莫展。近日功捷，二人者，絕無所與，將焉用之？請罷遣二臣，並停徵兵之令，申飭督撫諸臣，督勵鄉勇，亟除殘寇。」上曰：「地方殘寇未靖，令督撫等官，速計剿絕。卿及希儀，令革職回衛閒住。」辛卯，以兵荒，免華亭、上海、江陰、常熟四縣存留稅糧，仍於起運數內量行改折。
十一月辛丑，有倭二千餘人，自海洋駕舟四十餘艘，先後入川沙窪，與舊賊合勢登岸，沿浦東一帶，焚劫四團、八灶等處。甲寅，吏部給事中孫浚言：「近見督察侍郎趙文華，請罷應天府巡撫曹邦輔，參稱約夾攻而後期。及考疏內所列邦輔督副總兵俞大猷進剿在九月十一日，浙兵次日方進，則後期之罪，不在直隸。矧今蘇、松民士謂邦輔實心任事，稱不容口。其前流劫留都之寇，又為邦輔所滅，功能瞭然。遽請斥罷，文華之意，殆不可曉。時東南用兵，寇勢方熾，臣誠恐有妨大計，竊請事權歸一，則責成專而無彼此牽制之患。昔漢祖任韓信專閫外，雖智如張良，不使干與，所以能成大功。方今江南之事，餐察司檢稽，而戰守大機當決之總督、巡撫兼提督，行伍專職當責之總兵。督撫統大綱，而城池倉庫，奉行策應，當付之有司。不然，權分勢軋，人皆掣肘，無以自盡其長。乞敕該部申明事權：督率不嚴，方略不慎，罪坐總督；錢糧不敷，調遣無法！罪坐巡撫；軍令委靡，戰陣退縮，罪坐總兵；策應不前，四境殘破，罪坐郡縣；檢察無實，功罪不明，或昧機專斷，強人從已，以致撓敗，罪坐督察。」上從其言。
閏十一月癸亥，南京兵部尚書張鏊復：「兵部尚書楊博所議防守留都四事：一、南京城廣而門多，不無兵分力寡，宜暫塞鍾阜、清江二門，以便關防；一、附近之水軍既屬操江，屯軍隨屯耕戰，安慶當長江上流，鎮江逼蘇、松寇患，俱難再調。惟滁州、宣州、建陽、安慶四衛之軍，宜屬溧陽兵備整飭，俟警徵發。孝陵、錦衣等衛，神機等營軍余，俱宜簡練，以備戰守；一、進鮮船隻，坐撥余丁過多，宜量為裁省，以充營伍；一、南京西南濱臨大江，足稱天險，東南百里內外，宜設險置戍，遠為控遏。陵寢近地，雖未易興工，至如秣陵、淳化、江寧三鎮原設巡司，弓兵單弱，宜增堡戍。」疏下兵部，言其複議悉妥。其暫塞二門，恐於神京風水妨礙，移文更審處之。癸酉，川兵游擊曹克新擊倭於嘉定之高橋，斬首二十八級。鏖戰自辰及未，酉陽兵先潰，諸軍遂敗。越二日，克新復督蜀中土、漢兵，分三哨追剿，左哨天全土兵及筠連弩手，奮銳沖賊，迎斬七十餘級。右哨酉陽、邑梅等兵復潰，我軍遂亂。為賊所乘，殺大渡河千戶李燦、成都衛百戶鄭彥昇，川兵傷亡及溺死十四，諸軍奪氣。是時，調至客兵太多，督撫率無長略，不能以恩威駕馭，諸兵遂恣睢暴肆，不復奉約束。川兵初與山東兵斗，參將尚允紹幾被殺。至於出戰，皆自為進退。酉陽兵既敗，即大噪奪舟徑歸。至蘇州，趙文華犒慰諭留之，不敢詰也。
十二月癸巳，詔名南京新設二營為振武營。用兵部初議，選南京各衛余丁補正軍三千，以都督段堂領之，使防守京城。又選孝陵衛余丁共三千人，以豐潤伯曹松領之，使拱護陵寢。乙巳，督察浙、直軍務侍郎趙文華，疏乞還京師。文華初奉命至浙，適廣西田州等狼兵調至，其土官婦瓦氏等知寇有厚蓄，銳意請戰。文華惑之，亟趨總督張經進兵。不得，則上書痛詆之。及湖兵至，經進戰王江涇，大捷，竟以文華前讒被逮。代之者為周珫、楊宜，皆庸駑無遠略。由是各兵漫渙，賊勢益熾。文華激獎瓦氏亟戰，亡其卒十七八，無尺寸功，文華乃大沮。及蘇州殄滅流寇，文華欲攘功後期，計陶宅遭颶余寇，可取以自飾。乃大集浙、直水陸兵四面攻之，大敗兵將傷亡甚眾。復趨浙、直再進兵，皆不克。副使劉燾、巡撫曹邦輔僅以身免。文華始知賊未易圖，即有歸志。及十一月，川兵破周浦賊，俞大猷復有海洋之捷。文華遽言：「水陸成功，江南清宴，臣違闕日久，請歸供本職。」是時，海洋回倭泊浦東，川抄舊巢及嘉定高橋皆有寇據。而新倭來者日眾，浙東西破軍殺將，羽書沓至。文華乃以寇息聞，其欺誕若此。
三十五年正月壬午，松江新場倭襲敗官軍於二橋，參將尚允紹等死之，亡其卒四百餘人。丁亥，詔留南直隸去年起運糧草派乘米折銀及滸墅鈔關額課銀給軍餉。從應天撫臣請也。
二月壬辰，以直隸華亭、上海、嘉定縣兵荒，停徵稅糧有差。乙巳，命操江都御史史褒善量調九江、安慶官軍防守京口、圌山等處，添設把總指揮一員領之。初，上從部議，以南京營兵不宜出戍，悉令掣還。及是江南北俱被寇，自京口以西至南京各關隘戍守，盡仰外兵，不敢發京營一卒。於是應天、常、鎮守臣，各稱不便。兵部乃復為請，於近京龍潭、觀音港、秣陵、淳化四處量發營兵與在城民兵戌之。其京口去京遠者，聽操江都御史以便宜調別衛軍協守，固有是命。乙卯，升順天府府丞葉鏜為應天府尹。
三月乙亥，升兵部左侍郎翁溥為南京刑部尚書。丙戌，倭船四十餘艘至乍浦登岸，流劫松江、嘉興等處。
四月己丑，改禮部尚書王用賓為南京吏部尚書。巡按浙江御史趙孔昭奏：「兩浙、蘇、松連歲被倭，赴任官往往以道遠限寬，得耽延規避。請革水程，使之無所藉口。」部復：「江南水路艱險，難以概革。今宜計其所受地，在二千里內可以刻期至者，革之，在外者仍與水程如故。」報可。戊戌，升山東左布政使孫應奎為都察院右副都御史，總理河道。辛丑，南直隸續至倭寇三千餘人，犯鎮江、瓜州、儀真等處。癸卯，以直隸鎮海、太倉、金山、松江、青村、南匯諸衛、所被寇，改徵屯糧折色一年。甲辰，江北倭寇流劫至圌山、山北等港。無為州同知齊恩率舟師迎戰，敗之。斬首百餘級。恩長子尚文、次子嵩、叔仲實、弟寶榮、侄慎寅、友良、大卿、孫童俱在行。嵩年十八，驍勇善射，獨前追賊至安港，恩等從之。會伏發，賊四面合圍，恩等及其家丁錢鳳等二十一人力戰，皆死之，獨嵩、慎寅得脫。賊乘勝遂至金山，殺鎮江千戶沈宗玉、王世臣於江中。庚戌，倭犯直隸西庵、沈莊、清水窪等處，總兵官俞大猷、蘇松海防僉事董邦政帥兵擊之，斬首三百五十餘級，賊遁陶山。
五月壬戌，南京兵部尚書張鏊、巡撫鳳陽都御史陳儒各奏：「海寇突入淮、揚，焚運船民舍，漸逼南都，乞速調客兵應援。」兵部議復，從之。癸亥，升浦口守御指揮使孫世勛為署都指揮僉事，提督南京金川等門官軍。以南京兵部稱，倭寇密邇，各門守衛軍弱故也。丙戌，降海防僉事董邦政為蘇州府同知，仍戴罪剿賊。坐督戰退縮，為御史周如斗所劾也。未幾，總督胡宗憲以四月中清水窪等處捷聞，稱邦政及總兵俞大猷功。邦政得免戴罪，仍送吏部擬升四品職級，大猷復祖職。時，邦政聞左遷報，已移病先歸。部疏未及上，如斗復論其怨望託病之罪，乞加重處。得旨：「東南多事之際，若遷謫官概因託病議罷，反遂其私。令亟催赴任，如再遲延，以法治之。」
六月甲午，升兼巡撫山西、江西右參政高捷為南京都察院右僉都御史，提督操江兼管巡江。丙申，蘇松寇自黃浦及七丫港遁出海，總兵俞大猷督水兵追戰。大敗之，斬首三百餘級。辛亥，以南直隸被倭，命量留今年兌軍漕糧，蘇州、松江二府各五萬石，常州三萬石，鎮江二萬石，充軍餉。
七月戊午，巡撫應天都御史張景賢奏，四月中福山港水兵叛降倭寇，引入內地劫掠。因劾把總指揮姜旦貪殘激變等罪。詔巡按御史逮旦至京問。
八月壬辰，以四月倭寇掠瓜州，燒漕糧三萬四千餘石，奪總兵官署都督僉事方恩俸三月，下把總指揮、千百戶等官於御史問。辛亥，官軍進剿海寇徐海等於梁莊，大破，平之。初，海既縛獻陳東等，退屯梁莊聽撫，時索船索賞，進退未決，其眾無所得食，稍稍出營擄掠。至是，官軍四面俱集，保靖、容美兵自金山至，永順兵自乍浦至，趙文華遂欲乘勢剿海。執海眾劫掠為詞，使人責問之。海知有變，乃阻深塹自守，為迎戰備。信好既絕，我師遂薄賊營，會大風縱火，諸軍鼓譟從之。海等窮迫，皆同戶投火中相枕籍死。於是浙、直倭寇悉平。
九月戊午，以直隸通州、泰州、江都、泰興、海門、如皋六州、縣被倭，免存留稅糧有差。乙丑，以直隸應天等府水災，蘇、松、常、鎮四府被倭，各量免秋糧及折征衛所屯糧有差。
十二且癸卯，尚書趙文華條陳防海事宜四事：「一，弛海禁。謂濱海細民，本籍采捕為生。後緣海禁過嚴，以致資生無策，相煽從盜。宜令督撫等官，止禁通番大船，其餘各聽海道官編成排甲，稽驗出入，照舊采捕；一、一事權。謂江海之防，祖宗設官分職，各有定守。邇緣倭患猖獗，隨宜更設，以致事權不一，南北扞格，彼此推調。操江都御史出外駐紮，而聽劾於巡江御史，既失居重馭輕之勢；金山副總兵即舊之備倭總督，乃無會哨江北之權。錢糧仰給巡撫，兵船無所分屬，卒然有警，難以調度。請以江海之防，分為三節：自南京至儀真為上節，責之操江衙門而會哨於儀真；自儀真至狼、福二山為中節，責之常、鎮、儀、揚參將、把總，會哨於狼、福，而巡江御史駐紮鎮江，參轄之，自狼、福至金山衛、江海相界為下節，責之蘇、松參將、把總，而金山副總兵常川會哨，巡江御史兼轄之。其兵船、錢糧，各以所屬巡撫料理，庶統屬分明，臨事可得實用；一、足兵餉。謂水陸客兵，缺行糧數月，乞留漕糧三十二萬七千石，分貯要地，充十萬客兵七八月之用，仍查催未完軍餉糧銀處補；一、舉遺材。謂地方多故，負才遺佚之士，有扼腕思奮者，如原任翰林院編修唐順之、右中允秦鳴夏暨參政胡松、翁大立、周相，副使李文進等，俱宜錄用，以濟時艱。」疏入，下所司複議，俱從之。癸丑，提督操江、都御史高捷奏：「狼、福二山，乃海寇出沒之處，請增募水兵萬人，福倉沙船三百艘，分發參將等官操練。」兵部複議，從之。
三十六年正月辛酉，升南京錦衣衛僉書、署都指揮僉事黃印為署都督僉事，掛印充總兵官，提督漕運，鎮守淮安。
三月壬辰，兵部復：「南直隸督撫等官胡宗憲等奏，直隸沿海之地，水兵把總則有吳淞江、劉家河、福山港、鎮江、圌山五總，然各守汛地，不相聯絡。宜添設游兵一部，撥給福船五十艘，令把總官一員統之，以為聲援，仍聽副總兵調度。」報可。乙未，總督漕運兼巡撫都御史蔡克廉請築寶應縣城，以防倭患。工部議復，從之。
二月甲寅朔，升總督陝西三邊右都御史賈應春為南京戶部尚書，戶部右侍郎吳嘉會為本部左侍郎，總督漕運，巡撫鳳陽；趙忻總理糧儲，巡撫應天。庚申，升總督湖廣、川、貴右都御史馮岳為南京荊部尚書；南京戶部右侍郎王誥為右都御史，總督漕運，巡撫鳳陽。辛巳，提督操江都御史高捷疏陳江防事宜：「一、補額軍。原額操江官軍一萬七千餘名，今缺少大半。宜行南京錦衣等衛、所照數補夠，毋得營改別差，避重投輕；一、擇將領。新江口操江把總、哨總、衛總等官，舊規俱守備衙門推委，官之賢否豈能盡知。宜令操江會同選補；一、重責成。江海水面，原無限隔，雖經分屯把守，逐節會哨，若使拘汛地不相應援，亦難防賊。宜將兵分正奇，南北內外，互相援剿，有功失事，各視主客通論；一、懸異賞。倭寇新來之船中無所有，及其滿載而後尾擊，其地方已受害甚矣。請以迎擊來船之賞，列之遮擊去船之上，去船止論首功，來船兼論船隻。」兵部議復，報允。癸未，升吏部右侍郎孫升為南京禮部尚書。
四月甲午，寇犯江北。先一舟自如皋縣掘港登岸焚劫，賊凡七十餘人，官兵合勢急擊，殲之於白蒲鎮。庚子，江北倭寇大至，自海洋二洲、掘港、呂四場等處登岸，凡二千餘人，流劫海門縣。壬寅，倭至通州，攻城不克，遂分二路西行，犯如皋、泰興。是日復有倭舟七艘，自金沙登岸。
五月癸丑，泰州倭轉掠揚州及徐州，官兵御之皆潰。賊遂薄新水關，矢及城中。庚申，高郵倭入寶應縣，信宿而去，突犯淮安府，掠船四十餘艘。旋復入寶應縣，燒毀官民廳舍。己巳，以揚州倭患，聽留兩淮余鹽銀三萬兩，仍提編明年均徭助用。壬申，寶應倭掘北土壩，泄河水入，乃駕舟溯東鄉，由鹽城至廟灣入海。居數日，開洋東遁。丙子，泗州倭分眾犯清河，攻入縣治，縱火焚劫而去，遂侵淮安府。庚辰，巡按直隸御史尚維持奏留松江府漕米五萬石，以備兵餉。從之。辛巳，寇入安東縣，進屯縣治，縱火劫掠。
六月乙酉，淮、揚兵備副使於德昌督水陸兵擊寇於安東縣，參將劉顯率苗兵直前沖賊，親斬其渠首，賊眾披靡，諸軍鼓譟繼進。賊走爭舟，水陸兵夾擊之，斬首百餘級，賊多焚溺死者。餘眾乃駕舟奔遁，退泊雲梯關。尋自刀門港遁。南京科道等官劉堯誨等言：「倭寇掠攻揚州、高郵，勢且侵及天長、六合，去留都不數舍。夫淮、揚為運道要衝，則當為國家血脈之慮；留都系陵寢所在，則當為國家根本之圖。惟陛下速敕諸臣，刻期剿滅，仍當重究參將黑孟陽等，以嚴失事之罰。」上以為然，命南京兵部撫、操官及督、撫諸臣，亟調兵驅剿，不得怠緩。仍擬黑孟陽死罪。革把總韓德楨、守備王表職，俱令立功白贖。辛丑，有折桅寇舟一艘，飄泊海州東陬山，居數日，奪舟而去。
八月乙未，浙直總督胡宗憲，淮揚巡按馬斯臧各以江北倭患平定來聞。詔兵部侍郎江東統兵還京。東奏留參將徐珏所領保定兵駐揚州，防冬汛；游擊丘升、夏時所領山西、河南兵各遣歸該鎮。上許之。
九月甲寅，祀故大學士顧鼎臣於其鄉。鼎臣，蘇州崑山人。昆初無城，鼎臣始議建之。比歲海寇入寇東南，諸郡邑無城者悉遭屠戮，而崑山獨以城保，多所全濟。鄉人追思之，請立祠邑里，以示崇報。守臣以聞，報可。又改南京工部尚書馬坤為南京戶部尚書。甲子，升總理河道左都御史王學益為南京工部尚書。以倭患，詔通、泰、高郵三州，寶應，如皋、泰興、安東、山陽、江都、清河、盱眙八縣，是年本折馬匹盡行蠲免。其海州、邳州、儀真、興化，鹽城、宿遷、桃源、沭陽、贛榆、睢寧諸州、縣本色馬匹盡征其值，並原折馬價減銀二兩。從撫臣王誥請也。丙子，以水災免直隸徐、蕭二州縣稅糧。以倭患免寶應，清河、安東、盱眙四縣稅糧，各如例。仍命振恤傷重之家。丁丑，以盜越南京城，劫上元縣獄，罷撫寧侯朱岳、守備太監郭城任，回京閒住；奪兵部尚書張鏊俸三月，下知縣劉以真等南京法司問。
十二月辛卯，升刑部右侍郎潘恩為南京工部尚書。
三十七年二月己卯朔，命南京前府僉書、署都督僉事許信提督操江。
三月丙子，更定兩淮掣鹽之法。運司一遇各邊中完工本鹽商齎到勘合，不分正余鹽引，即聽各商自向小灶買捆出場，依期循單赴掣。仍量減鹽引價，淮南每引上納五錢，淮北三錢五分一厘二毫五絲。其掣鹽之時，每單淮南六萬六千引，外加三萬四千引為一單；淮北三萬四千引，外加一萬六千引為一單。定以半年之內，淮南掣四單，淮北二單，不許過期停壅。從御史張九功奏也。
四月戊寅，詔留蘇州府本色正兌糧二萬石，松江一萬五千石，充本處兵餉。辛卯，升廣西布政司左布政使熊洛為應天府府尹。
五月丁巳，巡按直隸御史張九功奏：「徐、揚、淮、海之間，倭夷騷擾，地方殘破，兼以賦繁役重，民皆相率轉徙，就食他所。非得賢守令，不能安輯。宜於進士中擇有才幹者，慎簡以充，仍責之久任，非六年以上，毋遷。」浙江御史鍾沂亦言：「今守令為民害，弊在催科，而催科之弊有二：有當入租時不即徵收，至積逋累年而後峻法以取盈者；有假征輸之名，分外誅求，至為吏胥所苦，其費反浮於正數者。由前言之，則玩愒宜懲；由後言之，則克科宜禁。二法雖若相反，其以救弊安民則一也。」詔悉從之。
六月已卯，時，南京上元縣有越獄之變。南京刑部尚書馮岳言：「近來五城兩縣系獄數多，皆因各衙門濫受民詞，不送法司讞決，故淹禁日久，至於生變。請盡錄繫囚，隨輕重決遣之，而嚴有司侵官亂法之禁。」報可。丙申，以蘇、松、應天府谷價太輕，詔於原議改折兌米數中，每石暫減銀一錢，不為例。從撫臣趙忻奏也。
閏七月丁丑，以寇患免松、蘇、常、鎮四府正官入覲。
九月丙申，升雲南左布政使鮑道明為應天府府尹。
十月丙寅，改定儀真守備汛地，以新港至瓜、儀、六合隸之；江防以天長南及江都、高郵隸之。陸防仍聽狼山副總兵節制。先是，嘉靖十九年分江南北備寇汛地，江南專屬金山都司，江北盡屬儀真守備。既而以地方多故，復於東海、大河口、周家橋設把總，掘港改守備，鹽城增參將，各有汛地。已而，儀真守備猶遙制之，體統不便。於是，巡撫都御史李遂以為言，乃有是命。
十一月壬午，詔錦衣衛差官校械繫應天巡撫都御史趙忻、松江府同知劉敏政、吳縣知縣曹一麟至京訊鞫。先是，忻行部至松江，會金山軍亂，鼓譟露刃，直抵松江城下，久之方解。時崇明戍軍亦以索餉不獲，縛海防同知周魯、署印判官薛仕，囚之教場數日。給事中蘇景和聞知，乃上疏劾忻淫酗貪墨，恡賞激變狀。因言敏政、一麟皆其所厚吏，三人相與濟惡殃民，不可一日居位。疏入，上怒。乃命逮忻等問之。已逮至，下法司問，言忻等皆以催征過刻，行事乖方，致招物議，未有貪縱實跡。乃命降忻、敏政各二級，忻調外任，一麟罷為民。癸未，升江西右布政使陳錠為都察院右副都御史，總理糧儲、提督軍務兼巡撫應天。丙申，以水災蠲直隸淮、揚二府各屬州、縣稅糧有差。
十二月丙午，升南京大理寺右寺丞趙孔昭為南京都察院右僉都御史、提督操江。丁未，法司上是歲天下恤刑官讞矜疑重囚之數，南直隸江南六十三人，江北八十八人，命減死戍邊。
三十八年正月壬午，巡按直隸御史尚維持言：「吳淞、柘林、川沙、陽舍、孟河五處均為蘇、松、常、鎮四府要害。吳淞舊有守御所，而四城未設專官，乞各鑄給千戶所印，及注選倉大使一員，以司糧餉。其蘇松參將，宜駐金山，督守柘林、青村、南匯、川沙諸處；常鎮參將宜駐陽舍，督守圌山、孟河二地。而浙直總兵，專駐吳淞，居中調遣便。」兵部複議：「各將改駐，當如所奏。其四城設守御所必須改調官員，抽補軍士，坐派月糧，計劃允當，方可議行。若但從戍守之宜，則官可從便而委，軍可隨數而調，糧可隨地而處。有警則責其防禦，無事仍聽其番休。印不必給，而人亦相安。請下撫按官議之。」報可。乙未，升湖廣左布政使傅鎮為南京都察院右副都御使，提督操江兼管巡江。
二月辛亥，總督南京糧儲、戶部右侍郎黃懋官奏：「倉糧不足支放，乞照舊征本色。」報允。乙卯，升吏科都給事中徐綱為應天府府丞。
三月戊子，命掌南京後軍都督府事、西寧侯宋天訓提督操江兼管巡江。庚子，以南京都察院右都御史蔡雲程為南京刑部尚書。辛丑，倭犯江南崇明縣，泊舟三沙地方，登岸燒劫。
四月壬寅朔，倭船數百艘，轉掠江北揚州、海門等處。丙午，江北倭趨通州，總兵鄧城遣兵御之，敗績。指揮張谷死之。倭進據白蒲鎮。丁巳，先是，江北海道副使劉景韶，以游擊丘陞等兵擊原駐白蒲倭。一戰於丁堰，再戰於如皋東，三戰於海安，皆捷，共斬首百餘級。至是，賊大聚其眾，謀西犯揚州。景韶復督陞等兵擊之，斬首八十級，焚死一百九十七人，賊奔入潘家莊。景韶督諸兵盡銳攻之，復斬首一百二十八級。初自南沙登岸，犯通州之倭，至是剿絕。庚申，廟灣倭合眾來攻，淮安巡撫李遂親督參將曹克新等御之，大戰於姚家盪，自寅至申，賊大敗，斬首四百七十八級。賊遁入姚莊，我兵縱火焚莊，賊死者二百七十餘。余賊奔陳莊，我兵復追斬七十四級。賊以殘眾退保廟灣。丙寅，海道副使劉景韶，督兵擊倭於印莊，斬首四十五級，賊西走。次日復戰於新洲，斬首七十八級。賊奔新河口，遁入民家。我兵以火攻之，復斬首二百十六級，賊悉焚死，無一人得脫者。是時，江北流劫之倭悉殲，惟廟灣大夥據險固守不出，我水陸兵環其四面攻之。丁卯，巡撫鳳陽都御史李遂言：「倭寇前結艘揚帆，直入楊樹港，登岸焚劫。次日徑犯狼山，泊蘆潭港，遂過通州、海門，至白蒲，焚燒廬舍，劫掠民財。副總兵鄧城，募造兵船、戰具，無不完備，足堪防剿，乃驕玩遲疑，致賊猖獗。乞正其罪。」得旨：「城怯懦縱寇，法當逮治。姑革其職級，充為事官，領兵殺賊，事寧奏處。李遂嚴督將士，戮力剿平，毋得怠視。」已，巡按直隸御史、江北李廷龍等復言：「鄧城玩寇殃民，及參將朱仁、指揮丁為谷等俱屬有罪。」上命按臣械城並仁、為谷，俱至京鞫治。
五月壬申，江北兵攻寇於廟灣，斬首四十餘級，我兵死傷亦多。賊復斂眾固守。巡撫李遂以數戰兵疲，宜圍困之，賊日久無食，且水陸斷其行道，可收全勝。通政唐順之以為玩寇，乃自擐甲持矛，麾兵以進。屢挑戰，賊終不出。遂督兵入險，賊奮銳東西沖，官兵死傷甚眾。順之自知失計，以為賊未可卒破，乃駕言經略三沙倭南去。甲戌，總督漕運都御史傅頤等言：「淮、揚之間倭寇方熾，鹽場運道，俱當防護。高郵重地，未設戍兵，適總督胡宗憲所募山東兵二千五百人由淮赴浙，乞暫留為備，俟寇息遣之。」報可。丁亥，革高郎州河泊所。裁革淮安府清河、睢寧、贛榆三縣儒學訓導一員；海州永濟、通濟二倉副使各一員；揚州府高郵州管馬判官一員；寶應縣主簿一員。己丑，崇明縣三引沙倭賊合踵至，官軍出海邀擊，斬首一百餘級。總督、侍郎胡宗憲等以捷聞。甲午，廟灣倭被圍日久，我兵水陸迭攻，百計挑戰，賊不出。副使劉景韶乃督卒填壕，斬夷樹木，嚴兵逼壘而陣，賊終不出。後令水兵載葦焚其舟，賊爭救舟，我兵乃撤其所營西街牆屋，賊撮營東街，致死敵御，殺傷甚眾，其壘益固。於是景韶約二十四日水、陸進擊。是日，夜大雨，寇乃潛遁入舟。官兵進據其巢，追奔至蝦子港，頗有斬獲。余寇無幾，不復能戰，乘風開洋而去，於是江北倭盡平。
七月庚午朔，升戶部左侍郎蔡克廉為南京戶部尚書。丙戌，原屯三沙倭賊突犯江北，由梅門縣七星港登岸。丙申，江北七星港倭流劫過金沙、西亭，將犯揚州。海道副使劉景韶督參將丘陞等兵併力御之，戰於鄧家莊，斬首六十九級。賊敗走仲家園，官兵縱火急攻，斬首二百八十餘級，賊宵遁。
八月己未，江北倭自鄧家莊敗後，沿海覓舟不得，我兵自後急擊，及於小海團、劉家橋、白駒沙等處，各有獲斬。賊勞餒困頓，會雨，乃奔入劉家莊就食，我兵四面圍之。值總督胡宗憲遣江南副總兵劉顯以銃卒千餘來援，江北將士謂功在垂成，慮為顯所攘，嘖嘖有言。都御史李遂恐士眾不和，乃檄江北諸軍盡屬之顯。軍政既一，遂剋期進兵。顯率所部先登，各營選鋒繼進，縱火衝擊，自辰至酉，賊巢始破。共斬首二百一十四級。賊奔白駒場，我兵追擊，又敗之於七灶及茅花墩，共斬首四百餘級，賊眾盡殄。
九月乙亥，以災傷免南京錦衣及直隸揚州等衛所屯糧各有差。兵部復：「巡撫鳳陽都御史李遂奏剿平倭寇諸臣功次，言：本年江北寇前後四起，一白楊樹港、撇港、盧潭港登岸；一自周灶港登岸，俱並為一夥，約三千餘人，在廟灣殺傷死亡過半，所余不足三百，乘雨逃遁；一自廖角嘴山港登岸，約三四百人，至曹家堡、潘家莊剿殺盡絕，一自青墩港登岸，約六百餘人，至新河口，亦剿殺盡絕。以四月初一日聞警，至五月二十三日蕩平，僅止五旬。」上深嘉諸臣功。
十月甲辰，以旱災免直隸蘇、松等府稅糧及折改運糧有差，仍行有司賑濟。
十一月丙子，巡按直隸御史陳志言：「江北頓值兵荒，請將三十九年分備用馬匹再改折一年，以蘇民困。」上特允之，後不為例。丁丑，蘇州自海寇興，招集武勇，諸市井惡少，咸奮腕稱雄傑。群聚數十人，號為打行、扎火囤，誆詐剽劫，武斷坊廂。是年，吳會歲侵，各郡邑時有攘竊。應天巡撫翁大立既蒞任，則嚴禁緝之，訪扎火囤諸惡少名，檄府縣捕治，督責甚急。及十月大立攜孥來蘇州駐紮，諸惡益懼，則相與歃血，以白巾抹首，各持長刀、巨斧，夜攻吳縣、長洲及蘇州衛獄，劫囚自隨，鼓譟攻都察院，劈門入之。大立率其妻子逾牆遁去，諸惡乃縱火焚衙廨。大立所奉敕諭、符驗及令字牌，一時俱毀。諸惡復引眾欲劫府治，知府王道行督兵勇卻之。將曙，諸惡乃沖葑門，斬關而出，逃入太湖中。官司遣兵四散搜捕，獲首從周二等二十餘人。事聞，上命大立戴罪嚴督，剋期殄滅，以靖地方。知府王道行等、知縣柳東伯等住俸，勒限獲贓。指揮朱文正等付按臣逮問。
十二月戊申，改巡撫保定、都察院右僉都御史喻時為南京都察院右僉都御史，提督操江。庚申，添設金山衛游擊將軍二員。從巡撫應天都御史翁大立請也。
三十九年正月丙子，浙直視師、右通政唐順之升任淮、揚巡撫。辛卯，盜百餘人夜入揚州府泰興縣，劫庫殺人。守臣以聞。得旨：「停知縣梁棟等俸，及把總呂圻各戴罪捕賊。」初，江南禦寇，水兵多游手少年，烏合應募之眾。及事寧散還，窮無所歸，流落江湖間，遂相聚為盜雲。
二月壬寅，以江北倭寇未寧，添設水兵把總一員於狼山。丁巳，南京振武營兵亂，殺督儲侍郎黃懋官。舊例南京各營官軍月米，有妻者一石，無妻者減十之四，春秋二仲月，每石予折色銀五錢。及馬坤為南京戶部尚書，奏減折色銀為四錢，諸軍始怨。懋官性刻削，每月各衛送支冊，必詰其逃亡多寡。又奏停補役軍丁妻糧，諸軍益不堪。是時，坤已召入為戶部，代之者尚書蔡克廉，病不事事。比歲大侵，米石至銀八錢，軍中爭求復折色原額，不見理。每月常以初旬給各軍糧，是月已再旬，懋官猶未支給。是日，振武營軍操期。振武營者，南京兵部尚書張鏊以海警創設者也。初議選各營精銳，不足乃益以四方趫健，然京卒怯脆，中選者不及十一二，其所團集大抵皆惡少游手無賴者。晨集將赴操，遂鼓譟，圍懋官第。懋官聞變，急逾牆出，因仆地不能起，諸軍競前撲殺之。懸其屍於市，痛加詆辱，仍大呼，脅兵部尚書張鏊求賞。鏊錯愕不能應。會誠意伯劉世延趨至。諭曰：「爾輩但求賞，易耳！能從我，惟爾所欲。」眾稍定。翌日，九卿科道大會於內守備廳。兵部侍郎李遂揚言曰：「昨黃侍郎之變，遂親見其自越牆死，各軍特不當殘辱之。當據此聞奏，不得稱叛。」因麾亂軍退。眾求賞，遂叱曰：「今日之事，若求復妻糧、月糧原額，即可得。求賞不可。朝廷在上，爾輩何為者？」乃令人各給銀一兩，以補減折糧餉，始散。
三月壬申，先是，二月間，揚州守備盧相部卒二百餘人，因分糧不均作亂。斬關出，格傷巡捕百戶馮承恩。至儀真，奪守備汪恩所領福船，將入海，巡撫都御史唐順之聞變，乃揭榜撫諭其眾。而自督兵駐瓜州，遣相、恩分途追及之於黃天港。斬首惡三十一人，餘黨置不治。順之具疏以聞，因請為相、恩議贖。巡按御史陳志奏：「相前以三河失事被逮，今二罪並發，不宜輕處；恩失守戰船，功不補過，亦當並論。」得旨：「奪恩俸三月，下相於御史問。」乙亥，南京守備太監何綬、魏國公徐鵬舉、臨淮侯李廷竹、兵部尚書張鏊、侍郎李遂以振武營兵變聞。事下兵部，請分別首從行法，並議守備官統御失宜之罪。上曰：「營卒聚眾圍逼部臣，必有不得已之情。南京戶科其詳核總督官克減狀以聞，綬、鵬舉、庭竹、鏊俱責在守備，不能統戢土卒，姑令戴罪協同李遂撫安軍民，仍許便宜行事。各營軍士，素受朝廷豢養厚恩，乃敢不畏法度，擅殺大臣，本當重處。姑念激變所致，令所司捕治其為首者，餘黨勿問。」於是南京科道官劉行素、趙時齊等各上疏言：「諸軍激變，始於馬坤之議減折銀，成於黃懋官之查革妻糧，而尚書蔡克廉病不任事，員外郎方攸躋、主事安謙給放失期，及守備何綬、總督程規、徐珏等俱屬有罪。」詔先罷克廉，餘下吏，兵二部詳議。已而議上，悉如行素等言。惟徐珏逐捕他盜有功，程規新任當末減。得旨：令坤致仕，褫攸躋、謙職為民，珏留用，規停俸戴罪視事，綬等令自陳。把總、指揮張鵬等而下二十九人降級、逮治有差。己卯，戶部左侍郎劉採為南京戶部尚書、總理河道；王廷為南京戶部右侍郎、總督糧儲。壬午，南京太僕寺卿林應亮為都察院右副都御史、總理河道。
四月丁酉，升江西布政使司右參政方廉為都察院右僉都御史、總督糧儲，提督軍務兼巡撫應天。己亥，改戶部尚書江東為南京兵部尚書、參贊機務。壬寅，論南京叛軍罪，首惡周山等三人論斬系獄，發滕彪等二十二人戍邊衛。初，侍郎李遂，既以計散遣各軍，已而，聞軍中籍籍，有言朝廷將盡誅各營兵，陰相約欲叛入海。遂患之，與尚書張鏊議曰：諸叛卒雖從宜撫處，而首惡未誅，非法也。不聞元魏禁軍攻統軍張彝之事乎？且眾尚洶洶，必俟奏報處分，萬一機泄奈何？乃託病閉閣臥，給各軍安家小票各一紙，以安眾心。密召坐營官華恩、把總張勳等入臥內受計。令刺訪首惡，得山等二十五人，各以三月十六日掩捕下獄。因馳奏請處分。兵部議：「叛軍戕殺大臣，逼脅府、部，當即時斬首梟示。」上復命三法司會科道官詳議，改比謀殺制命使臣律，俱斬，秋後處決。上曰：「簾遠本因堂高，必無自遠之理。土卒辱及大臣，法斬；死時君立新帝者，必法外凌遲。黃懋官心存欺謗，計使人為全屍而死，失刑甚矣。今所獲亦未可盡知果皆為首者，可再議聞。」乃止坐首惡三人，余各以矜疑調發，未獲悉貰之。按振武之變，雖由待郎黃懋官克削所激，然諸軍本烏合惡少，非有尺籍伍符，一旦於都城之中，肆行無忌，戕殺大臣，乃竟置而不問，國法蕩然矣！於是四方效尤，士卒戕主帥，部民毆制使者，紛紛數起，朝廷患其徒眾，類從姑息焉。丁巳，復設都御史一員，提督南京糧儲，改督漕右副都御史章煥為之。初，營軍之亂，侍郎黃懋官以南糧不充，節縮太過，至於生變。及是，給事中郭斗因言：「糗儲缺乏，弊由提督侍郎不兼憲職，無舉劾之權。故所在有司，皆玩視不理，積逋巨萬。宜如舊例，專設憲臣董之。」且言南北二運，均為國計所關，而人情每重北輕南，法不劃一。請略仿京漕之例，施之南京。凡各處應派南糧者，歲遣戶部司屬一員，令其一體奉敕監兌。給事中馬出圖亦言：「南糧自尚書方鈍議改折後，軍無現糧，怨始起，乞盡複本色便。」詔俱從之。
五月庚午，兵部復：「巡撫應天都御史翁大立條陳，沿江、沿海將官職掌，專備海寇，而民間盜賊，則置不問，此泰興劫庫之變所由作也。宜令諸路參將、把總，悉兼理捕盜，規避者罪之。」詔從之。丁丑，添設整飭應天、太平、寧國、徽州、池州、廣德六府、州兵備副使，列銜浙江按察司，仍兼布政司參議，兼督蘇、松等府糧儲。從南京兵部議也。丁亥，添設柘林、川沙各把總一員；改吳淞江游兵把總為南洋游兵都司，駐竹箱沙；圌山游兵把總為北洋游兵都司，駐營前沙。俱於浙江都司列銜支俸。
八月丁巳，升吏部右侍郎李璣為南京禮部尚書。壬戌，裁革蘇州府領兵同知一員，新堰閘閘官一員，長洲、吳縣各稅課局大使一員。
九月甲子，升南京都察院右都御史王鈁為南京工部尚書。戊辰，升南京光祿寺卿呂光詢為應天府府尹。
十月戊戌，以災免淮、揚等府稅，並改折漕糧八萬石。
四十年二月甲寅，升南京禮部右侍郎康太和為南京工部尚書。己卯，南京戶部尚書劉采奏：「自本年為始，將應天、蘇州、松江苧布、絲絹暫解本色，待有餘積，再議改折。」從之。
五月丙戌，以南京池河新營兵變，詔罷南京兵部尚書江東，回籍聽用。池河營設在江北，其兵系南京飛熊、英武，廣武三衛軍余，共三千人。每歲春秋分番操守。計在營凡四月，月給糧三斗。後以軍裝什物、往來僦賃之費不給，復人給幫丁一名，助銀六錢，相沿二十餘年矣！時英武衛千戶吳欽謂幫丁非制，請於南京兵部革之。軍怒，遂縛欽於營台，群毆之。東聞，亟遣兵撫諭各軍，許幫丁如故，欽始得釋。尋捕其首事者九人，置於理。南京科道官楊銓、劉行素等以聞，因劾東治兵無紀，舉措乖張，昏庸謬妄，宜罷。章下兵部復：「東宜別用，把總余忠等六人宜革任，首惡送南京法司訊治，並追逮其遺漏者。仍行內外守備，申明法紀，幫丁既有舊例，不必議革。」上俱從之。戊子，升兵部左侍郎李遂為南京兵部尚書、參贊機務。
閏五月壬辰，升南京操江、右僉都御史喻時為都察院右副都御史，總督漕運，巡撫鳳陽。丁未，山西左布政使萬虞愷為南京都察院右僉都御史，提督操江兼管巡江。兵科左給事中張益等言：「南京振武營、池河營，連年軍變，狂悖效尤，漸不可長。督責之任，全在參贊，非重其權不可。今陛下擢用李遂，正人心改觀之始。請下部議，更給以敕，凡事體有當增改者，一一載入，令其以便於展布。」部復：「南京五府僉書都督，既分轄諸營，自今當悉聽遂節制。應天、淮揚撫臣事有關涉者，悉與咨議。副、參、游、守、兵備等官，悉聽委用。諸所未備，鹹得便宜行事，另請敕諭給之。」報可。己酉初，應天巡撫翁大立極言江南養馬之害。請革應天、鎮江等府種馬，征價輸官。革裁其所屬州、縣養馬官，可省供億冗濫之費。事下御史會議。至是御史言：「江南種馬系祖宗成憲，不可革。宜申明孳生舊例，責之州縣正官，稽其蕃耗。仍行南京太僕寺查照科駒分數開報兵部，轉行吏部課殿最黜陟之。解俵本折，則本府通判總部各州、縣輪差佐貳或首領官一員，其江南北州、縣馬不滿千者，罷其冗員。」兵部議復，從之。戊午，調原任巡撫山西、右副都御史孟淮為應天府府尹。
六月戊子，升工部右侍郎黃光異為南京戶部尚書。
七月癸巳，巡撫應天都御史方廉言：「今日江南之患，在於官多勢分，兵多食冗。請裁革直隸青村、南匯二所把總，以柘林把總兼轄青村，川沙窪把總兼轄南匯。」又言：「兵將相識易於責成，請改京口圌山把總郭成為吳淞陸路把總，統領原部苗兵，仍充浙直副總兵，中軍官。」詔從之。己亥，以江南水患饑荒，詔留蘇、松、常、鎮四府兩年開納事例銀，並滸墅、北新關船料銀備賑。癸卯，升南京都察院右都御史盧勛為南京刑部尚書。辛亥，巡撫應天都御史方廉奏：「蘇、松、常、鎮四郡，水利甲於天下，宜備查應修之處，分別工程難易，以次興工。河夫銀兩編征追捕如故。蘇、松二府，額設水利通判各一員，後因兵興事繁，二府各置海防同知，蘇州又有練兵同知及防禦福山通判，而歸所設水利者裁減矣!今海氛稍清，其練兵、防禦諸員可省，須復水利舊額，以任疏浚。松江則以海防同知兼攝其事。仍敕兵備憲臣，往來督課之。」吏部議復，允行。
九月辛丑，蘇、松、常、鎮四府大水，平地水深數尺，累月不退。撫臣以聞，因請破例蠲恤。上從部議，命停徵是歲秋糧，仍改折起運改兌米有差。其四府事例罰贖銀，俱留充賑。甲辰，以水災，免南京錦衣衛並揚州等衛屯田子粒有差。己酉，升南京操江、右僉都御史萬虞愷為右副都御史，巡撫應天。丙辰，升南京大理寺丞閭東為南京都察院右僉都御史，提督操江。
十二月丁卯，升大理寺左少卿王士翹為都察院右僉都御史，總理河道。
四十一年二月乙亥，裁革太倉衛知事、宜興縣治農縣丞各一員，平洋沙巡檢司巡檢一員，太倉、吳江、常熟、嘉定、丹陽、揚巷、七寶稅課局大使七員。從巡按直隸御史陳瑞奏也。
四月丁丑，免金山衛及青村、南匯二所官軍運糧所遣運船八艘，攻派蘇州、太倉、鎮海、鎮江四衛軍領之。從漕運都御史喻時奏也。戊寅，裁革直隸淮安府清河縣主簿一員，量複本縣存留錢糧三年。以鳳陽撫臣言其地小民困，逃亡數多故也。
五月己酉，以淮、揚二府災傷，停徵漕糧改折銀有差。辛亥，升大理寺右寺丞周如斗為都察院右僉都御史，總理糧儲、提督軍務兼巡撫應天。
十月乙卯，裁革常鎮兵備副使及松江府添注海防同知二員，以海寇漸寧故也。其常、鎮兵防諸務，令蘇松兵備兼領之。癸亥，以直隸淮、揚二府所屬州、縣、衛、所水災，蠲免秋糧有差。乙丑，升戶部左侍郎鮑道明為南京戶部尚書。
十一月壬寅，以直隸揚州等府所屬州、縣、衛、所災傷，減免稅糧及所征屯糧有差。
十二月壬子，改南京刑部右侍郎王廷為戶部右侍郎兼都察院右僉都御史，總督漕運兼提督軍務，巡撫鳳陽。甲寅，以水災，免淮、揚所屬泰、徐等州縣馬價有差。
四十二年正月乙巳，以災傷，詔折征泰州，興化、贛榆、沭陽、安東、鹽城、清河，宿遷、通州、徐州、高郵、如皋、海門、寶應、蕭、沛等州、縣改兌米有差。
四月癸亥，升工科都給事中羅嘉賓為應天府府丞。乙亥，升南京吏部右侍郎尹台為南京禮部尚書。
五月戊子，升太僕寺卿唐寬為應天府府尹。
八月丙辰，初，南京兵科給事中范宗吳言：「故事，操江都御史職在江防，應天，鳳陽二巡撫軍門職在海防，各有汛地。後因倭患，遂以鎮江而下通、常、狼、福等處，原屬一巡撫者，亦隸之操江。以故二巡撫得以諉其責於他人。而操江都御史又以原非本屬兵，難遙制，亦泛然以緩圖視之，非委重責成之初意也。自今宜定汛地，以圌之三江會口為界，其上屬之操江，其下屬之南北二巡撫。萬一留都有急，則二巡撫與操江仍併力應援，不得自分彼此。庶責任有歸，而事體亦易於聯絡。」章上。上命南京兵部會官雜議以聞。至是議定，兵部復請行之。詔可。今後不系操江所轄地方一切事務，都御史不得復有所與。
九月己丑，巡撫應天周如斗言：「江南自有倭患以來，應天、蘇、松等處加派兵餉銀四十三萬五千九百餘兩。今地方已寧，乞減三分之一，少蘇民困。」戶部復言：「加派兵餉，原以濟急，事已宜罷。不但當減征分數而已，請下酌議悉除之。」報可。甲午，以水災免徐州及豐縣馬價銀二年。甲辰，以大水，蠲免徐、沛、豐、碭四州、縣、衛、所田糧如例。仍支廣運倉小麥五千石，候冬春之際給賑。
十月癸丑，南京各衛所新增草場租銀，先以兵部尚書江東奏准蠲免。至是，尚書李遂代東，謂：「田已開闢；所增租不當盡蠲，請就中擇其多獲，薄征之。使寬恤之中，不失綜核之意。」從之。丙辰，升大理寺右少卿王本固為南京都察院右僉都御史，提督操江。辛酉，工科給事中張憲臣奏：「蘇、松、常等郡，古稱澤國，而蘇、松又最居下流，塘浦涇溪、陂澤畎澮，支派聯絡，不可一日使壅。邇年，漸為潮沙填塞。昔所舟楫，今皆褰裳可涉。又其甚則鞠為榛莽之區，夷為通行之徑，以致瀦泄無方，旱澇為害。中間雖嘗修浚，不過具文塞責。是以前年大水，沃野千里，匯為巨浸，至蠲上供錢糧數十餘萬，所損不細。又蘇、松雖設水利僉事，權任甚輕，不足謀事。茲欲興建大役，為地方水利，乞特敕撫臣提督，選委府、州、縣正佐分理相度，先浚支河，使足以達潮水之通流；築修圍岸，使足以御湍流之奔潰。然後舉其水之大者，如浚白茅港，以達於江；浚劉河，以達于海。其七浦塘、梅林塘以及河渠潮盪諸水，凡為泥抄壅閼、茭蘆沮洳、豪右侵沒者，悉加檢勘疏導。而又相度水勢沖搏之所為板閘，以時啟閉，使湖水不致停蓄，海潮得以流通。如人身血脈，去其壅滯，而精神得以流通宣暢，夫然後水旱無恐，而國家財賦有永賴也。其奉敕重臣，必俟工完，方許復命。經委府、州、縣官，必待歷有勞勩，始准別選。庶事有專責，人各盡力，無所規避。至於工役所需，或奏請贓罰事例銀兩，或借各府、縣無礙官銀，或仿宣德年間事例，設濟農倉，編導河夫，征派銀谷，各貯倉庫，以備修治之費。」疏下工部議：「工費煩巨，江南當倭患後，財用殫竭，民力方在休息，驟勞之，未可。宜量浚支河，其大工俟儲積贏羨舉之。」報可。
四十三年二月癸亥，更定鎮守江南，分守江北汛地。以江南屬之總兵劉顯，專駐吳淞；以江北屬之副總兵王應麟，專駐狼山。各更敕書，並鑄關防給之。
閏二月己卯，升南京都察院右都御史張舜臣為南京戶部尚書。
四月戊子，命前府僉書、署都督僉事方恩允充總兵官，提督漕運、鎮守淮安。
五月丁未，戶、工二部復：「給事中趙格言，滸墅、揚州、推安等處關、廠各主事及委官乾沒之弊，乞嚴禁。」得旨：「榷務累經申飭，給有稽考文簿。所司玩視成風，往往入多報少。委用府佐，徒相比為奸，致虧國課。自今各差主事，有仍前縱肆者，爾部中及在外巡撫御史得通劾之，毋事姑息。」
八月壬申，以水災免蘇、松府屬正官入覲。
九月庚子，巡撫鳳陽右侍郎王廷、巡按御史朱綱以淮安大飢，奏留本府商稅銀給軍。戶都複議：「此系國家正課，但可暫藉以紓目前。至於興利補弊，計安永久，責在有司。今蒿萊之地不耕，流移之民不復，當事者徒聞束手倉皇，垂涎國課，甚無謂也。且營田招撫事宜，詔書具在，容臣等承制申飭之。」上以為然。因切責廷等，令其督率所屬，相與實心經理，毋容曠職虧賦，瀆擾朝廷。
十月癸酉，以海寇不靖，免淮、揚二府及通州、海門、如皋、寶應等州、縣正官入覲。丙申，以淮安府馬戶逃亡，詔再蠲馬賦三年。
十一月壬寅，升浙江左布政使劉望之為應天府府尹。
十二月丁丑，是歲，恤刑官所讞矜疑重囚，南直隸江北五十七人，詔減死戍邊。甲申，右給事中楊霆，劾論巡撫應天都御史周如斗科取罰贖及縱弟受屬官賄諸不職。下吏部，復言：「如斗昔按蘇、松，名稱籍甚。今偶罹訾議，非其志節殊也。蓋昔當蠲賦之時，而今有督糧之責。安靜則頌聲易興，嚴急則怨交作，所處之勢使然耳。況科罰受賄皆風聞，無實證，不當遽議罷斥。」得旨：「令如斗視事如故。」
四十四年正月丙辰，巡按直隸御史溫如璋條上備倭方略：「一、修城堡以防要害。蘇、松濱海，倭夷出沒，宜於川沙、吳淞之間，修復早寨舊城，以防嘉定、上海；劉家河港口更建小堡一所，七浦、白茆等處設水船旱柵，以防太倉諸涇。一、裁武冗以專職守。蘇、松參將，宜復駐金山，團練諸軍，守蘇、松二府。其柘林把總，改駐崇明，統兵防守。金山游擊，似為冗員，宜革；一、聯修御以固防守。浙、直接境，不得互相推諉。宜將會哨兵船，通令督府，置立哨簿，委官稽查。在狼山、福山者遠哨於崇明，而專守三沙一帶；在松江、嘉興者，遠探於外洋，而會守獨山一帶。如江北船不至三沙，浙直兵船不會獨山，皆以守備不設論罪。」疏下兵部，復如其議。惟裁武冗一事，仍行撫臣再議以聞。報可。
二月丁丑，巡按直隸御史溫如璋條陳議處江南兵食三事：「一、品官優免太濫，詭寄日滋，今不必另定限制，惟仿十段錦冊之法行之。其法算該力差、銀差之數，總計十甲之田，派為定則。如一甲之田有餘，則留以為二甲之用，不足則提二甲補之。劑量適均，輕重合一。鄉宦免田，十年之內，止免一年。一年之內，止於本戶。其餘子戶不許一概混濫；一、蘇、松比年軍興之際，調兵增餉至四十三萬。近歲海警稍息，節經議減，尚歲征銀二十九萬兩有奇，民力不支。宜令撫、按官酌議汰減；一、蘇、松、常、鎮自嘉靖十六年以後，加派各項錢糧至四十七萬八千餘兩，而工部料銀不在此數。乞裁革，以復舊額。」事下戶部言：「本部會派錢糧，俱照舊額，未有絲毫加增，獨黃蠟、果品之數，加派四府，不過六千九百餘兩。今如璋所奏，乃至四十七萬，不啻百倍，中間必有虛捏詭派等情。宜行撫按逐項查明，並將各處實征錢糧文冊，不拘本部、工部及本處撫院所派，通行造冊送部，以憑稽考，余如所議。」報可。
三月己酉，減海門縣主簿一員、儒學訓導一員，高郵州儒學訓導一員。
四月丙子，裁革直隸華亭縣添設主簿一員，江陰縣巡捕縣丞一員。庚辰，盜劫鎮江府金壇縣庫及鄉官曹大章家，殺傷二十餘人。巡按御史溫如璋以聞。因參同知盧江並知縣陳頤等及兵備副使耿隨卿等失事罪。詔停隨卿俸一月，盧江等下巡按御史逮治。甲申，倭寇犯通州呂四場等處，官軍御之。賊敗遁，轉掠至江南三沙。副總兵郭成等即舟師迎擊之于海中，沉其舟，斬首百十三級。
五月丁酉，升總督倉場、戶部左侍郎馬森為都察院右都御史、總督漕運、巡撫鳳陽。丙辰，右僉都御史孫慎為右副都御史、總理河道。庚申，升太僕寺卿王鶴為應天府府尹。
六月戊寅，升吏部左侍郎朱衡為南京刑部尚書；原任南京太僕寺少卿洪朝選為南京都察院右僉都御史、提督操江。
七月癸卯，河決沛縣等處，運道淤塞百餘里。己未，左侍郎、光祿寺卿謝登之為都察院右副都御史、巡撫應天。
己未，改南京刑部尚書朱衡為工部尚書兼都察院右副都御史，總理河道及漕運事務。
九月乙未，升刑部左侍郎錢邦芑為南京刑部尚書。庚申，始停兩淮運司工本鹽。國初，兩淮鹽課歲以七十萬五千引為額，開邊報中為正鹽，後每引益以余鹽，納價運司解部。至嘉靖三十二年，用御史黃國用議，以各場灶戶類外煎剩餘鹽，將運司割沒鹽銀扣留八萬二千餘兩，給灶戶充工本，增收鹽三十五萬引，通前額課共一百五萬引，俱作正鹽開邊。仍每引帶餘鹽如例。戶部用以抵各邊主兵年例凡十七萬六千兩有奇，由是鹽數頓增三分之一。行之數年，運司積鹽日多，累如山阜，引至無所售，邊商不復報納，鹽法大滯。於是言事者屢陳不便。戶部以國用方詘，藉以抵年例，不能罷也。至是，巡鹽御史朱炳如極言其弊，謂工本鹽不罷，不惟無益邊餉，商灶兩困，將並往時正鹽常例，一切失之。戶部乃請斷自明年為始，兩淮所增工本鹽三十五萬引，盡數停罷。其運司扣留割沒鹽銀八萬二千餘兩，仍解部濟邊。報可。
十月丙子，以水災免應天府屬高淳等縣稅糧有差。
十一月癸卯，詔改留湖廣武昌衛糧三萬四千五百七十餘石於徐州，給開河夫役。將河道銀抵補解京。從總理河道，尚書朱衡請也。
十二月戊子，升吏部左侍郎胡松為南京兵部尚書，參贊機務。
四十五年正月甲辰，敕南京兵部尚書節制振武諸營領兵都督以下，仍會同操江及應天、淮揚兩巡撫從宜調度兵食，以備寇患。
二月庚辰，南京通政司右參議徐應為應天府丞。甲申，升廣東左布政使萬士和為應天府府尹。乙酉，巡按直隸御史尹校以徐、沛、蕭、碭之間運道淤塞，請暫兔進解，以蘇民困。事下部復：「校言良是，但歲時奉先、進御之需，不當概議裁削。臣等竊以為舟船固多煩濫，非盡貢物。今宜移咨南京兵部及該撫按官，每值進貢，查驗貢物多寡，參酌船隻大小，定撥只數，取足裝運，毋容虛濫。仍示南京司禮等監諸內臣，痛革夾帶、需索一切擾民宿弊，有仍踵故習者，撫按官參奏之。」報可。戊子，以災傷免徐州及蕭、碭、豐三縣馬價一年。
三月辛酉，工科給事中何起鳴奉詔至沛縣勘河工還，上言：「舊河之難復有五：黃河全徙必殺上流，如新舊龐家屯、趙家圈等處，然以不貲之財而投之於河流已棄之故道，勢必不能，一也；自留城至沛，積為巨浸，無所施工，二也；橫亘數十餘里，褰裳無路，十萬之眾，何所棲身，三也；挑浚則淖陷，築岸則無土，且南塞則北奔，四也；夏秋漬潦大降，浚後難保不淤，五也。新河內多舊堤高埠，黃水難浸。開鑿之費，視舊河為省，且可遠將來潰浹之患。尚書朱衡論其必可開，開成運道必利。而議者見謂難成，亦有三焉。一以夏村迤北十六七里，地高恐難接水。然地勢北高南低，大約止深二丈，一照水平加深，夫何患水淺；一以三河口積沙深厚，水勢湍急，不無阻塞。然既建壩攔截，或用石包砌，每歲挑淺如例，夫何患沙壅；一以馬家橋兩岸築堤五里，微山取土不便。又水口投埽，勢必不堅，恐難經久。然此亦在委任得人，培築高厚，無必不可措力之理。臣又觀居民之情，在新河者則稱新河可開；在舊河者，則執舊河可復。皆為市廛之私，非為國家運道計也。夫天下之事勢窮則變，變則通。沛縣河患至此極矣！往時舊河淤塞未深，都御史盛應期開新河，垂成而廢，至今惜之。今黃水異常，復漕無日，尚可溺於人情安土而不為通變之謀哉！故臣斷以為開新河便，宜如衡言；開新河而不全棄舊河，宜如季馴言。」疏入，下工部會廷臣議，俱合。上意乃決，詔勒限開築新河，仍不得藉口速成，苟且完事。
四月癸亥，盜劫安東縣庫，格傷官吏事聞。詔兵部嚴行各撫按官，申明法令，弭盜安民。失事知縣黎黔、守備韓德楨等，各奪俸二月。丙子，升總督三邊右都御史郭乾為南京兵部尚書，參贊機務；南京太僕寺卿盛汝謙為南京都察院右僉都御史，提督操江兼管巡江。戊子，以災傷，詔免直隸沛縣存留秋米並夏稅起存料價銀八千一百兩有奇。
五月己未，起復江西布政使司右參政凌雲翼奏：「蘇、松地方，延袤千里，財賦所入，當天下三分之一。由外濱大海，內阻江湖，大河環列於郡縣，以吐納江海之流；支河錯綜於原野，以分析大河之派。寸土尺地，皆獲灌溉，此東南財賦之源也。邇來，淤塞日甚，支河不達於大河，大河不達於江海，旱則一望枯槁，潦則立成巨浸，田畝日荒，逃移日眾。請專設督理水利御史一員，令其往來巡察。或於南京巡江、巡倉、屯田三差內並其一，而以一員專督水利，尤為兩便。」疏入，工部議復，以巡鹽御史兼之。報可。
七月癸巳，升山東右布政使李一瀚為應天府府尹。
十月丙子，以淮、徐飢，命巡鹽御史以修河銀一萬二千兩賑之。
閏十月乙卯，升總督漕運右都御史馬森為南京戶部尚書。
十一月壬午，總理河道都御史潘季馴以憂去。吏部言：「治河尚書朱衡，心計精明，足當大任。今河工業已有緒，宜即以河道事使衡兼之，待其遷轉之日，仍舊復設河道都御史。」報可。乙酉，命漕運都御史仍舊駐淮安，督徐、邳一帶運務。
十二月丁亥朔，升南京通政使司右通政譚大初為應天府府尹。以漕糧愆期，革總兵官方恩等任，下各所司衛、所官於御史問。戊子，改南京禮部尚書毛愷為南京吏部尚書。己亥改南京工部尚書林廷機為南京吏部尚書。