中國通史（第八冊） · 第四節朝政的昏亂與人民的反抗
（一）皇室靡費與礦稅剝奪
一、皇室的靡費
神宗萬曆時期，商品經濟呈現空前的發展。皇室的靡費也達到驚人的地步。萬曆初年，已有人指責宮闈用度汰侈。一五八三年，御史孟一脈上疏指出：「數年以來，御用不給，今日取之光祿，明日取之太僕。浮梁之磁，南海之珠，玩好之奇，器用之巧，日新月異。遇聖節則有壽服，元宵則有燈服，端陽則有五毒吉服，年例則有歲進龍服。以至覃恩錫賚，大小畢霑；謁陵犒賜，耗費鉅萬。」（《明史?孟一脈傳》）神宗親政以後，獨攬大權，怠於政事而耽於享樂，日益揮霍侈靡，不知遏止。
御膳開支--嘉靖末年，皇帝曾削減日常膳食費用，光祿寺開支減至每年銀十七萬兩，比額設銀二十四萬兩節約七萬兩。神宗即位之初的二、三年間，曾節縮至歲用十三、四萬。但不久之後，光祿寺開支就歲增至二十六、七萬，較初年增加近一倍。一六○四年十二月光祿寺卿王守素奏報寺帑殫竭，神宗令借戶部銀三萬兩，太僕寺銀二萬兩。一六○九年五月巡視光祿寺給事中韓光祐奏報，應支給光祿寺各行戶的價銀，自上年十一月到今，欠至二萬七千未給。一六一一年，光祿寺一年所費，高達二十九萬餘兩。
金珠珍寶--雲南貢金始於嘉靖初年，每年一千兩，嘉靖十三年增定為每年貢金二千兩，萬曆時再加三千兩，總數高達五千兩。雲南產金甚少，貢金須向川陝購辦，金一兩幾費銀十兩。地方官員屢次請求減少貢額，神宗總藉口「系年例成造各項典禮及各節宮分錢糧所需」，不予減少。神宗宮廷大量召買珍珠寶石，一五八七年南京工科給事中孫世禎等人上疏說，此前收買金珠寶石，已用銀十九萬有奇。一五九八年，吏科給事中吳文燦上疏說：「買珠之價，動至四十萬，及戶部執奏，僅姑緩進其半，而尤嚴續進之旨，非所以明儉德也。」（《神宗實錄》卷三二四）一五九九年，由於皇室召買珠寶數字太多，北京市場買多賣少，商人乘機抬價。戶部急於上供，只好加價購買，比舊價增至五、六倍，以至二十倍。
雜物召買--明朝宮廷設有許多內庫，專受四方土貢，以供宮廷絲、綿、香、蠟、銅、錫、油、漆等各種物料需求。這些土貢，歲有定數。萬曆以前，或有召買，數亦不多。萬曆時，召買各種物料空前增多。僅萬曆元年至十三年，召買用銀即達七十多萬兩。此後，召買數量仍舊很大，臣下或有勸諫，往往被斥。
典禮靡費--神宗時宮中舉行婚、喪、冊封等各種典禮，都要耗費大量資財。一五八二年，為準備神宗同母弟潞王翊鏐的婚禮，內監款開各色金三千八百六十九兩，青紅寶石八千七百塊，各樣珍珠八萬五千餘顆，珊瑚珍珠二萬四千八百餘顆。戶部官員要求裁減，神宗不准。這次婚禮辦完，用銀多至八萬八千多兩。一五八五年，神宗同母妹瑞安公主婚禮，內監索用各色金至二千三百餘兩，珠寶稱是。世宗嘉靖時，公主下嫁索用不過三百兩，這次超出七、八倍。戶部奏請裁減，神宗僅准減三分之一。一五九五年，長公主婚禮，用銀至十二萬兩。一六○四年，神宗第三子福王常洵婚禮用費三十餘萬兩，為前此所未見。一六○八年，七公主下嫁，內監宣索至數十萬，戶部尚書趙世卿引故事力爭，詔減三分之一，趙世卿再爭，說：「陛下大婚只七萬，長公主下嫁只十二萬，乞陛下再裁損，一仿長公主例。」神宗不得已詔准。
宮廷典禮和常賜，需用大量高等織品，例由各地「上供」，取之於民。一五九四年，應天巡撫朱鴻謨上疏說：「織造一事，凡二十年於茲，袍服之進於上供者，何翅數萬，而料價之取辦於窮民者，又何翅百萬！」（《神宗實錄》卷二八○）兩年後，內閣大學士趙志皋等也上言：「段匹器用，皆上供所需，豈能一概減省？但近年增派數目日多一日，費至鉅萬。」（《神宗實錄》卷二九五）蘇州地區的絲織品、陝西羊絨袍服和山西潞綢歷年增派較多，情況如下：蘇杭地區的絲織品自一五七六年神宗結婚增派一次。一五八一年，又增派一次，數量約為十五萬套匹。至一五九九年，前數將完，又派四萬一千九百餘疋。一六○四年復傳補二萬六千餘疋。一六一○年，即將完供，內織染局僉書楊進昇又題織上用龍袍、紵絲、紗羅等四萬套疋。工科給事中馬從龍、工部侍郎劉元霖及大學士葉向高等相繼建言停止或減額，神宗准於新派四萬疋中減三分之一，但又詔令「其餘並先年傳織未完者，都著陸續接織，分運解進，不得違誤」。（《神宗實錄》卷四七五）陝西羊絨袍服的增派，自一五九五年令陝西織造羊絨袍服七萬四千七百匹有奇，估價一百六十餘萬兩，規定每歲解進一運，以四千匹為率。一六○一年七月，令陝西羊絨袍服另織新樣，但一年解進四千匹之額不改。次年七月，工部尚書姚繼可奏稱：已解絨服等物，充斥內庫，積久易蛀，不無可惜，陝西累年土瘠民貧，民不堪命，請求將陝西織造羊絨袍服之事暫予停止。神宗敕：姑准織進三千疋，以示寬省民力。一六○六年二月，李太后加上徽號，神宗又敕陝西進貢的羊絨袍服「今於每歲再減一千疋，以甦民困」。（《神宗實錄》卷四一八）山西潞綢之坐派始於一五七五年，數量為二千八百四十疋，用銀一萬九千三百三十四兩。一五八二年，再派四千七百三十疋、用銀二萬四千六百七十餘兩。神宗親政後，於一五八七年派二千四百三十疋，用銀一萬二千餘兩；一五九○年，又派五千疋，用銀二萬八千六十兩。時萬曆十五年所派者尚有一千六百餘疋未曾織解。這次增派，曾有工部尚書石星、工科都給事中張養蒙等人反對，但未被採納。一五九五年十月，工部請停罷山西應解潞，以寬民力，神宗仍不允。一五九七年九月，並因織造違式違限，將山西撫按等奪俸半年，潞安知府等降一級。
供應皇室消費的「燒造」，以江西瓷器的上供最為煩重。一五八二年秋七月，令江西饒州造瓷器九萬六千六百多件。不僅數量巨大，而且多為無益之器或不急之物。一五八四年三月，工科都給事中王敬民極言磁器燒造之苦，與玲瓏奇巧之難。得旨：將其中的燭台、屏風、筆管等減半燒造。一五八五年四月，又因御史鄧鍊等的請求，燒造難成的屏風、燭台、棋盤、花瓶、新樣大缸等，已造成者采進，未造者可停止。後來，江西巡撫陳有年等再加請求，神宗勉強同意再次減輕了一些江西的燒造。一五九一年，神宗又派江西燒造磁器十五萬九千餘件，續派八萬餘件。後來才逐漸有所減輕。
山西潞安自嘉靖年間開始坐派砂器，一五六○年（嘉靖三十九年）為五千個，次年為一萬五千個。一五九○年（萬曆十八年）繼續坐派一萬五千個。砂器一萬五千並備余器，價值不過銀一百一十餘兩。但這一萬多個砂器運往京城，規定要用紅櫃裝封，銅鎖鑰，黃繩扛，需費銀二百餘兩；用夫一千三百名，費銀一千八百餘兩；打點使用費銀二百五十餘兩，以上幾項合起來，共用銀二千三百六十七兩九錢。此外，裝在紅櫃中的砂器還須用淨綿塞墊。潞安不出綿花，要到外地採買，費銀近二百兩，加上打點使用三百五十餘兩。一萬多件砂器運往京城共需運載費銀二千八百三十三兩六錢，比砂器本身的價格高出近三十倍。
隨著宮廷生活的侈靡，宮中宦官、匠役等供役使的人員也日益增多。穆宗隆慶元年（一五六七年），曾規定內宦監局的匠役額數為一萬五千八百八十四人，一五六九年更減少為一萬三千三百六十七人。萬曆十四年（一五八六年）三月，有人指出，當時諸監局之匠役，不下一萬六千四百，至於內廷的宦官也增至萬餘人。一次收用的新宦官即超過千人。一五八八年十一月，命選收淨身男子二千人；一六○一年四月竟連收兩次，第一次收用淨身男子三千名，第二次添收一千五百名。這時的宦官還不得干預朝政，但從宮廷的靡費中卻可以中飽私囊。一六○○年三月工部尚書楊一魁揭發，景陵「插補桃梅，所需不過（銀）千數上下，而內官監揭開物料數內，約費二萬有奇，夫匠工食之費猶不與焉」。（《神宗實錄》卷六四五）一六一二年，工科給事中馬從龍奏稱：「臣每見朝廷有重大典禮，中人群小視為金穴，實用百無一、二，余盡耗蠹於若輩之手。」（《神宗實錄》卷四九二）內廷宦官成為宮廷內部的一大貪污集團，皇室的靡費，更加難以節制了。
二、礦監稅使的掠奪
宮廷侈靡過度，耗費日增。明初，宮廷年入稅銀一百萬兩，漸不敷用。一五七八年，神宗結婚，命戶部太倉庫增送銀二十萬兩輸內庫。此後，每年依例命太倉庫進上。戶部因原無額派，不得不挪移他項錢糧，屢請除免，不得獲准。直到一六○九年，因閣臣力爭，才被取消。此外，神宗還不時向戶部索取國帑，移作宮廷用度，時稱「傳索帑金」。一五八四年，因內庫缺乏，取太倉銀十五萬兩，一五八七年又取二十萬兩。邊賞首功例由內庫支領，神宗改為萬兩以上的賞銀，由太僕寺馬價銀內發給。此外，一五八四年還曾直接取太僕寺馬價銀十萬兩，進供內廷。光祿寺因前朝節縮，曾有積儲。神宗不時傳索，前後共傳進宮銀達一百一十萬兩。神宗不時傳索帑金，不能不受到內閣和戶部的抵制，但仍不能滿足日益奢侈的需求。
一五九二年平寧夏哱拜之戰，耗費帑金二百餘萬兩。朝鮮之戰，先後八年，耗帑七百餘萬兩。龐大的軍費開支，使國庫枯竭，難以再負擔皇室的消費。一五九六年三月，坤寧宮起火。延及乾清宮，兩宮俱焚。次年六月，皇極、中極、建極三殿又遭火災，三殿及周圍廊房，都被燒毀。重建宮殿，需要巨大的費用，於是成為神宗搜刮財富的理由。自一五九六年以來的三年間，神宗遂以連年征討，庫藏匱竭，殿工財用，不忍加派小民為由，陸續派出大批內廷宦官，以「礦監」和「稅使」的名義，展開了全國範圍的大掠奪。
礦監由皇帝特派赴各地督領金銀礦的開採，稅使則奉皇帝特旨徵收各地各行業的商稅。礦監與稅使均由宦官充任，因而又泛稱為內使或中使。有些礦監也兼為稅使。搜括所得可直接進奉內廷，供皇帝和皇室消費。
世宗嘉靖時，各地礦冶曾廣泛開採。穆宗隆慶時，因防暴亂，曾在京畿地區禁止開礦。神宗派出礦監，始於一五九六年。這年六月，「府軍前衛千戶仲春等奏開採以濟大工」，七月二十日，神宗差承運庫太監王虎同戶部郎中戴紹科錦衣衛僉書張懋忠於真保薊永等處開採樣砂進覽」。（《神宗實錄》卷二九九）此後，中使四出，礦監遍及各地。京畿附近之昌平、真、保、薊、永、房山、蔚州、昌黎，河南之開封、彰德、衛輝、懷慶、葉縣、信陽，山東之濟南、青州、濟寧、沂州、滕、費、蓬萊、福山、棲霞、招遠、文登，山西之太原、平陽、潞安，南直隸之寧國、池州，湖廣之德安，浙江之杭、嚴、金、衢、孝豐、諸暨，陝西之西安，以至四川、遼東、廣東、廣西、江西、福建、雲南等地。三年之間，礦監幾乎遍於全國。
礦監督領開礦，一般是只督百姓自行採取，不得支費公帑，地方上的撫按調兵防護。礦夫多是招集熟慣採取的盜礦的居民。開採之費全由富戶供辦，約定開採後償還。礦頭擇富民擔任。開礦所得，一般規定官民均分，以一半歸礦監為代表的官方，另一半與民，作為開鑿運送之費。也有「官四民六」，各地略有不同。由於報礦者對礦情多不明了，開採的礦洞，多屬貧礦，加以開採技術不高，開採後常常是得不償失，甚至全無所得。一些地方的礦監於是推行包礦法，把開礦收入改為由民間坐數納銀，或令富戶包賠，或納入一條鞭稅額科派平民，甚至括取地方庫銀充作礦利代解。包賠礦銀並經神宗敕准。《神宗實錄》載：萬曆三十一年（一六○三年）七月，准易州、阜平等十一州縣派包礦銀一千七百兩，說是「以示朝廷慮恤畿輔地方之德意」。一六○五年八月，准南直隸等處礦務銀兩聽該府州包納解進。如果說解除礦禁，多少有利於礦冶業的發展，那麼，包礦制的實行則變成以採礦為名的巧取豪奪。富戶至於平民，都憑空增加了科派的稅銀負擔。
稅使（又稱稅監）的派遣也始於一五九六年。這年十月命宦官張曄赴通州張家灣徵稅，又命宦官王朝用督征天津店租。此後稅使四出，由督征變為自征。《明史?食貨志》所記派出稅使之地，自京畿的密雲、蘆溝橋，南直隸的京口、蘇州，以至山東、山西、河南、陝西、四川、浙江、廣東、廣西各省的通都大邑和關津要道。稅使所到之處，水陸行數十里，即樹旗建廠收稅，形成商品轉運過程中的重複徵稅。一六○一年五月巡按劉曰梧上疏指陳南直隸長江沿岸的狀況說：「以臣所屬，上有湖口，中有蕪湖，下有儀揚。舊設有部臣，新設有稅監，亦云密矣。湖口不二百里為安慶，安慶不百里為池口，池口不百里為荻港，荻港不百里為蕪湖，蕪湖不數十里為採石，採石不百里為金陵，金陵不數十里為瓜埠，瓜埠不數十里為儀真，處處收稅。長江順流揚帆，日可三、四百里，今三、四百裡間五、六委官攔江把截，是一日而經五、六稅地，謂非重征迭稅可乎？」（《神宗實錄》卷三五九）稅使不僅攔路把守，重征迭稅，並且巧立「土商」名目，窮鄉僻塢，米鹽雞豕，都要輸稅。順天府所屬各州縣，增立「過路」、「落地」兩種名目的稅銀。寶坻產銀魚，進貢朝廷。一六○○年起稅使宦官又征其魚稅。隨後鄰縣武清等縣不產魚之處，也征取魚稅。宣府地區因增加稅收，商販漸少。稅使責令僉報行戶，包收定額的稅銀交納。據說被僉的行戶，「大者破產，小者傾囊」。
礦監與稅使的上述種種，還只是限於強征利稅的範圍。事實上，他們因是皇帝特命，得以專敕行事，往往糾集各地無賴作參隨，任意敲詐勒索。如一六○一年五月，吏部尚書李戴上疏說貂璫（惡宦）奉使四出，指某人屋下有礦，這家就立即破產，指某人漏稅，立刻就要傾家。《明史?食貨志》論述說：稅使「視商賈懦者肆為攘奪，沒其全貲，負戴行李，亦被搜索」，礦監遇「富家鉅族則誣以盜礦，良田美宅則指以為下有礦脈，率役圍捕，辱及婦女，甚至斷人手足投之江，其酷虐如此」。太監陳增的參隨徽州人程守川因自己捐銀助建宮殿，被授給中書舍人官銜。自稱「欽差總理山東直隸礦稅事務」，勘究江淮不法大戶及私藏珍寶之家。出巡太平、安慶等府，許人不時告密問理。所到之處，會地方無賴匿名告發某人「富而違法」，某人「家藏珍寶」。被告發者即被枷鎖示眾或置於水牢，施以酷刑，只好獻金乞命。多則萬金，少亦不下數千。據統計，僅揚州、儀真地區被毒刑抄產者即有百餘家。礦監甚至以採礦為名，盜掘古墓，攫取財寶。礦監稅使在各地搜括所得，逐年進奉給宮廷內庫，供皇室消費。明人文秉著《定陵注略》，在「內庫進奉」卷內，按年月記錄了礦監稅使進奉內廷的金銀和珍寶狀況。一五九七年，進銀不足萬兩。礦監稅使陸續派出後，一五九九年進銀將近二十五萬兩，金七百七十五兩。一六○一年進銀超過百萬兩。此後歷年多少不同，多者逾百萬，少者七十餘萬，最少的一年也近五十萬兩。《定陵注略》所記自一五九七年至一六○六年十年間進奉內廷的白銀共計五百六十九萬兩，黃金一萬二千四百餘兩。明《神宗實錄》所記與《定陵注略》互有出入，歷年實際進奉的金銀要大於《定陵注略》的數字。皇室每年原有額定用銀一百二十萬兩。礦監稅使每年的進奉，大約與此相當，或者還要超過。進奉以白銀為主。這時白銀已是通用的貨幣。皇室每年得銀萬餘兩，自可任情揮霍。
但是，礦監稅使在各地實際掠奪的財富，要大大超過進奉的數目。《明史?宦官傳》載，湖廣稅監陳奉曾被揭發「水沮商舟，陸截販賈，征三解一」。《定陵注略》卷四「內庫進奉」記載，一六○三年十月山西巡撫白希繡上疏揭發：「山西每年額解正稅銀四萬五千二百兩餘，俱已盡數解納，乃稅監孫朝止進銀一萬五千八百兩，余銀侵匿不進，假稱拖欠。」《神宗實錄》卷四一六記載，萬曆三十三年（一六○五年）十二月，山東巡撫黃克纘上疏揭發：「稅監馬堂每年抽取各項稅銀不下二十五、六萬兩，而一歲所進才七萬八千兩耳，約計七年之內所隱匿稅銀一百三十餘萬。」以上三例顯示：礦監稅使及其爪牙貪污稅金，約在三分之二左右，解進皇室僅占三分之一。這大概是礦監稅使貪污中飽的一般狀況。但是，徵收額定稅金之外，礦監稅使還要巧立名目，恃勢濫征，以至敲詐勒索，歸入私囊，其數量更為巨大。一五九九年，內閣大學士趙志皋說：礦監稅使「挾官剝民，欺公肥己，所得進上者什之一、二，暗入私橐者什之八、九」。（《神宗實錄》卷三三三）一六○○年，山西巡按趙文炳說，礦監稅使的爪牙競相攫取，「如肉入餓虎之吻，民輸十倍，無一、二入官者」。（同上，卷三四三）一六○一年，吏部尚書李戴說：「大約以十分為率，入於內帑者一，尅於中使者二，瓜分於參隨者三，指騙於土棍者四。」（同上，卷三五九）一六○三年，戶部尚書趙世卿說：「中使所取於民者十，而群小之侵漁者不啻千也。其獻於皇上者百，而諸人所攘奪者又不啻萬也。」（《定陵注略》卷四）綜上諸說，礦監稅使及其參隨爪牙掠取各種利稅的十分之九，而只將十分之一進奉內廷。這大概是當時的一般現象。
自世宗、張璁懲治惡宦，革罷鎮守內臣以來，宦官勢力大為削弱。神宗宮廷靡費，內宦從中漁利，形成貪污集團。礦監稅使的派遣，形成為更大的貪污集團。廣東稅使李鳳征多解少，入己的白銀多至五十一萬七千兩，積有財富不下百萬。陝西礦監趙欽因貪得無厭，也積有銀兩數十萬。礦監稅使到處吸吮民眾膏血，成為蛀蝕社會的一群蛀蟲！
三、民眾的反抗
礦監稅使四出掠奪利稅，又從中貪污勒索，被剝奪的社會財富，難以計數。如從低估計，年進奉白銀一百數十萬兩，「征三解一」，每年也當有四百餘萬。如是貪污十之八、九，則總數當在千萬兩以上。一六○三年，戶部尚書趙世卿上疏說：國家錢糧徵收，有正課、鹽課、關課、雜課，「合此四項，方是四百餘萬之數，以當一歲之出」。（《神廟留中奏疏匯要》戶部卷三）礦監稅使掠奪的財富如此巨大，勢必侵犯戶部的正常稅收。趙世卿在奏疏中陳述說：「近年開採之命一下，各處遂將一切雜課，如山東香商、福建屯折銀、南直隸徽寧等府的稅契銀、江西的商稅鹽課，改歸內使（礦監、稅使），戶部的雜課失掉了。又因雜課不敷，百姓將應徵的正銀、官員將應完的正稅挪移充數，戶部的正課減少了。山東運司分割部分鹽稅，兩淮運司另立超單，戶部的鹽課難以實行了。原來的關課，因近年商賈蕭條，大為減少，戶部的關課被奪走了。關中軍興銀、撙省銀，盡抵礦稅，戶部的額外之課也空虛了。」內使四出的結果，宮廷進奉增加，朝廷稅收減少，戶部的財政，更加難以為計。
礦監稅使的巧取豪奪、敲詐勒索，不僅迫使各地的大批富戶破產，也迫使大批小商販和手工業者失業流離。蘇州一帶是手工業特別是紡織業最為發展的地區。一六○一年，巡撫應天右合都御史曹時聘上疏說，由於稅使的橫征，「吳中之轉販日稀，機戶之機張日減」，又說：「臣所睹記，染坊罷而染工散者數千人，機房罷而機工散者又數千人。」（《神宗實錄》卷三六一）一六○二年戶部尚書趙世卿奏陳各地鈔關（稅關）情況，說他備查崇文門、河西務、臨清、九江、諸暨鈔關、揚州、北新關、淮安等鈔關會計錄，萬曆二十五年額定征銀共四十萬七千五百餘兩。二十七年以後，一年比一年減少，到二十九年（一六○一年），各關解到本折約征銀只有二十六萬六千八百餘兩。他在奏疏中說：「臣不勝驚訝，隨查各關監督預呈文案，在河西務關則稱：稅使征斂，以致商少，如先年布店計一百六十餘名，今止三十餘家矣。在臨清關則稱：往年夥商三十八人，皆為沿途稅使抽罰折本，獨存兩人矣。又稱：臨清向來段店三十二座，今閉門二十一家，布店七十三座，今閉門四十五家，雜貨店今閉門四十一家，遼左布商絕無矣。在淮安關則稱：河南一帶貨物，多為儀真、徐州稅監差人挨捉，商畏縮不來矣。其他各關告窮告急之人，無日不至，不敢一一陳瀆。」（《神宗實錄》卷三七六）各地日漸發展起來的工商業，由於內使的掠奪，遭到嚴重的摧殘。大批商民、手工業者被迫失業，成為轉徒各地的流民。
礦監稅使所到之處，即自行創設衙門。中使可有隨從百人，又可委任分遣官十人，分遣官也各有隨從百人。一名宦官隨帶近千人驅使。這些人大都是招集當地的市井無賴、亡命賤流以及罪謫的官吏，四出掠奪，以拓私囊。時人比之為「群虎百出，逢人咆哮」。中使恃有皇帝的欽命，任意拘捕商民，嚴刑逼索，凌辱百端。地方府州縣官，如有阻撓或裁抑，中使上奏陳訴，就要被處置或罷免。《明史?王正志傳》記：自萬曆二十四年以來，歷年都有地方官員，包括知縣、知州、通判、海防同知以及參將、守備等官，因得罪礦監稅使而被系詔獄，或削籍、貶官。一六○一年，刑科都給事中楊應文說：自藩司、守令主武弁齊民，被逮者已不下一百五十餘人。
礦監稅使曾被指為「勢凌撫按」。各地的巡撫、巡按如與中使相抗，也不免受到神宗的責斥或處分。一五九六年，中使王虎參奏保定巡撫李盛春「阻撓開採」，神宗嚴旨切責盛春。盛春疏奏王虎「騎橫受賄」，神宗留中不理。一五九七年，中使陳增參奏福山知縣韋國賢「阻撓開採」，山東巡撫萬象春「黨庇」，韋國賢被逮捕，萬象春罰俸一年。一五九八年，益都知縣吳宗堯參奏中使陳增誣指富民盜礦，三日間逮捕五百人等罪惡。山東巡撫尹應元疏劾陳增背旨虐民二十罪。神宗切責尹應元，逮捕吳宗堯下獄。一六○○年，山西巡撫魏允貞參奏中使張忠杖死太平縣典史，逼死建雄縣丞，張忠劾魏允貞「首倡阻撓，抗違欽命」。神宗將魏疏留中，下張疏部議。魏允貞於次年致仕。一六○六年，陝西巡撫余懋衡參奏中使梁永役使人馬輦運私物於京畿。梁永遣其爪牙在余懋衡食物中下毒。余懋衡兩次中毒得解，不死。次年正月憤而疏論梁永之罪。咸寧知縣滿朝薦將下毒者捕獲。梁永又誣告滿朝薦「劫上供物」。神宗詔逮滿朝薦下詔獄。梁永調離陝西。余懋衡以丁憂離任。神宗曾自稱：「不從中使之言，不足厚集其利。」在礦監稅使與撫按以下的地方官員的抗爭中，神宗為了厚集其利，總是屈從中使，壓制官員。自從遣使以來，閣部科道諸臣連年上疏，力論其害，神宗置之不理。
礦監稅使，四出橫行。神宗有意縱容，官員無力制止。被迫害的民眾只有自己起來鬥爭了。
下面是舊史稱為「民變」、「兵變」的反抗中使的鬥爭。
臨清民變天津稅監馬堂，兼轄臨清。他到臨清後，招納當地亡命之徒數百人，整日巡行街上，見富有者即沒收產業之半，對小商販的斗粟尺布也要搶奪。如有違抗，就以違禁論罪，罰作苦工，沒收田產。於是，近遠罷市，販賣者都不敢進城，小民無法度日。以負販為業的臨清人王朝佐在一五九九年四月一天的凌晨，執杖到馬堂衙門請見，州民歡呼隨從者至萬餘人。馬堂不敢出，令隨從放箭，傷數人。朝佐攘臂大呼，破戶而入，縱火焚其衙署。本州守備王煬將馬堂救出。馬堂的爪牙被打死三十餘人，發現他們都是郡邑小偷。神宗敕山東撫按徹查為首倡亂之人。王朝佐挺身而出，說：「首難者我也，請獨當之，勿累無辜。」山東巡撫劉易即以王朝佐一人抵罪，不再查問其餘。七月，王朝佐被殺，史稱「臨刑，引頸受刃，神色不變。」（《神宗實錄》卷三三七）被株連者俱得免罪。州民為王朝佐立祠祭祀。
湖廣民變一六○○年二月，中使陳奉來湖廣，兼領數使，徵稅之外，還督領採礦及錢廠鼓鑄等事。次年二月，內閣大學士沈一貫題奏：「陳奉入楚，始而武昌一變，繼之漢口，繼之黃州，繼入襄陽，繼之光化縣，又青山鎮、陽邏鎮，又武昌縣仙桃鎮，又寶慶，又德安，又湘潭，又巴河鎮，變經十起，幾成大亂。」（《神宗實錄》卷三四四）據此，陳奉來湖廣不過一年，民變即已發生十起。其中最激烈的一次是一六○○年十二月至次年正月的武昌、漢陽民變。陳奉與其委官韋千戶等指稱搜稅，詐騙官民之家。令人傳意要奏請抄沒，賄贈千金，可得解免。韋千戶等往儒生之家，委官劉之良等往商賈之家，都是如此恐嚇，勒索數千百金。遇到不能交銀之家，便直搜入臥房，見婦女有姿色，即佯稱藏帶金銀，逼捉脫衣，肆行奸辱，或掠入稅監衙門。王生之女，沈生之妻，皆被逼辱，眾生員憤憤不平，遂於當年十二月初二日齊赴撫按衙門，擊鼓控訴。受害士民，涌至萬餘人，放聲大哭，一時奮不顧身，甘願與陳奉同死。接著打入稅府，拋磚放火，打傷陳奉。撫按司府各級地方官趕來解諭，眾勢稍緩。數日後，民眾才漸漸散去。次年正月，陳奉置酒邀諸司，以甲士千人自衛，舉火箭焚燒民居。民眾群擁陳奉門，被陳奉衛士打死多人。
一年之後，民變仍在繼續發展。一六○一年，達到高潮。湖廣僉事馮應京曾逮治陳奉手下不法的隨從，並抗疏列陳奉九罪。陳奉誣奏馮應京「撓命，凌敕使」。神宗罷免馮應京，押解京師。這年三月，逮捕馮應京的緹騎（特務人員）至武昌，民眾相率痛哭。陳奉卻大出告示，數馮應京過惡，誇張自得。民眾被激憤怒，聚數萬人圍住陳奉的衙門。陳奉見勢危急，逃匿於楚王府中。民眾捉住陳奉的爪牙耿文登等十六人，投入江中，又打傷緹騎，焚燒巡撫府門。陳奉潛遣參隨三百人，引兵追逐起事的民眾，射殺數人，傷者不可勝計。馮應京囚服坐檻車中，勸解民眾散去。陳奉藏匿楚王府，逾月不敢出，亟請還京。內閣大學士沈一貫及言官們紛紛請求將他撤回。江西稅監李道彈劾陳奉「征三解一」，病國剝民。四月，神宗召陳奉還京，又以工部左侍郎趙可懷接替民眾怨恨的湖廣巡撫支大可。趙可懷到達湖廣荊州，當地民眾擁車訴陳奉之惡，哭聲如雷。他宣布陳奉取回治罪，民眾歡呼萬歲，散去。
蘇州民變一六○一年，蘇杭織造太監孫隆，兼管稅務，蘇州惡棍多納賄營充委官。他們在水陸要衝攫取商販，甚至只雞束菜也不放過。又對機戶牙行，廣派稅額，妄議每機一張，稅銀三錢，致使人情洶洶，機戶杜門罷織，靠傭工為生的織工無處趁食。以織繒賃工為生的葛成（又名葛賢）與自知將要餓死的二千多織工，在這年六月六日發動民變起義。葛成在機戶和織工經常集會的玄妙觀內，集眾誓神，要求大家一致行動，看他手中芭蕉扇揮指。參加者分成六隊，每隊一人前行，搖芭蕉扇為號，後執絞棍隨之。鬥爭發動後，打死孫隆的參隨黃建節，焚燒充當稅官惡棍的湯莘之家。起義隊伍逼近孫隆的衙門，孫隆連夜逃往杭州躲避。起義者保護居民利益，也不反對官府，紀律十分嚴格。應天巡撫曹時聘奏報民變情形說：「不挾寸刃，不掠一物，預告鄰里，防其延燒。毆死竊取之人，拋棄買免之財。有司往諭，則伏地請罪曰：若輩害已甚，願得而甘心焉，不敢有他也。」（《神宗實錄》卷三六一）一次，起義隊伍誤入一個百姓家中，為首者即率諸人羅拜，向主人謝罪。民變持續三天。第四天，諸稅官已被次第剷除，城中出現了起義者貼出的榜文：「稅官肆虐，民不堪命，我等倡義為民除害。今事已大定，四方居民各安生理，無得藉口生亂。」第五天，道府下令捕為亂者，葛成挺身而出，說：「倡義者我也，以我正法足矣。不要株連平民。株連則必生亂。」巡撫曹時聘奏請將奸民湯莘與為首的葛成等八人嚴究正法，其他參加者俱免追究。傳說葛成被判處死刑後，遇赦得出。
江西民變一六○一年三月，江西巡撫夏良心上言：「稅使潘相欲開（廣信）銅塘禁山，遣陸太等召商於上饒，上饒民群聚，欲殺太，知縣李鴻佯言收太于禁，太乃得免。」（《神宗實錄》卷三五七）九月，浮梁縣景德鎮民萬餘人憤恨潘相爪牙王四橫行不法，焚燒了御器廠的廠房，並聲言欲殺潘相。署浮梁縣印、饒州府通判陳奇可力行曉諭，才得散去。次年三月，江西巡撫夏良心上疏，請求停止廣信銅塘山潘相所主持的采木之事，神宗不理。不久之後，上饒民鼓譟毆打潘相的爪牙陸太等人，幾致於死。
遼東民變和兵變一五九九年，內監高淮被派往遼東開礦徵稅，比至開原就有嚴刑激變的記事。第二年委官廖國泰虐民激變，高淮誣逮諸生數十人。一六○八年四月，前屯衛軍因高淮扣除月糧及其他勒索，並且身受鞭打凌虐，遂各穿戴盔甲，齊赴教場，放炮歃血起事。參與起事者合營男婦數萬人（一作數千人），聲言要殺死高淮除害。後來由於一個參將的再四泣留，才還營。六月，由於高淮及其爪牙的迫害和敲詐勒索，錦州、松山軍繼前屯衛軍之後又舉行兵變。
雲南民變和兵變一五九九年，內監楊榮奉派來滇開礦收稅。一六○三年三月騰越州居民不堪遭受楊榮的欺壓，相率燒稅廠，殺委官張安民。萬曆三十四年（一六○六年）正月，楊榮因操捕指揮樊明高（一作樊高明）後期，捕至私第，榜掠數十。不久，又因向管堡指揮賀瑞鳳取馬四十匹，不敷其數，將他拘捕。流言將盡捕六衛印操諸員。指揮賀世勛、韓光大等，遂與軍民數千人（一作冤民萬人）焚燒楊榮的住處，殺死楊榮，投屍火中。楊黨二百餘人也被殺死。神宗得知此事，欲逮問地方官員，經大學士沈鯉力爭，只誅賀世勛等人結案。
上述幾次民變和兵變之外，一些規模較小的民變也還時有發生。一五九九年南直隸儀真稅監暨祿的委官馬承恩因抽稅而激變。一六○○年廣東礦監李鳳及其爪牙激起新會縣的民變。山西蔚州民畢鑛等毆傷太監王虎的參隨王守富。一六○三年，廣昌縣民燒毀了太監王虎的生祠，並延燒銀廠。同年，北直隸有北京西山窯戶之變。一六○四年有易州礦徒之變。
綜觀這一時期各地反對礦監稅使的民變和兵變，參加的人員，包括城鎮中的工商業者、手工工人、小商販、諸生、舉人，以及其他城市居民，還有士兵和軍官。地方官員參加民變者不多，但常以某種方式對民變給予一定的支持或同情。礦監稅使的掠奪遭到近乎全民的反對，難以照舊實行了。
四、礦稅征解改制
礦監稅使派出後的約十年間，為皇室掠取了巨大的財富。但面對著此仆彼起的民眾的反抗，神宗也終於不得不做出退讓和妥協，對原來的掠奪方法做一些改變。一六○五年以後，陸續對有關制度作了如下的改動。
停礦--一六○五年十二月，神宗詔諭戶、工二部：「朕以頻年天象示警，心常兢惕，責己省衍，不遑寧處..其開礦抽稅，原為濟助大工，不忍加派小民，采征天地自然之利。今開礦年久，各差內外官俱奏出砂微細，朕念得不償費，都著停免。若有現在礦銀，就著礦差內外官員一併解進，馳驛回京，原衙門應役。凡有礦洞，悉令各該地方官封閉培築，不許私自擅開，務完地脈靈氣。」（《神宗實錄》卷四一六）分稅--即將榷稅所得，分成兩份，一歸宮廷內庫，一歸戶、工二部主管的國庫。詔諭說：「其各省直稅課，俱著本處有司照舊征，解稅監一半，並土產解進內庫，以濟進賜供應之用，一半解送該部（按指戶、工二部），以助各項工費之資，有餘以濟京邊之用。」（《神宗實錄》卷四一六）分解--分稅後，稅務徵收統由地方官府掌理，稅銀的解送，進內庫者由稅監負責，進國庫者由地方官府掌管。《明史?李汝華傳》記：「三十三年十二月詔四方稅務盡領於有司，以其半輸稅監，進內府，半輸戶部。獨江西潘相（稅監）勒有司悉由己輸。汝華極論相違詔。帝竟如相議，且准行之四方。」據此，送內庫和國庫的稅收仍由稅監輸送。稅務徵收在江西地區也仍由稅監管理。但在全國範圍內，地方有司統徵稅收，已作為一種制度規定，從而消減了稅使橫征的弊病。
限制委官--各地中使隨帶的委官和役使人員，仗勢橫行，為害甚大。一六○五年十二月的詔書中明確指出：「其各處奏帶員役，只著押解催儧錢糧，行文差用，不許私設關津，指稱委官，容令地方棍徒，肆行攘奪，致民生不安，商旅不行，反虧國家正課。」（《神宗實錄》卷四一六）減稅--一六○五年以後，一些省區的稅額有所減輕。如一六○六年二月，山東巡撫黃克纘要求將山東六府之稅由六萬兩減至五萬五千兩，獲准實行。一六一四年三月，神宗諭：「各省額進稅課，准以每年所征三分，量減一分..其二分照舊徵收分解進用，接濟急需。」（《神宗實錄》卷五一八）這是一次遍及全國的大幅度減稅。
留用--一六○五年以後，各地准留稅銀用於賑濟災荒。一六○八年准留儀真稅銀，一六○九年准留北直、河南、山陝稅銀。一六一○年准留福建四川稅銀，以賑災荒。一六一七年，江西水災，准留二監額稅銀二萬兩賑濟。次年，以廣東水澇災傷，准將四十五年解部稅銀留賑。應解稅銀，也間或准當地留用於軍費。一六○九年，遼東稅銀准留充本鎮餉，一六一九年，以天津、通州、江西、四川、廣西一年稅銀盡充軍費。
停遣中使--礦監稅使亡故或撤回北京之後，不再派遣太監接替，其原管事宜交附近稅監代管。礦監稅使雖然尚未全部撤離，有此規定，即可逐漸減少。
神宗對礦稅制度作了上述的改革，中使權限受到限制，有助於增加國家的稅收，減輕民眾的危害。但中使繼續留在各地，仍可恃勢虐民，依然是一大禍害。
（二）官僚傾軋與朋黨之爭
萬曆二十年（一五九二年）以來，明王朝面臨邊境內外的多次戰爭，神宗親攬大權而又怠於聽政，耽於搜括靡費，朝中閣部科道諸臣，相互結納又相互攻訐，形成一片混戰。明末有人評論說：「其始天子靜攝，聽臣工群類之自戰而不為之理，所謂鼠斗穴中，將勇者勝耳。故其時其血玄黃，時勝時敗」（《明史紀事本末》卷六十六引明末國子祭酒倪元璐語）。臣僚互斗，勝敗無准，因為他們之間多是權力之爭或意氣之爭，進而黨同伐異，結為朋黨，並無多少原則性的是非可言。礦監稅使之為害，曾遭到朝官們近乎一致的反對，少有爭議。他們的爭端，並非關係國計民生的大政，而往往是憑藉細事，小題大作，以至無事生非。臣僚間相互攻擊又相互報復，朝政日益陷於昏亂之中。
明太祖時即立有官員考察制度。初為三年，後改十年一考。孝宗弘治十四年（一五○一年），定為六年一考。武宗正德四年己巳年（一五○九年）起，規定巳年與亥年為考察之年。朝廷京官的考察，簡稱為京察，又稱內計。外官考察稱為外察，又稱外計。朝官四品以上京察後，或升或黜，由皇帝親自裁決。神宗怠於政事，對官員的升黜，不免為廷臣言論所左右，或者任情用事，輕易裁處。臣僚乘機徇私毀譽，平時積累的恩怨都在京察中暴露出來。相互對立的官員，則在京察中，結援同黨，與對手一決勝負。萬曆二十一年（一五九三年）癸巳京察以後的四次京察，大都演為群臣的大搏鬥，一批又一批的大臣被罷免，一再掀起軒然大波。
一、閣部之爭與癸巳京察
明制，吏部居六部之首，掌理官員選授封勛考課，直接向皇帝負責，權位特重。內閣諸臣以尚書銜兼殿閣大學士，協理朝政，與前朝宰相的最大區別，就在於不領銓選（《萬曆野獲編》卷七）。萬曆以前，閣臣兼領吏部，只是偶然出現的特例。神宗以沖年即位，張居正獨攬朝政，吏部遂受命於內閣首輔。張居正死後，神宗親政，削弱內閣，但吏部尚書楊巍遇事仍請命於閣臣。萬曆十八年（一五九○年）戶部尚書宋壎改任吏部，遂力求擺脫內閣的控制，恢復吏部的權位。《明史?宋壎傳》說他「絕請寄，獎廉抑貪，罪黠吏百餘人，於執政（內閣）一無所關白。」《明史?陸光祖傳》說：「時部權為內閣所奪，壎力矯之」。次年，宋壎卒於官。繼任吏部尚書陸光祖繼承其志，對首輔申時行不予理會。舊例，吏部尚書與閣臣在途中相遇，不避讓。以後內閣權重，吏部尚書須引避。陸光祖據理力爭，遂又恢復舊例，以提高吏部的地位。萬曆二十年（一五九二年），原南京吏部尚書繼任京師吏部。《明史?孫■傳》說：「自宋壎及光祖為政，權始歸部，至■，守益堅」。首輔申時行於萬曆十九年三月致仕，繼任首輔王家屏也於一年後致仕。原以禮部右侍郎引歸的張位被起用入閣。二十一年（一五九三年）正月，閣臣王錫爵歸省還朝，繼為首輔。內閣大學士共三人：王、張與趙志皋（萬曆十九年九月以禮部尚書入閣）。《明史?張位傳》說：「時黜陟權盡還吏部，政府（內閣）不得侵撓，位深憾之」。張位建議把原來由吏部廷推大臣，改為九卿各舉一人類奏，由皇帝裁用。得神宗詔准。內閣與吏部的權力之爭，仍在繼續。
這年（癸巳年）三月，實行京察。例由吏部尚書孫■主持其事。吏部考功郎中趙南星、左都御史李世達協理。這次京察，史稱「秉公澄汰」，「無所徇私」。孫■的外甥吏部文選郎呂胤昌、趙南星的姻親都給事中王三餘，均被斥黜。閣臣趙志皋之弟也在被貶斥的官員之中。許多由閣臣任用的私人，也因不稱職而被黜。前此的京察，對官員的去留，先告知閣臣，再上奏皇帝。孫■、趙南星等有意矯正此事，為吏部奪權，不經內閣，直接將察疏上奏神宗。首輔王錫爵原想有所庇護，察疏已上，無以為計。
明制，京察之後，言官仍可糾彈沒有被察議的官員，稱為「拾遺」。言官劾論吏部稽勛司員外郎虞淳熙、兵部職方郎中楊於庭、主事袁黃，孫■為虞、楊說解，只黜袁黃。刑科給事中劉道隆迎合內閣，遂上疏劾奏吏部非體。孫■回奏說：「臣不忍以功為罪。若知其無罪，以科道之言而去之，昧心欺君，臣不能為」。神宗怒孫■不引罪自責，罰俸三月。內閣遂擬旨切責吏部專權結黨。孫■憤而上疏自辯，說：「今以留二庶僚為專權，則無往非專矣。以留二京職為結黨，則無往非黨矣。」（《明史紀事本末》卷六十六）辭官乞休。禮部署員外郎事陳泰來上長篇奏疏，說他歷官四任，目睹四次京察，都沒有像今春這樣「旁咨博採，覈實稱情，邪陷盡屏，貪墨必汰」。他在疏中直接揭露閣部之爭，說：「今除奸祛蠹之功未償，而以憐才為過。割情捐愛之義不稱而以品評為私。科臣或有獨見，閣臣得無微指耶？」又說吏部權歸內閣，始自高拱兼攝（代領）部事和張居正專擅國政。今借拾遺處分，「將來必挈權以阿閣臣而後為不專權，必植黨以附閣臣而後為不結黨」（《神宗實錄》卷二五八）。神宗將陳泰來降級，發往極邊。孫■罷免，趙南星削籍。吏科都給事中史孟麟也稱病歸里。禮部郎中於孔兼、主事顧允成、國子助教薛敷教等上疏申救，被指為「朋謀亂政」，各降三級，調外任。被言官彈劾的虞淳熙、楊於庭，罷職削籍。
此次爭論中，首輔王錫爵也上疏乞休，神宗手詔慰留，說：「朕因新春積火上升，兩目疼痛。卿可即出，待朕火愈，召卿面商國事。」（《神宗實錄》卷二五八）神宗將國事委付內閣，以王錫爵為首的閣臣在癸巳京察中獲得全勝，進而追究吏部官員。
吏部右侍郎趙用賢素與王錫爵不和。孫■罷免後數月，趙用賢也被罷免。起因只是他的女兒出生三月時曾許配吳家，其後又退婚改嫁蔣氏。這原來只是家庭細事，卻成為朝臣互攻的依據。吳家控訟趙用賢「論財逐婿」。趙用賢上疏自辯。王錫爵疏議「宜聽用賢引疾」，遂被免職歸里。戶部郎中楊應宿力詆趙用賢，仍請治罪。都御史李世達力陳趙用賢無罪，楊應宿諂諛，遭到楊應宿等的反擊。癸巳京察中，李世達協助孫■，已為閣臣所不滿。至此，獲准致仕，吏部行人司行人（官名）高攀龍上疏指楊應宿諂諛閣臣。楊應宿上疏反擊高攀龍。高攀龍又上疏說，大臣則孫■、李世達、趙用賢罷去，小臣則趙南星、陳泰來、顧允成、于孔兼等貶斥，為（皇上）聖德累不小。神宗將楊應宿、高攀龍俱貶官外調。
次年（一五九四年）五月，王錫爵引疾致仕。廷推閣臣。吏部尚書陳有年推舉被神宗罷免的前任首輔王家屏。神宗不納，以禮部尚書、國史副總裁陳於陛與原任南京禮部尚書、國史副總裁沈一貫二人入閣。陳有年因請致仕。參預此事的吏部文選司郎中顧憲成也被削籍歸里。都察院左都御史孫丕揚繼任吏部尚書。
二、閣臣相攻與乙巳京察
一六○五年（萬曆三十三年）乙巳京察上距癸巳已十二年。中經一五九九年（萬曆二十七年）己亥京察，似無多爭鬥。乙巳京察又成為歷年積怨的大爆發。
一五九四年十月，陳、沈二人入閣後，趙志皋為首輔，次為張位，合共四人。一五九六年十二月，陳於陛病死。一五九八年六月，張位落職閒住。十月，趙志皋養病家居。閣臣實際只有沈一貫一人。這種情形延續達三年之久，沈一貫獨專內閣，為前此所少見。沈一貫原籍浙江鄞縣，在任期間，浙江籍的官員多附麗門下，一時被指為「浙黨」。一六○一年九月，趙志皋病死，沈一貫正式繼任首輔，勢須增選閣臣。神宗對大臣素來心存疑慮，更慮閣臣植黨，因而不用在任官員，而在家居或已罷的人員中選用。河南歸德人沈鯉，嘉靖時進士，神宗為太子時，曾任太子東宮講官，即位後，為左贊善，累進禮部尚書。一五八八年，因與首輔申時行不和，被劾辭官，家居十餘年，已六十一歲。被召以原官禮部尚書兼東閣大學士入閣。繼沈鯉為禮部尚書的朱賡，浙江山陰人，萬曆初年，曾以侍讀為神宗侍講官。任禮部尚書的次年，即以母喪去官家居，也被召以故官兼東閣大學士入閣。沈鯉為人耿直，遇事秉正不撓，頗有威望，因是神宗幼時的講官，也頗受神宗的禮重。沈一貫長期專擅朝政，得神宗倚信，深慮沈鯉入閣奪其權位，多有戒備。沈鯉以師保老臣自居，對沈一貫也不肯屈從。沈一貫在朝有浙黨舊臣為依恃，沈鯉則結納禮部侍郎郭正域、左都御史溫純等人相助。二沈之間，漸形對立。
一六○三年四月，楚王案起，兩沈集團展開了公開的角斗。
楚恭王朱英■（朱元璋第六子楚昭王朱楨之後）生前有「廢疾」，隆慶五年死，宮人胡氏雙生遺腹二子，華奎、華壁。萬曆八年（一五八○年），華奎嗣楚王位，華壁封宣化王。一六○三年六月，有楚王府宗人中尉朱華趆上疏告狀，說華奎本是異姓之子，不當立。華奎向沈一貫行賄，使通政使沈子木，將此疏壓置，不予上奏。但不久之後，華奎劾宗人之疏奏上。神宗令「部院看議」。郭正域以侍郎署禮部事，主張「敕撫按公勘」，沈一貫提出「親王不當勘，但當體訪」。神宗采郭正域議，敕下「公勘」；華奎又向郭正域行賄，請求不再追究，並稱事後將以饋贈沈一貫者贈郭。郭正域嚴辭拒絕。
撫按公勘的結果送到京城，都說事無佐證。公卿集議，意見不一，各寫具一單。郭正域欲盡錄諸人議，禮部左侍郎李廷機以辭太繁，摘要奏上。沈一貫遂使給事中楊應文、御史康丕揚，彈劾禮部「壅閼群議，不以實聞」。郭正域得沈鯉支持，上疏自辯，並揭發沈子本匿疏、沈一貫阻止公勘及受華奎賄賂等情狀。沈一貫誣指郭正域「私庇華趆」。又使給事中姚文蔚等上疏攻擊郭正域有意陷害楚王。左都御史溫純上疏彈劾姚文蔚，並指沈一貫。給事中錢夢皋又劾郭正域並及沈鯉。六月神宗傳旨：「罷楚事勿按」，華趆坐誣告，降為庶人，禁錮鳳陽。郭正域只好自請休致。此案原無據可查，二沈相爭，沈鯉集團不能不陷於失敗。
一年半後的乙巳京察，舊案重提，兩沈集團再次展開搏鬥。這次京察始於萬曆三十三年（一六○五年）正月。吏部侍郎署尚書事楊時喬與左都御史溫純主持其事。沈一貫請改用兵部尚書蕭大亨主持，遭到沈鯉的反對，未能獲准。
楊時喬與溫純在考察中極力剷除沈一貫的私人親信，特別是以彈劾為職事的言官。給事中錢夢皋、鍾兆斗及御史張似渠、於永清等，都在斥逐之內。考察的給事中評為「浮躁」者二人，評為「不及」者二人，御史評為「浮躁」者三人，評為「不及」者三人，評為「不謹」者一人。察疏奏上後，二月間，廣東巡按御史林秉漢上疏條陳時事，重提楚案，稱：「假王之說，未必全無影響，不一嚴勘，何以服諸宗之心？」錢夢皋乘機上疏，指林秉漢是侍郎郭正域的私人，並說他們被察，是當事大臣代郭正域驅除建白楚事之人，為楚事翻案。神宗輕信其說，將林秉漢降五級，調極邊，說「錢夢皋盡職建言，忠義可嘉，著照舊供職」。（《神宗實錄》卷四○六）楊時喬、溫純等呈上的察疏，留中不下。三月間，傳諭吏部、都察院說：「今大察各官本內，科道兩衙門不稱職的甚繁，豈皆不肖。內必有徇私之弊。因忿恚以洩之者有之，因結黨以去之者有之，欲豎權以挾人者有之，欲立威以制人者有之。不然，何乃如此，朕不能無疑」。（《神宗實錄》卷四○七）楊時喬、溫純上疏陳辯，列舉歷次京察中被察科道官的數目，證明這次所察並不為多，但也不得不自承「聖諭嚴切，臣等無狀」，請求罷免。四月，錢夢皋又提楚王事，請追奪郭正域侍郎職，並攻詆溫純，給事中、鍾兆斗繼續上疏劾溫純多贓。溫純被迫上疏求退，獲准致仕。
五月，候補南京兵部職方司郎中劉元珍抗疏彈劾沈一貫，說「一貫自秉政以來，比暱■人，叢集奸慝，假至尊之權以售私，竊朝廷之恩以市德，罔上不忠，孰大於是！近見夢皋有疏，每以黨加人，從古小人未有不以朋黨之說先空善類者，所關治亂安危之機，非細故也。」六月，南京御史朱吾弼上疏論察典，繼續指責沈一貫。七月，兵部主事龐時雍「直攻一貫欺罔者十，誤國者十。」神宗將劉元珍、龐時雍革職為民，朱吾弼罰俸。但迫於物議，終於發下察疏。考察不稱職而被留任者，也不得不自請罷免去官。
乙巳京察之後，二沈之爭仍在繼續。沈一貫自京察以來，即稱病閉門家居，但仍在家中草擬詔旨批答章奏，沈鯉極力說他不合規例。次年六月，南京吏科給事中陳嘉訓、南京御史孫居相又交章、彈劾沈一貫奸貪。沈一貫上疏詳辯，並再次請求辭官，說：「上如有意憐臣，則幸放臣，勿久留不決。」沈鯉也以年老，請求休致。七月，神宗詔降陳嘉訓三級調外任，孫居相罰俸一年。同日罷免沈一貫、沈鯉，各賜路費，馳驛歸里。
沈一貫與沈鯉兩大臣長期互斗，兩敗俱傷，同日罷官而去。內閣大臣又只剩下了朱賡一人。
三、朋黨之爭與辛亥京察
神宗怠於朝政，又不願為大臣所挾制，疑慮多重。因而閣部大臣出缺，常常久不選補，以至曹署常空。二沈去後，朱賡一人在閣，將近一年。一六○七年才補任禮部尚書李廷機、葉向高入閣。次年，朱賡病死。李廷機因被言官攻擊，杜門養病，不再赴閣。內閣大臣又只有葉向高一人。這種局面又延續了五年之久。葉向高，福建福清人，進士出身，曾任南京禮部右侍郎，改任吏部。在任期間，曾上疏說：今天下必亂必危之道，蓋有數端，「廊廟空虛一也；上下否隔二也；士大夫好勝喜爭，三也；多藏厚積必有悖出之釁四也；鳳聲氣習日趨日下莫可挽回，五也」。（《明史?葉向高傳》）葉向高所說五大弊端，大體反映了當時昏亂的形勢。「士大夫好勝喜爭」，進而結為朋黨，相互攻訐，更加重了朝政的昏亂！
吏部文選司郎中顧憲成自一五九四年罷官後，在無錫故里家居。爾後，在無錫東林書院聚集文士講學議政，被指為東林黨人。東林書院原為宋代理學家楊時講學之所，一六○四年重新修建落成。學人除首領顧憲成外，還有高攀龍、薛敷教、史孟麟、于孔兼及憲成弟允成等人。薛敷教年齡最長，曾是顧憲成、允成兄弟的教師。高攀龍與顧憲成是萬曆十七年的同年進士，同出趙南星門下。不難看出，他們都是癸巳京察閣部之爭中被罷免的官員，而且多曾供職吏部，熟悉朝廷官員情況，因而得以諷議朝政，裁量人物。又因為他們多已罷官家居多年，與地主、商人、文士時有交往，熟悉鄉里情事，往往能夠反映民眾的呼聲，抨擊朝政的積弊，因而在社會上博得清名。致仕的御史武進人錢一本也來東林講學，罷官家居的趙南星則與東林相呼應。葉向高入閣後，顧憲成即寫信給葉向高，說近日輔相「賢否混淆」，意在暗示李廷機出於沈一貫的浙黨。一六○八年十月，葉向高奏准起用顧憲成為南京光祿少卿，顧憲成辭官不就，以保持令名，但不時干預政事。東林黨漸由民間的議政集團變成參與政爭的朋黨。
朝官中的文士也結為朋黨，有宣黨、崑黨。宣黨首領湯賓尹，宣城人，萬曆二十三年進士，授翰林院編修，一六○六年進為右春坊右中允，一六○九年為左春坊左諭德，署國子司業，顧天峻，崑山人，萬曆二十年進士，授編修，累遷至左諭德。湯賓尹和顧天峻都是翰林院編修，任太子東宮的文臣，卻各自收召朋徒，干預時政《國榷》（卷八十一）。說「天峻高亢自得，賓尹淫污無行」，各自成一勢力。東林以正人自詡，指他們為奸邪，兩黨則指東林為邪黨。諸黨之外，朝官與言官，北官與南官也各自結成大小不等的集團。是己非人，互攻不止。
閣臣李廷機晉江人，沈一貫在閣時，曾為吏部左侍郎，後代郭正域署理部事。處事公正，尤以廉潔著稱，但不免偏愎固執。李廷機入閣後，一六○七年六月，工科給事中雲南寧州人王元翰等言官，上疏誣告李廷機受賄，輦金載玉，以圖中傷。神宗詔責王元翰「呶呶求勝不已，疑君誣人，莫此為甚」（《國榷》卷八十），罰俸半年。王元翰曾請起用顧憲成等被罷免的官員，不報。宣黨湯賓尹的門人、給事中王紹徽請王元翰揚譽湯賓尹，被元翰拒絕。一六○九年二月，王紹徽指使御史鄭繼芳誣指王元翰「盜庫金，克商人貲，奸贓數十萬」。王元翰上疏自辨，並對鄭繼芳進行反擊。王紹徽與同黨劉文炳、劉國縉等連上十餘疏攻擊王元翰。南京給事中金士衡、御史劉蘭等合詞申救。閣臣葉向高請盡下諸疏，敕部院評曲直。神宗置此事不理。鄭繼芳不待神宗詔下，即遣人圍守王元翰家。王元翰憤而盡出筐篋，置於國門，讓吏士簡括，痛哭辭朝，成為轟動一時的奇聞。六月，以擅離職守，降為刑部檢校。
數月之後，又因淮撫李三才的擢用，掀起了一場紛爭。李三才，順天通州人。萬曆二年進士。一五九九年，以右僉都御史總督漕運，巡撫鳳陽諸府。撫淮十三年，結交遍天下，與顧憲成也有交往。一六○四年八月，顧憲成曾專程赴淮安，與李三才議論政事；一六○七年七月，李三才曾上疏請用「廢棄」，意在薦用顧憲成等人。李三才居官頗有成績，被譽為大才，但為人好用機權，顧憲成曾見他用財如流水，也顯有貪賄。
萬曆三十七年（一六○九年）正月，李三才加戶部尚書兼左副都御史銜。浙黨官員謀劃彈劾，並藉此事力斥東林，因為劾李，「則東林必救，可布一網打盡之局」。這年十二月，沈一貫的親戚、工部郎中邵輔忠（浙江定海人），參論李三才「大奸似忠，大詐似直，而為貪險假橫之人」。次年正月，浙江道御史徐兆魁繼續上疏劾論。李三才上四疏力辨，並請休致。給事中馬從龍、御史董兆舒等相繼上疏為李三才辨。大學士葉向高上言：李三才已「杜門待罪」，為漕政計，應速定去留。神宗不答。御史劉國縉、喬應甲，給事中王紹徽、徐紹吉、周永春、姚宗文等，又連章彈劾李三才，給事中胡忻、曹於汴等，則交章論救。言官爭論，數月不止。這時，顧憲成寫信給葉向高和吏部尚書孫丕揚，力稱李三才廉能，為其排解。李三才的友人御史吳亮，即將顧憲成的兩信附傳於邸報之中，言官見而大嘩。喬應甲又上兩疏，列舉李三才十貪五奸，極力攻訐。李三才被迫疏請罷免，疏至十五上。久不得命，遂自引去。次年（一六一一年）二月，被正式罷免。
三月，舉行辛亥京察（萬曆三十九年辛亥）。主持者是吏部尚書孫丕揚、侍郎蕭雲舉及副都御史許弘綱。陝西高平人孫丕揚在癸巳京察後任吏部尚書，兩年後罷去。自一六○四年以來，吏部尚書即由左侍郎楊時喬代署，空缺至五年之久。一六○八年，神宗再次起用孫丕揚。辛亥京察時，他已是年屆八十的老臣。言官中御史徐兆魁、喬應甲、劉國縉、鄭繼芳，給事中王紹徽、朱一桂、姚宗文、徐紹吉、周永春等已在策劃傾覆東林。有人向孫丕揚建策，散發訪單，諮詢是非，以便掀起黨爭，指東林為朋黨予以鉤察。吏部右御郎王圖發覺其事，急告丕揚制止。王圖，陝西耀州人，反對者曾指他與孫丕揚是秦黨。王紹徽向王圖極力稱譽其師湯賓尹，並說言官中的南黨，將要排陷湯賓尹和王圖，請早為戒備，意在迥護湯賓尹，被王圖嚴詞拒絕。當時已晉為國子祭酒的湯賓尹遂與王紹徽設計，令御史金明時彈劾王圖之子寶坻知縣王淑抃「贓私巨萬」，又說王圖將在京察拾遺時傾覆其兄保定巡撫王國。王圖兄弟抗章力辯，其事乃止。
多年以來，言官彈劾朝官，略無虛日。言官中也結為南黨和北黨，互相攻擊。明制，朝官一經言官彈劾，不論虛實，即須先上疏辭官，彈劾不當，再由皇帝慰留。因而，言官得以任意彈劾，以遂其私，朝官也結納言官，以攻擊對手。六年一次的京察，由吏部主持，言官也在被察之列，因而成為清查言官優劣，驅逐劣官的難得的時機。孫丕揚老謀深算，在閣臣葉向高的支持下，閣部一致，著重於驅逐黨魁，糾察言官。
察疏奏上，宣黨湯賓尹、崑黨顧天峻，故御史康丕揚、徐大化，故給事中鍾兆斗、陳治則、宋一韓、姚文蔚，主事鄭振先、張嘉言以及現任御史劉國縉等都被察糾，給事中王紹徽、御史喬應甲依年例轉外任。禮部主事丁元薦，恐察疏不下，又上疏揭發崑黨、宣黨。言官朱一桂、鄭繼芳、周永春、徐兆魁、姚宗文等想乘機動搖察疏，於是爭相攻擊丁元薦。丁元薦因而去官歸鄉。但這時內閣，葉向高獨相，內援京察，察疏終於在五月間詔准下發，被糾察的諸人均被罷免出朝。孫丕揚主察，獲得勝利。東林黨人也由此避免了被鉤察的危機。
辛亥京察之後，朝臣交攻，仍在繼續。察疏發下前，京畿道御史徐兆魁曾上疏直攻東林，說：「今年察典，盡趨東林」，「東林所至，傾動一時，能使南北交攻，角勝黨附」（《國榷》卷八十一），又指稱顧憲成受賄，但無左驗。光祿丞吳炯疏辨，說「憲成貽書救三才，誠為出位，臣嘗咎之，憲成亦自悔。今憲成被誣，天下將以講學為戒」。神宗置之不問。
曾同王元翰一起攻擊李廷機的給事中胡忻等人又彈劾戶部尚書趙世卿，說他當年在楚案爭論中，力言楚王非偽，與沈一貫議合，因而懷疑他是沈黨。趙世卿為官頗有政績，屢諫革除弊政，激切反對礦監稅使，史稱他「素勵清操，當官盡職。」（《明史?趙世卿傳》）被劾後憤而閉門辭官。上章十餘次，神宗不予處理。一六一一年十月，不待詔下，自乘柴車去官歸里。清乾隆帝在《資治通鑑三編髮明》中論此事說：「楚宗事至是幾十年矣，而廷臣猶以世卿右王之故，相繼論劾，借端攻擊，報復相尋，朝事已不可問」。乾隆帝不拘黨人正邪之論，洞察朋黨相攻之害，所論是恰當的。
閣部大臣，長久缺員。京察後，科道官也有待補任。神宗長期拖延，不予選任，朝政漸形阻滯。閣臣葉向高上疏，激切陳言，說：「今自閣臣至九卿台省，曹署皆空，南都九卿亦只存其二」，「陛下萬事不理，以為天下長如此，臣恐禍端一發不可收也」。吏部尚書孫丕揚，先後推薦沈鯉、郭正域、顧憲成、趙南星、高攀龍等人及原御史錢一本等被罷免的舊官。神宗俱不理。一六一二年二月，孫丕揚以年老自請致仕歸里。五月，顧憲成在家中病死。
葉向高先後上疏百餘次，請補閣臣。一六一三年九月，命吏部左侍郎方從哲、前吏部左侍郎吳道南入閣，次年八月，葉向高致仕，方從哲為首輔。
四、丁巳京察
萬曆四十五年（一六一七年）丁巳京察是神宗朝最後一次，三年後神宗病死。
辛亥京察後，科道言官依籍貫不同，又形成齊、楚、浙三黨，權勢漸盛，進而得以左右朝官，排斥異己。不附者即群起彈劾，借端尋釁，指為東林一黨。一六一三年十二月，戶部主事李朴曾上書，激切揭露齊、楚、浙黨「深結戚畹近侍，威制大僚；日事請寄、廣納賂遺；褻衣小車，邀游市肆，狎比娼優；或就飲商賈之家，流連山人之室；身則鬼蜮，反誣他人」；「百人合為一心，以擠排善類。」又說：「乃攻東林者，今日指為亂政，明日目為擅權，不知東林居何室？操何柄？在朝列言路者，反謂無權，而林下投閒杜門樂道者，反謂有權，此不可欺三尺豎子，而乃以欺陛下哉！」李朴最後說「望俯察臣言，立賜威斷，先斬臣以謝諸奸，然後斬諸奸以謝天下」。（《明史?李朴傳》）神宗責李朴「出位妄言」，部議降三級調外任。
丁巳京察，由吏部尚書鄭繼之、刑部尚書兼署都察院事李鋕主持。楚人鄭繼之已年逾八十，遇事即聽從於楚黨，李鋕得到浙黨的支持。佐理人員給事中徐紹吉依附於楚黨，御史韓浚原屬齊黨。這次京察於是演為三黨言官對辛亥京察以來異己者的報復。辛亥京察時揭發崑黨、宣黨的禮部主事丁元薦，原已家居，這時又以「不謹」削籍。李朴也被定為「不謹」，落職。曾經力攻湯賓尹的御史王時熙被糾為「浮躁」。御史孫居相，曾先後彈劾過沈一貫、湯賓尹，與三黨相抗，京察中以年例外轉。刑部主事王之寀因曾與韓浚不和，也在京察中被罷免。其後，熹宗天啟時御史蔣允儀追論丁巳京察說：「當日八法之處分，台省之例轉，大僚之拾遺，黑白顛倒，私意橫行。」「於是方從哲獨居政府，元（音齊qí）詩教、趙興邦等分部要津。」（《明史?蔣允儀傳》）丁巳京察後，三黨權勢更盛。他們的主要人物是：齊黨給事中亓詩教、周永春，御史韓浚；楚黨給事中官應震、吳亮嗣；浙黨給事中姚允文、御史劉廷元。給事中趙興邦等與之呼應。退職的湯賓尹仍在幕後操縱。（《明史?夏嘉遇傳》）亓詩教是方從哲的門生，為三黨的總首領，漸與楚、浙兩黨矛盾。一六一九年，禮部主事華亭人夏嘉遇連疏力攻亓詩教等，浙人御史唐世濟、董元儒助嘉遇。朋黨之爭，愈演愈烈。
（三）明廷虛匱與農民起義
一、明廷的兵虛財匱
皇室侈靡無度，群臣傾軋不止，明朝走上了衰朽的道路。
隨著商品經濟的發展，晚明上層社會競為奢侈，形成一時的風氣。隨之而來的則是官員們的貪污受賄，多方掠取。神宗一朝，貪賄案件，史不絕書。重大案件，貪贓至數十萬兩，一次行賄即可有數萬以至十數萬兩。饋贈珍奇，請託送禮，更為官場所習見。神宗曾在一個詔書中斥責地方官員：「供張僭侈，費用浩繁，歲時慶賀之儀，不勝奔走。廩餼常供之外，復多饋遺。司道官又借視聽於窩訪，取私費於官庫。以致貪官污吏，有恃無忌。」（《神宗實錄》卷三一二）詔書說明：神宗對瀰漫各地的貪風，並非無所覺察，但皇室費用浩繁，中使四出掠取，上行下效，也助長了地方上的貪風。神宗只知責人，不知責己，上下相蒙，充斥上下的貪官污吏，依然有恃無忌。
皇室靡費掠取，官員貪污成風，帶來兩方面的後果。一是各級軍官相效貪賄，軍兵日趨衰弱，一是朝廷財政匱乏，國用難支。神宗在位長達四十八年。即位之初，任用張居正以富國強兵的理想，經過幾十年的演變，卻鑄成了兵虛財匱的敗局。
軍兵衰朽神宗朝的軍兵，在幾次作戰中曾經顯示出足以克敵制勝的作戰能力。但隨著軍隊中腐敗現象的滋長，到神宗晚年，軍政日益昏暗，戰鬥力也隨之銳減。
虛報戰功--早在一五八三年，御史魏允貞就曾指責遼東戰功奏報失真。一五九八年，吏科給事中劉道亨上奏，防禦蒙古的邊官，務以搗巢見奇。搗巢獲首功，一則報十，十者報百。虛報戰功即晉階升官，因而軍官數量大增。萬曆十九年（一五九一年）閏三月戶部奏稱：「遼東近日用兵以來，假稱捷報，冒功授官者甚多，在薊鎮一邊分為四鎮，一鎮又分三路，設官比原額幾二十倍。」（《神宗實錄》卷二三四）冒領糧餉--士兵逃跑或死亡，軍官不上報，仍以空名支餉。上下串通，瓜分月糧。如莊浪參將楊定國，任職九年，與其部下的中軍千、把總等下級軍官，冒支軍糧，每年約二千石。
賄賂公行--軍官因接受賄賂而被懲處，屢見不鮮。未被揭露者更為普遍。賄賂公行不能不嚴重影響軍法號令的執行。一六○九年十一月，兵部奏稱：「將之號令而不能行於偏裨，則國之賞罰亦漸不能行於將帥也，皆緣寡廉債帥責問贄饋，以致節制之陵夷，文吏亦得因而掣肘之。」神宗說：「近來交際恣濫，豈但大將受偏裨贄饋，即文官亦受將領贄饋。弊端不革，法安得行。」（《神宗實錄》卷四六四）剋剝士兵--軍官對士兵恣意剋剝，諸如剋扣軍餉，侵占屯田，差遣役使等皆是。軍官擅自差遣役使，為害尤大。一六一二年御史劉廷元指出，京營的三大營，「自副參游佐，下至千把總，共五百八十八員，即一把總月役軍四十八名矣，其他侵占當不下三、四萬人」。（《神宗實錄》卷五○三）次年正月，兵部尚書黃嘉善也指出，「鎮臣路將有占（役）數百名，少亦不下百名者」。（《神宗實錄》卷五七八）軍官們還經常把士兵借給地方官員役使。如薊鎮過往官員，經常由當地軍兵供役，「馬供遞送，軍役扛抬」，「以致應付日煩，軍疲馬瘦」。（《神宗實錄》卷三八七）京城太監占役士兵的現象也極為嚴重。一五九二年九月，禮科給事中馬邦良等揭露：東安等門官軍四百餘名，宦官占役將近十分之九。萬曆四十六年（一六一八年）閏四月，戎政尚書薛三才說，京城「十六門原額軍六千八百餘名，每門分上下二班，領以指揮、千百戶，而總隸於後府、兵部。不知起自何年，此外添差內監提督，逐門占役至四千三百三十二名」。（同上，卷五六九）兵力虛弱--軍隊的腐敗不能不導致兵力的削弱。主要表現是：（一）疏於訓練。一六一五年二月，巡視京營的禮科給事中姚永濟等上疏說：「今春光入暮，開操無期，將不習軍，軍不習陣。弱者矢無簇，槍無頭，刀劍盡成班銹，志氣日就委靡。間得強有力者，又以■■不肖之心，用之酗酒行潑，劫殺為邪..一旦有事，豈能以不教之軍戰哉！」（《神宗實錄》卷二五九）（二）兵員減少。保衛京城的中都、河南、山東京操班軍，多有具其名而無其人。士兵輸錢給領班之官「包折」，便可家居。「軍便於家居，官便於厚利，稍出其金，以為雇點之資，上下各以文具相欺」。（同上，卷四九六）（三）士兵貧困。一六一○年宣府巡撫都御史薛三才奏報宣鎮士兵情況說：「諸軍糧餉，月不過數錢，八口之家，率皆仰給。餉不時至，未免稱貸而食。又不足，則草料、布花質錢於債家，銀未入手，子錢已去其大半。欲冀士飽馬騰，容可得乎！」（同上，卷四七六）以上種種說明，此時的軍兵，包括京營與邊軍，都已日益衰朽，不再是往日克敵制勝的強兵。如神宗所說：「兵數雖多，堪戰者少。」但軍費開支卻日漸增加。九邊年例，嘉靖末年約二百五十萬兩，萬曆三十六年（一六○八年）激增到四百九十餘萬，此後每年也都在四百萬左右。一六○九年，兵部請削減皇室的靡費，以充軍需，說：「何惜捐大內朽蠹之財，以安宗社。」福建巡撫金學曾上言，「至商稅原系餉額，若歸之內帑則餉不得有。若仍之餉額則課不能充。所當懇請特留，以給兵需」。（《神宗實錄》卷四五九）遼東巡撫熊廷弼請為封疆計，早發內帑。神宗俱不聽。
財政匱乏神宗在位的最後十多年間，軍費開支激增，皇室靡費不減。由於官員上下貪污，稅使掠奪以及豪強欺隱賦稅，朝廷的稅收卻是有減無增。明廷的財政，不能不日益匱乏。戶部太倉庫、工部節慎庫以及太僕寺、光祿寺的庫藏，大體反映了當時的財政狀況。
戶部太倉庫--英宗時始設戶部太倉庫，貯藏各地折銀交納的各種稅銀，供應軍官俸祿和皇帝御用，稱金花銀。神宗即位，歷朝積蓄銀兩，存於老庫，共二百萬兩，另有窖房銀四百萬兩。神宗即位以來的十餘年間，續有積存三百餘萬兩，收藏在日常出納的外庫。積蓄總量約可供兩年支出。神宗親政後，連年入不敷出，漸用積蓄。一五八六年八月，外庫余銀只餘四十六萬餘兩。九月，又減至三十萬。到次年三月，除老庫、窖房外，只余銀九萬兩。外庫余銀用盡，遂又動用窖房銀。一五九九年，外庫與窖房都已一空如洗，僅存老庫二百萬兩。次年四月，借用老庫銀五十萬分發積欠的各邊鎮額餉。到一六○八年，戶部太倉庫就只有老庫貯銀八萬兩。一六○九年，兵部上言「雖知餉之當處，無奈計窮，以天下之大，僅太倉八萬兩」。（《神宗實錄》卷四五九）庫藏空虛，邊地軍餉不能按時發放。一六○八年，九邊額欠一百二十萬兩。一六一一年欠餉至二百五十萬兩。一六一六年積欠軍餉總計達五百萬兩。
工部節慎庫--用以貯存工部料價的節慎庫也漸匱乏。乾清宮與坤寧宮被焚後，一五九六年即著手興建，費用浩繁。一六○○年二月，工部尚書楊一魁上疏說：「今見貯節慎庫者，合四司（工部所屬營饍、虞衡、都水、屯田四清吏司）止七、八萬兩，而浩大未竟之工程，急切應需之造辦，監局年例之錢糧，又若庫房、若城垣、若墳工，種種並集，一時之費約用八十餘萬兩，即罄竭積貯，未當十分之一。」（《神宗實錄》卷三四四）兩宮建成後，又接連修建陵寢、宮內花園台榭。一六○三年，又動工興修被焚的三大殿，坐派湖廣採辦楠杉大木，合銀四百二十萬兩。貴州采木，價銀一百餘萬兩，湖廣、貴州、四川三省所派三殿木植大工錢糧至九百六十餘萬兩。一六○五年十一月，內閣大學士朱賡慨嘆說：「兩宮經始，節慎庫尚百十萬金，今罄然無分毫之蓄。」（同上，卷四一五）太僕寺庫--太僕寺庫歲入馬價、草料、籽粒等銀約六十萬兩，歲出各邊年例約四十萬，賞賚修築諸費約二、三萬，每年原可剩銀二十萬，備買馬之用。太僕寺逐年皆有積存，神宗即位時，前朝積累，多至一千萬兩。神宗親政後，內廷靡費每由戶、工二部挪用太僕寺庫銀彌補。軍費不足，也向太僕寺庫挪借。以至庫藏漸被耗費。一六○二年九月，太僕寺署印少卿連標上疏指出：嘉靖、隆慶年間太僕寺庫存銀達一千萬兩，「邇來國家多事，借討紛紛，戶工二部動去八百七十餘萬，見存庫者僅一百萬有奇」。（《神宗實錄》卷三七六）一六○七年八月，太僕寺少卿李思孝上疏說：「臣稽往牒，在嘉、隆間舊庫積至一千餘萬，盛矣。迨萬曆十八年，西征哱、劉，借一百六十萬；東征倭，借五百六十餘萬。二十七年為邊餉借五十萬，又為征播借三十三萬。三十一年，又為邊餉動老庫二十一萬、馬價三十萬。三十二年，又以年例借三十五萬餘。先是二十九年，以邊餉不給，頓借百萬。前後所借在計部者已九百八十三萬矣。而二十九年，工部以大婚大禮借三十五萬，三十一年，光祿寺以年例借二萬，又借三十七萬。今老庫見存者二十七萬耳。而東西兩庫每年所解，僅可以供各邊年例之用，況重以各邊功次賞賚，亦取於此。」（同上，卷四三七）到一六一七年十一月，太僕寺庫老庫僅餘八萬兩。太僕寺庫存銀，原用以購買馬匹以供軍需，庫藏空竭，軍馬也難以為計了。
光祿寺庫--神宗即位之初，光祿寺庫有前朝節餘銀兩一百一十多萬。一五八七年十二月，只剩下四萬四千餘兩。次年三月，至於內供取用不敷。一六○一年，光祿寺因庫藏已空，為供應皇帝膳食，兩次共借戶部銀約三萬餘兩。
以上太倉庫等四庫貯藏稅銀至晚到萬曆四十年（一六一二年），便已先後空虛。各地的稅糧，主要是東南地區的糧米，由大運河運至京師，分儲於北京、通州二地的糧倉。京倉五十六，通倉十六，分別供應京師軍匠在官人等需用。萬曆初年，二倉儲糧甚富。一五八三年十二月統計，京、通二倉實存糧共一千八百一十八萬五千四百石有奇，每年軍匠在官人等實支本色米二百二十萬石。京倉積米足支八、九年。但一六○二年九月，京倉實在之數只有四百四十八萬餘石，僅夠二年支用。
二、前仆後繼的農民起義
皇室、貴族和各級官員，日益貪婪奢侈，廣大農民則遭受越來越多的剝奪，日漸陷入極端貧困的境地。
明廷財政匱乏，便不斷加派賦稅，剝奪農民。早自一五八六年，閣臣申時行即奏稱：「比年以來，漸有加派。有因事而增者，若戶部草料之類是也。有用不足而增者，若工部大炭之類是也。方今財絀民勞，惟正之供尚不能繼，額外之派又何以堪！」（《神宗實錄》卷一七二）此後，朝鮮之戰曾有加派，平播州之亂又有加派。一五九九年，全國賦額比二十年前增加了十分之四。一六○一年，「按丁增調，踐畝加租」（同上，卷三五九），比二十年前增加了將近一倍。
一條鞭法推行後，州縣徵稅已有定額。但地方官吏往往在定額之外，重複徵收。一五八七年，神宗詔諭中就指出：「各處編審糧差，於條鞭之外，重派里甲、系有司任情擾害小民。」（同上，卷一八七）一六○一年廣東巡按李時華奏報廣東的情形說：「禁網常疎，吏奸法弊。條鞭之後，仍用甲首，均平所編，盡入私橐。上下相蒙，恬不為怪。」（同上，卷三六五）徵稅之外，又加收所謂「耗羨」。一六一三年北直隸、河南、山東等處州縣糧羨多至十取二、三。一六一八年十一月，御史房壯麗指陳：「官府藉口驗封，加收火耗，至一錢二錢，屢經嚴禁不遵。」（同上，卷五七六）官府的賦稅，依據一條鞭法的規定，本應依據田地的占有和人丁數分擔。但是，占有數千頃以至上萬頃田地的皇室、貴族、官員可依據「優免」的規定，任意擴大優免範圍，逃避賦稅。地方豪強也以「詭推」（詭稱田已賣出）、「灑派」（稅額分散於他戶）等等辦法，把應納的賦稅轉嫁給廣大民戶。受害最大的還是窮苦的農民。
隨著土地兼併的盛行，早已有一批又一批的農民被迫失去土地，淪為佃仆和流民。僅有小塊土地的農民，在不斷加派的賦稅重壓下，也不得不失去田地，背井離鄉。如遇水旱災荒，更是求生不能，求死不得，陷於極其悲慘的境地。一五九二年，陝西頻年荒旱，農民流亡多至十分之七。一五九三年，河南衛輝獲嘉縣，因路居衝要，差役浩繁，加以瘟疫流行，農民流亡過半。一五九七年，刑部左侍郎呂坤上疏，說他「久歷外任，熟知民艱」，他所見山東、山西、陝西各地農村的狀況是：官倉空而庫竭，民十室而九空。冬無破絮者有一半，一天只吃一餐者也有一半。破屋頹牆，風雨不蔽。流民未回鄉井，棄地多荒。可是，存者還要代去者賠交稅銀，生者更為死者頂役。（參見《去偽齋集》卷一）一六○一年，吏部尚書李戴上疏說：幾年來，連續災荒。陝西、山西首先受災，農民吃土塊求生。接著是河南受災，農民吃雁糞過活。山東、江南、湖北以至京畿，也相續受災。「老弱填委溝壑，壯者展轉就食」。（《明經世文編》卷四四○）自一五八六年以來，一些地區不堪重壓的農民，即相繼舉行武裝起義，展開拚死的搏鬥。隨著明廷掠奪的加重，各個地區的農民起義，風起雲湧，不斷衝擊著明廷的腐朽統治。
滑縣饑民起義--一五八六年七月，河南滑縣人車宗孔、王安等，因旱災缺糧，向有麥數萬斛的富商趙國英、張學書等借貸，遭到拒絕。車宗孔等聚集饑民上千人起而奪麥。官府前來鎮壓，饑民轉展於淇縣、汲縣一帶，與官兵發生激戰，王安、車宗孔先後被俘。
陝甘回民起義--居住在陝甘寧交界處的回族人民約五百人，在一五八六年發動了起義。起義者流動於涇州、靈台、麟遊、永壽、三水、淳化、耀州、白水等地，反抗官軍，英勇作戰。沿途漢族人民也陸續參加起義。起義軍給予官府以沉重打擊。次年，被鎮壓失敗。
太湖農民起義--一五八八年，農民殷應采等利用太湖「港瀆縱橫，蘆葦蓊翳」的條件，在太湖起義。起義者略取附近富室的財產，多次與前來鎮壓的官軍激戰，三吳戒嚴。隨後，遭到官軍的殘酷鎮壓而失敗。
梅堂、劉汝國起義--一五八八年，蘄黃農民梅堂起義，「匠人」劉汝國（又名劉少溪）前來參加。梅堂在宿松古車嶺被官府逮捕，劉汝國逃脫，繼續領導起義者作戰，自稱順天安民王。樹立旗幟，上寫鏟富濟貧替天元帥。起義軍出沒於英山、潛山、太湖、宿松、蘄州、黃梅、廣濟之間，在各處沒收富豪穀米財產，招徠饑民就食，從者數萬人。官府派人招降，劉汝國回信說：「豪家不法，吾取其財以濟貧，此替天行道。」起義者多次打敗前來鎮壓的官軍，明安慶指揮陳越及蘄州州判陳策敗死。安慶、宿松諸府縣的地方官，懾於起義軍的壓力，紛紛藉故離任而去。一五八九年二月，明廷命應天巡撫周繼、湖廣巡撫邵陛、江西巡撫莊國禎、提督操江王用汲等大員，督率領屬，協力剿捕。起義失敗，劉汝國被俘，在安慶被殺。
柯守岳起義--福建莆田廣業里，方圓一百二十里，重岡迭阜，深峻迂迴，便於起義活動。一五八九年，在這裡開山而耕的農民柯守岳因歲饑民流，發動起義。自號游天王，下設隊長、中將軍、東方將、旗首等職。多次與官軍作戰，當年失敗。
李圓朗起義--廣東始興人李圓朗，自稱有起死回生之術，並能剪紙為人馬，翁源人王子龍自稱彌勒降生，又說是黃巢之後，在民間傳布子丑年天有大災。聚眾數百人。一五八九年，龍南災荒，禾黍不入。李圓朗與王子龍相結納，聚眾在龍南東桃隘鳴鼓祭旗，宣布起義。起義軍曾轉戰南雄，被官軍戰敗。王子龍戰死，李圓朗被俘，押解到龍南被殺。
王自簡起義--一五九四年春，河南農民王自簡領導當地農民上千人起義，活動在新蔡、沈五、息縣一帶。明潁州兵備副使李驥千等用招撫的辦法，離散起義部眾。王自簡在潁州被擒，隨後被殺。
趙古元起義--一六○○年，兩畿及各省出現災荒，又苦於礦監稅使的騷擾，各地兵民多起而反抗。浙江山陰人趙一平與妻王氏編成「指南經」等書，投散各省會及兩京，策動起義。先去杭州，又去徐州，改名趙古元，自稱是宋朝皇室後人，與友人孟化鯨等在徐州和豐、沛等地招集逃亡的流民和拚死起義的農民，約定明年二月諸方並起，先取淮揚，次取徐州，再取金陵與北京。起義計劃泄露，遭到明徐州兵備徐光復等人的鎮壓，主要首領陸續被捕；趙古元逃到寶城後被擒，同年十一月，被押至北京處死。
吳建起義--一六○四年，福建毆寧縣謝屯鄉民吳建，奉白蓮教，稱世界將亂，聚眾數千人起義。知縣前來誘降，被拒。兵備道劉毅命鄉兵發動進攻，起義失敗。吳建自殺。（一說被害）劉天緒起義--河南永城人劉天緒，流寓鳳陽府臨淮縣朱龍橋，崇奉無為教主，當地人王宗、張名等信從傳教。信徒多至千餘人。劉天緒自稱闢地定奪乾坤李王。一六○六年十一月定議，本月二十三日長至節，乘南京百官出城謁陵的機會，在南京正式發動起義。劉天緒自號龍華帝王，王宗、張名等被封為國公侯伯將軍指揮等職。因出現叛徒向官府告密，明南京兵部尚書孫鑛等發兵捕劉天緒等四十九人，劉天緒受酷刑逼訊致死。
保定農民起義--一六一一年，保定等處有劉應第、董世耀聚眾稱王，在遠近各地剽劫，被保定巡撫王國鎮壓。
山東農民起義--一六一五年，山東各地自正月至六月，無雨，田禾枯槁，千里如焚。安丘縣，有千餘起義者，攻入城內，劫庫焚獄；蒙陰縣，起義者豎旗稱王，殺死官兵；沂州，有七百名起義者騎馬彎弓，搶劫糧畜；費縣、濟陽，起義農民白晝打劫；昌樂縣，起義者三百人嘯聚搶掠，聲勢充斥。這些起義都是由於農民飢餓無食，不得不起而劫奪府庫和富戶。神宗詔令「破格區處」；同年十二月發太僕寺馬價銀十六萬兩，在山東進行賑濟，但並不能消弭農民的反抗。此後不久，山東又有周堯德、張計緒等聚眾起義，各立頭目，在泰山、歷城、章丘、萊蕪等處，出沒行劫。周堯德被起義者稱為「紅竿大王」，又改稱「平師王」。起義軍所到之處，截殺官兵，屢獲勝利。直到一六一七年春季才被鎮壓而失敗。
陝甘回民起義--陝甘地區的回民起義，前仆後繼，仍在繼續發展。一六○八年，有數百人組成的起義隊伍，由潼關進入山西，攻掠芮城等縣，並攻入河津、稷山等四縣。一六一一年，田有奇領導的起義者渡過黃河，進入山西平陽一帶，田有奇被俘。一六一五年，以高尚千為首的起義回民，曾在宜君縣劫獄。次年八月，高尚千在延安被俘。
田峨起義--一六一七年四月，山東鉅野縣有人奏報，鄉人田峨自稱仁義王，糾眾數千，劫掠財物，強奪獄犯，謀殺縣官。
李文起義--一六一八年九月，白蓮教首李文在慶陽府聚眾數百人，自號彌天一字王，建年號「天真混元」，自稱是李老君真達磨下生，賜有天書飛劍。策劃於十月十二日發動起義。事前被人首告，李文被捕，次年被處死。
以上見於記載的這些起義，都不曾得到較大的發展。起義發動未久甚至未及發動，就遭到明朝官軍的鎮壓。但是，起義由饑民的自發的奪糧發展為有組織的武裝搏鬥，以至建號稱王，顯示出推翻明朝統治的戰鬥意志。各地農民的武裝起義，前仆後繼，預示著一場規模巨大的農民戰爭的風暴就要到來。腐朽的明朝被推翻的日子不遠了。