江蘇省通志稿大事志 · 第三十二卷明嘉靖（一）
世宗嘉靖元年正月庚戌，南京錦衣、江淮等衛，原設水軍馬快戰船。永樂間遷都北京，遂專以運送郊廟獻新及上供品物、軍需器仗。其後管運內臣，假託虛增，肆為奸利。上登極，詔革其弊。進鮮船隻如舊例，每起不過三隻。南京兵部尚書喬宇因奏裁船數視弘治間減十之四，正德間減十之七，上皆從之。至是，諸監局內臣，競請乞如正德中例。守備太監戴義以聞。兵部執詔書既出，不宜紛更。得旨，如弘治年例，以後不許再議增減。
三月癸丑，革南京錦衣衛巡江官校。癸亥，禁淮安民造曲，以戶都言其糜費五穀，致米價騰貴也。總督漕運、尚書陶琰、總兵楊宏言：「直隸江北，原設把總一員，所管運船太多，地方太遠，乞更增設把總三員分管。」從之。丁卯，命內外總督糧運等官，嚴禁科取分例，違者重治之。時巡倉御史劉寓生上言：「天下衛、所運糧四百萬石，常額外加耗。有曰太監茶果者，每石三厘九毫，計用銀一萬五千六百兩；有曰經歷司、曰該年倉官、曰門官門吏、曰各年倉官，曰新舊軍斗者，俱每石各一厘，共計銀一萬六千兩，有曰會錢者，上糧之時，有曰小盪兒銀者，俱每石一分，共計用銀八萬兩，又有曰，救斛面銀者每石五厘，計用銀二萬兩。率一歲四百萬米，分外用銀一十四萬餘兩，軍民膏血，安得不困竭也。乞痛革宿弊，以蘇漕運困若。」戶部議如所言，請申飭禁例，故有是命。升南京右都御史崔文登為南京工部尚書。
四月己丑，改南京吏部尚書廖紀為南京兵部尚書，參贊機務。起原任巡撫，都察院右都御史俞練，總督漕運，兼巡撫鳳陽等處地方。癸巳，命保定侯梁永福，協同南京守備，管南京右軍都督府事；應城伯孫鉞，專管南京操江。乙未，升吏部左侍郎羅欽順為南京吏部尚書。丁酉，兵部復：「南京都察院右副都御史胡瓚，監察御史董雲漢言江防六事：一，專委任。言新江口原設都御史管理，而事多關白守備、參贊，掣肘難行。宜令小者專決，大者會議，庶便責成；一、明約束。言新江口及揚州、儀真設官軍守把，聲勢聯絡。今承平玩愒，江洋劫掠，了不相干。宜各照所轄，緝捕應援，違者參究；一、實行伍。言新江口官軍舍余，原額一萬一千六百餘名，今役占老弱，耗減過半，請清查撥補，以備操練。其各衛所官舍旗軍立功者，不得改回原衛；一、示激賞。言官軍所以營求改差者，憚其勞也。恤其勞而優厚之，則人勤。宜查指揮等官勤能懋著者，超次擢用，軍士賞賜布匹，全與本色，優免二丁，幫帖軍裝，增修窩鋪，計處閱試賞犒之費；一、處船隻。言江船原額三百四十，多不堪用。戰船闊大，不利風浪。宜令南京兵、工二部會同操江驗看修補；一、時操練。言新江口專習水戰，宜將各船官軍編定，不許差使更換。召募習水者百十名，分教各船。有風則習巡哨小船，無風則習大船，庶人船相得，緩急有賴。」得旨：「專委任、明約束，令南京內外守備、參贊會議行之，余如議。」
七月己酉，詔兩京國子監及各省提學官修補殘缺經史，禁書坊妄肆改竄。以南直隸旱災，詔撫、按各官，講求荒政，積穀豫備，務使窮民各沾實惠。乙卯，南京都御史胡瓚、御史董雲漢議：「南京江操賞犒，兵部官帑不足，而法司歲報贖工罪囚，徒納勢要月錢，無補公用。宜聽入銀，月三錢，歲以三分之一屬操江，發上元、江寧，貯以充賞。又新江口軍士，晝操夜守，乃蹴屋以居，宜加存恤。以罪人所沒入貲，增修鋪舍，量可容萬人，以居軍士。」工部復：「請下南京工都會議行。」報可。乙丑，夜，南京大風雨，雷電震動民居房屋，至四更方止。己巳，是日南京暴風雨，江水涌溢，郊社陵寢，宮闕城垣、吻脊欄楯皆壞，拔樹至萬餘株，大江船隻漂沒甚眾。直隸揚州、淮安等府同日大風雨雹，河水泛漲，壞官民廬舍、樹株，溺死人畜無數。壬申，南京巡江都御史伍文定，以江防久弛，請賙恤貧勞，以養士氣；選補戎伍，以壯軍威；修改船隻，以便戰操；增置器具，以習防禦；假借事權，似勵庸才。疏下所司。
九月癸亥，以水災，命高淳、溧水二縣兌軍糧半征折色。
十月癸酉朔，工部復：「南京戶科給事中陳江等奏，南京各衛快船，並各行鋪戶，差遣繁難。今富猾之家，或投充廟戶及犧牲所、神帛堂、各監、局差役，內外守備寫字、軍辦名目，倚勢影射，獨累貧戶朋貼。如神帛堂，原額四百四十四戶，今該監額外招收，積一千一百餘戶。他皆類此。宜行南京戶、禮、工三部會同科、道官，查洪武、永樂年間舊額，酌量存留。但系近來夤緣投充者，悉革退編差。」上是之。令照前旨會議以聞。丁丑，以修治蘇、松等處水利功完，賞總督糧儲、尚書李充嗣：郎中顏如瓌，林文沛、參政徐贊各銀幣有差。庚辰，以蘇、松、常、鎮四府災傷，各免正官朝覲。甲申，以淮、揚等府災傷，詔免總督漕運、巡撫都御史、總兵赴京議事。辛卯，以南京應天災傷重大，命戶部發帑銀二十萬兩，差官分給各巡撫都御史，令其躬親巡歷，委官設法，加意賑恤，仍各蠲免稅糧有差。
十一月乙巳，詔南直隸被災州、縣草場子粒銀，應徵五分者，再免三分。先議派今歲馬價加銀二兩者，止勿加，務使窮民得沾實惠。戊辰，以災傷免淮安、揚州等府稅糧有差。己巳，改工部尚書陶琰為南京兵部尚書加太子少保，參贊機務。
十二月丁丑，南京太僕寺卿潘希曾奏：「直隸淮安等府，應解依掛欠馬匹，請照先年事例改徵折色，每匹銀一十八兩。」兵部複議，以為便。從之。庚寅，南京守備、魏國公徐鵬舉等奏：「南京大、小教場、神機營、新江口、浦子口等處操備官軍並傳操按伏等項，及把總、守哨、衛總、指揮等官，舊規俱聽內外守備節制推委，與操江都御史原不關涉，觀英宗、武宗前後詔條可考也。今都御史胡瓚等妄援專委任、明約束之言，欲以侵奪事權，變更申令，而又專嫉武臣，使獨任地方失事之罰，非故事不可聽。」兵部議復：「浦子口地方與新江口關，晝操夜守，及上下江旱巡按伏官軍，先因彼此隔涉，守備官徒以文書遙制，不救緩急。故瓚等欲令操江兼轄浦子口，及與內外守備協同選委各營衛官軍，事非為私，不足引他故以爭也。其奏擬文武官失事情罪，揆之先年事例，亦略相同，臣等不敢複議。」疏入，上報如弘治年間例行。以弘治時，曾敕兵部尚書王繼與守備、成國公朱輔公同計議軍事故也。上意蓋欲使權歸本兵，不任操江都御史雲。己亥，提督南京操江、襄城伯李全禮貪縱不檢。家人劉宏倚勢作奸，威逼指揮僉事華輔至死。事聞，詔逮宏。法司訊治充軍，仍切責全禮，令帶俸閒住。壬寅，漕運總兵官、都督僉事楊宏奏：「請以漕運輕齎銀兩，悉聽各該運官沿途動支，為雇僦車船之用。不必裝鞘印封，計算羨餘，以苦運卒。」戶科駁奏，以為此開以人冒破之端，非輕遠之計。而御史向信則欲令運糧官軍，凡領銀雇腳，必先赴察院報數關支為籍，以記其多寡，不得擅動。下戶部議：「宏所言，乃弘治、成化以前舊規，而科道官之論，至於救弊防奸，不為無見。大要漕運之法無他，惟在船不守凍、糧不掛籌、軍不借債三事為急。若使官得其人，自無此弊。但輕齎折銀，本以資轉搬之費，今若慮官軍侵耗，盡取其贏餘歸太倉，則以腳價為正糧，又非立法初意。今宜令有司如期徵收余耗，如例解赴漕運衙門，候各總運船過淮，照數領給，運至通州，方許發封，聽巡倉御史、管糧員外會同查核驗給。仍酌量各項支用實數，著為定規，不許扶捏浪費。如有羨餘，不必輸之太倉，即將各總分各衛所，查開缺船應補者若干，敝船應修者若干，什物應辦者若干，各發銀修造。每銀百兩，令造新船一隻。該管官旗侵欺花費別用者，參呈重治。果有三年，糧無掛欠，銀有積余者，照例旌擢。」得旨，如議。
二年正月庚申，應天府府尹王震致仕，以南京科，道交論其不職也。辛未，南京守備、魏國公徐鵬舉等奉旨會議應天府匠役人夫事條例以上：「一、南京司禮監神帛堂匠役，洪武時，定額四百戶，後太監安寧奏增四十戶，俱免雜差，奸民利之，夤繹竄籍其中，至一千一百十四戶。頃奉明詔，以正德時投充者，革去百八十九名。而該監仍復護留，請查舊例，復四百四十戶之數，余盡革之；一、南京內府九庫，洪武時，額編庫夫五十七名。宣德、成化間，有修理之役，暫借人夫百五十一名。工竣僅以二十三名發回兩縣，而占留百二十八名。南京里，外花園，原額匠九十名，而後復借占八十名。南京內官監，原額軍民匠三千九百餘名，天順間復借占百五十五名，俱非制，宜盡革；一、各監、局人匠有逃故者，宜行原籍勾補，戶絕者宜除。今使上元、江寧兩縣賠償不便；一、南京鰣魚廠，歲取里長二十名，索銀二十兩。正德時，復倍取其數。起運內臣索茶果銀百二十兩，水夫銀二百兩，及鮮船將發，又取夫四千三百有奇，民不堪命，宜有以禁之。」兵部複議。得旨，俱遵舊例行。
二月己丑，戶部請定淮鹽每引七錢，報可。庚寅，升廣東布政司左布政使孫祿為應天府府尹。
三月甲辰，南京禮部尚書楊廉致仕。壬子，升戶部侍郎秦金為南京禮部尚書。御史秦鉞言：「頃以套虜徵兵及遼左缺餉，盡發兩淮正德十五年余鹽七萬九千餘引於遼東開中。夫余鹽不許開中，止令本商納價輸部濟邊，此御史盧楫之疏，先朝已著為令，誠於國課有裨。蓋本商自納，每引計銀一兩，各邊開中，每引計銀八錢。況正鹽母也，余鹽子也，正鹽守支搬運，候久費多，故願中者少。余鹽勘合一到，即時有賞，故願中者多。今若舍母求子，余鹽無自而積矣。請以遼東所中引，改派嘉靖元年正額。嗣後申明前令，本商自納余鹽之價，慎勿開中，庶几上有定法，下有定守。」戶部複議：「兩邊引目，業已發去，姑以淮北余鹽積至七萬九千餘引，給所中商人，以全夫信。嗣後悉如前例。」上是之，敕余鹽存留，納價輸部濟邊。辛酉，南京神樂觀火，御製聖旨碑文二道皆毀。乙丑，改南京戶部尚書楊旦為南京吏部尚書。
四月壬申朔，升南京刑部右侍郎王鎮為南京戶部尚書。戊寅，戶部言：「遮洋一總漂流漕糧二萬餘石，布花銀鈔不貲，官軍溺死者五十餘人，請治把總王纘等罪。」詔下漕運都御史按問追償。壬辰，戶部尚書孫交等以參奏漕運把總漂糧千石以上者並論總兵楊宏，因自劾稽遲糧運，請罰治。上切責把總等官，薄其罪，宥楊宏等。以交等引咎自責，悉勿問。
五月庚寅，儀真、江都二縣，有官塘五區，築閘蓄水，以溉民田。後豪民規以為業，古蹟廢壞，真、揚之間，運道梗阻，御史秦鉞請復之。得旨，命總理河道侍郎及管河郎中相視修築，占種盜決者，處以重法，仍追地租入官。
六月乙卯，吏部復：「南京吏部尚書楊旦奏，南京國子監監生數多，撥歷壅滯。請府、部、諸司量增歷事人數，並請三月考勤附選，如在京例。」報可。
七月丁丑，南京大疫，軍民死者甚眾。巡按御史鄭光琬以聞。命撫、按、有司加意優恤。戊寅，淮安、徐州、揚州等府、州、縣大水，漂房屋六百家，溺死男婦八十餘名口。甲午，南京監察御史陶儼以應天等府旱災，民多流亡失業，請大發內帑及余鹽、贓罰銀兩，以備賑恤。上敕巡撫、尚書，都御史李充嗣行之。南京兵科給事中魯綸言：「南京官吏軍匠共九萬四千三百七十九人，每月食糧九萬八千二百石有奇。今計京儲止四十五萬餘石，僅可供四月。恐食盡軍飢，患生不測。乞照正德十四年例，量留江西運米，及南京刑部諸衙門贓罰銀以濟。」下戶部議。尚書孫交言：「漕運計程已過淮、徐，況系京倉四百萬數，截留非宜。惟蘇、松、湖州三府折色米解京者，可量留十萬。各衙門贓罰在倉糧米，間月支放，各處屢年應解南糧，督令完納。如催征輾轉，無以濟急，或將嘉靖三、四年蘇、常諸府該運府、部衙門糧米，改撥一萬石於南京。」詔俱從之。
八月戊戌朔，直隸蘇州、松江、常州、鎮江府大水沒禾稼。己亥，改南京禮部尚書秦金為南京兵部尚書。辛丑，南京應天府等處大飢，民死徙相望。南京戶部尚書王縝等以狀聞，因條陳救災十事。戶部議：「縝等言皆是，惟漕糧渡淮，且京儲也，不宜留。余如議行。」乙巳，升刑部左侍郎顏頤壽為南京禮部尚書。乙卯，命巡撫山西、都察院右副都御史胡錠總督漕運兼巡撫鳳陽等處。己未，詔以兩淮運司余鹽銀三萬兩，淮、揚二鈔關船料銀三萬餘兩，補給淮安等衛所欠缺軍糧。從巡撫都御史俞諫請也。庚申，刑科給事中沈漢言：「吳在春秋為荊蠻，樸野不文。賴吳公言偃，北學仲尼，而東南學者，始知聖賢之道。今其子孫微弱，下同編氓，祠守僅存，隘陋弗稱。乞照顏、孟、朱熹例，官其子孫一人，以奉其祀，改建廟庭，為置祀田。」部議：「以子孫世遠，難據授官，惟從其廣廟給田之請。」報可。壬戌，升南京通政使司右通政聞湖為應天府府尹。
九月己卯，兵部議復：「南京進鮮等項船隻，務照尚書喬宇所奏事例，每船內揀選綱頭，給付花欄小票，明開船隻裝扛水夫之數，於經過管河等衙門投遞驗放，有司馹遞，照票應付。如遇生事害人者，即申巡撫、兵備等官指實參奏。再乞敕南京內守備，戒諭各監、局進鮮官員，不准多帶好徒生事，仍張榜於沿河地方禁約。」上是之。甲午，戶部奉旨會議上賑恤事宜：「一、折漕糧。請將江南等處被災地方，本年應納改兌糧米准改折銀九十萬石，內直隸江南各府五十萬石，江北各府四十萬石，行各撫、按通融分派。每石連腳耗征銀七錢，以備月糧折放。所余運船，聽令修艌存恤；一、發內帑。請將內帑太倉銀各發十五萬兩，直隸江南十萬兩，江北五萬兩，差官運送巡撫衙門，量災輕重給發州、縣官，與預備倉糧、贓贖相兼給賑；一，懲侵欺。言江南錢糧多被糧吏將已征在官者侵費，賄囑官吏，捏作未征，冀幸赦免。請訪拿到官，責限完解，違者從重問遣；一、任撫牧。請行各巡撫官捐停不急，專區處錢穀，擇屬分賑。其應徵錢糧，聽巡撫便宜從事，或酌豐儉均節，或即賑數代補，務於徵派中存賑恤之意；一、行勸借。請於被災地方，軍民有出粟千石賑饑者，有司建坊旌之，仍給冠帶。有出粟借貸者，官為籍記，候年豐加息償之。不願償者，聽照近例，准銀二十兩者，授冠帶義民；三十兩者，授正九品散官；四十兩授正八品；五十兩授正七品；各免本身雜差。仍禁有司逼強及饑民挾騙等弊；一、處財用。謂今議賑者，或欲捐賦發帑，或欲補官補吏，或欲借余財，省快船，或欲借抽分，折竹木，為說不一，均切民瘼。但事各有掌，擅難議覆。乞敕各部，隨宜詳復施行。」議上。命發太倉銀二十萬兩，分給賑濟，余悉如議。乙來，兵部言：「南直隸地方災傷，應天極重，派去馬價，暫且停徵。」從之。
十月辛丑，升工部右侍郎沈冬魁為南京禮部尚書。己未，命借留直隸、江、浙漕運京糧三十萬石於南京給軍，似南運糧每石折銀七錢解補，不為例。
十一月丁卯朔，改南京參贊機務、兵部尚書秦金為戶部尚書。庚午，以旱災免鎮江、蘇州、常州、松江等府稅糧有差。辛未，以應天等府災傷，暫停徵所欠馬價。
壬午，改巡撫應天李充嗣為南京兵部尚書，參贊機務，太子少保如故。戊子，升南京戶部右侍郎吳廷舉為都察院右都御史、總理糧儲，兼巡撫應天等處地方。升戶部左侍郎邊憲為南京刑部尚書，庚寅，先是，大學士楊廷和等以直隸江北水災異常，疏請集議賑救，並蠲一應歲派額辦錢糧。上令戶部集廷臣條陳救荒八事。疏入，上曰，災傷重大，軍民困苦，存留起運糧米，歲辦等項錢糧，盡與停免。癸巳，孝陵神官監太監杜震等以陵寢牆垣頹損，奏乞修理。命南京工部，會同內外守備官，即相度修理。甲午，命南京兵部右侍郎席書兼都察院右僉都御史，賑濟江北地方。
十二月庚子，以災傷免應天、淮、揚等府、徐州嘉靖元年、二年，未征草場子粒銀兩。甲辰，南京兵部右侍郎席書上言：「今歲南畿旱澇相仍，民飢殊甚，已經有司疏聞，下廷議賑恤。第饑民甚多，錢穀絕少，恐難給濟。須別等第，酌緩急乃可。……考古荒政，可行於今者，惟作粥一法。不煩審戶，不待防奸，至簡至要，可以舉行，……今總計南畿，作粥江南北，可四十二州縣。大都、大縣設粥十六所，中縣減三之一，小縣減十之五，諸所設粥處，約日並舉。凡以飢來者，無論本處、鄰境軍民、男婦老幼口多寡，均粥給濟。起今十一月半，抵麥熟止，計用米不過十六萬石，可活人二十餘萬，扶顛起斃，未有急於此者。因作為賑粥活民事宜，開列條款，裝潢成帙以獻。」疏上。上即命書從便宜行於江北，仍諭江南巡撫一體施行。丁未，蠲免應天府等州，縣並各衛、所被災田糧有差。戊申，停徵淮、揚、徐等府、州嘉靖元年、二年，未及三年額辦牲口，俱俟年豐帶徵。己酉，賑濟南京屯牧軍余。
三年春正月丙寅，南京地震有聲。丁亥，南京戶部尚書顧頤壽奏：「南京官軍匠役，月支米十萬餘石，今括各倉所儲，才足十萬之數。近蒙截留兌運糧米三十萬石，並改蘇、松、湖三府京庫折銀可備米十萬石，合之僅有五月糧耳。目今米價騰貴，人心憂惶，及查各省逋欠數多，乞照戶部原擬，差官四員，分行郡縣。」戶部複議：「仍行各撫、按官嚴限查催。」從之。壬辰，戶科給事中張漢卿等言：「先該戶部復題，應天等府地方亢旱，欲將淮、浙運司余鹽銀兩，及南京折納乾魚並變賣沒產銀兩，動支賑濟。但前項區處銀兩，類非現在。往賑官員何所措手。飢困之民，朝不謀夕，若俟文移往來，緩不濟事。乞特發太倉銀兩，星馳往賑，庶幾有濟。」上曰：「直隸地方，災傷重大，人民流離困苦，朕心惻然。戶部即發太倉庫銀十五萬兩，付差去賑濟侍郎，都御史等官，分賑應天，淮安等府，務使窮民各沾實惠。」甲午，南京兵部右侍郎席書以南畿地方災重，乞借淮、徐二倉積貯支運糧米，及南京烏龍等倉續到糧米，急賑救民。得旨：「准撥淮、徐二倉米各五萬石，南京戶部截留漕糧十萬石，命侍郎席書隨宜給賑。」乙未，以災傷免南京錦衣等四十二衛屯糧有差。
二月壬寅，提督漕運、鎮守淮安總兵官楊宏以江南北大飢，條上三事：「曰寬商稅。言淮、揚榷關米舟出入，宜勿征，以招徠之，曰弛鹽禁。言兩淮場鹽，宜聽民肩擔背負，出境易米，勿禁；曰撫流移。言民轉徙地方者，令所在收恤。」戶部複議，從之。庚戌，夜，南京地震。辛亥，蘇、常、鎮三府地震。甲寅，戶部言：「近該南京守備太監秦文、魏國公徐鵬舉、侍郎席書、御史朱衣各疏報災請賑。竊計今天下災，應天、江北最甚，江南次之。江北人相食，死者遍野。頃又雷電非時，地震千里，昏霧四塞，其氣如藥，非小變也。文、鵬舉請發銀置牛具子粒，招集流亡，使就春耕；書請借發淮、徐二倉濟急；衣請截留湖廣、江西漕糧及革前現貯軍器、料銀，且軍民一體賑濟，無非憂世恤民之意。反伏為今日計，在朝廷宜敦節儉，慎爵賞，停織造，止工作，敕勛戚、內外群臣咸務修省，無事侈靡，上下交修，以答天譴。然後申諭賑濟大臣，責實行之，以蘇民困。」詔如議行。壬戌，南京前光祿寺少卿史後、監生楊諶、楊謙各出粟賑饑，撫臣以聞，上嘉其行義。賜後從四品散官服色，諶、謙視銓次量加一級。總督漕運都御史胡錠以江北賑饑，請鬻運米，以平市價。戶部複議。從之，仍聽截留正米連耗十四萬石，貯各倉備賑，而扣今所發銀七萬兩，抵輸太倉。以災免鎮、蘇、常、松四府稅糧有差。兵部復：「南京守備、魏國公徐鵬舉等議言，南京大、小教場及新江口季報官軍三萬四千二百，今鵬舉等疏止稱訪求將領，挑選五千，其餘安在。宜行南京內外守備，督率各屬，悉所選軍士，嚴加訓練，有警以便宜調發。甲冑出守備府贖鍰修之，火器工部鑄式遣官造送。」詔如部議。甲子，以南京各府災，暫免刷卷。
三月戊辰，增應天府廩膳生二十名。從御史陳伯諒請也。壬申，詔發兩淮鹽引，召商變賣，以助淮、揚賑濟。從侍郎席書奏也。癸巳，以災傷，停徵鎮江府拖欠糧米。
四月戊戌，崇明沙賊出掠江上，拒殺巡江指揮樊邦勇、千戶劉欽。御史王杲以聞。兵部複議。詔：「罪其先逃及後期不援者。邦勇、欽子襲升一級，官軍死者，恤其家。仍令操江、巡撫官各督所屬剋期捕絕，毋貽後患。」丁巳，以應天府災，停歲造段匹。
五月甲戌，南京內官監太監王堂請撥孝陵等衛軍三十名，看守房屋，已得旨許之。兵科都給事中安磐劾堂欺慢，謂：「本朝事例，私役軍人過十名者，以法論。宜追寢前命，勒堂閒住，以示薄罰。」疏入，報聞。後，南京御史唐勛等合疏劾堂，乞明正其罪。章下所司。
六月戊戌，升河南道御史唐鳳儀為應天府府丞。直隸鎮江府生擒海賊董效等一百九十五人，斬馘一十五人。兵部擬上功罪。詔操江都御史伍文定賜敕獎勵。己亥，升刑部左侍郎孟鳳為南京刑部尚書。辛丑，裁革海州、鹽城、宿遷、睢寧、清河、安東等稅課局。從巡按御史劉欒奏也。壬寅，升兵部左侍郎李鉞為右都御史、總督漕運、兼巡撫鳳陽等處。庚戌，戶部言：「去歲災傷，惟廬、鳳、淮、揚四府、滁、和、徐三州為甚，而應天、太平、鎮江次之，其餘府、州、縣災各有差。及席書所報，垂死極貧者四十五萬，以疫之死者十之二三，則荒棄田土亦不甚多。恐所司不以國計為重，而藉口於是，征納失期，使官民俱困。乞諭天下有司，先招來逃亡，給之牛種，令其復業。其絕戶荒田，則召人佃種，而寬其徭賦。務在通融，不失原額。至屯田就荒者，亦為並處，軍士流亡，不得冒支，積有餘米，以補絕戶屯糧之數。」上悉從之。戊午，以災傷免應天府上元等縣草場地租有差。辛酉，徐州蝗，令諸司悉計禳治之，仍核災傷，如例蠲益。
七月丁卯，升南京太常寺少卿黃爌為應天府府尹。壬申，以旱災免應天、蘇州、松江、常州、鎮江等府及太倉州夏稅有差。
八月，改南京戶部尚書楊旦為吏部尚書。
九月乙丑，改南京戶部尚書顏頤壽為南京吏部尚書。庚午，升南京右都御史鄒文盛為南京戶部尚書。癸未，南京總理糧儲兼巡撫右都御史吳廷舉言：「應天諸府稅糧逋負過多，請申明律例，通行遵守。」於是三法司會議，言：「徵收稅糧限期及罪名，律文皆已明載。至於條議，不過推廣律意，因事立法耳。如違限一年，律稱遷徒。今以遷徒之法不行，則有比流減半，准徒二年之例。又恐准徒無以懲惡，則有無故不納秋糧，發附近及邊衛充軍之例。如官吏受財，律以枉法論，今以枉法滿貫，止准徒五年，不足以禁贓污，則有滿貫充軍之例。律稱提調管糧者處絞，今概擬絞則太重，准徒則非制。而掌印即提調，管糧即部糧，故又分職守等第，定為住俸、降級之例。律例輕重，大抵互相發明，蓋欲法在必行，刑不輕用。臣等謂諸挾勢積習奸弊，應嚴督追征者，宜悉如廷舉議行之。然東南連歲災傷，民困已極，有司供斂，多於稅糧。甚有廢革詔書，公自催科，致財盡民窮，良為可憫。宜下令有司，俾遵守律例，及時催征，勿因循誤事。臨期酷逼，有違法科斂者，罪之如律例。」上然之。命糧稅皆時催征，如法稽考，不得因循誤事，有濫行科擾者，嚴加禁革。
十月甲辰，時，新定運軍行糧隨正交兌之法，官軍便之。惟蘇、松二府原無額坐，江北行糧，勢難加派。於是應天巡撫吳廷舉請以各府該運鳳、徐二倉糧斛，免民運納到倉，即於水次兌與江北官軍，以抵合用行糧。其淮、揚等府，原坐常盈倉糧，就近改派鳳、徐二處，補還江南兌過蘇、松等府糧數，庶起存之數，兩不失額。戶部複議。從之。
十一月壬戌，巡撫風陽都御史胡錠等言：「淮、揚、徐州先旱後水，又河溢漂沒田廬人畜，請行蠲恤。」戶部復：「以上年賑剩銀、糧貯在倉庫者，亟發備賑，兩淮郡縣漕糧十五萬，余俱改折，應兌軍船量留休息。豐、沛城池堤岸為河水沖潰者，下撫按議浚築。」上曰：「朕覽奏，心甚側然，一切改折蠲賑，俱如所擬，災傷分數，亟行查勘以聞。」庚午，命工部右侍郎姚謨兼都察院左僉都御史、總督漕運兼巡撫風陽等處地方。乙亥，以淮、揚等處歲飢，詔蠲免及緩徵是年馬價有差。
四年正月丁卯，升南京刑部右侍郎高友璣為都察院右都御史、總督漕運，兼巡撫鳳陽等處。庚辰，總督漕運兼巡撫都御史胡錠，疏陳五事：「其一言、淮安以北地高，宜谷黍而少塘堰，一遇亢旱，則坐觀枯槁。淮揚以東地下，宜秈稻而少堤圩，一遇水澇，則任其淹浸。故江北地利不盡，乞敕徐、潁兵備官督率所屬，躬親相度，隨其高下，開浚修築，使蓄泄得宜，旱澇有備，教民隨地播種，一如江南，則無曠土，無惰民，而民食可足；其二言、山陽、寶應、高郵、江都諸州、縣，地臨白馬、甓社、邵伯、黃子諸湖，延亘三四百里，兼以天長西山諸水，時為泛溢，遂至衝決運堤。其間田地多棄而不種，稅糧無所從出，運船亦往往摧壞，其中為患甚巨。乞敕治河諸臣，乘時設法，堅築運堤，量其地勢，建立平水石閘，以為疏泄之計；其三言、撫屬設立夫廠十有一所，應付往來官船，歲無虛日，法禁雖嚴，而間有頑悍之徒，取盡錙銖，肆其拷掠，困疲特甚。乞將兩淮鹽引，各處截角銀兩，盡行禁止，令於掣驗所，每引量征備賑銀一分，以濟夫廠，少減州縣之夫價，以蘇疲民；其四言、各衛所官軍舍余，占買民田，名曰寄莊。芻糧不輸，遺累里甲，甚有田為己業，而糧遺原戶，歲久人亡，則產去而糧存者，往往皆是。乞有司亟為清理官軍置買民田者，令供賦役如民；其五言、淮安府所屬山陽、鹽城二縣，相去三百餘里，中有大湖之險。而支流委曲，尤易藏匿，民多聚而為盜，莫敢誰何。宜擇道里之中，增設縣治，或照沿海守御所事體築立墩堡，量撥官軍防禦。」下戶部議可，詔悉允行。
二月壬辰，以旱災免南京錦衣等四十二衛屯糧一十萬六千三百石。丙申，先是，南直隸蘇、松、常三府大飢，歲賦詔緩徵者計銀三十八萬兩有奇，俟兩年之後帶徵。至是，巡按御史朱實昌言：「凶災之餘，方值一稔，即輸辦歲賦，猶恐難之，奈何遽責宿逋，重為民困。」事下戶部議復：「實昌言是。原定之數宜派為二分，歲征其一，其四年以後，帶徵錢糧。有可緩者，宜蠲之。」上從其議。命具可蠲者以聞。於是蠲蘇州府銀三萬八千四百兩，草一十四萬包；松江府米一萬九於八百石，常州府米五萬五千石，草一千八百包。
三月丙戌，巡撫鳳陽右副都御史胡錠奏：「徐、宿流賊李鸞、武惠等已就擒。」得旨，命即會官處決。地方官功足贖罪，姑貰之。
四月庚寅朔，先是，南京工部言：「歲供家廟制帛及內用紙札，以十年計，約費銀二萬兩。今南京天財庫告匱，請借揚州鈔關課銀，支給商人。」戶部議復：「鈔關船料所以備賞賜買辦之需，且無贏羨，不可許。」上是其議。戊申，升工部右侍郎陳雍為南京工部尚書。
六月已丑，守備鳳陽太監王德乞更換敕書，兼管鳳、廬、淮、揚、徐、滁、和地方事。詔許之。兵部執奏：「祖宗設立鳳陽守備，專供事皇陵，兼管皇城及高牆鎖鑰，督操八衛一所軍馬，初無管理地方之例。正德以來，始有夤緣兼管，頃已奉詔改正，豈可復許。乞收回成命，戒諭王德安靜守法。」得旨：「鳳陽守備所管地方依成化、弘治間例行。」辛卯，改右副都御史聶賢於南京都察院，提督操江。壬辰，以水旱災，免淮安、揚州、徐州等處府、州、縣正官朝覲。甲辰，升巡撫應天、都察院右都御史吳廷舉為南京工部尚書。癸丑，升南京吏部右侍郎陳鳳梧為都察院右都御史，總理糧儲，兼巡撫應天等處。
七月壬戌，升禮部左侍郎朱希周為南京吏部尚書。
八月乙未，御史劉隅言：「江北根本重地，今以總督漕運者兼巡撫，權分地遠，勢固難兼。況今盜賊災傷，政務尤劇。請如先年臧風提督漕運、叢蘭專管巡撫故事，仍增官分管為便。」兵部複議，得旨：「令督運撫臣高友璣會官審議以聞。」乙巳，南京法司奉詔審囚，奏減大辟可矜者共四人。己酉，初，南京各衛軍絕者，例許義男贅婿暫役，以待勾補。至是，南京戶部以食冗移文查革。兵部又以軍少，議量留之。魏國公徐鵬舉言：「查革非便。」詔暫復如舊。詰責戶、兵二部議查革者。
九月己未，以災傷免淮安、揚州所屬州、縣及徐州等衛、所稅糧有差。
十月癸卯，戶部復：「費宏等議言內府所收江南糧，每石加二倍有餘，請敕內官監及供用庫，毋得額外多收。」上曰：「朕念歲災民困，方意撫恤。今後各監、庫，務遵前詔，每石第加耗一斗，有多收者，罪之。」己酉，以蘇、松、常三府災，免存留糧如例。仍折征兌軍米四十萬五千石。極災縣分，盡從折征，暫停徵逋。
十一月丁巳，升都察院右都御史張瓚為南京工部尚書。辛酉，總督漕運、右都御史高友璣陳漕運二事：「一、議改兌以便交納。言先年改兌糧俱民運淮安、徐州、臨清、德州水次四倉，聽官軍支領，俱運通倉交納。後又議令官軍就各州、縣水次隨正交兌，上納京、通二倉。但每年量與腳價，牽掣不清，反致掛欠之弊。乞以原擬京倉改兌四分，仍盡上通倉，其通倉原收兌運抵數，仍赴京倉，腳價銀兩俱照原擬，則京通之原額不失，而各總之查算易明；一、議交兌以復漕規，欲將瓜、淮水次倉兌行修理，行各司、府，州、縣，將應該起運糧米，查照舊規，督令民戶自備船隻，運至瓜、淮水次，聽候官軍領兌，一則可省民間過江腳米之費，一則可免船戶裝糧騷擾之苦，一則可革運軍虜船索錢之弊。」戶部復：「從其改兌一事。其議交兌言，行之已久，官民兩便，不必更改。」詔如部議。甲子，以災傷免蘇、松、常三府所屬州，縣正官朝覲。丙寅，以災傷免徐州、淮安等府稅糧有差。
十二月戊申，奪鎮江府知府劉儲秀俸二月，通判韓涇陽逮治。以戶部員外郎張希尹劾其故違敕旨，不服催征，縱吏賣放糧犯故也。壬子，以災傷免直隸淮安府、徐州並所屬州、縣及邳州等衛秋糧有差。
閏十二月己未，初，有旨添設南京守備太監卜春。南京御史王獻等以為冗濫，疏請停革。兵部複議：「南京守備已增至三員，若添設愈多，則職掌不一。且南京歲災民困，一切供用，皆取諸民，乞俯從停革，以重根本。」詔如前旨。
五年正月庚子，以蝗災詔免鎮江府丹徒、丹陽二縣原帶徵嘉靖二年錢糧。金壇縣帶徵已完，特令改折四年充軍米，以蘇民困。
二月戊午，盜起淮安之洪澤，轉掠泗州，境中官軍逐捕不獲。事聞，兵部復請。得旨：令巡撫高友璣會同鎮、巡官嚴督所司剿捕。庚申，初，御史劉隅請添設巡撫於江北，使專御盜賊，安軍民。下漕運都御史等議。至是，以地方寧靜議罷。從之。庚申，先是，巡撫應天都御史吳廷舉請以南京馬快船十分之四，改為操江巡哨船，可省派南直隸數十萬。南京兵部尚書李充嗣議，以為南京江淮、濟川二衛及錦衣衛，見船不過九百餘只，每歲差用常六百餘，往來守候，動經時歲，而又有年例錢及賠償修理之費，每僉船甲，民甚苦之。然必船只有余，乃可稍寬人力，若去十之四，則存留應役之人，何以堪命。且舊制潞河聽守船隻，無事以通使客，有事以備征進。若減舊額，則停泊難久，失祖宗防微至意，非臣等所敢知也。得旨：「存留馬快船及修造操江船如故。」乙丑，給事中管律言：「兩淮鹽課舊制七十二萬引有奇，其常股四分以給工役賑濟之需，其存積六分，非國家大事，邊鎮有警，未嘗擅開。糧草皆輸本色，未嘗濫收銀價。是以國不言虛，邊不告歉。正德中改存積、常股皆為正課，破例生奸，遂令商人逯俊等自請開中，又皆折收銀價，緩急無備。臣請自嘉靖五年始，盡復舊規，則公私兩便。」戶部複議。從之。
三月戊戌，時江北徐、沛等州、縣，河徙不常，歲比告歉，總督漕運都御史高友璣，請浚山東之賈魯湖，河南之鴛鴦口，令水勢分泄，不得偏害一方。」工部複議：「今發卒浚河，未必能分河勢，而物力工費，所損已不貲矣。藉令工成河徙，而從山東、河南，則山東、河南之民，又可保其不復為徐、沛乎？萬一河流橫逆，運道梗阻，則為害愈甚。為今之計，莫如捐治河之費，似恤被水之民，輕徭省賦，而徐、沛安矣，何必以鄰省為壑哉？」上從部議。壬子，先是，巡撫應天都御史吳廷舉建議：「高淳縣原養馬二百三十一匹，其後又領蒙城縣馬三百一十九匹。今寧國府獨南陵縣養馬，宣城等縣俱無之。而高淳盪田之利，宣城五縣多侵之。宜以高淳縣續領馬改派宣城等五縣，以蘇民圍。」已奉旨允行。至是，五縣豪民何隆等聚眾二萬餘人大噪。知府及宦恐，白巡撫都御史陳鳳梧、巡按御史楊鏊，移檄省諭始散。事聞，下撫、按官會議，其改派馬匹，仍會南京太僕寺審處，務令便民。於是，議以五縣盪田盡還之高淳，高淳馬匹亦不得復累五縣。其驛傳、雜差則令五縣朋出，稍分高淳之困。兵部復如其言，因請按隆等劫脅官吏之罪。上是之。
四月癸亥，以南京都察院右都御史聶賢為南京刑部尚書。乙亥，先是，南京有盜，竊天地壇銅盤、漆器百餘件。太常寺卿邊貢以聞。上曰：「郊壇重器，亡失數多，典守官不得辭責，該署官吏，南京法司逮問。內外守備官嚴緝前盜，務在必獲。」
五月壬寅，改巡撫山東、都察院右僉都御史張九敘為南京都察院右僉都御史，提督操江。
六月壬子，巡按直隸御史劉隅言：「南京沿江洲田，多為豪強占種，概輸蘆課於南京工部。宜令核實，果新生洲灘，仍輸蘆課，若地可藝五穀者，戶部計畝起科，以廣國儲。」得旨：「令戶、工二部各差官往視，果堪播種，方為起科，毋虛增以病民。」甲子，升南京刑部右侍部李承勛為本部尚書。丁卯，工部管河郎中陳毓賢言：「揚州寶應縣范光湖，為糧運必由之路。湖面甚廣，水勢瀰漫，僅以三尺之堤障之。一旦積雨水發，則橫奔衝決，不惟阻糧運，而湖堤以東田土，俱成巨浸，此江北第一患也。臣以為障水固所當先，泄水亦不可緩。請於湖堤以東，修築月河，以分水勢。如以工費浩繁，財力有限，則請自淮安而下，自寶應至高郵，建平水閘數處，以泄其流，亦中策也。」得旨：「令治河都御史章拯、總督漕運都御史高友璣會議相度，果開築月河有益，即定計為之，毋惜小費。」乙亥，應天府尹王爌奏：「本府災傷，所欠內府及南京各倉稅糧俱無征。乞盡賜蠲免。」下戶部複議。上曰：「應天根本重地，災傷重大，內府及各倉糧其盡除之，以示朕憫念小民之意。」戊寅，徐、沛河水溢，壞豐縣城。
八月戊午，以水災免南京應天府夏稅有差。
九月戊子，鳳陽巡撫都御史高友璣、巡按御史劉隅各奏徐州並豐、沛二縣，水患異常。戶部複議。詔免徵兌軍糧米三萬石，淮、揚二府半令折銀並將嘉靖四年賑剩各項錢糧及明年淮、揚鈔關料銀，俱准查出存留，以備賑濟。上從之。仍令戶、工二部議疏浚事宜以聞。乙未，以水災免徐州豐縣馬價。己酉，先是，總理糧儲、巡撫應天右都御史陳鳳梧以蘇松諸郡地濱大湖，水利興廢，關係尤重。疏乞仍添設工部官管理。部議謂：「先設郎中專管水利，近以民困停止，工役議罷。已備行浙江管屯僉事兼管，而巡撫總其大綱。宜仍咨都御史陳鳳梧，督同僉事蔡乾並通判、判官、主簿、分屬管理，庶有專責，官無濫設。」上曰：「僉事專管水利，若果得人，盡心干理，何必添設。巡撫宜督率各官，勤修厥職。蔡乾若才力未能辦此，更調別用。」
十月壬子，以旱災，詔兔征應天、鎮江、常州、蘇州、松江等府稅糧。辛酉，以災傷，詔免鎮江等府丹徒等縣帶徵逋稅。甲子，以災傷，詔免淮、揚二府稅糧，停徵應解物料，及留淮南鹽價四萬接濟。
十一月戊子，以災傷免儀真衛及泰州、鹽城二所屯糧有差。
十二月丙子，先是，禮部尚書吳一鵬上言：「清河以北，兗州以南，水勢瀰茫，田廬淹沒。請訪求渦河湮塞等處，或浚故道，以通其流，或開支河，以分其勢。」巡按御史穆相言：「兗南徐北，去東海不遠。於此相逐地勢，開一渠河，立以壩閘，設以守官，遇水發，分流以殺其勢；水小，鎖閘以截其流，庶幾水有所歸，不為民患。且啟閉有時，亦不傷運河也。」時，大學士費宏等亦言：「黃河之為禍久矣，禹治洪水，以河為先。漢宋以來，皆專設行河之使，講求治河之策。我朝河勢南趨，自入河南汴梁以東，分為三支。由亳、潁等州地方渦河等處，或出宿遷小河口，或從懷遠縣至泗州出淮河。其勢既分，故雖有衝決之害，亦不甚大。正德之末，聞渦河等河，日就淤淺。黃河大股南趨之勢，既無所殺乃從蘭陽、考城、曹、濮地方，奔赴沛縣之飛雲橋、徐州之溜溝等處，悉入運河，泛濫瀰漫，茫無畔岸。自徐州至清河一望皆水，耕種失業，遞年租稅，無從辦納。官民船隻，通無牽挽之路，前數年河溢之患也。近來沙河至沛縣，浮沙涌塞，隨浚隨涌，官民船楫，乃從昭陽湖取道往來。況昭陽湖積水不多，春夏之交，湖面淺涸，則運道必至阻塞。京師歲收四百萬之糧，何由可達，官軍數百萬之眾，何所仰給，此則可憂之甚者也。為今之計，必須渦河等河如舊通流，分殺河勢，然後運道不至泛溢，徐沛之民，乃得免於漂沒。若不速為計劃，將來河復北決，意外之慮，又有不可言者。」巡按直隸監察御史戴金亦言：「黃河入淮之道有三：一自中牟至荊山合長淮之水，曰渦河。一自開封府至葛岡小壩、丁家道口、馬牧集鴛鴦口至徐州，出小浮橋，曰汴河。一自小壩，經歸德城南飲馬池，至文家集，經夏邑，至宿遷，曰白河。弘治間黃河變遷，渦河、白河二道，上源年久湮塞，而徐州獨受其害。若自小壩至宿遷小河一帶，並賈魯河、鴛鴦口、文家集壅塞之處，逐一挑浚，使之流通，則趨淮之水不止一道，而徐州水患可以少殺矣。」巡按直隸監察御史劉欒言：「曹縣梁靖口南岸，原有賈魯河，南至武家口一十三里，黃沙淤平，必須開浚。武家口下至馬牧集鴛鴦口一百一十七里，即小黃河原通徐州故道，水尚不涸，須略疏浚，此系河南歸德州地方，俱與徐州相連。乞行議處，興工挑浚。時，提督漕運總兵官楊宏亦言：徐州上流，若歸德州小壩河、丁家道口河、亳州渦河、宿遷小河等處，俱有黃河分流支派故道，宜於此開浚，或有捷路可辟，亦從其便，庶可分殺水勢也。漕運都御史高友璣、河道都御史章拯亦屢以為言。俱下工部議復。言：「運河國計所關，開封、大名地方，多有黃河故道，不塞則害運河，此正今日急務。所以黃陵岡、金隆口一帶築浚之工，歲無虛日。所幸地居上流，河向東行，順河築堤，堪以保障，是以運道無虞。今徐與豐、沛，正是民患，又居下流，若一例施工，恐窮各郡之力，不能當全河之勢。必欲修治，則惟塞支流之口，築堤障水以護田廬、保城郭，以通漕運牽路。宜行各官勘議被淹之處，有無支流決口，可以築塞。堪否築堤障水，俾入正河，免致澇溢，及運船經行河岸，被水淹沒，應否增築高闊，以便牽挽。一一勘議，會奏施行。至於浚賈魯之故道，開渦河之上源，則工大難成，未可輕舉。」又言：「沛縣一帶，閘河築浚之工，誠不容緩。宜令各官，逐一相度黃河水勢向背，閘河地勢高下，講求疏浚之法。」詔如所議。又以章拯事權未重，命開工部右侍郎兼都察院右僉都御史。令其督同山東、河南、淮、揚撫按官，親詣地方，逐一相度，將戴金、楊宏所奏事宜，斟酌應築應浚，選委司府勤能官員，鳩工完事，以濟漕運。
六年正月乙未，以災免南京錦衣衛等四十二衛屯田子粒有差。
三月壬寅，總理河道侍郎章拯言：「西水支流，原自豐縣漫溢至沛，橫貫運河，衝決堤岸，其勢徑趨昭陽湖。以此運河南流勢緩，停淤沙泥，幾與岸平。今故道疏築已通，面東岸勢卑，土疏善崩，秋水泛漲，恐復淤決。乞僉復蕭、碭原額淺夫，專令在沛，時常防守。仍令徐州管河通判督同沛縣主簿、閘官，往來閱視，隨宜疏築。凡遇秋水時至，徐州管洪主事量調徐、呂二洪夫役，協力修浚。其管河等官，有能平治得宜，三年無患者，超格賞擢。」工部復奏。從之。
四月庚戌，先是，上俞太監梁諫之請，差官往南京織造。工部執奏不可。於是六科都給事中張嵩等、十三道御史程啟充等各上言：「陛下初政，節用愛人，一切織造、採運之事，釐革殆盡，天下仰戴。奈何左右近臣，不知將美輔德，而爭以生事炫能為功。動稱供應不敷，奏蒙俞允，遣官南京織造。即今天象示異，水旱為災，小民怨恣，江南尤甚。且差去官員，非賄不得計，非貪黷無以償之，雖欲責令安靜，不可得也。伏望皇上俯憫人窮，仍賜停止。」上曰：「言官以言為職。既奏乞停止，自合具實進言。如何始為諛詞，終乃規諫，豈言官之體，且不究。」辛亥，命原任提督撫治鄖陽、都察院右副都御史方良永總理糧儲兼巡撫應天等府。乙卯，升南京吏部右侍郎胡世寧為南京工部尚書。己未，總督漕運都御史高友璣論劾太倉州知州王楊等兌運愆期，請究治。上以地方災傷，詔奪各掌印官俸二月，管糧官提問如例。壬戌，戶部複議：「總督南京糧儲右副都御史韓荊言，應天、蘇州等處，征解本部定場馬草一百三十餘萬包，每包例折銀二分二厘，歲輸銀輒餘六千五百餘兩，俱系小民多納之數。近年旱澇相仍，宜嚴行扣革，以後止征解一分八厘為則。」從之。甲子，升戶部右侍郎王承裕為南京戶部尚書。乙亥，初，命查各鹽運司鹽引。至是，欽定價值，兩淮每引六錢，兩浙四錢。從戶部請也。
五月庚子，升浙江按察使陳鼎為應天府府尹。
六月癸亥，詔建河神司於沛縣。時，漕河復通，議者以為神助，請復其故宇，春秋致祀。工部復請，從之。
七月丁酉，命南京都察院右副都御史鄭毅總督漕運、巡撫鳳陽等地方。庚寅，升總督漕運右都御史高友璣為南京工部尚書。
九月丁亥，改禮部尚書吳一鵬為南京吏部尚書。乙丑，以旱災免淮安府存留夏稅有差。
十一月丁亥，升總理糧儲兼巡撫應天等府、都察院右都御史方良永為南京刑部尚書。丁酉，升浙江按察使歐陽重為都察院右僉都御史，總理糧儲兼巡撫應天等府。
十二月癸丑，吏部尚書桂萼言：「臣聞祖宗漕運之法，必預儲百萬餘米於淮安，乃令督運之官會計江南諸省歲入之數。有災傷不足者，諸省自為通融補之，又不足，則繼以淮安余米，此誠良法也。而今廢之久矣。臣請以各關鈔錢及南方諸省缺官銀兩，盡發淮安，乘豐積米，以備災傷。」上令戶部斟酌可否以聞。辛酉，升致仕南京刑部右侍郎周季鳳為都察院右都御史，總理糧儲、巡撫應天。
七年正月乙酉，總督河道右都御史盛應期言：「沛縣迤北河道，地形卑下，泥沙易集，似故累浚累塞。今詢之官民，咸稱昭陽湖東，自北進汪家口，南出留城口，約長一百四十餘里，可改運河。北引運河之水，東引山下之泉，內設蓄水閘，旁設通水門及減水壩，以時節縮，較之挑浚舊河，勞逸遠甚，且可為永久之利。計用夫六萬五千人，于山東、南、北直隸相近府分徵調。仍量行雇募，用銀二十萬兩有奇，取之兩淮鹽價，而以山東官帑所貯佐之，期六月而畢。」事下廷臣雜議，皆言應期議是。上乃命應期及春和督官興事，且誡各巡撫等同心協力，共成大功。應期又請令管河郎中柯維熊、員外郎王大化於趙皮寨、孫家渡、南、北溜溝等處，役工挑浚，以殺上流之勢。武城迤西，至沛縣迤南，修築長堤，以防北潰之虞。俱從之。甲午，太子太保、南京兵部尚書李充嗣復疏乞休，且薦兵部左侍郎伍文定自代。詔許之。以淮、揚連歲災傷，詔以兌運米改折四萬五千石，石銀七錢，徐州改兌米一萬八千石，於臨清廣積倉如數支運，俟豐征補。
二月乙已，修南京太廟前殿。甲寅，升太僕寺卿唐龍為都察院左僉都御史，總督漕運兼巡撫鳳陽等處地方。丙辰，改提督三邊、太子太保、兵部尚書王憲為南京兵部尚書，參贊機務。
三月壬辰，升戶部左侍郎胡瓚為南京工部尚書。
五月辛巳，升尚寶司少卿楊璨為應天府府丞。
六月甲辰，戶部復：「廷臣會議，兩淮鹽額數少，民食不充，灶戶煎有餘鹽，置之無用，是以鹽價翔涌。欲令漕運大臣兼理鹽政，聽將灶戶余鹽報官中商，量征十之二三，以救貧灶，則鹽價可平。仍以征賣價銀，分解水次倉場，遇豐年則收糴雜糧。若江南荒歉，則量征折色，而以所貯之糧轉輸入京，以充運額。仍以折銀通解涫運，以為糴本，則輕重相權，遠近相濟，不三五年，國賦既足，而鹽法亦大通矣。請漕運鹽法衙門計其利便。」上謂：「戶部典司國計，鹽課盈縮，利弊興革，仍其職守。今鹽價騰貴，私鹽盛行，將來恐釀大患。此議屢經廷臣論奏及巡鹽御史建白，必有所見，果窒於行，亦宜明復。奈何數請行勘，以致經年不報，徒事虛文。其即查各官所議，酌量人情國法，當行當止，務求歸一以請，但俾國計，毋泥舊文。鹽法仍屬巡鹽御史管理，其征解糴置俟後行。」
七月壬午，是時，總理河道都御史盛應期，疏浚昭陽湖東一帶新河，工已及半。會旱災修省，言者多謂新河之開非計，詔罷其役，並罷諸治河者。應期請俟秋深，果舊河通流則已，如仍有阻礙，須終新河之工為經久利。戶部請從之。且言河道總理官不可罷。得旨：「應期回京別用，另選忠誠才望大臣代之。」竟罷新河之役。
八月辛丑，工部右侍郎兼左僉都御史潘希曾疏言：「近年沛漕沙淤，旋挑旋塞。蓋由秋水泛漲，黃河奔沖所致。嘗考河流故道非一，其大而要者有三：一、孫家渡經長淮衛趨淮入海；一、趙皮寨經符離橋出宿遷小河入梅；一、沛縣飛雲橋經徐州趨淮入海。孫家渡、趙皮寨乃上流之支河，飛雲橋乃下流之支河。弘治以前，三支分流會於淮而入海，故徐、沛亡患，漕渠不淤。今上流二支俱就湮塞，全河東下並歸於飛雲橋一支。下束徐、呂二洪，上遏閘河，流水溢為游波，茫無畔岸。於是決堤壅沙，大為漕患。今日之計，固當挑浚舊漕，以通糧運，加築堤岸，以防衝決。然非疏其上流，秋來水發，沙雖挑而復淤，堤雖築而複決。近因趙皮寨開浚未通，正在疏孫家渡以殺河勢。第恐巡撫事繁，副使力寡，請敕都御史潘塤，嚴督管河副使，調集夫役，選委職官，亟為疏浚，剋期成功。功成聽臣閱實具奏。」上嘉其議，從之。乙巳，南京工部等官言：「南京神帛堂織造制帛，內官監成造竹器，先年各監朦朧奏添夫匠等三百七十五名戶，及甲字等庫近來奏添借撥人夫一百二十九名，歲勒上、江二縣折銀一千五百餘兩宜如詔裁革。其民匠優免，宜如正德六年例，系近年投充者聽貼二丁，毋得影占全戶。」下工部複議，報可。己巳，南京織造制帛絲料例坐上元、江寧二縣鋪戶買辦。後從應天府尹王爌議，請於南京丙字庫所收貯絲內擇取應用。至是，守備太監高隆疏言：「本庫絲料不堪織造。」上曰：「制帛乃奉享祀至重儀物，宜照祖宗舊例行。」
九月庚午朔，罷總督河道、右都御史盛應期、管河郎中柯惟熊，俱冠帶閒住。初，應期議開新河，惟熊贊之甚力。應期督工趨迫，人頗怨。朝議罷役，應期請緩一月，毋停工，保其終事。惟熊復甚言其不便，應期亦上疏自理。部議兩罷之。應期果毅任事，既奏新河，因謬議紛起，欲急於成功，以杜眾口。遂以言急興怨，功未及成而罷。然其所開新河，後三十餘年，卒循其遺蹟疏之，運道至今蒙利雲。丙申，工部復：「南京各衙門修省疏，言南京新江口戰、巡等船四百隻，每船費銀二百餘兩，修理亦不下五十餘兩。例約五年一修，十年一造。守者漫不加意，易致損壞，徒耗官值，無裨實用。乞如正陽等門軍器例，專委主事一人，朔望閱視。但事關兵務，恐非一部屬所能獨任。宜增差南京兵部主事、南京兵科給事中各一人，每季終會同閱視。有復踵前弊者治以罪。」從之。
十月癸丑，南京禮部等衙門右侍郎顧清等條奏時政：「其一、停差官以杜騷擾。言錦衣衛官職在侍衛祖宗廟，非機密重情不遣。正德間，營差四出，海內騷然，茲陛下所親見也。近揚州府鄉官高瀹，以奏爭家財，蒙遣錦衣衛千戶葉風儀勘問。竊聞其錄記資產，羈囚婦女，慘毒備至。夫事始私家，贓無實跡，而即上煩詔旨，非所以教民睦也。自今現任官以墨敗者，自當重懲，如居家觸法，宜付所司治之，不必遣官遠出，則體統尊而法紀正矣。」章下都察院複議：「清等所奏俱切事實。其差官一事，本以事干豪強，有司不能獨制，故特命錦衣衛官會勘，欲得事狀速明也。今千戶葉鳳儀與巡按御史王鼎會問杜氏奏詞，延至半年之上，不與竟結，而肆意妄為，平人受害，以致各官會題前來。鼎為風憲之臣，才力巽懦，勘事失職，宜別遣御史一員往代。」得旨：「葉鳳儀其令安靜行事，依法勘處，作速還京，不許推求過當，斂怨地方。王鼎巡按未久，待差滿照例考察。今後錦衣衛官校非十分重事，毋遣。」
閏十月丁酉，總理河道、侍郎潘希曾言：「漕渠廟道口以下忽淤數十里者，由決河西來，橫衝廟道口之上，並掣閘河之水，東入於昭陽湖，以致閘水不復南流，而沛縣飛雲橋之水，時復北漫故也。今宜於濟、沛間加築東堤，以遏入湖之路，更筑西堤，以防黃河之沖，則水不散緩，而廟道口可永無淤塞之虞。仍於黃河上流分浚趙皮寨、孫家渡二處，夫二水兼通則橫流以殺，而運道可保無虞矣。」工部復奏。得旨，允行。
十一月癸亥，升兵部左侍郎周倫為南京刑部尚書。
八年二月己丑，時，豐、沛苦河患，而南北往來津挽不絕，民力大困。都御史唐龍建議，清仍設夫廠於魚台之瀔亭鎮，以分布沛縣民力。工部複議。從之。
三月甲子，升工部右侍郎章拯為南京工部尚書。乙丑，巡撫應天都御史陳祥等報：「海賊百餘人，泊舟常熟，登岸剽掠，敵殺官軍，勢甚猖獗。時以官鹽久滯，私販者眾故也。」上曰：「東南財賦取給蘇、常，乃容盜賊肆掠。其先奪巡捕等官俸，行撫、按督屬悉計剿捕防守。巡按即核諸臣誤事情罪以聞。奏內稱鹽徒私販釀成禍本，尤為確論。其令淮、浙巡鹽疏通禁治，如致滋蔓，責有所歸。」
四月己丑，升廣西左布政使王大用為應天府府尹。
五月庚子，先是，戶部從御史李佶議，以邇來余鹽多於正額兩倍，宜添刷引目，令商人在邊報中。正鹽一千引者許報中余鹽二千引，定其價值，赴運司上納。今既行，兩淮鹽商告稱不便。於是巡鹽御史朱廷立言：「近奉欽依，添刷引目，蓋欲使市無高價，而民食免無鹽之苦，鹽皆有引，而商人無夾帶之私，法誠善矣。乃商人莫肯應者，蓋其故有二焉：商人往時余鹽，待其掣過，然後納價。今新例先納銀而後領引，既輸於邊，又輸運司，必此人皆巨商而後可，非所以責之中商、小商者，其不便一也，舊例商人支鹽，除正鹽二百八十五斤外，余鹽二百六十五斤，淮南納銀一兩六分，淮北七錢五分，比時官鹽疏通，尚無利息。今添中二引，共與鹽七百五十斤，則除正鹽外，余鹽二引，才四百六十五斤，而淮南納銀一兩九錢，淮北一兩五錢。比舊之價，淮南增銀四分，淮北一錢五厘。夫商人求利者也，有利則趨，無利則止，若使之負資本、涉邊圉，而為無益有損之舉，孰肯從哉！其不便二也。今宜以添設之引，先行給商，待其掣後納價，以寬先期征並之急。其添中余鹽價銀淮南減四分，淮北減一錢五厘，以恤虧折之苦，庶商人無苦，而新法可行。」下戶部複議，從之。己酉，升南京光祿寺少卿柴奇為應天府府丞。
六月甲戌，改南京禮部尚書劉龍於南京吏部。起原任巡撫寧夏都御史張睿為南京都察院右都御史，提督操江兼管巡江。丁亥，豐、沛二縣河堤成，增設豐縣管堤主簿一員。辛卯，升工部左侍郎何韶為南京刑部尚書。
七月壬寅，巡按御史王化言：「江陰盜侯仲金之亂，殺官兵二百餘人，支解主簿，殺百戶一人，請罪諸失事者，以為曠職之戒。」兵部言：「仲金之亂，守臣無言殺官者。」得旨：「江陰盔情，令直隸巡按御史作速勘報，巡江都御史嚴督所司，並力緝捕。似前怠慢坐視者，以名聞。」
八月庚午，復差南直隸清軍御史。癸酉，升都指揮使崔文署都督僉事，充總兵官，提督上下江防，巡捕盜賊。初，兵科都給事中夏言等言：「鎮江等處，盜賊縱橫，沿江兵力單弱，全無備御。乞專設鎮守江淮總兵官，於瀕江要會處所駐紮，付以捕討之責。」上是之。令推素有才望謀勇者二三人簡用。兵部復言：「南京故有武職大臣，專管操江兼理巡捕事權，原重防禦江洋，正其職守。止緣敕內開載不專，內有掣肘之嫌，外無節制之權，徒擁虛名，事難責成。今既欲添設總兵官，所理者皆操江、巡江之事，原設操江武職大臣，若復仍存，恐互相牽制，難以行事。宜將現任操江、安遠侯柳文專在南京中軍都督府僉書管事，別推一員，令其領敕專管操江巡捕。」上曰：「操江武臣仍舊，防禦江洋盜賊總兵官，如前旨，會推二三人以聞。」因會推右都督馬永、都督僉事楊銳，都指揮使崔文，特用之。丁丑，南京奉詔裁革冗員。丁亥，起致仕兵部尚書胡世寧為南京兵部尚書，參贊機務。
九月庚子，升南京刑部右侍郎邊貢為南京戶部尚書。甲辰，以淮安、揚州、海州災傷，詔免存留稅糧及折納起運米有差。乙巳，改刑部尚書周倫於南京刑部。甲寅，以江南諸郡蝗，詔有司設法撲捕，毋令滋蔓，仍量發倉廉賑濟。丙辰，以災傷免應天府上元等縣稅糧有差。
十月甲子，革應天府及上元等五縣管馬通判、主簿，並馬政於管糧官．革江淮巡檢司。庚辰，以災免應天、常、鎮各府、州、縣田糧如例，仍聽折征兌軍改兌南京倉米。
十二月丙子，升福建左布政使查約為應天府府尹。
九年二月壬申，更調總督漕運兼巡撫鳳陽等處右副都御史毛思義及總理糧儲兼巡撫應天等處右副都御史陳祥。初，祥為巡按直隸御史魏有本所劾。吏部言：「祥素有才望，雖督察似有苛細，而除貪祛弊，有益地方，捨短取長，不宜輕棄，請令祥與思義互調。」故有是命。甲申，吏科都給事中夏言言：「頃者，巡撫應天都御史陳祥劾奏蘇州府同知徐州貪饕險坡，具有實跡，吏部已擬罷職。而巡按御史魏有本薦以為賢。及有本劾祥不職，而吏部盛稱其才，不當輕棄，遂得調用。夫一徐州而撫、按之臧否懸殊，一陳祥而御史、吏部之毀譽迥別，陛下何所憑以為黜陟哉？臣竊謂州之賢否廉穢，不可不核其實；祥，有本之薦劾公私，不可不求其故，吏部之可否是非，不可不致其確。請下吏部、都察院核實以聞。」於是部、院復言：「祥揚歷有聲，撫吳有著。有本與之有隙，疏摭參奏，部初擬請改調，蓋所以曲全言官之體。至於徐州贓污狼藉，撫臣持疏糾論。蘇、歙密邇，豈有本獨所未聞，實欲自異於祥，以致是非倒置，激揚之體夫豈宜哉！誠當核治。請解祥、有本任，回籍聽撫、按官會勘，具實上奏。並請申飭天下撫、按，自今敢有私任喜怒，彈劾不實者，抵罪不宥；薦舉非其人者，有罪必連坐之。」疏入。上以吏部右祥，責其不公。罷祥、有本，俱回籍聽勘。丙戌，詔革應天府上元等縣羊戶。先是，巡撫都御史陳祥言：「南京光祿寺司牲司羊戶凡二十六人，皆征銀上元等縣，不下三百餘金。而歲辦不過奉先殿薦新羊羔一隻、司設監羊毛百斤耳。宜存句容、溧陽羊戶各二人應役，余悉罷免。」從之。
三月甲寅，升山西右布政使江曉為應天府尹。
八月庚申，刑部復：「南京刑部主事蕭樟所言三事：一、重民命。言凡南京五城兵馬及各衛所所逮罪人，惟機密重大，關係地方者，乃關白內外守備，其爭訟細故，則聽巡城御史付法司案治；一、明律例。言《大明律》奧旨未易窺測，《問刑條例》類皆節去全文，意多未備。當責所司取近時頒布《律條疏議》及《律解附例》諸書，講求參考，務求歸一，然後請自聖裁，著之會典；一、清詞訟。言諸曹各有職掌，其所司詞訟，有當自理者，有當聽法司理者，其事未竟，不當復訴他所，彼此牽制，以致事權不一，適資影射之計。」詔從之。甲子，以水災，詔減應天府稅糧有差。
九月乙未，以旱災，詔免應天、蘇州、松江等府秋糧有差。
十一月丁亥，命廣寧伯劉泰提督操江。
十年二月甲戌，以水災，免直隸淮安、揚州二府所屬州、縣並留守等衛、所秋糧有差。癸未，巡按直隸御史余勉學條陳江防二事：「一、飭武備以固江防。言留都所重，莫過江防。儀真而下，巡江軍缺。衛不滿四十人，所不滿二十人，加以月糧不給，俯仰為累。乞敕兵部議處，將鎮江衛原坐京操軍士量留，以備江防，及行沿江衛分，凡巡江軍缺，務足百名之上。應得月糧，務以時給，使其平居則常川操練，有警則互相應援；一、設營伍以據要害。言瓜州遠在下流，與京口對峙。東控洋海，北接淮揚，甚為要害。雖有儀真守備往來巡歷，然周歲不數至，其餘奸細，何所蹤跡。乞敕兵部議處，量於揚州衛調撥官軍築堡瓜州，常川守備，與儀真等處聲勢相接，以防不虞。仍行彼處量造衙宇，以便往來防守。」兵部複議：「撥軍築堡，難以輕議，余俱可行。」詔從之。
六月甲寅朔，先是，有旨令天下有司積穀備荒，視所積多寡，以為殿最。至是，巡撫應天都御史毛思義言：「應天府尹江曉等所積米谷，溢於原數；蘇、松、常、鎮等府知府聶豹等不及限，宜有旌別。」得旨：「曉等體國為民，分別等第旌舉。豹等各守僥郡，反不及數，行政守己可知，其參究以聞。仍通行天下撫、按官查考，造冊送部，以憑朝覲黜陟，勿事姑息。」丁巳，起戶部尚書秦金為南京戶部尚書。
閏六月戊申，裁革揚州府通判一員，海、邳、通、泰等州各判官一員，如皋、海門、碭山三縣各縣丞一員，宿遷、睢寧、安東、沭陽，贛榆、鹽城、寶應、江都、興化、泰興十縣各主簿一員，沭陽、沛縣、及呂梁洪各稅課局大使一員，高郵州倉、兩淮運司馬塘、莞瀆、臨洪三鹽課司各副使一員，邳州、江都縣各河泊所河泊一員，呂梁洪下閘閘官一員。改淮安府管馬通判，山陽縣管馬主簿各—員為管河。
七月壬子，巡按蘇、松等處御史胡體乾上言：「浙西諸郡，蘇、松最居下流，即禹貢三江入海故跡。但今婁江、吳淞江已失故道。言者以為欲治水利，宜開二江，二江通則三江入海之故跡可復矣。至若蘇州一府，以千里之地，納諸路之水，東通大海，北通長江，其泄水也，有川。今者，潮汐迅疾，沖盪沙泥，而昔之開者已淤；其容水也，有區。今者，茭蘆叢蔚，淤淀灰土，而昔之深者已淺，故水無所瀦泄，泛濫為患。今欲疏治之，其策有六：一曰、開泄水之利；二曰、浚容水之湖；三曰、殺上流之勢；四曰、決不流之壑；五曰、排潮漲之沙；六曰、立治田之規。其督理之官，又須專設，重其事權，假之歲月，以責其成。如今之右通政何棟，山東按察司副使陳文沛，昔治水吳中，材稱幹濟，宜可擢任。」工部議：「行巡按官會直、浙巡按御史勘議具奏。」詔可。
八月丁酉，南京守備、魏國公徐鵬舉、太監晏宏等言：「新江口乃京師咽喉，請以鎮江衛原坐京操軍士，仍舊存留操備，演習水戰，以固江防。」從之。以旱、蝗免揚州、淮安二府各屬州縣田糧有差。
十二月庚辰，以災例免直隸應天、蘇州、常州、鎮江等府糧稅。辛卯，戶部員外郎范韶、御史聞人銓各言：「寶應縣范光湖為歲漕必由之道，而湖闊水洶，患嘗不測，請開築越河一道，使舟行河中，以免傾覆之患。若河堤不堅，決之甚易，宜建減水閘五座、浚赴海渠五條，築堤節流，以防衝決之虞。」工部言：「韶生長湖濱，詮昔宰茲縣，見聞必審，其說當從。」上是之。令總督漕運都御史等官會同勘視，計處至當以聞。
十一年正月戊寅，戶部復：「直隸巡按御史錢學孔條奏三事：一，嚴追並以祛積弊。蘇、松等府錢糧，豪猾侵欠者，動以萬計。事發追賠，百方詭脫，名為監禁，替代居多，名為變產，占吝如故。及當比較，則又騙詐平民，為害滋甚。宜敕撫按官，嚴行所屬，查有侵欺等弊，除年遠產盡者，勘實除豁。其餘務拘正身，立限追並，不許隱匿產業，攀累無辜。每季終，取其州、縣追完錢糧數目，量其多寡，以示懲勸；一、時征解以杜侵欺。錢糧侵欠，多由奸徒包攬，或賄結官吏，憑藉勢要，不即勘解，延至日久，官吏遷代，輒圖埋沒。宜行府、縣，禁革包攬。凡糧長庫役，每歲一更，錢糧既完，務嚴限起解。歲終以完解數目，籍報撫按；一、革賠補以便征納。包賠糧石，經年累歲，虛數徒懸，宜革除舊額。惟清踏田糧，俾賦因田定，役與糧均。他如蘇、常余米之徵，池，太蘆洲之課，或利歸勢豪，或地多坍塌，並行撫按，勘實蠲除，以蘇民困。」詔如議。
二月丙申，升山東右布政使邊憲為南京應天府府尹。
三月丙辰，革南京後軍都督府署都督僉事陳璠提督操江。
四月癸卯，總督渭運都御史劉節奏：「黃河舊通淮河口，流沙淤塞，挑浚方完，糧運幸通。不意黃、淮二河伏水漲發，泥沙漫入河口，直抵淮安府城西浮橋一帶，俱被沙淤，已興工挑浚，以拯目前之患。更乞會議長久之策，或改河口，以避奔流，或築長堤，以障巨浸。」疏入，工部議復：「令行節等以改河、築堤二議，虛心訪究，何者可以永保漕渠，杜絕後患。計定，即興工挑浚，毋得後時。」得旨：「運河壅塞，堤岸坍塌，皆因近年管河官員不行疏導修築所致。茲所議，俱依擬。通行各該管官員，用心修治。如仍前怠惰，御史參奏以聞。」
七月己未，戶部復：「南京刑部奏，南京兩法司入谷贖罪，今馬豆不給，請令以豆易粟，每石二斗，當粟一石。俟有三年之儲，仍復故便。」從之。南京都御史萬鏜奏：「南京各衛屯田，因無專官巡按，政多廢弛。乞如在京巡屯御史例，無論在京在外各衛，俱隸南京巡屯御史管理。」戶部復奏，從之。戊辰，以旱災蠲免應天等府夏稅有差。
十一月辛未，升吏部右侍郎許誥為南京戶部尚書。
十二年三月丙午，升南京光祿寺卿張衍慶為南京都察院右副都御史，提督操江。
四月癸酉，命給事中王督催浙江及蘇、松、常、鎮四府積負織造緞匹。
五月已未，刑部左侍郎聞淵九年考滿，升南京刑部尚書；改南京吏部尚書劉龍為南京兵部尚書，參贊機務。庚午，升應天府府丞柴奇為本府府尹。
六月乙卯，升南京光祿寺卿侯位為都察院右副都御史、總理糧儲兼巡撫應天等府地方；改提督操江、南京都察院右副都御史張衍慶總督南京糧儲。
七月丙午，升禮部左侍郎湛若水為南京禮部尚書。改巡撫遼東右副都御史周敘於南京都察院，提督操江。己未，以災傷免淮、揚二府及徐州所屬夏稅及折征屯糧有差。
九月丁卯，初，廣東巡檢何儒常招降佛郎機國番人，因得其蜈蚣船銃等法，以功升應天府上元縣主簿，令於操江衙門監造，以備江防。至是，三年秩滿，吏部並錄其前功，詔升順天府宛平縣縣丞。中國之有佛郎機諸火器，蓋自儒始也。
十月癸酉，以淮安等府災傷，詔折征兌運米八萬石，支運改兌米七萬石，仍蠲免存留錢糧及折征各衛、所屯糧有差。
十三年閏二月乙卯，兵部復：「南京兵部尚書劉龍所陳江防事宜：一、操江官軍，逃亡浙多，請令南京法司、甫直隸等處，凡謫戍不系極邊者，俱發水軍衛分，以補江操，三年而止；一、沿江兵卒，不習水戰，無以防捕。宜令儀真，鎮江、太倉、松江等選習水官軍，為造輕船，備器械，使習水戰，以備不虞；一、長江上下，舟艦通行，鹽徒賊盜，混同出入，漫無稽察。宜行龍江等鈔關抽分部官、儀真守備等官及所在通江有司，嚴為稽察，驗引放行；一、沿江巡檢司額設弓兵，不宜裁革。宜令所司，如舊僉補，及巡哨船隻，有損壞者，宜即修造，以便追捕。」兵部議復，從之。
五月己丑，改巡撫陝西、都察院右副都御史王堯封於南京都察院，提督操江。甲午，詔除免直隸揚州衛泰州、通州二守御千戶所新增無田子粒，從直隸巡按御史須瀾奏也。
十一月甲申，戶部復：「兩淮巡鹽御史陳縞所陳鹽法事宜：一，招流移。淮，揚人戶，多棄業逃徙，以興販為生。宜責成州、縣招徠安集，或假與牛種，或免其逋負，歲終籍所招復之數，以憑黜陟；一、防漏灶。比來灶戶，貧者流亡，而富者又復買脫，大非原額。宜以版籍為定，但有灶求歸民者，按籍詳核，毋得輒與改易；一、厚優恤。灶戶各有鹽課，而有司概以徭役苦之。宜照先年事例，灶田不許編派差徭。間有置買民田者，聽其自輸正賦。其有奸灶飛射、詭寄等弊，有司一體查究；一、免盪稅。盪地原無賦入，且淹沒不常，非歲稔之區。其已入賦額者勿論，余悉任其開耕，俟三年後，耕穫有常，始開報起科；一、嚴引期。各邊報中之商，但有違限者，核其年月久近，罪坐如例，毋得概罪；一、復食鹽。淮揚所獲私鹽，許令各於本處鬻賣。如私鹽之外，額引不及，照舊設立折鹽鋪戶，於兩批驗所領買官鹽，散各州、縣，以資日食。」從之。
十四年二月丙辰，巡撫應天都御史侯位奏上應議事宜：「一、議鹽法。蘇、松沿海居民，興販私鹽，聚黨行劫，蓋由官鹽不通及余鹽嚴禁之故。請以浙江運使官一員移駐松江府，將松江六場額鹽，聽商人收買。各灶納課如期，課銀既完，各灶得以余鹽自賣，分司仍給照票，但不許私載出疆，則余鹽既許通行，必無違法聚眾興販者矣；一、處坍糧。查得直隸蘇州府原額官民田地、山池、溝盪共八萬六千三百九十七頃，正額秋糧米二百三萬八千三百二十三石，課額視天下已為偏重。內有原勘坍荒田地七千四百九十一頃，該正米九萬六千四百三十九石，遞年皆里甲包賠。乞將坍湖、坍海田地額糧減豁除之；一、專責成。簿查蘇、松二府，侵欠京庫折銀及布米之類，各以百萬計，其餘府、縣，率皆有之。自今宜責成有司，凡掌印管糧官，三年、六年考滿，必任內錢糧完足，方許給由到部，查明無礙，方准收考。仍申明秋糧違限事例，必行降黜。」章下部議謂：「鹽法宜行浙江巡鹽御史查議。坍糧系額徵之數，俟勘明備造文冊，奏請處分。其議專責有司，深切時弊。如擬施行。」報可。
八月癸卯，復設太倉州兵備副使一員。初，兵科給事中朱隆禧言，州地濱海，祖宗時額建太倉、鎮海二衛，設兵備官一員以控制之。弘治間，巡撫朱瑄疏建州治而革兵備，事體不便。臣請復設兵備而裁革州治如故。」兵部複議：「兵備宜復設。州治沿革，應檄撫、按官詳議以聞。」上乃命設兵備，州治不必革。
十一月癸未，舊以浙江僉事兼管蘇、松等四府水利。至是，太倉添設兵備，巡撫侯位等言：「不但水利宜屬兵備，及四府錢糧俱宜令其管理，庶事體歸一。」部復。從之。
十五年六月丙戌，改南京禮部尚書湛若水為南京吏部尚書。壬子，升吏部左侍郎霍韜為南京禮部尚書。
十月乙酉，戶部以淮、揚等府災傷，議免是年田租如例。
十一月癸亥，命誠意伯劉瑜提督操江。甲子，升提督兩廣軍務、兵部左侍郎錢如京為南京戶部尚書。丙寅，命提督操江、南京都察院右副都御史歐陽鐸，以原職總理糧儲兼巡撫應天地方。壬申，升河南巡撫、右僉都御史簡霄為南京都察院右副都御史、提督操江，兼管巡江。
閏十二月壬子，總督漕運右都御史周金言：「淮安清河口抵瓜、儀四百餘里，乃運道咽喉，其閘座止藉白馬、范光、高郵、邵伯諸湖津派，皆無源之水。以往黃河北徙，或由沛縣飛雲橋，或由谷亭鎮流入漕渠，是以沽頭諸閘，頗得其濟。自嘉靖六年以後，河流益南，一支流入渦河，直下長淮；一支仍由梁靖口出徐州小浮橋，一支由趙皮寨出宿遷小河口，各入清河而匯，由新莊閘灌入里河，水退沙存，日就淤塞。訪諸故老，皆言河自汴來本渾，而渦、淮、泗清，新莊閘正當二水之口，河、淮既合，昔之為沛縣患者，今移淮安矣！興工挑浚，公私勞費，動以萬計，臣甚慮之。竊計新莊口南諸閘，一遇水發，必須築壩，及貢使與試官經過，旋復掘放，恐非長計。請於新莊閘更置一渠，約長五丈，立閘三層，重加防護，水發即三板齊下，貼席封固，雖有滲漏，勢亦微細，而挑浚不難。仍戒管河屬官，毋得營求別差，擅離職業。」下工部議可，從之。
十六年七月壬午，升南京通政使司右參議楊麒為應天府丞。
九月戊戌，禮部尚書顧鼎臣言：「蘇、松、常、鎮等府，財賦甲天下。而里胥豪強欺隱灑派之弊，在今日為尤多，以致小民稅存而產去，大戶有田而無糧，害及生民，大虧國計。臣於往年兩次具奏，經今十餘年，未聞一人遵奉敕旨能清查者。」得旨：「行撫、按官各委知府，親詣所屬州、縣，悉心清查，其虛應故事及延推遲玩者，劾奏之。」
十月丙寅，南京戶科給事中曹邁等奏：「後湖收貯天下黃冊。每一大造，則必添造庫房三十間，添設庫夫十名。計今庫夫，遍之上元，江寧二縣者四十五名，溧水、高淳等縣者五十三名，每名歲費工食八兩五錢，民苦之，乞盡停止。惟令上元、江寧二縣招審京城居民充之。即以本湖駁問官吏鍰金解赴應天府，貯庫者每月給工銀六錢，以後添編，永為定例。」戶部如所請，從之。己巳，以災免直隸蘇，松、常、鎮四府屬州，縣民屯糧有差。
十七年五月己亥，升陝西布政使袁檳為應天府府尹。
九月丁亥，升南京都察院掌院事、右都御史周用為南京工部尚書。
十八年六月辛亥，升浙江左布政使文明為應天府府尹。己未，大學士顧鼎臣，先為渝德時陳言：「蘇、松、常、鎮等府，供輸甲於天下，而里胥豪強，蠹弊特甚。宜將欺隱、坍荒田土，一切檢核，間為開墾，改正除豁。疏再上已十餘年，不報。至是，巡撫歐陽鐸、巡按陳惠籍上其所檢核之數，計諸州、縣坍荒共占田地四千四百二十餘頃五十餘畝，正米十一萬五千七百五十三石有奇，請即以今所清出隱蔽田糧六萬一千五百餘石補之。其餘無征者，乞於南京夏稅、馬草、鹽鈔諸色銀內除豁。事下戶部。部復言：「諸州、縣坍荒地糧，不知從前以何抵補。今既欲抵以清出隱蔽之糧，復欲除豁南京夏稅等銀，宜更下彼處撫、按官熟議而後行之。」報可。
七月乙亥，命伏羌伯毛漢掌南京前軍都督府印，兼提督操江。
閏七月癸卯，改南京刑部尚書聞淵於南京吏部。戊午，改南京工部尚書周用於南京刑部。庚申，升應天府尹文明為右副都御史、總督南京糧儲，江西左布政使夏邦謨為右副都御史、總督糧儲兼巡撫應天等處。
八月庚辰，裁革南京新設巡捕指揮一十八員，從御史利賓議也。
九月丁未，以水災免直隸太倉、崇明、嘉定、上海、華亭、鹽城、海門、通州，泰州、興化、如皋及諸衛所鹽場沿海一帶稅糧如例，仍議賑貸之。己酉，改原任提督撫治鄖陽、右副都御史王學夔於南京操江兼管巡江。甲寅，以南京戶部所貯各關余課銀五千兩，給南京工部鑄造嘉靖通寶。丁巳，以水災免直隸應天、蘇州、松江田糧如例。
十月乙亥，以水災，出兩淮運司余鹽銀五萬兩，賑恤通、泰、淮諸灶丁及修理灶舍鹽具。庚辰，修南京奉先殿。己丑，裁革兩淮廟灣、白駒、石港、余中四鹽場副使各一員，攢典各一名。補鑄嘉靖制錢，命南京工部監造。初，南京吏部司務朱希皋奏言：「納例開礦以濟用，不若仿古采銅充賦，設官鑄錢，嚴禁其偽，以行其真。新錢既成，貿易轉輸，賜予俸給皆於此，取之甚便。」章下戶、工二部，復言：「今天下州縣則壤成賦，為籍已定，若復采銅充賦，未免紛更。且兩京俱有寶源局開鑄，法未嘗廢，可特令補鑄制錢之數，仍申嚴盜鑄、阻壞之禁。」詔如議行。於是申令行錢地方，無論制錢及歷代舊錢兼用，每好錢七十文，准銀一錢，低者以二折一。有藏蓄私鑄鉛、錫小錢者，許自首免罪，仍依時估給與鉛、錫之值。不首者，捕治如律。
十九年六月庚午，添設鎮守江淮總兵官。初，嘉靖八年間，江洋大盜發，大學士夏言時為兵科都給事中，奏請專設鎮守江淮總兵官，督兵剿捕。未幾，賊平。兵部奏請以其責任仍歸操江武臣如故。凡浙江糧運，自蘇、常里河取道者，從來由鎮江京口閘抵儀真，其閘河土疏易淤。府、縣必歲時浚治，然後糧運無阻。是年，京口閘淤阻，漕糧咸撥民船出孟瀆河，多為海寇所掠，甚至執戮官吏。南京兵科給事中楊雷以其事聞，請治鎮江知府張珤、丹陽知縣周寧失時不浚河道之罪。詔下其疏都察院，令並參守土巡江諸臣。於是院參珤、寧及守備儀真都指揮解明道、總督金山備倭指揮童揚、蘇、松兵備副使王儀，及水利巡司等官，宜行巡按御史提究，操江都御史王學夔、巡江御史胡賓宜罰治。得旨：「珤、明道等俱如擬提問。奪賓俸二月，學夔一月。並詰兵部以先年所設江淮總兵官，何因革罷？」於是，兵部具以興革本未查復。因言：「今江洋群盜，連艘比艦，橫行鎮江、崇明諸域。盛陳兵甲，凶焰甚熾，不異嘉靖八年時。宜設總兵官，給以旗牌敕符，俾駐紮鎮江，提督沿江上下兵防，西自九江、安慶，東及淮、揚、蘇、常諸郡，凡備倭守備衛所及有司巡捕官，悉節制之。」報可。遂以原任分守柳慶參將、署都指揮僉事湯慶，升左軍都督府都督僉事充總兵官，提督江淮等處巡捕。已而兵科都給事中馮亮等復請重金山指揮、儀真守備官事權，各加以將領之號，分任江南、江北地方，凡衛所掌印、巡捕諸官，悉令服屬。庶聲勢隆重，可以為總兵官裨輔。且參海盜充斥，而巡撫都御史夏邦謨不以上聞，玩寇廢職，不宜置之不問。部復，得旨：「悉如擬，責邦謨，令捕滅江盜，不許坐視誤事。』於是升大興左衛署都指揮僉事李浚為浙江都司都指揮僉事，總督揚州地方備倭；南京府軍右衛指揮使路正為浙江都司署都指揮僉事，守備儀真地方。乙亥，改南京禮部尚書熊浹為南京兵部尚書，參贊機務。己卯，以災傷改淮、揚、徐等處本年馬為折色。丙戌，升禮部左侍郎、翰林院學士張璧為南京禮部尚書；刑部左侍郎宋景為南京工部尚書。
八月甲子，命南京工部鑄造嘉靖通寶錢。先是，戶部議將未鑄制錢，分派南、北工部監造，送太倉支用。至是工部複議：「銅、錫等料，俱出南京，且工巧而物賤，宜俱令南京鑄造。」上從之。
九月壬寅，運糧千戶李顯條陳修築運河三事：「其一謂，揚州南自瓜、儀，北抵淮安，俱藉寶應、范光湖諸水接濟。乃湖南北相去三百里，廣百二十餘里，卒有暴風，漂蕩不測。議於范光湖堤迤東開築月河，以免水患，其一謂，北自淮安，南至瓜、儀，水勢上下相去丈許，惟賴瓜、儀二壩關防。先年壩決水沖，河道淤淺，宜令瓜州陳家灣、儀真新城地方，並揚子橋及揚州東關各增一閘，若瓜州壩衝決，則下陳家灣閘。儀真壩衝決，則下新城閘。如二閘閉水不及，則下揚子橋閘，再不及，則下東水關閘，以留水利；其一謂，儀真下接揚子大江，商舶輻輳，河道壅塞，糧運阻誤。成化年間，嘗令將新城通江舊河疏浚寬廣，亦置一壩，河道疏通，官民稱便，後廢不修。今宜仍前修浚，以裨漕政。」上命工都議行。丙午，以災傷，詔免蘇、松、常、鎮四府正官入覲。
十一月戊戌，升總督陝西、兵部尚書劉天和為南京戶部尚書。丙辰，先是，祟明盜秦璠、黃艮等出沒海沙，劫掠為害。副使王儀大舉舟師與戰，敗績。副都御史王學夔遂稱疾還南京。盜夜榜文於南京城中，自稱靖江王，語多不遜。南京科道官連章劾儀等。上曰：「海寇歷年稱亂，官軍不能擒，輒行招撫，以滋其禍。王儀輕率寡謀，自取敗侮。夏邦謨、王學夔、周倫皆巡撫重臣，玩寇殃民。儀、學夔皆住俸，與邦謨俱戴罪會同總兵官湯慶，協心調度，刻期剿平。失事官俱令歸錦衣衛逮系付獄。逆言無忌，揭播都門，留守不聞馳奏，守備太監潘真、蕭通、魏國公徐鵬舉、永康侯徐源、兵部尚書熊浹，責令對狀。」既而，巡按御史趙繼本又劾備倭署都指揮僉事童揚。詔罷揚，永不敘用。於是，江淮總兵湯慶條陳防剿事宜六事：「一、募精兵。謂官軍怯戰，難以應敵。今徐、邳之間，久罹早荒，相結為盜，募以為兵，誠一舉兩得也；一、截海路。謂賊據崇明南沙，若搗其巢穴，勢必奔海。宜敕浙江海道，首尾相援；一、重將權。謂有司輕視武臣，兵糧不繼，許容參治，庶饋運以時也；一、專責任。謂有司巡捕，多以首領委用，而銓注佐貳，乃畏勞巧避，請行禁飭；一、選民兵。謂民壯之設，專為防守，而近多役占，請得調集，以資截殺；一、設守御。謂瓜州濱江，請調揚州衛一千戶所，永屯其地，以便防緝。」上皆從之，逾月，慶因督率官軍出海口與賊戰，賊擁二十八艘來迎敵，輒敗去，追斬蹯等二百餘人，奪獲二十艘，餘黨遠遁。上嘉之。
十二月癸未，守備鳳陽太監張信奏：「淮安、揚州、徐州，皆風陽股肱之地，乞令統攝如前任太監黃準例。」兵科奏：「鳳陽守備，責在奉侍皇陵兼管皇城鎖鑰、巡禁山場而已。軍機重務，賑恤饑荒，自有職守者，不當令其兼管。」兵部亦言：「弘治以前，舊無此例。自正德間黃准始，則逆瑾納賄紛更之罪也。陛下登極，已悉釐正，不宜復踵其弊。」上曰：「皇陵，祖宗根本重地，既設守備，宜有統攝，其如黃準例行，但不許干預民事。」
二十年正月壬寅，以災傷免直隸淮、揚二府屬州、縣及徐州各衛、所稅糧有差。乙巳，以災傷免蘇州、松江府屬各州、縣秋糧有差。仍准蘇州兌軍攢運米一十三萬一千石，改兌米八千四百石；松江兌軍攢運米四萬六百石，改兌米五千九百九十石，俱折色。丁未，詔發兩淮運司余鹽銀一萬五千兩，賑濟本處被災灶丁。
三月戊戌，以災傷，詔揚州府所屬州、縣備用馬匹改徵折銀。淮安府所屬州、縣災傷尤甚，盡改折色二年。
四月乙亥，總督漕運左都御史周金奏：「黃河支流淤塞，徐、呂二洪水淺，並鎮江等處河道阻滯，請及時挑浚，以濟糧運。」總理河道右副都御史郭持平，巡撫河南、右僉都御史魏有本各奏：「黃河遷徙，大勢自睢州野雞岡至亳州入淮。其由孫繼口並考城縣至丁家道口、虞城入徐、呂二洪者，十分之二，此運道所關，非特河南一省之責。即今沙淤四十餘里，疏浚之費，動計巨萬。乞山東、南、北直隸樁草夫役銀兩數萬於睢州貯庫協濟。」工部議復。從之。
六月癸亥，升貴州左布政使洪珠為應天府府尹。庚午，復設揚州府管馬通判一員。
九月丙戌，升四川左布政使司柴經為都察院右副都御史，提督操江。
二十一年二月乙亥，升巡撫應天、右副都御史夏邦謨為南京戶部右侍郎。丁丑，改南京刑部尚書周金於南京戶部。
三月丙申，改工部尚書顧璘為南京刑部尚書；鄖陽都御史喻茂堅總理糧儲兼巡撫應天等處地方。
四月辛酉，詔增設松江府青浦縣。從巡撫都御史夏邦謨、巡按御史舒汀奏也。
閏五月己卯，巡按直隸御史焦璉以兩淮驛傳罷敝，奏乞清理。下巡撫都御史王呆及巡按、巡鹽御史高懋、胡植會議，將揚州府、徐州願官當者，仍舊征銀；淮安府願民當者，亦聽其便。仍宜查驗關文，以禁冒濫。申明舊例，以禁橫索。嚴征錢糧，以濟支用。清理夫船，以便遞送。兵部復奏。詔悉從之。
九月庚午，督理河道都御史王以旂條陳四事：「漕河仰給山東諸泉水，貴以時疏浚。近已會同各官清查舊泉一百七十八處，復開新泉三十一處，俱入河濟運。但恐一失浚浚，尋以湮塞。主事一員，勢難遍歷，乞分隸各地方守、巡、兵備等官，兼理其事；一、徐、呂二洪為運道咽喉，山石險峻，非水深數尺，莫能行舟。聞舊曾置閘束水。乞於境山鎮二洪下，各建石閘，旁留月河，以泄瀑水。沙坊等淺，由河廣漫流，更宜築四壩。武家溝、小河口、石城、匙頭灣諸淺，預置方船，以防撈浚；一、漕河兩岸，原有南旺、安山、馬腸、昭陽四湖，名為水櫃，所以匯諸泉濟漕河也，被豪強占種，蓄水不多。而昭陽一湖，淤成高地，大非國初設湖初意。乞委官清查，添置閘壩斗門，培築堤岸，多開溝渠，浚深河底，以復四櫃；一、黃河南徙，舊決口俱塞，惟孫繼口獨存導河，出徐州小浮橋，下徐、呂二洪，此濟運道之大者。近巳興工挑浚。但黃河變遷無常，難保不復淤塞。乞於本口多開一溝，及時疏浚，庶上流有所受，下流有所泄，而二洪常得接濟矣。」工部複議：「當從，但以管泉責之有司，事體不一，仍令各部官司之。惟於總理河道官加工部侍郎銜，以便督責。」詔悉如擬。
十月甲申，升張景華為左副都御史，總督漕運兼巡撫鳳陽。戊於，操江都御史柴經奏：「南京新江口營，舊以鎮江衛官軍七百人輪班戍守，今奉旨掣回。請於南京留守及安慶、宣、廬、滁州等衛選舍余補之。其揚州、淮安、九江、安慶等衛、所官軍赴鎮江操備者，原額二千人，宜仿新江口之例，分春、秋二班，以休其力。」兵部議復。報可。
十二月丁酉，起原任戶部尚書王堯封為南京兵部尚書，參贊機務。癸卯，揚州府泰州均攤田地共增糧五千五百六十餘石。撫臣上其事，言宜置籍，以示久遠。從之。
二十二年八月戊戌，故事，南北直隸決囚，原系刑部編定外號為一籍，用印給各府分貯。每遇秋後，則刑部先期奏請，遣官赴內府領精微批文，以批號比內號底簿。號同，齎詣各地方會同巡按御史審決。二十一年，刑部題遣主事戴楩往北直隸，吳元璧往南直隸江南，呂顒往南直隸江北，楩等各請批文輒行，而失與內號相驗。於是，元壁至鎮江府，與原給外號驗不合，不可以行事。而楩亦稱批號與籍號不同，各為巡按御史參劾。刑部復聞，得旨：「精微批號，乃朝廷用防奸偽，關係匪輕。該部關領不審，以致所遣官員不能舉正更易，致誤決囚大事。所奏，都察院按治以聞。」都察院復：「元璧等宜納贖還職。」上以元壁等所領舛錯，不行奏請舉正，而隱蔽如此，令都察院查原差各官，俱調外任。遂調楩順德府、元壁揚州府、顒河南府，俱通判。
九月戊午，以水災免應天等府稅糧有差。
十月辛巳，詔以直隸揚州府通州原額種馬八百五十匹，免其牧養。每匹征銀二十兩，貯太僕寺市馬。
十二月乙酉，以水災免蘇、松、常、鎮四府州、縣稅糧有差。
二十三年三月己亥，戶部議：「應天江浦縣坍江田地五百餘頃，照海門縣改折輕則事例征納，以蘇民困。」詔可。
四月丙申，詔南京文武官俸糧，四月折絹，八月折布。
五月壬寅，命南京提督操江、伏羌伯毛漢掛印充總兵官，提督漕運，鎮守淮安地方。刑都、都察院復：「刑科給事中羅崇奎奏，每歲五六月間，笞罪應釋放，徒杖應減等發落者，宜加欽恤；枷號例亦暫蠲免，至六月終止。南京法司並如之。」報可。
七月丙午，周用兼右都御史，總督漕運，兼巡撫鳳陽。
八月癸未，詔起原任刑部尚書唐龍為南京刑部尚書。戊子，升南京右通政歐陽塾為南京應天府府尹。己丑，戶部言：「江南災甚，請以南京應天十一府、州今年兌米百四十七萬石內，除三分征銀解納，其餘米一百零三萬二千有奇，於內量准十五萬石臨、德二倉支運，每石折貼腳價銀一錢五分。餘八十八萬二千餘石，照舊征運本色。其南京長安等四門並各衛倉糧，無論本折，俱每石征銀五錢。再將前項各衙門派剩米折銀六萬七百餘兩，並前京庫米折銀內，量除十萬兩，俱免派征，而以運司鹽課銀補足原額之數，俱不為例。其餘南京並各衙門及揚州倉糧米，仍征解以備官軍月糧之需。其各項現在並續收事例銀兩，與本處贓罰解邊余銀，具聽糴谷備賑。」議入，從之。庚寅，命南京都察院逮問提督江淮總兵官湯慶。以私役軍船，迎送過客，因溺死巡軍故也。
九月丙午，以災傷免南京錦衣等四十二衛、所屯糧有差。壬子，以淮安、揚州、徐州災傷重大，命正兌米俱准折色。戶部言：「南京各衛武職官八月俸糧，例當折布，今米價貴甚，乞許暫支本色，俟豐年仍添折一月，以補前數。」報可。丁巳，南京兵科給事中萬虞愷疏陳江防事宜：「一、正體統。提督操江侯、伯、都御史，俱系大臣，領敕專任。提督正與京營提督大臣事體相當，在京坐營乃提督屬官耳。南京守備、操江，均之為提督。況南京守備職司機務，其於操江，不過臨時閱視，雖系提督，尤非專職，今乃以提督操江大臣比之坐營等官，遂致近來每遇閱操，都御史則先期出巡迴避，其守備、參贊，操江武臣，勉強了事。序坐行事，具有成規，宜查復舊例；一、兼節制。謂南京京衛俱屬南京兵部，而沿江一帶軍衛，則屬操江，所以專統屬，重江防也。今新江口近在城外，屬操江，而浦子口遠在江北，反屬兵部。操江節制但行於新江營，而不行於浦子口營，形勢相依，事權不屬。宜令浦子口亦屬操江，庶臂指相依，緩急有濟；一、專汛地。江防相沿數千里，其形勢上則安慶，下則鎮江，尤為要害。鎮江以下，即為海洋鹽徒竊發。近總兵湯慶奉旨革任，宜令操江都御史當於鎮江久駐，安慶次之；一、謹墩台。江洋上下，九江至蘇州，盜賊出沒無常。故十里設一煙墩，每墩設軍快數人。近以無事廢弛，宜修復以便傳報。」兵部議謂：「正體統，兼節制二事，宜行南京多官會議，庶經久可行。其鎮江厄塞要區，仍應推用總兵。至於修復煙墩，撥軍守望，誠為要務。」得報如議。
十月甲戌，升戶部左侍郎王為都察院右都御史，總督漕運，兼巡撫鳳陽。辛巳，提督操江都御史楊行中奏：「請令沿江府、州、縣佐貳巡捕官，悉聽操江衙門委督，不許別差，誤江防重事。」部復，從之。壬辰，總理糧儲、巡撫應天都御史丁汝夔等奏賑荒事宜：「一、應天諸府災甚民飢，請令有司委官於鄰省平糴，所過勿得阻遏，鈔關免納鈔。及南京三十六倉現貯廒米糧，量糴五萬石以濟災民，且免耗浥，米價仍照前例買補；一、被災州縣境內富民，願出谷百石備賑者，請給與義官冠服；百五十石者，陰陽、醫官；二百石者正九品；三百石者正八品；四百石者正七品；俱散官，免本身雜差。出谷千五百石，銀五百兩以上者，除給官服，仍豎坊以表其門；一、各府、州、縣起運先年南京戶部未完錢糧，許折銀征解。每米一石，除折銀五錢外，其多餘之銀，類發糴谷賑貸及量補災免糧石。」部複議，報可。
十二月己巳，升大理寺左少卿侍炯為南京右僉都御史，提督操江，兼管巡江。壬辰，改南京刑部尚書唐龍為南京吏部尚書。
二十四年正月戊午，升刑部右侍郎屠僑為南京刑部尚書。
閏正月壬申，巡按直隸御史呂光詢條陳水利五事：「一、廣疏浚以備瀦泄。三吳之地，古稱澤國。西南翕受太湖諸水，形勢卑下，東北際海，岡隴之地，形勢甚高。高田苦旱，卑者苦澇。昔人治水，於下流之地，疏為塘浦，導諸湖之水，由北入於江，東入于海。又畎引江潮，流行於岡隴外，故瀦泄有法，水旱不為患。近來縱浦橫塘堙塞，惟黃浦、劉家河存，故旱澇為災，高下俱病。今宜治澱山引太湖之水，散入陽城、昆承、三泖等湖；開吳淞江、大石、趙屯等浦，泄澱山水以達于海；浚白茆港、鯰魚口，泄昆承之水，開七浦、鹽鐵等塘，泄陽城之水，以達於江；又導田間水入小浦，小浦入大浦，流者有歸，瀦者有泄，下流治而澇無可憂矣。於是浚臧村等港，以溉金壇；澡港等河，以溉武進；艾祁通波，以溉膏浦；顧浦、吳塘，以溉嘉定；大瓦等浦，以溉崑山；許浦等塘，以溉常熟。岡隴支河，浚之深廣，則上流治而早無可憂矣；一、修圩岸以固橫流。蘇、松、常、鎮居東南下流，而蘇、松又居常、鎮下流，其水易瀦難泄。雖導河浚浦，注之江海，每遇秋霖泛漲，風濤相薄，河浦逆行，田間沖齧為患。乞於每歲農隙，各出力以修圩岸，雖有霖澇，不能為害。而且足以制諸湖之水，不漫行矣；一、復板閘以防淤淀。江海水漫，浪涌沙隨，勢易淤塞。每歲修之，不勝其費。昔人曾於去江十餘里，夾流為閘，平時隨潮啟閉，以御淤沙。又相歲時旱澇，以為蓄泄，亦宜仿而行之；一、量緩急以處工費。疏浚之役，宜先其大而急者，余以次及。借大戶侵欺糧銀及贓贖銀以為工費，仿宋臣范仲淹募饑民修水利之法行之；一、重委任以責成功。先朝大臣，經理吳中水利，惟巡撫周忱功最著，以委任專而歷年久也。邇者大臣，限以數月，雖有賢者，不暇遠慮。乞申明委任事例，凡糧役工程，聽以便宜從事。」疏入。得旨如議。仍詔巡撫丁汝夔，查開浚事宜，督率各屬舉行。己亥，總督漕運右都御史王奏：「淮、揚先以被災，其正兌改兌米，已蒙折征及量撥支運，而所征米原無改兌，未獲均沾支運之惠。乞留漕運折糧銀數萬濟之。」戶部復：「漕糧為京儲重計，難以議留，聽其所給兩淮余鹽銀賑濟。」得旨允行。丙子，起服闋右副都御史於湛總理河道。乙酉，起服闋工部尚書張潤為南京吏部尚書。
二月己卯，以災傷免海州歲用料價銀兩。癸未，令應天巡按丁汝夔、周亮等督率有司，以南京諸司及後湖庫所貯無礙銀錢，賑濟應天等十一府、州饑民。戊子，升南京禮部右侍郎徐問為南京戶部尚書。
四月戊午，改撫治鄖陽，右副都御史歐陽必進總督糧儲兼巡撫應天。
五月甲子，時，常州府知府符驗以先任河南道御史，考察降調。福建道御史桂榮稱其執法保民，被誣遭謗，因參南京考功司郎中薛應旂，系常州人，恣行胸臆，敢為報復，其所考察者，多非在任之人。乞容符驗照舊供職，將薛應旃罷黜。得旨：「考察重典，不許輕變，以起後來援引救護之端。符驗照舊降調。被斥人員，多系升遷事故去任之人，前有旨禁革此弊，部院全不遵守，聊取塞責。張潤、王以旂且不查究，薛應旂調外任。」
七月丁丑，升李鏞為應天府府丞。
八月甲午，並淮安府海州百十有六里為六十里。以罷敝不能辦納糧差，從知州王同奏也。遷揚州府海門縣於直隸金沙場，割通州清干鄉七團及利河鎮北水盪附之，避水患也。詔留南京後湖及刑部余銀二萬五千七十餘兩備賑，更令自後問刑衙門，凡罪贖止許入谷備賑，不許折銀。戊申，裁革揚州府通州通濟倉副使一員。南京金川門外草場火，詔降監臨官一級，調外任。丙辰，提督操江都御史傅炯言：「直隸太倉州強賊劫獄，入海為寇，勢甚猖獗。頃雖剿獲過半，未盡其黨，宜督官軍，及時撲滅，毋貽地方憂。」得旨：「強盜劫獄殺人，地方官俱宜逮治。姑令戴罪剿殺，務期盡獲。事寧之日，巡按御史備查功罪差別以聞。」
九月乙丑，升光祿寺卿及宦為南京都察院右副都御史，提督操江。
十月戊戌，先是，海州災傷，有詔貰民當出馬者征其值三年，及是限滿。巡撫風陽、都御史王幃言：「海州地小民急，逃亡過半，請以前所貰者，永著為令。」兵部復：「請展五年以示寬恤。」從之。戊申，戶部復：「巡按直隸御史齊宗道所陳兩淮鹽法事宜：一、並茶、角斜、余東場鹽課，向以海水沸溢，暫令富安，丁溪等場代辦。今本場灶丁漸集，宜復舊；一、淮南掣鹽不時放賣，請如儀真之例，旋掣旋放，以便商民；一、各場草盪多被豪民侵占，宜清查；一、近場遐檢司聽各分司判官嚴督所部，緝捕私販，月終課其多寡；一、分別民、灶二戶，其灶田系祖遺，真正者，方免賦役；一、各鹽場瀕海之處，多築堤堰，以防衝決。」得旨，允行。
十一月辛未，巡按直隸御史呂光洵奏：「三吳水利，已次第開浚，乞以其事委之巡撫都御史歐陽必進，改降專敕，以責成功。」章下。會太倉州民疏稱，弘治六年，別遣重臣治水之便。工部復言：「地方之事，惟撫、按威令易行，若官多責分，恐意見不同，反生掣肘。請如光洵議。」從之。
十二月癸巳，詔浚南京後湖。辛亥，升吏部右侍郎王學夔為南京禮部尚書。丙辰，南京禮科給事中游震得言：「南京城坊居民，自里甲正繇之外，復有各項鋪戶，納辦南京內府諸監、局物料，役苦費繁，有司不時給價，仍令分隸各衙門應役。以故占籍未及數年，富者必貧，貧者必轉徙，請亟議寬恤。」疏下南京戶部，複議：「鋪役擾民，弊在審編之始，貧富失實。今宜盡蠲貧戶，籍其稍贏者，隸名應天府。凡遇內府諸監、局製造及太常，光祿諸祭祀廚料，先一月移文應天府，按籍召買，如時價給銀。其大小諸司用物料，取具本府印票出買，價銀不得過三日。至於私家一切諸費，不得干擾鋪行。」戶部復可。詔從之，仍令南京都察院出榜禁約。