中國通史（第九冊） · 第五節清軍對農民軍的攻戰與人民的抗清鬥爭
（一）清朝對農民軍的鎮壓與明王朝的重建
一、順治帝即位，清軍攻占北京
李自成大順軍推翻明朝占領北京之前，清國確立了小皇帝福臨（清世祖）的統治，政權操縱在貴族多爾袞等人的手裡。
一六四三年（崇德八年）八月九日，皇太極病死。滿洲貴族曾為爭奪皇位而發生了爭議。掌管兩紅旗的禮親王代善推戴皇太極長子肅親王豪格繼帝位，得到掌管鑲藍旗的濟爾哈朗的支持。原屬皇太極統領的兩黃旗的一些大臣，也堅持擁立皇太極之子。豪格因固山厄真譚泰、護軍統領圖賴、啟心郎索尼等統率兩黃旗的將領們依附睿親王多爾袞而辭不受位。多爾袞擁有兩白旗，實力最強。碩託（代善子）、阿達禮（代善孫）和多爾袞的同母兄弟阿濟格、多鐸等擁戴多爾袞繼帝位。多爾袞只獲得部分貴族的支持，亦無力統御八旗。多爾袞提出立幼輔政的建策，說：「當立帝之第九（原誤作三）子（福臨），而年歲幼稚，八高（固）山軍兵，吾與右真王（濟爾哈朗）分掌其半，左右輔政。年長之後，當即歸政。」（《瀋陽狀啟》）這樣，擁多爾袞派貴族控制了朝政實權，擁豪格派的貴族也因皇太極之子繼位，得到部分權利。貴族之間取得妥協而結束了皇位之爭。
一六四三年八月十四日，年僅六歲的福臨（世祖）即位，改明年為順治元年。經諸王貝勒公議，濟爾哈朗與多爾袞輔理國政，誓告天地。
大清建國前後，就已把消滅明朝作為目標。一六三五年，漢臣張文衡曾向皇太極建策說，中原之地，唯有此時可取。因為明朝「文武大小官員，俱是錢買的。文的無謀，武的無勇。管軍馬者克軍錢，造器械者減官錢。軍馬日不聊生，器械不堪實用。」（《天聰朝臣工奏議》卷下）明朝的腐朽，早已不堪一擊。但滿洲貴族奴隸主著意於擄掠人口和財富，清國的力量也還不足以取代明朝的統治。因而皇太極時，主要還是做逐步滅明的準備。順治帝[① 清朝順治以後歷代皇帝，都只用一個年號，不再改元。習慣上以年號稱帝（如順治帝、康熙帝）而不用廟號（世祖、聖祖）。本書沿用慣例，以便讀者。]即位後，多爾袞與濟爾哈朗隨即發動了滅明的戰爭。當年九月，濟爾哈朗率清軍攻取中後所和前屯衛，斬明守將吳良弼和總兵官李輔明。駐守中前所的明總兵官黃色棄城逃走。寧遠總兵吳三桂領兵拒守，清軍不得前進。
清軍分別招撫吳三桂和陝西李自成農民軍，以便南下滅明。多爾袞命降清的洪承疇和吳三桂的舅父祖大壽、兄吳三鳳、表弟祖可法等寫信勸吳三桂投降，被吳三桂拒絕。順治元年（一六四四年）正月，又派遲起龍到陝西榆林向李自成農民軍遞送國書，說：「茲者致書，欲與諸公協謀同力，並取中原。倘混一區宇，富貴共之。」（《明末農民起義史料》頁四五五《清帝致西據明地諸帥書稿》）。三月三日，遲起龍到達榆林，會見農民軍將領，請求轉呈李自成。李自成不予答覆。
大順軍經由山西、河北向北京進軍，明朝急令吳三桂放棄寧遠，入衛京師。吳三桂率領軍兵四萬、丁口七八萬人，撤離寧遠。清國聞訊，即修整軍器，儲糧秣馬，準備四月初乘機大舉南侵。大學士范文程上書多爾袞說：「有明流寇踞於西土，水陸諸寇，環於南服，兵民煽亂於北陲，我師燮伐其東鄙。四面受敵，其君若臣，安能相保耶？」「蓋明之勁敵，惟在我國，而流寇復蹂躪中原。正如秦失其鹿，楚漢逐之。我國雖與明爭天下，實與流寇角也。」（《清世祖實錄》卷四）范文程提出爭奪中原的主要敵手是大順農民軍。並且認為要戰勝農民軍，「當申嚴紀律，秋毫無犯」，「官仍其職，民復其業」，維護漢地原有的封建秩序。（《清世祖實錄》卷四）三月十九日，李自成占領北京。四月初，清軍「急聚兵馬而行，男丁七十而下，十歲以上，無不從軍。」（朝鮮《李朝仁祖實錄》七）多爾袞親自統率約占三分之二的滿洲、蒙古八旗兵和降將孔有德、耿仲明、尚可喜、沈志祥（毛文龍部將，崇德三年降清）的漢軍南下，范文程、洪承疇、祖大壽等同行。行至遼河，多爾袞向洪承疇徵詢進軍策略。洪承疇上書說：「宜先遣官宣布王令，示以此行特掃除亂逆，期於滅賊」，「不屠人民，不焚廬舍，不掠財物。」建議清兵「出其不意，從薊州、密雲近京處疾行而前，賊走則即行追剿，儻仍坐踞京城以拒我，則伐之。」（《清世祖實錄》卷四）多爾袞採納洪承疇策，加速了進軍日程。
吳三桂率領寧遠軍入衛明廷，三月二十日到達豐潤。得知李自成進據北京，立即退駐山海關。李自成命吳襄寫信招降，得吳三桂允諾。李自成遂派唐通帶白銀四萬兩犒師，調兩萬起義軍去山海關接防。吳三桂帶領兵民由永平來京，途中得知大順拘禁了他的父母和愛妾陳圓圓，拷掠明朝大臣，又疑慮反悔，隨即返回山海關，擊敗接防的農民軍，舉兵反大順。
吳三桂舉兵的消息傳到北京，大順諸將意見不一。牛金星說：「我新得京師，人心震疊，彼必不敢輕動。亟即真而頒爵賞，示激勸，偏師往擊，未晚也。」（《諛聞續筆》卷一）劉宗敏、李過等將領也互相推諉，不願率先出征。李自成以為「三桂與北兵（清軍）久相仇殺，必不相救。」（《辛巳叢編?吳三桂紀略》）他命令牛金星留守北京，四月十三日親率大軍六萬，號稱二十萬，帶著崇禎帝太子、永王、定王及吳襄等倉卒東征。宋獻策勸阻說：「皇爺去，皇爺不利；三桂來，三桂不利」（《東明聞見錄》），自成不從。吳三桂見大順軍來戰，派副將楊坤、游擊郭雲龍向多爾袞請兵，鎮壓大順農民軍。
四月十五日，清軍師次翁後，遇到吳三桂的請兵使者。多爾袞喜出望外，給吳三桂回信說，他要「沉舟破釜，誓不返旌，期必滅賊，出民水火。」（《清世祖實錄》卷四）隨即改變進軍路線，日夜兼程向山海關進發。山海關二十一日，李自成農民軍趕到山海關。當日即在石河西和山海關的外圍城東羅、北翼，分三路圍攻，與吳三桂軍展開激戰，吳軍困苦難支。是日夜間，清軍到達山海關外，吳三桂剃髮降清。
二十二日，李自成從北山至海濱列一字長蛇陣。多爾袞命吳三桂軍去打頭陣。農民軍伸展兩翼圍吳軍數重，展開激戰。中午時分，忽起大風。清英王阿濟格、豫王多鐸率軍出戰，自側翼猛攻農民軍。農民軍陣勢大亂。李自成立馬高岡觀看，頓足嘆息說：「此必北兵也。三桂真挾北兵來耶！」（《烈皇小識》卷八）急策馬先走，大順軍敗潰。
李自成退至永平，斬吳襄。二十六日返回北京。二十九日，李自成在武英殿倉促舉行典禮，宣布即皇帝位，接受文武官員朝賀。三十日，大順軍撤出北京，經真定入山西，向陝西轉移。
多爾袞與吳三桂軍自山海關南下。范文程向各地官員傳檄宣布：「義師為爾復君父仇，非殺爾百姓，今所誅者唯闖賊。吏來歸，復其位；民來歸，復其業。師行以律，必不汝害。」（《清史稿?范文程傳》）清軍下令「不許擅取為奴，不許跣剝衣服，不許拆毀屋舍，不許妄取民間器用，..犯此令者，殺一儆眾。」（《沈館錄》卷七）清軍南下途中，明永平、撫寧、昌黎、灤州、玉田、薊州、豐潤等地官員相繼投降。多爾袞和吳三桂五月一日順利到達通州。五月二日，多爾袞率清軍由北京東城門朝陽門進入京城。多爾袞在明皇宮武英殿升座，明朝官員跪降。多爾袞在通州派吳三桂與譚泰部清軍追擊李自成，至真定受阻，五月二十二日返回北京。
清軍從大順農民軍手裡奪取了北京，隨即發布文告，宣稱農民軍是明朝臣民「不共戴天的仇人」，清軍是為明朝報君父之仇。並且陸續採取了一系列的措施，爭取明朝降官和漢族地主的支持，以穩定其統治。
一、殯葬崇禎皇帝和皇后，官民帶孝三天，追諡崇禎皇帝為懷宗端皇帝，墓號思陵，以示對亡明的尊重。
二、宣布「官來歸者復其官」，降清的漢族文武官員，都升級任用。明朝革職官吏及山林隱逸（沒有做官的失意士人），也一概錄用。
三、實行科舉考試。宣布會試（進士考試）定在辰、未、戌、丑年，鄉試（舉人考試）定在子、卯、午、酉年。凡是被黜革的舉人，仍準會試。第二年閏六月，浙江總督張存仁說：「讀書者有仕進之望，從逆（抗清）之心自息。」（《清世祖實錄》卷一八）行科舉旨在招納文人，消弭反抗。
四、宣布「民來歸者復其業」，即恢復漢族地主的田產。第二年三月，又頌布了更為具體的命令：凡是農民在戰爭期間將地主霸占的土地奪回者（即「均田」），一律要退還給地主，否則以黨「寇」（對農民起義軍的蔑稱）治罪（《清世祖實錄》卷一五）。
五、宣布按照明朝會計簿（萬曆初年張居正所定的租稅簿）租稅額，徵收地畝錢糧。正額之外，蠲免「三餉」等一切加派，以減輕土地所有者的負擔。
六、宣布文官衣冠，暫用明制。原來，清軍占領北京的當天，曾頒布過剃髮令，引起漢族人民的反抗。五月二十三日，宣布撤消剃髮令，以緩和人民的反抗情緒。
清朝的這些政策，對爭取漢族地主階級的支持，取得一定的效果。順天巡撫宋權對他的部下說：「我封疆臣，國亡無所屬，復故主（崇禎皇帝）仇者，即吾主也。」（《碑傳集》卷七）他投降清朝前後，捕殺和瓦解境內農民起義軍數千人。山西巡撫李鑒、大同總兵姜瓖、背叛大順降清的唐通，先後在各地襲擊大順農民軍，投降清朝。明朝在籍官員，大學士謝陞（山東德州人）、吏部尚書田維嘉（河北饒陽人）、兵部侍郎謝啟光（山東章邱人）、侍讀孫之獬（山東淄川人）、給事中李魯生（山東霑化人）等都在原籍組織地主武裝，捕殺大順地方官，鎮壓當地抗清義軍，歸降清朝。清軍變擄掠為招降，漢族地主官員相繼降清。農民軍的抗清鬥爭更加困難了。
九月，清順治帝自盛京到北京。十月初一日祭告天地，定都北京，建立起清朝的統治。加封多爾袞為叔父攝政王，濟爾哈朗為輔政叔王，太祖十二子阿濟格進封為英親王，太祖十五子多鐸為豫親王。太宗長子豪格，因反對多爾袞，經固山厄真何洛會告發，曾被削去王爵。因在中原作戰有功，又恢復肅親王的爵位。
順治帝建都北京後，全國各地仍然遍布著反抗清軍的武裝力量。李自成大順軍回到陝西，在準備反攻。明宗室福王在南京建號，準備恢復明朝的統治。張獻忠領導的農民軍在四川建立大西國，在西南地區得到發展。
清朝隨即派出大兵由多鐸和阿濟格率領，去攻打大順軍和江南的福王。
二、大順軍反攻的失敗
李自成率領大順軍自河北西出固關，到達山西平陽，整頓軍馬。部署大將陳永福守太原，康元勛守汾州，自領大兵進駐西安。不久，清兵入山西，陳永福被擒。李錦（即李過）敗於大同，領兵入陝西，駐守綏德。李自成以陝西為基地，仍有兵數十萬人，積極準備反攻。
大順軍自北京敗退後，占領區內的地主豪紳紛紛組織武裝，殺害大順官員，乘機反撲。河南境內的洛陽、開封、南陽等地各有地主武裝數十百起，多者數萬人，少者千人。大順將軍李岩請求領兵去河南鎮壓。大學士牛金星密告李自成說，河南是李岩故鄉，請領大兵，是要謀反。李自成聽信讒言，斬李岩。大順軍制定政策，多出李岩之手。負有聲威的李岩無辜被殺，軍中將士多懷不平。劉宗敏、宋獻策怒罵牛金星擅殺大將，應該處死。大順軍敗退後處於困境，文臣武將不能同心戮力，反而互相疑忌攻訐。李自成舉兵反攻更加困難了。
一六四四年七月，李自成率領大順軍大舉反攻清軍，發布北伐文告，聲稱要打到遼東，消滅清朝。說：「從長安起馬，三路行兵，指日前來，先恢剿寧武、代州、大同、宣府等處，後赴北京、山海，剿除遼左。至叛逆官兵，盡行平洗。順我百姓，無得驚遁。」（《明清史料》甲編第一本）這年八月，山西的大順軍攻克井陘；陝北的大順軍，在李錦指揮下進攻府谷，直逼大同。十月，河南的大順軍渡河進攻懷慶。李自成率軍在韓城居中策應。清宣大總督吳孳昌飛啟告急說：「闖賊現在韓城，欲催兵渡河，復攻山西。」「流賊蔓延，已至絳州地方。」「伏望皇上軫念殘疆，於平、蒲之間駐真滿洲兵（八旗兵）三二千，以遏狂氛而固重地。」（《清代檔案史料叢編》第六輯）一六四四年冬天，清軍發動鉗形攻勢。英王阿濟格和吳三桂、尚可喜率兵經大同邊外草地，向榆林、延安進攻；豫王多鐸和孔有德、耿仲明率兵由河南懷慶進攻潼關。兩路企圖會師西安，圍殲大順軍於關中。十二月，多鐸由孟津渡河，經過洛陽，二十二日到潼關城外立營，大順軍立即將清軍的前鋒營三千人包圍。李自成親自趕到潼關指揮作戰，依山列陣，在城外挖濠樹柵，防備清兵的衝擊。次年正月初四日，劉芳亮領兵攻擊清營，五六兩日連夜劫營。十一日，清軍用炮轟擊潼關，大順軍的騎兵橫衝敵軍，又包抄敵人後路，屢次獲得勝利。這時，阿濟格帶兵從保德州結筏渡河，突破大順軍的北部防線，敗李錦軍，經過綏德、延安，進逼西安。大順軍處於腹背受敵的局面，李自成率大順軍由藍田，出武關，向湖廣轉移。清軍十三日進潼關，十八日到西安，李自成已於五天前撤走了。
李自成領兵出武關，進駐襄陽。阿濟格、吳三桂率領清軍追擊。農民軍在鄧州、承天、德安等地迎戰，不勝。撤出襄陽。牛金星降清。四月間，明左良玉部自武昌東下。李自成率大軍乘虛進駐武昌城。各部將領在武昌聚集，仍有兵三十萬人。清兵追來，大順軍又棄武昌南下，在富池口戰敗，劉宗敏被俘犧牲，宋獻策俘後降清。五月，李自成率輕騎二十餘人，登上通山縣九宮山察看地形，遭到地主武裝（鄉兵）的突然襲擊。李自成被害犧牲，年四十歲。大順軍喪失領袖，各部分散活動。郝搖旗、田見秀、袁宗第等部在湖南。李自成侄李錦與自成妻弟高一功率部在荊州繼續抗清。
李自成自一六三○年投身起義軍，堅持戰鬥了十五年。作為農民領袖，他先後率領近百萬的起義群眾，向著地主階級和明王朝的統治展開殊死的搏鬥，占領了陝西、河南等地廣大地區，並終於推翻了腐朽的明王朝，取得巨大的勝利，在中國歷史上寫下了光輝的篇章。李自成本人始終保持起義農民的本色，身先士卒，不慕榮利。進駐北京時，仍然布衣氈笠，跨馬入城，而不象黃巢入長安那樣乘輿衣錦，在農民領袖中也是罕見而難能可貴的。但是，李自成領導的農民軍長期處於自發鬥爭的狀態，只滿足於免賦和「均田」（奪取田地）而缺少必要的鬥爭綱領和有效的政治措施。隨著農民戰爭的勝利，農民軍的許多嚴重的弱點逐漸暴露，顯示出勇於作戰的領導者們缺乏遠見和政治才能。面對著明清兩國和滿漢兩族統治階級的進攻，農民戰爭終於遭到鎮壓而失敗。農民起義推翻明朝的成果，被滿洲貴族所篡奪。廣大農民依然處在封建地主階級的壓迫之下。歷史再一次證明，沒有先進階級的領導，農民階級即使發動了象李自成起義這樣規模巨大的農民戰爭，要取得本階級的勝利和解放，也是不可能的。
三、福王復明的失敗
大順軍進北京推翻明朝後，明朝陪都南京的文武大臣議立新君，圖謀復明。兵部尚書史可法、兵部侍郎呂大器、左都御史張慎言、詹士姜曰廣等主張擁立潞王常澇；鳳陽總督馬士英結納靖南伯黃得功及高傑、劉澤清、劉良佐等將領主張擁立福王由崧。兩王這時均在淮安。馬士英發兵護送福王到儀征。一六四四年五月初二日，脅迫諸臣擁立福王在南京監國。五月十五日，福王在南京稱帝，定明年為弘光元年。史可法、高宏圖、姜曰廣、馬士英、王鐸並為大學士。十九日，史可法到揚州督師，馬士英主持內閣。福王集團有兵五十萬人，控制著淮河下游以及長江以南的廣大地區。
福王集團把大順軍看作是他們的主要敵人，聲稱要「討賊復仇」。六月間，得知清軍已占領北京，便派遣兵部侍郎左懋第、左都督陳洪範、太僕寺卿馬紹愉去北京通使致謝，並「相約殺賊」。內閣議定與清朝談判的原則是：（一）不屈膝辱命，要保持天朝體統；（二）山海關外土地割讓給清朝；（三）每年贈給清朝歲幣銀十萬兩。
七月間，使臣左懋第等出發，攜帶金一萬兩、銀十萬兩、綢緞一萬匹作為酬謝清朝「破賊」的禮品；還帶有晉封吳三桂為薊國公的敕書和賞賜吳三桂的銀幣。
清朝的回答是，協同「討賊」是可以的，重建明朝是不允許的。十月十四日，清大學士剛林接見左懋第等，指責說：「我國發兵為你們破賊報仇，江南不發一兵。突立皇帝，這是何說？」左懋第辯解說：當今皇帝乃神宗嫡孫，臣民擁戴，應承大統。現在「整練兵馬，正欲北來剿賊。傳聞貴國已發兵逐賊，以故不便前來，恐疑與貴國為敵。特令我等來謝，相約殺賊耳。」剛林說，「毋多言。我們已發大兵下江南。」使臣要祭告陵寢，也被阻止（《北使紀略》）。十一月，清朝扣留了持節不屈的左懋第（次年閏六月被殺）和馬紹愉，放回了暗地投降的陳洪範。清朝進攻江南的意圖已十分清楚。史可法向福王上奏說：清朝是那麼強，我們是這樣弱。清行仁政（指替明朝報仇），我們漸失人心。臣恐恢復無期，就是偏安也未必能辦到（見《明季南略》卷七）。
福王政權被馬士英等攬權行私、貪財好貨的人所把持。福王深居宮中，天天以演雜劇、飲醇酒、淫幼女為樂。他命令大學士王鐸書寫楹聯：「萬事不如杯在手，一年幾見月當頭」（《小腆紀年》卷八）。國破家亡，大敵當前，福王依然沉湎酒色。馬士英等藉口籌集兵餉，搜括民財，興修宮殿，賣官鬻爵。民間流傳：「都督多似狗，職方（兵部管地圖官員）滿街走，相公止愛錢，皇帝但吃酒」（《續倖存錄》）；「掃盡江南錢，填塞馬家口」（《豫變紀略》卷六）等諺語。民眾對福王腐朽集團已經厭棄。集團中人，也還在相互攻擊。
馬士英薦舉原附閹黨的阮大鋮參加內閣，排斥東林官員高宏圖、姜曰廣、張慎言等人。江北四鎮的將領劉澤清、高傑、黃得功、劉良佐爭奪地盤，相互火併。馬士英命劉澤清駐淮北，管轄淮海區；高傑駐泗水，管轄徐泗區；劉良佐駐臨淮，管轄鳳壽區；黃得功駐廬州，管轄滁和區。每鎮額兵三萬人，糧餉就地自籌，所得城池，即歸本鎮管轄。馬士英還教唆劉澤清等人聯名攻擊東林官員呂大器、劉宗周，詞連姜曰廣。朝廷內外，都捲入派別糾紛之中。
史可法受命督師揚州，四鎮並不聽節制。他斷定清軍必然要南下，只能鼓勵高傑領兵北上。弘光元年（一六四五年）正月，高傑被降清的叛將許定國謀殺。二月間，清廷命令追擊李自成的多鐸軍移兵河南，大舉南侵。
亡明與農民軍作戰的平賊將軍左良玉駐守武昌，有兵數十萬，與馬士英對立。東林官員多依附左良玉，以求自保。三月底，左良玉自武昌領兵東下，聲討馬士英。自漢口至蘄州，列舟船二百餘里。武昌被李自成攻占。馬士英急調江北各鎮抵禦左軍，而不對清兵設防。四月初，清多鐸攻占歸德，淮南告急。史可法奏告說：左良玉並不敢與朝廷為難，清兵一來，國必滅亡。福王也對馬士英說：「良玉雖不該進逼南京，我看他的奏章，原不曾反叛。如今還該守淮南。」馬士英大聲反對，說：「這都是左良玉死黨的謬論，不可聽信。我已派黃得功、劉良佐渡江了。寧可君臣死於清兵，也不可死於左良玉之手。誰敢說守備淮揚，斬首不赦」（《明季南略》卷八）。
這時，清軍別部由固山厄真准塔率領，從山東進攻徐州，史可法部將總兵李成棟敗降。又攻淮安，劉澤清兵敗，降清。通州、泰州等地均為清軍所占有。四月初五日，多鐸軍從歸德進攻泗州，渡淮。十八日，到達揚州城下。
駐守揚州的史可法，這時被福王調離，去抗禦左良玉軍。史可法行至浦口，聞清軍來攻，急速返回揚州，調令各鎮來援。各鎮均不聽命。只有總兵劉肇基率兵二萬，同揚州官民防守城池。十九日清軍攻城，史可法領導軍民抵抗七晝夜。劉肇基領兵巷戰。二十五日城破，無一人投降。清兵在城中殺掠十日，繁華的揚州，被焚毀殆盡。史可法在巷戰時被俘。多鐸向他勸降，說：「前次寫信詣見，先生不從。現在先生對舊朝忠義已成，當負重任替我大清收拾江南。」史可法嚴詞拒絕，說我此來只求一死。三日後被殺。
五月初九日，清軍渡江。十五日到達南京，馬士英逃往浙江，福王出奔蕪湖，大學士王鐸、尚書錢謙益等投降，跪迎多鐸進城。沿途降清的將官有二十三人，馬步兵二十三萬八千人。多鐸派兵進攻蕪湖，黃得功戰死。五月二十二日，總兵田雄、馬得功獻出福王和王妃降清。福王被押解到北京，次年被清朝處死。福王集團完全失敗了。
左良玉在四月間行至九江病死。五月，子夢庚在九江率馬步兵十三萬降清。
馬士英率兵士四百人，擁宗室潞王常淓等至杭州。阮大鋮等人繼至。多鐸命貝勒博洛領兵追擊。閏六月，清軍占領杭州。潞王降清，馬士英、阮大鋮等逃走。
（二）各地人民與南明宗室的抗清鬥爭
以順治帝和多爾袞等為首的滿洲貴族篡奪了李自成農民起義的果實，並擊敗了明室福王的復辟企圖，占領了長江中下游廣大的地區。但各地人民反抗清朝的鬥爭仍在繼續發展。江南地區江陰、嘉定等地的人民掀起壯烈的鬥爭。福王敗後，明室官員先後擁立魯王、唐王、桂王等宗王，在兩廣、福建地區，舉起抗清復明的旗幟，史稱南明。李自成死後，各地的大順農民軍分別在李錦、高一功、郝搖旗等將領率領下，抵抗清軍，進而投附到南明的旗幟之下。張獻忠領導的大西軍在四川建立大西國，進而占領了雲南、貴州，也聯合南明抗清。鬥爭形勢的變化是：原來反明的農民起義軍轉而擁明抗清；原來企圖聯合清軍鎮壓起義軍的明王室轉而聯合農民起義軍，抵抗清軍。戰爭延續了十餘年之久。鬥爭的結果是：清軍先後消滅了起義農民和南明王室這兩大敵人，在人民的血泊中，建立起清朝的統治。
下面，分別敘述各地抗清鬥爭的發展及其失敗。
一、江陰、嘉定人民的抗清鬥爭
一六四五年六月，清軍消滅福王集團後，降臣趙之龍、錢謙益等向多鐸建策說：「吳下民風柔弱，飛檄可定，無煩用兵。」（《嘉定屠城紀略》）他們的門客並奉命去蘇州招降。清朝將南京改為江南省，應天府改為江寧府。阿濟格在收降左夢庚等後即班師回京，多鐸也在六月班師。七月，清朝命貝勒勒克德渾為平南大將軍，與固山厄真葉臣去江南代多鐸。
這年六月，清朝重頒剃髮之令，引起了江南人民的反抗。明朝漢人男子都蓄長發梳髻。滿族的傳統是男子將頂發的四周剃去寸余，中間長發分三綹編成一條長辮，垂於腦後。除父母喪和國喪百日內外，四周邊緣的頭髮必須時時剃除，不許養長，叫做「薙（剃）發」。金國和清國在遼東時期，按照氏族部落的習慣，收降漢人如同收養氏族成員。因此漢人降清的臣民，均須剃髮，改為滿族髮式，以示降順。剃髮或不剃髮，於是成為投降或不投降的一個政治標誌，規定「有不薙髮者，察出處死。」（《清太宗實錄》卷六）滿洲貴族強迫漢人遵從滿族風俗作為建立統治的象徵，明朝官員和漢族民眾則把不剃髮視為保持民族傳統的大義所在。圍繞剃髮與不剃髮，展開了激烈的鬥爭。
清軍入關後，滿洲貴族曾把剃髮制度推行到關內。清軍和吳三桂聯軍在山海關戰敗李自成的當天，多爾袞即令山海關城內軍民剃髮。到北京後，又命令：「投誠官吏軍民，皆著薙髮，衣冠悉遵本朝制度」，並向近京各州縣發布文告說，「檄文到日，薙髮歸順者，地方官各升一級」，「有雖稱歸順而不薙髮者，是有狐疑觀望之意，..顯屬抗拒。」（《清世祖實錄》卷五）這一命令，遭到漢族人民的強烈反對，一時間人情洶洶，有的伺機外逃，有的醞釀聚眾起義。清廷不得不下令「自茲以後，天下臣民照舊束髮。」（《清世祖實錄》卷五）降清的地方只需呈獻戶口、兵丁、錢糧冊籍，官民不必剃髮。剃髮令的暫時停止，緩和了滿漢民族間的矛盾。清朝消滅福王集團，占領南京後，以為天下大局已定，又恢復實行剃髮。
一六四五年（順治二年）六月五日，清廷遣官到南京往諭多鐸，命令江南降順官員、軍民全部剃髮，倘有不從，軍法從事。十五日，多爾袞又向全國發布命令說：「向來薙髮之制，不即令畫一，姑聽自便者，欲俟天下大定，始行此制耳。今中外一家，君猶父也，民猶子也。父子一體，豈可違異！若不畫一，終屬二心。」規定自布告之日起，京城內外限十日，直隸各省自部文到日亦限十日，全體官民，「盡令薙髮，遵依者為我國之民，遲疑者同逆命之寇，必置重罪。若規避惜發，巧辭爭辯，決不輕貸。」又規定「其衣帽裝束，許從容更易，悉從本朝制度，不得違異。」二十八日，又傳令江南、江北未定地方從速歸順，下詔說「仍立與限期，近者一月，遠者三月，各取薙髮投順遵依文冊匯奏。」（《清世祖實錄》卷十七）從此以後，剃髮成為不可稍緩的法令，而且越來越嚴。有的地方限三日剃完，有的則關起城門，強令一日全剃。剃髮不如式或剪而不剃者，罪至論死。在苛法濫刑的威逼下，江南各地人民紛紛起來反抗，江陰、嘉定兩城人民的鬥爭尤為壯烈。
江陰人民的鬥爭 一六四五年六月二十八日，降清的江陰知縣方亨強制推行剃髮令。次日，江陰居民要求留髮，遭到拒絕。群眾當場指斥他說：「你是明朝進士，頭戴紗帽，身穿圓領，來做清朝知縣，羞也不羞？丑也不醜？」（趙曦明《江上孤忠錄》）閏六月初一日，城北青年在季世美、季從孝、王試、何常、何泰等率領下，持械鳴鑼進入城中。在縣衙門前後，放槍吶喊，四門有一萬多人響應。揪出方亨，扯破他的冠服。方亨詭稱備文詳請免剃，騙過民眾。清軍在各處宣稱「留頭不留髮，留髮不留頭。」秀才許用等百餘人在文廟集合，提出「頭可斷，發決不可薙」（《江上孤忠錄》）的口號。四鄉人民聞風響應，參加反剃髮鬥爭的群眾達數十萬人之多，雖三尺童子，也誓死戰鬥到底。群眾推舉典史陳明遇為城主，部署城鄉防務。
七月初五日，清朝常州知府派兵三百，偷襲江陰，在路上就被反清的農民消滅了。清朝又派馬步兵千人，並調來舟師配合進攻江陰。初七日，季世美率領「衝鋒營」，在虞門外迎擊，清軍受阻，不得前進。初八日，雙橋農民殲滅了舟師，沉重地打擊了清軍。
清朝繼續增調軍兵攻城。七月初九日，陳明遇邀請前典史閻應元進城，領導抗清鬥爭，整頓隊伍，加強城防。四鄉農民聽到消息後，帶著武器、糧食進城，參加守衛。城內居民，爭先供應各種軍用物資。徽州商人陳璧先後捐銀十七萬五千兩，並自告奮勇，到洞庭、徽州等地去請援兵。在閻應元的領導下，江陰各界人民團結抗清，增強了戰鬥力量。
七月初，守城戰鬥已經非常激烈。清軍在降將劉良佐率領下攻城，在炮火的掩護下，架雲梯爬城。守城戰士用長矛大刀，砍殺登城敵人，並投擲磚石、火罐，發射毒箭，打擊城下敵人。清兵驚慌失措，說：「我們從北京打到南京，未遇勁敵，想不到江陰這塊彈丸大的地方，竟有這麼大的力量！」清軍屢次攻城不能取勝，便由劉良佐出面勸降。閻應元堅定地回答他說：「有降將軍，無降典吏。」（《江上孤忠錄》）城上火箭齊發，劉良佐狼狽逃命。當時，清軍已經攻陷松江、崑山等地，就調集兵力圍攻江陰。江陰人民守城三個月，八月二十日城破，居民繼續展開激烈的巷戰。陳明遇戰死，閻應元受傷被俘，英勇犧牲，全城無一人投降。清軍在城中屠殺數日，江陰城被破壞無餘。
據說，清軍此次攻城，兵力共用二十四萬人，戰死七萬五千多人。當地還傳說，江陰人民打死了清朝三王十八將。這雖與史實不符，但反映了人民群眾對江陰抗清英雄們的讚頌。
嘉定人民的鬥爭 清朝的剃髮令傳到嘉定。閏六月十三日，嘉定各村人民組織起來進行反抗。王家莊有兵七百人，石岡兵一千人，南翔兵二千人，羅店、葛隆兵各千人，外岡、婁塘兵更以善戰聞名。十四日，向駐在東關的清軍（李成棟駐吳淞，部下樑得勝於初八日駐此）發動進攻，擊斃八十四人，焚毀船隻四十多艘，清軍殘兵敗將狼狽逃竄。這時，太倉士紳已經率先剃髮，四鄉農民起而反對，封鎖了城鄉交通，使各地清軍失去聯繫。十五日，李成棟派騎兵四十多人，向太倉告急，路經羅店被農民包圍。突圍後又在時家墳遭到襲擊，掉頭後退，被羅店、月橋農民截擊，大部分傷亡，只有少數人逃歸吳淞。嘉定人民又在羅店、北關、婁塘與清軍進行了三次大規模的戰鬥。婁塘戰役，參加戰鬥的人民在磚橋會師，多達十萬人。
閏六月十七日，嘉定人民推舉進士黃淳耀、前通政使司左通政侯峒曾主持城防，集眾公議，劃地分守，城樓上懸掛起「嘉定恢剿義師」的大旗。七月初三日，清軍猛烈攻城，用重炮轟擊。城牆坍塌，城內人民用木料堵塞，守城軍士傷亡，就立即補充。初四日五更大雨，城上軍士已露立三晝夜，兩眼腫爛，遍體淋濕，飲食斷絕，身疲力盡，昏暈難以支持。清軍乘機登城，擁進城內，侯峒曾仍在城樓上指揮戰鬥，聲色不變。二子在旁問道：「事急了，怎麼辦？」峒曾回答說：「死就是了，有什麼說的！」（《嘉定屠城紀略》）隨後，投河自盡。黃淳耀也自縊於僧舍。軍士無一人投降。
清軍攻進嘉定城，大肆屠殺，擄奪財物。李成棟用三百隻大船運走了他掠奪的金帛子女。但是，清軍的殘暴行為，嚇不倒英雄的嘉定人民。二十天後，江東人朱瑛自稱游擊將軍，帶兵五十人回到城裡，會同市民趕走了從太倉來的清兵。李成棟趕忙派萬國昌領兵到葛隆，駐守織女廟。葛隆、外岡、馬隆等地人民，重新集結，捕殺剃髮的人。二十四日，葛隆、外岡人民聯合出擊，奮勇殺敵，趕走了屯駐在織女廟的清軍。二十六日黎明，清軍乘人民武裝力量尚未集合時，偷襲葛隆鎮、外岡鎮。二十七日，清軍攻進嘉定，再次屠城。八月十六日，明把總吳之蕃起兵江東，反攻嘉定，失敗，嘉定又遭到第三次大屠殺。嘉定人民先後有十幾萬人參加武裝抗清鬥爭，前仆後繼，不屈不撓，犧牲兩萬人。被人們稱為「嘉定三屠」的歷史事件，不僅表示了清軍的暴行，也表示了廣大人民不甘屈服的戰鬥傳統。
江南地區人民抗清鬥爭此伏彼起。一六四五年六月剃髮令下，生員陸世鑰毀家充餉，募集二千餘人在太湖起兵抗清。清軍占領吳江，縣丞朱國佐投降。諸生吳鑒直入縣署罵國佐，國佐執送蘇州府。知府逼吳鑒招出黨援，吳鑒大聲說：「孔子、孟子、張睢陽、顏平原皆是也。何問為？」（《南疆逸史》卷三十六）遂被殺。明職方主事吳易率眾殺朱國佐，與舉人孫兆奎等聚千餘人在長白盪舉起抗清義旗。隨後，吳易與陸世鑰、明松江提督吳志葵合兵進攻蘇州。時在蘇州的清侍郎李延齡、巡撫土國寶指揮清軍反攻，吳易等敗績。明中書舍人盧象觀（象昇弟）擁宗室朱盛瀝起兵，率軍攻打南京，戰敗，進入太湖堅持鬥爭。
閏六月，清兵破池州。明御史金聲與諸生江天一集義勇起兵績溪，郎中尹民興與生員趙初浣堅守涇縣，阻擋清軍向前推進。貢生吳應箕題壁曰：「韓亡子房奮，秦帝魯連恥」（《明季南略》卷九），奉宗室朱盛濃起兵，收復被清軍占領的建德、東流。
這些抗清鬥爭雖然不久失敗，但延緩了清軍的進攻日程，使浙東、福建的明朝官員得以重建南明，組織抗清力量。
二、南明的再建與農民軍抗清鬥爭
清朝占領南京和杭州後，浙東和福建的明朝官員又擁立明宗室魯王和唐王，建立政權抗清。大順諸軍也相繼南下，並與南明相結合。張獻忠在四川率領的大西軍，也樹起了反清的旗幟。一六四五年十一月，清廷命洪承疇駐防江寧（南京）。代多鐸領兵的勒克德渾與葉臣進軍湖廣，追擊大順軍。又命何洛會為定西大將軍，進兵四川，去攻打張獻忠部。一六四五年秋至一六四六年秋季約一年多的時間，各地人民與清軍展開了又一個回合的搏鬥。
浙東魯王 一六四五年五月，福王敗亡。明兵部尚書張國維在東陽起兵，吏科給事中熊汝霖在餘姚起兵，刑部員外郎錢肅樂與舉人張煌言等在鄞縣起兵，紛紛組織義軍，據地抗清。六月，共同迎立在台州的魯王以海至紹興，建立臨時政權，號為監國，不立年號。定海總兵王之仁率領的官軍成為魯王政權的主力軍，與浙東義師多次抵抗清兵，獲勝。南京陷後，總兵方國安逃跑，也自浙西來會。閏六月，福州唐王聿鍵建號稱帝，向魯王頒詔。張國維、熊汝霖主張兩王軍都是抗清義兵，倘若奉詔，即不能以魯王名義號令軍兵。錢肅樂以為大敵當前，不可互相對立，應稱皇太侄報命。諸臣因而不和。方、王率領的官兵取得地丁正餉，各地義兵只能由富戶捐輸義餉。方國安甚至並取義餉。各軍因爭餉也彼此不和。馬士英、阮大鋮等逃依方國安，求附魯王。魯王拒不接見。一六四六年三月，清兵入錢塘，張國維與王之仁抗清獲勝。進而領兵攻打杭州，不勝，回師。五月，清將博洛遣圖賴等來攻方國安營，方國安與馬、阮等劫持魯王逃跑。魯王中途脫身入海，由石浦守將張名振扈從去舟山。張國維退守東陽，敗死。清兵占領紹興。王之仁兵敗，至南京，大罵洪承疇後就義。方國安與馬、阮等降清，被清朝處死（一說阮大鋮自殺後被戮屍）。魯王至舟山，守將不納，轉到中左所（廈門）。由總兵官鄭芝龍的從子鄭彩送入長垣，仍保持監國的空銜。魯王政權抗清復國的企圖失敗了。
福州唐王 一六四五年閏六月，原鎮江總兵鄭鴻逵、泉州總兵官鄭芝龍、禮部尚書黃道周、福建巡撫張肯堂等，擁立唐王聿鍵在福州即皇帝位，建元隆武，稱福州為天興府。唐王曾經讚賞江陰人民的抗清鬥爭說：「我家（明宗室）子孫，遇到江陰的三尺童子，也要尊敬」。慨然以「復仇雪恥」為務。但是，控制唐王政權的鄭芝龍，原是泉州海盜，接受明朝招撫，有兵二十餘萬，壟斷海上貿易。他總攬軍政大權，搜括財物，田園遍布閩廣兩省，又增置莊倉五百餘處。鄭芝龍只求保存財產祿位，並不想奮力抗清。唐王和大臣的出師抗清之議，都被他阻撓。
九月間，大學士黃道周親率門生親故百餘人出師北伐，鄭芝龍不派兵、不供餉，只有唐王空札數百道，用以招兵籌餉。沿途農民攜帶鋤頭、扁擔參軍，被稱為「扁擔兵」。出杉關時，已有萬餘人。到廣信以後，獲悉徽州失守，分道出兵，傷亡很大。十二月，在婺源被清總兵張天祿俘虜，解送江寧（南京）。洪承疇親自來見，黃道周大呼道：「洪承疇早在松山戰死了，先帝（崇禎）曾哭祭過，哪還能活著！這是無恥小人冒名頂替吧！」他拒絕了清朝的誘降，於次年三月在江寧被殺。
唐王政權由於得到大順農民軍的支持，而展開了抗清的鬥爭。
一六四五年夏季，李自成犧牲前後，大順軍各部分別向湖北的大江南北集結。李錦屯兵西山（湖北巴東一帶），準備大舉進攻清軍。高一功率領部隊由夔府來與李錦合營，攻克荊門、當陽等地。七月，農民軍萬人圍攻荊州。大順軍田見秀、劉芳亮、吳汝義、袁宗第、劉體純、郝搖旗、張鼐、黨守素、藺養成、王進才、牛萬財等部，從四月間即陸續向大江以南轉移。李自成犧牲後，他們「結盟同心」，準備與李錦合營。清朝官員報告說，他們在岳州湖上，「又以不薙頭為名，號召叛黨，聚集亡命」（《明清史料》丙編第六本）。清朝多次招降，都被農民軍拒絕。
唐王政權建立後，各部農民軍分別與南明湖廣總督何騰蛟和巡撫堵胤錫聯絡，共抗清軍。劉體純、郝搖旗率兵至湘陰，何騰蛟派部將萬大鵬單騎前來洽談。堵胤錫在常德也與李錦、高一功進行聯絡，願與農民軍「同心協力，以建立功業」。何騰蛟等向唐王報告，唐王大喜，命何騰蛟督師湖廣，堵胤錫總制李錦、高一功軍。李錦賜名赤心，高一功賜名必正，晉封侯爵，佩龍虎將軍印。李自成妻高氏（在高一功軍中）封為貞義夫人，李錦部賜名忠貞營。農民軍投依南明抗清，不再用大順國號，但李錦的書疏，猶稱李自成為先帝，高氏為太后，以示尊崇。何騰蛟整編李錦、郝搖旗（永忠）、袁宗第、王進才（以上是農民起義軍）、黃朝宣、張先璧、劉承胤、董英（何騰蛟舊部）、曹志建（故巡撫劉熙祚舊部）、馬進忠、馬士秀、王允成、盧鼎（左良玉舊部）等部為十三鎮，組成十餘萬人的強大抗清隊伍。
一六四五年冬，南明軍向湖北清軍發起攻勢。明軍各部仍駐守自己的防地，何騰蛟率領郝搖旗、王進才留在長沙；堵胤錫駐常德，分治湖南；李錦屯兵公安附近地區，加強對荊州進攻的力量；劉體純、袁宗第向清軍發動新的進攻。他們在江陵以西渡江，攻彝陵，過荊門，進軍鄖西。沿途人民紛紛響應，聲勢很大。駐防湖北的清軍，惶恐不安，內部動搖。十一月十五日，劉體純、袁宗第進攻襄陽、承天，攻破城池。次年正月，進攻鄧州。二月，清將王斌在房縣老寨起兵反清復明。劉體純、袁宗第率領的農民軍，影響遍及南陽、興安、漢中等地。
清廷在一六四五年十一月，調遣貝勒勒克德渾、固山厄真葉臣，到湖北武昌進攻李錦農民軍。李錦部圍攻荊州清軍達半年之久。一六四六年二月，兵敗解圍。田見秀、張鼐、李友、吳汝義等在彝陵降清。三月，平西將軍何洛會在山陽、商州與農民軍兩次激戰，不能阻止農民軍的發展。何騰蛟率郝搖旗、張先璧等進攻岳州、藤溪、湘陰，準備分兵收復武昌和江西的吉安。並請唐王親自赴贛州，力取江西。
一六四六年六月，魯王政權敗滅。七月，清軍博洛部占領金華、衢州，分兵兩路進攻福建。這時，鄭芝龍已暗中投降清朝，寫信密告洪承疇說：「遇官兵撤官兵，遇水師撤水師，傾心貴朝非一日也。」（《小腆紀年》卷十二）清軍經仙霞嶺、分水關，鄭芝龍撤去守兵，清軍長驅直入。唐王自延平出發，去贛州督戰。八月行至汀州，被清軍追及殺死。贛州被攻破，泉州、福州也全被清博洛軍占領，鄭芝龍率官兵投降。清朝在福建建立軍政機構，博洛迫令鄭芝龍等攜帶家口進京，斷絕他和福建的聯繫。
唐王聿鍵死後，弟聿■浮海逃往廣州。十一月朔日，原大學士蘇觀生等擁立聿■稱帝，年號紹武。十二月十五日，清兵由降將李成楝率領攻陷廣州。蘇觀生自殺，聿■被俘，絕食死。稱帝僅四十五日。
四川大西 張獻忠率領大西軍數十萬人於一六四四年初進入四川夔州，沿江而上，占領萬縣。由於河水暴漲，在此停留約三個月之久。李自成攻下北京推翻明朝後，張獻忠聞訊，即向重慶進軍。在涪州擊敗明駐軍曾英部，明四川巡撫陳士奇在重慶四十里外的銅鑼峽抵抗。大西軍擊潰明軍，占領重慶。八月，攻占成都，進駐明蜀王府。派遣大西軍將領孫可望、李定國、劉文秀、艾能奇等分取四川州縣。十一月十六日，張獻忠在成都稱皇帝，國號大西，年號大順，以成都為西京。頒行《通天曆》，鑄「大順通寶」錢行用。
大順通寶
大西國設左、右丞相、六部，分理政務，開科取士，委派地方官員。又整頓軍兵，編為一百二十營。孫可望為平東將軍，領十九營；李定國為安西將軍，領十六營；劉文秀為撫南將軍，領十五營；艾能奇為定北將軍，領二十營。四將軍所屬兵營是大西軍對外作戰的主力。四人拜張獻忠為義父，均改姓張。張獻忠親自統領老營軍兵，稱為御營。另設宿衛兵駐防。軍兵制定《禁約》，嚴明軍紀，禁止擾害地方。大西國緝拿明宗室和逃匿官員，拘押鄉紳大戶，追罰餉銀。四川各州縣地主豪紳或殺害大西官員，或組織武裝反撲。大西國嚴厲鎮壓了反抗的地主、官員，鞏固了對四川的統治。
清朝攻占北京後，即出兵追擊李自成軍和攻打南京的福王。一六四五年夏，福王政權滅亡。十月，清朝向大西頒詔招撫，說：「張獻忠如審識天時，率眾來歸，自當優加擢敘，世世子孫，永享富貴。」（《清世祖實錄》卷二十一）張獻忠置之不理。十一月，清廷派何洛會領兵進攻四川。順治三年（一六四六年）正月，又命肅親王豪格為靖遠大將軍，領兵向四川進軍。何洛會部中途與歸附唐王的農民軍作戰。豪格軍三月到達西安，五月攻占漢中。
大西驍騎營禁約碑拓本
大西國面臨著清軍的嚴重威脅。九月間，張獻忠決策，命四將軍各領兵十萬人，自成都北上迎敵。十一月，大西叛將劉進忠，自漢中引清兵入四川，偷襲大西軍。張獻忠在西充鳳凰山，突遇敵兵，中箭犧牲。
孫可望等四將軍急領兵由順慶南下，經重慶敗明曾英軍，斬曾英。渡江南下，至綦江。次年正月，進軍遵義。三月，占領貴陽。四將軍以孫可望為首，向雲南發展。
三、廣西、雲貴和福建地區的反清鬥爭
一六四五年夏，李自成被害死，南明福王敗亡，清朝贏得了第一個回合的勝利，攻占了陝西和江浙。一六四六年冬，張獻忠戰死，南明唐王敗亡，清朝又贏得了第二個回合的勝利，攻占了四川和福建的部分地區。一六四七年在廣西重建的南明桂王政權率領投依南明的原大順軍，向清朝展開了大規模的反攻。
南明的反清鬥爭 一六四六年八月唐王死後，十月，兩廣總督丁魁楚、廣西巡撫瞿式耜以及王化澄、馬吉祥、呂大器等人，在肇慶擁立桂王朱由榔監國，一個月後即位稱帝，建元永曆。清李成棟軍在十二月攻入廣州，次年正月，李成棟攻占肇慶，向桂林進軍。桂王自肇慶逃出，經過桂林，逃到武岡，急調湖南的何騰蛟率兵援救桂林。何騰蛟奉桂王詔，由長沙撤退，領兵至衡州。三月，進攻桂林的李成棟軍被瞿式耜打退。清平南大將軍孔有德等領兵，由岳州攻克長沙、湘潭，進軍衡州。六月，何騰蛟在衡州調遣諸將抵禦，只有郝搖旗、王進才率兵趕到，被清兵戰敗。幾個月中，清軍攻占了衡州、寶慶、武岡、靖州等廣大地區。桂王由武岡逃往柳州、象州，然後返回桂林。十一月，清軍進攻全州。何騰蛟重新整頓隊伍，統率郝搖旗、焦璉、趙印選、胡一青、盧鼎諸部，連營三百里，分道出擊，大敗清軍。一六四八年二月，清兵攻破全州，三月，向桂林進兵，被何騰蛟、瞿式耜打退。這時，清朝將領李成棟因不滿滿洲貴族的凌辱，在廣東叛清歸降南明。清江西總兵官金聲桓也在二月叛清附明。湖南清軍兵力空虛。五月，何騰蛟督師收復全州。何騰蛟、堵胤錫隨即在湖廣境內，對清軍發動了進攻。九月，何騰蛟親自督率張先璧、胡一青、焦璉，收復永州、衡州。王進才收復寶慶。十月，馬進忠收復常德。堵胤錫令李錦從夔州東下，在湘潭打敗清將線國安，收復湘潭、益陽、湘鄉、衡山等縣，進圍長沙。何騰蛟與堵胤錫等議定，何騰蛟等督率馬進忠等攻長沙；堵胤錫帶領李錦等攻袁州、吉安，進軍江西，聲援金聲桓抗擊清軍。十一月，李成棟自廣東南雄出兵，攻打贛州。十二月，清大同總兵官姜瓖在大同叛清，宣告歸附南明，震動了北方。
永曆帝「敕命之寶」
一六四七年至一六四八年間，清朝失去了長江以南湖廣的廣大地區。廣東和江西的漢族降將相繼反清附明，大同的附明更造成嚴重的威脅。清朝接連派出滿漢將官分領大兵出擊。
金聲桓在江西反清後，一六四八年三月，清廷即派遣固山厄真譚泰與何洛會領兵向江西進軍。五月，攻占九江、饒州。一六四九年初，清軍至南昌，金聲桓戰敗，投水自殺。李成棟領兵來援，三月，與清軍在信豐相遇，孿成棟敗死。江西州縣，又都被清軍占領。
一六四八年十二月，清廷命阿濟格領兵圍攻大同姜瓖，不下。一六四九年二月，多爾袞親自領兵征大同。三月，攻下渾源州，回師。阿濟格與尼堪、博洛等繼續圍攻大同。大同被圍困至八月，姜瓖被部下殺害，清軍征服山西。
南明進軍湖廣。一六四八年九月，清廷命濟爾哈朗為征遠大將軍，領兵征湖廣，進攻李錦部。次年正月，進攻湘潭。這時，何騰蛟前往李錦的忠貞營，途中被清軍俘擄。何騰蛟嚴厲拒絕濟爾哈朗的勸降，被清軍處死。南明失何騰蛟，軍中無帥了。李錦在茶陵，被清軍戰敗，經衡州、永郴轉移到廣西。這年秋季，長沙、衡州、辰州、寶慶、靖州、全州等地都被清軍占領。十二月，南明焦璉軍反攻全州，被清軍擊敗，清軍進占道州。
李錦退回廣西，屯駐賓州、橫州。南明桂王朝廷依靠大順軍的來歸，在反清鬥爭中一度取得勝利。但內部矛盾重重，文官武將互不合作。擁立桂王的明臣與反清歸明的李成棟部下相互猜忌，明臣對原大順軍也存有戒心，多方牽制。高一功甚至被迫宣稱，要把軍兵交兵部。何騰蛟死後，被改編的諸軍失去統帥，各自離散。劉體純、袁宗第、郝搖旗等領兵自寶慶北走常德、澧州，返回荊西。劉芳亮、劉希堯等自寧遠北走，軍兵在寧遠、宜章一帶潰散。李錦不久病死。高一功因遭疑忌，在一六五○年從慶遠往荊西。途經黔北，遭到保靖土司彭朝柱的襲擊，戰死。李錦義子李來亨率領軍兵到巴東的西山，與郝搖旗、劉體純等會師。在鄖西堅持抗清鬥爭的王光興、王光昌等與郝搖旗、李來亨等聯合抗清，號稱夔東十三家軍。桂王政權失何騰蛟，又失大順諸軍，難以自保了。
一六五○年五月，清朝加封遼東降將孔有德為定南王，領兵進攻廣西。耿仲明為靖南王，尚可喜為平南王，進攻廣東。十一月，耿仲明行至吉安，自殺。同月，尚可喜等攻入廣州，孔有德攻入嚴關。瞿式耜邀明將趙印選防守桂林，趙印選帶兵逃走。清軍攻入桂林，瞿式耜與總督張同敞被俘，囚禁四十日後被殺。桂王由肇慶逃往潯州，經南寧，輾轉到達廣西西部的瀨湍，得到貴州大西軍的接應。江西、湖南、廣東、廣西的重要城鎮，均被清軍占領。
大西在雲貴的建設 大西四將軍在一六四七年三月占領貴陽，隨即移兵進駐雲南。
當時，雲南阿迷州土司沙定洲起兵反明，攻占省城昆明。明副將龍在田（原石屏土司）敗走大理，聽說四將軍領兵至貴州，便派人請兵入滇。三月，四將軍進兵破交水（霑益舊城）、曲靖，沙定洲放棄昆明逃走。四月，四將軍占領昆明，分兵兩路攻打雲南各地。西路兵由孫可望率領，五月攻克大理，七月攻占永昌，護送自昆明逃來永昌的明黔國公沐天波返回省城，聲稱要「共扶明室，恢復江山」。（《西南紀事》卷十二）東路由李定國率領，攻克南寧（曲靖）、晉寧、通海、河西等地，進而占領阿迷、蒙自、臨安（建水）。幾個月之內，四將軍已控制了雲南除普洱、東川以外的十六個府，收納彝族兵士，軍隊發展到二十萬人。李定國搗毀了沙定洲據守的城寨，滅沙氏。
一六四八年至一六五二年春的四年時間裡，清軍集中兵力在湖廣與南明桂王作戰。大西四將軍得以在雲貴地區訓練軍兵，建立政權，進行建設。
（一）政權建設 四將軍進入雲貴時，孫可望稱平東王、李定國稱安西王、劉文秀稱撫南王、艾能奇稱定北王。他們推孫可望為主，彼此往來通稱兄弟。每公事聚會，四將軍並坐，賞罰各營將官，都由孫可望出面處理。一六四七年八月，建置四王府，又建立太廟，祭祀張獻忠。凡有大事必先告廟，然後行動。明致仕御史任僎歸附四將軍，倡議稱孫可望為國主，用於支紀年，設立六部，管理軍政大事，並建立州縣政權機構。
（二）澄清吏治 四將軍在雲南經常派人秘密查訪，對清官立即提升，對貪官嚴加懲辦。姚安知府謝儀貪贓枉法，馬上砍頭，傳示各州縣。設立登聞鼓，鼓勵人民對地方行政提出意見。不利的措施，立即廢除。
（三）減輕賦稅 明朝後期，實行一條鞭法，丁役攤入地畝，一併徵收。後來攤派愈來愈多，人民負擔沉重。四將軍在雲南實行「條編半征」法以減輕農民負擔。又把近省田地和井鹽，由原來官民對半分收改為四六分收。凡金、銀、銅、鐵礦藏，鼓勵商民開採，差官抽稅。
（四）訓練軍隊 四將軍部下有在陝西參加農民起義的戰士一萬人作為骨幹，又在雲南招募漢、彝各族人民入伍，編練新軍。兵馬三日一小操，五日一大操，進行嚴格訓練。招收各行工匠，設立什造局四所，製造兵器。兵馬給養在各州縣就地供應，兵丁每日給米一大升，家口酌量減少，馬料每日一至三升不等。兵丁每人各給一袍，沒有家口的還給鞋襪各一雙，大帽一頂。軍隊紀律嚴明，規定：一不殺人，二不放火，三不姦淫，四不宰耕牛，五不搶財貨。得到人民的擁護。
大西軍人家口住在雲南，都與當地農民一起參加生產，縫製軍服。當時人稱讚說：「其俗，兵不擾民，將不欺士。崇尚禮義，視民如子。往來有體，安置有方。」（《永曆紀事》）大西行政，「事尚苟簡，文案不繁，官絕貪污饋送之弊，民無盜賊掠奪之端」（《滇南紀略》），人民稱便。
早在一六四八年，李定國便對孫可望建策說：「闖（李自成）獻（張獻忠）二帝，辛苦二十年，蹂躪遍天下，至今身死業隳，究無寸土；而清人坐享漁人之利，甚可悲也。」「今摯滇、黔、蜀歸就明室，誠心輔佐，恢復舊京，盪清海內，則半生流賊之恥辱可雪，將來竹帛之垂名可圖也。」（《晉王李定國列傳》）這個建議，得到劉文秀等的支持。孫可望於一六四九年四月即曾派人與桂王政權聯繫。一六五○年十一月，清兵攻陷桂林。一六五一年桂王逃至南寧，同年十二月，又逃至瀨湍。次年正月，孫可望派兵接應，護送到貴州安隆。大西軍接受南明永曆年號，舉起了復明抗清的旗幟。
四將軍北伐 四將軍在雲貴經過幾年的準備，於一六五二年三月，出師北伐，向清朝發動了大規模的進攻。大軍分兩路進兵，一路由劉文秀、王復臣率領馬步兵六萬，向四川出兵，直指關中。一路由李定國、馮雙禮率領馬步兵八萬出師湖廣，向全州、桂林進軍。孫可望移駐貴州，指揮全軍（艾能奇已病死）。
劉文秀率領的一路，入川攻破重慶，占領成都。清朝急調吳三桂領兵入川。吳三桂自一六四八年即受命與清定西將軍李國翰駐守漢中。七月，吳三桂與李國翰出兵奪取重慶，攻打成都。劉文秀領兵走，與王復臣領彝漢兵，攻打敘府（敘州）。吳三桂領兵來援。王復臣命步兵左右夾攻，驅大象直衝清軍。象吼馬驚，清軍大敗，退守保寧。劉文秀乘勝追擊，至保寧城東北列陣。不聽王復臣勸說，不等援兵到來，即匆忙攻城，被清兵戰敗。王復臣戰死，劉文秀敗退。吳三桂不敢追擊，對人說：「生平未見如此勁敵。」孫可望罷免劉文秀，命駐雲南。另派耿三品領兵鎮守嘉定。四川一路未能取得進展。
李定國、馮雙禮率領的北伐軍，五月占領武岡。清寶慶守將逃走，李定國軍進而攻克全州，大敗清兵。駐守廣西的清軍孔有德部三次出兵迎戰，都不能阻止李定國前進。六月二十九日，孔有德親自領兵到嚴關，與李定國決戰。李定國指揮部隊進攻，驅大象突擊，清兵潰敗，孔有德逃回桂林。李定國領兵急速追擊，七月初二日一舉攻破桂林，孔有德兵敗自殺。李定國分兵攻占平樂、梧州等地。南明將官趙印選、胡一青、馬寶等和左右兩江人民紛紛響應，十幾天裡，就收復了廣西全省。八月，李定國北代湖南，取衡州，派馬寶東攻陽山、連州，曹志建舊部收復臨武。馮雙禮、馬進忠北攻長沙，別部出寧鄉，收復常德。十月，馬進忠趨岳州，分兵攻克江西永新、安福、永寧、龍泉，包圍吉安。李定國出師七個月，攻克十六府、三十二州縣，收復土地近三千里，取得重大的勝利。
清朝任命尼堪為定遠大將軍，領兵十萬，進軍湖廣。李定國命令馮雙禮退出長沙，伏兵白杲市，誘清軍渡湘江、過衡山後，再繞出敵後，跟蹤前進。預定李定國在蒸水拒敵，與馮雙禮、馬進忠前後夾擊，殲滅清軍。清軍進攻衡州，李定國退走。尼堪親自率兵追擊，十一月二十四日李定國埋伏的部隊，突然出擊，尼堪敗死。
桂林與衡州之戰，李定國連獲全勝。清朝連喪孔有德、尼堪兩員大將，為入關以來所未有。這時，孫可望忌李定國功高難制，密令馮雙禮退寶慶，馬進忠不知底細，也跟著西去。李定國被迫退守武岡。
清軍連遭挫敗，一六五三年初，任命貝勒吞齊為定遠大將軍，統率尼堪遺留的軍兵，據守湖南。又調安西將軍阿爾津為定南將軍，由漢中到湖南協同作戰。任命固山厄真陳泰為寧南靖寇大將軍，鎮守荊州。任命駐防江寧的喀喀木為靖南將軍，到廣東協同尚可喜部駐防。吳三桂、李國翰還守漢中。五月，又任命大學士洪承疇（一六四八年自江南還京師，本年為內翰林弘文院大學士）經略湖廣、兩廣、雲貴地方，駐守長沙，居中調度。他在十一月報告說：「滿洲援剿官兵，豈能久留？將來有恢復州縣，何以分守？兵至則賊退，兵去則賊複合。彼逸我勞，甚犯兵家之忌。」（《清世祖實錄》卷七十九）因此，他主張進兵要安全慎重，不急求事功，而用力於「招撫」。
清兵不敢輕易南下，孫可望、李定國等據有雲貴、廣西和湖廣、四川的部分地區，與清朝對峙。
李定國的抗清鬥爭 孫可望、李定國等所取得的勝利局面，隨即由於自相殘殺而逐漸瓦解。
大西軍在取得勝利的時刻，重又走上了大順軍的老路，將領之間，日漸不和。孫可望被推為主，嫉李定國功高勢大。孫、李之間，矛盾日深。南明桂王屬下的明臣，乘機從中離間。桂王扈從總兵鄧凱稱讚他們是「離間逆黨，奮發忠義於臨時。」（《求野錄》）南明官員對農民軍的敵視和破壞，加深了內部的衝突。一六五三年二月，孫可望領兵至沅州，邀李定國前來議事。劉文秀派人密告李定國，孫可望有意加害，李定國拒不來會，寫信給孫可望說：「今雖大局稍有轉機，而敵勢方張，成敗尚未逆睹，正吾儕同心協力，共策復興之秋，不宜妄聽讒言，自相殘害，以敗壞國家。」（《晉王李定國列傳》）領兵自湖南退入廣西，向廣東進取。清軍乘機占領了湖南的一些州縣。李定國攻打肇慶，進圍桂林，不下。八月，駐軍柳州。一六五四年，自柳州出兵，攻破廣東高州、廉州、雷州，圍攻新會。清廣東守將尚可喜向清廷告急。清朝派遣靖南將軍朱瑪唎從江西來援，李定國大敗。一六五五年春，退守南寧。
南明桂王空無實力，只是大西軍復明抗清的一面旗幟。明臣馬吉翔向孫可望建策，迫令桂王禪讓，由孫可望稱帝。桂王大學士吳貞毓得知後，請桂王自安隆急詔李定國領兵入衛。孫可望立斬吳貞毓等明臣十八人，一六五六年初，命劉文秀去安隆，迎桂王來貴州。三月，李定國領兵至安隆，劉文秀轉而依附李定國，同送桂王去雲南，駐在昆明的沐天波迎桂王入昆明。桂王加封李定國為晉王，劉文秀為蜀王。李定國派部將白文選去貴州，往見孫可望講和，被孫可望扣留。孫、李的矛盾不可調和了。
一六五七年七月，孫可望起兵反桂王。領兵十四萬進攻雲南，李定國在曲靖迎擊。白文選單騎來見，說已與孫部諸將密約，臨陣倒戈。九月，李定國派騎兵五千攻打孫部馬惟興營。馬惟興部與李定國合兵攻孫可望，臨陣大呼：「迎晉王！迎晉王！」孫可望軍潰敗。十月，孫可望去長沙見洪承疇，叛變降清，並向清朝獻策進攻雲貴。
一六五八年三月，清朝派貝子洛託為寧遠綏寇大將軍，會同洪承疇從湖南進兵。吳三桂、李國翰進兵四川。卓布泰、線國安從廣西進兵。
四月間，孫可望舊部王自奇、關有才、張明志等在永昌起兵反南明。李定國親自率兵平定，因而不及增援貴州，給清軍造成了進攻的機會。七月，三路清軍都進入貴州。九月，清朝派信郡王鐸尼到貴州統率清兵，議定：鐸尼自貴陽取道關嶺為中路；吳三桂自遵義取水西為北路；卓布泰自永順取黃草壩為南路；洪承疇、洛託駐守貴陽。十月，李定國派馮雙禮守雞公背，阻擊中路清軍；派張先璧守黃草壩，阻擊南路清軍；派白文選守七星關，牽制北路清軍。十一月，李定國率兵三萬到南路增援，與清軍在羅炎、涼水井（今冊亨西）大戰，先勝後敗。前線傳聞孫可望扈衛康國臣充當清軍前導，軍內孫可望舊部猜疑不安，全線動搖，被清軍打敗，損失很大。馮雙禮、白文選、張先璧諸軍也先後戰敗。十二月十三日，李定國退回昆明。
李定國全線潰敗，急商對策。這時，劉文秀已病死，遺書建策入蜀與夔東十三家聯合。李定國主張走廣南，沐天波等則主張逃奔滇西。十二月十五日，李定國擁桂王撤離昆明，向滇西逃走。
清軍跟蹤追擊。吳三桂軍攻陷永昌，編筏渡過潞江。李定國設伏於磨盤山，吳三桂渡江上山，將入伏中。明大理寺少卿盧桂生，從李定國軍中逃出，向清軍投降告密，清軍前部已入二伏。吳三桂立即下令，騎兵下馬，發炮攻擊伏兵。李定國率伏兵力戰，自卯至午，短刀相殺，清固山厄真沙里布陣亡，清軍敗退。李定國的大將竇明望、王國璽也英勇犧牲。李定國在打擊了清軍後，便到騰越整頓部隊，轉成滇緬邊境，桂王逃往緬甸。
一六六○年四月，吳三桂上「三患二難」疏，請清朝出兵消滅桂王，以杜後患。一六六一年，清軍進入緬甸，緬甸獻出桂王。李定國出兵截擊，失敗，六月二十七日死於勐臘，時年四十二歲。次年，吳三桂在昆明殺桂王。
鄭成功、張煌言的抗清鬥爭 桂王、李定國敗後，據守福建地區的鄭成功、張煌言等又在一六五九年，發動了進軍長江的戰鬥，形成又一次的抗清鬥爭，也是最後一次高潮。
一六四六年清軍進攻浙東，魯王政權的方國安逃跑後，魯王由張名振等扈從，被鄭彩接到中左所（廈門），轉至長垣。次年，鄭彩、鄭聯兄弟出兵反清，先後攻占福建的建寧、邵武、興化三府，福寧一州，漳浦、海澄等二十七縣，溫、台一帶沿海人民響應，聲勢很大。鄭彩奉魯王，仍用監國紀年。一六四八年，清朝調兩廣、江浙兵，三路進攻，福建州縣多被占領。魯王大學士錢肅樂死。九月，張名振等占領舟山，接魯王來住。一六五一年七月，清將張天祿出崇安分水關，馬進寶出台州海門，閩浙總督陳錦全軍出定海，分路進攻舟山。張名振擁魯王帶領戰船攻吳淞，留守大學士張肯堂領兵六千守舟山。八月，清軍趁著霧天進螺頭門（即蛟門，亦名定關），安洋將軍劉世勛、左都督張名揚率領精兵五百，義勇數千，在舟山背城奮戰，互有傷亡。城中火藥用完，中軍金允彥、主事邱元吉跳城，投降清軍。清軍全力攻破城防，張肯堂全家二十餘人，壯烈犧牲。事後，攻城的清兵說：「我軍南下，江陰、涇縣、舟山三城，最不易攻。」張名振聞訊，回師救援，舟山已經陷落，便與兵部侍郎張煌言扈從魯王前往廈門。
廈門這時由鄭芝龍子鄭成功（原名森）駐守。
一六四六年鄭芝龍降清時，二十四歲的鄭成功與鄭芝龍斷絕父子關係，宣言「背父救國」。與陳輝、張進等九十餘人，乘船往南澳（廣東南澳縣）地方，得到沿海人民群眾的支持，組成九千人的隊伍，奉唐王隆武年號抗清。一六四七年到鼓浪嶼，與鄭鴻逵（芝龍弟）部聯合進攻泉州、同安、漳浦等地，連續襲擊閩粵沿海州縣。一六五○年圍攻潮州，不下，返回廈門，合併了從兄鄭彩、鄭聯的隊伍，自稱招討大將軍。
張名振、張煌言擁魯王到廈門。張煌言對鄭成功說：「招討（鄭成功）始終為唐，真純臣也！」鄭成功回答說，「侍郎（張煌言）始終為魯，豈與吾異趨哉？」（《鮚埼亭集》卷九）鄭成功與二張消除唐、魯二王之間的舊隙，相互推重，真誠合作，集中力量反攻長江兩岸。
一六五二年二月，鄭成功攻海澄，清浙閩總督陳錦率兵來援，被鄭成功打敗，逃回泉州。三月，鄭成功攻詔安、南靖、平和，遂圍困漳州。清金衢總兵馬進寶帶兵救授，鄭成功縱之入城，增加圍城兵力近二十萬人，圍困漳州達八個月之久。陳錦領兵增援，受到鄭成功部隊的阻擊，頓兵漳州灌口不能前進。家丁庫成棟刺殺陳錦，把他的首級送給鄭成功，福建的清朝文武官員驚慌失措。十月，清朝駐防浙江的固山厄真金礪，率領援軍來漳州解圍，鄭成功退守海澄。一六五二年冬，張煌言秘密回到吳淞、天台，聯絡各地抗清鬥爭力量。一六五三年春，張名振帶兵進入長江，鄭成功派陳輝等領兵二萬，進屯崇明，攻破鎮江，登金山，遙望石頭城（南京），拜祭明孝陵。原來長江上游約定響應的抗清義師，沒有動靜，遂退兵到崇明的平陽沙。十二月，崇明清兵萬人，乘凍涉江來攻，張名振、張煌言親自領兵左右衝擊，全殲來犯的清軍。
順治十一年（一六五四年）正月，長江上游有人送來願為內應的臘書，張名振、張煌言與陳輝等會合，率海船數百艘，再進長江，攻瓜州、儀真，一直到燕子磯（南京江邊），等待上游消息。四月，還沒有動靜，便率水師東下，進攻崇明。鄭成功派陳六御、程應蕃增援，復進鎮江，焚毀小閘，到儀真燒糧船六百隻，獲得船隻達五百艘。張名振帶砂船六十隻，泛海到登萊，遠及朝鮮沿海。這三次進軍長江，在江浙地區影響很大，有不少人參加抗清鬥爭。原福王政權中的誠意伯劉孔昭，也跟隨張名振、張煌言進長江作戰。當時有人反對這件事，張煌言解釋說：「孔昭之罪與馬、阮等，然馬、阮再賣浙東，而孔昭以操江親兵，棲遲海上者蓋累年矣。則其心尚有可原。」（《鮚埼亭集》卷九）一六五五年，鄭成功推張名振為元帥，陳輝、洪旭、陳六御為副，率領二十四鎮兵，再進長江。清朝寧波守將張洪德、舟山鎮將巴臣功、台州副將馬信等先後投降。不幸張名振中途病逝，第四次進軍長江的計劃，又未能實現。
鄭成功曾被唐王賜國姓朱，因而又被人稱為「國姓爺」。他始終以忠於明室，復興明室為職志。改廈門為思明州，依明制設立六部分管政務。一六五五年，魯王去監國稱號，次年移居南澳。桂王被李定國迎入雲南，魯王向桂王上表稱臣。鄭成功自一六五○年即與李定國互通聲息，接受桂王的號令，配合作戰。一六五八年，桂王加封鄭成功為延平郡王，張煌言為兵部左侍郎。清軍進攻雲貴，鄭成功與張煌言大舉出兵，展開了向長江地區的第五次進攻。一六五八年秋季，鄭成功、張煌言率領大兵十七萬，其中五萬人習水戰，五萬人習騎射，五萬人習步擊，以萬人往來策應，萬人為「鐵人」。「鐵人」披鐵甲，聳立陣前，專砍馬足，最為精銳。大軍到浙江，攻克樂清、寧海等地，在羊山遇到颱風，損失巨艦百餘艘，漂沒戰士八千餘人，鄭成功、張煌言被迫撤回廈門。
桂王、李定國敗後，一六五九年五月，鄭成功、張煌言進軍長江，再次發動對清軍的進攻。當月，攻克瓜州、鎮江。六月二十二日到達江寧，從儀鳳門登陸，在岳廟山屯營。張煌言建議說：「師久易生他變，宜分兵襲取句容、丹陽等城。」鄭成功未能採納這個正確意見。七月初五日，蕪湖降書至，鄭成功命張煌言帶兵控制上游，防備江楚援兵。張煌言審度形勢，分兵出擊。一軍出溧陽，攻廣德；一軍鎮守池州，截斷上游援軍；一軍攻和州，保衛採石；一軍入寧國，攻徽州。他傳檄大江南北，各地人民響應，清官歸降，一舉收服了太平、寧國、池州、徽州等四府、三州、二十二縣。張煌言考察官吏，安撫地方，一時各地人士都到軍門接受指示，參加抗清鬥爭，江南震動。
鄭成功在江寧城下看到的情況是：巡撫以下官員都要逃走，松江水師提督馬逢知已經送到降書，總督郎廷佐也來信接洽投降，其實是緩兵之計。鄭成功臨陣輕敵，誤認為大局已定，江寧旦夕可下，不攻城，不打援，八十三營大軍牽連立屯，警戒不嚴。清廷此刻則如臨大敵，順治帝甚至準備領兵親征。清廷命令自貴州回京路過江寧的軍隊進入江寧城內，增強作戰力量。一六六○年六月二十三日，清軍騎兵出擊，攻破鄭成功的前屯余新營。次日黎明，清軍傾城出擊，鄭成功已命令部隊離營，屯紮山上，擺設挨牌、火炮，列陣迎敵。清軍來攻，鄭成功退卻，大將甘輝被俘犧牲。鄭成功撤走鎮江等地駐軍，從長江出海。
張煌言得知鄭成功出海，清總督郎廷佐已派水師截斷長江，便決定進軍鄱陽湖，號召江楚人民進行抗清鬥爭。八月初七日，船到銅陵，被清援軍打敗。抗清義士魏耕請赴英霍山寨，張煌言焚舟登陸，率軍數百人前進。不久，被清軍衝散，張煌言與一卒一童，從建德、祁門亂山間，經休寧、嚴陵、東陽、義烏，出天台，到達浙東海濱，招集散亡，在台州沿海的小島上暫駐。次年春初，回到臨門。
鄭成功在十六年中六次進軍失敗，東南沿海州縣，屢得屢失。江寧敗歸，更加自感難於發展。台灣通事何斌建議東取台灣，說：台灣沃野千里，可以立國。張煌言在臨門寫信勸阻，說「軍有寸進而無尺退。今入台則兩島（金門、廈門）將來恐並不可守，是孤天下人之望也。」（《鮚埼亭集》卷九）鄭成功不聽。一六六一年三月，留子鄭經守廈門，親率大軍三萬乘海船百艘，進取台灣。
明朝在台灣設有巡檢所統轄，駐兵澎湖。萬曆、天啟以來，福建即有大批居民移住台灣。一六二四年，荷蘭海盜殖民者竊據台灣西南的海港鹿耳門。次年，又侵入台南修建赤嵌城（今台南）。一六二九年（崇禎二年），福建大旱。鄭芝龍招集流民數萬人去台灣墾荒，收取租賦（《鹿樵紀聞》、黃宗羲《行朝錄》）。這時，台北的雞籠（基隆）等地，被來自呂宋的西班牙海盜所占據。一六四二年（崇禎十五年），荷蘭殖民者又從西班牙殖民者手中，奪取了雞籠和淡水，對居民進行殘暴的掠奪。一六六一年四月，鄭成功軍經澎湖，到達鹿耳門，得到當地人民的支持，順利擊敗荷蘭殖民者，進而攻占赤嵌。荷蘭殖民者以揆一為首，據守王城（台灣城，今安平），鄭成功軍圍攻九個月。十二月十一日，揆一投降。鄭成功放揆一回國，逐走荷蘭殖民者，收回台灣全部領土，改稱台灣城為東都，設一府二縣。次年五月，鄭成功在台灣病死，年三十九歲。子鄭經自廈門去台灣，繼承鄭氏的統治。張煌言繼續在臨門堅持抗清。魯王寄居金門島上。