中國通史（第九冊） · 第一節清朝統治的鞏固
清朝在順治時期，鎮壓了各地農民起義軍並戰勝南明，基本上占領了整個漢族地區。對待新占領的封建經濟高度發展的漢族地區如何進行統治和管理，便成為滿族統治者面臨的新課題。是按照滿族的傳統制度，還是按照漢族的制度來建立統治，在滿族貴族內部展開激烈的爭議，並進而演為不同集團的相互傾軋。順治帝的繼承者康熙帝親政後，依靠滿漢官員的支持，成功地解決了這個複雜的歷史任務。康熙帝基本上採用了適應漢族地區發展水平的封建統治制度，並對滿族奴隸主勢力的發展加以限制。由吳三桂發動的漢人軍閥的反清戰爭即所謂「三藩戰爭」失敗後，康熙帝進一步建立起完整的封建的政治制度，並採取措施以促進封建經濟的恢復和發展。清朝的封建統治從而得到鞏固。
康熙時期完成的另一巨大的歷史任務，是建立了對邊疆各民族地區的統治，從而基本上奠立了中國的版圖。在東南，台灣鄭氏降附後，台灣地區直接歸於清朝統轄。在東北，制止了俄國的侵略，訂立尼布楚條約，劃定東北疆界。清朝在戰勝蒙古準噶爾部之後，直接統屬喀爾喀蒙古諸部，並建立起對西藏地方的統治。康熙時期的清朝作為統一的多民族的國家，已經基本形成。
康熙帝晚年，圍繞太子的廢立，滿漢官員擢廢無常，政局日益不穩。「寬仁」政策實施的結果，各級官員貪墨成風，吏治日益敗壞。清王朝剛剛鞏固起來的封建統治，很快顯露出衰敝的徵象。康熙帝的繼承者雍正帝即位後，採取一系列的強硬措施，大力整頓吏治，清朝政局重新呈現振作的氣象。雍正時，與俄國訂立恰克圖條約，劃定北部疆界。擊潰準噶爾部在西北的勢力，並加強了對西藏的統治，為乾隆時期的強盛之局奠定了基礎。
本章簡要敘述康熙、雍正兩朝的歷史發展，著重在政治、軍事方面。關於這一時期的經濟、文化狀況，將在本書第六、第七章中一併敘述。
第一節清朝統治的鞏固
順治十八年（一六六一年）正月，順治帝病死。三子玄燁（清聖祖）即帝位，改明年年號為康熙。議政大臣索尼、蘇克薩哈、遏必隆、鰲拜四人輔政。順治帝死後，由皇太后（孝莊後）頒布遺詔，對順治帝的政績做了全面的否定。這個所謂「遺詔」襲用順治帝的名義，實際上顯然出於皇太后和輔政大臣的意旨。它臚列順治帝在位十八年的十四條罪狀，第一條即是「不能仰法太祖太宗謨烈」，「且漸習漢俗，於淳樸舊制，日有更張。」其他各條的主要內容有：對滿洲宗室諸王貝勒等「晉接既疏，恩惠復鮮；」對滿洲諸臣，不能信任，委任漢官，以致滿臣無心用事；任用宦官，設立十三衙門；對皇太后子道不終，對董鄂妃喪禮過從優厚，以及朝政不能聽言納諫，宮中未能節省，經營殿宇靡費甚多等等。這個所謂「遺詔」，是皇太后和守舊的滿洲貴族對順治帝、多爾袞採用漢族封建制統治制度的一個猛烈的抨擊。它的實質，是公開宣布排斥漢官漢俗，恢復清太祖、太宗時的舊制。康熙皇帝即位後，鰲拜等輔政大臣，在太皇太后支持下，極力貫徹這個方針，清朝的統治向著滿洲舊制的道路逆轉。
（一）四大臣輔政
索尼、蘇克薩哈、遏必隆、鰲拜四大臣，都不是滿族宗室親王。他們受命輔政，佐皇帝執掌國政，這在清太祖、太宗的舊制中也是沒有過的。輔政大臣索尼，赫舍里氏，滿洲正黃旗。蘇克薩哈，納喇氏，滿洲正白旗。遏必隆，鈕祜祿氏，鰲拜，瓜爾佳氏，兩人俱隸滿洲鑲黃旗。上三旗的四大臣在順治帝親政後，已相繼擢任議政大臣，或兼領侍衛內大臣（統率侍衛親軍，翊衛扈從），控制了議政王大臣會議。順治帝死後，索尼等向滿洲諸王貝勒說：「今主上遺詔，命我四人輔佐沖主。從來國家政務，惟宗室協理。索尼等皆異姓臣子，何能綜理。今宜與諸王貝勒等共任之。」諸王回答說：「詔旨甚明，誰敢幹預。四大臣其勿讓。」順治帝死後，四大臣由控制議政會議進而掌握了朝政。
四大臣中，索尼年最長，位最尊。一六六五年（康熙四年），索尼孫女被立為皇后，索尼一家成為顯赫的貴戚。鰲拜恃有戰功，結黨擅權，遏必隆依附鰲拜。蘇克薩哈原為多爾袞舊屬，在政治上無一定的主張，且與索尼、鰲拜不和。索尼與鰲拜成為主要的決策者。自順治十八年（一六六一年）至康熙六年（一六六七年）輔政時期，四大臣在仰法太祖、太宗的名義下，恢復了若干舊制。
一、恢復舊制
革除十三衙門 順治時設十三衙門，「遺詔」已列為一罪。一六六一年二月，四大臣輔政後即首先宣布革去十三衙門，「凡事皆遵太祖太宗時定製行，內官俱永不用。」（《聖祖實錄》卷一）但實際上內廷仍用閹官，由內務府統領。
廢內閣復三院 一六六一年六月，廢除內閣和翰林院，恢復太宗時舊制，仍設內三院。各設滿漢大學士和滿洲學士、漢軍學士、漢學士。下詔說：「朕茲於一切政務，欲率循祖制，咸遵舊章。」內秘書院巴哈納（滿）、金之俊、胡世安為大學士，內國史院額色赫（滿）、成克鞏、衛周祚為大學士，內弘文院蔣赫德、李霨為大學士。漢大學士六員，以後有缺不再推補。定製為三員，即三院各一員。順治時的漢軍大學士范文程，已在一六五四年（順治十一年）乞休，一六六六年（康熙五年）病死。洪承疇在康熙即位後乞致仕，一六六五年病死。
重定滿漢官品級 滿漢官員品級，太宗時滿官高於漢官。順治時滿漢劃一。四大臣輔政時，恢復太宗時舊制，滿大學士為正一品，漢大學士為正二品。滿尚書正一品，漢尚書正二品。以下各級的滿官品級均高於漢官。但漢軍官員即遼東編入漢軍旗的官員與「漢人」官員，一體升轉，不再區別。
更換圈地 圈地是在漢族地區推行滿族計丁授田制的措施。一六五三年（順治十年）已詔令永行停止。多爾袞執政時，將鑲黃旗應得之地撥與正白旗。一六六六年鰲拜提出鑲黃旗圈地在右翼之末，不合八旗次序，當與正白旗的薊州、遵化、遷安諸州縣地交換，正白旗地不足者，另外圈占民地補足。鰲拜之議傳出後，有關地區農民恐換耕地，多拋荒不耕，驚惶奔訴。鰲拜稱旨：將鑲黃旗涿州壯丁遷至順義等縣。正白旗通州以東大路北邊地撥給鑲黃旗。差員將正白旗滿洲地，投充人地，皇莊地等丈量，秋收後酌議分撥。大學士兼戶部尚書蘇納海（滿洲正白旗人）、直隸總督朱昌祚、巡撫王登聯等奉命經理。蘇納海上疏稱地土分撥已久，且以前已有不再圈地的聖旨，請將鰲拜之議駁回。朱昌祚上疏清停圈換。王登聯也密奏「旗地待換，民地待圈，皆拋棄不耕，」亟請停止。鰲拜大怒，將蘇納海及朱昌祚、王登聯等處死。准戶部擬議，鑲黃旗遷出壯丁四萬零六百名，撥地二十萬三千晌，由薊州、遵化、遷安三處正白旗地及民地、投充漢人地等撥給，不足者由延慶州民地撥補。正白旗遷出壯丁二萬二千三百六十一名，撥地十一萬一千八百零五晌，由玉田、豐潤二縣民地、漢人投充地、開墾地及永平等處漢人投充地中撥給。不足者由永平、灤州、樂亭、開平民地撥給。（《八旗通志》卷六十二）事實上正白旗與鑲黃旗遷出的壯丁，並不是換到對方的田地，而是各自圈占了民地。所謂「圈換」，其實是在京畿地區恢復推行圈地制。繼續占奪漢民土地。八旗人民也因遷移新地，棄業流離，造成極大的紛擾。鰲拜一舉殺三大臣，康熙帝無法制止，鰲拜權勢薰灼，不可一世了。
二、對農民軍和抗清義軍的鎮壓
夔東十三家的敗滅 四大臣輔政，繼續鎮壓抗清的農民軍。一六六三年（康熙二年）消滅了李自成軍的餘部李來亨、郝搖旗等領導的夔東十三家農民軍。
李自成軍餘部在一六五○年，由高一功及李錦義子李來亨率領到達巴東的西山，與原在這裡的郝搖旗、劉體純部會師。郝搖旗、劉體純等在西山與在鄖西抗清的王光興、王光昌等南明軍聯合，稱為夔東十三家軍。郝搖旗、劉體純等據守荊巴大江以北，王光興等據守大江以南，姚（一作搖）天動、黃龍領導的農民起義軍與譚文、譚詣、譚宏領導的抗清隊伍據守夔敘一帶。十三家軍公推劉體純、王光興總領軍務。高一功在途中戰死，李來亨率師來會，據守巴東的茅麓山，建立帥府。他們招徠流亡人民，開荒種地，訓練部隊，奉明東安王朱宗蒗為主，號召「勤王滅虜（清朝）」，給清朝以很大的威脅。一六五二年十一月，洪承疇奏報朝廷，「湖廣南有孫可望抗拒，北有郝搖旗、一隻虎（李錦諢號，這裡指的是李來亨）屯聚。」一六五九年，清軍大舉進攻貴州、雲南，劉體純、李來亨、譚文等十六營。溯江而上，圍攻重慶，震動整個四川，牽制了南進的清軍。由於譚詣、譚宏殺害譚文降清，破壞了十三家軍的作戰計劃。
一六六三年初，清廷調集陝西、湖北、四川省兵力，進攻夔東十三家軍。陝西總督白如梅、提督王一正，進攻房竹一帶，遭到郝搖旗的阻擊；四川總督李國英進攻昌寧一帶，遭到劉體純、袁宗第的阻擊；湖廣總督張長庚、提督董學禮由彝陵進攻西山，遭到李來亨的阻擊。秋季，戰爭逐漸集中在湖廣鄖襄西山一帶。清軍由楚、蜀兩路夾攻，李來亨等退守山寨，清軍無法前進。李來亨命戰士剃髮，夾雜在商販中，混入清軍兵營。李來亨從山寨出兵攻擊，清軍迎戰，大營中忽立大旗，呼號起火，清兵潰敗。張長庚的楚軍退守彝陵，李國英的蜀軍也被郝搖旗打退。八月，清廷任命穆里瑪為靖西將軍、圖海為定西將軍，又調西安將軍傅喀禪，率領八旗兵圍攻西山。十月，李來亨、郝搖旗等向四川巫山發動進攻，川督李國英乞兵增援。十二月二十三日，清軍集中八旗主力攻擊天池寨，與十三家軍決戰。劉體純戰敗自殺，郝搖旗、袁宗第在黃草坪被俘犧牲，明東安王被擒。李來亨軍三萬人陷入敵人包圍，在缺糧斷水的情況下，堅持鬥爭。穆里瑪、圖海指揮八旗兵和三省綠營兵進攻茅麓山，攻破山寨。李來亨全家舉火自焚，壯烈犧牲。自李自成退出北京以來，大順農民軍堅持抗清鬥爭近二十年。李來亨、郝搖旗失敗犧牲，農民軍被最後消滅了。
南明的覆亡 順治一朝已經基本上消滅南明旗幟下的各地抗清義軍。康熙帝即位時，只有遁居緬甸的南明永曆帝（桂王）和金門島上的魯王兩支殘餘勢力。
南明永曆帝逃往緬甸後，雲南永昌的李定國、白文選軍仍奉永曆年號，曾多次出兵入緬。順治帝死後，李定國、白文選連兵入緬，迎永曆帝，與緬兵大戰，不能進。這時，吳三桂稱王雲貴，與緬甸盟誓，許在邊地貿易。一六六一年九月，吳三桂派兵入緬，追擊永曆帝。白文選降清。十二月，吳三桂駐兵緬境。緬甸獻出永曆帝。康熙元年（一六六二年）正月，吳三桂向清廷報捷。四月，在昆明將永曆帝及皇子皇孫等處死。李定國聞訊，憤恨嘔血而死。
魯王原曾上表永曆帝，得張煌言等擁戴。鄭成功在順治十八年（一六六一年）十二月去台灣，一六六二年五月在台灣病死。子鄭經繼承王位。張煌言曾企圖聯絡鄭經，再奉魯王監國，未能實現。張煌言孤軍困守臨門，曾三次向寄居金門的魯王上書。臨門與金門的海上通路被清軍截斷，一六六二年九月，魯王死在金門。次年十月，清靖南王耿繼茂等領兵攻打廈門，邀荷蘭夾板船邀擊。鄭經軍敗走，清軍攻占廈門及金門島。鄭氏失廈門，兵力集中到台灣和澎湖島上。張煌言孤軍求進，一六六四年三月，與東蚶島上的舊部阮春雷聯合，結集戰艦百餘艘，停駐三都島。清軍來襲，損失慘重。張煌言率殘部至舟山島。六月，張煌言被迫解散隊伍，逃往海上的懸嶴島。七月，被清軍察知，擒捕張煌言，押解至寧波，又轉往杭州。解船行至錢塘江畔，一僧人向船中投擲紙條，上寫：「此行莫作黃冠想，靜聽文山（文天祥）正氣歌。」張煌言含笑賦詩作答，說：「生比鴻毛猶負國，死留碧血欲支天。」張煌言到杭州，嚴詞拒絕清軍的勸降。在獄中壁上寫《採薇吟》一首，說：「予生則中華兮，死則大明；寸丹為重兮，七尺為輕。」在杭州被殺。
南明兩王覆滅，李定國、張煌言相繼敗死，廣大江南地區已全部入於清朝的統治。只有台灣鄭氏還在繼續抗清。
三、對江南地主士大夫的控制
四大臣輔政，對順治朝新占領的江南地區的地主文人，繼續實行嚴厲的控制，製造了一系列事件。
斬鄭芝龍 鄭芝龍降清後，子鄭成功繼續在福建抗清。一六五九年，鄭成功領兵直抵長江，攻下鎮江，進至南京城下。沿途漢人士民紛紛來附或持酒犒師。鄭成功敗退後，清朝追究迎附鄭軍的官民，處死、流徙達千餘人，被稱為「通海案」（清朝指鄭成功為「海逆」）。一六六一年十月，輔政大臣斬鄭芝龍及子世恩、世蔭，依謀叛律，族誅鄭氏二百餘人。鄭芝龍已降清十餘年，與鄭成功抗清並無干係。斬鄭芝龍實際上是對漢人降官的一個威懾。
奏銷案 一六六一年順治帝死後，四大臣即諭吏部，責成各級官員，督催錢糧。「今後經管錢糧各官，不論大小，凡有拖欠參罰，俱一體停其升轉，」「如限內拖欠錢糧不完，或應革職，或應降級處分。」（《聖祖實錄》卷一）三月，制定直隸各省巡撫以下州縣以上征催錢糧未完分數處分例。又諭戶部：「近觀直隸各省錢糧逋欠甚多，征比難完，率由紳衿藐法，抗糧不納。地方官瞻徇情面，不盡法征比。嗣後著該督撫責令通府州縣各官立行禁飭，嚴加稽察。如仍前抗糧，從重治罪。地方官不行察報，該督撫嚴察，一併題參重處。」（《聖祖實錄》卷二）六月，江寧巡撫朱國治疏奏蘇、松、常、鎮四府抗欠錢糧文武紳士一萬三千五百餘人，衙役二百五十四名。刑部議現任官降二級調用，衿士褫革，衙役照贓治罪。褫革的紳士均交本處枷責鞭打。逮捕其中三千人械送刑部議處。次年五月始放還。江南地主拖欠錢糧，左右官府，自晚明以來已成慣例。這次嚴加處治，逼完錢糧。從江蘇開始，安徽、浙江等地相繼褫革縉紳。江南地主官員遭到沉重打擊。一時名士如吳偉業、徐乾學、徐元文、翁叔元、韓爌等都被降調或革籍（學籍）。
明史案 一六六三年明史案起，江南的官員文士再次遭到鎮壓。這年，被罷免的原歸安知縣吳之榮，向滿洲將軍松魁告發：湖州富戶莊廷■購得明朱國楨所著明史稿本，續補天啟、崇禎兩朝事，由莊廷■署名刊刻。其中對滿洲多有斥責。松魁移交江蘇巡撫朱昌祚（漢軍鑲白旗人）查處，莊廷■以重賄得免。刪去指斥滿洲語重刊。吳之榮又以原刊本上告。刑部查處此事。莊廷■已死，斬弟莊廷鉞。禮部侍郎李令皙曾為明史作序，也被處死，四子均斬首。朱昌祚委罪於學官，得免（後在直隸總督任內被鰲拜處死，見前）。歸安、烏程學官均處斬。由此牽連到湖州太守，以及參事辦案、校刊及「購逆書」之人，被處死者七十餘人，發邊地充軍者數百人。晚明以來，江南文士集會結社，議論朝政，成為風氣。明清之際，鼓吹民族思想，抗清復明。清朝輔政大臣以明史案興起大獄，旨在壓制江南漢人的反滿思想，控制文士的輿論，用意是顯然的。
削弱吳三桂 吳三桂自順治初年降清，引清兵入關。多爾袞許他「封以故土，晉為藩王」。多爾袞進駐北京，命吳三桂領兵南下，冊封平西王，不曾進京參政。吳三桂連年領兵鎮壓李自成軍及雲貴南明軍，一直效忠於清朝。總督軍務的大學士洪承疇至雲南視師，上疏請如元、明故事，以王公坐鎮。吳三桂成為明沐英一樣的鎮守雲南的藩王。一六六一年康熙帝即位後，吳三桂擒斬永曆帝及皇子。次年，進封為親王，兼領貴州。一六六三年二月，敕雲貴兩省總督、巡撫聽從節制（敕書撰入「聽王節制」語。見《聖祖實錄》卷八）。兩省官員均由吳三桂承制任免，號為「西選」。此後，吳三桂又出兵鎮壓貴州彝族安坤等的反清起義。一六六五年擒安坤。一六六七年五月，吳三桂請辭總管兩省事務。輔政大臣乘機命吏部議復，稱旨「應將該藩所管各項事務，照各省例，責令該督撫管理」，大小文官亦照各省例，由吏部題授（《聖祖實錄》卷二十二）。這實際上是解除了吳三桂統管雲貴兩省的事權，只做領兵將軍。所謂「藩王」的權力被削弱了。
（二）康熙帝親政
四大臣輔政，恢復舊制，貶抑漢官，使得順治時期一度緩和了的各種矛盾重又激化起來。一六六七年五月，吏部議復削奪吳三桂政柄的次日，即六月朔日，內弘文院侍讀熊賜履遵旨條奏四事給康熙皇帝。一是「政事紛更而法制未定」。指責「急功喜事之人又從而意為更變。但知趨目前尺寸之利以便其私，而不知無窮之患，已潛滋暗伏於其中」，請求將國家制度詳慎會議，勒成會典，頒示天下。二是「職業墮廢而士氣日靡」。指責「近見各衙門大小臣工，大率緘默依阿，絕少實心任事之人。甚至托老成慎重之名，以濟尸位素餐之計。樹議者謂之疏狂，任事者目為躁競」，請求「申飭滿漢諸臣，虔衷酌理，實意任事。是則曰是，非則曰非。漢官勿以阿附滿官為工」。三是「學校廢弛而文教日衰」。指出「學校為賢才之藪，教化之基，而學術事功之根底也。今者庠序之教，缺焉不講。師道不立，經訓不明」。請求「隆重師儒，興起學校」。「非六經語孟之書不讀，非濂洛關閩之學（宋代理學）不講」。四是「風俗僭侈而禮制日廢」。指出「今日風俗奢侈凌越，不可殫述。一裘而費中人之產，一宴而靡終歲之需」，「此飢之本、寒之源，而盜賊獄訟凶荒所由起也」，請求「皇上躬行節儉為天下先。自王公以及士庶，凡宮室車馬衣服僕從，一切器用之屬，俱立定經制，限以成數，頒示天下。」（《聖祖實錄》卷二十二）熊賜履疏上，鰲拜大怒，以為是對他的指責，要對熊賜履從重治罪，賴康熙帝回護得免。
四大臣輔政時，索尼年老，鰲拜權勢日盛。鰲拜弟穆里瑪受命為靖西將軍，鎮壓李來亨軍有功，超授一等阿思哈尼哈番（世襲二品爵號），握有兵權。鰲拜兄弟與秘書院大學士班布爾善（太祖曾孫）、吏部尚書阿思哈、侍郎泰必圖、兵部尚書噶褚哈、工部尚書濟世、內秘書院學士吳格塞及鰲拜的子侄等結為一黨，把持朝政。一六六七年，康熙帝已十四歲。三月間，索尼上疏請帝親政。太皇太后不允。康熙帝留疏不發。六月，索尼病死。七月，康熙帝得太皇太后允准，宣詔親政。清朝政局又開始了新的局面。
一、康熙帝親政
康熙帝親政，鰲拜等仍同輔政。索尼死後，班行章奏多出自鰲拜。康熙與鰲拜集團的衝突不可免了。
鰲拜殺蘇克薩哈 輔政大臣中，原屬多爾袞正白旗的蘇克薩哈素與鰲拜不和。一六六六年更換圈地之議更使兩人的矛盾發展為公開的衝突。一六六七年七月，康熙帝親政後，鰲拜繼續專權。蘇克薩哈即上疏請辭輔政，守先帝陵寢。康熙帝命議政王貝勒大臣會議具奏。和碩康親王傑書與諸王大臣查處此案。鰲拜與班布爾善等誣諂蘇克薩哈請辭即是「不願歸政」，列構二十四條罪狀，以大逆論處。蘇克薩哈與長子內大臣查克旦均應凌遲處死，餘子六人、孫一人、侄二人皆處斬立決。家產籍沒，妻孥並交內務府。旗人前鋒統領白爾赫圖、侍衛額爾德也處斬立決。此案上奏後，康熙帝知鰲拜懷怨構罪，不允所請。鰲拜強奏累日，迫使康熙帝同意改處蘇克薩哈絞刑，其餘如議。鰲拜除去他的政敵蘇克薩哈後，權勢更盛。康熙帝更加難以控制了。
康熙帝除鱉拜 鰲拜以鑲黃旗瓜爾佳氏而掌握朝政，得到了鈕祜祿氏遏必隆的依附。這不僅使康熙帝難以實際親政，而且也對整個愛新覺羅氏皇族構成了威脅。在滿洲八旗的上三旗中，鰲拜、遏必隆僅能控制鑲黃旗，與原屬多爾袞的正白旗和皇室的正黃旗日益處在矛盾之中。鰲拜恢復舊制，貶抑漢官，當然更遭到漢人官員的反對。康熙帝親政後，熊賜履於一六六八年遷秘書院侍讀學士。再次上疏說：「朝政積習未祛，國計隱憂可慮」，請康熙帝接見儒臣，講論「道術是非之辯，政事得失之由」。（《聖祖實錄》卷二十七）鰲拜傳旨詰問回奏，擬以「妄行冒奏」罪降二級調用。康熙帝命免予議處。熊賜履的奏疏反映漢族地主官員期待清朝實行儒學以維護封建統治的願望，與鰲拜等的恢復舊制形成尖銳的對立。
鰲拜專權，威脅到皇族和皇帝，原來支持輔政四大臣的太皇太后轉而支持康熙皇帝向鰲拜奪回政權。索尼第二子索額圖（康熙皇后叔父）原領侍衛。康熙親政後，一六六八年授任吏部侍郎。次年，自請解任，在皇帝左右效力，仍為一等侍衛，助康熙帝除鰲拜。一六六九年五月，康熙帝在鰲拜入見時，命侍衛將鰲拜逮捕，交議政王審問。親王傑書等勘問鰲拜三十條罪狀，議將鰲拜立斬，親子兄弟斬首，妻及孫為奴，家產籍沒。遏必隆依附鰲拜有罪狀十二，議革職立絞。班布爾善附和鰲拜，結黨行私，有罪狀二十一，議革職立斬。康熙帝詔諭，念鰲拜「累朝效力年久」，「朕不忍加誅，姑從寬免死」，革職拘禁。鰲拜後死於獄中。遏必隆削職免罪。鰲拜一黨的班布爾善、穆里瑪、阿思哈、泰必圖、噶褚哈、濟世、吳格塞及鰲拜侄塞本特、納莫均處死。康熙帝在太皇太后支持下，順利地消除鰲拜黨人，一舉奪回了政權。所以，他後來說：「設無祖母太皇太后，斷不能致有今日成立」（《聖祖實錄》卷一三二）。
康熙帝統治的建立 康熙帝從朝廷中清除鰲拜一黨後，建立起新的統治。索額圖是逮捕鰲拜的主要功臣。康熙帝任他為內國史院大學士兼佐領，佐理軍政。又擢任熊賜履為國史院學士。康熙帝經常與他討論治國之道，他建言：「臣觀今日大勢」，「根本之計在內地不在邊疆，在朝廷不在四方」。「然求治甚急，將紛更叢脞，為弊滋甚，所講欲速不達也。」（康熙《起居注》十一、十二年）熊賜履參預謀議，對康熙帝的影響是顯然的。康熙親政後，曾命弘文院學士明珠（滿洲正黃旗人，納喇氏）查閱淮揚河工。鰲拜敗後，任明珠為刑部尚書，改都察院左都御史，充經筵講官。四大臣輔政時，遼東漢人老臣范文程、洪承疇、寧完我等相繼去世。鰲拜敗後，康熙帝繼續任用各部漢官，沒有作太多的變動。一六七○年，因遏必隆無重大罪過，也恢復公爵，宿衛內廷。康熙奪回政柄，較快地建立了他的統治。
二、康熙帝的諸措施
康熙帝生母佟佳氏原為漢軍旗人。康熙帝生於北京，自幼學習漢文化，於遼東滿洲舊俗並非親歷，與那些出身奴隸主的老一輩滿洲貴族，經歷全然不同。自清太祖建國至康熙帝親政已經過了半個世紀，輔佐康熙帝的滿漢大臣，也多是清朝建國後才參預政事。康熙帝除鰲拜後，在索額圖、熊賜履等人輔佐下，適應滿漢官員的要求，採取了一系列新措施。
昭雪諸臣 康熙帝除鰲拜後，首先為遭到鰲拜迫害致死的諸王大臣平反昭雪，恢復爵位。一六六九年六月，詔諭吏部、兵部：「蘇克薩哈雖系有罪，罪止本身，不至誅滅子孫後嗣，此皆鰲拜等與蘇克薩哈不和，挾仇滅其子孫後嗣」，「白爾黑圖等並無罪犯，因系族人，連坐誅戮」，命給還蘇克薩哈、白爾黑圖原官（《聖祖實錄》卷三十）。兩部查明此案內革職的文武官員，也復原官。七月，詔復大學士蘇納海、總督朱昌祚、巡撫王登聯等原官，給予諡號。諸人之子承蔭入國子監讀書。
停止圈地 一六六九年六月間，康熙帝諭戶部說：「滿漢軍民，原無異視，務俾各得其所，乃愜朕心。比年以來，復將民間房地圈給旗下，以致民生失業，衣食無資，流離困苦，深為可憫。自後圈占民間房地，永行停止。其今年所已圈者，悉令給還民間。」（《聖祖實錄》卷三十）無地旗人，拔給古北等口外空地耕種。
恢復內閣 順治時實行的內閣制，四大臣輔政時曾經廢除，復行太宗時的內三院制。一六七○年八月，康熙帝又改革內三院制、恢復內閣和翰林院，均按順治十五年舊制。內閣中和、保和、文華三殿設大學士。九月，以圖海、巴泰為中和殿大學士兼吏部尚書，索額圖、李霨為保和殿大學士兼戶部尚書，杜立德、魏裔介為保和殿大學士兼禮部尚書，對喀納為文華殿大學士兼工部尚書。熊賜履為翰林院掌院學士兼禮部侍郎。
圖海，滿洲正黃旗人，馬佳氏。順治時官至弘文院大學士，議政大臣。康熙帝即位，為滿洲正黃旗都統，受命為定西將軍鎮壓李來亨部。康熙親政，復為弘文院大學士，是滿洲貴族中較有聲望的大臣。漢人李霨，直隸高陽人，順治三年進士，一六五八年為秘書院大學士。四大臣輔政時，為弘文院大學士，對四大臣輔政有所匡正。杜立德，直隸寶坻人，順治時歷任工、兵、刑等部侍郎，一六五九年為刑部尚書。康熙即位，調戶部、吏部。鰲拜敗後，為國史院大學士。魏裔介，直隸柏鄉人，順治三年進士，官至左都御史。四大臣輔政時，進吏部尚書，拜秘書院大學士，居中調和異同，有所匡正，與熊賜履同為漢人中較有影響的大臣。對喀納，滿洲正黃旗人，鈕祜祿氏。順治時，官至刑部侍郎。四大臣輔政期間，任刑部尚書。一六六八年，授任國史院大學士。
劃一滿漢官員品級 四大臣輔政時，改變順治時制度，漢官品級低於滿官，以實行抑漢方針。一六七○年三月，康熙帝又依順治十五年定製，將滿漢大學士、尚書至各部員外郎的品級劃一，實際上是提高了漢官的地位。
頒布聖諭 康熙帝親政後，即講讀《周易》、《尚書》等儒家經典，研習道學。一六七○年十月，詔諭禮部，「朕惟至治之世，不以法令為亟，而以教化為先」，「今欲法古帝王，尚德緩刑，化民成俗」，舉出十六件大事，令文武官員督率實行。（一）敦孝弟以重人倫；（二）篤宗族以昭雍睦；（三）和鄉黨以息爭訟；（四）重農桑以足民食；（五）尚節儉以惜財用；（六）隆學校以端士習；（七）黜異端以崇正學（道學）；（八）講法律以儆愚頑；（九）明禮讓以厚風俗；（十）務本業以定民志；（十一）訓子弟以禁非為；（十二）息誣告以全良善；（十三）誡窩逃以免株連；（十四）完錢糧以省催科；（十五）聯保甲以弭盜賊；（十六）解仇忿以重身命。禮部題奏，稱為「聖諭十六條」，「通行曉諭八旗並直隸各省府州縣鄉村人等，切實遵行」。（《聖祖實錄》卷三十四）這所謂「聖諭十六條」似不免空泛，但都是針對當時混亂的社會秩序，有所為而發。貫穿於十六條的中心思想則是維護漢族封建制的儒家學說，主要是程朱道學。十六條的頒布，無異宣布了康熙帝的執政綱領。後來雍正帝加以發揮解釋，成為「聖諭廣訓」，對清朝一代政治有深遠的影響。
回鄉祭祖 康熙帝生長漢地，不習滿族舊俗，也從未到過故鄉遼東。他確定了繼承漢族封建制的施政綱領後，還必須尊重滿族的傳統，以獲得滿族故老的支持。
一六七一年九月，康熙帝以國家一統，祭告太祖太宗為名，回盛京祭祖。沿途接納蒙古親王朝見。至盛京城外，祭太祖太宗陵。巡視盛京內外城地，年老及鰥寡孤獨者都賞賜銀兩。祭祀之後，召見盛京將軍及現任解任文武大小官員賜宴。八十以上老人至帝前賜飲。又召見披甲被傷老病退甲閒散四百餘人，各賜銀兩。另發銀二萬兩賞給寧古塔兵丁。康熙帝又諭戶、刑等部侍郎，說「奉天系祖宗發祥重地。奉天府、寧古塔等處，除十惡死罪不赦外，凡已結未結死罪，俱著減等。其軍流徒杖等俱著寬釋。自山海關至奉天府所屬地方，康熙十年、十一年分，正項錢糧俱著豁免。」（《聖祖實錄》卷三十六）康熙帝通過回鄉祭祖，成功地爭取到遼東地區未遷入關的滿族故老的擁戴。十月，啟程回京，臨行前又諭寧古塔將軍，對赫哲、費雅喀（飛牙喀）族「廣布教化」。
編修典制 康熙帝制定施政方針後，還必須修訂各項具體的法令制度，才能付諸實行。一六七○年五月，採納江南道御史張所志的建策，開始編修《會典》，以確定各項制度。令各部院衙門將太祖、太宗、世祖時定例及現行事宜查明送內院纂修。一六七三年六月，禁止八旗包衣佐領下奴隸隨主殉葬，進一步削弱了八旗奴隸制的殘餘。
康熙帝在除鰲拜後的三、四年間，採取多種措施，使得輔政時期激化了的各種矛盾得到一些緩和。當康熙帝還沒有來得及進一步訂立制度時，一六七三年爆發了吳三桂為首的「三藩」反清戰爭，迫使清朝不得不以全力來對付這場聲勢浩大的戰亂。
（三）「三藩」反清的失敗與台灣鄭氏的降附
一六七三年十一月，鎮守雲南的平西王吳三桂擁兵反清，貴州、四川、廣東、廣西、福建、陝西、甘肅等地的漢人將官相繼起兵響應，連續攻入湖南、江西、浙江等省，形成延續八年之久的規模浩大的反清戰爭。據守台灣的鄭經也在福建沿海各地繼續與清兵激戰。親政不久的康熙帝，面臨著嚴重的威脅。
一、「撤藩」與戰亂的發動
一六四四年，吳三桂引清兵入關，受封為平西王。一六四九年，孔有德、耿仲明、尚可喜等分別領兵南下作戰，加封王號。孔有德駐守廣西，封定南王，一六五二年死於桂林。子孔廷訓襲封，被李定國部俘獲處死。耿仲明領兵入廣東，封靖南王，子繼茂、孫精忠襲封王號，一六六○年移駐福建。尚可喜駐守廣東，為平南王。這些遼東降將加封王號，不同於一般的漢人將領，成為鎮守一方的軍閥，子孫世襲王爵。他們率領的軍隊，也不同於一般的漢人軍兵，而成為藩王的私屬。雖然不隸屬於滿洲八旗，但按照漢軍八旗的規定編制，可與漢軍旗一樣地圈占土地給與士兵。順治帝與多爾袞以封王的辦法，利用漢族降將去鎮壓抗清的農民軍和南明軍，取得了很大的成功。他們作戰得勝即可占據一方，因而盡力為清朝去消滅敵人。但康熙帝即位，除台灣以外的南明軍已被消滅後，這些軍閥與清朝的矛盾便逐漸尖銳了。
軍閥中權勢最大、兵力最強的藩王，是一六六二年以來鎮守雲南的吳三桂。四大臣輔政實行排漢政策，免去吳三桂節制雲貴督撫的事權，並擬裁減雲南綠旗兵（吳三桂招降的漢兵）五分之二。吳三桂的行政權被削奪，兵權也將被削弱，他和清朝的矛盾日益加深。
一六七三年三月，鎮守廣東的平南王尚可喜奏請返回遼東養老，以子尚之信承襲王爵駐粵。康熙帝命吏部議復：「查藩王現存，子無移襲之例，應無庸議。」議政王大臣等議奏稱：「今粵省已經底定，既議遷移，似應將該藩家屬兵丁，均行議遷。惟廣東左右兩營綠旗官兵，仍留該省。」這實際上是撤銷了尚氏的藩封，遷返遼東。清廷撤藩令下，吳三桂與耿精忠兩藩王不能不上疏請撤。七月間，吳三桂上疏說，身在崖疆已十六年，「今聞平南王尚可喜有陳請之疏，已蒙恩鑒，准撤全藩。仰恃鴻慈，冒干天聽，請撤安插」。耿精忠也上疏說：「近見平南王尚可喜乞歸一疏，已奉諭旨。伏念臣部下官兵，南征二十餘年，仰懇皇仁，撤回安插」。吳耿兩王上疏，顯然是迫於形勢，仍望清廷予以慰留。康熙帝交議政王大臣等會議：稱「福建今已底定」，「靖南王既請自福建遷移，應將王本身並標下十五佐領官兵家口，均行遷移」。但對吳三桂的請撤，諸王大臣議論不同，擬兩議上奏。一議主張撤雲南藩，吳三桂及所屬官兵遷移至山海關外。一議主張仍令吳三桂鎮守雲南。大臣中以索額圖、圖海為首，多主後議。明珠及刑部尚書莫洛、戶部尚書米思翰等主前議。康熙帝因吳三桂「所奏情詞懇切」，決定準予撤藩，遷移關外，諭戶部對所需房屋田地等項預為料理。派遣禮部侍郎折爾肯、翰林院學士傅達禮持詔書前往雲南，召吳三桂北上。
順治時南下作戰的滿洲諸王貴族，在戰事平定後相繼北返，本是常理。但對吳三桂來說，康熙帝的倉促決定則是剝奪了他在雲南的王權，撤銷了藩封。吳三桂接到詔書，完全出乎意外，決定起兵反清。部下諸人議論不同。吳三桂的親信劉茂遐以為，「明亡未久，人心思舊」，如果扶立明室後裔東征，老臣宿將必將願為前驅。方光琛以為，吳三桂若起兵反清擁明，以前出關向清乞師，還可以自解，擒殺明永曆帝便無法解釋。劉、方兩人各自說出了事情的一面。吳三桂起兵反清，將會得到降清明將的響應。但以擁明為號召，便與吳三桂一貫的行徑格格不入，難以自圓。吳三桂降清以來，始終效忠於清朝，與南明為敵，直到擒殺南明桂王父子，從無擁明反清的打算，而只滿足於世守雲南，割據稱藩。撤藩事起，吳三桂倉促起兵，顯然只是由於權力受到削弱，但仍然不能不以擁明為藉口。十一月二十一日，吳三桂殺死雲南巡撫朱國治，發布檄文，詭稱擁戴傳說中的明宗室朱三太子，興明討清。自稱「原鎮守山海關總兵官、今奉旨總統天下水陸大師、興明討虜（清）大將軍。」檄文說：他引清兵入關，是因為看到李自成進京，崇禎帝自殺，「不得已歃血訂盟，許虜（清）封藩，暫借夷兵十萬，身為前驅，斬將入關。」後見清朝建都北京，「方知拒虎進狼之非，莫挽抱薪救火之誤」。「以故避居窮壤養晦待時，選將練兵，密圖恢復」。吳三桂的這些辯解，自是違背事實的遁詞，是沒有多少說服力的。但是，他在檄中指責清廷，「道義之儒悉處下僚，斗筲之輩咸居顯職。君昏臣暗，吏酷官貪」，聲稱將在甲寅年（一六七四年）正月元旦推奉朱三太子稱帝，建年號周啟，並已移會耿精忠和鄭經，調兵三百六十萬，直搗燕山（《華夷變態》卷二）。這些措施在當時的漢人官員將領中，仍然很足以鼓動人心。
吳三桂的反訊傳到京師，康熙帝和朝中大臣也是完全出乎意外，難於舉措。索額圖以為吳三桂之反，是撤藩而引起，主張將建議撤藩的大臣處死。康熙帝不准此議，但急命停止廣東、福建兩王的「撤藩」令，以防止戰亂的蔓延。定南王孔有德之子被李定國處死後，孔有德婿孫延齡曾請求繼承王爵，清廷不准。吳三桂亂起，康熙帝即命孫延齡為撫蠻大將軍，統率定南王藩下四部。康熙帝發布詔書，譴責吳三桂「早年窮蹙來歸，晉封王爵」，「反覆亂常，不忠、不孝、不義、不仁，為一時之叛首，實萬世之罪魁」。吳三桂之子吳應熊原留京師為額駙，實際上是作為質子。康熙帝立即處死吳應熊及子世霖，以表示對吳三桂反亂的堅決鎮壓。
清朝得報，吳三桂起兵後，將向湖南進發。康熙帝立即派都統巴爾布率滿兵三千由荊州往常德，都統珠滿領兵三千由武昌往岳州。隨後任命郡王勒爾錦為寧南靖寇大將軍，統率八旗兵赴荊州阻擊吳三桂部。命西安將軍瓦爾喀率騎兵赴四川，武英殿大學士兼兵部尚書莫洛駐紮西安，經略陝西軍事。吳三桂倉促起兵，清朝倉促應戰。一場大戰在雙方都缺乏準備的情況下展開了。
二、反清戰爭的發展
吳三桂起兵後，即傳檄各地，與漢族軍將相聯絡。各地區的漢族將官，多是明朝舊臣，他們降清後，和清朝之間依然存在著嚴重的矛盾。四大臣輔政時期，鰲拜等排抑漢官打擊文士的措施，必然要引起武官的不安，矛盾的激化並不限於藩王。吳三桂的發難，成為一個導火線。各地漢人官員將領，紛紛起兵響應。吳三桂的割據之戰迅速發展成為大規模的反清戰爭。
貴州四川起兵 一六七三年十一月吳三桂在雲南起兵後，貴州提督李本深首先響應。巡撫曹吉申、總兵王永清降附。次年正月，四川巡撫羅森、提督鄭蛟麟、總兵吳之茂、譚宏等響應吳三桂，起兵反清。西南雲貴川三省不戰而統於吳三桂的麾下。
進兵湖南江西--吳三桂控制西南後，即以主力進攻湖南。一六七四年二月，吳三桂派遣部下楊應寶進攻常德，原廣東提督楊遇明在城內作內應，一舉攻下常德。吳三桂婿夏國相進攻澧州，清守城官兵起兵響應。都統吳應麒進攻岳州，清守城參將李國棟迎降。清長沙巡撫盧震棄城逃走，副將黃正卿、參將陳武衡開長沙城迎吳三桂軍。湖南長沙、常德、澧州、岳州全為吳三桂軍占有。清湖北襄陽總兵楊來嘉也在襄陽起兵響應。清軍統帥勒爾錦領兵到荊州，不敢渡江作戰，坐失湖南。吳三桂親到常德督戰，由長沙進兵，攻取江西三十餘城。
福州耿精忠起兵 吳三桂起兵反清，康熙帝急令追回對靖南王耿精忠的撤藩令，然而為時已晚，反勢已成。一六七四年三月，耿精忠響應吳三桂起兵，在福州自稱總統兵馬大元帥，分兵進攻浙江和江西。東路由總兵曾養性率領攻打浙江的溫州、台州。西路由總兵白顯忠率領，攻入江西的廣信、建昌、饒州。另一路由都統馬九玉領兵出仙霞關，進攻金華和衢州。
廣西孫延齡起兵--康熙帝安撫孫延齡，封為撫蠻將軍，命他統領原屬定南王的官兵，固守粵西。一六七四年二月，孫延齡自稱安遠大將軍，起兵反清。吳三桂封他為臨江王。清柳州提督馬雄也起兵響應。廣西全省都脫離了清朝的統治。
台灣鄭經進軍 一六六二年鄭成功死後，子鄭經繼承王位，據台灣，繼續抗清。清朝幾次遣使招降，鄭經提出如琉球、朝鮮事例，清廷不允。吳三桂起兵移書鄭經，協同進軍。耿精忠也請鄭經出兵援助，許以漳、泉二府。一六七四年四月初一日，鄭經以南明桂王年號，稱永曆二十八年，發布檄文。內稱：「令者，虜亂日甚，行事乖方，積惡已稔，天奪其魂，以致吳王倡義於滇南，耿王反正於閩中，平南、定南各懷觀望，秦蜀楚越莫不騷動，人望恢復之心，家思執箠之遂」，說他將領兵百萬，樓船數千，「征帆北指，則燕齊可搗，遼海可跨。旋麾南向，則吳越可掇，閩粵可聯」。「所願與同志之士，敦念故主之恩，上雪國家之仇，下救民生之禍。」（《華夷變態》卷二）鄭經留長子克■守台灣，與諸將馮錫范等領兵渡海，入思明州（原中左所），取同安，進取泉州。耿精忠失約，不肯交出泉州，雙方衝突，耿部守將潰去。鄭經軍入泉州。耿精忠部攻潮州，清潮州總兵劉進忠降鄭經。鄭經在思明州整頓軍兵，確定稅制，建成抗清的據點。
陝西王輔臣反清--陝西提督王輔臣原為吳三桂藩下總兵官。吳三桂起兵後致書聯絡，王輔臣將吳三桂的書札呈送清廷，因而取得信任。一六七四年八月，王輔臣率兵兩千隨從清大學士、兵部尚書莫洛自陝西向四川進軍。十二月，途經寧羌，王輔臣襲殺莫洛，附吳三桂，領兵北走平涼。吳三桂封王輔臣為平遠大將軍，北攻陝甘。一六七五年二月，王輔臣攻占蘭州。陝甘府州將官起兵響應。固原、秦州、鞏昌、定邊、靖邊、臨洮、慶陽、綏德、延安、花馬池等地都為王輔臣所占有。
自一六七三年十一月吳三桂發難以來的一年多時間裡，西北起自陝甘、東南至於台灣、福建到處燃起了反清的烈火。只有廣東的尚可喜，在清朝停止撤藩後，上書效忠清朝，康熙帝晉封他為親王，以保住廣東。北方駐懷慶的河南、河北總兵蔡祿和江西南瑞總兵楊富準備起兵，被清朝發覺處死。一六七五年春季的形勢是：反清的地區發展到雲南、貴州、四川、廣西、台灣的全部，福建、陝西、甘肅、湖南的大部，湖北、江西、浙江的一部，戰爭波及十一省，清朝失去了對大部分漢族地區的控制。與順治時南下作戰的情形不同，清朝在這場戰爭中從開始即處在被動的地位，面臨的威脅是嚴重的。
三、清軍的反攻
「撤藩」之議導致如此規模巨大的戰亂，自是出於康熙帝意外，戰爭的發展如此迅猛，也是吳三桂始料所不及。面對各省漢將紛紛起兵的形勢，吳三桂停留於封授虛銜，而沒有能夠及時組織協同作戰，指揮全局。各地將官長期處於各自起兵各自為戰的局面。人們向吳三桂建議迅速渡江北上直取金陵，扼守江淮，同時出兵四川，占據關中，與清朝爭奪中原。吳三桂年高而望輕，自知不易得到廣泛的擁戴，缺乏必勝的信心。他不肯輕易渡江遠離雲貴，仍然企望割據一方，裂土稱王。吳三桂的猶豫不前，使清軍獲得了反攻的時機。
一六七四年夏，康熙帝派出滿族諸王，領大兵南下，傾全力鎮壓戰亂。多羅貝勒尚善為安遠靖寇大將軍攻岳州，安親王岳樂為定遠平寇大將軍攻江西，簡親王喇布為揚威大將軍鎮守江南，多羅貝勒洞鄂為定西大將軍，與莫洛合兵由陝攻川。康親王傑書為奉命大將軍、貝子傅喇塔為寧海將軍，由浙江攻打福建。又命尚可喜節制廣東官兵，攻打廣西。一六七五年，清軍制定的戰略是，以主要兵力由江西袁州攻取長沙，占領湖南以控扼廣西。由於王輔臣在陝甘起兵，迫使清朝不得不改變計劃，在陝甘和江西、福建開闢兩個戰場，與王輔臣部、耿精忠部展開激戰。
陝甘戰場--一六七五年四、五月間，清軍洞鄂部在甘肅與王輔臣部交戰，王部在臨洮、洮州、河州連續敗陣。閏五月，清軍奪回花馬池和秦州，包圍蘭州。六月，王輔臣連續失綏德、蘭州、鞏昌、延安、定邊諸城，被清軍截斷了與四川聯絡的通道。七月，王輔臣被圍於平涼。九月，王部攻打固原，獲勝。一六七六年二月，清廷又任命大學士圖海為撫遠大將軍，指揮洞鄂部等陝西軍馬進攻。五月，敗王輔臣於平涼城北，用大炮攻城。洞鄂進軍陝甘時，清朝一面爭取甘肅提督張勇協同作戰，加封張勇為靖逆侯。一面又派出使臣向王輔臣招降。康熙帝在詔諭中甚至說王輔臣殺莫洛，是由於莫洛「心懷私隙」，「朕之知人未明」，「咎在朕躬，於爾何罪」。清軍圍攻平涼，再次頒布詔書，赦免城內官兵。六月，王輔臣開城降清。清廷赦王輔臣罪，復原官，加太子太保，隨圖海駐軍漢中。陝西地區的反清戰爭失敗了。
浙贛閩戰場--清軍傑書與岳樂兩路分別向浙江和江西進軍，直取福建，向耿精忠軍展開攻擊。清軍仍然是「剿撫並用」，在進軍途中招降。一六七五年四月，岳樂在江西招撫官兵五萬多人。五月，敗耿軍於長興，占領建昌。閏五月，耿精忠部反擊，攻取饒州，被清軍奪回。六月，江西清軍奪取石峽，被耿精忠部擊敗。清軍署副都統雅僰戰死。七月，岳樂軍占領江西浮梁、樂平、宜黃、崇仁等縣，招降官兵六萬餘人。八月，浙江戰場上，傅喇塔軍攻占黃岩，耿精忠部將曾養性敗逃。十月，清軍進取溫州，攻占太平、樂清等縣。
一六七五年初，耿精忠與鄭經互相通使，協同對清作戰。十一月，鄭經出兵攻陷漳州，斬清澄海公黃芳度，又取興化、汀州。十二月鄭經水軍進攻溫州，清水師提督常進功等自定海關出海抵禦。一六七六年三月，傑書遣傅喇塔等進軍溫州。耿精忠部將曾養性等率兵來戰，被清軍擊敗。
六月，耿精忠部耿繼善棄建昌。八月，傑書遣都統賴塔等攻衢州，耿部馬九玉敗逃。九月，清傑書部傅喇塔、李之芳等追擊馬九玉，入仙霞關。耿部金應虎降。十月，傑書抵延平。耿精忠窮蹙，遣子耿顯祚去清軍請降。傑書軍進駐福州。耿精忠開城迎降。清軍命他隨軍攻打鄭經。曾養性也在溫州降清。
十一月，鄭經遣部將許輝進攻福州，在烏龍江設營。清軍渡江激戰，鄭經部敗走，清軍進取興、泉、汀、漳四州。一六七七年二月，鄭經軍戰敗，棄漳州返廈門。福建又為清軍占領。
廣西戰場--孫延齡據廣西起兵，與孔有德舊將駐守南寧的線國安不和。線國安病死，孫延齡自稱安遠王。清廷派官招撫。一六七六年冬，孫延齡部將原慶陽知府傅弘烈勸孫延齡降清。孫妻孔四貞（孔有德女）也向孫延齡勸降。孫延齡遣傅弘烈去江西迎清兵。吳三桂偵知，派從孫吳世琮領兵進攻桂林，殺孫延齡，吳世琮留部將李廷棟守桂林。孫延齡部下劉彥明等殺李廷棟，與線國安子線成仁等降清。孔四貞到北京投降。駐守柳州的馬雄，降清後不久，再度起兵攻南康，敗走。馬雄病死，子馬承蔭降清。
廣東戰場--廣東藩王尚可喜效忠清朝，得保王封，請以次子尚之孝承襲王爵，長子尚之信不服，父子間由此不和。一六七六年春，吳三桂部自湖南出兵，攻打廣東肇慶。尚之信乘機幽禁尚可喜，舉兵附吳三桂反清。清總督金光祖、巡撫佟養鉅等隨尚之信反。吳三桂授尚之信招討大將軍，輔德親王。清軍在福建、廣西獲勝。十二月，尚之信又遣使向移駐南昌的清簡親王喇布行營請降。清朝命他立功自效。號為「三藩」之一的尚之信，只是由於爭奪王位，在吳三桂發動的反清戰爭已轉入低潮時才鋌而走險。幾個月後便又向清朝投降，在整個戰爭中處於無足輕重的地位。
一六七六年冬到次年春，整個戰爭形勢發生了急劇的轉變。王輔臣、耿精忠、孫延齡相繼降清，鄭經敗走。吳三桂日益孤立了。
四、反清戰爭的失敗
吳三桂攻占湖南後，主力軍一直在湖南鎮守。一六七五年清軍來攻，兩方互有勝負。岳樂軍屢攻長沙、萍鄉，均不能下。湖南吳三桂軍仍是善戰的勁旅。一六七六年春，吳三桂兵入廣東，尚之信起兵響應。吳三桂另派部將韓大任攻下吉安。清岳樂軍攻下萍鄉，再攻長沙。吳三桂婿胡國柱緊守長沙。吳三桂自松滋移駐嶽麓山聲援。韓大任奪回萍鄉，截斷清軍後路。康熙帝命喇布自江西出兵援岳樂軍，進至吉安，戰敗。陝甘王輔臣降清後，康熙帝調遣攻打陝西的穆占軍南下荊州，專力攻打湖南。一六七七年初，穆占與岳樂軍夾攻長沙。長沙尚未攻下，韓大任先在吉安逃走。吳三桂自嶽麓山移駐衡州，出兵廣西，殺孫延齡，企圖打開通路，由於孔四貞等降清受到阻遏。一六七八年初，岳樂軍攻下平江、湘陰，在湘潭招降吳三桂水師將軍林興珠，命為建義將軍。清穆占軍連續攻下永興、郴州、桂陽等十三城。喇布軍進擊韓大任，至寧都，韓大任敗走，向福建清軍投降。吳三桂部將馬寶、胡國柱等攻打永興，清軍都統宜理布、護軍統領哈克山敗死。穆占領兵堅守。
這年，吳三桂已是六十七歲，起兵反清作戰已有六年。戰爭形勢逆轉，部下勸他稱帝封臣，以鼓舞士氣。三月一日，吳三桂在湖南衡州建號周國，自稱周帝，建年號昭武，以衡州為定天府。部下諸將分封為國公、郡公、侯、伯。在雲、貴、川和湖南舉行鄉試，考選士人。吳三桂此舉，反而拋棄了「興明」的旗幟，在軍事不利的情況下，在政治上也更加陷於孤立。明朝舊臣不再有人起來響應。吳三桂稱帝不久，即臥病不起。八月，病死在衡州。吳三桂孫吳世璠（吳應熊子）自雲南來奔喪，行至貴陽繼位稱帝，改年號洪化。到衡州迎柩回雲南。吳世璠稱帝，更無政治威望，敗亡已不可免。但憑藉吳氏在西南多年蓄積的兵力，仍與清朝堅持爭戰了三年之久。
清軍在東南戰場均獲勝，又得吳三桂死訊，以為是反攻的大好時機。康熙帝急令各路軍馬分道出擊，展開大規模的進攻。
湖南方面--湖南清軍喇布部進軍衡州，貝勒察尼授安遠靖寇大將軍，領兵猛攻岳州，配合水師烏船百艘，沙船四百三十八艘。根據林興珠的建議：半泊君山，截常德糧道；半泊扁山、香爐峽、布袋口諸處，並沿九貴山駐紮綠營，斷長沙、衡州的接應。清軍幾次出擊，敗吳軍吳應麒部，派人招撫吳應麒部下官兵。吳軍總兵陳華、李超降清。康熙十八年（一六七九年）正月，清軍乘勢攻克岳州，吳軍陳珀等投降。荊州清軍大舉進攻澧州、常德、長沙。吳三桂的守城官兵，紛紛棄城逃走。清軍占領長沙，肅清湖南，吳軍退守貴陽。
廣西方面--傅弘烈迎接清軍進廣東後，聲稱「廣西全省便可一面當之」。清朝任命他為撫蠻將軍、廣西巡撫，募兵作戰。他先後收復潯州、梧州等地，屢立戰功。準備進軍雲貴，請求清朝派兵支援。清朝將軍莽依圖等畏縮不前，退兵梧州、德慶，傅弘烈孤軍據守梧州。康熙十八年（一六七九年）正月，清廷命令莽依圖與尚之信率軍水陸並進，配合傅弘烈，大敗吳世琮部，攻克桂林、南寧、收復廣西。次年二月，馬承蔭（馬雄子）又在柳州反，誘殺傅弘烈。六月，馬承蔭降清，被解送京師處死。
四川方面--一六七九年五月，寧夏提督趙良棟願獨當一面，進軍四川。清朝也認為：當前各路敵人敗退，據守險要，無需專恃騎兵，可用綠旗步兵之力。十月，康熙帝命趙良棟與甘肅提督張勇、平涼提督王進寶等進軍四川，說：「自古漢人叛變，亦惟以漢兵剿平，彼時豈有滿兵助戰哉。」（《平定三逆方略》卷四十七）十一月，王進寶攻占漢中，十二月攻克保寧，吳軍大將王屏藩自殺。清軍乘勝占領順慶，趙良棟收復略陽、成都，吳軍將軍以下官員百餘人投降，又在建昌大敗胡國柱。圖海取興安，湖廣提督徐治都在巫山敗楊來嘉，攻占夔州、重慶。清朝奪回四川。
雲貴方面--雲貴是吳三桂軍的基地。清軍奪取湖南、四川，即對雲貴發動總攻。命貝子彰泰代替安親王岳樂為定遠平寇大將軍，統率軍隊進攻雲貴，總督蔡毓榮為綏遠將軍，率領綠旗兵從沅州出發，作為先頭部隊；王進寶留守四川，趙良棟為勇略將軍兼雲貴總督，從四川進軍；賚塔為平南將軍，從廣西進軍。康熙帝頒詔招撫吳軍將領胡國柱、馬寶、郭壯圖、夏國相、吳應麒等人說：「爾等本系吳三桂藩下之人，曾受世職」，若即歸順，既往不究，「不特保全家口，亦可建立功名」。（《聖祖實錄》卷八十五）一六八○年十月，湖南清軍先後攻克鎮遠、平越、貴陽，吳世璠、吳應麒等退軍守雲南。次年初，清軍攻永寧州，吳世璠派兵二萬出擊，在北盤江西的江西坡列象陣，與清軍決戰，大敗而歸。廣西清軍從田州進攻西隆州、安籠所，在黃草壩與吳世璠軍決戰，衝破象陣，攻克曲靖，與湖南清軍在嵩明會師。二月，清軍進攻雲南省城昆明，從歸化寺到碧雞關連營數十里。吳世璠派兵襲滬、敘，但不能牽制清軍，扭轉戰局。雲南各地文武官員，先後投降清朝，吳世璠在昆明困守孤城。九月，趙良棟帶兵從四川趕到昆明，主張大舉攻城，迅速結束戰爭。他說：「我等大兵，連營四布，不就近速戰，迨至日久，米糧不繼。滿兵無妨，綠旗兵何以存立耶？」趙良棟帶領標兵，奪取得勝橋。彰泰進軍圍城，在歸化寺大敗吳軍。守城將領線域策劃逮捕吳世璠降清，吳世璠、郭壯圖自殺，十二月十九日線域開城投降。吳三桂發動的反清戰爭徹底失敗了。
清軍進軍廣西時，多次調令尚之信出兵參戰，尚之信不聽調遣。巡撫金儁與都統王國棟等上疏劾尚之信「猶有異志」，密謀殺之信。康熙帝下詔逮捕尚之信審訊。一六八○年七月間被處死。耿精忠降清後，部下參領徐鴻弼告耿精忠尚蓄逆謀。傑書請斬耿精忠。康熙帝以為，各地軍兵正在受撫投降，不宜驟誅精忠，宜令自請來京師，以便妥貼處置。一六八○年，耿精忠到京師入覲，康熙帝令法司拘捕審訊。一六八一年吳世璠敗後，次年，將耿精忠及部將曾養性等並處死。
自一六七三年吳三桂起兵以來，戰爭先後延續了八年之久，波及十幾個省區，清朝喪失莫洛以下將領多人，調動的綠旗兵即有四十萬眾。各地區連年戰亂，民不聊生。清朝遭受的打擊是沉重的。戰爭的發展，基於明朝舊將與清朝的矛盾。但戰爭的發難者吳三桂並無任何政治威望。他的倉促起兵只是由於藩王地位不保，意在割據稱王，也並無遠大的計劃。各地將官分散作戰，既缺乏清朝那樣的嚴密的軍事政治組織，又缺乏勝任的領導者，失敗是不可免的。但是，清朝贏得這場戰爭，也並非輕而易舉。康熙帝並不諱言這場戰爭的艱難，說「勞師動眾，兵民困苦已極。若以為摧枯拉朽，容易成功，則辭過其實。」（《清聖祖實錄》卷九十九）戰爭過後，康熙帝命行告祭禮，與民更始。群臣請上尊號，以彰皇帝功德。康熙帝不允，說當初朕決意撤藩，以致吳三桂背叛。現在幸得殲滅。倘再延數年，朕決意遷撤之舉，將何以自解？又說：「不圖吳三桂背恩反叛，天下騷動，偽檄一傳，四方響應。八年之間，兵民交困」，「議事之人，至今尚多，試問當日曾有言吳三桂必反者否？」（《聖祖實錄》卷九十九）清朝平亂得勝之後，康熙帝仍然認為戰亂的爆發原來出乎意料，對當年倉促撤藩猶存悔意。昭槤《嘯亭雜錄》記此事說康熙帝預見吳三桂必反，故先發制之，顯然並不可信。但是，這場意外的長期戰亂，卻也使清朝經受了嚴峻的考驗。年輕的康熙帝親政不久，即領導了這場艱難的大戰，並且終於取得了勝利。這使他在滿漢臣僚中的威望大為提高。康熙帝的統治更加鞏固了。
五、台灣鄭氏的降附
一六七七年冬，鄭經退守廈門。次年又連續出兵攻占沿海十餘城堡。一六七九年又派部將劉國軒等人分路進軍，六月攻占海澄，消滅清軍三萬餘人，並占領長泰、同安、惠安、平和等縣。劉國軒領兵圍漳州，遣別部圍泉州，與清軍相持。一六八○年三月，清軍聚水師來攻，劉國軒退走廈門。清軍攻下廈門，鄭經率師退回台灣。次年正月，在台灣病死，年三十九歲。鄭經繼承父志，奉南明永曆年號，是南明將領中堅持抗清的最後一人。鄭經死後，後嗣又起糾紛。長子鄭克■被侍衛馮錫范等殺死，立次子克塽襲延平王。清朝得鄭經死訊，六月間即分派綠旗舟師，規取澎湖、台灣。福建總督姚啟聖與內閣學士李光地奏請起用施琅，攻取台灣。施琅原是鄭成功的部將，於一六五一年（順治八年）降清，官至福建水師提督。一六六七年調京師任內大臣。康熙帝對施琅進行了長期的考察，一六八一年十月，再次起用他為福建水師提督，協同進取。一六八二年，戶部尚書梁清標疏請緩徵台灣。施琅奏稱：「臣於水師營中，簡選精兵二萬餘，戰船三百艘，已足破滅海寇。請令督撫趣辦糧餉給臣軍，而獨任臣以討賊」（《聖祖實錄》卷一○五）。台灣劉國軒率二萬人踞守澎湖，沿岸築短牆，置腰銃，環二十餘里為壁壘。一六八三年六月，施琅率領戰船出征，百船分列東西，自督五十六船分八隊進兵。經過海上激戰，全殲鄭氏水師，占領澎湖，劉國軒敗走台灣。七月，康熙帝下令招撫台灣軍民，如能投誠，既往不咎，「仍從優議敘，加恩安插，務令得所。」（《聖祖實錄》卷一一一）台灣掌握兵權的劉國軒「率先」倡議降清，得到馮錫范等人附議，於是遣使議降。鄭克■在降表中說：「昔也威未見德，無怪鳥駭於虞機；今者誤已知迷，敢後麟遊於仁圃。」（江日昇《台灣外記》卷十）八月，施琅統兵入鹿耳門，進駐台灣。鄭克■剃髮出迎，交出延平王金印。鄭克■等往北京朝見，受封為公爵，劉國軒、馮錫范為伯爵，俱隸上三旗。
一六八三年底，康熙帝遣侍郎蘇拜等至福建，與督撫議善後事宜。有人主張遷其人，棄其地。施琅上疏反對說：「台灣一地，雖屬外島，實關四省（江、浙、閩、粵）之要害」。「斷斷乎其不可棄。」倘若外國乘機占據，「沿海諸省，斷難晏然無虞」。（施琅《靖海紀事》下卷《恭陳台灣棄留疏》）康熙帝與議政王大臣等反覆商議，決定在台灣設府，由福建省管轄。台灣府下設台灣、諸羅、鳳山三縣，派兵駐守。鄭成功父子在台灣經營二十二年，開發農田，開展海外貿易，台灣經濟得到發展。此後，台灣府歸於清朝統治，直屬於福建。
（四）漢人文士的任用與康熙帝南巡
康熙帝除鰲拜後，即銳意改變輔政時期的排漢政策，以消除滿漢官員間日益嚴重的矛盾。但由於倉促撤藩而導致了矛盾的大爆發，形成八年的戰亂。康熙帝從吳三桂發動的戰亂中得到的經驗是：必須爭取漢人特別是江南漢人的支持，才能以鞏固清朝的統治。戰爭後期和戰爭之後，康熙帝多方面招任漢人官員文士。江南士人經由各種途徑，大批進入清朝政權，儕於統治集團的行列。
徵招博學鴻儒 康熙十七年（一六七八年）正月，康熙帝對吳三桂作戰取得決定性勝利時，頒發詔書，徵招「博學鴻儒」，令在京官員和各省督撫舉薦有聲望的儒生文士來京。次年（己未年）三月，各地薦舉的文士一百四十三人，在體仁殿考試詞賦，後世稱為「己未詞科」。應試前先由康熙帝賜宴，給卷作詩二十韻。取名士彭孫遹、朱彝尊、湯斌、汪琬等五十餘人（一等二十人，二等三十人），俱入翰林院。原已有官品者授侍讀、侍講，曾中進士者授編修，生員以上授檢討。被舉薦到京沒有入試的，也授職放還。考試不完卷者也予入等。取錄的五十名中，順天直隸人六名、山東、河南、陝西各一名，其餘均為江南（包括浙江、江西）名士。入翰林院的文士俱受命纂修明史。這次「博學鴻儒」科，顯然不同於一般的科舉考試，而是旨在招攬南方士人，以消除反抗力量。己未開科正是吳三桂稱帝病死的第二年。吳三桂建號周國，放下了興明的旗幟。康熙帝招攬儒士，纂修明史，以表明繼承明朝的正統，江南文士越來越多地投服於清朝。
康熙帝南巡 台灣鄭氏降附，戰爭全部結束之後，一六八四年康熙帝親自到山東和江南巡視，稱為「南巡」。九月，詔諭戶部說：「朕此番巡歷，原以撫恤編氓，問俗觀風。」這所謂「問俗觀風」，即了解江南的風土人情，「撫恤編氓」則是此行的政治目的，即安撫南方的漢族人民。康熙帝在九月末出行，十月至濟南。孔子後裔衍聖公孔毓圻率子孫迎駕。至泰安州，登泰山，祭東嶽廟。康熙帝手書「普照乾坤」四字，在孔子登泰山而小天下處建亭懸額。經宿遷至桃源縣。巡視黃河北岸治河工程。再由水路經淮安、高郵、揚州至鎮江，登金山、焦山。過常州，無錫至蘇州府城。蘇州是明代著名的繁華城市。康熙帝對侍臣說：「向聞吳閭繁盛，今觀其風土，大略尚虛華，安佚樂，逐末者眾，力田者寡。」所謂「逐末」當指工商業的繁盛，為北方所不及。十一月初，康熙帝至江寧府城。遣內閣學士席爾達祭明太祖陵，並親自往明太祖陵拜奠。詔諭江南、江西總督、江蘇巡撫說：「明太祖天資英武，敷政仁明，芟刈群雄，混一區宇，肇造基業，功德並隆」，令地方各官對明陵不時巡察，守陵人用心防護，不准附近旗丁居民踐踏。每年舉行春秋二祭，「以副朕崇重古帝王陵寢之至意」（《聖祖實錄》卷一一七）。康熙帝自江寧迴鑾，歸途在曲阜停留，祭孔子廟，行三跪九叩禮，自製祝文說：「先師德侔元化，聖集大成，開萬世之文明，樹百王之儀範」（同上書）。又親書「萬世師表」匾額，懸掛於大成殿上。康熙帝祭明太祖陵，以示崇重前朝，旨在消除明遺民的敵對情緒。祭孔子廟，以示對漢文化的尊重，旨在爭取漢民眾的擁戴。康熙帝巡行沿途需用之物，均由內務府供備，不取民間，不准地方官員借端妄派。褒獎江寧知府于成龍為官廉潔，擢任安徽按察使。斥責漕運總督滿人邵甘居官不謹，令至京候旨。康熙帝的這些舉動，為緩和滿漢之間的矛盾取得了一定的成效。
漢人文士的倚用 康熙帝在戰亂的年代，銳意任用漢人文士。熊賜履以翰林院掌院學士進為經筵講官，為康熙帝講儒學。吳三桂亂起後，一六七五年，超授熊賜履為武英殿大學士兼刑部尚書。次年因票擬錯誤奪官。一六八四年，康熙帝南巡至江寧召見熊賜履，一六八八年又起用為禮部尚書。順治時的老儒魏象樞，一六七四年官至戶部侍郎，一六七八年授左都御史。博學鴻儒考試一等的湯斌（河南睢州人）授翰林院侍講，一六八一年任日講起居注官，轉侍郎，次年為《明史》總裁官，一六八四年擢任內閣學士，出任江寧巡撫，在江寧迎接康熙帝南巡。在此前後，康熙帝還先後擢任徐乾學、徐元文、王鴻緒、韓菼翁、叔元、彭孫遹等江南名士入內閣或翰林院。他們都曾在順冶十八年的「江南奏銷案」中被褫革削籍。此時或任內閣學士、或授侍郎、尚書，參預朝政。一六八五年，康熙帝召試翰林院、詹事府（原為太子東宮屬官，順治時裁撤，康熙十四年復置，掌經史文章之事）等文臣，徐乾學考試第一，韓菼第二，受詔褒獎。徐乾學擢任內閣學士（例推巡撫），名振一時。
康熙帝自幼習漢文化，戰爭期間仍不斷研讀儒家經書，命內閣、翰林院文臣充日講官。康熙帝也自己講解朱熹注，與講官議論。一六七七年，他自著《日講四書講義序》，說「萬世道統之傳，即萬世治統之所系也，」「道統在是，治統亦在是」。顯然，康熙帝研習儒學，目的在於了解漢人的統治方法，充任日講官的文臣也參與議論政事。皇宮乾清門右階下設南書房，選擇文臣入值，日侍皇帝左右。翰林院侍讀學士、江南桐城人張英受命入值，賜第西安門內。文臣得居禁城之內，為前此所未有。大臣明珠舉薦浙江錢塘文士高士奇為詹事府錄事，遷內閣中書，也賜居西安門內入值。入值南書房的文臣不僅為康熙帝日講經書，議論詩文，而且備康熙帝顧問，代擬密諭。康熙十七年閏三月，奉召入值的翰林院掌院學士陳廷敬（山西澤州人）記他的見聞說：「張君敦復（張英字），一日之中恆在上前，暫退輒復宣召。或當食吐哺，疾趨宮門。漏下十許刻乃歸。日夜無暇晷矣。竊計敦復立朝之日多，家食之日少。」（《午亭文集》卷三八）張英、高士奇實際上成為康熙帝倚信的左右手，參預政議。徐乾學擢任內閣學士，也入值南書房，為康熙帝所倚用。吳三桂亂後，漢人武將反清遭到失敗，漢人文臣卻在此時進入了統治集團的核心。康熙帝利用傳統的儒術去征服漢族的臣民，漢族的封建文化也在征服滿族的康熙帝。