中國通史（第九冊） · 第四節統治集團的紛爭與人民的反抗
康熙帝在位六十一年。作為清朝初期的皇帝，他主要完成了兩件大事。一件是結束了滿洲貴族內部關於統治制度的紛爭，基本上依照漢族的傳統制度建立起封建制統治。另一件是在東北、蒙古和西藏等地區建立起對邊疆各族的統治，奠定了清朝的版圖。只是準噶爾部仍占據伊犁河流域，不時在邊地竄擾。
康熙後期的形勢是：滿漢貴族地主與廣大農民、手工業者等被壓迫階級的矛盾，統治階級內部爭奪權利的矛盾等，都日益激化。貪賂風行，吏治日漸敗壞。清朝的統治陷入重重矛盾之中。
關於康熙時期社會經濟領域的狀況將在另章論述。下面主要敘述統治集團的內部紛爭與人民的反抗等史實。
（一）朝臣傾軋與立太子的紛爭
順治時期，朝臣之爭主要是滿洲貴族大臣之間的鬥爭。它實質上是滿族奴隸制與漢族封建制兩種統治制度的矛盾的反映。滿洲貴族在統治了漢族地區後，鬥爭的焦點是如何對待漢族傳統的統治制度和統治階級。在清初的任官制度中，八旗滿洲、蒙古、漢軍與漢人（關內漢人）存在著明顯的區別，但不象元朝對蒙古、色目、漢人、南人，在法律上明確規定不同待遇。持有不同主張的滿洲貴族對待漢軍、漢人，或倚任或排斥，成為清初政治鬥爭的主要內容。康熙帝親政誅鰲拜後，漢族地主特別是江南文士經由科舉而大批進入朝臣的行列。「三藩」反清戰爭之後，漢族官員的勢力進一步增長。隨著封建統治制度的逐步建立，康熙朝的朝臣之爭，主要表現為由滿漢官僚合組的不同利益集團之間的鬥爭。
一、索額圖、明珠兩集團的對立
康熙帝依靠索額圖的支持，誅除鰲拜集團。索額圖由此成為康熙帝左右的重臣，任國史院大學士。一六七○年，建內閣，為保和殿大學士，一六七二年加太子太保。康熙帝皇后（孝仁後）赫舍哩氏，為索額圖兄噶布喇之女，一六七四年五月，生皇子胤礽，次年立為太子。索額圖以皇親而為國相，專權貪賄，攫取巨大財富。朝鮮來清的使臣回報說，索閣老「專權用事，賄賂公行，人多怨之」（朝鮮《李朝肅宗實錄》一）。
滿洲正黃旗人明珠，出身葉赫納喇氏貴族。歷任侍衛、內務府總管、弘文院學士、刑部尚書、左都御史。一六七二年任兵部尚書。康熙帝閱兵，稱他陣列甚善，軍容整肅。明珠曾附和撤藩之議，吳三桂反，索額圖上疏請誅建策撤藩者。康熙帝不許，說「此出自朕意，他人何罪？」一六七五年，調任吏部尚書。次年，授武英殿大學士，累加太子太師。明珠擅政，權勢僅次於索額圖。結納黨羽，貨賄山積，形成又一個專權貪賂的官僚集團。
一六七九年七月，京師地震。左都御史魏象樞上疏劾索額圖、明珠受賄徇私。次年，索額圖因病請解任。康熙帝稱讚他「勤敏練達」，改命為內大臣，授議政大臣。明珠一黨由此更加專擅。
明珠黨中，漢官余國柱是僅次於明珠的要員。湖廣大冶人余國柱，順治九年進士。一六八一年（康熙二十年），由戶科給事中擢左副都御史，不久，出任江寧巡撫。據說余國柱每年都要饋獻明珠萬金，以為常（《嘯亭雜錄》卷四）。一六八四年，轉左都御史，改任戶部尚書。余國柱結黨行私，被指為「余秦檜」。明珠一黨的要員還有滿人大學士勒德洪，歷任工、刑、戶部尚書佛倫，漢人吏部尚書、文華殿大學士李之芳。地方官員中有雲貴總督蔡毓榮、湖廣巡撫張汧（音千qiān）等。一時稱為「北黨」。一六八七年二月，蔡毓榮被劾隱藏吳三桂孫女為妾，匿取逆財，減死籍沒，發往黑龍江。同月，余國柱受任為武英殿大學士。
索額圖解任後，一六八四年因弟心裕等驕縱，索額圖不能教，被奪去內大臣、議政大臣、太子太傅。一六八六年，又授領侍衛內大臣。索額圖結納李光地等漢人儒臣，奉事皇太子胤礽，在朝中仍擁有相當的勢力。明珠一黨則陰反皇太子。朝臣有侍皇太子者，即加排斥。一六八四年，余國柱調任戶部尚書，離江寧。康熙帝改任理學名儒湯斌為江寧巡撫。余國柱向湯斌索賂四十萬兩饋送明珠，湯斌不理。一六八六年，明珠等舉薦湯斌為太子師傅，陰謀坑害湯斌。康熙帝授湯斌禮部尚書、管詹事府事。一八六七年五月，明珠、余國柱等指斥湯斌輔太子失禮，並告訐湯斌在江寧任時文告有「愛民有心，救民無術」語，指為誹謗朝廷。湯斌自陳愚昧，請加處分。康熙帝仍留任湯斌，九月改工部尚書。十月，湯斌病死。
康熙帝漸覺明珠一黨奸惡貪賂。一六八七年十二月，御史陳紫芝參劾明珠黨的湖廣巡撫張汧，「蒞任未久，黷貨多端」，「甚至漢口市肆招牌，亦指數派錢」。張汧被革職拿問。康熙帝下諭說：「科道職在糾參。張汧貪婪，無人敢言。陳紫芝獨能參劾，甚為可嘉。」新任直隸巡撫于成龍向康熙帝密奏：「官已被明珠、余國柱賣完」。康熙帝詢問供職南書房的錢塘文士高士奇。高士奇原為明珠所薦引，也說明珠黨貪婪。康熙帝問：「為何無人劾奏？」士奇答：「人誰不畏死？」康熙帝說：「他們的勢力還能重於四輔臣（指鰲拜等）麼？我要除去即可去，有什麼可怕！」士奇說：「皇上作主，還有什麼不能除去！」高士奇與左都御史徐乾學密謀參奏，由僉都御史郭琇奏呈。據傳，參奏之稿事先都曾呈康熙帝，請加改定。康熙二十七年（一六八八年）正月，郭琇疏上，彈劾明珠、余國柱「植黨類以樹私，竊威福以惑眾」。列舉罪行八款，並說「漢人之總攬者，則余國柱，結為死黨，寄以腹心。」「督撫藩臬缺出，余國柱等無不輾轉販鬻」「是以督撫等官遇事朘剝，小民重困」（蔣氏《東華錄》卷十四）。二月，康熙帝召集內閣大臣，說朝中大臣，三五成群，互相交結，徇庇同黨，圖取貨賂，作弊營私。種種情狀，確知已久。「廷議如此，國是何憑？」將勒德洪、明珠革去大學士，交領侍衛內大臣酌用。李之芳致休回籍。余國柱革職。佛倫等解任（《聖祖實錄》卷一三三）。內閣三殿滿漢大學士當時共有五人，勒、明、李、餘四人同時被革，是清朝中樞一次重大的變動。
二、南黨的紛爭
一六八八年，明珠黨敗後，戶部尚書管兵部事梁清標（正定人）與禮部尚書、滿人伊桑阿並任大學士，原任刑部尚書江南丹徒人張玉書為兵部尚書，徐乾學為刑部尚書，吏部侍郎李天馥為工部尚書，組成新的內閣。
徐乾學是江南崑山大族地主，又是著名文士。康熙九年會試一甲第三名，稱探花。弟徐元文是順治十六年狀元。弟徐秉義是康熙十二年探花。時稱「崑山三徐」。崑山徐氏在順治末年的江南奏銷案中曾遭株連。康熙帝親政後，徐乾學入值翰林院，考試第一，聲名大震。康熙一朝，歷年科舉取士，江浙人都很多，據統計，約占三分之一以上。翰林院的江南漢人官員以徐乾學為首，形成集團號為「南黨」。南黨接近皇帝，草擬詔令，具有一定的權勢。高士奇為康熙帝所倚信，也屬南黨。
徐乾學、高士奇，不久也遭到彈劾。一六八八年春，審訊張汧貪污案，張汧供出曾向徐乾學行賄，並涉及高士奇和工部尚書陳廷敬（山西澤州人）。康熙帝命止質訊，「戒勿株連」。徐乾學上疏稱「為貪吏誣構」，請「放歸田裡」。五月，康熙帝准徐乾學罷任，但仍領修書總裁。高士奇、陳廷敬亦上疏請歸田裡，康熙帝命解任修書。徐乾學罷任後，弟徐元文為左都御史，進為刑部、戶部尚書。江南常熟人翁叔元為工部尚書。次年，徐元文擢任大學士。南黨在朝，仍是一大勢力。熊賜履於一六七六年被索額圖糾劾，奪官。一六九○年，復起為禮部尚書，值經筵，是南黨以外身居顯要的儒士。
郭琇彈劾明珠後，一六八九年充經筵講官，為左都御史。郭琇，山東即墨人，不屬南黨。九月間，上疏劾高士奇與原左都御史王鴻緒（江南婁縣人，康熙十二年榜眼）植黨營私，招權納賄。高士奇在一六八九年春曾隨康熙帝南巡，仍得倚信。郭琇劾高士奇在隨從南巡時，受納文官饋送萬金。郭琇疏上，康熙帝命高士奇、王鴻緒「休致回籍」。十月，右都御史許三禮（河南安陽人，順治十八年進士）上疏彈劾徐乾學，「乘修史為名，出入禁廷，與高士奇相為表里」，「招搖納賄」。徐乾學抗疏自辯。許三禮再上疏，列舉徐乾學及徐氏家族，科舉考試舞弊，納賄置產等罪狀九款，說京師三尺童子都知道「四方寶物歸東海（徐乾學），萬國寶珠送澹人（高士奇）」。大學士徐元文上疏為徐氏家族辯解，並說許三禮在考選之後曾請執弟子禮被拒，數日之間又來誣告，殊難臆測。康熙帝對許三禮嚴加申斥，免予處分。徐乾學給假回籍，編修會典。
徐乾學一再受到非南黨漢人言官的參劾，康熙帝對徐乾學一再優容，實際上是對南黨和江南地主士大夫的優容。徐乾學回鄉後，崑山縣徐氏家族稱霸一方，操縱官府，子弟橫行鄉里，更加肆無忌憚。現存檔案中，康熙二十九年至三十一年間，徐乾學一家被控橫行不法的事件即有二十餘起（《清代檔案史料叢編》第五輯）。明珠案中，兩江總督傅拉塔（滿洲鑲黃旗人）曾被指為與明珠交通。一六九○年，傅拉塔上疏彈劾大學士徐元文與解任尚書徐乾學放縱家人「招搖納賄，爭利害民」，列罪十五款。巡撫洪之傑「趨炎附勢」。康熙帝命徐元文「休致回籍」，洪之傑降調，不再審理。一六九一年四月，因明珠案被免職的尚書佛倫，被任為山東巡撫，追究前任巡撫錢珏包庇濰縣知縣朱敦厚貪污案，查明朱敦厚曾請託徐乾學密函錢珏疏通。徐乾學被奪職。郭琇在一六八九年冬曾被錢珏反控托薦私人未果，挾嫌誣劾，被降五級調用。次年，郭琇休致。
徐學乾失勢，北黨起而報復。朝中黨爭愈演愈烈。一六九一年十一月，康熙帝詔諭吏部，說：「乃近見內外各官，間有彼此傾軋，代異黨同，私怨交尋，牽連報復。或己所銜恨，而反囑人代糾，陰為主使。或意所欲言，而不直指其事，巧陷術中。雖業已解職投閒，仍復吹求不止，株連逮於子弟，顛覆及於身家」。「朕總攬機務已三十年，此等情態，知之最悉」。「倘仍執迷不悟，復踵前非，朕將窮極根株，悉坐以交結朋黨之罪」（《聖祖實錄》卷一五三）。康熙帝致力消弭朋黨，仍繼續貫徹爭取江南士大夫的執政方針。一六九四年，又召徐乾學、高士奇、王鴻緒等進京修書。適徐乾學病死，詔復尚書官職。王鴻緒入京，授為工部尚書。高士奇入京，仍直南書房。
三、誅索額圖與廢太子
在索額圖與明珠黨爭中，太子胤礽是索黨的支持者，明珠黨則是反太子派的結合。明珠敗後，索額圖再被起用。一六八九年，索額圖率領使團與俄國談判，身負重任。一六九○年以後，又連年領兵與噶爾丹軍作戰，屢立戰功。原來被革去的爵位，又全恢復。一七○一年，以年老乞休，但在朝中仍擁有強大的勢力，並且是太子胤礽最倚信的支持者。朝臣中索額圖黨逐漸演為太子黨。康熙帝對太子時疑時信。圍繞著太子的廢立，釀成長期的紛爭。
誅索額圖 一六九○年至一六九七年間，康熙帝兩次親征準噶爾部，留太子胤礽在京師執政。一六九七年九月，康熙帝返回京師，認為太子改變素行，將內務府總管海喇孫及膳房人花喇拿問處死。所謂改變素行，據康熙後來所說，主要是指皇太子所用諸物俱用黃色，所定一切儀制，都與皇帝相同。康熙帝這時實際上已懷疑是出於索額圖指使。對太子胤礽和索額圖日益疑慮。
一七○二年九月，康熙帝巡視河南，閱視河工。十月，皇太子至德州稱病不行，康熙帝召索額圖前來視疾。十六天後，康熙帝下諭迴鑾，閱視河工改在來年。留胤礽在德州調理疾病。十一月十六日，皇太子胤礽病癒回京。一七○三年春，康熙帝再次南巡，至杭州。三月，返抵京師。五月間，據索額圖家人的告發，下諭斥責索額圖「背後怨尤，議論國事」，說「伊之黨類，朕皆訪知」。舉出阿朱達、麻爾圖、額庫禮等多人，指斥「伊等結黨，議論國事，威嚇眾人」。並說：「至索額圖之黨，漢官亦多。朕若盡指出，俱至滅族」。命索黨「與索額圖絕交，將所行之事舉出」，否則「必被索額圖連累致死」（《聖祖實錄》卷二一二）。隨後又諭刑部將索黨麻爾圖、額庫禮等鎖禁。阿朱達因是年老舊臣，得到寬恕。又傳諭索額圖說：「爾家人告爾之事，留內三年，朕有寬爾之意，爾並無退悔之意，背後仍怨尤，議論國事，結黨妄行。爾背後之言，不可宣說，爾心內甚明。」又說：「朕將爾行事指出一端，就可在此正法。尚念爾原系大臣，朕心不忍」，著交宗人府拘禁（同上書）。索額圖之子並家內要人俱交拘禁。索額圖死於獄中。後來康熙帝曾稱因索額圖助太子「潛謀大事」，「將索額圖處死」。索額圖出身滿族貴族，兩代俱為輔臣，朝臣中黨羽甚眾。索額圖被處死，朝野震動。
廢太子 康熙帝誅索額圖後，依然疑慮重重，常常舉措失度。五年之後，一七○八年五月間，率領太子胤礽與長子胤礽、十三子、十四子、十五子、十六子、十七子、十八子等，巡視塞外。八月，至鄂爾多斯。十八子胤礽重病。九月初，行至蒙古布爾哈蘇台地方。初四日，康熙帝命太子胤礽跪見。諸王大臣齊集行宮之前，斥責胤礽對胤礽患病「毫無友愛之意。因朕加責讓，伊反忿然發怒。」決意廢太子。宣諭說：胤礽「不法祖德，不遵朕訓」，「朕包容二十年矣。乃其惡愈張，僇辱在廷諸王貝勒大臣官員，專擅威權，鳩聚黨羽，窺伺朕躬，起居動作，無不探聽」，「有將朕諸子不遺噍類之勢」。並說：「從前索額圖助伊潛謀大事，朕悉知其情」，「今胤礽欲為索額圖復仇，結成黨羽。令朕未卜今日被鴆，明日遇害，晝夜戒慎不寧。似此之人，豈可付以祖宗弘業」。宣布將胤礽廢斥拘禁。康熙帝廢太子，顯然是出於對索額圖黨的疑慮。同時又宣布，將索額圖兩子及胤礽的親隨四人正法。是日，胤礽病死。
康熙廢胤礽後，仍然疑慮重重，惴惴不安。九月十一日，對滿族大臣說，「今皇太子所行若此，朕實不勝憤懣。至今六日，未嘗安寢」。兩天後，又宣諭內大臣等：「近觀胤礽行事，與人大有不同。..語言顛倒，竟類狂易之疾，似有鬼物憑之者」。回京後，將胤礽幽禁在上駟院旁的氈帳之內，特命皇長子胤礽和皇四子胤礽（雍正帝）看守。康熙又對諸皇子及領侍衛內大臣、滿族大學士、尚書等宣布：「今胤礽事已完結。諸阿哥（皇子）中，倘有藉此邀結人心，樹黨相傾者，朕斷不能姑容也」。但是，胤礽廢后，太子虛位，圍繞太子廢立的黨爭，更加不可遏止。
（二）理學的提倡與西學的傳入
一、理學的提倡
康熙帝面對著清朝內部的重重矛盾，在他的晚年越來越著意研究程朱理學（道學），從中尋求維護封建統治的權術。
康熙帝自幼即學習漢文化，研讀經史。親政後任用儒臣，實行漢制，目的仍在於爭取漢人地主階級的支持，以鞏固清朝的統治，並未把漢儒的理學作為執政的指導思想。「三藩」反清戰爭時，儒臣魏象樞諫阻用兵，力主招撫，康熙帝棄而不用。台灣鄭氏降服後，理學名臣李光地建策棄地不守，康熙帝仍采施琅策統治台灣。噶爾丹之亂，李光地諫奏，依《易》經卜卦，出兵不利。康熙帝平亂後，說：「汝輩漢人說予向征噶爾旦（丹）時，不必如此窮黷。」「噶爾旦邊釁一動，兵疲於奔命，民窮於轉餉，欲休養生息，得乎？所以予不憚親征，去此大害。今而後庶可言休養生息四字」（《榕村語錄續集》卷十八）。噶爾丹敗亡後，各地戰事大體平定，康熙帝轉而整飭內政，日益倡用程朱理學。
一六九七年，法國傳教士白晉向法皇路易十四報告說：「康熙皇帝是儒教的教主，這個資格加強了這位皇帝的權威。」（《康熙皇帝》）一七一一年時，康熙帝曾自稱：「朕御極五十年，聽政之暇，勤覽書籍。凡四書、五經、通鑑、性理等書，俱經研究。」康熙帝在一七○一年以後的二十年間，更加致力於理學的研討。一七一三年，康熙帝命熊賜履、李光地等編輯《朱子全書》，並親自撰序言，說「非先王之法不可用，非先生（指朱熹）之道不可為。反之身心，求之經史，手不釋卷。數十年來，方得宋儒之實據。」又說：「朕讀其書，察其理，非此不能知天人相與之奧，非此不能治萬邦於衽席，非此不能仁心仁政施於天下，非此不能內外為一家。」李光地曾說：「朱子之意與皇上同，皇上近來大信朱子之言。」（《榕村語錄續集》卷七）一七一七年，康熙帝並為新編《性理精義》一書撰序。康熙帝非常自覺地以程朱理學作為治天下的統治思想，依用熊賜履、李光地、張伯行等儒臣，極力提倡理學，以穩定清王朝的統治秩序。
標榜「仁政」 康熙帝親政後的三、四十年間，不斷嚴懲貪污，獎勵廉吏清官，以維護其統治。康熙帝曾說：「治天下以懲貪獎廉為要。」又說：「朕恨貪污之吏，更過於噶爾丹。此後澄清吏治，如圖平噶爾丹，則善矣。」（《聖祖實錄》卷一八三）康熙帝親政初期，確曾出現過一些著名的清官，但以後的官場逐漸腐敗，貪墨風行。康熙帝力言「澄清吏治」，也正證明吏治之不清。平噶爾丹後，康熙帝標榜仁心仁政，變懲貪為寬政，以圖穩定政局。張鵬翮以清廉著稱，對下甚嚴。康熙帝對他說：「從來大儒持身接物當如光風霽月。爾平日亦講理學，乃一味苛刻嚴厲，豈所謂光風霽月乎？況大臣受朝廷委任，必需為國為民，事事皆有實濟。若徒飲食菲薄，自表廉潔，於國事何濟耶？」康熙帝甚至公然允許官吏貪取。一七○九年九月，對河南巡撫鹿佑說：「所謂廉吏者，亦非一文不取之謂。若纖毫無所資給，則居官日用及家人胥役，何以為生？如州縣官只取一分火耗，此外不取，便稱好官。其實系貪黷無忌者，自當參處。若一概從苛糾摘，則屬吏不勝參矣。」（《聖祖實錄》卷二三九）康熙帝晚年標榜仁政，放縱官吏貪剝，其實是對不勝參的官吏們的妥協。提倡寬政的結果，吏治更加敗壞了。
控馭臣下 程朱理學把封建的政治學說哲學化，一個顯著的特點是不僅論述統治的理，並且還論述被統治的理，告誡人們自覺地去接受統治。自稱「得宋儒之實據」的康熙帝，確已理解到這個奧秘，並著意加以利用。他曾對進講的儒臣說：「向來進講，但切君身。此後當兼寓訓勉臣下之意，庶使諸臣皆有所警省。」（《聖祖實錄》卷一一一）又說：「使果系道學之人，惟當以忠誠為本。豈有在人主之前作一等語，退後又別作一等語者乎？」（《聖祖實錄》卷一六三）他告誡那些自稱信奉理學的漢大臣說：「大凡人臣事君之道，公而忘私乃為正理，且理學諸書中，亦不過辨別公私二字。事君者果能以公勝私，於治天下何難？若挾其私心，則天下必不能治。」（《聖祖實錄》卷二五六）漢人大臣力圖以程朱理學影響康熙帝，以維護地主階級的封建統治。康熙帝則以理學為武器，要求漢人臣僚對皇帝無私地忠誠。
統治社會 程朱理學的社會、政治學說以封建綱常為主要內容。君臣、父子、夫婦稱為三綱。不僅把政權家族化，也還把每個家族政權化，在血緣關係上建立起統治與被統治的準則，從而維護整個的社會秩序。康熙帝遵從理學的準則，一再下詔褒揚各地的孝子節婦，標榜「以孝治天下」。一七一三年，康熙帝詔諭大學士宣揚孝弟，說「倘天下皆知孝弟為重，此誠移風易俗之本，禮樂道德之根。」（《聖祖實錄》卷二五四）一七一八年，又對臣下說：「朕臨御天下垂六十年，仰惟祖宗付託之重，知天子以乂安海內為孝。」「夫人皆知孝行之為先，則臣節必砥，此即經學之本也。」（《聖祖實錄》卷二七八）皇帝行孝即要統治海內。臣民行孝，即要服從皇帝的統治，在家孝父，在朝忠君。這就是所謂的「以孝治天下」。一七○六年頒布的聖諭十六條（見前）是康熙帝實行理學政治的綱領，也是「教化」臣民的條規。十六條通行曉諭滿洲八旗並直隸各省督撫，轉行府州縣鄉村廣大居民。每月朔望日，各地村莊都要向村民講解十六條，以推行「教化」。清朝此後的歷代皇帝，奉康熙聖諭十六條為祖宗之法，影響極大。
宋代理學至朱熹而漸完備，宋理宗時始被尊為官方學說，但南宋不久即告滅亡。元仁宗、文宗曾先後提倡理學，舉行科舉考試，表彰孝子節婦。但元朝的統治隨即衰落，理學並未能在政治思想上占據統治地位。明初再度倡行理學，萬曆以後隨著商品經濟的發展和商人的興起，理學在社會上已不再能控制人們的思想和言行。康熙帝倡行理學用以指導政治，並在社會上大力宣揚，深入到各地農村。理學的倫常說教，經康熙帝提倡而普及於全國，影響是深遠的。
二、西學的傳入與傳教士的禁逐
康熙帝自即位以來，不僅隨漢人儒臣學習儒家經書，也還從西方傳教士學習天文歷算等自然科學知識。這在歷代皇帝中是極為罕見的。但是，西方天主教在中國的傳播，又不能不和理學的倡用形成嚴重的矛盾。
早在明朝萬曆年間，義大利耶穌會士利瑪竇等來到中國，帶來西方著述和工藝品。利瑪竇留居北京，曾得到明神宗的賞識。據統計，明萬曆至清順治時，翻譯出版的西方宗教和科學技術書籍，多達一百五十餘種。晚明士大夫研習西學，一時成為風氣。明禮部侍郎徐光啟與德國耶穌會士湯若望等依西法改訂曆法，編成《崇禎曆書》，未及頒行而明朝復亡。順治元年（一六四四年）五月，湯若望上書多爾袞，請用新曆，稱天主教「以勸人忠君孝親貞廉守法為務。」次年清朝正式廢明大統歷，改用湯若望等編制的時憲歷。湯若望得到清廷的信用，一六五三年為通政使，加號「通玄教師」。江南徽州官生楊光先自稱「素以理學自信」、著《辟邪論》，又上「正國體疏」，指責天主教是「無父無君」、「五倫俱廢」的邪教，西洋之學是「左道之學」，並控告湯若望「暗竊正朔，惑眾謀反。」順治帝不予審理。一六六四年（康熙三年），楊光先再次上疏，指控湯若望「邀結天下人心，叛形已成」。輔政大臣逮湯若望入獄，廢時憲歷，復用明大統歷。次年，命楊光先為欽天監正，楊的好友吳明烜為監副。楊光先又著書，題為《不得已》，攻擊西學，稱「寧可使中夏無好曆法，不可使中夏有西洋人。」湯若望出獄後病死。
康熙帝親政後，康熙六年（一六六八年）十二月，比利時傳教士南懷仁上疏，指責吳明烜所制康熙八年歷種種差誤。康熙帝傳諭：「曆法關係重大」，「應以合天象為主。」命大臣圖海、李霨、索額圖、明珠等二十八人同往觀象台測驗。一六六九年二月，在觀象台觀測星象測量日影以校定曆法。楊光先託故不行，由吳明烜與南懷仁應對。觀測結果，「南懷仁所言逐款皆符，吳明烜所言逐款皆錯。」（《聖祖實錄》卷二八）康熙帝決定復用時憲歷，任南懷仁為欽天監副（一六七三年升為監正）。楊光先從寬免死。
曆法的考辨促使年輕的康熙帝發憤學習西方科學知識。他後來自稱：「朕思己不知，焉能斷人之是非？因自憤而學焉。」（《庭訓格言》）康熙帝在經筵學習儒學的同時，延聘南懷仁和葡萄牙人徐日升，義大利人閔完我等輪番進講自然科學。每天約二、三小時，先後持續十餘年之久。據說，他曾先後學習天文、數學、地理、醫藥、音樂、繪畫以及歐洲哲學、拉丁語文等知識，都能粗通大意。南懷仁在一六七四年製成大型天文儀器，置於觀象台，被授任太常寺卿。
康熙帝對西方天主教傳教士日益信用，南懷仁請求羅馬教廷增派傳教士來華。一六八七年，法國傳教士張誠、白晉等五人來到北京。一六九○年，清朝派出使團去尼布楚與俄國舉行談判。張誠、徐日升等曾被任為使團譯員，在談判中奔走於雙方之間。西方傳教士進而參予了清朝的外交活動。一六九三年，白晉受命為清朝皇帝的欽差，去歐洲延聘人才。一六九八年白晉返回北京，隨同前來者有巴多明等十餘人。
西方傳教士得到清朝皇帝的信用，天主教也隨之在清朝各地日益廣泛的傳播。一六六九年任用南懷仁時，原曾曉諭直隸各省禁止立堂入教。但事實上各地天主教勢力在不斷發展。一六九一年，浙江巡撫張鵬翮曾重申康熙八年上諭，禁止浙江各地傳習天主教。傳教士通過信教的大臣佟國綱等向康熙帝請求弛禁。一六九二年，康熙帝傳諭「各處天主堂仍照舊存留。凡進香供奉之人，不必禁止。」（《奉教正褒》）康熙帝取消禁令，天主教迅速發展，遍及十五省。據一七一○年統計，全國教徒多達三十餘萬人。
天主教的教義和理學的倫常說教尖銳對立。明末，耶穌會士利瑪竇來華傳教，援引天主教義傅會理學的倫常，允許教徒祭天、祭祖和祭孔。利瑪竇身著中國儒士冠服，被稱為「西儒」。清初，湯若望、南懷仁、白晉等傳教也都遵從利瑪竇的方式，稱為「利瑪竇規矩」。一六九二年弛禁後，天主教勢力日益強大。以西班牙傳教士為主的天主教托缽修會之一的多明我會，聯合聖方濟會，堅持宣傳上帝是至高無上的唯一主宰，攻擊耶穌會允許中國教徒祭天、祭祖、祭孔，是對教義的背棄。雙方都上書羅馬教皇，相互指責，被稱為「禮儀之爭」。一七○四年，新任教皇克羅門十世決斷：中國教徒祭天、祭祖、祭孔，實屬異端，應予禁止。鐸羅攜帶禁止異端的諭令前來中國。康熙帝傳諭：「慎無擾亂中國」；來華的西人必須「謹守法度」，勸鐸羅返回。鐸羅行抵南京，竟然擅自公布教皇諭令，要求傳教士和中國教徒「一體遵照勿違」。康熙帝怒其抗旨，將鐸羅押送澳門。
教皇的禁令也自然要在漢人臣僚中引起強烈的反應。一七○六年，康熙帝對理學名臣李光地、熊賜履等說：「汝等知西洋人漸漸作怪乎？將孔夫子亦罵了。予所以好待他者，不過是用其技藝耳。歷算之學果然好。你們通是讀書人，見外面地方官與知道理者，可俱道朕意。」（《榕村語錄續集》卷六）次年三月，康熙帝斷然傳諭各國傳教士：「自今以後，若不遵利瑪竇規矩，斷不准在中國住，必逐回去」（《康熙帝與羅馬使節關係文書》）。
康熙時期，歐洲各國已先後進入資本主義社會，向外殖民。各國傳教士來華，以傳教為主要任務，傳播西方科學技術只是輔助的手段，同時也不能不在政治上為本國政府的殖民利益服務。康熙帝企圖使傳教士服膺於理學的封建倫常，而單純地「用其技藝」，這當然不能不在思想上和政治上與教廷發生嚴重的衝突。一七一八年，羅馬教皇克羅門十一世正式公布了禁止異端的禁令。一七二二年，羅馬教廷派遣教士嘉樂攜帶「禁約」來中國見康熙帝。「禁約」規定，在中國之西洋人和中國天主教徒，不許用「天」字，不許祭孔子、祭祖宗，不許依中國規矩留牌位在家，如不遵守，依天主教規處罰。康熙帝接見嘉樂，駁斥說：「爾教王條約與中國道理大相悖戾」，「只可禁得西洋人，中國人非爾教王所可禁也。」並明確宣布此後禁止天主教在中國流行，傳教之人除會技藝之人留用外，其餘均回西洋。嘉樂被斥離去。康熙帝隨令廣東等地禁止天主教。傳教士陸續離華返國。
理學戰勝天主教，更加鞏固了其思想統治的地位。
（三）吏治敗壞與人民的反抗
一、吏治的敗壞
康熙帝提倡理學，標榜仁政，對官吏的貪風由寬容演為妥協，吏治日益敗壞。
康熙帝曾公然提出，廉吏並非一文不取，火耗取一分即是好官，實際上是公開准許官吏加派火耗營私。所謂「火耗」即稅戶向官府交納稅銀，額外加成，歸州縣官吏私有，並向上司饋送。加火耗既屬合法，其他各種名目的加派也層出不窮。一六八四年山西地方加派的火耗，一兩即加至三、四錢（《聖祖實錄》卷一二二）。一六九七年，御史荊元實奏報說：「蓋言州縣居官一月不派費，則不能安其位，猶之京官賃房一月不出租，則不能安其居也」。（《皇清奏議》卷二十三）一七○一年，御史李發甲詳細地陳奏說：「一官入省，省費有派，夫馬有派，贄見有派，中伙長隨跟役有派。上官一飯，封齎四兩、六兩不等。上官一席，封賞十二至二十四兩不等。而又捏為公務，押令某府州縣捐銀若干，或百金或三、四百金，或一、二千金。又且上官之父母生辰有公祝之禮，生子生孫有三朝滿月之禮。至於平日之生辰禮節，定為常規，無足論矣。」「每歲民間正項錢糧一兩，有派至三兩、四兩、五、六兩以至十兩」，「而於朝廷正供之外，輒加至三倍、四倍、五、六倍，以至十倍不止。」（《皇清奏議》卷二十三）大官對小官，小官對小民，層層刻剝，最後都加到廣大農民的身上。一七○二年，湖南巡撫趙申喬奏報湖南地方情形說：「計每歲科派有較正供額賦增至數倍者」，「百姓窮蹙不支，多致流離轉徙」（《聖祖實錄》卷二一一）。
康熙帝晚年實行寬政，甚至對於證據確鑿的重大貪污案件，也任意寬縱，與早期嚴懲貪污，形成鮮明的對比。一七一○年，御史參劾戶部堂官希福納等侵貪戶部內倉銀六十四萬餘兩，參予貪污的官吏多達一百數十人。康熙帝說「朕反覆思之，終夜不寐，若將伊等審問，獲罪之人甚多矣」（《聖祖實錄》卷二四二）。經九卿複議，只將希福納革職，其餘官員勒限賠完，免其議處。次年三月，康熙帝對大學士等大臣說：「治天下之道，以寬為本」，「夫官之清廉，只可論其大者。今張鵬翮居官甚清，在山東兗州為官時，亦曾受人規例。張伯行居官亦清，但其刻書甚多。刻一部書，非千金不得，此皆從何處來者？此等處亦不必究。兩淮鹽差官員送人禮物，朕非不知，亦不追求」（《聖祖實錄》卷二四五）。
康熙帝寬縱官吏貪剝，雖然得以使各級官員上下相安，與廣大人民間的矛盾，卻日益激化了。
二、人民的反抗
清朝在大規模戰爭過後，封建經濟逐漸恢復，農民群眾遭受地主階級的壓榨也日益深重，出現大批的破產流民。官吏的肆意加派，更使廣大農民饑寒交迫，不斷舉行各種形式的反抗鬥爭。
杭州反加派鬥爭--一七○七年六月間，浙江巡撫加派公費，下屬州縣，擬每畝加三。這年又值大旱，歉收，百姓數千人到巡撫門前抗議，督撫被迫出告示安民（《文獻叢編?王鴻緒密繕小折》）。十一月間，太倉州北門外永樂庵地方，有大批群眾，頭裹紅布，豎立旗幟聚集。官兵出動鎮壓，群眾散走（《李煦奏摺》）。
江浙搶米鬥爭--杭州的鬥爭，影響到江浙兩省。一七○八年，戶部尚書王鴻緒奏報江浙情形說：「近因官法廢弛，又有不軌之徒在內煽惑，遂有市井奸民，倡率饑民吵鬧官府，打劫富家，一呼而集遂致數百人，官府一時無法」。江寧因糶賣官米刻剝居民，群眾聚集搶米鋪三四十家。王鴻緒說：「其餘江浙之各府州縣在在有之。至各府州縣之村鎮奸民，聚眾以米貴為名，抄搶富家者，尤不可勝數。」（《文獻叢編?王鴻緒密繕小折》）。
泉州搶米鬥爭--一七一一年時，福建泉州府永春、德化兩縣聯界地帶貧民以陳五顯等四人為首，聚集至二千餘人搶奪富戶米糧，抗拒官兵。陳五顯等在各處張示揭帖說：屢次捐免錢糧，地方官員不曾施及百姓，「故我等窮民窘於衣食，不得已而為此。若各處富戶不將屯積米石糶賣，我等必搶奪。」康熙帝得報，也不能不承認：「伊等原非盜賊，因年歲歉收乏食，不得已行之耳」（《聖祖實錄》卷二四六）。官兵大舉出動，對搶米的貧民殘酷鎮壓，斬殺八十餘名，逮捕一百四十五名。負傷逃走者甚眾。
雩都抗租賦鬥爭--一七一三年，江西雩都縣佃戶丘蘭秀、陳萬餘、丁介卿等率眾要求「除賦捐租」，圍攻地主趙唐伯的田莊。當地廣東人馬天祥等在各處響應，聚眾千人。地主趙唐伯向縣衙報告。官兵逮捕四十餘人入獄監禁。陳萬餘等率眾據守禾豐。十一月間，官兵前來鎮壓，陳萬餘率眾作戰，失敗被擒，被斬首犧牲。次年，官府又將獄中三十餘人處死。
興國抗租鬥爭--一七一三年時，江西興國縣也暴發了佃戶抗租的鬥爭。興國縣衣錦鄉佃戶李鼎三率領當地佃戶和閩、廣遷來的農民，共約數千人，向縣官要求「田骨田皮許退不許批」，並勒石為例（同治《興國縣誌》）。鬥爭獲得勝利，反抗的佃戶即組織「會館」，進行長期的抗租鬥爭。每年秋收，倡議「七收、八收」，即將二成或三成交租。田主如按原來高額收租，佃戶即聚集起來，奪回多收地租收入會館。當地農民以「會館」為鬥爭的組織和基地，堅持抗租達十三年之久。至雍正時才被官府勒令將會館焚拆。
宜陽反加派鬥爭--一七一六年，河南宜陽縣的農民群眾進行了反加派的鬥爭。河南巡撫李錫傳令八府所屬州縣加派田賦，每畝地私派銀四厘，又藉故科派馬捐。群眾二千餘人在亢珽等率領下起而反抗，將宜陽知縣擒捕。官兵前來鎮壓，搶回知縣。亢珽等聲言：「皇上因李錫居官甚劣，已取進京。若李錫伏誅，我等情願引頸受刑。」康熙帝諭：「李錫居官固屬不堪，但此賊不盡拿獲，斷乎不可。」即派刑部尚書等乘驛急往當地，「嚴加查獲詳審，一面於彼處正法，一面奏聞。」（《聖祖實錄》卷二七三）亢珽抗拒官兵失敗，自縊死。其他領導者十五人被清朝處斬，十五人處絞。二十四人流放到三姓等地做奴隸。
無錫人民鬥爭--康熙末年（具體年代不詳），江蘇無錫縣人民因縣令李牧殘酷成性，草菅人命，村民數百人嘯聚山中反抗。村民劉三公布李牧殘酷殺人數十事。李牧派捕役下鄉擒拿，劉三率兵抵抗，逃匿後被捕。黃印《錫金識小錄》記載說：「劉自知必死，訊時辭色侃侃，歷數其惡（指李牧）。備受極刑，終不委靡乞哀，下於獄，瘐死獄中。」
如上所舉，一七○七年以來，各地人民的反抗鬥爭連綿不斷。雖然這些鬥爭都還限於局部地區，規模也很小，但它不斷地衝擊著清朝的統治，顯示著康熙末年社會矛盾在日趨激化。
三、禁礦與禁海
康熙帝面對著各地農民的鬥爭，同時注意到對遊民、手工業者的防範。一七一二年，告諭臣下說：「朕前諭各省督撫，查拿越省遊行者，另有深意。蓋謂奸惡之徒，有為僧道而行者，亦有為市藥賣卦而行者。..明代李自成即其驗也。不予為之計可乎？」（《聖祖實錄》卷二五○）一七一四年，京師城內的遊民即達數十萬人。康熙帝認為：這些人原來都是來京師貿易傭工者，因貿易無資，「棲泊京師，入於匪類者甚多。」（《康熙起居注》）京師如此，各省區更為嚴重。
明末礦工和沿海工商遊民曾不斷舉行反官府的鬥爭。康熙帝以「安民防亂」為名，一再實行「禁礦」、「禁海」，以防止手工業工人、海上商販和各類遊民的反抗。
禁礦--礦業的開採是手工業和商業發展的必要的條件。康熙帝親政初年，曾開放礦禁，工商業因而得到發展。一七○四年，康熙帝傳諭：「開礦事情，甚無益於地方，嗣後有請開採者，俱著不准行。」（雍正《會典》卷五十三）這還只是不准再開新礦，已有之礦業尚未禁止。所謂「無益於地方」即不利於統治。次年，御史景月畛上疏請禁閉廣東海陽縣礦，說是「聚眾幾至十餘萬，強梁爭兢，時時有之。」（《聖祖實錄》卷二二一）廣東巡撫隨即上疏，說廣東商民何錫已開礦六十四處，在廠之人約二萬有餘，請予封禁，得到康熙帝的允准。何錫在商民中，開礦規模最大，因而首遭封禁。由此開始了對各地礦廠的封禁。
一六一三年，四川提督奏稱：「蜀省一碗水地方聚集萬人開礦，隨逐隨聚。」康熙帝命大學士與九卿會議礦事。議復後決定：（一）除雲南督撫雇本地人開礦和皇商王綱明等在湖廣、山西雇本地人開礦以外，其他各省未經開採之礦，仍行禁止。（二）本地貧民已開採的小礦，姑免禁止。由地方官查明姓名造冊。（三）外省人不許開採，並嚴禁本處豪強富戶設廠。這幾項規定，即不准開新礦、開大礦，不准外省人游移，只許當地貧民小規模開採。但在實行中，逐漸擴大封禁範圍，陸續停止整個地區的礦采。在此以前，一七一一年時已封禁湖南鉛礦。此後，一七一四年，停止郴州銀礦和河南全省的礦采。一七一五年，嚴行封禁廣州所屬礦場。一七一八年又停止四川全省各廠。事實上，廣東、四川和河南的礦采，已全遭封禁。
雲南的礦業，尤其是銅礦的開採，自元代已稱發達。歷代相傳，清初仍是全國最發達的礦業。一七○五年，雲南總督貝和諾，廢除原來由商民開礦，官府抽稅二分，余銅聽民自售的舊制，改為官收余銅，不准私賣。商民礦業受到打擊，日漸衰落。一七一○年，雲南澂江府屬路南州之開太廠、羊腳跡廠被封禁。一七一五年，雲南官員請求准開銀礦。康熙帝與大學士等論議。李光地奏對：「今議開礦以蘇民困，請著令禁止。土著貧民無產業職事者，許人持一銚而越境者有誅，則奸民不致聚徒山澤以生事端矣。」（方苞：《安溪李相逸事》）康熙帝采此議，以防民變。李光地記述說：「蓋明季礦徒之禍，上所素念故也。於是特旨不准行。」（《李光地年譜》）一七一九年又封禁雲南運一廠、獅子廠、華祝箐廠。雲南境內其他廠礦，也半開半閉，礦采日益蕭條。雲南銅礦年產曾達四百萬斤，課稅八萬餘兩。康熙末年下降到一百萬斤，課稅僅二萬餘兩。
禁海--康熙帝在禁礦之後又在一七一六年實行海禁，對海外貿易規定禁條，嚴加限制。
清朝初年，南明和鄭成功家族據東南沿海反抗清朝。清朝統治台灣後，康熙帝實行「開海」，海上貿易逐漸發達，促進了東南各省手工業和商業的發展，也使清朝增加了關稅收入。直到一七○八年，都察院以江浙米外運過多致使米價騰貴為由，請禁商船出洋，康熙帝仍不允准。一七一一年，康熙帝又駁回了吏部因海上發生盜劫案請禁海上貿易的奏疏。一七一六年，康熙帝之所以要禁止南洋貿易和限制出海，主要是由於防範東南沿海人民與海外聯繫，據地抗清。康熙帝在實行海禁前，曾說：「朕訪問海外有呂宋、噶剌巴兩處地方，噶剌巴乃紅毛國泊船之所，呂宋乃西洋泊船之所，彼處藏匿盜賊甚多。內地之民希圖獲利，往往於船上載米帶去，並賣船而回。甚至有留在彼處之人，不可不豫為措置也。」又說「海外有呂宋、噶剌巴等處常留漢人。自明代以來有之，此即海賊之藪也。」「台灣之人時與呂宋地方人互相往來，亦須豫為措置。」（《聖祖實錄》卷二七○）江蘇巡撫張伯行奏請禁海，兵部與廣東、閩浙官員擬定禁海辦法，奏准實行。主要是：（一）呂宋、噶剌巴等處，不許商船前往貿易。東洋（日本）貿易照舊。（二）嚴禁出賣船隻到海外。違者，知情同去之人皆立斬。禁止販賣糧食出口。出洋船隻，每日每人只准帶食米一升、余米一升。如果超額，嚴拿治罪。（三）限制百姓外出謀生，禁止留居海外。有人留在外國，知情同去之人枷號三月。留下之人，行文國外，解回立斬。
一七一六年實行海禁後，極大地限制了海外貿易和沿海各省工商業的發展。對日本貿易，雖未做新的規定，但日本這時已實行「鎖國」政策，限制中國去日商船，由每年八十艘減為三十艘，並規定了貿易限額和多種限制手續。中日貿易因而大減。東南亞諸地，自晚明至清初，沿海各省大批居民前往留住墾荒或經營工商。海上來往頻繁。一七一六年禁海後，海上一片荒涼。西方國家的貿易商船，清朝「聽其自來，不許往販。」每年來華商船不過幾艘，影響遠不能與東南亞相比。
康熙帝禁海，旨在防範沿海人民反抗，但實行的結果卻又增加了沿海人民生計的困難，激化了矛盾，廣東普寧知縣藍鼎元著《論南洋事宜書》，論述閩廣形勢說，「閩廣人稠地狹，田園不足於耕，望海謀生，十居五六。內地賤菲無足輕重之物，載至番境皆同珍貝，是以沿海居民造作小巧技藝，以及女紅針黹，皆于洋船行銷。歲收諸島銀錢貨物，百十萬入我中土，所關為不細矣。南洋未禁之先，閩廣家給人足。游手無賴亦為欲富所驅，盡入番島，鮮有在家饑寒竊劫為非之患。既禁之後，百貨不通，民生日蹙。」又說：「一船之敝，廢中人數百家之產，其慘目傷心，可勝道邪？沿海居民蕭索岑寂，窮困不聊之狀，皆因海禁。」他最後認為：「今禁南海，有害無利，但能使沿海居民富者貧，貧者困，驅工商為游手，驅游手為盜賊耳。」（《鹿州初集》卷三）海禁之後，沿海工商被迫失業。藍鼎元的記述，大體上是符合實情的。
四、台灣農民起義
台灣遠在海疆，清朝設府統治，官吏的貪污刻剝，較陸上更加橫暴。康熙帝實行禁海後，為防範台灣人民與呂宋往來，統治極為嚴厲。一七二一年，台灣農民在朱一貴等領導下，舉行了大規模的武裝起義。
一七二一年春，台灣知府王珍在鳳山縣徵收糧稅，肆意刻剝，並逮捕入山伐竹的農民二三百人進行勒索。出錢者釋放，不出錢者重責四十大板，驅逐過海，趕回原籍。王珍又監禁因地震過後唱戲謝神的百姓四十多人，指為「無故拜把」治罪。台灣農民群情激憤，起義爆發了。
四月十九日，農民朱一貴、黃殿、李勇、吳外等五十二人在羅漢山焚表結拜，發動武裝起義。朱一貴原是福建漳州長泰人，一七一三年來到台灣。曾充當轅役，被革，以養鴨為生。康熙時期，東南地區民間一直流傳著明室後裔朱三太子的傳說。康熙帝禁海，民間流傳南洋有所謂「前明苗裔」也是原因之一。台灣起義者適應民間的傳聞，稱朱一貴為明朝皇室後人，推為領袖。起義群眾聚集一千餘人，以山竹製成尖槍作武器，占據岡山，樹立起義大旗，上寫「激變良民，大明重興，大元帥朱。」
駐台灣府城的清朝總兵歐陽凱得知起義的消息，急派右營游擊周應龍率領清兵四百及新港、目加留灣、蕭壠、麻豆四社的高山族兵丁前去鎮壓。岡山離府城僅三十里，周應龍進兵，第一天走了五里即駐軍，第二天走了十五里又止營。起義軍夜出，繳獲清軍鳥槍、藤牌等軍械甚多，周應龍隔溪相望，不敢出救。台灣各縣人民紛紛起義響應。南路起義軍由杜君英領導，在淡水檳榔林招集粵東種地傭工客民數百人起義，與陳福壽、劉國基等商議奪取台灣府庫，並派兵百餘人與朱一貴等聯絡。郭國正、翁義在草潭起義；戴穆、江國論在下埤頭起義；林曹、林騫、林璉在新園起義；王忠在小琉球起義，都願與朱一貴、杜君英合作，共同進攻台灣府城。二十七日，朱一貴、杜君英在赤山兩路夾攻清軍，擊斃千總陳元，活捉把總周應遂，周應龍愴惶逃入府城。朱一貴軍乘勝追擊；杜君英率領陳福壽、劉國基等軍進攻鳳山縣南路營，殺死把總林富。清守備馮定國自殺，參將苗景龍逃匿萬丹港漁寮，被起義軍搜獲處死。清軍戰敗的消息傳到台灣府城，文武官員各遣家屬連夜逃命，紛紛爭舟搶渡鹿耳門。
二十八日，總兵官歐陽凱、游擊劉得紫率兵千餘人，台灣協標水師副將許雲率兵一千五百人，紮營春牛埔。中夜自相驚擾，鎮兵四故，二十九日黎明清軍稍集。五月一日，朱一貴率領數萬起義軍來攻。劉得紫領兵在中路口堵截；歐陽凱、許雲率兵在春牛埔迎擊。朱一貴、杜君英合兵奮力衝殺，清軍把總楊泰為內應，刺歐陽凱墜馬。起義軍殺歐陽凱，擊斃副將許雲、游擊游崇功，生擒游擊劉得紫、守備張成。台協水師中營游擊張彥賢，左營游擊王鼎等率領殘兵敗卒，逃往澎湖；右營游擊周應龍等附商船逃歸內陸；台廈道梁文宣、知府王珍、同知王禮等盡驅港內商船漁艇出鹿耳門渡海。朱一貴率領起義軍占領台灣府城，開府庫，取金銀。又開紅毛樓（即荷蘭人所築之赤嵌樓），獲得貯存的原屬鄭成功的軍器，火藥、大炮、刀槍、彈藥無數。義軍北路賴池、張岳、鄭維晃、賴元改等也攻陷了諸羅，擊殺北路營參將羅萬倉。旬日之間，便摧毀了清朝在台灣的統治，取得了重大勝利。
五月三日，起義軍擁戴朱一貴稱中興王，建元永和，布告中外，申述反清復明的宗旨，號召全國人民推翻清朝。起義軍建立官職，有國師、太師、國公、將軍等稱號。派驍將鄭定瑞、蘇天威領兵三千，鎮守鹿耳門。
從台灣逃出的清朝文武官員，五月二，三日麇集澎湖。澎湖協標將弁，不知所措，家屬雜沓登舟，將渡廈門，被守備林亮制止。清水師提督施世驃見到逃往廈門的船隻，才知道台灣爆發了農民起義，急忙調兵渡海。浙閩總督滿保也趕到廈門，調南澳鎮總兵藍廷珍率領水陸軍鎮壓台灣起義軍。先後調遣到台灣的清兵共有一萬二千多人，大小船隻六百餘艘，舵工水手六千餘名。
清朝調兵反攻之際，起義軍內部已發生分裂。朱一貴軍紀嚴明，禁止淫掠。國公戴穆強娶民間婦女，被朱一貴處死。太師洪陣私賣起義軍信札，被朱一貴正法。杜君英原要立自己的兒子杜會三為王，遭到反對。杜軍不服從命令，擄掠婦女財物。被擄人口中有國公吳外的戚屬，吳外請求釋放，杜君英不理。朱一貴派楊來、林璉去勸他放回，杜君英將楊來、林璉捆綁。朱一貴與國公李勇、郭國正等整兵討伐杜君英。杜君英戰敗，挾持數萬人北走虎尾溪，至貓兒干屯札。起義軍戰士分裂成兩支，給敵人以各個擊破的機會。
清淡水營守備陳策，率淡水侯觀德、李直三等地主武裝，乘隙襲擊朱一貴。諸羅縣地主陳徽也率兵攻陷縣治。陳策派人赴澎、廈請求援兵，滿保、施世驃先後發兵一千七百人往援。各地地主武裝更加猖狂鎮壓農民起義軍。
六月十三日，施世驃等從澎湖出發，十六日抵鹿耳門外。起義軍一支由蘇天威率領據守險要，發炮抵抗，戰鬥十分激烈。清軍入鹿耳門，起義軍退守安平鎮，被清軍攻陷。朱一貴派楊來、顏子京、張阿山、翁飛虎率八千義軍反攻安平。十九日又派李勇、吳外等率數萬人再攻安平，遭到清軍夾擊。義軍喪失了主動地位，退保府治，沿岸列炮固守。
六月二十日夜，西港仔地主帶領清守備林亮官兵一千三百名，在西港仔登岸。二十一日晚，清南澳總兵藍廷珍自率水師五千五百餘人到西港仔與林亮等會合。次日分兵八路，向起義軍進攻。黃殿率領起義軍迎敵，遭到伏擊。起義軍當夜襲擊清營，又中埋伏，受到了嚴重挫折。
六月二十三日，藍廷珍進至蔦松溪，直逼府城。朱一貴率數萬義軍退走，清兵分為南北二路追擊。被起義軍俘虜的游擊劉得紫乘隙逃走，組織地主武裝，向起義軍進攻。陳策也率地主武裝與清兵會合。朱一貴率領千餘人退至溝尾莊。莊主楊石、楊旭、楊雄等已接受藍廷珍給與的守備、千總銜札，合謀誘捕朱一貴。閏六月初五日夜，楊旭齊集六莊的丁壯，以守護為名，將義軍所攜火炮用水灌濕，夜半大舉攻擊。起義軍從夢中驚醒，倉促反抗。朱一貴被楊旭的伏兵擒捉，吳外、陳印等突圍。藍廷珍審訊朱一貴，他昂然屹立，辱罵敵人，腿骨被打斷仍英勇不屈。後被押解到北京處死。杜君英父子被蘭廷珍招降，隨後也被解送北京處死。
朱一貴被捕後，起義軍餘部仍在王忠等領導下堅持鬥爭，一七二三年（雍正元年）四月王忠在鳳山境內被俘，起義軍全部失敗。
（四）太子的廢立與諸王紛爭
自一七○八年九月太子胤礽被廢至康熙帝病死的十多年間，圍繞著太子的廢立形成長期的紛爭。
一、胤禩謀立的失敗
康熙帝廢胤礽後，未立新儲。諸皇子及黨附諸臣密謀爭立。
康熙帝共有三十五子，其中十五子早殤，一子出繼，實有十九子。長子胤禔系惠妃納喇氏所生，故不得立為太子。二子胤礽出於康熙帝第一位皇后--大臣索尼之孫女赫舍里後。後生胤礽而卒。三子胤祉封郡王，四子胤禛、五子胤祺、七子胤祐、八子胤禩均封貝勒（六子胤祚早卒）。諸子各自結交權臣，招納門客，植黨互斗。胤禔不得立而心忌胤礽，康熙帝曾說他「黨羽甚多」，「聞各處俱有大阿哥之人」（《聖祖實錄》卷二三七）。胤禔並蓄養「飛賊」刺客，暗害異己。胤礽廢后，胤禔立即向康熙帝陳奏，請立八子胤禩。胤禩為良妃王氏所生，亦不出於正後。胤禔陳奏說：「相面人張明德曾相胤禩必大貴。」並說：「今欲誅胤礽，不必出於皇父之手。」（《聖祖實錄》卷二三四）康熙帝大怒，斥他「凶頑愚昧」。皇三子胤祉乘機揭發胤禔曾用喇嘛魘術謀害胤礽。康熙帝將胤禔革爵幽禁，張明德等凌遲處死。康熙帝傳諭：「如有人譽胤禩，必殺無赦。」胤禩被革去貝勒，為閒散宗室。
二、胤礽的再立
康熙帝廢胤礽時，曾說他「似有鬼物憑之者」。胤禔魘咒事揭發後，康熙帝曾召胤礽入見，釋禁居宮。說：「今胤礽之疾，漸已清爽，亦自知其罪」，並說胤礽以前的悖亂行事，俱由於索額圖父子（《聖祖實錄》卷二三五）。一七○八年十一月，康熙帝命滿漢大臣議立太子事。左副都御史勞之辨等，見康熙帝已釋胤礽，希圖迎合康熙帝的意旨，密奏復立胤礽為太子，說「乞速渙新綸，收回成詔，敕部擇吉早正東宮」。康熙帝見奏，不悅，斥勞之辨行為奸詭，革職回籍。擁胤禩的滿漢大臣又乘機推舉胤禩。滿大臣阿靈阿（遏必隆之子）、鄂倫岱（佟國綱之子）、揆敘（明珠之子）等貴族及漢人尚書王鴻緒等私下計議，舉胤禩。奏稱：「皇上辦事精明，天下無人不知曉，斷無錯誤之處」，已廢太子決不可改易，請立胤禩為太子。康熙帝不允，說胤禩「未嘗更事，近又罹罪，且其母家亦甚微賤」（《聖祖實錄》卷二三五）。
康熙四十八年（一七○九年）正月，康熙帝決意復立太子胤禩，因而又懷疑推舉胤禩的大臣，有人操縱，傳諭追查，說：「此事必舅舅佟國維，大學士馬齊以當舉胤禩默喻於眾，眾乃畏懼伊等，依阿立議耳。」（《聖祖實錄》卷二三六）佟國維是康熙帝生母孝康章皇后之弟，又是康熙帝第三位皇后佟佳氏之父，故稱為舅舅。佟佳後已死，無子。佟國維原屬漢軍旗，康熙初改隸滿洲鑲黃旗，曾仕內大臣、議政大臣。一七○四年以年老致仕。康熙帝予以寬免，不加深責，要他以後「不於諸王阿哥中結為黨羽」，「不有所依附而陷害其餘」（《聖祖實錄》卷二三六）。隨後，將大學士馬齊（滿洲鑲黃旗人）拘禁追究。
一七○九年三月，康熙帝舉行立太子的大典，宣告復立胤礽為太子。康熙帝同時也對其他皇子加封晉爵，以圖穩定局勢。八子胤禩已在胤礽被釋後即恢復了貝勒爵位，三子胤祉、四子胤禛、五子胤祺這時都由郡王晉封為親王。七子胤祐由貝勒晉封郡王。十子胤■封郡王。九子胤禟、十二子胤祹、十四子胤禵封貝子。
太子胤礽復位，諸皇子晉封，上距一七○八年九月廢太子，前後不滿半年。在這半年中，諸王大臣多陷入諸子紛爭之中，康熙帝反覆失措，朝廷更加動盪。朝鮮使臣閔鎮厚向朝鮮肅宗報告說：「胡人持皇帝陰事告外人無所隱。如乍廢太子，旋復其位；毆曳馬齊，仍官其子。處事已極顛倒」（朝鮮《李朝肅宗實錄》三）。
三、胤礽再廢與紛爭再起
康熙帝復立太子胤礽，多方扶植，作繼承皇位的準備。康熙帝曾說：「伊（指胤礽）所奏欲責之人，朕無不責。欲處之人，朕無不處。欲逐之人，朕無不逐。惟所奏欲誅之人，朕不曾誅。」「凡事如所欲，以感悅其心，冀其遷善也。」（《聖祖實錄》卷二五一）康熙帝去熱河行宮或到江南塞北巡視，太子胤礽即留居京師。一些滿漢大臣見太子胤礽繼承皇位的大勢已定，便紛紛依附到太子周圍。胤礽也結納臣僚門客，四處索取貨賄和美女，驕縱日甚。
一七一一年夏，康熙帝去熱河行宮（避暑山莊）。得密告，太子胤礽處有滿大臣多人聚飲，結為朋黨。康熙帝嚴查此事。十月間回京，即鎖拿都統鄂繕、兵部尚書耿額、刑部尚書齊世武、副都統悟禮等多人，斥責為依皇太子結黨。並指斥耿額乃索額圖之家奴，依太子結黨是要為索額圖復仇。康熙帝將此案交宗人府審理，並與貪污受賄案一併追查。審訊長達七個月之久，牽連臣僚多人。一七一二年四月定案，耿額、齊世武、託合齊等以受賄罪絞死。其他官員分別議處。康熙帝說「此等事俱因太子胤礽所致」，說他「不仁不孝，難於掩蓋。徒以言語貨財，買囑此等貪濁諂媚之人潛通信息，尤屬無恥之甚矣。」定案後，康熙帝隨即奉皇太后去熱河避暑，命太子胤礽隨行。刑部在京結案行刑。九月底，康熙帝返京，即傳諭諸皇子拘執胤礽。十月，將胤礽「廢黜禁錮。」（《聖祖實錄》卷二五一）太子胤礽自再立至再廢，不滿三年，此時已年近四十。康熙帝決意再廢太子，顯然是在懷疑太子黨形成，將會謀奪皇位。康熙帝傳諭說：「今之人善者少而惡者多。胤礽秉性兇殘，與惡劣小人結黨。胤礽因朕為父，雖無異心，但小人輩懼日後被誅，倘於朕躬有不測之事，則關係朕一世聲名。」（《聖祖實錄》卷二五一）康熙帝認定臣下善者少惡者多，對太子和臣僚疑慮重重。朝中臣僚也在太子廢立之爭中進退維谷，朝夕惴惴，至有「兩處總是一死」的流言。朝鮮使者向本國報告說：「皇帝心甚不快，頻有乖常之事，大小臣僚如在針氈。」（朝鮮《李朝肅宗實錄》三）。
康熙帝對太子胤礽，兩立兩廢。廢后又希冀再立。一七一三年，戶部尚書趙申喬疏請再立太子，康熙帝不准。一七一五年，拘禁中的胤礽借治病的機會，以礬水寫密信給宗室普奇，要普奇保舉他為大將軍，親信數人為將軍，託太醫傳遞。事被揭發，康熙帝將普奇治罪。一七一七年，漢人大學士王掞、御史陳嘉猷等相繼上疏，請復立胤礽。康熙帝怒加申斥，指為「植黨希榮」，充軍西北（王掞以子奕清代戍）。一七一八年翰林院檢討朱天保（滿人）奏稱「儲位重大，未可移置如棋」，力言胤礽仁孝，請復立為太子。康熙帝斥責說：「爾雲二阿哥仁孝，爾何由知之？」竟將朱天保處斬。朱天保父朱都納，曾任兵部尚書，年老致仕，因助天保上奏，也被枷示幽禁。朱都納婿戴保也因參預此事，被處死。
八皇子胤禩原來謀立不成。胤礽被廢後，胤禩又謀繼立，被康熙帝察覺。一七一四年十一月，康熙帝出巡塞外，駐蹕遙亭。胤禩往祭亡母，遣太監赴遙亭向康熙帝請安。康熙帝大怒，指為「藐視朕躬」，在帷帳前將所遣太監夾訊，追查胤禩黨羽事。隨即傳諭諸皇子，指斥胤禩原曾謀殺胤礽，並說：「胤禩仍望遂其初念，與亂臣賊子等結成黨羽，密行險奸，謂朕年已老邁，歲月無多，及至不諱，伊曾為人所保，誰敢爭執，遂自謂可保無虞矣。」「朕恐後日必有行同狗彘之阿哥，仰賴其恩，為之興兵構難，逼朕遜位而立胤禩者。」（《聖祖實錄》卷二六一）康熙帝時刻擔心皇子發動政變，指胤禩為「大奸大邪」，嚴加監視。
十四皇子胤禵在一七一八年受命為撫遠大將軍，進討準噶爾部。出師前，康熙帝親自授印，並命用正黃旗纛。朝中因而傳言，允禵已「默承儲眷」。皇位繼承遷延未決，朝臣議論紛紜。
四、胤禛繼位
在皇子爭奪儲位的鬥爭中，圖謀繼立的皇四子胤禛在康熙帝面前亟表恭順，不露形跡，暗中結納朝臣，多方活動。
胤禛母烏雅氏，護軍參領威武之女，並非出身顯貴，在妃嬪中地位低微。一六七八年十月生胤禛，次年，始為德嬪，一六八一年進為德妃。一六九八年，胤禛二十一歲，封貝勒。一七○八年十月，康熙帝向諸王大臣論及諸皇子優劣，說：「惟四阿哥，朕親撫育，幼年時微覺喜怒不定，至其能體朕意，愛朕之心，殷勤懇切，可謂誠孝。」胤禛隨即上奏，稱「頃者復降褒綸，實切感愧。」並說「喜怒不定四字，關係臣之生平」，請求諭旨內「恩免記載」。康熙帝再傳諭，說是「偶然諭及，無非益加勉勵之意。此語不必記載。」十一月，康熙帝已決意復立胤礽，傳諭諸皇子及諸王大臣說：「前拘禁胤礽時，並無一人為之陳奏。惟四阿哥性量過人，深知大義，屢在朕前為胤礽保奏。似此居心行事，洵是偉人。」胤禛知胤礽廢立不定，急忙陳奏否認，說：「臣奉皇父諭旨，謂臣屢為皇太子胤礽保奏，臣實無其事。皇父褒嘉之旨，臣不敢仰承」（《聖祖實錄》卷二三五）。次年春，康熙帝復立胤礽為太子，並加封諸皇子，胤禛晉封為雍親王。
胤禛為雍親王時，已年逾三十。倚信滿人戴鐸為之謀畫。戴鐸勸他「戒急用忍」，說「我主子（指胤禛）天性仁孝，皇上前毫無所疵。其諸王阿哥之中，俱當以大度包容，使有才者不為忌，無才者以為靠。」胤禛不僅招納門客、結交權臣，也力求與兄弟諸王和睦相處，不露謀位的跡象。一七一三年，康熙帝再次廢胤礽後，戴鐸寫密信給胤禛，說「當此緊要之時，誠不容一刻放鬆也。否則稍為懈怠，倘有高才捷足者先主子而得之，我主子之才智德學，素俱高人萬倍，人之妒念一起，毒念即生，至勢難中立之秋，悔無及矣。」（《文獻叢編》第三輯）胤禛與戴鐸加緊暗中活動。理學名臣李光地在太子廢立中超逸避禍。康熙帝幾次問他，他只是說建儲大事「惟宜聽天心獨斷，臣何敢遽贊一詞。」康熙帝再廢太子後，更加倚信李光地，說「大臣中每事為我計萬世者，惟此一老臣耳。」（《李光地年譜》）一七一六年，李光地告假回福建故鄉。康熙帝特召晉京，商議建儲大事。戴鐸得知消息，急去李光地處密謀立胤禛共享富貴。事後，他向胤禛密報，說：「奴才聞知驚心，特於彼處（指李光地）相探。彼雲目下諸王，八王最賢等語。奴才密向彼云：八王柔懦無為，不及我四王爺聰明天縱，才德兼全，且恩威並濟，大有作為。大人如肯相助，將來富貴共之。彼亦首肯」（《文獻叢編》第三輯）。
一七一七年十一月，康熙帝召集諸皇子及滿漢大學士、學士、九卿、詹事、科、道等入宮，傳長篇口諭。康熙帝說他年將七旬，在位已五十餘年。「自康熙四十七年大病之後，過傷心神，漸不及往時。」他歷敘梁武帝為侯景所逼，隋文帝不能預知煬帝之惡以至宋太祖燭影之類的疑案，然後說：「死生常理，朕所不諱。惟是天下大權，當統於一。十年以來，朕將所行之事，所存之心，俱書寫封固，仍未告竣。立儲大事，朕豈忘耶？」最後說：「若有遺詔，無非此言。」（《聖祖實錄》卷二七五）康熙帝在此諭中暗示他已定計立儲，告誡皇子諸王大臣勿謀廢立，只是並未將繼承者言明。
一七二二年（康熙六十一年）十一月，六十九歲的康熙帝在寢宮病死。死後，宮中傳出遺詔，內稱「皇四子胤禛人品貴重，深肖朕躬，必能克承大統，著繼朕登基，即皇帝位。」（《聖祖實錄》卷三百）雍親王胤禛（清世宗）奉詔即位，改明年年號為雍正。李光地已在康熙五十七年病死。雍正帝即位後，追封為「太子太傅」。